204 Fagus grandifolia

204.1 Données d’occurrences GBIF

Collecte des données du GBIF :

<<gbif download metadata>>
  Status: SUCCEEDED
  DOI: 10.15468/dl.k4t2fu
  Format: SIMPLE_CSV
  Download key: 0260825-230224095556074
  Created: 2023-05-25T10:51:39.070+00:00
  Modified: 2023-05-25T10:52:41.388+00:00
  Download link: https://api.gbif.org/v1/occurrence/download/request/0260825-230224095556074.zip
  Total records: 22604

Conversion en objets géographiques (format Simple feature de sf) et exploration rapide des données (classe du jeu de données et premières lignes du tableau) :

Simple feature collection with 22362 features and 50 fields
Attribute-geometry relationship: 50 constant, 0 aggregate, 0 identity
Geometry type: POINT
Dimension:     XY
Bounding box:  xmin: -99.7065 ymin: 19.3333 xmax: 5.514722 ymax: 50.838611
Geodetic CRS:  WGS 84
# A tibble: 22,362 × 51
       gbifID datasetKey        occurrenceID kingdom phylum class order family genus species
 *    <int64> <chr>             <chr>        <chr>   <chr>  <chr> <chr> <chr>  <chr> <chr>  
 1 3393570481 d1e9202b-7300-47… NYCstreetTr… Plantae Trach… Magn… Faga… Fagac… Fagus Fagus …
 2 3393519001 d1e9202b-7300-47… NYCstreetTr… Plantae Trach… Magn… Faga… Fagac… Fagus Fagus …
 3 3393823926 d1e9202b-7300-47… NYCstreetTr… Plantae Trach… Magn… Faga… Fagac… Fagus Fagus …
 4 3050909056 c4e1739b-e225-47… BISON:New Y… Plantae Trach… Magn… Faga… Fagac… Fagus Fagus …
 5 3393490683 d1e9202b-7300-47… NYCstreetTr… Plantae Trach… Magn… Faga… Fagac… Fagus Fagus …
 6 3393815277 d1e9202b-7300-47… NYCstreetTr… Plantae Trach… Magn… Faga… Fagac… Fagus Fagus …
 7 3393499725 d1e9202b-7300-47… NYCstreetTr… Plantae Trach… Magn… Faga… Fagac… Fagus Fagus …
 8 3393708882 d1e9202b-7300-47… NYCstreetTr… Plantae Trach… Magn… Faga… Fagac… Fagus Fagus …
 9 3393902379 d1e9202b-7300-47… NYCstreetTr… Plantae Trach… Magn… Faga… Fagac… Fagus Fagus …
10 3051266875 c4e1739b-e225-47… BISON:New Y… Plantae Trach… Magn… Faga… Fagac… Fagus Fagus …
# ℹ 22,352 more rows
# ℹ 41 more variables: infraspecificEpithet <chr>, taxonRank <chr>, scientificName <chr>,
#   verbatimScientificName <chr>, verbatimScientificNameAuthorship <chr>,
#   countryCode <chr>, locality <chr>, stateProvince <chr>, occurrenceStatus <chr>,
#   individualCount <int>, publishingOrgKey <chr>, decimalLatitude <dbl>,
#   decimalLongitude <dbl>, coordinateUncertaintyInMeters <dbl>, coordinatePrecision <lgl>,
#   elevation <dbl>, elevationAccuracy <dbl>, depth <dbl>, depthAccuracy <dbl>, …

Il y a 22 362 occurrences dans le jeu de données. On les affiche sur la carte du monde :

Occurrences de Fagus grandifolia dans le monde.

Figure 204.1: Occurrences de Fagus grandifolia dans le monde.

204.1.1 Données par région

On évalue la proportion d’occurrences dans chaque région, en utilisant les 3 masques créés précédemment. Si on a au moins 50 % des occurrences dans une région, on peut continuer en travaillant uniquement sur ces données. Sinon, on vérifie qu’au moins 67 % des données tombent dans l’ensemble des régions, et on prend la région la plus représentée. Au final, s’il s’agit d’une espèce endémique d’Europe, on n’a pas besoin de manipulation supplémentaire.

[1] 8.943743851e-05
[1] 0.9999105626
[1] 0

Espèce endémique d’Amérique du Nord

Occurrence de Fagus grandifolia dans la région d'endémisme.

Figure 204.2: Occurrence de Fagus grandifolia dans la région d’endémisme.

204.1.2 Licences

On s’intéresse ici au problème particulier des licences :


   CC_BY_4_0 CC_BY_NC_4_0      CC0_1_0 
        4607        15511         2242 
[1] 30.63059034
Occurrence de Fagus grandifolia dans la région d'endémisme, selon la licence : CC BY-NC en bleu ; CC0 et CC BY en orange.

Figure 204.3: Occurrence de Fagus grandifolia dans la région d’endémisme, selon la licence : CC BY-NC en bleu ; CC0 et CC BY en orange.

Idéalement, on aimerait avoir au moins 50 % de données vraiment libres d’utilisation (c’est-à-dire sans la clause -NC). On continue en supprimant les données en CC BY-NC.

Moins de 50 % de données librement utilisables

[1] 6849

204.1.3 Sous-échantillonnage

Si le jeu de données contient 25 000 occurrences ou plus, on procède au sous-échantillonnage aléatoire pour en conserver un maximum de 25 000.

Moins de 25 000 occurrences : pas de sous-échantillonnage

Simple feature collection with 6849 features and 50 fields
Attribute-geometry relationship: 50 constant, 0 aggregate, 0 identity
Geometry type: POINT
Dimension:     XY
Bounding box:  xmin: -99.7065 ymin: 19.3333 xmax: -60.047926 ymax: 48.093333
Geodetic CRS:  WGS 84
# A tibble: 6,849 × 51
       gbifID datasetKey        occurrenceID kingdom phylum class order family genus species
      <int64> <chr>             <chr>        <chr>   <chr>  <chr> <chr> <chr>  <chr> <chr>  
 1 3393570481 d1e9202b-7300-47… NYCstreetTr… Plantae Trach… Magn… Faga… Fagac… Fagus Fagus …
 2 3393519001 d1e9202b-7300-47… NYCstreetTr… Plantae Trach… Magn… Faga… Fagac… Fagus Fagus …
 3 3393823926 d1e9202b-7300-47… NYCstreetTr… Plantae Trach… Magn… Faga… Fagac… Fagus Fagus …
 4 3050909056 c4e1739b-e225-47… BISON:New Y… Plantae Trach… Magn… Faga… Fagac… Fagus Fagus …
 5 3393490683 d1e9202b-7300-47… NYCstreetTr… Plantae Trach… Magn… Faga… Fagac… Fagus Fagus …
 6 3393815277 d1e9202b-7300-47… NYCstreetTr… Plantae Trach… Magn… Faga… Fagac… Fagus Fagus …
 7 3393499725 d1e9202b-7300-47… NYCstreetTr… Plantae Trach… Magn… Faga… Fagac… Fagus Fagus …
 8 3393708882 d1e9202b-7300-47… NYCstreetTr… Plantae Trach… Magn… Faga… Fagac… Fagus Fagus …
 9 3393902379 d1e9202b-7300-47… NYCstreetTr… Plantae Trach… Magn… Faga… Fagac… Fagus Fagus …
10 3051266875 c4e1739b-e225-47… BISON:New Y… Plantae Trach… Magn… Faga… Fagac… Fagus Fagus …
# ℹ 6,839 more rows
# ℹ 41 more variables: infraspecificEpithet <chr>, taxonRank <chr>, scientificName <chr>,
#   verbatimScientificName <chr>, verbatimScientificNameAuthorship <chr>,
#   countryCode <chr>, locality <chr>, stateProvince <chr>, occurrenceStatus <chr>,
#   individualCount <int>, publishingOrgKey <chr>, decimalLatitude <dbl>,
#   decimalLongitude <dbl>, coordinateUncertaintyInMeters <dbl>, coordinatePrecision <lgl>,
#   elevation <dbl>, elevationAccuracy <dbl>, depth <dbl>, depthAccuracy <dbl>, …

204.1.4 Carte finale

On prépare la carte finale des occurrences :

Occurrence de Fagus grandifolia dans la région d'endémisme après sous-échantillonnage éventuel.

Figure 204.4: Occurrence de Fagus grandifolia dans la région d’endémisme après sous-échantillonnage éventuel.

204.2 Modélisation de la niche climatique

204.2.1 Préparer les données

Organisation des données d’entrées (occurrences et données environnementales) et des données produites de pseudo-absences :

 class       : SpatVector 
 geometry    : points 
 dimensions  : 6849, 0  (geometries, attributes)
 extent      : -99.7065, -60.04793, 19.3333, 48.09333  (xmin, xmax, ymin, ymax)
 coord. ref. : lon/lat WGS 84 (EPSG:4326) 

-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-= fagr Data Formating -=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=

      ! Response variable is considered as only presences... Is it really what you want?
      ! No data has been set aside for modeling evaluation
 !!! Some data are located in the same raster cell. 
          Please set `filter.raster = TRUE` if you want an automatic filtering.

Checking Pseudo-absence selection arguments...

   > random pseudo absences selection
   > Pseudo absences are selected in explanatory variables
 ! Some NAs have been automatically removed from your data
 !!! Some data are located in the same raster cell. 
          Please set `filter.raster = TRUE` if you want an automatic filtering.
-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-= Done -=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=

-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-= BIOMOD.formated.data -=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=

dir.name =  Output

sp.name =  fagr

     6844 presences,  0 true absences and  20376 undefined points in dataset


     6 explanatory variables

 temp_max_august    temp_min       temp_wet_quart    temp_season    
 Min.   : 0.50   Min.   :-30.612   Min.   :-12.40   Min.   :   0.0  
 1st Qu.:23.44   1st Qu.:-15.560   1st Qu.: 11.52   1st Qu.: 768.2  
 Median :26.85   Median : -9.600   Median : 16.95   Median : 914.4  
 Mean   :26.92   Mean   : -9.081   Mean   : 15.60   Mean   : 894.0  
 3rd Qu.:30.80   3rd Qu.: -2.808   3rd Qu.: 20.60   3rd Qu.:1053.3  
 Max.   :42.76   Max.   : 22.760   Max.   : 33.43   Max.   :1474.1  
 prec_wet_quart    prec_season     
 Min.   :  21.0   Min.   :  5.439  
 1st Qu.: 229.0   1st Qu.: 16.709  
 Median : 296.0   Median : 29.477  
 Mean   : 316.4   Mean   : 37.801  
 3rd Qu.: 344.0   3rd Qu.: 55.455  
 Max.   :2416.0   Max.   :138.056  

-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=

On visualise les pseudo-absences :

Les données d'occurrences (en haut à gauche) et les trois jeux de données aléatoires de pseudo-absences.

Figure 204.5: Les données d’occurrences (en haut à gauche) et les trois jeux de données aléatoires de pseudo-absences.

$data.vect
 class       : SpatVector 
 geometry    : points 
 dimensions  : 47923, 2  (geometries, attributes)
 extent      : -129.9792, -52.72917, 13.02083, 54.97917  (xmin, xmax, ymin, ymax)
 coord. ref. :  
 names       :  resp         dataset
 type        : <num>           <chr>
 values      :    10 Initial dataset
                  10 Initial dataset
                  10 Initial dataset

$data.label
                              9                              10 
                "**Presences**"       "Presences (calibration)" 
                             11                              12 
       "Presences (validation)"        "Presences (evaluation)" 
                             19                              20 
            "**True Absences**"   "True Absences (calibration)" 
                             21                              22 
   "True Absences (validation)"    "True Absences (evaluation)" 
                             29                              30 
          "**Pseudo-Absences**" "Pseudo-Absences (calibration)" 
                             31                               1 
 "Pseudo-Absences (validation)"                    "Background" 

$data.plot
Les données d'occurrences (en haut à gauche) et les trois jeux de données aléatoires de pseudo-absences.

Figure 204.6: Les données d’occurrences (en haut à gauche) et les trois jeux de données aléatoires de pseudo-absences.

204.2.2 Modèles individuels de niche


-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-= Build Single Models -=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=


Checking Models arguments...

Creating suitable Workdir...

            ! Weights where automatically defined for fagr_PA1 to rise a 0.5 prevalence !
            ! Weights where automatically defined for fagr_PA2 to rise a 0.5 prevalence !
            ! Weights where automatically defined for fagr_PA3 to rise a 0.5 prevalence !


-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-= fagr Modeling Summary -=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=

 6  environmental variables ( temp_max_august temp_min temp_wet_quart temp_season prec_wet_quart prec_season )
Number of evaluation repetitions : 1
Models selected : GAM MARS MAXNET GBM ANN RF 

Total number of model runs: 18 

-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=


-=-=-=- Run :  fagr_PA1 


-=-=-=--=-=-=- fagr_PA1_RUN1 


-=-=-=- Run :  fagr_PA2 


-=-=-=--=-=-=- fagr_PA2_RUN1 


-=-=-=- Run :  fagr_PA3 


-=-=-=--=-=-=- fagr_PA3_RUN1 

-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-= Done -=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=

204.2.2.1 Évaluation de la performance

             full.name  PA  run   algo metric.eval cutoff sensitivity
1    fagr_PA1_RUN1_GAM PA1 RUN1    GAM         TSS  545.0      98.155
2    fagr_PA1_RUN1_GAM PA1 RUN1    GAM         ROC  544.0      98.155
3   fagr_PA1_RUN1_MARS PA1 RUN1   MARS         TSS  411.0      96.785
4   fagr_PA1_RUN1_MARS PA1 RUN1   MARS         ROC  407.5      96.822
5 fagr_PA1_RUN1_MAXNET PA1 RUN1 MAXNET         TSS  377.0      94.466
6 fagr_PA1_RUN1_MAXNET PA1 RUN1 MAXNET         ROC  373.5      94.685
  specificity calibration validation evaluation
1      71.254       0.694      0.680         NA
2      71.254       0.805      0.796         NA
3      83.957       0.807      0.793         NA
4      83.920       0.955      0.948         NA
5      85.892       0.804      0.790         NA
6      85.709       0.956      0.951         NA
Évaluation de la performance des modèles individuels : True Skill Statistic & aire sous la courbe de ROC.

Figure 204.7: Évaluation de la performance des modèles individuels : True Skill Statistic & aire sous la courbe de ROC.

204.2.2.2 Importance des variables environnementales

          full.name  PA  run algo        expl.var rand  var.imp
1 fagr_PA1_RUN1_GAM PA1 RUN1  GAM temp_max_august    1 0.136175
2 fagr_PA1_RUN1_GAM PA1 RUN1  GAM        temp_min    1 0.309967
3 fagr_PA1_RUN1_GAM PA1 RUN1  GAM  temp_wet_quart    1 0.019829
4 fagr_PA1_RUN1_GAM PA1 RUN1  GAM     temp_season    1 0.336104
5 fagr_PA1_RUN1_GAM PA1 RUN1  GAM  prec_wet_quart    1 0.182524
6 fagr_PA1_RUN1_GAM PA1 RUN1  GAM     prec_season    1 0.427299
Pourcentage de variance expliquée pour chaque variable, décomposé par algorithme.

Figure 204.8: Pourcentage de variance expliquée pour chaque variable, décomposé par algorithme.

Pourcentage de variance expliquée pour chaque variable, décomposé par variable.

Figure 204.9: Pourcentage de variance expliquée pour chaque variable, décomposé par variable.

204.2.2.3 Courbes de réponses

Courbes de réponse de chaque variable climatique selon l'algorithme (en couleurs).

Figure 204.10: Courbes de réponse de chaque variable climatique selon l’algorithme (en couleurs).

204.2.3 Modèles d’ensemble de niche

Seulement modèles avec TSS > 0.8


-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-= BIOMOD.ensemble.models.out -=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=

sp.name : fagr

expl.var.names : temp_max_august temp_min temp_wet_quart temp_season 
prec_wet_quart prec_season


models computed: 
fagr_EMcvByTSS_mergedData_mergedRun_mergedAlgo, fagr_EMwmeanByTSS_mergedData_mergedRun_mergedAlgo

models failed: none

-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=

204.2.3.1 Évaluation de la qualité

                                          full.name merged.by.PA merged.by.run
1 fagr_EMwmeanByTSS_mergedData_mergedRun_mergedAlgo   mergedData     mergedRun
2 fagr_EMwmeanByTSS_mergedData_mergedRun_mergedAlgo   mergedData     mergedRun
  merged.by.algo filtered.by    algo metric.eval cutoff sensitivity specificity
1     mergedAlgo         TSS EMwmean         TSS  512.0      96.157      88.982
2     mergedAlgo         TSS EMwmean         ROC  512.5      96.157      89.016
  calibration validation evaluation
1       0.852         NA         NA
2       0.983         NA         NA
Évaluation de la qualité du modèle d'ensemble : Aire sous la courbe de ROC & True Skill Statistic.

Figure 204.11: Évaluation de la qualité du modèle d’ensemble : Aire sous la courbe de ROC & True Skill Statistic.

                                       full.name merged.by.PA merged.by.run
1 fagr_EMcvByTSS_mergedData_mergedRun_mergedAlgo   mergedData     mergedRun
2 fagr_EMcvByTSS_mergedData_mergedRun_mergedAlgo   mergedData     mergedRun
3 fagr_EMcvByTSS_mergedData_mergedRun_mergedAlgo   mergedData     mergedRun
4 fagr_EMcvByTSS_mergedData_mergedRun_mergedAlgo   mergedData     mergedRun
5 fagr_EMcvByTSS_mergedData_mergedRun_mergedAlgo   mergedData     mergedRun
6 fagr_EMcvByTSS_mergedData_mergedRun_mergedAlgo   mergedData     mergedRun
  merged.by.algo filtered.by algo        expl.var rand  var.imp
1     mergedAlgo         TSS EMcv temp_max_august    1 0.198635
2     mergedAlgo         TSS EMcv        temp_min    1 0.217521
3     mergedAlgo         TSS EMcv  temp_wet_quart    1 0.056411
4     mergedAlgo         TSS EMcv     temp_season    1 0.199947
5     mergedAlgo         TSS EMcv  prec_wet_quart    1 0.236239
6     mergedAlgo         TSS EMcv     prec_season    1 0.343230

Par variable :

Pourcentage de variance expliquée par variable dans le modèle d'ensemble.

Figure 204.12: Pourcentage de variance expliquée par variable dans le modèle d’ensemble.

Courbes de réponse de chaque variable climatique dans le modèle d'ensemble.

Figure 204.13: Courbes de réponse de chaque variable climatique dans le modèle d’ensemble.

204.3 Projections

204.3.1 Distribution potentielle contemporaine

Contemporaine : Cartographie des observations sur couches climatiques Extraction des conditions climatiques favorables


-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-= BIOMOD.projection.out -=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=

Projection directory : Output/fagr/current


sp.name : fagr

expl.var.names : temp_max_august temp_min temp_wet_quart temp_season 
prec_wet_quart prec_season


modeling.id : AllModels ( Output/fagr/fagr.AllModels.models.out )

models.projected : 
fagr_PA1_RUN1_GAM, fagr_PA1_RUN1_MARS, fagr_PA1_RUN1_MAXNET, fagr_PA1_RUN1_GBM, fagr_PA1_RUN1_ANN, fagr_PA1_RUN1_RF, fagr_PA2_RUN1_GAM, fagr_PA2_RUN1_MARS, fagr_PA2_RUN1_MAXNET, fagr_PA2_RUN1_GBM, fagr_PA2_RUN1_ANN, fagr_PA2_RUN1_RF, fagr_PA3_RUN1_GAM, fagr_PA3_RUN1_MARS, fagr_PA3_RUN1_MAXNET, fagr_PA3_RUN1_GBM, fagr_PA3_RUN1_ANN, fagr_PA3_RUN1_RF

available binary projection : TSS, ROC

available filtered projection : TSS, ROC

-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=
Projection de la distribution potentielle contemporaine sur l'Europe, selon les 6 algorithmes et les 3 runs.

Figure 204.14: Projection de la distribution potentielle contemporaine sur l’Europe, selon les 6 algorithmes et les 3 runs.

Projection de la distribution potentielle contemporaine sur l'Europe, selon les 6 algorithmes et les 3 runs.

Figure 204.15: Projection de la distribution potentielle contemporaine sur l’Europe, selon les 6 algorithmes et les 3 runs.


-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-= BIOMOD.projection.out -=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=

Projection directory : Output/fagr/current


sp.name : fagr

expl.var.names : temp_max_august temp_min temp_wet_quart temp_season 
prec_wet_quart prec_season


modeling.id : AllModels ( Output/fagr/fagr.AllModels.ensemble.models.out )

models.projected : 
fagr_EMcvByTSS_mergedData_mergedRun_mergedAlgo, fagr_EMwmeanByTSS_mergedData_mergedRun_mergedAlgo

-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=
A) Projection de la distribution potentielle contemporaine (modèle d'ensemble) ; B) Incertitude associée à la projection.

Figure 204.16: A) Projection de la distribution potentielle contemporaine (modèle d’ensemble) ; B) Incertitude associée à la projection.

204.3.2 Interpolation à l’échelle de la métropole

  • → conditions climatiques favorables à fine échelle

On projette la niche climatique sur ce raster à fine échelle.


-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-= BIOMOD.projection.out -=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=

Projection directory : Output/fagr/cont_gre


sp.name : fagr

expl.var.names : temp_max_august temp_min temp_wet_quart temp_season 
prec_wet_quart prec_season


modeling.id : AllModels ( Output/fagr/fagr.AllModels.models.out )

models.projected : 
fagr_PA1_RUN1_GAM, fagr_PA1_RUN1_MARS, fagr_PA1_RUN1_MAXNET, fagr_PA1_RUN1_GBM, fagr_PA1_RUN1_ANN, fagr_PA1_RUN1_RF, fagr_PA2_RUN1_GAM, fagr_PA2_RUN1_MARS, fagr_PA2_RUN1_MAXNET, fagr_PA2_RUN1_GBM, fagr_PA2_RUN1_ANN, fagr_PA2_RUN1_RF, fagr_PA3_RUN1_GAM, fagr_PA3_RUN1_MARS, fagr_PA3_RUN1_MAXNET, fagr_PA3_RUN1_GBM, fagr_PA3_RUN1_ANN, fagr_PA3_RUN1_RF

available binary projection : TSS, ROC

available filtered projection : TSS, ROC

-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=
Projection de la distribution potentielle contemporaine sur la métropole de Grenoble, selon les 6 algorithmes et les 3 runs.

Figure 204.17: Projection de la distribution potentielle contemporaine sur la métropole de Grenoble, selon les 6 algorithmes et les 3 runs.

Projection de la distribution potentielle contemporaine sur la métropole de Grenoble, selon les 6 algorithmes et les 3 runs.

Figure 204.18: Projection de la distribution potentielle contemporaine sur la métropole de Grenoble, selon les 6 algorithmes et les 3 runs.


-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-= BIOMOD.projection.out -=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=

Projection directory : Output/fagr/cont_gre


sp.name : fagr

expl.var.names : temp_max_august temp_min temp_wet_quart temp_season 
prec_wet_quart prec_season


modeling.id : AllModels ( Output/fagr/fagr.AllModels.ensemble.models.out )

models.projected : 
fagr_EMcvByTSS_mergedData_mergedRun_mergedAlgo, fagr_EMwmeanByTSS_mergedData_mergedRun_mergedAlgo

-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=
A) Projection de la distribution potentielle contemporaine (modèle d'ensemble) sur la métropole de Grenoble ; B) Incertitude associée à la projection.

Figure 204.19: A) Projection de la distribution potentielle contemporaine (modèle d’ensemble) sur la métropole de Grenoble ; B) Incertitude associée à la projection.

204.3.3 Distributions potentielles futures

Futur : Projection à l’échelle de l’Europe jusqu’à l’horizon 2100

Toutes les fenêtres temporelles × scénarios pour le GCM « IPSL-CM6A-LR »

  1. SSP1-2.6
Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP1-2.6 (modèle d'ensemble).Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP1-2.6 (modèle d'ensemble).Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP1-2.6 (modèle d'ensemble).Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP1-2.6 (modèle d'ensemble).Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP1-2.6 (modèle d'ensemble).

Figure 204.20: Projection des distributions potentielles futures jusqu’à l’horizon 2100 sous le scénario SSP1-2.6 (modèle d’ensemble).

On obtient pour la métrique TSS une carte unique de moyenne pondérée sur les algorithmes et sur les jeux de pseudo-absences.

  1. SSP2-4.5
Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP2-4.5 (modèle d'ensemble).Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP2-4.5 (modèle d'ensemble).Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP2-4.5 (modèle d'ensemble).Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP2-4.5 (modèle d'ensemble).Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP2-4.5 (modèle d'ensemble).

Figure 204.21: Projection des distributions potentielles futures jusqu’à l’horizon 2100 sous le scénario SSP2-4.5 (modèle d’ensemble).

  1. SSP3-7.0
Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP3-7.0 (modèle d'ensemble).Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP3-7.0 (modèle d'ensemble).Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP3-7.0 (modèle d'ensemble).Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP3-7.0 (modèle d'ensemble).Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP3-7.0 (modèle d'ensemble).

Figure 204.22: Projection des distributions potentielles futures jusqu’à l’horizon 2100 sous le scénario SSP3-7.0 (modèle d’ensemble).

  1. SSP5-8.5
Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble).Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble).Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble).Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble).Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble).

Figure 204.23: Projection des distributions potentielles futures jusqu’à l’horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d’ensemble).

204.4 Inférence à l’échelle de la métropole

  • Croisement avec températures de surface 2019 (fournie par la métropole)
  • → conditions climatiques favorables à fine échelle
  • à peu près 7 pixels × 9 (WorldClim)

204.4.1 Distributions potentielles futures

Même chose que précédemment mais sur les rasters de Grenoble

  1. SSP1-2.6
Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).

Figure 204.24: Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu’à l’horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d’ensemble, GCM IPSL).

  1. SSP2-4.5
Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).

Figure 204.25: Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu’à l’horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d’ensemble, GCM IPSL).

  1. SSP3-7.0
Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).

Figure 204.26: Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu’à l’horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d’ensemble, GCM IPSL).

  1. SSP5-8.5
Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).

Figure 204.27: Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu’à l’horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d’ensemble, GCM IPSL).

204.4.2 Évolution temporelle

# A tibble: 17 × 8
   min         q1          median      mean        q3          max   ssp    year
   <table[1d]> <table[1d]> <table[1d]> <table[1d]> <table[1d]> <tab> <fct> <dbl>
 1 114         300         536         478.6626    641         736   0      2000
 2 153         466         671         563.7835    699         746   126    2040
 3 149         334         662         547.9820    696         742   126    2060
 4 135         298         637         526.2646    678         733   126    2080
 5 150         340         670         552.1008    697         738   126    2100
 6 150         439         681         567.4143    705         750   245    2040
 7 139         294         651         531.3954    691         736   245    2060
 8 141         249         633         511.6066    683         737   245    2080
 9 129         222         607         488.0213    663         728   245    2100
10 158         467         677         567.3544    704         757   370    2040
11 144         303         660         537.8138    696         742   370    2060
12 119         200         585         471.4898    660         731   370    2080
13 102         140         311         330.0276    512         680   370    2100
14 142         392         644         538.0393    677         730   585    2040
15 131         274         655         528.9890    696         748   585    2060
16 105         149         394         374.3692    565         705   585    2080
17  70         101         129         153.5569    189         573   585    2100
Évolution de la favorabilité climatique au cours du XXIème siècle. Le point représente la médiane sur l'étendue de la métropole (i.e. tous les pixels de la carte) ; le trait gras représente 50 % des données intermédiaires (espace inter-quartile) ; le trait fin représente le reste des données du minimum au maximum.

Figure 204.28: Évolution de la favorabilité climatique au cours du XXIème siècle. Le point représente la médiane sur l’étendue de la métropole (i.e. tous les pixels de la carte) ; le trait gras représente 50 % des données intermédiaires (espace inter-quartile) ; le trait fin représente le reste des données du minimum au maximum.