130 Corylus avellana

130.1 Données d’occurrences GBIF

Collecte des données du GBIF :

<<gbif download metadata>>
  Status: SUCCEEDED
  DOI: 10.15468/dl.6y487g
  Format: SIMPLE_CSV
  Download key: 0252525-230224095556074
  Created: 2023-05-20T16:11:59.915+00:00
  Modified: 2023-05-20T16:19:41.957+00:00
  Download link: https://api.gbif.org/v1/occurrence/download/request/0252525-230224095556074.zip
  Total records: 607164

Conversion en objets géographiques (format Simple feature de sf) et exploration rapide des données (classe du jeu de données et premières lignes du tableau) :

Simple feature collection with 607164 features and 50 fields
Attribute-geometry relationship: 50 constant, 0 aggregate, 0 identity
Geometry type: POINT
Dimension:     XY
Bounding box:  xmin: -124.900002 ymin: -43.899308 xmax: 175.256161 ymax: 68.3482
Geodetic CRS:  WGS 84
# A tibble: 607,164 × 51
     gbifID datasetKey occurrenceID kingdom phylum class order family genus species infraspecificEpithet
 *  <int64> <chr>      <chr>        <chr>   <chr>  <chr> <chr> <chr>  <chr> <chr>   <chr>               
 1      2e9 835613da-… 016FD1E5-5C… Plantae Trach… Magn… Faga… Betul… Cory… Corylu… ""                  
 2      2e9 835613da-… A3B3F209-57… Plantae Trach… Magn… Faga… Betul… Cory… Corylu… ""                  
 3      2e9 835613da-… D1634A91-64… Plantae Trach… Magn… Faga… Betul… Cory… Corylu… ""                  
 4      2e9 835613da-… 9E1F79DF-B1… Plantae Trach… Magn… Faga… Betul… Cory… Corylu… ""                  
 5      2e9 83fdfd3d-… INFOFLORA-T… Plantae Trach… Magn… Faga… Betul… Cory… Corylu… ""                  
 6      2e9 83fdfd3d-… INFOFLORA-T… Plantae Trach… Magn… Faga… Betul… Cory… Corylu… ""                  
 7      2e9 83fdfd3d-… INFOFLORA-T… Plantae Trach… Magn… Faga… Betul… Cory… Corylu… ""                  
 8      2e9 83fdfd3d-… INFOFLORA-T… Plantae Trach… Magn… Faga… Betul… Cory… Corylu… ""                  
 9      2e9 83fdfd3d-… INFOFLORA-T… Plantae Trach… Magn… Faga… Betul… Cory… Corylu… ""                  
10      4e9 83fdfd3d-… INFOFLORA-T… Plantae Trach… Magn… Faga… Betul… Cory… Corylu… ""                  
# ℹ 607,154 more rows
# ℹ 40 more variables: taxonRank <chr>, scientificName <chr>, verbatimScientificName <chr>,
#   verbatimScientificNameAuthorship <chr>, countryCode <chr>, locality <chr>, stateProvince <chr>,
#   occurrenceStatus <chr>, individualCount <int>, publishingOrgKey <chr>, decimalLatitude <dbl>,
#   decimalLongitude <dbl>, coordinateUncertaintyInMeters <dbl>, coordinatePrecision <dbl>,
#   elevation <dbl>, elevationAccuracy <dbl>, depth <dbl>, depthAccuracy <dbl>, eventDate <dttm>,
#   day <int>, month <int>, year <int>, taxonKey <int>, speciesKey <int>, basisOfRecord <chr>, …

Il y a 607 164 occurrences dans le jeu de données. On les affiche sur la carte du monde :

Occurrences de Corylus avellana dans le monde.

Figure 130.1: Occurrences de Corylus avellana dans le monde.

130.1.1 Données par région

On évalue la proportion d’occurrences dans chaque région, en utilisant les 3 masques créés précédemment. Si on a au moins 50 % des occurrences dans une région, on peut continuer en travaillant uniquement sur ces données. Sinon, on vérifie qu’au moins 67 % des données tombent dans l’ensemble des régions, et on prend la région la plus représentée. Au final, s’il s’agit d’une espèce endémique d’Europe, on n’a pas besoin de manipulation supplémentaire.

[1] 0.9972264495
[1] 0.000375516335
[1] 8.235007346e-06

Espèce endémique d’Europe

Occurrence de Corylus avellana dans la région d'endémisme.

Figure 130.2: Occurrence de Corylus avellana dans la région d’endémisme.

130.1.2 Licences

On s’intéresse ici au problème particulier des licences :


   CC_BY_4_0 CC_BY_NC_4_0      CC0_1_0 
      457789        95903        51788 
[1] 84.16083108
Occurrence de Corylus avellana dans la région d'endémisme, selon la licence : CC BY-NC en bleu ; CC0 et CC BY en orange.

Figure 130.3: Occurrence de Corylus avellana dans la région d’endémisme, selon la licence : CC BY-NC en bleu ; CC0 et CC BY en orange.

Idéalement, on aimerait avoir au moins 50 % de données vraiment libres d’utilisation (c’est-à-dire sans la clause -NC). On continue en supprimant les données en CC BY-NC.

[1] 509577

130.1.3 Sous-échantillonnage

Si le jeu de données contient 25 000 occurrences ou plus, on procède au sous-échantillonnage aléatoire pour en conserver un maximum de 25 000.

Simple feature collection with 25000 features and 50 fields
Attribute-geometry relationship: 50 constant, 0 aggregate, 0 identity
Geometry type: POINT
Dimension:     XY
Bounding box:  xmin: -10.137485 ymin: 37.042859 xmax: 46.829213 ymax: 67.928517
Geodetic CRS:  WGS 84
# A tibble: 25,000 × 51
     gbifID datasetKey occurrenceID kingdom phylum class order family genus species infraspecificEpithet
    <int64> <chr>      <chr>        <chr>   <chr>  <chr> <chr> <chr>  <chr> <chr>   <chr>               
 1     2 e9 95a410f0-… c7978f53-9a… Plantae Trach… Magn… Faga… Betul… Cory… Corylu… ""                  
 2     1.e9 8ea4250e-… http://id.s… Plantae Trach… Magn… Faga… Betul… Cory… Corylu… ""                  
 3     1.e9 38b4c89f-… urn:lsid:ar… Plantae Trach… Magn… Faga… Betul… Cory… Corylu… ""                  
 4     3.e9 f11a63fa-… 147f28c4-f9… Plantae Trach… Magn… Faga… Betul… Cory… Corylu… ""                  
 5     3.e9 b0bc4d1a-… 5b04e718-22… Plantae Trach… Magn… Faga… Betul… Cory… Corylu… ""                  
 6     3.e9 14d5676a-… q-100154562… Plantae Trach… Magn… Faga… Betul… Cory… Corylu… ""                  
 7     1.e9 8ea4250e-… http://id.s… Plantae Trach… Magn… Faga… Betul… Cory… Corylu… ""                  
 8     1 e9 75956ee6-… http://pifh… Plantae Trach… Magn… Faga… Betul… Cory… Corylu… ""                  
 9     2 e9 83fdfd3d-… INFOFLORA-T… Plantae Trach… Magn… Faga… Betul… Cory… Corylu… ""                  
10     1 e9 bfc6fe18-… Natuurpunt:… Plantae Trach… Magn… Faga… Betul… Cory… Corylu… ""                  
# ℹ 24,990 more rows
# ℹ 40 more variables: taxonRank <chr>, scientificName <chr>, verbatimScientificName <chr>,
#   verbatimScientificNameAuthorship <chr>, countryCode <chr>, locality <chr>, stateProvince <chr>,
#   occurrenceStatus <chr>, individualCount <int>, publishingOrgKey <chr>, decimalLatitude <dbl>,
#   decimalLongitude <dbl>, coordinateUncertaintyInMeters <dbl>, coordinatePrecision <dbl>,
#   elevation <dbl>, elevationAccuracy <dbl>, depth <dbl>, depthAccuracy <dbl>, eventDate <dttm>,
#   day <int>, month <int>, year <int>, taxonKey <int>, speciesKey <int>, basisOfRecord <chr>, …

130.1.4 Carte finale

On prépare la carte finale des occurrences :

Occurrence de Corylus avellana dans la région d'endémisme après sous-échantillonnage éventuel.

Figure 130.4: Occurrence de Corylus avellana dans la région d’endémisme après sous-échantillonnage éventuel.

130.2 Modélisation de la niche climatique

130.2.1 Préparer les données

Organisation des données d’entrées (occurrences et données environnementales) et des données produites de pseudo-absences :

 class       : SpatVector 
 geometry    : points 
 dimensions  : 25000, 0  (geometries, attributes)
 extent      : -10.13748, 46.82921, 37.04286, 67.92852  (xmin, xmax, ymin, ymax)
 coord. ref. : lon/lat WGS 84 (EPSG:4326) 

-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-= coav Data Formating -=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=

      ! Response variable is considered as only presences... Is it really what you want?
      ! No data has been set aside for modeling evaluation
 !!! Some data are located in the same raster cell. 
          Please set `filter.raster = TRUE` if you want an automatic filtering.

Checking Pseudo-absence selection arguments...

   > random pseudo absences selection
   > Pseudo absences are selected in explanatory variables
 ! Some NAs have been automatically removed from your data
 !!! Some data are located in the same raster cell. 
          Please set `filter.raster = TRUE` if you want an automatic filtering.
-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-= Done -=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=

-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-= BIOMOD.formated.data -=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=

dir.name =  Output

sp.name =  coav

     24994 presences,  0 true absences and  72930 undefined points in dataset


     6 explanatory variables

 temp_max_august    temp_min       temp_wet_quart    temp_season    
 Min.   : 4.48   Min.   :-22.080   Min.   :-9.371   Min.   : 212.8  
 1st Qu.:20.31   1st Qu.: -8.852   1st Qu.: 8.127   1st Qu.: 605.3  
 Median :23.46   Median : -3.040   Median :12.621   Median : 724.6  
 Mean   :24.79   Mean   : -4.152   Mean   :11.988   Mean   : 752.1  
 3rd Qu.:27.95   3rd Qu.:  0.880   3rd Qu.:16.068   3rd Qu.: 897.4  
 Max.   :45.49   Max.   : 11.848   Max.   :24.739   Max.   :1393.6  
 prec_wet_quart    prec_season    
 Min.   :   3.0   Min.   :  4.63  
 1st Qu.: 176.0   1st Qu.: 20.59  
 Median : 217.0   Median : 30.48  
 Mean   : 221.7   Mean   : 34.36  
 3rd Qu.: 256.0   3rd Qu.: 39.09  
 Max.   :1243.0   Max.   :123.38  

-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=

On visualise les pseudo-absences :

Les données d'occurrences (en haut à gauche) et les trois jeux de données aléatoires de pseudo-absences.

Figure 130.5: Les données d’occurrences (en haut à gauche) et les trois jeux de données aléatoires de pseudo-absences.

$data.vect
 class       : SpatVector 
 geometry    : points 
 dimensions  : 174976, 2  (geometries, attributes)
 extent      : -10.4375, 46.97917, 29.02083, 70.97917  (xmin, xmax, ymin, ymax)
 coord. ref. :  
 names       :  resp         dataset
 type        : <num>           <chr>
 values      :    10 Initial dataset
                  10 Initial dataset
                  10 Initial dataset

$data.label
                              9                              10 
                "**Presences**"       "Presences (calibration)" 
                             11                              12 
       "Presences (validation)"        "Presences (evaluation)" 
                             19                              20 
            "**True Absences**"   "True Absences (calibration)" 
                             21                              22 
   "True Absences (validation)"    "True Absences (evaluation)" 
                             29                              30 
          "**Pseudo-Absences**" "Pseudo-Absences (calibration)" 
                             31                               1 
 "Pseudo-Absences (validation)"                    "Background" 

$data.plot
Les données d'occurrences (en haut à gauche) et les trois jeux de données aléatoires de pseudo-absences.

Figure 130.6: Les données d’occurrences (en haut à gauche) et les trois jeux de données aléatoires de pseudo-absences.

130.2.2 Modèles individuels de niche


-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-= Build Single Models -=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=


Checking Models arguments...

Creating suitable Workdir...

            ! Weights where automatically defined for coav_PA1 to rise a 0.5 prevalence !
            ! Weights where automatically defined for coav_PA2 to rise a 0.5 prevalence !
            ! Weights where automatically defined for coav_PA3 to rise a 0.5 prevalence !


-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-= coav Modeling Summary -=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=

 6  environmental variables ( temp_max_august temp_min temp_wet_quart temp_season prec_wet_quart prec_season )
Number of evaluation repetitions : 1
Models selected : GAM MARS MAXNET GBM ANN RF 

Total number of model runs: 18 

-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=


-=-=-=- Run :  coav_PA1 


-=-=-=--=-=-=- coav_PA1_RUN1 


-=-=-=- Run :  coav_PA2 


-=-=-=--=-=-=- coav_PA2_RUN1 


-=-=-=- Run :  coav_PA3 


-=-=-=--=-=-=- coav_PA3_RUN1 

-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-= Done -=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=

130.2.2.1 Évaluation de la performance

             full.name  PA  run   algo metric.eval cutoff sensitivity
1    coav_PA1_RUN1_GAM PA1 RUN1    GAM         TSS  697.0      91.298
2    coav_PA1_RUN1_GAM PA1 RUN1    GAM         ROC  700.5      91.173
3   coav_PA1_RUN1_MARS PA1 RUN1   MARS         TSS  521.0      93.463
4   coav_PA1_RUN1_MARS PA1 RUN1   MARS         ROC  525.5      93.383
5 coav_PA1_RUN1_MAXNET PA1 RUN1 MAXNET         TSS  359.0      94.274
6 coav_PA1_RUN1_MAXNET PA1 RUN1 MAXNET         ROC  363.5      94.059
  specificity calibration validation evaluation
1      62.220       0.536      0.533         NA
2      62.420       0.774      0.774         NA
3      85.950       0.794      0.794         NA
4      86.055       0.946      0.947         NA
5      84.650       0.789      0.791         NA
6      84.905       0.946      0.948         NA
Évaluation de la performance des modèles individuels : True Skill Statistic & aire sous la courbe de ROC.

Figure 130.7: Évaluation de la performance des modèles individuels : True Skill Statistic & aire sous la courbe de ROC.

130.2.2.2 Importance des variables environnementales

          full.name  PA  run algo        expl.var rand  var.imp
1 coav_PA1_RUN1_GAM PA1 RUN1  GAM temp_max_august    1 0.297787
2 coav_PA1_RUN1_GAM PA1 RUN1  GAM        temp_min    1 0.127642
3 coav_PA1_RUN1_GAM PA1 RUN1  GAM  temp_wet_quart    1 0.036638
4 coav_PA1_RUN1_GAM PA1 RUN1  GAM     temp_season    1 0.420720
5 coav_PA1_RUN1_GAM PA1 RUN1  GAM  prec_wet_quart    1 0.068759
6 coav_PA1_RUN1_GAM PA1 RUN1  GAM     prec_season    1 0.063562
Pourcentage de variance expliquée pour chaque variable, décomposé par algorithme.

Figure 130.8: Pourcentage de variance expliquée pour chaque variable, décomposé par algorithme.

Pourcentage de variance expliquée pour chaque variable, décomposé par variable.

Figure 130.9: Pourcentage de variance expliquée pour chaque variable, décomposé par variable.

130.2.2.3 Courbes de réponses

Courbes de réponse de chaque variable climatique selon l'algorithme (en couleurs).

Figure 130.10: Courbes de réponse de chaque variable climatique selon l’algorithme (en couleurs).

130.2.3 Modèles d’ensemble de niche

Seulement modèles avec TSS > 0.8


-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-= BIOMOD.ensemble.models.out -=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=

sp.name : coav

expl.var.names : temp_max_august temp_min temp_wet_quart temp_season 
prec_wet_quart prec_season


models computed: 
coav_EMcvByTSS_mergedData_mergedRun_mergedAlgo, coav_EMwmeanByTSS_mergedData_mergedRun_mergedAlgo

models failed: none

-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=

130.2.3.1 Évaluation de la qualité

                                          full.name merged.by.PA merged.by.run
1 coav_EMwmeanByTSS_mergedData_mergedRun_mergedAlgo   mergedData     mergedRun
2 coav_EMwmeanByTSS_mergedData_mergedRun_mergedAlgo   mergedData     mergedRun
  merged.by.algo filtered.by    algo metric.eval cutoff sensitivity specificity
1     mergedAlgo         TSS EMwmean         TSS  626.0      96.751      93.671
2     mergedAlgo         TSS EMwmean         ROC  631.5      96.643      93.801
  calibration validation evaluation
1       0.904         NA         NA
2       0.992         NA         NA
Évaluation de la qualité du modèle d'ensemble : Aire sous la courbe de ROC & True Skill Statistic.

Figure 130.11: Évaluation de la qualité du modèle d’ensemble : Aire sous la courbe de ROC & True Skill Statistic.

                                       full.name merged.by.PA merged.by.run
1 coav_EMcvByTSS_mergedData_mergedRun_mergedAlgo   mergedData     mergedRun
2 coav_EMcvByTSS_mergedData_mergedRun_mergedAlgo   mergedData     mergedRun
3 coav_EMcvByTSS_mergedData_mergedRun_mergedAlgo   mergedData     mergedRun
4 coav_EMcvByTSS_mergedData_mergedRun_mergedAlgo   mergedData     mergedRun
5 coav_EMcvByTSS_mergedData_mergedRun_mergedAlgo   mergedData     mergedRun
6 coav_EMcvByTSS_mergedData_mergedRun_mergedAlgo   mergedData     mergedRun
  merged.by.algo filtered.by algo        expl.var rand  var.imp
1     mergedAlgo         TSS EMcv temp_max_august    1 0.465893
2     mergedAlgo         TSS EMcv        temp_min    1 0.487652
3     mergedAlgo         TSS EMcv  temp_wet_quart    1 0.204745
4     mergedAlgo         TSS EMcv     temp_season    1 0.409886
5     mergedAlgo         TSS EMcv  prec_wet_quart    1 0.231767
6     mergedAlgo         TSS EMcv     prec_season    1 0.377816

Par variable :

Pourcentage de variance expliquée par variable dans le modèle d'ensemble.

Figure 130.12: Pourcentage de variance expliquée par variable dans le modèle d’ensemble.

Courbes de réponse de chaque variable climatique dans le modèle d'ensemble.

Figure 130.13: Courbes de réponse de chaque variable climatique dans le modèle d’ensemble.

130.3 Projections

130.3.1 Distribution potentielle contemporaine

Contemporaine : Cartographie des observations sur couches climatiques Extraction des conditions climatiques favorables


-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-= BIOMOD.projection.out -=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=

Projection directory : Output/coav/current


sp.name : coav

expl.var.names : temp_max_august temp_min temp_wet_quart temp_season 
prec_wet_quart prec_season


modeling.id : AllModels ( Output/coav/coav.AllModels.models.out )

models.projected : 
coav_PA1_RUN1_GAM, coav_PA1_RUN1_MARS, coav_PA1_RUN1_MAXNET, coav_PA1_RUN1_GBM, coav_PA1_RUN1_RF, coav_PA2_RUN1_GAM, coav_PA2_RUN1_MARS, coav_PA2_RUN1_MAXNET, coav_PA2_RUN1_GBM, coav_PA2_RUN1_RF, coav_PA3_RUN1_GAM, coav_PA3_RUN1_MARS, coav_PA3_RUN1_MAXNET, coav_PA3_RUN1_GBM, coav_PA3_RUN1_RF

available binary projection : TSS, ROC

available filtered projection : TSS, ROC

-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=
Projection de la distribution potentielle contemporaine sur l'Europe, selon les 6 algorithmes et les 3 runs.

Figure 130.14: Projection de la distribution potentielle contemporaine sur l’Europe, selon les 6 algorithmes et les 3 runs.

Projection de la distribution potentielle contemporaine sur l'Europe, selon les 6 algorithmes et les 3 runs.

Figure 130.15: Projection de la distribution potentielle contemporaine sur l’Europe, selon les 6 algorithmes et les 3 runs.


-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-= BIOMOD.projection.out -=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=

Projection directory : Output/coav/current


sp.name : coav

expl.var.names : temp_max_august temp_min temp_wet_quart temp_season 
prec_wet_quart prec_season


modeling.id : AllModels ( Output/coav/coav.AllModels.ensemble.models.out )

models.projected : 
coav_EMcvByTSS_mergedData_mergedRun_mergedAlgo, coav_EMwmeanByTSS_mergedData_mergedRun_mergedAlgo

-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=
A) Projection de la distribution potentielle contemporaine (modèle d'ensemble) ; B) Incertitude associée à la projection.

Figure 130.16: A) Projection de la distribution potentielle contemporaine (modèle d’ensemble) ; B) Incertitude associée à la projection.

130.3.2 Interpolation à l’échelle de la métropole

  • → conditions climatiques favorables à fine échelle

On projette la niche climatique sur ce raster à fine échelle.


-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-= BIOMOD.projection.out -=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=

Projection directory : Output/coav/cont_gre


sp.name : coav

expl.var.names : temp_max_august temp_min temp_wet_quart temp_season 
prec_wet_quart prec_season


modeling.id : AllModels ( Output/coav/coav.AllModels.models.out )

models.projected : 
coav_PA1_RUN1_GAM, coav_PA1_RUN1_MARS, coav_PA1_RUN1_MAXNET, coav_PA1_RUN1_GBM, coav_PA1_RUN1_RF, coav_PA2_RUN1_GAM, coav_PA2_RUN1_MARS, coav_PA2_RUN1_MAXNET, coav_PA2_RUN1_GBM, coav_PA2_RUN1_RF, coav_PA3_RUN1_GAM, coav_PA3_RUN1_MARS, coav_PA3_RUN1_MAXNET, coav_PA3_RUN1_GBM, coav_PA3_RUN1_RF

available binary projection : TSS, ROC

available filtered projection : TSS, ROC

-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=
Projection de la distribution potentielle contemporaine sur la métropole de Grenoble, selon les 6 algorithmes et les 3 runs.

Figure 130.17: Projection de la distribution potentielle contemporaine sur la métropole de Grenoble, selon les 6 algorithmes et les 3 runs.

Projection de la distribution potentielle contemporaine sur la métropole de Grenoble, selon les 6 algorithmes et les 3 runs.

Figure 130.18: Projection de la distribution potentielle contemporaine sur la métropole de Grenoble, selon les 6 algorithmes et les 3 runs.


-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-= BIOMOD.projection.out -=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=

Projection directory : Output/coav/cont_gre


sp.name : coav

expl.var.names : temp_max_august temp_min temp_wet_quart temp_season 
prec_wet_quart prec_season


modeling.id : AllModels ( Output/coav/coav.AllModels.ensemble.models.out )

models.projected : 
coav_EMcvByTSS_mergedData_mergedRun_mergedAlgo, coav_EMwmeanByTSS_mergedData_mergedRun_mergedAlgo

-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=
A) Projection de la distribution potentielle contemporaine (modèle d'ensemble) sur la métropole de Grenoble ; B) Incertitude associée à la projection.

Figure 130.19: A) Projection de la distribution potentielle contemporaine (modèle d’ensemble) sur la métropole de Grenoble ; B) Incertitude associée à la projection.

130.3.3 Distributions potentielles futures

Futur : Projection à l’échelle de l’Europe jusqu’à l’horizon 2100

Toutes les fenêtres temporelles × scénarios pour le GCM « IPSL-CM6A-LR »

  1. SSP1-2.6
Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP1-2.6 (modèle d'ensemble).Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP1-2.6 (modèle d'ensemble).Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP1-2.6 (modèle d'ensemble).Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP1-2.6 (modèle d'ensemble).Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP1-2.6 (modèle d'ensemble).

Figure 130.20: Projection des distributions potentielles futures jusqu’à l’horizon 2100 sous le scénario SSP1-2.6 (modèle d’ensemble).

On obtient pour la métrique TSS une carte unique de moyenne pondérée sur les algorithmes et sur les jeux de pseudo-absences.

  1. SSP2-4.5
Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP2-4.5 (modèle d'ensemble).Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP2-4.5 (modèle d'ensemble).Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP2-4.5 (modèle d'ensemble).Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP2-4.5 (modèle d'ensemble).Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP2-4.5 (modèle d'ensemble).

Figure 130.21: Projection des distributions potentielles futures jusqu’à l’horizon 2100 sous le scénario SSP2-4.5 (modèle d’ensemble).

  1. SSP3-7.0
Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP3-7.0 (modèle d'ensemble).Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP3-7.0 (modèle d'ensemble).Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP3-7.0 (modèle d'ensemble).Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP3-7.0 (modèle d'ensemble).Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP3-7.0 (modèle d'ensemble).

Figure 130.22: Projection des distributions potentielles futures jusqu’à l’horizon 2100 sous le scénario SSP3-7.0 (modèle d’ensemble).

  1. SSP5-8.5
Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble).Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble).Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble).Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble).Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble).

Figure 130.23: Projection des distributions potentielles futures jusqu’à l’horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d’ensemble).

130.4 Inférence à l’échelle de la métropole

  • Croisement avec températures de surface 2019 (fournie par la métropole)
  • → conditions climatiques favorables à fine échelle
  • à peu près 7 pixels × 9 (WorldClim)

130.4.1 Distributions potentielles futures

Même chose que précédemment mais sur les rasters de Grenoble

  1. SSP1-2.6
Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).

Figure 130.24: Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu’à l’horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d’ensemble, GCM IPSL).

  1. SSP2-4.5
Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).

Figure 130.25: Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu’à l’horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d’ensemble, GCM IPSL).

  1. SSP3-7.0
Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).

Figure 130.26: Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu’à l’horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d’ensemble, GCM IPSL).

  1. SSP5-8.5
Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).

Figure 130.27: Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu’à l’horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d’ensemble, GCM IPSL).

130.4.2 Évolution temporelle

# A tibble: 17 × 8
   min         q1          median      mean        q3          max   ssp    year
   <table[1d]> <table[1d]> <table[1d]> <table[1d]> <table[1d]> <tab> <fct> <dbl>
 1 355         564         795         748.7277    909         973   0      2000
 2 206         397         650         605.6436    824         969   126    2040
 3 187         288         523         516.5549    724         922   126    2060
 4 191         288         528         510.6590    710         917   126    2080
 5 202         281         582         519.0605    718         899   126    2100
 6 201         377         634         593.3759    825         960   245    2040
 7 190         246         437         457.2381    642         901   245    2060
 8 208         242         352         415.9726    591         863   245    2080
 9 184         245         272         342.6827    432         716   245    2100
10 215         387         630         592.9853    810         964   370    2040
11 196         243         448         459.2841    650         876   370    2060
12 214         245         258         321.0122    358         740   370    2080
13 118         230         286         266.2897    305         451   370    2100
14 196         363         590         560.4024    761         941   585    2040
15 206         245         354         410.5147    567         796   585    2060
16 121         244         287         273.7033    317         472   585    2080
17 188         289         313         306.6158    332         397   585    2100
Évolution de la favorabilité climatique au cours du XXIème siècle. Le point représente la médiane sur l'étendue de la métropole (i.e. tous les pixels de la carte) ; le trait gras représente 50 % des données intermédiaires (espace inter-quartile) ; le trait fin représente le reste des données du minimum au maximum.

Figure 130.28: Évolution de la favorabilité climatique au cours du XXIème siècle. Le point représente la médiane sur l’étendue de la métropole (i.e. tous les pixels de la carte) ; le trait gras représente 50 % des données intermédiaires (espace inter-quartile) ; le trait fin représente le reste des données du minimum au maximum.