75 Crataegus laevigata

75.1 Données d’occurrences GBIF

Collecte des données du GBIF :

<<gbif download metadata>>
  Status: SUCCEEDED
  DOI: 10.15468/dl.2sree5
  Format: SIMPLE_CSV
  Download key: 0252144-230224095556074
  Created: 2023-05-20T11:56:41.773+00:00
  Modified: 2023-05-20T11:59:12.851+00:00
  Download link: https://api.gbif.org/v1/occurrence/download/request/0252144-230224095556074.zip
  Total records: 98682

Conversion en objets géographiques (format Simple feature de sf) et exploration rapide des données (classe du jeu de données et premières lignes du tableau) :

Simple feature collection with 98682 features and 50 fields
Attribute-geometry relationship: 50 constant, 0 aggregate, 0 identity
Geometry type: POINT
Dimension:     XY
Bounding box:  xmin: -123 ymin: -37.2131 xmax: 145.68 ymax: 63.4522
Geodetic CRS:  WGS 84
# A tibble: 98,682 × 51
     gbifID datasetKey occurrenceID kingdom phylum class order family genus species infraspecificEpithet
 *  <int64> <chr>      <chr>        <chr>   <chr>  <chr> <chr> <chr>  <chr> <chr>   <chr>               
 1      9e8 38b4c89f-… urn:lsid:ar… Plantae Trach… Magn… Rosa… Rosac… Crat… Cratae… ""                  
 2      9e8 38b4c89f-… urn:lsid:ar… Plantae Trach… Magn… Rosa… Rosac… Crat… Cratae… ""                  
 3      9e8 38b4c89f-… urn:lsid:ar… Plantae Trach… Magn… Rosa… Rosac… Crat… Cratae… ""                  
 4      9e8 38b4c89f-… urn:lsid:ar… Plantae Trach… Magn… Rosa… Rosac… Crat… Cratae… ""                  
 5      9e8 38b4c89f-… urn:lsid:ar… Plantae Trach… Magn… Rosa… Rosac… Crat… Cratae… ""                  
 6      9e8 38b4c89f-… urn:lsid:ar… Plantae Trach… Magn… Rosa… Rosac… Crat… Cratae… ""                  
 7      9e8 38b4c89f-… urn:lsid:ar… Plantae Trach… Magn… Rosa… Rosac… Crat… Cratae… ""                  
 8      9e8 38b4c89f-… urn:lsid:ar… Plantae Trach… Magn… Rosa… Rosac… Crat… Cratae… ""                  
 9      9e8 38b4c89f-… urn:lsid:ar… Plantae Trach… Magn… Rosa… Rosac… Crat… Cratae… ""                  
10      9e8 38b4c89f-… urn:lsid:ar… Plantae Trach… Magn… Rosa… Rosac… Crat… Cratae… ""                  
# ℹ 98,672 more rows
# ℹ 40 more variables: taxonRank <chr>, scientificName <chr>, verbatimScientificName <chr>,
#   verbatimScientificNameAuthorship <chr>, countryCode <chr>, locality <chr>, stateProvince <chr>,
#   occurrenceStatus <chr>, individualCount <int>, publishingOrgKey <chr>, decimalLatitude <dbl>,
#   decimalLongitude <dbl>, coordinateUncertaintyInMeters <dbl>, coordinatePrecision <dbl>,
#   elevation <dbl>, elevationAccuracy <dbl>, depth <dbl>, depthAccuracy <dbl>, eventDate <dttm>,
#   day <int>, month <int>, year <int>, taxonKey <int>, speciesKey <int>, basisOfRecord <chr>, …

Il y a 98 682 occurrences dans le jeu de données. On les affiche sur la carte du monde :

Occurrences de Crataegus laevigata dans le monde.

Figure 75.1: Occurrences de Crataegus laevigata dans le monde.

75.1.1 Données par région

On évalue la proportion d’occurrences dans chaque région, en utilisant les 3 masques créés précédemment. Si on a au moins 50 % des occurrences dans une région, on peut continuer en travaillant uniquement sur ces données. Sinon, on vérifie qu’au moins 67 % des données tombent dans l’ensemble des régions, et on prend la région la plus représentée. Au final, s’il s’agit d’une espèce endémique d’Europe, on n’a pas besoin de manipulation supplémentaire.

[1] 0.9993514521
[1] 0.0006080136195
[1] 2.026712065e-05

Espèce endémique d’Europe

Occurrence de Crataegus laevigata dans la région d'endémisme.

Figure 75.2: Occurrence de Crataegus laevigata dans la région d’endémisme.

75.1.2 Licences

On s’intéresse ici au problème particulier des licences :


                                                  CC_BY_4_0 
                                                      85308 
                                               CC_BY_NC_4_0 
                                                       2481 
                                                    CC0_1_0 
                                                       7469 
   https://creativecommons.org/licenses/by-nc/4.0/legalcode 
                                                       2405 
      https://creativecommons.org/licenses/by/4.0/legalcode 
                                                        876 
https://creativecommons.org/publicdomain/zero/1.0/legalcode 
                                                         79 
[1] 95.04552921
Occurrence de Crataegus laevigata dans la région d'endémisme, selon la licence : CC BY-NC en bleu ; CC0 et CC BY en orange.

Figure 75.3: Occurrence de Crataegus laevigata dans la région d’endémisme, selon la licence : CC BY-NC en bleu ; CC0 et CC BY en orange.

Idéalement, on aimerait avoir au moins 50 % de données vraiment libres d’utilisation (c’est-à-dire sans la clause -NC). On continue en supprimant les données en CC BY-NC.

[1] 93732

75.1.3 Sous-échantillonnage

Si le jeu de données contient 25 000 occurrences ou plus, on procède au sous-échantillonnage aléatoire pour en conserver un maximum de 25 000.

Simple feature collection with 25000 features and 50 fields
Attribute-geometry relationship: 50 constant, 0 aggregate, 0 identity
Geometry type: POINT
Dimension:     XY
Bounding box:  xmin: -8.746013 ymin: 37.175945 xmax: 37.603505 ymax: 63.434
Geodetic CRS:  WGS 84
# A tibble: 25,000 × 51
     gbifID datasetKey occurrenceID kingdom phylum class order family genus species infraspecificEpithet
    <int64> <chr>      <chr>        <chr>   <chr>  <chr> <chr> <chr>  <chr> <chr>   <chr>               
 1     1.e9 64dabd3c-… "http://id.… Plantae Trach… Magn… Rosa… Rosac… Crat… Cratae… ""                  
 2     2 e9 dd238f50-… "c44b8803-5… Plantae Trach… Magn… Rosa… Rosac… Crat… Cratae… ""                  
 3     8 e8 38b4c89f-… "urn:lsid:a… Plantae Trach… Magn… Rosa… Rosac… Crat… Cratae… ""                  
 4     1 e9 f97eeccc-… "195004"     Plantae Trach… Magn… Rosa… Rosac… Crat… Cratae… "laevigata"         
 5     3.e9 bd8ee748-… "611bdde8-c… Plantae Trach… Magn… Rosa… Rosac… Crat… Cratae… ""                  
 6     1 e9 75956ee6-… "http://cbn… Plantae Trach… Magn… Rosa… Rosac… Crat… Cratae… ""                  
 7     2 e9 dd238f50-… "ca4a4476-a… Plantae Trach… Magn… Rosa… Rosac… Crat… Cratae… ""                  
 8     1 e9 6ac3f774-… ""           Plantae Trach… Magn… Rosa… Rosac… Crat… Cratae… ""                  
 9     3.e9 e5f16d86-… "d72458d0-c… Plantae Trach… Magn… Rosa… Rosac… Crat… Cratae… ""                  
10     3.e9 dd238f50-… "20407d23-1… Plantae Trach… Magn… Rosa… Rosac… Crat… Cratae… ""                  
# ℹ 24,990 more rows
# ℹ 40 more variables: taxonRank <chr>, scientificName <chr>, verbatimScientificName <chr>,
#   verbatimScientificNameAuthorship <chr>, countryCode <chr>, locality <chr>, stateProvince <chr>,
#   occurrenceStatus <chr>, individualCount <int>, publishingOrgKey <chr>, decimalLatitude <dbl>,
#   decimalLongitude <dbl>, coordinateUncertaintyInMeters <dbl>, coordinatePrecision <dbl>,
#   elevation <dbl>, elevationAccuracy <dbl>, depth <dbl>, depthAccuracy <dbl>, eventDate <dttm>,
#   day <int>, month <int>, year <int>, taxonKey <int>, speciesKey <int>, basisOfRecord <chr>, …

75.1.4 Carte finale

On prépare la carte finale des occurrences :

Occurrence de Crataegus laevigata dans la région d'endémisme après sous-échantillonnage éventuel.

Figure 75.4: Occurrence de Crataegus laevigata dans la région d’endémisme après sous-échantillonnage éventuel.

75.2 Modélisation de la niche climatique

75.2.1 Préparer les données

Organisation des données d’entrées (occurrences et données environnementales) et des données produites de pseudo-absences :

 class       : SpatVector 
 geometry    : points 
 dimensions  : 25000, 0  (geometries, attributes)
 extent      : -8.746013, 37.6035, 37.17594, 63.434  (xmin, xmax, ymin, ymax)
 coord. ref. : lon/lat WGS 84 (EPSG:4326) 

-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-= crla Data Formating -=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=

      ! Response variable is considered as only presences... Is it really what you want?
      ! No data has been set aside for modeling evaluation
 !!! Some data are located in the same raster cell. 
          Please set `filter.raster = TRUE` if you want an automatic filtering.

Checking Pseudo-absence selection arguments...

   > random pseudo absences selection
   > Pseudo absences are selected in explanatory variables
 ! Some NAs have been automatically removed from your data
 !!! Some data are located in the same raster cell. 
          Please set `filter.raster = TRUE` if you want an automatic filtering.
-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-= Done -=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=

-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-= BIOMOD.formated.data -=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=

dir.name =  Output

sp.name =  crla

     24993 presences,  0 true absences and  72899 undefined points in dataset


     6 explanatory variables

 temp_max_august     temp_min       temp_wet_quart     temp_season    
 Min.   : 0.224   Min.   :-22.180   Min.   :-14.857   Min.   : 211.5  
 1st Qu.:20.340   1st Qu.: -8.696   1st Qu.:  8.468   1st Qu.: 617.0  
 Median :23.376   Median : -3.088   Median : 12.740   Median : 718.2  
 Mean   :24.751   Mean   : -4.204   Mean   : 12.083   Mean   : 754.6  
 3rd Qu.:27.872   3rd Qu.:  0.544   3rd Qu.: 16.121   3rd Qu.: 894.4  
 Max.   :45.576   Max.   : 12.036   Max.   : 25.944   Max.   :1368.2  
 prec_wet_quart    prec_season     
 Min.   :   3.0   Min.   :  4.688  
 1st Qu.: 176.0   1st Qu.: 19.913  
 Median : 214.0   Median : 29.964  
 Mean   : 216.4   Mean   : 33.916  
 3rd Qu.: 248.0   3rd Qu.: 38.978  
 Max.   :1248.0   Max.   :124.090  

-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=

On visualise les pseudo-absences :

Les données d'occurrences (en haut à gauche) et les trois jeux de données aléatoires de pseudo-absences.

Figure 75.5: Les données d’occurrences (en haut à gauche) et les trois jeux de données aléatoires de pseudo-absences.

$data.vect
 class       : SpatVector 
 geometry    : points 
 dimensions  : 174972, 2  (geometries, attributes)
 extent      : -10.52083, 46.97917, 29.02083, 70.97917  (xmin, xmax, ymin, ymax)
 coord. ref. :  
 names       :  resp         dataset
 type        : <num>           <chr>
 values      :    10 Initial dataset
                  10 Initial dataset
                  10 Initial dataset

$data.label
                              9                              10 
                "**Presences**"       "Presences (calibration)" 
                             11                              12 
       "Presences (validation)"        "Presences (evaluation)" 
                             19                              20 
            "**True Absences**"   "True Absences (calibration)" 
                             21                              22 
   "True Absences (validation)"    "True Absences (evaluation)" 
                             29                              30 
          "**Pseudo-Absences**" "Pseudo-Absences (calibration)" 
                             31                               1 
 "Pseudo-Absences (validation)"                    "Background" 

$data.plot
Les données d'occurrences (en haut à gauche) et les trois jeux de données aléatoires de pseudo-absences.

Figure 75.6: Les données d’occurrences (en haut à gauche) et les trois jeux de données aléatoires de pseudo-absences.

75.2.2 Modèles individuels de niche


-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-= Build Single Models -=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=


Checking Models arguments...

Creating suitable Workdir...

            ! Weights where automatically defined for crla_PA1 to rise a 0.5 prevalence !
            ! Weights where automatically defined for crla_PA2 to rise a 0.5 prevalence !
            ! Weights where automatically defined for crla_PA3 to rise a 0.5 prevalence !


-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-= crla Modeling Summary -=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=

 6  environmental variables ( temp_max_august temp_min temp_wet_quart temp_season prec_wet_quart prec_season )
Number of evaluation repetitions : 1
Models selected : GAM MARS MAXNET GBM ANN RF 

Total number of model runs: 18 

-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=


-=-=-=- Run :  crla_PA1 


-=-=-=--=-=-=- crla_PA1_RUN1 


-=-=-=- Run :  crla_PA2 


-=-=-=--=-=-=- crla_PA2_RUN1 


-=-=-=- Run :  crla_PA3 


-=-=-=--=-=-=- crla_PA3_RUN1 

-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-= Done -=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=

75.2.2.1 Évaluation de la performance

             full.name  PA  run   algo metric.eval cutoff sensitivity
1    crla_PA1_RUN1_GAM PA1 RUN1    GAM         TSS  715.0      95.104
2    crla_PA1_RUN1_GAM PA1 RUN1    GAM         ROC  713.5      95.139
3   crla_PA1_RUN1_MARS PA1 RUN1   MARS         TSS  491.0      96.849
4   crla_PA1_RUN1_MARS PA1 RUN1   MARS         ROC  491.5      96.849
5 crla_PA1_RUN1_MAXNET PA1 RUN1 MAXNET         TSS  343.0      97.039
6 crla_PA1_RUN1_MAXNET PA1 RUN1 MAXNET         ROC  335.5      97.309
  specificity calibration validation evaluation
1      82.065       0.771      0.776         NA
2      82.040       0.939      0.943         NA
3      89.335       0.862      0.864         NA
4      89.345       0.965      0.967         NA
5      89.180       0.862      0.861         NA
6      88.960       0.965      0.968         NA
Évaluation de la performance des modèles individuels : True Skill Statistic & aire sous la courbe de ROC.

Figure 75.7: Évaluation de la performance des modèles individuels : True Skill Statistic & aire sous la courbe de ROC.

75.2.2.2 Importance des variables environnementales

          full.name  PA  run algo        expl.var rand  var.imp
1 crla_PA1_RUN1_GAM PA1 RUN1  GAM temp_max_august    1 0.186241
2 crla_PA1_RUN1_GAM PA1 RUN1  GAM        temp_min    1 0.124980
3 crla_PA1_RUN1_GAM PA1 RUN1  GAM  temp_wet_quart    1 0.019314
4 crla_PA1_RUN1_GAM PA1 RUN1  GAM     temp_season    1 0.498193
5 crla_PA1_RUN1_GAM PA1 RUN1  GAM  prec_wet_quart    1 0.100830
6 crla_PA1_RUN1_GAM PA1 RUN1  GAM     prec_season    1 0.217208
Pourcentage de variance expliquée pour chaque variable, décomposé par algorithme.

Figure 75.8: Pourcentage de variance expliquée pour chaque variable, décomposé par algorithme.

Pourcentage de variance expliquée pour chaque variable, décomposé par variable.

Figure 75.9: Pourcentage de variance expliquée pour chaque variable, décomposé par variable.

75.2.2.3 Courbes de réponses

Courbes de réponse de chaque variable climatique selon l'algorithme (en couleurs).

Figure 75.10: Courbes de réponse de chaque variable climatique selon l’algorithme (en couleurs).

75.2.3 Modèles d’ensemble de niche

Seulement modèles avec TSS > 0.8


-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-= BIOMOD.ensemble.models.out -=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=

sp.name : crla

expl.var.names : temp_max_august temp_min temp_wet_quart temp_season 
prec_wet_quart prec_season


models computed: 
crla_EMcvByTSS_mergedData_mergedRun_mergedAlgo, crla_EMwmeanByTSS_mergedData_mergedRun_mergedAlgo

models failed: none

-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=

75.2.3.1 Évaluation de la qualité

                                          full.name merged.by.PA merged.by.run
1 crla_EMwmeanByTSS_mergedData_mergedRun_mergedAlgo   mergedData     mergedRun
2 crla_EMwmeanByTSS_mergedData_mergedRun_mergedAlgo   mergedData     mergedRun
  merged.by.algo filtered.by    algo metric.eval cutoff sensitivity specificity
1     mergedAlgo         TSS EMwmean         TSS  578.0      96.479      93.546
2     mergedAlgo         TSS EMwmean         ROC  553.5      96.963      93.064
  calibration validation evaluation
1       0.900         NA         NA
2       0.991         NA         NA
Évaluation de la qualité du modèle d'ensemble : Aire sous la courbe de ROC & True Skill Statistic.

Figure 75.11: Évaluation de la qualité du modèle d’ensemble : Aire sous la courbe de ROC & True Skill Statistic.

                                       full.name merged.by.PA merged.by.run
1 crla_EMcvByTSS_mergedData_mergedRun_mergedAlgo   mergedData     mergedRun
2 crla_EMcvByTSS_mergedData_mergedRun_mergedAlgo   mergedData     mergedRun
3 crla_EMcvByTSS_mergedData_mergedRun_mergedAlgo   mergedData     mergedRun
4 crla_EMcvByTSS_mergedData_mergedRun_mergedAlgo   mergedData     mergedRun
5 crla_EMcvByTSS_mergedData_mergedRun_mergedAlgo   mergedData     mergedRun
6 crla_EMcvByTSS_mergedData_mergedRun_mergedAlgo   mergedData     mergedRun
  merged.by.algo filtered.by algo        expl.var rand  var.imp
1     mergedAlgo         TSS EMcv temp_max_august    1 0.204442
2     mergedAlgo         TSS EMcv        temp_min    1 0.173131
3     mergedAlgo         TSS EMcv  temp_wet_quart    1 0.025887
4     mergedAlgo         TSS EMcv     temp_season    1 0.212709
5     mergedAlgo         TSS EMcv  prec_wet_quart    1 0.034905
6     mergedAlgo         TSS EMcv     prec_season    1 0.156310

Par variable :

Pourcentage de variance expliquée par variable dans le modèle d'ensemble.

Figure 75.12: Pourcentage de variance expliquée par variable dans le modèle d’ensemble.

Courbes de réponse de chaque variable climatique dans le modèle d'ensemble.

Figure 75.13: Courbes de réponse de chaque variable climatique dans le modèle d’ensemble.

75.3 Projections

75.3.1 Distribution potentielle contemporaine

Contemporaine : Cartographie des observations sur couches climatiques Extraction des conditions climatiques favorables


-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-= BIOMOD.projection.out -=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=

Projection directory : Output/crla/current


sp.name : crla

expl.var.names : temp_max_august temp_min temp_wet_quart temp_season 
prec_wet_quart prec_season


modeling.id : AllModels ( Output/crla/crla.AllModels.models.out )

models.projected : 
crla_PA1_RUN1_GAM, crla_PA1_RUN1_MARS, crla_PA1_RUN1_MAXNET, crla_PA1_RUN1_GBM, crla_PA1_RUN1_RF, crla_PA2_RUN1_GAM, crla_PA2_RUN1_MARS, crla_PA2_RUN1_MAXNET, crla_PA2_RUN1_GBM, crla_PA2_RUN1_RF, crla_PA3_RUN1_GAM, crla_PA3_RUN1_MARS, crla_PA3_RUN1_MAXNET, crla_PA3_RUN1_GBM, crla_PA3_RUN1_RF

available binary projection : TSS, ROC

available filtered projection : TSS, ROC

-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=
Projection de la distribution potentielle contemporaine sur l'Europe, selon les 6 algorithmes et les 3 runs.

Figure 75.14: Projection de la distribution potentielle contemporaine sur l’Europe, selon les 6 algorithmes et les 3 runs.

Projection de la distribution potentielle contemporaine sur l'Europe, selon les 6 algorithmes et les 3 runs.

Figure 75.15: Projection de la distribution potentielle contemporaine sur l’Europe, selon les 6 algorithmes et les 3 runs.


-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-= BIOMOD.projection.out -=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=

Projection directory : Output/crla/current


sp.name : crla

expl.var.names : temp_max_august temp_min temp_wet_quart temp_season 
prec_wet_quart prec_season


modeling.id : AllModels ( Output/crla/crla.AllModels.ensemble.models.out )

models.projected : 
crla_EMcvByTSS_mergedData_mergedRun_mergedAlgo, crla_EMwmeanByTSS_mergedData_mergedRun_mergedAlgo

-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=
A) Projection de la distribution potentielle contemporaine (modèle d'ensemble) ; B) Incertitude associée à la projection.

Figure 75.16: A) Projection de la distribution potentielle contemporaine (modèle d’ensemble) ; B) Incertitude associée à la projection.

75.3.2 Interpolation à l’échelle de la métropole

  • → conditions climatiques favorables à fine échelle

On projette la niche climatique sur ce raster à fine échelle.


-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-= BIOMOD.projection.out -=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=

Projection directory : Output/crla/cont_gre


sp.name : crla

expl.var.names : temp_max_august temp_min temp_wet_quart temp_season 
prec_wet_quart prec_season


modeling.id : AllModels ( Output/crla/crla.AllModels.models.out )

models.projected : 
crla_PA1_RUN1_GAM, crla_PA1_RUN1_MARS, crla_PA1_RUN1_MAXNET, crla_PA1_RUN1_GBM, crla_PA1_RUN1_RF, crla_PA2_RUN1_GAM, crla_PA2_RUN1_MARS, crla_PA2_RUN1_MAXNET, crla_PA2_RUN1_GBM, crla_PA2_RUN1_RF, crla_PA3_RUN1_GAM, crla_PA3_RUN1_MARS, crla_PA3_RUN1_MAXNET, crla_PA3_RUN1_GBM, crla_PA3_RUN1_RF

available binary projection : TSS, ROC

available filtered projection : TSS, ROC

-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=
Projection de la distribution potentielle contemporaine sur la métropole de Grenoble, selon les 6 algorithmes et les 3 runs.

Figure 75.17: Projection de la distribution potentielle contemporaine sur la métropole de Grenoble, selon les 6 algorithmes et les 3 runs.

Projection de la distribution potentielle contemporaine sur la métropole de Grenoble, selon les 6 algorithmes et les 3 runs.

Figure 75.18: Projection de la distribution potentielle contemporaine sur la métropole de Grenoble, selon les 6 algorithmes et les 3 runs.


-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-= BIOMOD.projection.out -=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=

Projection directory : Output/crla/cont_gre


sp.name : crla

expl.var.names : temp_max_august temp_min temp_wet_quart temp_season 
prec_wet_quart prec_season


modeling.id : AllModels ( Output/crla/crla.AllModels.ensemble.models.out )

models.projected : 
crla_EMcvByTSS_mergedData_mergedRun_mergedAlgo, crla_EMwmeanByTSS_mergedData_mergedRun_mergedAlgo

-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=
A) Projection de la distribution potentielle contemporaine (modèle d'ensemble) sur la métropole de Grenoble ; B) Incertitude associée à la projection.

Figure 75.19: A) Projection de la distribution potentielle contemporaine (modèle d’ensemble) sur la métropole de Grenoble ; B) Incertitude associée à la projection.

75.3.3 Distributions potentielles futures

Futur : Projection à l’échelle de l’Europe jusqu’à l’horizon 2100

Toutes les fenêtres temporelles × scénarios pour le GCM « IPSL-CM6A-LR »

  1. SSP1-2.6
Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP1-2.6 (modèle d'ensemble).Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP1-2.6 (modèle d'ensemble).Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP1-2.6 (modèle d'ensemble).Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP1-2.6 (modèle d'ensemble).Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP1-2.6 (modèle d'ensemble).

Figure 75.20: Projection des distributions potentielles futures jusqu’à l’horizon 2100 sous le scénario SSP1-2.6 (modèle d’ensemble).

On obtient pour la métrique TSS une carte unique de moyenne pondérée sur les algorithmes et sur les jeux de pseudo-absences.

  1. SSP2-4.5
Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP2-4.5 (modèle d'ensemble).Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP2-4.5 (modèle d'ensemble).Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP2-4.5 (modèle d'ensemble).Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP2-4.5 (modèle d'ensemble).Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP2-4.5 (modèle d'ensemble).

Figure 75.21: Projection des distributions potentielles futures jusqu’à l’horizon 2100 sous le scénario SSP2-4.5 (modèle d’ensemble).

  1. SSP3-7.0
Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP3-7.0 (modèle d'ensemble).Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP3-7.0 (modèle d'ensemble).Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP3-7.0 (modèle d'ensemble).Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP3-7.0 (modèle d'ensemble).Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP3-7.0 (modèle d'ensemble).

Figure 75.22: Projection des distributions potentielles futures jusqu’à l’horizon 2100 sous le scénario SSP3-7.0 (modèle d’ensemble).

  1. SSP5-8.5
Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble).Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble).Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble).Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble).Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble).

Figure 75.23: Projection des distributions potentielles futures jusqu’à l’horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d’ensemble).

75.4 Inférence à l’échelle de la métropole

  • Croisement avec températures de surface 2019 (fournie par la métropole)
  • → conditions climatiques favorables à fine échelle
  • à peu près 7 pixels × 9 (WorldClim)

75.4.1 Distributions potentielles futures

Même chose que précédemment mais sur les rasters de Grenoble

  1. SSP1-2.6
Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).

Figure 75.24: Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu’à l’horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d’ensemble, GCM IPSL).

  1. SSP2-4.5
Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).

Figure 75.25: Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu’à l’horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d’ensemble, GCM IPSL).

  1. SSP3-7.0
Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).

Figure 75.26: Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu’à l’horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d’ensemble, GCM IPSL).

  1. SSP5-8.5
Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).

Figure 75.27: Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu’à l’horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d’ensemble, GCM IPSL).

75.4.2 Évolution temporelle

# A tibble: 17 × 8
   min         q1          median      mean        q3          max   ssp    year
   <table[1d]> <table[1d]> <table[1d]> <table[1d]> <table[1d]> <tab> <fct> <dbl>
 1 270         560         781         697.21973   807         851   0      2000
 2  67         360         670         572.53204   769         840   126    2040
 3  56         304         550         507.78414   715         829   126    2060
 4  55         286         526         500.03416   713         813   126    2080
 5 146         311         548         511.01116   703         802   126    2100
 6  64         349         640         563.78317   779         834   245    2040
 7  56         245         448         444.30127   666         802   245    2060
 8  55         226         396         398.01494   556         785   245    2080
 9  56         202         342         324.70077   437         686   245    2100
10  51         349         638         551.66549   760         840   370    2040
11  56         267         459         454.12243   664         796   370    2060
12  57         172         316         298.66965   424         679   370    2080
13  40          67          92         103.98872   121         380   370    2100
14  56         319         621         539.04739   747         816   585    2040
15  57         210         390         390.26182   585         760   585    2060
16  42          65         109         127.47577   161         535   585    2080
17  45          68          72          73.45029    79         130   585    2100
Évolution de la favorabilité climatique au cours du XXIème siècle. Le point représente la médiane sur l'étendue de la métropole (i.e. tous les pixels de la carte) ; le trait gras représente 50 % des données intermédiaires (espace inter-quartile) ; le trait fin représente le reste des données du minimum au maximum.

Figure 75.28: Évolution de la favorabilité climatique au cours du XXIème siècle. Le point représente la médiane sur l’étendue de la métropole (i.e. tous les pixels de la carte) ; le trait gras représente 50 % des données intermédiaires (espace inter-quartile) ; le trait fin représente le reste des données du minimum au maximum.