300 Buddleja globosa

300.1 Données d’occurrences GBIF

Collecte des données du GBIF :

<<gbif download metadata>>
  Status: SUCCEEDED
  DOI: 10.15468/dl.ndduja
  Format: SIMPLE_CSV
  Download key: 0018405-230828120925497
  Created: 2023-09-16T12:26:03.584+00:00
  Modified: 2023-09-16T12:26:58.183+00:00
  Download link: https://api.gbif.org/v1/occurrence/download/request/0018405-230828120925497.zip
  Total records: 991

Conversion en objets géographiques (format Simple feature de sf) et exploration rapide des données (classe du jeu de données et premières lignes du tableau) :

Simple feature collection with 991 features and 50 fields
Attribute-geometry relationships: constant (50)
Geometry type: POINT
Dimension:     XY
Bounding box:  xmin: -176.5595 ymin: -51.72655 xmax: 175.4396 ymax: 60.15523
Geodetic CRS:  WGS 84
# A tibble: 991 × 51
       gbifID datasetKey    occurrenceID kingdom phylum class order family genus
 *    <int64> <chr>         <chr>        <chr>   <chr>  <chr> <chr> <chr>  <chr>
 1  890181472 bf2a4bf0-5f3… http://data… Plantae Trach… Magn… Lami… Scrop… Budd…
 2  790013901 bf2a4bf0-5f3… http://data… Plantae Trach… Magn… Lami… Scrop… Budd…
 3  790003818 bf2a4bf0-5f3… http://data… Plantae Trach… Magn… Lami… Scrop… Budd…
 4  575316791 bf2a4bf0-5f3… http://data… Plantae Trach… Magn… Lami… Scrop… Budd…
 5  575169928 bf2a4bf0-5f3… http://data… Plantae Trach… Magn… Lami… Scrop… Budd…
 6  574880204 bf2a4bf0-5f3… http://data… Plantae Trach… Magn… Lami… Scrop… Budd…
 7 4407386752 50c9509d-22c… https://www… Plantae Trach… Magn… Lami… Scrop… Budd…
 8 4404999014 50c9509d-22c… https://www… Plantae Trach… Magn… Lami… Scrop… Budd…
 9 4403288704 ad973bc4-c2b… UCh:AGUCH:5… Plantae Trach… Magn… Lami… Scrop… Budd…
10 4403288686 ad973bc4-c2b… UCh:AGUCH:3… Plantae Trach… Magn… Lami… Scrop… Budd…
# ℹ 981 more rows
# ℹ 42 more variables: species <chr>, infraspecificEpithet <lgl>,
#   taxonRank <chr>, scientificName <chr>, verbatimScientificName <chr>,
#   verbatimScientificNameAuthorship <chr>, countryCode <chr>, locality <chr>,
#   stateProvince <chr>, occurrenceStatus <chr>, individualCount <int>,
#   publishingOrgKey <chr>, decimalLatitude <dbl>, decimalLongitude <dbl>,
#   coordinateUncertaintyInMeters <dbl>, coordinatePrecision <dbl>, …

Il y a 991 occurrences dans le jeu de données. On les affiche sur la carte du monde :

Occurrences de Buddleja globosa dans le monde.

Figure 300.1: Occurrences de Buddleja globosa dans le monde.

300.1.1 Données par région

On évalue la proportion d’occurrences dans chaque région, en utilisant les 3 masques créés précédemment. Si on a au moins 50 % des occurrences dans une région, on peut continuer en travaillant uniquement sur ces données. Sinon, on vérifie qu’au moins 67 % des données tombent dans l’ensemble des régions, et on prend la région la plus représentée. Au final, s’il s’agit d’une espèce endémique d’Europe, on n’a pas besoin de manipulation supplémentaire.

[1] 0.8365288
[1] 0
[1] 0

Espèce endémique d’Europe

Occurrence de Buddleja globosa dans la région d'endémisme.

Figure 300.2: Occurrence de Buddleja globosa dans la région d’endémisme.

300.1.2 Licences

On s’intéresse ici au problème particulier des licences :


                                                  CC_BY_4_0 
                                                        557 
                                               CC_BY_NC_4_0 
                                                         31 
                                                    CC0_1_0 
                                                          8 
   https://creativecommons.org/licenses/by-nc/4.0/legalcode 
                                                        197 
      https://creativecommons.org/licenses/by/4.0/legalcode 
                                                         33 
https://creativecommons.org/publicdomain/zero/1.0/legalcode 
                                                          3 
[1] 72.49698
Occurrence de Buddleja globosa dans la région d'endémisme, selon la licence : CC BY-NC en bleu ; CC0 et CC BY en orange.

Figure 300.3: Occurrence de Buddleja globosa dans la région d’endémisme, selon la licence : CC BY-NC en bleu ; CC0 et CC BY en orange.

Idéalement, on aimerait avoir au moins 50 % de données vraiment libres d’utilisation (c’est-à-dire sans la clause -NC). On continue en supprimant les données en CC BY-NC.

[1] 601

300.1.3 Sous-échantillonnage

Si le jeu de données contient 25 000 occurrences ou plus, on procède au sous-échantillonnage aléatoire pour en conserver un maximum de 25 000.

Moins de 25 000 occurrences : pas de sous-échantillonnage

Simple feature collection with 601 features and 50 fields
Attribute-geometry relationships: constant (50)
Geometry type: POINT
Dimension:     XY
Bounding box:  xmin: -7.218117 ymin: 43.255 xmax: 2.42118 ymax: 60.15523
Geodetic CRS:  WGS 84
# A tibble: 601 × 51
       gbifID datasetKey    occurrenceID kingdom phylum class order family genus
      <int64> <chr>         <chr>        <chr>   <chr>  <chr> <chr> <chr>  <chr>
 1 3958786162 14d5676a-2c5… q-101865191… Plantae Trach… Magn… Lami… Scrop… Budd…
 2 3958743236 14d5676a-2c5… q-101820289… Plantae Trach… Magn… Lami… Scrop… Budd…
 3 3958743103 14d5676a-2c5… q-101816789… Plantae Trach… Magn… Lami… Scrop… Budd…
 4 3958742738 14d5676a-2c5… q-101802815… Plantae Trach… Magn… Lami… Scrop… Budd…
 5 3958742652 14d5676a-2c5… q-101799443… Plantae Trach… Magn… Lami… Scrop… Budd…
 6 3958585897 14d5676a-2c5… q-102337869… Plantae Trach… Magn… Lami… Scrop… Budd…
 7 3958565738 14d5676a-2c5… q-101817868… Plantae Trach… Magn… Lami… Scrop… Budd…
 8 3958477796 14d5676a-2c5… q-101520344… Plantae Trach… Magn… Lami… Scrop… Budd…
 9 3958402373 14d5676a-2c5… q-101821319… Plantae Trach… Magn… Lami… Scrop… Budd…
10 3958330648 14d5676a-2c5… q-102144096… Plantae Trach… Magn… Lami… Scrop… Budd…
# ℹ 591 more rows
# ℹ 42 more variables: species <chr>, infraspecificEpithet <lgl>,
#   taxonRank <chr>, scientificName <chr>, verbatimScientificName <chr>,
#   verbatimScientificNameAuthorship <chr>, countryCode <chr>, locality <chr>,
#   stateProvince <chr>, occurrenceStatus <chr>, individualCount <int>,
#   publishingOrgKey <chr>, decimalLatitude <dbl>, decimalLongitude <dbl>,
#   coordinateUncertaintyInMeters <dbl>, coordinatePrecision <dbl>, …

300.1.4 Carte finale

On prépare la carte finale des occurrences :

Occurrence de Buddleja globosa dans la région d'endémisme après sous-échantillonnage éventuel.

Figure 300.4: Occurrence de Buddleja globosa dans la région d’endémisme après sous-échantillonnage éventuel.

300.2 Modélisation de la niche climatique

300.2.1 Préparer les données

Organisation des données d’entrées (occurrences et données environnementales) et des données produites de pseudo-absences :

 class       : SpatVector 
 geometry    : points 
 dimensions  : 601, 0  (geometries, attributes)
 extent      : -7.218117, 2.42118, 43.255, 60.15523  (xmin, xmax, ymin, ymax)
 coord. ref. : lon/lat WGS 84 (EPSG:4326) 

-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-= bugl Data Formating -=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=

      ! Response variable is considered as only presences... Is it really what you want?
      ! No data has been set aside for modeling evaluation
 !!! Some data are located in the same raster cell. 
          Please set `filter.raster = TRUE` if you want an automatic filtering.

Checking Pseudo-absence selection arguments...

   > random pseudo absences selection
   > Pseudo absences are selected in explanatory variables
 ! Some NAs have been automatically removed from your data
 !!! Some data are located in the same raster cell. 
          Please set `filter.raster = TRUE` if you want an automatic filtering.
-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-= Done -=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=

-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-= BIOMOD.formated.data -=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=

dir.name =  Output

sp.name =  bugl

     600 presences,  0 true absences and  1801 undefined points in dataset


     6 explanatory variables

 temp_max_august    temp_min       temp_wet_quart    temp_season    
 Min.   : 8.12   Min.   :-21.600   Min.   :-9.456   Min.   : 300.0  
 1st Qu.:19.72   1st Qu.: -8.112   1st Qu.: 7.053   1st Qu.: 492.2  
 Median :22.32   Median : -0.508   Median :11.377   Median : 715.2  
 Mean   :24.19   Mean   : -3.388   Mean   :11.271   Mean   : 711.0  
 3rd Qu.:27.54   3rd Qu.:  1.628   3rd Qu.:15.789   3rd Qu.: 887.3  
 Max.   :45.70   Max.   :  9.400   Max.   :23.391   Max.   :1289.3  
 prec_wet_quart    prec_season     
 Min.   :   7.0   Min.   :  8.161  
 1st Qu.: 172.0   1st Qu.: 19.880  
 Median : 212.0   Median : 29.887  
 Mean   : 217.2   Mean   : 33.761  
 3rd Qu.: 252.0   3rd Qu.: 39.439  
 Max.   :1210.0   Max.   :119.379  

-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=

On visualise les pseudo-absences :

Les données d'occurrences (en haut à gauche) et les trois jeux de données aléatoires de pseudo-absences.

Figure 300.5: Les données d’occurrences (en haut à gauche) et les trois jeux de données aléatoires de pseudo-absences.

$data.vect
 class       : SpatVector 
 geometry    : points 
 dimensions  : 4203, 2  (geometries, attributes)
 extent      : -10.0625, 46.97917, 29.02083, 70.9375  (xmin, xmax, ymin, ymax)
 coord. ref. :  
 names       :  resp         dataset
 type        : <num>           <chr>
 values      :    10 Initial dataset
                  10 Initial dataset
                  10 Initial dataset

$data.label
                              9                              10 
                "**Presences**"       "Presences (calibration)" 
                             11                              12 
       "Presences (validation)"        "Presences (evaluation)" 
                             19                              20 
            "**True Absences**"   "True Absences (calibration)" 
                             21                              22 
   "True Absences (validation)"    "True Absences (evaluation)" 
                             29                              30 
          "**Pseudo-Absences**" "Pseudo-Absences (calibration)" 
                             31                               1 
 "Pseudo-Absences (validation)"                    "Background" 

$data.plot
Les données d'occurrences (en haut à gauche) et les trois jeux de données aléatoires de pseudo-absences.

Figure 300.6: Les données d’occurrences (en haut à gauche) et les trois jeux de données aléatoires de pseudo-absences.

300.2.2 Modèles individuels de niche


-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-= Build Single Models -=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=


Checking Models arguments...

Creating suitable Workdir...

            ! Weights where automatically defined for bugl_PA1 to rise a 0.5 prevalence !
            ! Weights where automatically defined for bugl_PA2 to rise a 0.5 prevalence !
            ! Weights where automatically defined for bugl_PA3 to rise a 0.5 prevalence !


-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-= bugl Modeling Summary -=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=

 6  environmental variables ( temp_max_august temp_min temp_wet_quart temp_season prec_wet_quart prec_season )
Number of evaluation repetitions : 1
Models selected : GAM MARS MAXNET GBM ANN RF 

Total number of model runs: 18 

-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=


-=-=-=- Run :  bugl_PA1 


-=-=-=--=-=-=- bugl_PA1_RUN1 


-=-=-=- Run :  bugl_PA2 


-=-=-=--=-=-=- bugl_PA2_RUN1 


-=-=-=- Run :  bugl_PA3 


-=-=-=--=-=-=- bugl_PA3_RUN1 

-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-= Done -=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=

300.2.2.1 Évaluation de la performance

             full.name  PA  run   algo metric.eval cutoff sensitivity
1    bugl_PA1_RUN1_GAM PA1 RUN1    GAM         TSS    672      99.583
2    bugl_PA1_RUN1_GAM PA1 RUN1    GAM         ROC    674      99.583
3   bugl_PA1_RUN1_MARS PA1 RUN1   MARS         TSS    409      99.792
4   bugl_PA1_RUN1_MARS PA1 RUN1   MARS         ROC    691      99.167
5 bugl_PA1_RUN1_MAXNET PA1 RUN1 MAXNET         TSS    388      99.583
6 bugl_PA1_RUN1_MAXNET PA1 RUN1 MAXNET         ROC    391      99.583
  specificity calibration validation evaluation
1      94.802       0.944      0.925         NA
2      94.802       0.971      0.936         NA
3      96.050       0.958      0.967         NA
4      96.881       0.995      0.982         NA
5      95.842       0.956      0.967         NA
6      96.050       0.986      0.988         NA
Évaluation de la performance des modèles individuels : True Skill Statistic & aire sous la courbe de ROC.

Figure 300.7: Évaluation de la performance des modèles individuels : True Skill Statistic & aire sous la courbe de ROC.

300.2.2.2 Importance des variables environnementales

          full.name  PA  run algo        expl.var rand  var.imp
1 bugl_PA1_RUN1_GAM PA1 RUN1  GAM temp_max_august    1 0.110871
2 bugl_PA1_RUN1_GAM PA1 RUN1  GAM        temp_min    1 0.223067
3 bugl_PA1_RUN1_GAM PA1 RUN1  GAM  temp_wet_quart    1 0.099525
4 bugl_PA1_RUN1_GAM PA1 RUN1  GAM     temp_season    1 0.997863
5 bugl_PA1_RUN1_GAM PA1 RUN1  GAM  prec_wet_quart    1 0.128365
6 bugl_PA1_RUN1_GAM PA1 RUN1  GAM     prec_season    1 0.050251
Pourcentage de variance expliquée pour chaque variable, décomposé par algorithme.

Figure 300.8: Pourcentage de variance expliquée pour chaque variable, décomposé par algorithme.

Pourcentage de variance expliquée pour chaque variable, décomposé par variable.

Figure 300.9: Pourcentage de variance expliquée pour chaque variable, décomposé par variable.

300.2.2.3 Courbes de réponses

Courbes de réponse de chaque variable climatique selon l'algorithme (en couleurs).

Figure 300.10: Courbes de réponse de chaque variable climatique selon l’algorithme (en couleurs).

300.2.3 Modèles d’ensemble de niche

Seulement modèles avec TSS > 0.8


-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-= BIOMOD.ensemble.models.out -=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=

sp.name : bugl

expl.var.names : temp_max_august temp_min temp_wet_quart temp_season 
prec_wet_quart prec_season


models computed: 
bugl_EMcvByTSS_mergedData_mergedRun_mergedAlgo, bugl_EMwmeanByTSS_mergedData_mergedRun_mergedAlgo

models failed: none

-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=

300.2.3.1 Évaluation de la qualité

                                          full.name merged.by.PA merged.by.run
1 bugl_EMwmeanByTSS_mergedData_mergedRun_mergedAlgo   mergedData     mergedRun
2 bugl_EMwmeanByTSS_mergedData_mergedRun_mergedAlgo   mergedData     mergedRun
  merged.by.algo filtered.by    algo metric.eval cutoff sensitivity specificity
1     mergedAlgo         TSS EMwmean         TSS  693.5      98.833       97.89
2     mergedAlgo         TSS EMwmean         ROC  691.5      98.833       97.89
  calibration validation evaluation
1       0.967         NA         NA
2       0.997         NA         NA
Évaluation de la qualité du modèle d'ensemble : Aire sous la courbe de ROC & True Skill Statistic.

Figure 300.11: Évaluation de la qualité du modèle d’ensemble : Aire sous la courbe de ROC & True Skill Statistic.

                                       full.name merged.by.PA merged.by.run
1 bugl_EMcvByTSS_mergedData_mergedRun_mergedAlgo   mergedData     mergedRun
2 bugl_EMcvByTSS_mergedData_mergedRun_mergedAlgo   mergedData     mergedRun
3 bugl_EMcvByTSS_mergedData_mergedRun_mergedAlgo   mergedData     mergedRun
4 bugl_EMcvByTSS_mergedData_mergedRun_mergedAlgo   mergedData     mergedRun
5 bugl_EMcvByTSS_mergedData_mergedRun_mergedAlgo   mergedData     mergedRun
6 bugl_EMcvByTSS_mergedData_mergedRun_mergedAlgo   mergedData     mergedRun
  merged.by.algo filtered.by algo        expl.var rand  var.imp
1     mergedAlgo         TSS EMcv temp_max_august    1 0.112242
2     mergedAlgo         TSS EMcv        temp_min    1 0.157862
3     mergedAlgo         TSS EMcv  temp_wet_quart    1 0.060091
4     mergedAlgo         TSS EMcv     temp_season    1 0.575541
5     mergedAlgo         TSS EMcv  prec_wet_quart    1 0.022015
6     mergedAlgo         TSS EMcv     prec_season    1 0.083069

Par variable :

Pourcentage de variance expliquée par variable dans le modèle d'ensemble.

Figure 300.12: Pourcentage de variance expliquée par variable dans le modèle d’ensemble.

Courbes de réponse de chaque variable climatique dans le modèle d'ensemble.

Figure 300.13: Courbes de réponse de chaque variable climatique dans le modèle d’ensemble.

300.3 Projections

300.3.1 Distribution potentielle contemporaine

Contemporaine : Cartographie des observations sur couches climatiques Extraction des conditions climatiques favorables


-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-= BIOMOD.projection.out -=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=

Projection directory : Output/bugl/current


sp.name : bugl

expl.var.names : temp_max_august temp_min temp_wet_quart temp_season 
prec_wet_quart prec_season


modeling.id : AllModels ( Output/bugl/bugl.AllModels.models.out )

models.projected : 
bugl_PA1_RUN1_GAM, bugl_PA1_RUN1_MARS, bugl_PA1_RUN1_MAXNET, bugl_PA1_RUN1_GBM, bugl_PA1_RUN1_RF, bugl_PA2_RUN1_GAM, bugl_PA2_RUN1_MARS, bugl_PA2_RUN1_MAXNET, bugl_PA2_RUN1_GBM, bugl_PA2_RUN1_RF, bugl_PA3_RUN1_GAM, bugl_PA3_RUN1_MARS, bugl_PA3_RUN1_MAXNET, bugl_PA3_RUN1_GBM, bugl_PA3_RUN1_RF

available binary projection : TSS, ROC

available filtered projection : TSS, ROC

-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=
Projection de la distribution potentielle contemporaine sur l'Europe, selon les 6 algorithmes et les 3 runs.

Figure 300.14: Projection de la distribution potentielle contemporaine sur l’Europe, selon les 6 algorithmes et les 3 runs.

Projection de la distribution potentielle contemporaine sur l'Europe, selon les 6 algorithmes et les 3 runs.

Figure 300.15: Projection de la distribution potentielle contemporaine sur l’Europe, selon les 6 algorithmes et les 3 runs.


-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-= BIOMOD.projection.out -=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=

Projection directory : Output/bugl/current


sp.name : bugl

expl.var.names : temp_max_august temp_min temp_wet_quart temp_season 
prec_wet_quart prec_season


modeling.id : AllModels ( Output/bugl/bugl.AllModels.ensemble.models.out )

models.projected : 
bugl_EMcvByTSS_mergedData_mergedRun_mergedAlgo, bugl_EMwmeanByTSS_mergedData_mergedRun_mergedAlgo

-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=
A) Projection de la distribution potentielle contemporaine (modèle d'ensemble) ; B) Incertitude associée à la projection.

Figure 300.16: A) Projection de la distribution potentielle contemporaine (modèle d’ensemble) ; B) Incertitude associée à la projection.

300.3.2 Interpolation à l’échelle de la métropole

  • → conditions climatiques favorables à fine échelle

On projette la niche climatique sur ce raster à fine échelle.


-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-= BIOMOD.projection.out -=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=

Projection directory : Output/bugl/cont_gre


sp.name : bugl

expl.var.names : temp_max_august temp_min temp_wet_quart temp_season 
prec_wet_quart prec_season


modeling.id : AllModels ( Output/bugl/bugl.AllModels.models.out )

models.projected : 
bugl_PA1_RUN1_GAM, bugl_PA1_RUN1_MARS, bugl_PA1_RUN1_MAXNET, bugl_PA1_RUN1_GBM, bugl_PA1_RUN1_RF, bugl_PA2_RUN1_GAM, bugl_PA2_RUN1_MARS, bugl_PA2_RUN1_MAXNET, bugl_PA2_RUN1_GBM, bugl_PA2_RUN1_RF, bugl_PA3_RUN1_GAM, bugl_PA3_RUN1_MARS, bugl_PA3_RUN1_MAXNET, bugl_PA3_RUN1_GBM, bugl_PA3_RUN1_RF

available binary projection : TSS, ROC

available filtered projection : TSS, ROC

-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=
Projection de la distribution potentielle contemporaine sur la métropole de Grenoble, selon les 6 algorithmes et les 3 runs.

Figure 300.17: Projection de la distribution potentielle contemporaine sur la métropole de Grenoble, selon les 6 algorithmes et les 3 runs.

Projection de la distribution potentielle contemporaine sur la métropole de Grenoble, selon les 6 algorithmes et les 3 runs.

Figure 300.18: Projection de la distribution potentielle contemporaine sur la métropole de Grenoble, selon les 6 algorithmes et les 3 runs.


-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-= BIOMOD.projection.out -=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=

Projection directory : Output/bugl/cont_gre


sp.name : bugl

expl.var.names : temp_max_august temp_min temp_wet_quart temp_season 
prec_wet_quart prec_season


modeling.id : AllModels ( Output/bugl/bugl.AllModels.ensemble.models.out )

models.projected : 
bugl_EMcvByTSS_mergedData_mergedRun_mergedAlgo, bugl_EMwmeanByTSS_mergedData_mergedRun_mergedAlgo

-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=
A) Projection de la distribution potentielle contemporaine (modèle d'ensemble) sur la métropole de Grenoble ; B) Incertitude associée à la projection.

Figure 300.19: A) Projection de la distribution potentielle contemporaine (modèle d’ensemble) sur la métropole de Grenoble ; B) Incertitude associée à la projection.

300.3.3 Distributions potentielles futures

Futur : Projection à l’échelle de l’Europe jusqu’à l’horizon 2100

Toutes les fenêtres temporelles × scénarios pour le GCM « IPSL-CM6A-LR »

  1. SSP1-2.6
Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP1-2.6 (modèle d'ensemble).Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP1-2.6 (modèle d'ensemble).Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP1-2.6 (modèle d'ensemble).Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP1-2.6 (modèle d'ensemble).Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP1-2.6 (modèle d'ensemble).

Figure 300.20: Projection des distributions potentielles futures jusqu’à l’horizon 2100 sous le scénario SSP1-2.6 (modèle d’ensemble).

On obtient pour la métrique TSS une carte unique de moyenne pondérée sur les algorithmes et sur les jeux de pseudo-absences.

  1. SSP2-4.5
Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP2-4.5 (modèle d'ensemble).Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP2-4.5 (modèle d'ensemble).Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP2-4.5 (modèle d'ensemble).Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP2-4.5 (modèle d'ensemble).Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP2-4.5 (modèle d'ensemble).

Figure 300.21: Projection des distributions potentielles futures jusqu’à l’horizon 2100 sous le scénario SSP2-4.5 (modèle d’ensemble).

  1. SSP3-7.0
Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP3-7.0 (modèle d'ensemble).Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP3-7.0 (modèle d'ensemble).Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP3-7.0 (modèle d'ensemble).Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP3-7.0 (modèle d'ensemble).Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP3-7.0 (modèle d'ensemble).

Figure 300.22: Projection des distributions potentielles futures jusqu’à l’horizon 2100 sous le scénario SSP3-7.0 (modèle d’ensemble).

  1. SSP5-8.5
Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble).Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble).Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble).Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble).Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble).

Figure 300.23: Projection des distributions potentielles futures jusqu’à l’horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d’ensemble).

300.4 Inférence à l’échelle de la métropole

  • Croisement avec températures de surface 2019 (fournie par la métropole)
  • → conditions climatiques favorables à fine échelle
  • à peu près 7 pixels × 9 (WorldClim)

300.4.1 Distributions potentielles futures

Même chose que précédemment mais sur les rasters de Grenoble

  1. SSP1-2.6
Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).

Figure 300.24: Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu’à l’horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d’ensemble, GCM IPSL).

  1. SSP2-4.5
Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).

Figure 300.25: Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu’à l’horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d’ensemble, GCM IPSL).

  1. SSP3-7.0
Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).

Figure 300.26: Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu’à l’horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d’ensemble, GCM IPSL).

  1. SSP5-8.5
Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).

Figure 300.27: Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu’à l’horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d’ensemble, GCM IPSL).

300.4.2 Évolution temporelle

# A tibble: 17 × 8
   min         q1          median      mean        q3          max   ssp    year
   <table[1d]> <table[1d]> <table[1d]> <table[1d]> <table[1d]> <tab> <fct> <dbl>
 1 10          13          15          14.87645    17           56   0      2000
 2 10          12          14          14.75019    16           92   126    2040
 3 10          12          14          15.97220    18          103   126    2060
 4 10          12          14          15.22575    17           97   126    2080
 5 11          13          16          17.97390    20          107   126    2100
 6 10          12          14          15.23242    17           97   245    2040
 7 10          12          13          14.01399    15           68   245    2060
 8 11          13          14          14.97204    16           98   245    2080
 9 11          14          14          15.07618    15           88   245    2100
10 10          12          13          13.65030    15           66   370    2040
11 10          13          14          16.00450    17           99   370    2060
12 11          14          14          14.80522    15           80   370    2080
13 10          12          13          13.18799    14           17   370    2100
14 10          12          14          15.01421    17           91   585    2040
15 11          13          14          15.61538    16           89   585    2060
16 10          12          13          13.26705    14           24   585    2080
17 10          11          13          12.56267    14           17   585    2100
Évolution de la favorabilité climatique au cours du XXIème siècle. Le point représente la médiane sur l'étendue de la métropole (i.e. tous les pixels de la carte) ; le trait gras représente 50 % des données intermédiaires (espace inter-quartile) ; le trait fin représente le reste des données du minimum au maximum.

Figure 300.28: Évolution de la favorabilité climatique au cours du XXIème siècle. Le point représente la médiane sur l’étendue de la métropole (i.e. tous les pixels de la carte) ; le trait gras représente 50 % des données intermédiaires (espace inter-quartile) ; le trait fin représente le reste des données du minimum au maximum.