203 Fagus crenata

203.1 Données d’occurrences GBIF

Collecte des données du GBIF :

<<gbif download metadata>>
  Status: SUCCEEDED
  DOI: 10.15468/dl.2yuyx9
  Format: SIMPLE_CSV
  Download key: 0260824-230224095556074
  Created: 2023-05-25T10:50:35.613+00:00
  Modified: 2023-05-25T10:51:19.041+00:00
  Download link: https://api.gbif.org/v1/occurrence/download/request/0260824-230224095556074.zip
  Total records: 1318

Conversion en objets géographiques (format Simple feature de sf) et exploration rapide des données (classe du jeu de données et premières lignes du tableau) :

Simple feature collection with 1318 features and 50 fields
Attribute-geometry relationship: 50 constant, 0 aggregate, 0 identity
Geometry type: POINT
Dimension:     XY
Bounding box:  xmin: -73.8747 ymin: 31.46 xmax: 143.89716 ymax: 53.666664
Geodetic CRS:  WGS 84
# A tibble: 1,318 × 51
      gbifID datasetKey         occurrenceID kingdom phylum class order family genus species
 *   <int64> <chr>              <chr>        <chr>   <chr>  <chr> <chr> <chr>  <chr> <chr>  
 1 736075536 86185376-f762-11e… 7c19e894-f8… Plantae Trach… Magn… Faga… Fagac… Fagus Fagus …
 2 736075533 86185376-f762-11e… 7c144452-f8… Plantae Trach… Magn… Faga… Fagac… Fagus Fagus …
 3 736075531 86185376-f762-11e… 7bf951d8-f8… Plantae Trach… Magn… Faga… Fagac… Fagus Fagus …
 4 736075520 86185376-f762-11e… 7b9fcbea-f8… Plantae Trach… Magn… Faga… Fagac… Fagus Fagus …
 5 736075517 86185376-f762-11e… 7b8d2d50-f8… Plantae Trach… Magn… Faga… Fagac… Fagus Fagus …
 6 729331719 81031dbc-47f2-470… urn:catalog… Plantae Trach… Magn… Faga… Fagac… Fagus Fagus …
 7 729330547 81031dbc-47f2-470… urn:catalog… Plantae Trach… Magn… Faga… Fagac… Fagus Fagus …
 8 729327731 81031dbc-47f2-470… urn:catalog… Plantae Trach… Magn… Faga… Fagac… Fagus Fagus …
 9 729327616 81031dbc-47f2-470… urn:catalog… Plantae Trach… Magn… Faga… Fagac… Fagus Fagus …
10 729327559 81031dbc-47f2-470… urn:catalog… Plantae Trach… Magn… Faga… Fagac… Fagus Fagus …
# ℹ 1,308 more rows
# ℹ 41 more variables: infraspecificEpithet <lgl>, taxonRank <chr>, scientificName <chr>,
#   verbatimScientificName <chr>, verbatimScientificNameAuthorship <chr>,
#   countryCode <chr>, locality <chr>, stateProvince <chr>, occurrenceStatus <chr>,
#   individualCount <int>, publishingOrgKey <chr>, decimalLatitude <dbl>,
#   decimalLongitude <dbl>, coordinateUncertaintyInMeters <dbl>, coordinatePrecision <lgl>,
#   elevation <dbl>, elevationAccuracy <dbl>, depth <lgl>, depthAccuracy <lgl>, …

Il y a 1 318 occurrences dans le jeu de données. On les affiche sur la carte du monde :

Occurrences de Fagus crenata dans le monde.

Figure 203.1: Occurrences de Fagus crenata dans le monde.

203.1.1 Données par région

On évalue la proportion d’occurrences dans chaque région, en utilisant les 3 masques créés précédemment. Si on a au moins 50 % des occurrences dans une région, on peut continuer en travaillant uniquement sur ces données. Sinon, on vérifie qu’au moins 67 % des données tombent dans l’ensemble des régions, et on prend la région la plus représentée. Au final, s’il s’agit d’une espèce endémique d’Europe, on n’a pas besoin de manipulation supplémentaire.

[1] 0.002276176024
[1] 0.0007587253414
[1] 0.9969650986

Espèce endémique d’Asie

Occurrence de Fagus crenata dans la région d'endémisme.

Figure 203.2: Occurrence de Fagus crenata dans la région d’endémisme.

203.1.2 Licences

On s’intéresse ici au problème particulier des licences :


   CC_BY_4_0 CC_BY_NC_4_0      CC0_1_0 
        1243           65            6 
[1] 95.05327245
Occurrence de Fagus crenata dans la région d'endémisme, selon la licence : CC BY-NC en bleu ; CC0 et CC BY en orange.

Figure 203.3: Occurrence de Fagus crenata dans la région d’endémisme, selon la licence : CC BY-NC en bleu ; CC0 et CC BY en orange.

Idéalement, on aimerait avoir au moins 50 % de données vraiment libres d’utilisation (c’est-à-dire sans la clause -NC). On continue en supprimant les données en CC BY-NC.

[1] 1249

203.1.3 Sous-échantillonnage

Si le jeu de données contient 25 000 occurrences ou plus, on procède au sous-échantillonnage aléatoire pour en conserver un maximum de 25 000.

Moins de 25 000 occurrences : pas de sous-échantillonnage

Simple feature collection with 1249 features and 50 fields
Attribute-geometry relationship: 50 constant, 0 aggregate, 0 identity
Geometry type: POINT
Dimension:     XY
Bounding box:  xmin: 130.301 ymin: 31.46 xmax: 143.89716 ymax: 43.78783
Geodetic CRS:  WGS 84
# A tibble: 1,249 × 51
       gbifID datasetKey        occurrenceID kingdom phylum class order family genus species
      <int64> <chr>             <chr>        <chr>   <chr>  <chr> <chr> <chr>  <chr> <chr>  
 1  736075536 86185376-f762-11… 7c19e894-f8… Plantae Trach… Magn… Faga… Fagac… Fagus Fagus …
 2  736075533 86185376-f762-11… 7c144452-f8… Plantae Trach… Magn… Faga… Fagac… Fagus Fagus …
 3  736075531 86185376-f762-11… 7bf951d8-f8… Plantae Trach… Magn… Faga… Fagac… Fagus Fagus …
 4  736075520 86185376-f762-11… 7b9fcbea-f8… Plantae Trach… Magn… Faga… Fagac… Fagus Fagus …
 5  736075517 86185376-f762-11… 7b8d2d50-f8… Plantae Trach… Magn… Faga… Fagac… Fagus Fagus …
 6 4109269920 2507f17c-4446-41… urn:catalog… Plantae Trach… Magn… Faga… Fagac… Fagus Fagus …
 7 4109269867 2507f17c-4446-41… urn:catalog… Plantae Trach… Magn… Faga… Fagac… Fagus Fagus …
 8 4109269367 2507f17c-4446-41… urn:catalog… Plantae Trach… Magn… Faga… Fagac… Fagus Fagus …
 9 4109269311 2507f17c-4446-41… urn:catalog… Plantae Trach… Magn… Faga… Fagac… Fagus Fagus …
10 4109269302 2507f17c-4446-41… urn:catalog… Plantae Trach… Magn… Faga… Fagac… Fagus Fagus …
# ℹ 1,239 more rows
# ℹ 41 more variables: infraspecificEpithet <lgl>, taxonRank <chr>, scientificName <chr>,
#   verbatimScientificName <chr>, verbatimScientificNameAuthorship <chr>,
#   countryCode <chr>, locality <chr>, stateProvince <chr>, occurrenceStatus <chr>,
#   individualCount <int>, publishingOrgKey <chr>, decimalLatitude <dbl>,
#   decimalLongitude <dbl>, coordinateUncertaintyInMeters <dbl>, coordinatePrecision <lgl>,
#   elevation <dbl>, elevationAccuracy <dbl>, depth <lgl>, depthAccuracy <lgl>, …

203.1.4 Carte finale

On prépare la carte finale des occurrences :

Occurrence de Fagus crenata dans la région d'endémisme après sous-échantillonnage éventuel.

Figure 203.4: Occurrence de Fagus crenata dans la région d’endémisme après sous-échantillonnage éventuel.

203.2 Modélisation de la niche climatique

203.2.1 Préparer les données

Organisation des données d’entrées (occurrences et données environnementales) et des données produites de pseudo-absences :

 class       : SpatVector 
 geometry    : points 
 dimensions  : 1249, 0  (geometries, attributes)
 extent      : 130.301, 143.8972, 31.46, 43.78783  (xmin, xmax, ymin, ymax)
 coord. ref. : lon/lat WGS 84 (EPSG:4326) 

-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-= facr Data Formating -=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=

      ! Response variable is considered as only presences... Is it really what you want?
      ! No data has been set aside for modeling evaluation
 !!! Some data are located in the same raster cell. 
          Please set `filter.raster = TRUE` if you want an automatic filtering.

Checking Pseudo-absence selection arguments...

   > random pseudo absences selection
   > Pseudo absences are selected in explanatory variables
 ! Some NAs have been automatically removed from your data
 !!! Some data are located in the same raster cell. 
          Please set `filter.raster = TRUE` if you want an automatic filtering.
-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-= Done -=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=

-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-= BIOMOD.formated.data -=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=

dir.name =  Output

sp.name =  facr

     1246 presences,  0 true absences and  3740 undefined points in dataset


     6 explanatory variables

 temp_max_august     temp_min       temp_wet_quart    temp_season     
 Min.   : 4.124   Min.   :-42.288   Min.   :-13.49   Min.   :  24.26  
 1st Qu.:22.600   1st Qu.:-21.576   1st Qu.: 15.81   1st Qu.: 762.46  
 Median :25.884   Median : -9.078   Median : 19.34   Median : 914.03  
 Mean   :25.293   Mean   : -9.917   Mean   : 18.76   Mean   : 952.52  
 3rd Qu.:29.300   3rd Qu.: -1.048   3rd Qu.: 22.88   3rd Qu.:1285.36  
 Max.   :40.612   Max.   : 24.700   Max.   : 34.46   Max.   :1908.31  
 prec_wet_quart    prec_season     
 Min.   :   9.0   Min.   :  9.357  
 1st Qu.: 205.0   1st Qu.: 46.531  
 Median : 415.0   Median : 74.258  
 Mean   : 477.3   Mean   : 74.266  
 3rd Qu.: 683.8   3rd Qu.:100.497  
 Max.   :5422.0   Max.   :166.306  

-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=

On visualise les pseudo-absences :

Les données d'occurrences (en haut à gauche) et les trois jeux de données aléatoires de pseudo-absences.

Figure 203.5: Les données d’occurrences (en haut à gauche) et les trois jeux de données aléatoires de pseudo-absences.

$data.vect
 class       : SpatVector 
 geometry    : points 
 dimensions  : 8731, 2  (geometries, attributes)
 extent      : 68.02083, 144.6042, 3.020833, 56.97917  (xmin, xmax, ymin, ymax)
 coord. ref. :  
 names       :  resp         dataset
 type        : <num>           <chr>
 values      :    10 Initial dataset
                  10 Initial dataset
                  10 Initial dataset

$data.label
                              9                              10 
                "**Presences**"       "Presences (calibration)" 
                             11                              12 
       "Presences (validation)"        "Presences (evaluation)" 
                             19                              20 
            "**True Absences**"   "True Absences (calibration)" 
                             21                              22 
   "True Absences (validation)"    "True Absences (evaluation)" 
                             29                              30 
          "**Pseudo-Absences**" "Pseudo-Absences (calibration)" 
                             31                               1 
 "Pseudo-Absences (validation)"                    "Background" 

$data.plot
Les données d'occurrences (en haut à gauche) et les trois jeux de données aléatoires de pseudo-absences.

Figure 203.6: Les données d’occurrences (en haut à gauche) et les trois jeux de données aléatoires de pseudo-absences.

203.2.2 Modèles individuels de niche


-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-= Build Single Models -=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=


Checking Models arguments...

Creating suitable Workdir...

            ! Weights where automatically defined for facr_PA1 to rise a 0.5 prevalence !
            ! Weights where automatically defined for facr_PA2 to rise a 0.5 prevalence !
            ! Weights where automatically defined for facr_PA3 to rise a 0.5 prevalence !


-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-= facr Modeling Summary -=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=

 6  environmental variables ( temp_max_august temp_min temp_wet_quart temp_season prec_wet_quart prec_season )
Number of evaluation repetitions : 1
Models selected : GAM MARS MAXNET GBM ANN RF 

Total number of model runs: 18 

-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=


-=-=-=- Run :  facr_PA1 


-=-=-=--=-=-=- facr_PA1_RUN1 


-=-=-=- Run :  facr_PA2 


-=-=-=--=-=-=- facr_PA2_RUN1 


-=-=-=- Run :  facr_PA3 


-=-=-=--=-=-=- facr_PA3_RUN1 

-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-= Done -=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=

203.2.2.1 Évaluation de la performance

             full.name  PA  run   algo metric.eval cutoff sensitivity
1    facr_PA1_RUN1_GAM PA1 RUN1    GAM         TSS    662      99.900
2    facr_PA1_RUN1_GAM PA1 RUN1    GAM         ROC    661      99.900
3   facr_PA1_RUN1_MARS PA1 RUN1   MARS         TSS    510      99.900
4   facr_PA1_RUN1_MARS PA1 RUN1   MARS         ROC    462     100.000
5 facr_PA1_RUN1_MAXNET PA1 RUN1 MAXNET         TSS    385      98.997
6 facr_PA1_RUN1_MAXNET PA1 RUN1 MAXNET         ROC    385      98.997
  specificity calibration validation evaluation
1      92.993       0.929      0.892         NA
2      92.993       0.964      0.944         NA
3      98.298       0.982      0.976         NA
4      98.198       0.997      0.998         NA
5      98.699       0.977      0.976         NA
6      98.699       0.996      0.998         NA
Évaluation de la performance des modèles individuels : True Skill Statistic & aire sous la courbe de ROC.

Figure 203.7: Évaluation de la performance des modèles individuels : True Skill Statistic & aire sous la courbe de ROC.

203.2.2.2 Importance des variables environnementales

          full.name  PA  run algo        expl.var rand  var.imp
1 facr_PA1_RUN1_GAM PA1 RUN1  GAM temp_max_august    1 0.111682
2 facr_PA1_RUN1_GAM PA1 RUN1  GAM        temp_min    1 0.316651
3 facr_PA1_RUN1_GAM PA1 RUN1  GAM  temp_wet_quart    1 0.244183
4 facr_PA1_RUN1_GAM PA1 RUN1  GAM     temp_season    1 0.051787
5 facr_PA1_RUN1_GAM PA1 RUN1  GAM  prec_wet_quart    1 0.428604
6 facr_PA1_RUN1_GAM PA1 RUN1  GAM     prec_season    1 0.361565
Pourcentage de variance expliquée pour chaque variable, décomposé par algorithme.

Figure 203.8: Pourcentage de variance expliquée pour chaque variable, décomposé par algorithme.

Pourcentage de variance expliquée pour chaque variable, décomposé par variable.

Figure 203.9: Pourcentage de variance expliquée pour chaque variable, décomposé par variable.

203.2.2.3 Courbes de réponses

Courbes de réponse de chaque variable climatique selon l'algorithme (en couleurs).

Figure 203.10: Courbes de réponse de chaque variable climatique selon l’algorithme (en couleurs).

203.2.3 Modèles d’ensemble de niche

Seulement modèles avec TSS > 0.8


-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-= BIOMOD.ensemble.models.out -=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=

sp.name : facr

expl.var.names : temp_max_august temp_min temp_wet_quart temp_season 
prec_wet_quart prec_season


models computed: 
facr_EMcvByTSS_mergedData_mergedRun_mergedAlgo, facr_EMwmeanByTSS_mergedData_mergedRun_mergedAlgo

models failed: none

-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=

203.2.3.1 Évaluation de la qualité

                                          full.name merged.by.PA merged.by.run
1 facr_EMwmeanByTSS_mergedData_mergedRun_mergedAlgo   mergedData     mergedRun
2 facr_EMwmeanByTSS_mergedData_mergedRun_mergedAlgo   mergedData     mergedRun
  merged.by.algo filtered.by    algo metric.eval cutoff sensitivity specificity
1     mergedAlgo         TSS EMwmean         TSS  639.5      99.759      99.144
2     mergedAlgo         TSS EMwmean         ROC  639.5      99.759      99.144
  calibration validation evaluation
1       0.989         NA         NA
2       0.999         NA         NA
Évaluation de la qualité du modèle d'ensemble : Aire sous la courbe de ROC & True Skill Statistic.

Figure 203.11: Évaluation de la qualité du modèle d’ensemble : Aire sous la courbe de ROC & True Skill Statistic.

                                       full.name merged.by.PA merged.by.run
1 facr_EMcvByTSS_mergedData_mergedRun_mergedAlgo   mergedData     mergedRun
2 facr_EMcvByTSS_mergedData_mergedRun_mergedAlgo   mergedData     mergedRun
3 facr_EMcvByTSS_mergedData_mergedRun_mergedAlgo   mergedData     mergedRun
4 facr_EMcvByTSS_mergedData_mergedRun_mergedAlgo   mergedData     mergedRun
5 facr_EMcvByTSS_mergedData_mergedRun_mergedAlgo   mergedData     mergedRun
6 facr_EMcvByTSS_mergedData_mergedRun_mergedAlgo   mergedData     mergedRun
  merged.by.algo filtered.by algo        expl.var rand  var.imp
1     mergedAlgo         TSS EMcv temp_max_august    1 0.076218
2     mergedAlgo         TSS EMcv        temp_min    1 0.381332
3     mergedAlgo         TSS EMcv  temp_wet_quart    1 0.083810
4     mergedAlgo         TSS EMcv     temp_season    1 0.156261
5     mergedAlgo         TSS EMcv  prec_wet_quart    1 0.273788
6     mergedAlgo         TSS EMcv     prec_season    1 0.271655

Par variable :

Pourcentage de variance expliquée par variable dans le modèle d'ensemble.

Figure 203.12: Pourcentage de variance expliquée par variable dans le modèle d’ensemble.

Courbes de réponse de chaque variable climatique dans le modèle d'ensemble.

Figure 203.13: Courbes de réponse de chaque variable climatique dans le modèle d’ensemble.

203.3 Projections

203.3.1 Distribution potentielle contemporaine

Contemporaine : Cartographie des observations sur couches climatiques Extraction des conditions climatiques favorables


-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-= BIOMOD.projection.out -=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=

Projection directory : Output/facr/current


sp.name : facr

expl.var.names : temp_max_august temp_min temp_wet_quart temp_season 
prec_wet_quart prec_season


modeling.id : AllModels ( Output/facr/facr.AllModels.models.out )

models.projected : 
facr_PA1_RUN1_GAM, facr_PA1_RUN1_MARS, facr_PA1_RUN1_MAXNET, facr_PA1_RUN1_GBM, facr_PA1_RUN1_ANN, facr_PA1_RUN1_RF, facr_PA2_RUN1_GAM, facr_PA2_RUN1_MARS, facr_PA2_RUN1_MAXNET, facr_PA2_RUN1_GBM, facr_PA2_RUN1_ANN, facr_PA2_RUN1_RF, facr_PA3_RUN1_GAM, facr_PA3_RUN1_MARS, facr_PA3_RUN1_MAXNET, facr_PA3_RUN1_GBM, facr_PA3_RUN1_ANN, facr_PA3_RUN1_RF

available binary projection : TSS, ROC

available filtered projection : TSS, ROC

-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=
Projection de la distribution potentielle contemporaine sur l'Europe, selon les 6 algorithmes et les 3 runs.

Figure 203.14: Projection de la distribution potentielle contemporaine sur l’Europe, selon les 6 algorithmes et les 3 runs.

Projection de la distribution potentielle contemporaine sur l'Europe, selon les 6 algorithmes et les 3 runs.

Figure 203.15: Projection de la distribution potentielle contemporaine sur l’Europe, selon les 6 algorithmes et les 3 runs.


-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-= BIOMOD.projection.out -=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=

Projection directory : Output/facr/current


sp.name : facr

expl.var.names : temp_max_august temp_min temp_wet_quart temp_season 
prec_wet_quart prec_season


modeling.id : AllModels ( Output/facr/facr.AllModels.ensemble.models.out )

models.projected : 
facr_EMcvByTSS_mergedData_mergedRun_mergedAlgo, facr_EMwmeanByTSS_mergedData_mergedRun_mergedAlgo

-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=
A) Projection de la distribution potentielle contemporaine (modèle d'ensemble) ; B) Incertitude associée à la projection.

Figure 203.16: A) Projection de la distribution potentielle contemporaine (modèle d’ensemble) ; B) Incertitude associée à la projection.

203.3.2 Interpolation à l’échelle de la métropole

  • → conditions climatiques favorables à fine échelle

On projette la niche climatique sur ce raster à fine échelle.


-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-= BIOMOD.projection.out -=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=

Projection directory : Output/facr/cont_gre


sp.name : facr

expl.var.names : temp_max_august temp_min temp_wet_quart temp_season 
prec_wet_quart prec_season


modeling.id : AllModels ( Output/facr/facr.AllModels.models.out )

models.projected : 
facr_PA1_RUN1_GAM, facr_PA1_RUN1_MARS, facr_PA1_RUN1_MAXNET, facr_PA1_RUN1_GBM, facr_PA1_RUN1_ANN, facr_PA1_RUN1_RF, facr_PA2_RUN1_GAM, facr_PA2_RUN1_MARS, facr_PA2_RUN1_MAXNET, facr_PA2_RUN1_GBM, facr_PA2_RUN1_ANN, facr_PA2_RUN1_RF, facr_PA3_RUN1_GAM, facr_PA3_RUN1_MARS, facr_PA3_RUN1_MAXNET, facr_PA3_RUN1_GBM, facr_PA3_RUN1_ANN, facr_PA3_RUN1_RF

available binary projection : TSS, ROC

available filtered projection : TSS, ROC

-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=
Projection de la distribution potentielle contemporaine sur la métropole de Grenoble, selon les 6 algorithmes et les 3 runs.

Figure 203.17: Projection de la distribution potentielle contemporaine sur la métropole de Grenoble, selon les 6 algorithmes et les 3 runs.

Projection de la distribution potentielle contemporaine sur la métropole de Grenoble, selon les 6 algorithmes et les 3 runs.

Figure 203.18: Projection de la distribution potentielle contemporaine sur la métropole de Grenoble, selon les 6 algorithmes et les 3 runs.


-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-= BIOMOD.projection.out -=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=

Projection directory : Output/facr/cont_gre


sp.name : facr

expl.var.names : temp_max_august temp_min temp_wet_quart temp_season 
prec_wet_quart prec_season


modeling.id : AllModels ( Output/facr/facr.AllModels.ensemble.models.out )

models.projected : 
facr_EMcvByTSS_mergedData_mergedRun_mergedAlgo, facr_EMwmeanByTSS_mergedData_mergedRun_mergedAlgo

-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=
A) Projection de la distribution potentielle contemporaine (modèle d'ensemble) sur la métropole de Grenoble ; B) Incertitude associée à la projection.

Figure 203.19: A) Projection de la distribution potentielle contemporaine (modèle d’ensemble) sur la métropole de Grenoble ; B) Incertitude associée à la projection.

203.3.3 Distributions potentielles futures

Futur : Projection à l’échelle de l’Europe jusqu’à l’horizon 2100

Toutes les fenêtres temporelles × scénarios pour le GCM « IPSL-CM6A-LR »

  1. SSP1-2.6
Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP1-2.6 (modèle d'ensemble).Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP1-2.6 (modèle d'ensemble).Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP1-2.6 (modèle d'ensemble).Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP1-2.6 (modèle d'ensemble).Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP1-2.6 (modèle d'ensemble).

Figure 203.20: Projection des distributions potentielles futures jusqu’à l’horizon 2100 sous le scénario SSP1-2.6 (modèle d’ensemble).

On obtient pour la métrique TSS une carte unique de moyenne pondérée sur les algorithmes et sur les jeux de pseudo-absences.

  1. SSP2-4.5
Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP2-4.5 (modèle d'ensemble).Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP2-4.5 (modèle d'ensemble).Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP2-4.5 (modèle d'ensemble).Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP2-4.5 (modèle d'ensemble).Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP2-4.5 (modèle d'ensemble).

Figure 203.21: Projection des distributions potentielles futures jusqu’à l’horizon 2100 sous le scénario SSP2-4.5 (modèle d’ensemble).

  1. SSP3-7.0
Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP3-7.0 (modèle d'ensemble).Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP3-7.0 (modèle d'ensemble).Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP3-7.0 (modèle d'ensemble).Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP3-7.0 (modèle d'ensemble).Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP3-7.0 (modèle d'ensemble).

Figure 203.22: Projection des distributions potentielles futures jusqu’à l’horizon 2100 sous le scénario SSP3-7.0 (modèle d’ensemble).

  1. SSP5-8.5
Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble).Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble).Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble).Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble).Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble).

Figure 203.23: Projection des distributions potentielles futures jusqu’à l’horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d’ensemble).

203.4 Inférence à l’échelle de la métropole

  • Croisement avec températures de surface 2019 (fournie par la métropole)
  • → conditions climatiques favorables à fine échelle
  • à peu près 7 pixels × 9 (WorldClim)

203.4.1 Distributions potentielles futures

Même chose que précédemment mais sur les rasters de Grenoble

  1. SSP1-2.6
Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).

Figure 203.24: Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu’à l’horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d’ensemble, GCM IPSL).

  1. SSP2-4.5
Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).

Figure 203.25: Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu’à l’horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d’ensemble, GCM IPSL).

  1. SSP3-7.0
Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).

Figure 203.26: Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu’à l’horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d’ensemble, GCM IPSL).

  1. SSP5-8.5
Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).

Figure 203.27: Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu’à l’horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d’ensemble, GCM IPSL).

203.4.2 Évolution temporelle

# A tibble: 17 × 8
   min         q1          median      mean        q3          max   ssp    year
   <table[1d]> <table[1d]> <table[1d]> <table[1d]> <table[1d]> <tab> <fct> <dbl>
 1 115         413         465         468.6795    493         763   0      2000
 2 117         398         421         447.3356    458         753   126    2040
 3  59         358         381         403.1036    412         738   126    2060
 4  97         366         388         425.1367    444         758   126    2080
 5  54         342         369         400.9762    413         753   126    2100
 6 113         386         409         437.2334    455         750   245    2040
 7 126         374         393         426.9652    432         744   245    2060
 8  74         330         355         370.7868    382         706   245    2080
 9  74         302         322         329.6419    347         661   245    2100
10 130         412         434         461.0290    469         757   370    2040
11  65         341         367         386.3255    393         727   370    2060
12  67         294         315         311.6047    335         585   370    2080
13  50         179         243         233.4348    276         477   370    2100
14  93         384         407         441.6035    459         753   585    2040
15  68         319         347         359.6009    376         725   585    2060
16  61         244         291         280.8216    318         583   585    2080
17  39         155         208         189.1533    231         376   585    2100
Évolution de la favorabilité climatique au cours du XXIème siècle. Le point représente la médiane sur l'étendue de la métropole (i.e. tous les pixels de la carte) ; le trait gras représente 50 % des données intermédiaires (espace inter-quartile) ; le trait fin représente le reste des données du minimum au maximum.

Figure 203.28: Évolution de la favorabilité climatique au cours du XXIème siècle. Le point représente la médiane sur l’étendue de la métropole (i.e. tous les pixels de la carte) ; le trait gras représente 50 % des données intermédiaires (espace inter-quartile) ; le trait fin représente le reste des données du minimum au maximum.