179 Sequoia sempervirens

179.1 Données d’occurrences GBIF

Collecte des données du GBIF :

<<gbif download metadata>>
  Status: SUCCEEDED
  DOI: 10.15468/dl.fy8uz5
  Format: SIMPLE_CSV
  Download key: 0260102-230224095556074
  Created: 2023-05-24T19:49:11.167+00:00
  Modified: 2023-05-24T19:50:01.581+00:00
  Download link: https://api.gbif.org/v1/occurrence/download/request/0260102-230224095556074.zip
  Total records: 6983

Conversion en objets géographiques (format Simple feature de sf) et exploration rapide des données (classe du jeu de données et premières lignes du tableau) :

Simple feature collection with 6983 features and 50 fields
Attribute-geometry relationship: 50 constant, 0 aggregate, 0 identity
Geometry type: POINT
Dimension:     XY
Bounding box:  xmin: -124.285856 ymin: -44.237961 xmax: 176.268551 ymax: 63.434
Geodetic CRS:  WGS 84
# A tibble: 6,983 × 51
     gbifID datasetKey occurrenceID kingdom phylum class order family genus species infraspecificEpithet
 *  <int64> <chr>      <chr>        <chr>   <chr>  <chr> <chr> <chr>  <chr> <chr>   <lgl>               
 1     3.e9 5f06e39d-… USFS - New … Plantae Trach… Pino… Pina… Cupre… Sequ… Sequoi… NA                  
 2     3.e9 5f06e39d-… USFS - New … Plantae Trach… Pino… Pina… Cupre… Sequ… Sequoi… NA                  
 3     3.e9 5f06e39d-… USFS - New … Plantae Trach… Pino… Pina… Cupre… Sequ… Sequoi… NA                  
 4     3.e9 5f06e39d-… USFS - New … Plantae Trach… Pino… Pina… Cupre… Sequ… Sequoi… NA                  
 5     3.e9 5f06e39d-… USFS - New … Plantae Trach… Pino… Pina… Cupre… Sequ… Sequoi… NA                  
 6     3.e9 5f06e39d-… USFS - New … Plantae Trach… Pino… Pina… Cupre… Sequ… Sequoi… NA                  
 7     3.e9 5f06e39d-… USFS - New … Plantae Trach… Pino… Pina… Cupre… Sequ… Sequoi… NA                  
 8     3.e9 5f06e39d-… USFS - New … Plantae Trach… Pino… Pina… Cupre… Sequ… Sequoi… NA                  
 9     3.e9 5f06e39d-… USFS - New … Plantae Trach… Pino… Pina… Cupre… Sequ… Sequoi… NA                  
10     3.e9 5f06e39d-… USFS - New … Plantae Trach… Pino… Pina… Cupre… Sequ… Sequoi… NA                  
# ℹ 6,973 more rows
# ℹ 40 more variables: taxonRank <chr>, scientificName <chr>, verbatimScientificName <chr>,
#   verbatimScientificNameAuthorship <chr>, countryCode <chr>, locality <chr>, stateProvince <chr>,
#   occurrenceStatus <chr>, individualCount <int>, publishingOrgKey <chr>, decimalLatitude <dbl>,
#   decimalLongitude <dbl>, coordinateUncertaintyInMeters <dbl>, coordinatePrecision <dbl>,
#   elevation <dbl>, elevationAccuracy <dbl>, depth <dbl>, depthAccuracy <dbl>, eventDate <dttm>,
#   day <int>, month <int>, year <int>, taxonKey <int>, speciesKey <int>, basisOfRecord <chr>, …

Il y a 6 983 occurrences dans le jeu de données. On les affiche sur la carte du monde :

Occurrences de Sequoia sempervirens dans le monde.

Figure 179.1: Occurrences de Sequoia sempervirens dans le monde.

179.1.1 Données par région

On évalue la proportion d’occurrences dans chaque région, en utilisant les 3 masques créés précédemment. Si on a au moins 50 % des occurrences dans une région, on peut continuer en travaillant uniquement sur ces données. Sinon, on vérifie qu’au moins 67 % des données tombent dans l’ensemble des régions, et on prend la région la plus représentée. Au final, s’il s’agit d’une espèce endémique d’Europe, on n’a pas besoin de manipulation supplémentaire.

[1] 0.2140913647
[1] 0.7787483889
[1] 0.002148073894

Espèce endémique d’Amérique du Nord

Occurrence de Sequoia sempervirens dans la région d'endémisme.

Figure 179.2: Occurrence de Sequoia sempervirens dans la région d’endémisme.

179.1.2 Licences

On s’intéresse ici au problème particulier des licences :


   CC_BY_4_0 CC_BY_NC_4_0      CC0_1_0 
         646         4557          235 
[1] 16.20080912
Occurrence de Sequoia sempervirens dans la région d'endémisme, selon la licence : CC BY-NC en bleu ; CC0 et CC BY en orange.

Figure 179.3: Occurrence de Sequoia sempervirens dans la région d’endémisme, selon la licence : CC BY-NC en bleu ; CC0 et CC BY en orange.

Idéalement, on aimerait avoir au moins 50 % de données vraiment libres d’utilisation (c’est-à-dire sans la clause -NC). On continue en supprimant les données en CC BY-NC.

Moins de 50 % de données librement utilisables

[1] 881

179.1.3 Sous-échantillonnage

Si le jeu de données contient 25 000 occurrences ou plus, on procède au sous-échantillonnage aléatoire pour en conserver un maximum de 25 000.

Moins de 25 000 occurrences : pas de sous-échantillonnage

Simple feature collection with 881 features and 50 fields
Attribute-geometry relationship: 50 constant, 0 aggregate, 0 identity
Geometry type: POINT
Dimension:     XY
Bounding box:  xmin: -124.26 ymin: 14.810278 xmax: -73.746651 ymax: 53.516667
Geodetic CRS:  WGS 84
# A tibble: 881 × 51
     gbifID datasetKey occurrenceID kingdom phylum class order family genus species infraspecificEpithet
    <int64> <chr>      <chr>        <chr>   <chr>  <chr> <chr> <chr>  <chr> <chr>   <lgl>               
 1     3.e9 5f06e39d-… USFS - New … Plantae Trach… Pino… Pina… Cupre… Sequ… Sequoi… NA                  
 2     3.e9 5f06e39d-… USFS - New … Plantae Trach… Pino… Pina… Cupre… Sequ… Sequoi… NA                  
 3     3.e9 5f06e39d-… USFS - New … Plantae Trach… Pino… Pina… Cupre… Sequ… Sequoi… NA                  
 4     3.e9 5f06e39d-… USFS - New … Plantae Trach… Pino… Pina… Cupre… Sequ… Sequoi… NA                  
 5     3.e9 5f06e39d-… USFS - New … Plantae Trach… Pino… Pina… Cupre… Sequ… Sequoi… NA                  
 6     3.e9 5f06e39d-… USFS - New … Plantae Trach… Pino… Pina… Cupre… Sequ… Sequoi… NA                  
 7     3.e9 5f06e39d-… USFS - New … Plantae Trach… Pino… Pina… Cupre… Sequ… Sequoi… NA                  
 8     3.e9 5f06e39d-… USFS - New … Plantae Trach… Pino… Pina… Cupre… Sequ… Sequoi… NA                  
 9     3.e9 5f06e39d-… USFS - New … Plantae Trach… Pino… Pina… Cupre… Sequ… Sequoi… NA                  
10     3.e9 5f06e39d-… USFS - New … Plantae Trach… Pino… Pina… Cupre… Sequ… Sequoi… NA                  
# ℹ 871 more rows
# ℹ 40 more variables: taxonRank <chr>, scientificName <chr>, verbatimScientificName <chr>,
#   verbatimScientificNameAuthorship <chr>, countryCode <chr>, locality <chr>, stateProvince <chr>,
#   occurrenceStatus <chr>, individualCount <int>, publishingOrgKey <chr>, decimalLatitude <dbl>,
#   decimalLongitude <dbl>, coordinateUncertaintyInMeters <dbl>, coordinatePrecision <dbl>,
#   elevation <dbl>, elevationAccuracy <dbl>, depth <dbl>, depthAccuracy <dbl>, eventDate <dttm>,
#   day <int>, month <int>, year <int>, taxonKey <int>, speciesKey <int>, basisOfRecord <chr>, …

179.1.4 Carte finale

On prépare la carte finale des occurrences :

Occurrence de Sequoia sempervirens dans la région d'endémisme après sous-échantillonnage éventuel.

Figure 179.4: Occurrence de Sequoia sempervirens dans la région d’endémisme après sous-échantillonnage éventuel.

179.2 Modélisation de la niche climatique

179.2.1 Préparer les données

Organisation des données d’entrées (occurrences et données environnementales) et des données produites de pseudo-absences :

 class       : SpatVector 
 geometry    : points 
 dimensions  : 881, 0  (geometries, attributes)
 extent      : -124.26, -73.74665, 14.81028, 53.51667  (xmin, xmax, ymin, ymax)
 coord. ref. : lon/lat WGS 84 (EPSG:4326) 

-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-= sese Data Formating -=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=

      ! Response variable is considered as only presences... Is it really what you want?
      ! No data has been set aside for modeling evaluation
 !!! Some data are located in the same raster cell. 
          Please set `filter.raster = TRUE` if you want an automatic filtering.

Checking Pseudo-absence selection arguments...

   > random pseudo absences selection
   > Pseudo absences are selected in explanatory variables
 !!! Some data are located in the same raster cell. 
          Please set `filter.raster = TRUE` if you want an automatic filtering.
-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-= Done -=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=

-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-= BIOMOD.formated.data -=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=

dir.name =  Output

sp.name =  sese

     881 presences,  0 true absences and  2640 undefined points in dataset


     6 explanatory variables

 temp_max_august    temp_min       temp_wet_quart     temp_season    
 Min.   :12.49   Min.   :-30.500   Min.   :-10.126   Min.   :  56.4  
 1st Qu.:22.97   1st Qu.:-14.147   1st Qu.:  9.471   1st Qu.: 411.5  
 Median :26.57   Median : -4.392   Median : 13.591   Median : 788.2  
 Mean   :26.83   Mean   : -5.753   Mean   : 14.008   Mean   : 757.0  
 3rd Qu.:30.72   3rd Qu.:  3.564   3rd Qu.: 19.459   3rd Qu.:1017.8  
 Max.   :42.24   Max.   : 22.204   Max.   : 33.178   Max.   :1459.0  
 prec_wet_quart    prec_season     
 Min.   :  24.0   Min.   :  6.322  
 1st Qu.: 224.0   1st Qu.: 27.826  
 Median : 314.0   Median : 54.030  
 Mean   : 359.4   Mean   : 55.695  
 3rd Qu.: 440.0   3rd Qu.: 87.275  
 Max.   :1676.0   Max.   :127.046  

-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=

On visualise les pseudo-absences :

Les données d'occurrences (en haut à gauche) et les trois jeux de données aléatoires de pseudo-absences.

Figure 179.5: Les données d’occurrences (en haut à gauche) et les trois jeux de données aléatoires de pseudo-absences.

$data.vect
 class       : SpatVector 
 geometry    : points 
 dimensions  : 6167, 2  (geometries, attributes)
 extent      : -129.6875, -53.72917, 13.0625, 54.97917  (xmin, xmax, ymin, ymax)
 coord. ref. :  
 names       :  resp         dataset
 type        : <num>           <chr>
 values      :    10 Initial dataset
                  10 Initial dataset
                  10 Initial dataset

$data.label
                              9                              10 
                "**Presences**"       "Presences (calibration)" 
                             11                              12 
       "Presences (validation)"        "Presences (evaluation)" 
                             19                              20 
            "**True Absences**"   "True Absences (calibration)" 
                             21                              22 
   "True Absences (validation)"    "True Absences (evaluation)" 
                             29                              30 
          "**Pseudo-Absences**" "Pseudo-Absences (calibration)" 
                             31                               1 
 "Pseudo-Absences (validation)"                    "Background" 

$data.plot
Les données d'occurrences (en haut à gauche) et les trois jeux de données aléatoires de pseudo-absences.

Figure 179.6: Les données d’occurrences (en haut à gauche) et les trois jeux de données aléatoires de pseudo-absences.

179.2.2 Modèles individuels de niche


-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-= Build Single Models -=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=


Checking Models arguments...

Creating suitable Workdir...

            ! Weights where automatically defined for sese_PA1 to rise a 0.5 prevalence !
            ! Weights where automatically defined for sese_PA2 to rise a 0.5 prevalence !
            ! Weights where automatically defined for sese_PA3 to rise a 0.5 prevalence !


-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-= sese Modeling Summary -=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=

 6  environmental variables ( temp_max_august temp_min temp_wet_quart temp_season prec_wet_quart prec_season )
Number of evaluation repetitions : 1
Models selected : GAM MARS MAXNET GBM ANN RF 

Total number of model runs: 18 

-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=


-=-=-=- Run :  sese_PA1 


-=-=-=--=-=-=- sese_PA1_RUN1 


-=-=-=- Run :  sese_PA2 


-=-=-=--=-=-=- sese_PA2_RUN1 


-=-=-=- Run :  sese_PA3 


-=-=-=--=-=-=- sese_PA3_RUN1 

-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-= Done -=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=

179.2.2.1 Évaluation de la performance

             full.name  PA  run   algo metric.eval cutoff sensitivity
1    sese_PA1_RUN1_GAM PA1 RUN1    GAM         TSS  985.0     100.000
2    sese_PA1_RUN1_GAM PA1 RUN1    GAM         ROC  999.5     100.000
3   sese_PA1_RUN1_MARS PA1 RUN1   MARS         TSS  707.0      96.454
4   sese_PA1_RUN1_MARS PA1 RUN1   MARS         ROC  612.5      97.305
5 sese_PA1_RUN1_MAXNET PA1 RUN1 MAXNET         TSS  337.0      98.156
6 sese_PA1_RUN1_MAXNET PA1 RUN1 MAXNET         ROC  334.0      98.156
  specificity calibration validation evaluation
1      74.752       0.748      0.705         NA
2      74.894       0.874      0.854         NA
3      98.723       0.952      0.949         NA
4      97.872       0.996      0.995         NA
5      97.163       0.953      0.955         NA
6      97.163       0.995      0.995         NA
Évaluation de la performance des modèles individuels : True Skill Statistic & aire sous la courbe de ROC.

Figure 179.7: Évaluation de la performance des modèles individuels : True Skill Statistic & aire sous la courbe de ROC.

179.2.2.2 Importance des variables environnementales

          full.name  PA  run algo        expl.var rand  var.imp
1 sese_PA1_RUN1_GAM PA1 RUN1  GAM temp_max_august    1 0.337036
2 sese_PA1_RUN1_GAM PA1 RUN1  GAM        temp_min    1 1.000000
3 sese_PA1_RUN1_GAM PA1 RUN1  GAM  temp_wet_quart    1 0.218816
4 sese_PA1_RUN1_GAM PA1 RUN1  GAM     temp_season    1 0.232993
5 sese_PA1_RUN1_GAM PA1 RUN1  GAM  prec_wet_quart    1 0.111653
6 sese_PA1_RUN1_GAM PA1 RUN1  GAM     prec_season    1 0.514956
Pourcentage de variance expliquée pour chaque variable, décomposé par algorithme.

Figure 179.8: Pourcentage de variance expliquée pour chaque variable, décomposé par algorithme.

Pourcentage de variance expliquée pour chaque variable, décomposé par variable.

Figure 179.9: Pourcentage de variance expliquée pour chaque variable, décomposé par variable.

179.2.2.3 Courbes de réponses

Courbes de réponse de chaque variable climatique selon l'algorithme (en couleurs).

Figure 179.10: Courbes de réponse de chaque variable climatique selon l’algorithme (en couleurs).

179.2.3 Modèles d’ensemble de niche

Seulement modèles avec TSS > 0.8


-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-= BIOMOD.ensemble.models.out -=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=

sp.name : sese

expl.var.names : temp_max_august temp_min temp_wet_quart temp_season 
prec_wet_quart prec_season


models computed: 
sese_EMcvByTSS_mergedData_mergedRun_mergedAlgo, sese_EMwmeanByTSS_mergedData_mergedRun_mergedAlgo

models failed: none

-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=

179.2.3.1 Évaluation de la qualité

                                          full.name merged.by.PA merged.by.run
1 sese_EMwmeanByTSS_mergedData_mergedRun_mergedAlgo   mergedData     mergedRun
2 sese_EMwmeanByTSS_mergedData_mergedRun_mergedAlgo   mergedData     mergedRun
  merged.by.algo filtered.by    algo metric.eval cutoff sensitivity specificity
1     mergedAlgo         TSS EMwmean         TSS  482.0      98.638      98.485
2     mergedAlgo         TSS EMwmean         ROC  484.5      98.638      98.523
  calibration validation evaluation
1       0.971         NA         NA
2       0.998         NA         NA
Évaluation de la qualité du modèle d'ensemble : Aire sous la courbe de ROC & True Skill Statistic.

Figure 179.11: Évaluation de la qualité du modèle d’ensemble : Aire sous la courbe de ROC & True Skill Statistic.

                                       full.name merged.by.PA merged.by.run
1 sese_EMcvByTSS_mergedData_mergedRun_mergedAlgo   mergedData     mergedRun
2 sese_EMcvByTSS_mergedData_mergedRun_mergedAlgo   mergedData     mergedRun
3 sese_EMcvByTSS_mergedData_mergedRun_mergedAlgo   mergedData     mergedRun
4 sese_EMcvByTSS_mergedData_mergedRun_mergedAlgo   mergedData     mergedRun
5 sese_EMcvByTSS_mergedData_mergedRun_mergedAlgo   mergedData     mergedRun
6 sese_EMcvByTSS_mergedData_mergedRun_mergedAlgo   mergedData     mergedRun
  merged.by.algo filtered.by algo        expl.var rand  var.imp
1     mergedAlgo         TSS EMcv temp_max_august    1 0.188581
2     mergedAlgo         TSS EMcv        temp_min    1 0.458869
3     mergedAlgo         TSS EMcv  temp_wet_quart    1 0.410708
4     mergedAlgo         TSS EMcv     temp_season    1 0.228459
5     mergedAlgo         TSS EMcv  prec_wet_quart    1 0.141648
6     mergedAlgo         TSS EMcv     prec_season    1 0.280830

Par variable :

Pourcentage de variance expliquée par variable dans le modèle d'ensemble.

Figure 179.12: Pourcentage de variance expliquée par variable dans le modèle d’ensemble.

Courbes de réponse de chaque variable climatique dans le modèle d'ensemble.

Figure 179.13: Courbes de réponse de chaque variable climatique dans le modèle d’ensemble.

179.3 Projections

179.3.1 Distribution potentielle contemporaine

Contemporaine : Cartographie des observations sur couches climatiques Extraction des conditions climatiques favorables


-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-= BIOMOD.projection.out -=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=

Projection directory : Output/sese/current


sp.name : sese

expl.var.names : temp_max_august temp_min temp_wet_quart temp_season 
prec_wet_quart prec_season


modeling.id : AllModels ( Output/sese/sese.AllModels.models.out )

models.projected : 
sese_PA1_RUN1_GAM, sese_PA1_RUN1_MARS, sese_PA1_RUN1_MAXNET, sese_PA1_RUN1_GBM, sese_PA1_RUN1_ANN, sese_PA1_RUN1_RF, sese_PA2_RUN1_GAM, sese_PA2_RUN1_MARS, sese_PA2_RUN1_MAXNET, sese_PA2_RUN1_GBM, sese_PA2_RUN1_ANN, sese_PA2_RUN1_RF, sese_PA3_RUN1_GAM, sese_PA3_RUN1_MARS, sese_PA3_RUN1_MAXNET, sese_PA3_RUN1_GBM, sese_PA3_RUN1_ANN, sese_PA3_RUN1_RF

available binary projection : TSS, ROC

available filtered projection : TSS, ROC

-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=
Projection de la distribution potentielle contemporaine sur l'Europe, selon les 6 algorithmes et les 3 runs.

Figure 179.14: Projection de la distribution potentielle contemporaine sur l’Europe, selon les 6 algorithmes et les 3 runs.

Projection de la distribution potentielle contemporaine sur l'Europe, selon les 6 algorithmes et les 3 runs.

Figure 179.15: Projection de la distribution potentielle contemporaine sur l’Europe, selon les 6 algorithmes et les 3 runs.


-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-= BIOMOD.projection.out -=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=

Projection directory : Output/sese/current


sp.name : sese

expl.var.names : temp_max_august temp_min temp_wet_quart temp_season 
prec_wet_quart prec_season


modeling.id : AllModels ( Output/sese/sese.AllModels.ensemble.models.out )

models.projected : 
sese_EMcvByTSS_mergedData_mergedRun_mergedAlgo, sese_EMwmeanByTSS_mergedData_mergedRun_mergedAlgo

-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=
A) Projection de la distribution potentielle contemporaine (modèle d'ensemble) ; B) Incertitude associée à la projection.

Figure 179.16: A) Projection de la distribution potentielle contemporaine (modèle d’ensemble) ; B) Incertitude associée à la projection.

179.3.2 Interpolation à l’échelle de la métropole

  • → conditions climatiques favorables à fine échelle

On projette la niche climatique sur ce raster à fine échelle.


-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-= BIOMOD.projection.out -=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=

Projection directory : Output/sese/cont_gre


sp.name : sese

expl.var.names : temp_max_august temp_min temp_wet_quart temp_season 
prec_wet_quart prec_season


modeling.id : AllModels ( Output/sese/sese.AllModels.models.out )

models.projected : 
sese_PA1_RUN1_GAM, sese_PA1_RUN1_MARS, sese_PA1_RUN1_MAXNET, sese_PA1_RUN1_GBM, sese_PA1_RUN1_ANN, sese_PA1_RUN1_RF, sese_PA2_RUN1_GAM, sese_PA2_RUN1_MARS, sese_PA2_RUN1_MAXNET, sese_PA2_RUN1_GBM, sese_PA2_RUN1_ANN, sese_PA2_RUN1_RF, sese_PA3_RUN1_GAM, sese_PA3_RUN1_MARS, sese_PA3_RUN1_MAXNET, sese_PA3_RUN1_GBM, sese_PA3_RUN1_ANN, sese_PA3_RUN1_RF

available binary projection : TSS, ROC

available filtered projection : TSS, ROC

-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=
Projection de la distribution potentielle contemporaine sur la métropole de Grenoble, selon les 6 algorithmes et les 3 runs.

Figure 179.17: Projection de la distribution potentielle contemporaine sur la métropole de Grenoble, selon les 6 algorithmes et les 3 runs.

Projection de la distribution potentielle contemporaine sur la métropole de Grenoble, selon les 6 algorithmes et les 3 runs.

Figure 179.18: Projection de la distribution potentielle contemporaine sur la métropole de Grenoble, selon les 6 algorithmes et les 3 runs.


-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-= BIOMOD.projection.out -=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=

Projection directory : Output/sese/cont_gre


sp.name : sese

expl.var.names : temp_max_august temp_min temp_wet_quart temp_season 
prec_wet_quart prec_season


modeling.id : AllModels ( Output/sese/sese.AllModels.ensemble.models.out )

models.projected : 
sese_EMcvByTSS_mergedData_mergedRun_mergedAlgo, sese_EMwmeanByTSS_mergedData_mergedRun_mergedAlgo

-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=
A) Projection de la distribution potentielle contemporaine (modèle d'ensemble) sur la métropole de Grenoble ; B) Incertitude associée à la projection.

Figure 179.19: A) Projection de la distribution potentielle contemporaine (modèle d’ensemble) sur la métropole de Grenoble ; B) Incertitude associée à la projection.

179.3.3 Distributions potentielles futures

Futur : Projection à l’échelle de l’Europe jusqu’à l’horizon 2100

Toutes les fenêtres temporelles × scénarios pour le GCM « IPSL-CM6A-LR »

  1. SSP1-2.6
Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP1-2.6 (modèle d'ensemble).Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP1-2.6 (modèle d'ensemble).Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP1-2.6 (modèle d'ensemble).Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP1-2.6 (modèle d'ensemble).Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP1-2.6 (modèle d'ensemble).

Figure 179.20: Projection des distributions potentielles futures jusqu’à l’horizon 2100 sous le scénario SSP1-2.6 (modèle d’ensemble).

On obtient pour la métrique TSS une carte unique de moyenne pondérée sur les algorithmes et sur les jeux de pseudo-absences.

  1. SSP2-4.5
Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP2-4.5 (modèle d'ensemble).Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP2-4.5 (modèle d'ensemble).Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP2-4.5 (modèle d'ensemble).Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP2-4.5 (modèle d'ensemble).Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP2-4.5 (modèle d'ensemble).

Figure 179.21: Projection des distributions potentielles futures jusqu’à l’horizon 2100 sous le scénario SSP2-4.5 (modèle d’ensemble).

  1. SSP3-7.0
Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP3-7.0 (modèle d'ensemble).Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP3-7.0 (modèle d'ensemble).Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP3-7.0 (modèle d'ensemble).Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP3-7.0 (modèle d'ensemble).Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP3-7.0 (modèle d'ensemble).

Figure 179.22: Projection des distributions potentielles futures jusqu’à l’horizon 2100 sous le scénario SSP3-7.0 (modèle d’ensemble).

  1. SSP5-8.5
Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble).Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble).Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble).Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble).Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble).

Figure 179.23: Projection des distributions potentielles futures jusqu’à l’horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d’ensemble).

179.4 Inférence à l’échelle de la métropole

  • Croisement avec températures de surface 2019 (fournie par la métropole)
  • → conditions climatiques favorables à fine échelle
  • à peu près 7 pixels × 9 (WorldClim)

179.4.1 Distributions potentielles futures

Même chose que précédemment mais sur les rasters de Grenoble

  1. SSP1-2.6
Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).

Figure 179.24: Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu’à l’horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d’ensemble, GCM IPSL).

  1. SSP2-4.5
Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).

Figure 179.25: Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu’à l’horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d’ensemble, GCM IPSL).

  1. SSP3-7.0
Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).

Figure 179.26: Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu’à l’horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d’ensemble, GCM IPSL).

  1. SSP5-8.5
Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).

Figure 179.27: Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu’à l’horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d’ensemble, GCM IPSL).

179.4.2 Évolution temporelle

# A tibble: 17 × 8
   min         q1          median      mean        q3          max   ssp    year
   <table[1d]> <table[1d]> <table[1d]> <table[1d]> <table[1d]> <tab> <fct> <dbl>
 1 32          49           71          67.99363    81         151   0      2000
 2 36          48           82          79.11451    99         191   126    2040
 3 39          62          102         103.09170   137         240   126    2060
 4 41          60           93          92.48690   116         237   126    2080
 5 43          65          113         113.55762   154         237   126    2100
 6 37          51           87          85.17314   107         199   245    2040
 7 39          58           92          93.15724   119         229   245    2060
 8 42          61          102         105.18420   143         231   245    2080
 9 46          65          114         127.80960   187         279   245    2100
10 35          46           80          77.12881    97         185   370    2040
11 42          63          114         113.87399   156         244   370    2060
12 47          64          104         122.14621   179         280   370    2080
13 52          76          117         139.11475   204         299   370    2100
14 37          51           87          84.33527   106         197   585    2040
15 44          64          123         123.03329   172         273   585    2060
16 50          72          100         123.30267   166         288   585    2080
17 67          85          119         141.25507   194         313   585    2100
Évolution de la favorabilité climatique au cours du XXIème siècle. Le point représente la médiane sur l'étendue de la métropole (i.e. tous les pixels de la carte) ; le trait gras représente 50 % des données intermédiaires (espace inter-quartile) ; le trait fin représente le reste des données du minimum au maximum.

Figure 179.28: Évolution de la favorabilité climatique au cours du XXIème siècle. Le point représente la médiane sur l’étendue de la métropole (i.e. tous les pixels de la carte) ; le trait gras représente 50 % des données intermédiaires (espace inter-quartile) ; le trait fin représente le reste des données du minimum au maximum.