185 Syringa vulgaris

185.1 Données d’occurrences GBIF

Collecte des données du GBIF :

<<gbif download metadata>>
  Status: SUCCEEDED
  DOI: 10.15468/dl.t9pjus
  Format: SIMPLE_CSV
  Download key: 0260127-230224095556074
  Created: 2023-05-24T20:05:11.541+00:00
  Modified: 2023-05-24T20:06:37.897+00:00
  Download link: https://api.gbif.org/v1/occurrence/download/request/0260127-230224095556074.zip
  Total records: 67211

Conversion en objets géographiques (format Simple feature de sf) et exploration rapide des données (classe du jeu de données et premières lignes du tableau) :

Simple feature collection with 67211 features and 50 fields
Attribute-geometry relationship: 50 constant, 0 aggregate, 0 identity
Geometry type: POINT
Dimension:     XY
Bounding box:  xmin: -149.939012 ymin: -53.783819 xmax: 174.792853 ymax: 69.7409
Geodetic CRS:  WGS 84
# A tibble: 67,211 × 51
     gbifID datasetKey occurrenceID kingdom phylum class order family genus species infraspecificEpithet
 *  <int64> <chr>      <chr>        <chr>   <chr>  <chr> <chr> <chr>  <chr> <chr>   <chr>               
 1      9e8 38b4c89f-… urn:lsid:ar… Plantae Trach… Magn… Lami… Oleac… Syri… Syring… ""                  
 2      9e8 38b4c89f-… urn:lsid:ar… Plantae Trach… Magn… Lami… Oleac… Syri… Syring… ""                  
 3      9e8 38b4c89f-… urn:lsid:ar… Plantae Trach… Magn… Lami… Oleac… Syri… Syring… ""                  
 4      9e8 38b4c89f-… urn:lsid:ar… Plantae Trach… Magn… Lami… Oleac… Syri… Syring… ""                  
 5      9e8 38b4c89f-… urn:lsid:ar… Plantae Trach… Magn… Lami… Oleac… Syri… Syring… ""                  
 6      9e8 38b4c89f-… urn:lsid:ar… Plantae Trach… Magn… Lami… Oleac… Syri… Syring… ""                  
 7      9e8 38b4c89f-… urn:lsid:ar… Plantae Trach… Magn… Lami… Oleac… Syri… Syring… ""                  
 8      9e8 38b4c89f-… urn:lsid:ar… Plantae Trach… Magn… Lami… Oleac… Syri… Syring… ""                  
 9      9e8 38b4c89f-… urn:lsid:ar… Plantae Trach… Magn… Lami… Oleac… Syri… Syring… ""                  
10      9e8 38b4c89f-… urn:lsid:ar… Plantae Trach… Magn… Lami… Oleac… Syri… Syring… ""                  
# ℹ 67,201 more rows
# ℹ 40 more variables: taxonRank <chr>, scientificName <chr>, verbatimScientificName <chr>,
#   verbatimScientificNameAuthorship <chr>, countryCode <chr>, locality <chr>, stateProvince <chr>,
#   occurrenceStatus <chr>, individualCount <int>, publishingOrgKey <chr>, decimalLatitude <dbl>,
#   decimalLongitude <dbl>, coordinateUncertaintyInMeters <dbl>, coordinatePrecision <dbl>,
#   elevation <dbl>, elevationAccuracy <dbl>, depth <dbl>, depthAccuracy <dbl>, eventDate <dttm>,
#   day <int>, month <int>, year <int>, taxonKey <int>, speciesKey <int>, basisOfRecord <chr>, …

Il y a 67 211 occurrences dans le jeu de données. On les affiche sur la carte du monde :

Occurrences de Syringa vulgaris dans le monde.

Figure 185.1: Occurrences de Syringa vulgaris dans le monde.

185.1.1 Données par région

On évalue la proportion d’occurrences dans chaque région, en utilisant les 3 masques créés précédemment. Si on a au moins 50 % des occurrences dans une région, on peut continuer en travaillant uniquement sur ces données. Sinon, on vérifie qu’au moins 67 % des données tombent dans l’ensemble des régions, et on prend la région la plus représentée. Au final, s’il s’agit d’une espèce endémique d’Europe, on n’a pas besoin de manipulation supplémentaire.

[1] 0.9171415393
[1] 0.08007617801
[1] 0.0007736828793

Espèce endémique d’Europe

Occurrence de Syringa vulgaris dans la région d'endémisme.

Figure 185.2: Occurrence de Syringa vulgaris dans la région d’endémisme.

185.1.2 Licences

On s’intéresse ici au problème particulier des licences :


                                                  CC_BY_4_0 
                                                      40901 
                                               CC_BY_NC_4_0 
                                                       4266 
                                                    CC0_1_0 
                                                      10397 
   https://creativecommons.org/licenses/by-nc/4.0/legalcode 
                                                       4573 
      https://creativecommons.org/licenses/by/4.0/legalcode 
                                                       1462 
https://creativecommons.org/publicdomain/zero/1.0/legalcode 
                                                         43 
[1] 85.66075079
Occurrence de Syringa vulgaris dans la région d'endémisme, selon la licence : CC BY-NC en bleu ; CC0 et CC BY en orange.

Figure 185.3: Occurrence de Syringa vulgaris dans la région d’endémisme, selon la licence : CC BY-NC en bleu ; CC0 et CC BY en orange.

Idéalement, on aimerait avoir au moins 50 % de données vraiment libres d’utilisation (c’est-à-dire sans la clause -NC). On continue en supprimant les données en CC BY-NC.

[1] 52803

185.1.3 Sous-échantillonnage

Si le jeu de données contient 25 000 occurrences ou plus, on procède au sous-échantillonnage aléatoire pour en conserver un maximum de 25 000.

Simple feature collection with 25000 features and 50 fields
Attribute-geometry relationship: 50 constant, 0 aggregate, 0 identity
Geometry type: POINT
Dimension:     XY
Bounding box:  xmin: -9.102913 ymin: 36.7169 xmax: 46.545488 ymax: 69.697251
Geodetic CRS:  WGS 84
# A tibble: 25,000 × 51
     gbifID datasetKey occurrenceID kingdom phylum class order family genus species infraspecificEpithet
    <int64> <chr>      <chr>        <chr>   <chr>  <chr> <chr> <chr>  <chr> <chr>   <chr>               
 1     1 e9 8df9af24-… "urn:catalo… Plantae Trach… Magn… Lami… Oleac… Syri… Syring… ""                  
 2     1 e9 75956ee6-… "http://cbn… Plantae Trach… Magn… Lami… Oleac… Syri… Syring… ""                  
 3     8 e8 38b4c89f-… "urn:lsid:a… Plantae Trach… Magn… Lami… Oleac… Syri… Syring… ""                  
 4     2 e9 14d5676a-… "q-10154578… Plantae Trach… Magn… Lami… Oleac… Syri… Syring… ""                  
 5     3.e9 25d4f82b-… "urn:catalo… Plantae Trach… Magn… Lami… Oleac… Syri… Syring… ""                  
 6     3.e9 38b4c89f-… "urn:lsid:a… Plantae Trach… Magn… Lami… Oleac… Syri… Syring… ""                  
 7     2 e7 857aa892-… ""           Plantae Trach… Magn… Lami… Oleac… Syri… Syring… ""                  
 8     1 e9 75956ee6-… "http://cbn… Plantae Trach… Magn… Lami… Oleac… Syri… Syring… ""                  
 9     3.e9 14d5676a-… "q-10182822… Plantae Trach… Magn… Lami… Oleac… Syri… Syring… ""                  
10     2 e9 14d5676a-… "q-10260876… Plantae Trach… Magn… Lami… Oleac… Syri… Syring… ""                  
# ℹ 24,990 more rows
# ℹ 40 more variables: taxonRank <chr>, scientificName <chr>, verbatimScientificName <chr>,
#   verbatimScientificNameAuthorship <chr>, countryCode <chr>, locality <chr>, stateProvince <chr>,
#   occurrenceStatus <chr>, individualCount <int>, publishingOrgKey <chr>, decimalLatitude <dbl>,
#   decimalLongitude <dbl>, coordinateUncertaintyInMeters <dbl>, coordinatePrecision <dbl>,
#   elevation <dbl>, elevationAccuracy <dbl>, depth <dbl>, depthAccuracy <dbl>, eventDate <dttm>,
#   day <int>, month <int>, year <int>, taxonKey <int>, speciesKey <int>, basisOfRecord <chr>, …

185.1.4 Carte finale

On prépare la carte finale des occurrences :

Occurrence de Syringa vulgaris dans la région d'endémisme après sous-échantillonnage éventuel.

Figure 185.4: Occurrence de Syringa vulgaris dans la région d’endémisme après sous-échantillonnage éventuel.

185.2 Modélisation de la niche climatique

185.2.1 Préparer les données

Organisation des données d’entrées (occurrences et données environnementales) et des données produites de pseudo-absences :

 class       : SpatVector 
 geometry    : points 
 dimensions  : 25000, 0  (geometries, attributes)
 extent      : -9.102913, 46.54549, 36.7169, 69.69725  (xmin, xmax, ymin, ymax)
 coord. ref. : lon/lat WGS 84 (EPSG:4326) 

-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-= syvu Data Formating -=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=

      ! Response variable is considered as only presences... Is it really what you want?
      ! No data has been set aside for modeling evaluation
 !!! Some data are located in the same raster cell. 
          Please set `filter.raster = TRUE` if you want an automatic filtering.

Checking Pseudo-absence selection arguments...

   > random pseudo absences selection
   > Pseudo absences are selected in explanatory variables
 ! Some NAs have been automatically removed from your data
 !!! Some data are located in the same raster cell. 
          Please set `filter.raster = TRUE` if you want an automatic filtering.
-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-= Done -=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=

-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-= BIOMOD.formated.data -=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=

dir.name =  Output

sp.name =  syvu

     24978 presences,  0 true absences and  72912 undefined points in dataset


     6 explanatory variables

 temp_max_august     temp_min       temp_wet_quart     temp_season    
 Min.   : 2.292   Min.   :-22.180   Min.   :-13.553   Min.   : 202.5  
 1st Qu.:20.164   1st Qu.: -9.048   1st Qu.:  8.753   1st Qu.: 626.9  
 Median :23.252   Median : -3.568   Median : 13.215   Median : 740.2  
 Mean   :24.745   Mean   : -4.357   Mean   : 12.368   Mean   : 760.8  
 3rd Qu.:28.216   3rd Qu.:  0.928   3rd Qu.: 16.249   3rd Qu.: 901.1  
 Max.   :45.924   Max.   : 12.096   Max.   : 24.869   Max.   :1385.6  
 prec_wet_quart    prec_season     
 Min.   :   3.0   Min.   :  5.202  
 1st Qu.: 175.0   1st Qu.: 22.396  
 Median : 214.0   Median : 30.957  
 Mean   : 215.8   Mean   : 35.347  
 3rd Qu.: 248.0   3rd Qu.: 39.654  
 Max.   :1238.0   Max.   :124.090  

-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=

On visualise les pseudo-absences :

Les données d'occurrences (en haut à gauche) et les trois jeux de données aléatoires de pseudo-absences.

Figure 185.5: Les données d’occurrences (en haut à gauche) et les trois jeux de données aléatoires de pseudo-absences.

$data.vect
 class       : SpatVector 
 geometry    : points 
 dimensions  : 174912, 2  (geometries, attributes)
 extent      : -10.5625, 46.97917, 29.02083, 70.97917  (xmin, xmax, ymin, ymax)
 coord. ref. :  
 names       :  resp         dataset
 type        : <num>           <chr>
 values      :    10 Initial dataset
                  10 Initial dataset
                  10 Initial dataset

$data.label
                              9                              10 
                "**Presences**"       "Presences (calibration)" 
                             11                              12 
       "Presences (validation)"        "Presences (evaluation)" 
                             19                              20 
            "**True Absences**"   "True Absences (calibration)" 
                             21                              22 
   "True Absences (validation)"    "True Absences (evaluation)" 
                             29                              30 
          "**Pseudo-Absences**" "Pseudo-Absences (calibration)" 
                             31                               1 
 "Pseudo-Absences (validation)"                    "Background" 

$data.plot
Les données d'occurrences (en haut à gauche) et les trois jeux de données aléatoires de pseudo-absences.

Figure 185.6: Les données d’occurrences (en haut à gauche) et les trois jeux de données aléatoires de pseudo-absences.

185.2.2 Modèles individuels de niche


-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-= Build Single Models -=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=


Checking Models arguments...

Creating suitable Workdir...

            ! Weights where automatically defined for syvu_PA1 to rise a 0.5 prevalence !
            ! Weights where automatically defined for syvu_PA2 to rise a 0.5 prevalence !
            ! Weights where automatically defined for syvu_PA3 to rise a 0.5 prevalence !


-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-= syvu Modeling Summary -=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=

 6  environmental variables ( temp_max_august temp_min temp_wet_quart temp_season prec_wet_quart prec_season )
Number of evaluation repetitions : 1
Models selected : GAM MARS MAXNET GBM ANN RF 

Total number of model runs: 18 

-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=


-=-=-=- Run :  syvu_PA1 


-=-=-=--=-=-=- syvu_PA1_RUN1 


-=-=-=- Run :  syvu_PA2 


-=-=-=--=-=-=- syvu_PA2_RUN1 


-=-=-=- Run :  syvu_PA3 


-=-=-=--=-=-=- syvu_PA3_RUN1 

-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-= Done -=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=

185.2.2.1 Évaluation de la performance

             full.name  PA  run   algo metric.eval cutoff sensitivity
1    syvu_PA1_RUN1_GAM PA1 RUN1    GAM         TSS  727.0      88.630
2    syvu_PA1_RUN1_GAM PA1 RUN1    GAM         ROC  727.5      88.575
3   syvu_PA1_RUN1_MARS PA1 RUN1   MARS         TSS  484.0      90.617
4   syvu_PA1_RUN1_MARS PA1 RUN1   MARS         ROC  489.5      90.451
5 syvu_PA1_RUN1_MAXNET PA1 RUN1 MAXNET         TSS  427.0      87.924
6 syvu_PA1_RUN1_MAXNET PA1 RUN1 MAXNET         ROC  425.5      87.999
  specificity calibration validation evaluation
1      71.990       0.606      0.606         NA
2      72.055       0.814      0.818         NA
3      80.780       0.714      0.715         NA
4      81.000       0.915      0.917         NA
5      83.335       0.712      0.721         NA
6      83.265       0.912      0.914         NA
Évaluation de la performance des modèles individuels : True Skill Statistic & aire sous la courbe de ROC.

Figure 185.7: Évaluation de la performance des modèles individuels : True Skill Statistic & aire sous la courbe de ROC.

185.2.2.2 Importance des variables environnementales

          full.name  PA  run algo        expl.var rand  var.imp
1 syvu_PA1_RUN1_GAM PA1 RUN1  GAM temp_max_august    1 0.220312
2 syvu_PA1_RUN1_GAM PA1 RUN1  GAM        temp_min    1 0.080997
3 syvu_PA1_RUN1_GAM PA1 RUN1  GAM  temp_wet_quart    1 0.013261
4 syvu_PA1_RUN1_GAM PA1 RUN1  GAM     temp_season    1 0.516653
5 syvu_PA1_RUN1_GAM PA1 RUN1  GAM  prec_wet_quart    1 0.043948
6 syvu_PA1_RUN1_GAM PA1 RUN1  GAM     prec_season    1 0.306293
Pourcentage de variance expliquée pour chaque variable, décomposé par algorithme.

Figure 185.8: Pourcentage de variance expliquée pour chaque variable, décomposé par algorithme.

Pourcentage de variance expliquée pour chaque variable, décomposé par variable.

Figure 185.9: Pourcentage de variance expliquée pour chaque variable, décomposé par variable.

185.2.2.3 Courbes de réponses

Courbes de réponse de chaque variable climatique selon l'algorithme (en couleurs).

Figure 185.10: Courbes de réponse de chaque variable climatique selon l’algorithme (en couleurs).

185.2.3 Modèles d’ensemble de niche

Seulement modèles avec TSS > 0.8


-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-= BIOMOD.ensemble.models.out -=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=

sp.name : syvu

expl.var.names : temp_max_august temp_min temp_wet_quart temp_season 
prec_wet_quart prec_season


models computed: 
syvu_EMcvByTSS_mergedData_mergedRun_mergedAlgo, syvu_EMwmeanByTSS_mergedData_mergedRun_mergedAlgo

models failed: none

-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=

185.2.3.1 Évaluation de la qualité

                                          full.name merged.by.PA merged.by.run
1 syvu_EMwmeanByTSS_mergedData_mergedRun_mergedAlgo   mergedData     mergedRun
2 syvu_EMwmeanByTSS_mergedData_mergedRun_mergedAlgo   mergedData     mergedRun
  merged.by.algo filtered.by    algo metric.eval cutoff sensitivity specificity
1     mergedAlgo         TSS EMwmean         TSS  626.0      95.380       94.26
2     mergedAlgo         TSS EMwmean         ROC  621.5      95.492       94.17
  calibration validation evaluation
1       0.896         NA         NA
2       0.991         NA         NA
Évaluation de la qualité du modèle d'ensemble : Aire sous la courbe de ROC & True Skill Statistic.

Figure 185.11: Évaluation de la qualité du modèle d’ensemble : Aire sous la courbe de ROC & True Skill Statistic.

                                       full.name merged.by.PA merged.by.run
1 syvu_EMcvByTSS_mergedData_mergedRun_mergedAlgo   mergedData     mergedRun
2 syvu_EMcvByTSS_mergedData_mergedRun_mergedAlgo   mergedData     mergedRun
3 syvu_EMcvByTSS_mergedData_mergedRun_mergedAlgo   mergedData     mergedRun
4 syvu_EMcvByTSS_mergedData_mergedRun_mergedAlgo   mergedData     mergedRun
5 syvu_EMcvByTSS_mergedData_mergedRun_mergedAlgo   mergedData     mergedRun
6 syvu_EMcvByTSS_mergedData_mergedRun_mergedAlgo   mergedData     mergedRun
  merged.by.algo filtered.by algo        expl.var rand  var.imp
1     mergedAlgo         TSS EMcv temp_max_august    1 0.621529
2     mergedAlgo         TSS EMcv        temp_min    1 0.605509
3     mergedAlgo         TSS EMcv  temp_wet_quart    1 0.440445
4     mergedAlgo         TSS EMcv     temp_season    1 0.571575
5     mergedAlgo         TSS EMcv  prec_wet_quart    1 0.444563
6     mergedAlgo         TSS EMcv     prec_season    1 0.534824

Par variable :

Pourcentage de variance expliquée par variable dans le modèle d'ensemble.

Figure 185.12: Pourcentage de variance expliquée par variable dans le modèle d’ensemble.

Courbes de réponse de chaque variable climatique dans le modèle d'ensemble.

Figure 185.13: Courbes de réponse de chaque variable climatique dans le modèle d’ensemble.

185.3 Projections

185.3.1 Distribution potentielle contemporaine

Contemporaine : Cartographie des observations sur couches climatiques Extraction des conditions climatiques favorables


-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-= BIOMOD.projection.out -=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=

Projection directory : Output/syvu/current


sp.name : syvu

expl.var.names : temp_max_august temp_min temp_wet_quart temp_season 
prec_wet_quart prec_season


modeling.id : AllModels ( Output/syvu/syvu.AllModels.models.out )

models.projected : 
syvu_PA1_RUN1_GAM, syvu_PA1_RUN1_MARS, syvu_PA1_RUN1_MAXNET, syvu_PA1_RUN1_GBM, syvu_PA1_RUN1_ANN, syvu_PA1_RUN1_RF, syvu_PA2_RUN1_GAM, syvu_PA2_RUN1_MARS, syvu_PA2_RUN1_MAXNET, syvu_PA2_RUN1_GBM, syvu_PA2_RUN1_ANN, syvu_PA2_RUN1_RF, syvu_PA3_RUN1_GAM, syvu_PA3_RUN1_MARS, syvu_PA3_RUN1_MAXNET, syvu_PA3_RUN1_GBM, syvu_PA3_RUN1_ANN, syvu_PA3_RUN1_RF

available binary projection : TSS, ROC

available filtered projection : TSS, ROC

-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=
Projection de la distribution potentielle contemporaine sur l'Europe, selon les 6 algorithmes et les 3 runs.

Figure 185.14: Projection de la distribution potentielle contemporaine sur l’Europe, selon les 6 algorithmes et les 3 runs.

Projection de la distribution potentielle contemporaine sur l'Europe, selon les 6 algorithmes et les 3 runs.

Figure 185.15: Projection de la distribution potentielle contemporaine sur l’Europe, selon les 6 algorithmes et les 3 runs.


-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-= BIOMOD.projection.out -=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=

Projection directory : Output/syvu/current


sp.name : syvu

expl.var.names : temp_max_august temp_min temp_wet_quart temp_season 
prec_wet_quart prec_season


modeling.id : AllModels ( Output/syvu/syvu.AllModels.ensemble.models.out )

models.projected : 
syvu_EMcvByTSS_mergedData_mergedRun_mergedAlgo, syvu_EMwmeanByTSS_mergedData_mergedRun_mergedAlgo

-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=
A) Projection de la distribution potentielle contemporaine (modèle d'ensemble) ; B) Incertitude associée à la projection.

Figure 185.16: A) Projection de la distribution potentielle contemporaine (modèle d’ensemble) ; B) Incertitude associée à la projection.

185.3.2 Interpolation à l’échelle de la métropole

  • → conditions climatiques favorables à fine échelle

On projette la niche climatique sur ce raster à fine échelle.


-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-= BIOMOD.projection.out -=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=

Projection directory : Output/syvu/cont_gre


sp.name : syvu

expl.var.names : temp_max_august temp_min temp_wet_quart temp_season 
prec_wet_quart prec_season


modeling.id : AllModels ( Output/syvu/syvu.AllModels.models.out )

models.projected : 
syvu_PA1_RUN1_GAM, syvu_PA1_RUN1_MARS, syvu_PA1_RUN1_MAXNET, syvu_PA1_RUN1_GBM, syvu_PA1_RUN1_ANN, syvu_PA1_RUN1_RF, syvu_PA2_RUN1_GAM, syvu_PA2_RUN1_MARS, syvu_PA2_RUN1_MAXNET, syvu_PA2_RUN1_GBM, syvu_PA2_RUN1_ANN, syvu_PA2_RUN1_RF, syvu_PA3_RUN1_GAM, syvu_PA3_RUN1_MARS, syvu_PA3_RUN1_MAXNET, syvu_PA3_RUN1_GBM, syvu_PA3_RUN1_ANN, syvu_PA3_RUN1_RF

available binary projection : TSS, ROC

available filtered projection : TSS, ROC

-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=
Projection de la distribution potentielle contemporaine sur la métropole de Grenoble, selon les 6 algorithmes et les 3 runs.

Figure 185.17: Projection de la distribution potentielle contemporaine sur la métropole de Grenoble, selon les 6 algorithmes et les 3 runs.

Projection de la distribution potentielle contemporaine sur la métropole de Grenoble, selon les 6 algorithmes et les 3 runs.

Figure 185.18: Projection de la distribution potentielle contemporaine sur la métropole de Grenoble, selon les 6 algorithmes et les 3 runs.


-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-= BIOMOD.projection.out -=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=

Projection directory : Output/syvu/cont_gre


sp.name : syvu

expl.var.names : temp_max_august temp_min temp_wet_quart temp_season 
prec_wet_quart prec_season


modeling.id : AllModels ( Output/syvu/syvu.AllModels.ensemble.models.out )

models.projected : 
syvu_EMcvByTSS_mergedData_mergedRun_mergedAlgo, syvu_EMwmeanByTSS_mergedData_mergedRun_mergedAlgo

-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=
A) Projection de la distribution potentielle contemporaine (modèle d'ensemble) sur la métropole de Grenoble ; B) Incertitude associée à la projection.

Figure 185.19: A) Projection de la distribution potentielle contemporaine (modèle d’ensemble) sur la métropole de Grenoble ; B) Incertitude associée à la projection.

185.3.3 Distributions potentielles futures

Futur : Projection à l’échelle de l’Europe jusqu’à l’horizon 2100

Toutes les fenêtres temporelles × scénarios pour le GCM « IPSL-CM6A-LR »

  1. SSP1-2.6
Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP1-2.6 (modèle d'ensemble).Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP1-2.6 (modèle d'ensemble).Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP1-2.6 (modèle d'ensemble).Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP1-2.6 (modèle d'ensemble).Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP1-2.6 (modèle d'ensemble).

Figure 185.20: Projection des distributions potentielles futures jusqu’à l’horizon 2100 sous le scénario SSP1-2.6 (modèle d’ensemble).

On obtient pour la métrique TSS une carte unique de moyenne pondérée sur les algorithmes et sur les jeux de pseudo-absences.

  1. SSP2-4.5
Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP2-4.5 (modèle d'ensemble).Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP2-4.5 (modèle d'ensemble).Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP2-4.5 (modèle d'ensemble).Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP2-4.5 (modèle d'ensemble).Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP2-4.5 (modèle d'ensemble).

Figure 185.21: Projection des distributions potentielles futures jusqu’à l’horizon 2100 sous le scénario SSP2-4.5 (modèle d’ensemble).

  1. SSP3-7.0
Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP3-7.0 (modèle d'ensemble).Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP3-7.0 (modèle d'ensemble).Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP3-7.0 (modèle d'ensemble).Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP3-7.0 (modèle d'ensemble).Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP3-7.0 (modèle d'ensemble).

Figure 185.22: Projection des distributions potentielles futures jusqu’à l’horizon 2100 sous le scénario SSP3-7.0 (modèle d’ensemble).

  1. SSP5-8.5
Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble).Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble).Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble).Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble).Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble).

Figure 185.23: Projection des distributions potentielles futures jusqu’à l’horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d’ensemble).

185.4 Inférence à l’échelle de la métropole

  • Croisement avec températures de surface 2019 (fournie par la métropole)
  • → conditions climatiques favorables à fine échelle
  • à peu près 7 pixels × 9 (WorldClim)

185.4.1 Distributions potentielles futures

Même chose que précédemment mais sur les rasters de Grenoble

  1. SSP1-2.6
Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).

Figure 185.24: Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu’à l’horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d’ensemble, GCM IPSL).

  1. SSP2-4.5
Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).

Figure 185.25: Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu’à l’horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d’ensemble, GCM IPSL).

  1. SSP3-7.0
Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).

Figure 185.26: Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu’à l’horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d’ensemble, GCM IPSL).

  1. SSP5-8.5
Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).

Figure 185.27: Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu’à l’horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d’ensemble, GCM IPSL).

185.4.2 Évolution temporelle

# A tibble: 17 × 8
   min         q1          median      mean        q3          max   ssp    year
   <table[1d]> <table[1d]> <table[1d]> <table[1d]> <table[1d]> <tab> <fct> <dbl>
 1 316         629         741         725.8195    810         995   0      2000
 2 323         534         652         644.7656    747         981   126    2040
 3 315         498         579         593.5133    681         909   126    2060
 4 285         499         599         591.6866    680         860   126    2080
 5 313         491         575         583.2659    669         868   126    2100
 6 347         540         653         648.3137    747         935   245    2040
 7 295         457         531         552.6870    637         850   245    2060
 8 318         462         569         562.9584    655         818   245    2080
 9 279         429         489         506.3129    593         783   245    2100
10 299         504         618         620.3449    723         957   370    2040
11 301         459         539         559.8413    653         862   370    2060
12 273         416         494         508.3939    597         807   370    2080
13 223         369         391         399.1268    442         617   370    2100
14 274         511         608         605.1953    691         901   585    2040
15 299         446         511         527.7095    604         789   585    2060
16 191         387         414         424.9396    473         634   585    2080
17 215         335         409         412.3241    498         653   585    2100
Évolution de la favorabilité climatique au cours du XXIème siècle. Le point représente la médiane sur l'étendue de la métropole (i.e. tous les pixels de la carte) ; le trait gras représente 50 % des données intermédiaires (espace inter-quartile) ; le trait fin représente le reste des données du minimum au maximum.

Figure 185.28: Évolution de la favorabilité climatique au cours du XXIème siècle. Le point représente la médiane sur l’étendue de la métropole (i.e. tous les pixels de la carte) ; le trait gras représente 50 % des données intermédiaires (espace inter-quartile) ; le trait fin représente le reste des données du minimum au maximum.