190 Arbutus andrachne

190.1 Données d’occurrences GBIF

Collecte des données du GBIF :

<<gbif download metadata>>
  Status: SUCCEEDED
  DOI: 10.15468/dl.3s3rzg
  Format: SIMPLE_CSV
  Download key: 0260726-230224095556074
  Created: 2023-05-25T09:03:26.732+00:00
  Modified: 2023-05-25T09:04:26.964+00:00
  Download link: https://api.gbif.org/v1/occurrence/download/request/0260726-230224095556074.zip
  Total records: 559

Conversion en objets géographiques (format Simple feature de sf) et exploration rapide des données (classe du jeu de données et premières lignes du tableau) :

Simple feature collection with 559 features and 50 fields
Attribute-geometry relationship: 50 constant, 0 aggregate, 0 identity
Geometry type: POINT
Dimension:     XY
Bounding box:  xmin: -122.238611 ymin: 31.617962 xmax: 41.786111 ymax: 44.95267
Geodetic CRS:  WGS 84
# A tibble: 559 × 51
      gbifID datasetKey         occurrenceID kingdom phylum class order family genus species
 *   <int64> <chr>              <chr>        <chr>   <chr>  <chr> <chr> <chr>  <chr> <chr>  
 1 920667685 6ac3f774-d9fb-479… ""           Plantae Trach… Magn… Eric… Erica… Arbu… Arbutu…
 2 920665495 6ac3f774-d9fb-479… ""           Plantae Trach… Magn… Eric… Erica… Arbu… Arbutu…
 3 920665103 6ac3f774-d9fb-479… ""           Plantae Trach… Magn… Eric… Erica… Arbu… Arbutu…
 4 920657101 6ac3f774-d9fb-479… ""           Plantae Trach… Magn… Eric… Erica… Arbu… Arbutu…
 5 920652098 6ac3f774-d9fb-479… ""           Plantae Trach… Magn… Eric… Erica… Arbu… Arbutu…
 6 920645055 6ac3f774-d9fb-479… ""           Plantae Trach… Magn… Eric… Erica… Arbu… Arbutu…
 7 920643538 6ac3f774-d9fb-479… ""           Plantae Trach… Magn… Eric… Erica… Arbu… Arbutu…
 8 920642241 6ac3f774-d9fb-479… ""           Plantae Trach… Magn… Eric… Erica… Arbu… Arbutu…
 9 920640656 6ac3f774-d9fb-479… ""           Plantae Trach… Magn… Eric… Erica… Arbu… Arbutu…
10 920635779 6ac3f774-d9fb-479… ""           Plantae Trach… Magn… Eric… Erica… Arbu… Arbutu…
# ℹ 549 more rows
# ℹ 41 more variables: infraspecificEpithet <lgl>, taxonRank <chr>, scientificName <chr>,
#   verbatimScientificName <chr>, verbatimScientificNameAuthorship <chr>,
#   countryCode <chr>, locality <chr>, stateProvince <chr>, occurrenceStatus <chr>,
#   individualCount <int>, publishingOrgKey <chr>, decimalLatitude <dbl>,
#   decimalLongitude <dbl>, coordinateUncertaintyInMeters <dbl>, coordinatePrecision <dbl>,
#   elevation <dbl>, elevationAccuracy <dbl>, depth <lgl>, depthAccuracy <lgl>, …

Il y a 559 occurrences dans le jeu de données. On les affiche sur la carte du monde :

Figure 190.1: Occurrences de Arbutus andrachne dans le monde.

190.1.1 Données par région

On évalue la proportion d’occurrences dans chaque région, en utilisant les 3 masques créés précédemment. Si on a au moins 50 % des occurrences dans une région, on peut continuer en travaillant uniquement sur ces données. Sinon, on vérifie qu’au moins 67 % des données tombent dans l’ensemble des régions, et on prend la région la plus représentée. Au final, s’il s’agit d’une espèce endémique d’Europe, on n’a pas besoin de manipulation supplémentaire.

[1] 0.9946332737

[1] 0.005366726297

[1] 0

Espèce endémique d’Europe

Figure 190.2: Occurrence de Arbutus andrachne dans la région d’endémisme.

190.1.2 Licences

On s’intéresse ici au problème particulier des licences :

   CC_BY_4_0 CC_BY_NC_4_0      CC0_1_0 
         345          202            9 

[1] 63.66906475

Figure 190.3: Occurrence de Arbutus andrachne dans la région d’endémisme, selon la licence : CC BY-NC en bleu ; CC0 et CC BY en orange.

Idéalement, on aimerait avoir au moins 50 % de données vraiment libres d’utilisation (c’est-à-dire sans la clause -NC). On continue en supprimant les données en CC BY-NC.

[1] 354

Moins de 500 occurrences utilisables