221 Quercus faginea

221.1 Données d’occurrences GBIF

Collecte des données du GBIF :

<<gbif download metadata>>
  Status: SUCCEEDED
  DOI: 10.15468/dl.mwty4p
  Format: SIMPLE_CSV
  Download key: 0260931-230224095556074
  Created: 2023-05-25T12:31:33.628+00:00
  Modified: 2023-05-25T12:32:20.773+00:00
  Download link: https://api.gbif.org/v1/occurrence/download/request/0260931-230224095556074.zip
  Total records: 6722

Conversion en objets géographiques (format Simple feature de sf) et exploration rapide des données (classe du jeu de données et premières lignes du tableau) :

Simple feature collection with 6722 features and 50 fields
Attribute-geometry relationship: 50 constant, 0 aggregate, 0 identity
Geometry type: POINT
Dimension:     XY
Bounding box:  xmin: -121.763611 ymin: 33.42694 xmax: 8.9656 ymax: 43.97745
Geodetic CRS:  WGS 84
# A tibble: 6,722 × 51
      gbifID datasetKey         occurrenceID kingdom phylum class order family genus species
 *   <int64> <chr>              <chr>        <chr>   <chr>  <chr> <chr> <chr>  <chr> <chr>  
 1 910490142 837acfc2-f762-11e… HSS:HSS:556… Plantae Trach… Magn… Faga… Fagac… Quer… Quercu…
 2 910488983 837acfc2-f762-11e… HSS:HSS:577… Plantae Trach… Magn… Faga… Fagac… Quer… Quercu…
 3 910488944 837acfc2-f762-11e… HSS:HSS:577… Plantae Trach… Magn… Faga… Fagac… Quer… Quercu…
 4 910488939 837acfc2-f762-11e… HSS:HSS:577… Plantae Trach… Magn… Faga… Fagac… Quer… Quercu…
 5 910488931 837acfc2-f762-11e… HSS:HSS:577… Plantae Trach… Magn… Faga… Fagac… Quer… Quercu…
 6 910488923 837acfc2-f762-11e… HSS:HSS:577… Plantae Trach… Magn… Faga… Fagac… Quer… Quercu…
 7 910488920 837acfc2-f762-11e… HSS:HSS:577… Plantae Trach… Magn… Faga… Fagac… Quer… Quercu…
 8 910488897 837acfc2-f762-11e… HSS:HSS:577… Plantae Trach… Magn… Faga… Fagac… Quer… Quercu…
 9 910488888 837acfc2-f762-11e… HSS:HSS:577… Plantae Trach… Magn… Faga… Fagac… Quer… Quercu…
10 910487660 837acfc2-f762-11e… HSS:HSS:568… Plantae Trach… Magn… Faga… Fagac… Quer… Quercu…
# ℹ 6,712 more rows
# ℹ 41 more variables: infraspecificEpithet <chr>, taxonRank <chr>, scientificName <chr>,
#   verbatimScientificName <chr>, verbatimScientificNameAuthorship <chr>,
#   countryCode <chr>, locality <chr>, stateProvince <chr>, occurrenceStatus <chr>,
#   individualCount <int>, publishingOrgKey <chr>, decimalLatitude <dbl>,
#   decimalLongitude <dbl>, coordinateUncertaintyInMeters <dbl>, coordinatePrecision <dbl>,
#   elevation <dbl>, elevationAccuracy <dbl>, depth <dbl>, depthAccuracy <dbl>, …

Il y a 6 722 occurrences dans le jeu de données. On les affiche sur la carte du monde :

Figure 221.1: Occurrences de Quercus faginea dans le monde.

221.1.1 Données par région

On évalue la proportion d’occurrences dans chaque région, en utilisant les 3 masques créés précédemment. Si on a au moins 50 % des occurrences dans une région, on peut continuer en travaillant uniquement sur ces données. Sinon, on vérifie qu’au moins 67 % des données tombent dans l’ensemble des régions, et on prend la région la plus représentée. Au final, s’il s’agit d’une espèce endémique d’Europe, on n’a pas besoin de manipulation supplémentaire.

[1] 0.9998512348

[1] 0.0001487652484

[1] 0

Espèce endémique d’Europe

Figure 221.2: Occurrence de Quercus faginea dans la région d’endémisme.

221.1.2 Licences

On s’intéresse ici au problème particulier des licences :

   CC_BY_4_0 CC_BY_NC_4_0      CC0_1_0 
         377         6337            7 

[1] 5.713435501

Figure 221.3: Occurrence de Quercus faginea dans la région d’endémisme, selon la licence : CC BY-NC en bleu ; CC0 et CC BY en orange.

Idéalement, on aimerait avoir au moins 50 % de données vraiment libres d’utilisation (c’est-à-dire sans la clause -NC). On continue en supprimant les données en CC BY-NC.

Moins de 50 % de données librement utilisables

[1] 384

Moins de 500 occurrences utilisables