207 Firmiana simplex

207.1 Données d’occurrences GBIF

Collecte des données du GBIF :

<<gbif download metadata>>
  Status: SUCCEEDED
  DOI: 10.15468/dl.xy8dv9
  Format: SIMPLE_CSV
  Download key: 0260829-230224095556074
  Created: 2023-05-25T10:55:15.348+00:00
  Modified: 2023-05-25T10:56:00.465+00:00
  Download link: https://api.gbif.org/v1/occurrence/download/request/0260829-230224095556074.zip
  Total records: 501

Conversion en objets géographiques (format Simple feature de sf) et exploration rapide des données (classe du jeu de données et premières lignes du tableau) :

Simple feature collection with 501 features and 50 fields
Attribute-geometry relationship: 50 constant, 0 aggregate, 0 identity
Geometry type: POINT
Dimension:     XY
Bounding box:  xmin: -122.27167 ymin: -31.4325 xmax: 140.64813 ymax: 43.97745
Geodetic CRS:  WGS 84
# A tibble: 501 × 51
       gbifID datasetKey        occurrenceID kingdom phylum class order family genus species
 *    <int64> <chr>             <chr>        <chr>   <chr>  <chr> <chr> <chr>  <chr> <chr>  
 1 3117974621 5f06e39d-81cf-46… USFS - New … Plantae Trach… Magn… Malv… Malva… Firm… Firmia…
 2 3117974631 5f06e39d-81cf-46… USFS - New … Plantae Trach… Magn… Malv… Malva… Firm… Firmia…
 3  895178320 834a4794-f762-11… 1D0165CF-17… Plantae Trach… Magn… Malv… Malva… Firm… Firmia…
 4  895178210 834a4794-f762-11… 3EEB965A-C4… Plantae Trach… Magn… Malv… Malva… Firm… Firmia…
 5  891595921 29d56be4-2b76-4a… TAI226922    Plantae Trach… Magn… Malv… Malva… Firm… Firmia…
 6  788603217 aab0cf80-0c64-11… LD:General:… Plantae Trach… Magn… Malv… Malva… Firm… Firmia…
 7  736075636 86185376-f762-11… 7bcafa18-f8… Plantae Trach… Magn… Malv… Malva… Firm… Firmia…
 8  729320905 81031dbc-47f2-47… urn:catalog… Plantae Trach… Magn… Malv… Malva… Firm… Firmia…
 9  729319608 81031dbc-47f2-47… urn:catalog… Plantae Trach… Magn… Malv… Malva… Firm… Firmia…
10  574980101 bf2a4bf0-5f31-11… http://data… Plantae Trach… Magn… Malv… Malva… Firm… Firmia…
# ℹ 491 more rows
# ℹ 41 more variables: infraspecificEpithet <chr>, taxonRank <chr>, scientificName <chr>,
#   verbatimScientificName <chr>, verbatimScientificNameAuthorship <chr>,
#   countryCode <chr>, locality <chr>, stateProvince <chr>, occurrenceStatus <chr>,
#   individualCount <int>, publishingOrgKey <chr>, decimalLatitude <dbl>,
#   decimalLongitude <dbl>, coordinateUncertaintyInMeters <dbl>, coordinatePrecision <lgl>,
#   elevation <dbl>, elevationAccuracy <dbl>, depth <lgl>, depthAccuracy <lgl>, …

Il y a 501 occurrences dans le jeu de données. On les affiche sur la carte du monde :

Figure 207.1: Occurrences de Firmiana simplex dans le monde.

207.1.1 Données par région

On évalue la proportion d’occurrences dans chaque région, en utilisant les 3 masques créés précédemment. Si on a au moins 50 % des occurrences dans une région, on peut continuer en travaillant uniquement sur ces données. Sinon, on vérifie qu’au moins 67 % des données tombent dans l’ensemble des régions, et on prend la région la plus représentée. Au final, s’il s’agit d’une espèce endémique d’Europe, on n’a pas besoin de manipulation supplémentaire.

[1] 0.02195608782

[1] 0.6347305389

[1] 0.3353293413

Espèce endémique d’Amérique du Nord

Figure 207.2: Occurrence de Firmiana simplex dans la région d’endémisme.

207.1.2 Licences

On s’intéresse ici au problème particulier des licences :

   CC_BY_4_0 CC_BY_NC_4_0      CC0_1_0 
          67          220           31 

[1] 30.81761006

Figure 207.3: Occurrence de Firmiana simplex dans la région d’endémisme, selon la licence : CC BY-NC en bleu ; CC0 et CC BY en orange.

Idéalement, on aimerait avoir au moins 50 % de données vraiment libres d’utilisation (c’est-à-dire sans la clause -NC). On continue en supprimant les données en CC BY-NC.

Moins de 50 % de données librement utilisables

[1] 98

Moins de 500 occurrences utilisables