211 Olea europaea

211.1 Données d’occurrences GBIF

Collecte des données du GBIF :

<<gbif download metadata>>
  Status: SUCCEEDED
  DOI: 10.15468/dl.duw9cy
  Format: SIMPLE_CSV
  Download key: 0260886-230224095556074
  Created: 2023-05-25T11:54:49.870+00:00
  Modified: 2023-05-25T12:00:36.198+00:00
  Download link: https://api.gbif.org/v1/occurrence/download/request/0260886-230224095556074.zip
  Total records: 196979

Conversion en objets géographiques (format Simple feature de sf) et exploration rapide des données (classe du jeu de données et premières lignes du tableau) :

Simple feature collection with 196979 features and 50 fields
Attribute-geometry relationship: 50 constant, 0 aggregate, 0 identity
Geometry type: POINT
Dimension:     XY
Bounding box:  xmin: -177.433 ymin: -43.661443 xmax: 175.446464 ymax: 63.434
Geodetic CRS:  WGS 84
# A tibble: 196,979 × 51
       gbifID datasetKey        occurrenceID kingdom phylum class order family genus species
 *    <int64> <chr>             <chr>        <chr>   <chr>  <chr> <chr> <chr>  <chr> <chr>  
 1 2830095599 9360958c-3534-4d… 041cd056-d2… Plantae Trach… Magn… Lami… Oleac… Olea  Olea e…
 2 2827442949 9360958c-3534-4d… 0faaad58-6c… Plantae Trach… Magn… Lami… Oleac… Olea  Olea e…
 3 2828606292 9360958c-3534-4d… 3f967c46-02… Plantae Trach… Magn… Lami… Oleac… Olea  Olea e…
 4 2827936921 9360958c-3534-4d… 465f4f28-e4… Plantae Trach… Magn… Lami… Oleac… Olea  Olea e…
 5 2830176411 9360958c-3534-4d… 774ec5db-ec… Plantae Trach… Magn… Lami… Oleac… Olea  Olea e…
 6 2827898135 9360958c-3534-4d… 1d24932e-3e… Plantae Trach… Magn… Lami… Oleac… Olea  Olea e…
 7 2828349902 9360958c-3534-4d… c4b70ae3-e6… Plantae Trach… Magn… Lami… Oleac… Olea  Olea e…
 8 2827769634 9360958c-3534-4d… 4cf08cc4-e5… Plantae Trach… Magn… Lami… Oleac… Olea  Olea e…
 9 2827775485 9360958c-3534-4d… 4e0ea78d-f8… Plantae Trach… Magn… Lami… Oleac… Olea  Olea e…
10 2827812793 9360958c-3534-4d… b4405be9-ab… Plantae Trach… Magn… Lami… Oleac… Olea  Olea e…
# ℹ 196,969 more rows
# ℹ 41 more variables: infraspecificEpithet <chr>, taxonRank <chr>, scientificName <chr>,
#   verbatimScientificName <chr>, verbatimScientificNameAuthorship <chr>,
#   countryCode <chr>, locality <chr>, stateProvince <chr>, occurrenceStatus <chr>,
#   individualCount <int>, publishingOrgKey <chr>, decimalLatitude <dbl>,
#   decimalLongitude <dbl>, coordinateUncertaintyInMeters <dbl>, coordinatePrecision <dbl>,
#   elevation <dbl>, elevationAccuracy <dbl>, depth <dbl>, depthAccuracy <dbl>, …

Il y a 196 979 occurrences dans le jeu de données. On les affiche sur la carte du monde :

Occurrences de Olea europaea dans le monde.

Figure 211.1: Occurrences de Olea europaea dans le monde.

211.1.1 Données par région

On évalue la proportion d’occurrences dans chaque région, en utilisant les 3 masques créés précédemment. Si on a au moins 50 % des occurrences dans une région, on peut continuer en travaillant uniquement sur ces données. Sinon, on vérifie qu’au moins 67 % des données tombent dans l’ensemble des régions, et on prend la région la plus représentée. Au final, s’il s’agit d’une espèce endémique d’Europe, on n’a pas besoin de manipulation supplémentaire.

[1] 0.9173871326
[1] 0.003553678311
[1] 0.0001573771823

Espèce endémique d’Europe

Occurrence de Olea europaea dans la région d'endémisme.

Figure 211.2: Occurrence de Olea europaea dans la région d’endémisme.

211.1.2 Licences

On s’intéresse ici au problème particulier des licences :


   CC_BY_4_0 CC_BY_NC_4_0      CC0_1_0 
      170223        10337          146 
[1] 94.27965867
Occurrence de Olea europaea dans la région d'endémisme, selon la licence : CC BY-NC en bleu ; CC0 et CC BY en orange.

Figure 211.3: Occurrence de Olea europaea dans la région d’endémisme, selon la licence : CC BY-NC en bleu ; CC0 et CC BY en orange.

Idéalement, on aimerait avoir au moins 50 % de données vraiment libres d’utilisation (c’est-à-dire sans la clause -NC). On continue en supprimant les données en CC BY-NC.

[1] 170369

211.1.3 Sous-échantillonnage

Si le jeu de données contient 25 000 occurrences ou plus, on procède au sous-échantillonnage aléatoire pour en conserver un maximum de 25 000.

Simple feature collection with 25000 features and 50 fields
Attribute-geometry relationship: 50 constant, 0 aggregate, 0 identity
Geometry type: POINT
Dimension:     XY
Bounding box:  xmin: -9.731593 ymin: 29.253747 xmax: 45.525615 ymax: 63.434
Geodetic CRS:  WGS 84
# A tibble: 25,000 × 51
       gbifID datasetKey        occurrenceID kingdom phylum class order family genus species
      <int64> <chr>             <chr>        <chr>   <chr>  <chr> <chr> <chr>  <chr> <chr>  
 1 3402079687 eb97768a-339d-4c… 28705780-1c… Plantae Trach… Magn… Lami… Oleac… Olea  Olea e…
 2 2645282541 14d5676a-2c54-4f… q-100845985… Plantae Trach… Magn… Lami… Oleac… Olea  Olea e…
 3 3401900246 7dccad9d-1339-4a… 45b0061c-20… Plantae Trach… Magn… Lami… Oleac… Olea  Olea e…
 4 3403303912 0fe87daf-ed3c-45… f534c7bb-a5… Plantae Trach… Magn… Lami… Oleac… Olea  Olea e…
 5 3954762915 14d5676a-2c54-4f… q-101777798… Plantae Trach… Magn… Lami… Oleac… Olea  Olea e…
 6 3401772826 eb97768a-339d-4c… a9351871-05… Plantae Trach… Magn… Lami… Oleac… Olea  Olea e…
 7 3402706342 0fe87daf-ed3c-45… 2bd5dd0c-38… Plantae Trach… Magn… Lami… Oleac… Olea  Olea e…
 8 3401301693 cfac873c-696e-4a… 0c3c179d-07… Plantae Trach… Magn… Lami… Oleac… Olea  Olea e…
 9 3402165763 7dccad9d-1339-4a… beb894e2-55… Plantae Trach… Magn… Lami… Oleac… Olea  Olea e…
10 3402107436 7dccad9d-1339-4a… a1e91996-b8… Plantae Trach… Magn… Lami… Oleac… Olea  Olea e…
# ℹ 24,990 more rows
# ℹ 41 more variables: infraspecificEpithet <chr>, taxonRank <chr>, scientificName <chr>,
#   verbatimScientificName <chr>, verbatimScientificNameAuthorship <chr>,
#   countryCode <chr>, locality <chr>, stateProvince <chr>, occurrenceStatus <chr>,
#   individualCount <int>, publishingOrgKey <chr>, decimalLatitude <dbl>,
#   decimalLongitude <dbl>, coordinateUncertaintyInMeters <dbl>, coordinatePrecision <dbl>,
#   elevation <dbl>, elevationAccuracy <dbl>, depth <dbl>, depthAccuracy <dbl>, …

211.1.4 Carte finale

On prépare la carte finale des occurrences :

Occurrence de Olea europaea dans la région d'endémisme après sous-échantillonnage éventuel.

Figure 211.4: Occurrence de Olea europaea dans la région d’endémisme après sous-échantillonnage éventuel.

211.2 Modélisation de la niche climatique

211.2.1 Préparer les données

Organisation des données d’entrées (occurrences et données environnementales) et des données produites de pseudo-absences :

 class       : SpatVector 
 geometry    : points 
 dimensions  : 25000, 0  (geometries, attributes)
 extent      : -9.731593, 45.52562, 29.25375, 63.434  (xmin, xmax, ymin, ymax)
 coord. ref. : lon/lat WGS 84 (EPSG:4326) 

-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-= oleu Data Formating -=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=

      ! Response variable is considered as only presences... Is it really what you want?
      ! No data has been set aside for modeling evaluation
 !!! Some data are located in the same raster cell. 
          Please set `filter.raster = TRUE` if you want an automatic filtering.

Checking Pseudo-absence selection arguments...

   > random pseudo absences selection
   > Pseudo absences are selected in explanatory variables
 ! Some NAs have been automatically removed from your data
 !!! Some data are located in the same raster cell. 
          Please set `filter.raster = TRUE` if you want an automatic filtering.
-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-= Done -=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=

-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-= BIOMOD.formated.data -=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=

dir.name =  Output

sp.name =  oleu

     24941 presences,  0 true absences and  72868 undefined points in dataset


     6 explanatory variables

 temp_max_august     temp_min        temp_wet_quart     temp_season    
 Min.   : 2.292   Min.   :-22.0760   Min.   :-13.553   Min.   : 198.1  
 1st Qu.:20.992   1st Qu.: -8.7000   1st Qu.:  9.291   1st Qu.: 549.4  
 Median :26.624   Median : -0.5615   Median : 11.791   Median : 715.7  
 Mean   :26.338   Mean   : -2.6801   Mean   : 12.023   Mean   : 730.1  
 3rd Qu.:30.916   3rd Qu.:  4.2440   3rd Qu.: 15.534   3rd Qu.: 895.0  
 Max.   :45.704   Max.   : 12.4000   Max.   : 25.408   Max.   :1392.7  
 prec_wet_quart    prec_season     
 Min.   :   3.0   Min.   :  4.688  
 1st Qu.: 180.0   1st Qu.: 29.282  
 Median : 226.0   Median : 37.514  
 Mean   : 239.2   Mean   : 43.532  
 3rd Qu.: 288.0   3rd Qu.: 57.378  
 Max.   :1264.0   Max.   :123.597  

-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=

On visualise les pseudo-absences :

Les données d'occurrences (en haut à gauche) et les trois jeux de données aléatoires de pseudo-absences.

Figure 211.5: Les données d’occurrences (en haut à gauche) et les trois jeux de données aléatoires de pseudo-absences.

$data.vect
 class       : SpatVector 
 geometry    : points 
 dimensions  : 174764, 2  (geometries, attributes)
 extent      : -10.60417, 46.97917, 29.02083, 70.97917  (xmin, xmax, ymin, ymax)
 coord. ref. :  
 names       :  resp         dataset
 type        : <num>           <chr>
 values      :    10 Initial dataset
                  10 Initial dataset
                  10 Initial dataset

$data.label
                              9                              10 
                "**Presences**"       "Presences (calibration)" 
                             11                              12 
       "Presences (validation)"        "Presences (evaluation)" 
                             19                              20 
            "**True Absences**"   "True Absences (calibration)" 
                             21                              22 
   "True Absences (validation)"    "True Absences (evaluation)" 
                             29                              30 
          "**Pseudo-Absences**" "Pseudo-Absences (calibration)" 
                             31                               1 
 "Pseudo-Absences (validation)"                    "Background" 

$data.plot
Les données d'occurrences (en haut à gauche) et les trois jeux de données aléatoires de pseudo-absences.

Figure 211.6: Les données d’occurrences (en haut à gauche) et les trois jeux de données aléatoires de pseudo-absences.

211.2.2 Modèles individuels de niche


-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-= Build Single Models -=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=


Checking Models arguments...

Creating suitable Workdir...

            ! Weights where automatically defined for oleu_PA1 to rise a 0.5 prevalence !
            ! Weights where automatically defined for oleu_PA2 to rise a 0.5 prevalence !
            ! Weights where automatically defined for oleu_PA3 to rise a 0.5 prevalence !


-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-= oleu Modeling Summary -=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=

 6  environmental variables ( temp_max_august temp_min temp_wet_quart temp_season prec_wet_quart prec_season )
Number of evaluation repetitions : 1
Models selected : GAM MARS MAXNET GBM ANN RF 

Total number of model runs: 18 

-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=


-=-=-=- Run :  oleu_PA1 


-=-=-=--=-=-=- oleu_PA1_RUN1 


-=-=-=- Run :  oleu_PA2 


-=-=-=--=-=-=- oleu_PA2_RUN1 


-=-=-=- Run :  oleu_PA3 


-=-=-=--=-=-=- oleu_PA3_RUN1 

-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-= Done -=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=

211.2.2.1 Évaluation de la performance

             full.name  PA  run   algo metric.eval cutoff sensitivity
1    oleu_PA1_RUN1_GAM PA1 RUN1    GAM         TSS  939.0      97.374
2    oleu_PA1_RUN1_GAM PA1 RUN1    GAM         ROC  944.5      97.344
3   oleu_PA1_RUN1_MARS PA1 RUN1   MARS         TSS  654.0      95.179
4   oleu_PA1_RUN1_MARS PA1 RUN1   MARS         ROC  649.5      95.209
5 oleu_PA1_RUN1_MAXNET PA1 RUN1 MAXNET         TSS  383.0      94.577
6 oleu_PA1_RUN1_MAXNET PA1 RUN1 MAXNET         ROC  384.5      94.517
  specificity calibration validation evaluation
1      70.425       0.678      0.672         NA
2      70.475       0.852      0.847         NA
3      95.145       0.903      0.904         NA
4      95.125       0.991      0.990         NA
5      95.820       0.904      0.905         NA
6      95.895       0.990      0.989         NA
Évaluation de la performance des modèles individuels : True Skill Statistic & aire sous la courbe de ROC.

Figure 211.7: Évaluation de la performance des modèles individuels : True Skill Statistic & aire sous la courbe de ROC.

211.2.2.2 Importance des variables environnementales

          full.name  PA  run algo        expl.var rand  var.imp
1 oleu_PA1_RUN1_GAM PA1 RUN1  GAM temp_max_august    1 0.283013
2 oleu_PA1_RUN1_GAM PA1 RUN1  GAM        temp_min    1 0.335112
3 oleu_PA1_RUN1_GAM PA1 RUN1  GAM  temp_wet_quart    1 0.002943
4 oleu_PA1_RUN1_GAM PA1 RUN1  GAM     temp_season    1 0.143968
5 oleu_PA1_RUN1_GAM PA1 RUN1  GAM  prec_wet_quart    1 0.001033
6 oleu_PA1_RUN1_GAM PA1 RUN1  GAM     prec_season    1 0.112775
Pourcentage de variance expliquée pour chaque variable, décomposé par algorithme.

Figure 211.8: Pourcentage de variance expliquée pour chaque variable, décomposé par algorithme.

Pourcentage de variance expliquée pour chaque variable, décomposé par variable.

Figure 211.9: Pourcentage de variance expliquée pour chaque variable, décomposé par variable.

211.2.2.3 Courbes de réponses

Courbes de réponse de chaque variable climatique selon l'algorithme (en couleurs).

Figure 211.10: Courbes de réponse de chaque variable climatique selon l’algorithme (en couleurs).

211.2.3 Modèles d’ensemble de niche

Seulement modèles avec TSS > 0.8


-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-= BIOMOD.ensemble.models.out -=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=

sp.name : oleu

expl.var.names : temp_max_august temp_min temp_wet_quart temp_season 
prec_wet_quart prec_season


models computed: 
oleu_EMcvByTSS_mergedData_mergedRun_mergedAlgo, oleu_EMwmeanByTSS_mergedData_mergedRun_mergedAlgo

models failed: none

-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=

211.2.3.1 Évaluation de la qualité

                                          full.name merged.by.PA merged.by.run
1 oleu_EMwmeanByTSS_mergedData_mergedRun_mergedAlgo   mergedData     mergedRun
2 oleu_EMwmeanByTSS_mergedData_mergedRun_mergedAlgo   mergedData     mergedRun
  merged.by.algo filtered.by    algo metric.eval cutoff sensitivity specificity
1     mergedAlgo         TSS EMwmean         TSS  527.0      95.922      97.008
2     mergedAlgo         TSS EMwmean         ROC  526.5      95.922      97.008
  calibration validation evaluation
1       0.929         NA         NA
2       0.996         NA         NA
Évaluation de la qualité du modèle d'ensemble : Aire sous la courbe de ROC & True Skill Statistic.

Figure 211.11: Évaluation de la qualité du modèle d’ensemble : Aire sous la courbe de ROC & True Skill Statistic.

                                       full.name merged.by.PA merged.by.run
1 oleu_EMcvByTSS_mergedData_mergedRun_mergedAlgo   mergedData     mergedRun
2 oleu_EMcvByTSS_mergedData_mergedRun_mergedAlgo   mergedData     mergedRun
3 oleu_EMcvByTSS_mergedData_mergedRun_mergedAlgo   mergedData     mergedRun
4 oleu_EMcvByTSS_mergedData_mergedRun_mergedAlgo   mergedData     mergedRun
5 oleu_EMcvByTSS_mergedData_mergedRun_mergedAlgo   mergedData     mergedRun
6 oleu_EMcvByTSS_mergedData_mergedRun_mergedAlgo   mergedData     mergedRun
  merged.by.algo filtered.by algo        expl.var rand  var.imp
1     mergedAlgo         TSS EMcv temp_max_august    1 0.182244
2     mergedAlgo         TSS EMcv        temp_min    1 0.339826
3     mergedAlgo         TSS EMcv  temp_wet_quart    1 0.026205
4     mergedAlgo         TSS EMcv     temp_season    1 0.166126
5     mergedAlgo         TSS EMcv  prec_wet_quart    1 0.157463
6     mergedAlgo         TSS EMcv     prec_season    1 0.043964

Par variable :

Pourcentage de variance expliquée par variable dans le modèle d'ensemble.

Figure 211.12: Pourcentage de variance expliquée par variable dans le modèle d’ensemble.

Courbes de réponse de chaque variable climatique dans le modèle d'ensemble.

Figure 211.13: Courbes de réponse de chaque variable climatique dans le modèle d’ensemble.

211.3 Projections

211.3.1 Distribution potentielle contemporaine

Contemporaine : Cartographie des observations sur couches climatiques Extraction des conditions climatiques favorables


-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-= BIOMOD.projection.out -=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=

Projection directory : Output/oleu/current


sp.name : oleu

expl.var.names : temp_max_august temp_min temp_wet_quart temp_season 
prec_wet_quart prec_season


modeling.id : AllModels ( Output/oleu/oleu.AllModels.models.out )

models.projected : 
oleu_PA1_RUN1_GAM, oleu_PA1_RUN1_MARS, oleu_PA1_RUN1_MAXNET, oleu_PA1_RUN1_GBM, oleu_PA1_RUN1_RF, oleu_PA2_RUN1_GAM, oleu_PA2_RUN1_MARS, oleu_PA2_RUN1_MAXNET, oleu_PA2_RUN1_GBM, oleu_PA2_RUN1_RF, oleu_PA3_RUN1_GAM, oleu_PA3_RUN1_MARS, oleu_PA3_RUN1_MAXNET, oleu_PA3_RUN1_GBM, oleu_PA3_RUN1_RF

available binary projection : TSS, ROC

available filtered projection : TSS, ROC

-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=
Projection de la distribution potentielle contemporaine sur l'Europe, selon les 6 algorithmes et les 3 runs.

Figure 211.14: Projection de la distribution potentielle contemporaine sur l’Europe, selon les 6 algorithmes et les 3 runs.

Projection de la distribution potentielle contemporaine sur l'Europe, selon les 6 algorithmes et les 3 runs.

Figure 211.15: Projection de la distribution potentielle contemporaine sur l’Europe, selon les 6 algorithmes et les 3 runs.


-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-= BIOMOD.projection.out -=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=

Projection directory : Output/oleu/current


sp.name : oleu

expl.var.names : temp_max_august temp_min temp_wet_quart temp_season 
prec_wet_quart prec_season


modeling.id : AllModels ( Output/oleu/oleu.AllModels.ensemble.models.out )

models.projected : 
oleu_EMcvByTSS_mergedData_mergedRun_mergedAlgo, oleu_EMwmeanByTSS_mergedData_mergedRun_mergedAlgo

-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=
A) Projection de la distribution potentielle contemporaine (modèle d'ensemble) ; B) Incertitude associée à la projection.

Figure 211.16: A) Projection de la distribution potentielle contemporaine (modèle d’ensemble) ; B) Incertitude associée à la projection.

211.3.2 Interpolation à l’échelle de la métropole

  • → conditions climatiques favorables à fine échelle

On projette la niche climatique sur ce raster à fine échelle.


-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-= BIOMOD.projection.out -=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=

Projection directory : Output/oleu/cont_gre


sp.name : oleu

expl.var.names : temp_max_august temp_min temp_wet_quart temp_season 
prec_wet_quart prec_season


modeling.id : AllModels ( Output/oleu/oleu.AllModels.models.out )

models.projected : 
oleu_PA1_RUN1_GAM, oleu_PA1_RUN1_MARS, oleu_PA1_RUN1_MAXNET, oleu_PA1_RUN1_GBM, oleu_PA1_RUN1_RF, oleu_PA2_RUN1_GAM, oleu_PA2_RUN1_MARS, oleu_PA2_RUN1_MAXNET, oleu_PA2_RUN1_GBM, oleu_PA2_RUN1_RF, oleu_PA3_RUN1_GAM, oleu_PA3_RUN1_MARS, oleu_PA3_RUN1_MAXNET, oleu_PA3_RUN1_GBM, oleu_PA3_RUN1_RF

available binary projection : TSS, ROC

available filtered projection : TSS, ROC

-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=
Projection de la distribution potentielle contemporaine sur la métropole de Grenoble, selon les 6 algorithmes et les 3 runs.

Figure 211.17: Projection de la distribution potentielle contemporaine sur la métropole de Grenoble, selon les 6 algorithmes et les 3 runs.

Projection de la distribution potentielle contemporaine sur la métropole de Grenoble, selon les 6 algorithmes et les 3 runs.

Figure 211.18: Projection de la distribution potentielle contemporaine sur la métropole de Grenoble, selon les 6 algorithmes et les 3 runs.


-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-= BIOMOD.projection.out -=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=

Projection directory : Output/oleu/cont_gre


sp.name : oleu

expl.var.names : temp_max_august temp_min temp_wet_quart temp_season 
prec_wet_quart prec_season


modeling.id : AllModels ( Output/oleu/oleu.AllModels.ensemble.models.out )

models.projected : 
oleu_EMcvByTSS_mergedData_mergedRun_mergedAlgo, oleu_EMwmeanByTSS_mergedData_mergedRun_mergedAlgo

-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=
A) Projection de la distribution potentielle contemporaine (modèle d'ensemble) sur la métropole de Grenoble ; B) Incertitude associée à la projection.

Figure 211.19: A) Projection de la distribution potentielle contemporaine (modèle d’ensemble) sur la métropole de Grenoble ; B) Incertitude associée à la projection.

211.3.3 Distributions potentielles futures

Futur : Projection à l’échelle de l’Europe jusqu’à l’horizon 2100

Toutes les fenêtres temporelles × scénarios pour le GCM « IPSL-CM6A-LR »

  1. SSP1-2.6
Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP1-2.6 (modèle d'ensemble).Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP1-2.6 (modèle d'ensemble).Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP1-2.6 (modèle d'ensemble).Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP1-2.6 (modèle d'ensemble).Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP1-2.6 (modèle d'ensemble).

Figure 211.20: Projection des distributions potentielles futures jusqu’à l’horizon 2100 sous le scénario SSP1-2.6 (modèle d’ensemble).

On obtient pour la métrique TSS une carte unique de moyenne pondérée sur les algorithmes et sur les jeux de pseudo-absences.

  1. SSP2-4.5
Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP2-4.5 (modèle d'ensemble).Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP2-4.5 (modèle d'ensemble).Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP2-4.5 (modèle d'ensemble).Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP2-4.5 (modèle d'ensemble).Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP2-4.5 (modèle d'ensemble).

Figure 211.21: Projection des distributions potentielles futures jusqu’à l’horizon 2100 sous le scénario SSP2-4.5 (modèle d’ensemble).

  1. SSP3-7.0
Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP3-7.0 (modèle d'ensemble).Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP3-7.0 (modèle d'ensemble).Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP3-7.0 (modèle d'ensemble).Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP3-7.0 (modèle d'ensemble).Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP3-7.0 (modèle d'ensemble).

Figure 211.22: Projection des distributions potentielles futures jusqu’à l’horizon 2100 sous le scénario SSP3-7.0 (modèle d’ensemble).

  1. SSP5-8.5
Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble).Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble).Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble).Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble).Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble).

Figure 211.23: Projection des distributions potentielles futures jusqu’à l’horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d’ensemble).

211.4 Inférence à l’échelle de la métropole

  • Croisement avec températures de surface 2019 (fournie par la métropole)
  • → conditions climatiques favorables à fine échelle
  • à peu près 7 pixels × 9 (WorldClim)

211.4.1 Distributions potentielles futures

Même chose que précédemment mais sur les rasters de Grenoble

  1. SSP1-2.6
Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).

Figure 211.24: Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu’à l’horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d’ensemble, GCM IPSL).

  1. SSP2-4.5
Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).

Figure 211.25: Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu’à l’horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d’ensemble, GCM IPSL).

  1. SSP3-7.0
Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).

Figure 211.26: Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu’à l’horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d’ensemble, GCM IPSL).

  1. SSP5-8.5
Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).

Figure 211.27: Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu’à l’horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d’ensemble, GCM IPSL).

211.4.2 Évolution temporelle

# A tibble: 17 × 8
   min         q1          median      mean        q3          max   ssp    year
   <table[1d]> <table[1d]> <table[1d]> <table[1d]> <table[1d]> <tab> <fct> <dbl>
 1  17          44         108         196.1282    394         561   0      2000
 2  27         158         278         285.1157    409         570   126    2040
 3  37         205         327         308.4013    414         579   126    2060
 4  35         236         350         337.1539    441         591   126    2080
 5  43         221         348         331.9176    444         599   126    2100
 6  35         196         325         309.1938    421         581   245    2040
 7  44         243         335         325.2122    412         560   245    2060
 8  80         336         403         400.4512    470         603   245    2080
 9  96         331         397         394.2758    463         602   245    2100
10  29         153         266         268.2278    381         550   370    2040
11  56         259         350         341.2889    432         581   370    2060
12 104         333         408         400.8143    464         582   370    2080
13 202         284         317         331.5401    385         448   370    2100
14  29         181         310         299.5887    417         582   585    2040
15  66         315         371         371.8980    448         585   585    2060
16 145         292         364         349.6919    404         482   585    2080
17 173         239         263         268.2704    289         398   585    2100
Évolution de la favorabilité climatique au cours du XXIème siècle. Le point représente la médiane sur l'étendue de la métropole (i.e. tous les pixels de la carte) ; le trait gras représente 50 % des données intermédiaires (espace inter-quartile) ; le trait fin représente le reste des données du minimum au maximum.

Figure 211.28: Évolution de la favorabilité climatique au cours du XXIème siècle. Le point représente la médiane sur l’étendue de la métropole (i.e. tous les pixels de la carte) ; le trait gras représente 50 % des données intermédiaires (espace inter-quartile) ; le trait fin représente le reste des données du minimum au maximum.