13 Prunus avium

13.1 Données d’occurrences GBIF

Collecte des données du GBIF :

<<gbif download metadata>>
  Status: SUCCEEDED
  DOI: 10.15468/dl.dvwd24
  Format: SIMPLE_CSV
  Download key: 0230475-230224095556074
  Created: 2023-05-10T16:19:25.895+00:00
  Modified: 2023-05-10T16:28:14.542+00:00
  Download link: https://api.gbif.org/v1/occurrence/download/request/0230475-230224095556074.zip
  Total records: 286483

Conversion en objets géographiques (format Simple feature de sf) et exploration rapide des données (classe du jeu de données et premières lignes du tableau) :

Simple feature collection with 286483 features and 50 fields
Attribute-geometry relationship: 50 constant, 0 aggregate, 0 identity
Geometry type: POINT
Dimension:     XY
Bounding box:  xmin: -128.586838 ymin: -46.561725 xmax: 175.620805 ymax: 78.2165
Geodetic CRS:  WGS 84
# A tibble: 286,483 × 51
     gbifID datasetKey occurrenceID kingdom phylum class order family genus species infraspecificEpithet
 *  <int64> <chr>      <chr>        <chr>   <chr>  <chr> <chr> <chr>  <chr> <chr>   <chr>               
 1     3.e9 5f06e39d-… "USFS - New… Plantae Trach… Magn… Rosa… Rosac… Prun… Prunus… ""                  
 2     3.e9 5f06e39d-… "USFS - New… Plantae Trach… Magn… Rosa… Rosac… Prun… Prunus… ""                  
 3     1.e9 f2e389da-… "http://tun… Plantae Trach… Magn… Rosa… Rosac… Prun… Prunus… ""                  
 4     2 e8 857aa892-… ""           Plantae Trach… Magn… Rosa… Rosac… Prun… Prunus… ""                  
 5     2 e8 857aa892-… ""           Plantae Trach… Magn… Rosa… Rosac… Prun… Prunus… ""                  
 6     2 e8 857aa892-… ""           Plantae Trach… Magn… Rosa… Rosac… Prun… Prunus… ""                  
 7     2 e8 857aa892-… ""           Plantae Trach… Magn… Rosa… Rosac… Prun… Prunus… ""                  
 8     2 e8 857aa892-… ""           Plantae Trach… Magn… Rosa… Rosac… Prun… Prunus… ""                  
 9     2 e8 857aa892-… ""           Plantae Trach… Magn… Rosa… Rosac… Prun… Prunus… ""                  
10     2 e8 857aa892-… ""           Plantae Trach… Magn… Rosa… Rosac… Prun… Prunus… ""                  
# ℹ 286,473 more rows
# ℹ 40 more variables: taxonRank <chr>, scientificName <chr>, verbatimScientificName <chr>,
#   verbatimScientificNameAuthorship <chr>, countryCode <chr>, locality <chr>, stateProvince <chr>,
#   occurrenceStatus <chr>, individualCount <int>, publishingOrgKey <chr>, decimalLatitude <dbl>,
#   decimalLongitude <dbl>, coordinateUncertaintyInMeters <dbl>, coordinatePrecision <dbl>,
#   elevation <dbl>, elevationAccuracy <dbl>, depth <dbl>, depthAccuracy <dbl>, eventDate <dttm>,
#   day <int>, month <int>, year <int>, taxonKey <int>, speciesKey <int>, basisOfRecord <chr>, …

Il y a 286 483 occurrences dans le jeu de données. On les affiche sur la carte du monde :

Occurrences de Prunus avium dans le monde.

Figure 13.1: Occurrences de Prunus avium dans le monde.

13.1.1 Données par région

On évalue la proportion d’occurrences dans chaque région, en utilisant les 3 masques créés précédemment. Si on a au moins 50 % des occurrences dans une région, on peut continuer en travaillant uniquement sur ces données. Sinon, on vérifie qu’au moins 67 % des données tombent dans l’ensemble des régions, et on prend la région la plus représentée. Au final, s’il s’agit d’une espèce endémique d’Europe, on n’a pas besoin de manipulation supplémentaire.

[1] 0.9951515448
[1] 0.004007218578
[1] 6.283095332e-05

Espèce endémique d’Europe

Occurrence de Prunus avium dans la région d'endémisme.

Figure 13.2: Occurrence de Prunus avium dans la région d’endémisme.

13.1.2 Licences

On s’intéresse ici au problème particulier des licences :


   CC_BY_4_0 CC_BY_NC_4_0      CC0_1_0 
      218095        32158        34841 
[1] 88.72021158
Occurrence de Prunus avium dans la région d'endémisme, selon la licence : CC BY-NC en bleu ; CC0 et CC BY en orange.

Figure 13.3: Occurrence de Prunus avium dans la région d’endémisme, selon la licence : CC BY-NC en bleu ; CC0 et CC BY en orange.

Idéalement, on aimerait avoir au moins 50 % de données vraiment libres d’utilisation (c’est-à-dire sans la clause -NC). On continue en supprimant les données en CC BY-NC.

[1] 252936

13.1.3 Sous-échantillonnage

Si le jeu de données contient 25 000 occurrences ou plus, on procède au sous-échantillonnage aléatoire pour en conserver un maximum de 25 000.

Simple feature collection with 25000 features and 50 fields
Attribute-geometry relationship: 50 constant, 0 aggregate, 0 identity
Geometry type: POINT
Dimension:     XY
Bounding box:  xmin: -9.30227 ymin: 32.008623 xmax: 43.495132 ymax: 63.79768
Geodetic CRS:  WGS 84
# A tibble: 25,000 × 51
     gbifID datasetKey occurrenceID kingdom phylum class order family genus species infraspecificEpithet
    <int64> <chr>      <chr>        <chr>   <chr>  <chr> <chr> <chr>  <chr> <chr>   <chr>               
 1     2 e9 38b4c89f-… urn:lsid:ar… Plantae Trach… Magn… Rosa… Rosac… Prun… Prunus… ""                  
 2     3.e9 b109feb0-… DSS00292000… Plantae Trach… Magn… Rosa… Rosac… Prun… Prunus… ""                  
 3     1.e9 8ea4250e-… http://id.s… Plantae Trach… Magn… Rosa… Rosac… Prun… Prunus… ""                  
 4     4 e9 38b4c89f-… urn:lsid:ar… Plantae Trach… Magn… Rosa… Rosac… Prun… Prunus… ""                  
 5     1.e9 8ea4250e-… http://id.s… Plantae Trach… Magn… Rosa… Rosac… Prun… Prunus… ""                  
 6     1 e9 75956ee6-… http://pifh… Plantae Trach… Magn… Rosa… Rosac… Prun… Prunus… ""                  
 7     1.e8 d34ed8a4-… urn:catalog… Plantae Trach… Magn… Rosa… Rosac… Prun… Prunus… ""                  
 8     3.e9 f11a63fa-… 82105e09-66… Plantae Trach… Magn… Rosa… Rosac… Prun… Prunus… ""                  
 9     1 e9 75956ee6-… http://cbnb… Plantae Trach… Magn… Rosa… Rosac… Prun… Prunus… ""                  
10     1 e9 75956ee6-… http://pifh… Plantae Trach… Magn… Rosa… Rosac… Prun… Prunus… ""                  
# ℹ 24,990 more rows
# ℹ 40 more variables: taxonRank <chr>, scientificName <chr>, verbatimScientificName <chr>,
#   verbatimScientificNameAuthorship <chr>, countryCode <chr>, locality <chr>, stateProvince <chr>,
#   occurrenceStatus <chr>, individualCount <int>, publishingOrgKey <chr>, decimalLatitude <dbl>,
#   decimalLongitude <dbl>, coordinateUncertaintyInMeters <dbl>, coordinatePrecision <dbl>,
#   elevation <dbl>, elevationAccuracy <dbl>, depth <dbl>, depthAccuracy <dbl>, eventDate <dttm>,
#   day <int>, month <int>, year <int>, taxonKey <int>, speciesKey <int>, basisOfRecord <chr>, …

13.1.4 Carte finale

On prépare la carte finale des occurrences :

Occurrence de Prunus avium dans la région d'endémisme après sous-échantillonnage éventuel.

Figure 13.4: Occurrence de Prunus avium dans la région d’endémisme après sous-échantillonnage éventuel.

13.2 Modélisation de la niche climatique

13.2.1 Préparer les données

Organisation des données d’entrées (occurrences et données environnementales) et des données produites de pseudo-absences :

 class       : SpatVector 
 geometry    : points 
 dimensions  : 25000, 0  (geometries, attributes)
 extent      : -9.30227, 43.49513, 32.00862, 63.79768  (xmin, xmax, ymin, ymax)
 coord. ref. : lon/lat WGS 84 (EPSG:4326) 

-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-= prav Data Formating -=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=

      ! Response variable is considered as only presences... Is it really what you want?
      ! No data has been set aside for modeling evaluation
 !!! Some data are located in the same raster cell. 
          Please set `filter.raster = TRUE` if you want an automatic filtering.

Checking Pseudo-absence selection arguments...

   > random pseudo absences selection
   > Pseudo absences are selected in explanatory variables
 ! Some NAs have been automatically removed from your data
 !!! Some data are located in the same raster cell. 
          Please set `filter.raster = TRUE` if you want an automatic filtering.
-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-= Done -=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=

-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-= BIOMOD.formated.data -=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=

dir.name =  Output

sp.name =  prav

     24993 presences,  0 true absences and  72887 undefined points in dataset


     6 explanatory variables

 temp_max_august    temp_min       temp_wet_quart     temp_season    
 Min.   : 4.06   Min.   :-21.992   Min.   :-12.078   Min.   : 234.8  
 1st Qu.:20.38   1st Qu.: -8.752   1st Qu.:  8.401   1st Qu.: 610.3  
 Median :23.52   Median : -3.144   Median : 12.893   Median : 721.9  
 Mean   :24.85   Mean   : -4.167   Mean   : 12.159   Mean   : 753.9  
 3rd Qu.:27.95   3rd Qu.:  0.868   3rd Qu.: 16.119   3rd Qu.: 897.9  
 Max.   :45.86   Max.   : 12.148   Max.   : 25.651   Max.   :1379.6  
 prec_wet_quart    prec_season     
 Min.   :   3.0   Min.   :  4.911  
 1st Qu.: 175.0   1st Qu.: 20.725  
 Median : 216.0   Median : 30.286  
 Mean   : 218.4   Mean   : 34.349  
 3rd Qu.: 252.0   3rd Qu.: 39.202  
 Max.   :1255.0   Max.   :123.648  

-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=

On visualise les pseudo-absences :

Les données d'occurrences (en haut à gauche) et les trois jeux de données aléatoires de pseudo-absences.

Figure 13.5: Les données d’occurrences (en haut à gauche) et les trois jeux de données aléatoires de pseudo-absences.

$data.vect
 class       : SpatVector 
 geometry    : points 
 dimensions  : 174972, 2  (geometries, attributes)
 extent      : -10.47917, 46.97917, 29.02083, 70.97917  (xmin, xmax, ymin, ymax)
 coord. ref. :  
 names       :  resp         dataset
 type        : <num>           <chr>
 values      :    10 Initial dataset
                  10 Initial dataset
                  10 Initial dataset

$data.label
                              9                              10 
                "**Presences**"       "Presences (calibration)" 
                             11                              12 
       "Presences (validation)"        "Presences (evaluation)" 
                             19                              20 
            "**True Absences**"   "True Absences (calibration)" 
                             21                              22 
   "True Absences (validation)"    "True Absences (evaluation)" 
                             29                              30 
          "**Pseudo-Absences**" "Pseudo-Absences (calibration)" 
                             31                               1 
 "Pseudo-Absences (validation)"                    "Background" 

$data.plot
Les données d'occurrences (en haut à gauche) et les trois jeux de données aléatoires de pseudo-absences.

Figure 13.6: Les données d’occurrences (en haut à gauche) et les trois jeux de données aléatoires de pseudo-absences.

13.2.2 Modèles individuels de niche


-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-= Build Single Models -=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=


Checking Models arguments...

Creating suitable Workdir...

            ! Weights where automatically defined for prav_PA1 to rise a 0.5 prevalence !
            ! Weights where automatically defined for prav_PA2 to rise a 0.5 prevalence !
            ! Weights where automatically defined for prav_PA3 to rise a 0.5 prevalence !


-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-= prav Modeling Summary -=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=

 6  environmental variables ( temp_max_august temp_min temp_wet_quart temp_season prec_wet_quart prec_season )
Number of evaluation repetitions : 1
Models selected : GAM MARS MAXNET GBM ANN RF 

Total number of model runs: 18 

-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=


-=-=-=- Run :  prav_PA1 


-=-=-=--=-=-=- prav_PA1_RUN1 


-=-=-=- Run :  prav_PA2 


-=-=-=--=-=-=- prav_PA2_RUN1 


-=-=-=- Run :  prav_PA3 


-=-=-=--=-=-=- prav_PA3_RUN1 

-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-= Done -=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=

13.2.2.1 Évaluation de la performance

             full.name  PA  run   algo metric.eval cutoff sensitivity
1    prav_PA1_RUN1_GAM PA1 RUN1    GAM         TSS  657.0      96.814
2    prav_PA1_RUN1_GAM PA1 RUN1    GAM         ROC  652.5      96.944
3   prav_PA1_RUN1_MARS PA1 RUN1   MARS         TSS  509.0      96.669
4   prav_PA1_RUN1_MARS PA1 RUN1   MARS         ROC  497.5      96.929
5 prav_PA1_RUN1_MAXNET PA1 RUN1 MAXNET         TSS  352.0      96.424
6 prav_PA1_RUN1_MAXNET PA1 RUN1 MAXNET         ROC  349.5      96.494
  specificity calibration validation evaluation
1      59.325       0.561      0.554         NA
2      59.250       0.698      0.697         NA
3      86.680       0.834      0.827         NA
4      86.490       0.953      0.952         NA
5      86.985       0.834      0.828         NA
6      86.935       0.953      0.953         NA
Évaluation de la performance des modèles individuels : True Skill Statistic & aire sous la courbe de ROC.

Figure 13.7: Évaluation de la performance des modèles individuels : True Skill Statistic & aire sous la courbe de ROC.

13.2.2.2 Importance des variables environnementales

          full.name  PA  run algo        expl.var rand  var.imp
1 prav_PA1_RUN1_GAM PA1 RUN1  GAM temp_max_august    1 0.355343
2 prav_PA1_RUN1_GAM PA1 RUN1  GAM        temp_min    1 0.152083
3 prav_PA1_RUN1_GAM PA1 RUN1  GAM  temp_wet_quart    1 0.028799
4 prav_PA1_RUN1_GAM PA1 RUN1  GAM     temp_season    1 0.540166
5 prav_PA1_RUN1_GAM PA1 RUN1  GAM  prec_wet_quart    1 0.064237
6 prav_PA1_RUN1_GAM PA1 RUN1  GAM     prec_season    1 0.054104
Pourcentage de variance expliquée pour chaque variable, décomposé par algorithme.

Figure 13.8: Pourcentage de variance expliquée pour chaque variable, décomposé par algorithme.

Pourcentage de variance expliquée pour chaque variable, décomposé par variable.

Figure 13.9: Pourcentage de variance expliquée pour chaque variable, décomposé par variable.

13.2.2.3 Courbes de réponses

Courbes de réponse de chaque variable climatique selon l'algorithme (en couleurs).

Figure 13.10: Courbes de réponse de chaque variable climatique selon l’algorithme (en couleurs).

13.2.3 Modèles d’ensemble de niche

Seulement modèles avec TSS > 0.8


-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-= BIOMOD.ensemble.models.out -=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=

sp.name : prav

expl.var.names : temp_max_august temp_min temp_wet_quart temp_season 
prec_wet_quart prec_season


models computed: 
prav_EMcvByTSS_mergedData_mergedRun_mergedAlgo, prav_EMwmeanByTSS_mergedData_mergedRun_mergedAlgo

models failed: none

-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=

13.2.3.1 Évaluation de la qualité

                                          full.name merged.by.PA merged.by.run
1 prav_EMwmeanByTSS_mergedData_mergedRun_mergedAlgo   mergedData     mergedRun
2 prav_EMwmeanByTSS_mergedData_mergedRun_mergedAlgo   mergedData     mergedRun
  merged.by.algo filtered.by    algo metric.eval cutoff sensitivity specificity
1     mergedAlgo         TSS EMwmean         TSS  654.0      94.246      93.405
2     mergedAlgo         TSS EMwmean         ROC  655.5      94.186      93.471
  calibration validation evaluation
1       0.876         NA         NA
2       0.986         NA         NA
Évaluation de la qualité du modèle d'ensemble : Aire sous la courbe de ROC & True Skill Statistic.

Figure 13.11: Évaluation de la qualité du modèle d’ensemble : Aire sous la courbe de ROC & True Skill Statistic.

                                       full.name merged.by.PA merged.by.run
1 prav_EMcvByTSS_mergedData_mergedRun_mergedAlgo   mergedData     mergedRun
2 prav_EMcvByTSS_mergedData_mergedRun_mergedAlgo   mergedData     mergedRun
3 prav_EMcvByTSS_mergedData_mergedRun_mergedAlgo   mergedData     mergedRun
4 prav_EMcvByTSS_mergedData_mergedRun_mergedAlgo   mergedData     mergedRun
5 prav_EMcvByTSS_mergedData_mergedRun_mergedAlgo   mergedData     mergedRun
6 prav_EMcvByTSS_mergedData_mergedRun_mergedAlgo   mergedData     mergedRun
  merged.by.algo filtered.by algo        expl.var rand  var.imp
1     mergedAlgo         TSS EMcv temp_max_august    1 0.137875
2     mergedAlgo         TSS EMcv        temp_min    1 0.094168
3     mergedAlgo         TSS EMcv  temp_wet_quart    1 0.025039
4     mergedAlgo         TSS EMcv     temp_season    1 0.430206
5     mergedAlgo         TSS EMcv  prec_wet_quart    1 0.042535
6     mergedAlgo         TSS EMcv     prec_season    1 0.194691

Par variable :

Pourcentage de variance expliquée par variable dans le modèle d'ensemble.

Figure 13.12: Pourcentage de variance expliquée par variable dans le modèle d’ensemble.

Courbes de réponse de chaque variable climatique dans le modèle d'ensemble.

Figure 13.13: Courbes de réponse de chaque variable climatique dans le modèle d’ensemble.

13.3 Projections

13.3.1 Distribution potentielle contemporaine

Contemporaine : Cartographie des observations sur couches climatiques Extraction des conditions climatiques favorables


-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-= BIOMOD.projection.out -=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=

Projection directory : Output/prav/current


sp.name : prav

expl.var.names : temp_max_august temp_min temp_wet_quart temp_season 
prec_wet_quart prec_season


modeling.id : AllModels ( Output/prav/prav.AllModels.models.out )

models.projected : 
prav_PA1_RUN1_GAM, prav_PA1_RUN1_MARS, prav_PA1_RUN1_MAXNET, prav_PA1_RUN1_GBM, prav_PA1_RUN1_RF, prav_PA2_RUN1_GAM, prav_PA2_RUN1_MARS, prav_PA2_RUN1_MAXNET, prav_PA2_RUN1_GBM, prav_PA2_RUN1_RF, prav_PA3_RUN1_GAM, prav_PA3_RUN1_MARS, prav_PA3_RUN1_MAXNET, prav_PA3_RUN1_GBM, prav_PA3_RUN1_RF

available binary projection : TSS, ROC

available filtered projection : TSS, ROC

-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=
Projection de la distribution potentielle contemporaine sur l'Europe, selon les 6 algorithmes et les 3 runs.

Figure 13.14: Projection de la distribution potentielle contemporaine sur l’Europe, selon les 6 algorithmes et les 3 runs.

Projection de la distribution potentielle contemporaine sur l'Europe, selon les 6 algorithmes et les 3 runs.

Figure 13.15: Projection de la distribution potentielle contemporaine sur l’Europe, selon les 6 algorithmes et les 3 runs.


-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-= BIOMOD.projection.out -=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=

Projection directory : Output/prav/current


sp.name : prav

expl.var.names : temp_max_august temp_min temp_wet_quart temp_season 
prec_wet_quart prec_season


modeling.id : AllModels ( Output/prav/prav.AllModels.ensemble.models.out )

models.projected : 
prav_EMcvByTSS_mergedData_mergedRun_mergedAlgo, prav_EMwmeanByTSS_mergedData_mergedRun_mergedAlgo

-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=
A) Projection de la distribution potentielle contemporaine (modèle d'ensemble) ; B) Incertitude associée à la projection.

Figure 13.16: A) Projection de la distribution potentielle contemporaine (modèle d’ensemble) ; B) Incertitude associée à la projection.

13.3.2 Interpolation à l’échelle de la métropole

  • → conditions climatiques favorables à fine échelle

On projette la niche climatique sur ce raster à fine échelle.


-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-= BIOMOD.projection.out -=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=

Projection directory : Output/prav/cont_gre


sp.name : prav

expl.var.names : temp_max_august temp_min temp_wet_quart temp_season 
prec_wet_quart prec_season


modeling.id : AllModels ( Output/prav/prav.AllModels.models.out )

models.projected : 
prav_PA1_RUN1_GAM, prav_PA1_RUN1_MARS, prav_PA1_RUN1_MAXNET, prav_PA1_RUN1_GBM, prav_PA1_RUN1_RF, prav_PA2_RUN1_GAM, prav_PA2_RUN1_MARS, prav_PA2_RUN1_MAXNET, prav_PA2_RUN1_GBM, prav_PA2_RUN1_RF, prav_PA3_RUN1_GAM, prav_PA3_RUN1_MARS, prav_PA3_RUN1_MAXNET, prav_PA3_RUN1_GBM, prav_PA3_RUN1_RF

available binary projection : TSS, ROC

available filtered projection : TSS, ROC

-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=
Projection de la distribution potentielle contemporaine sur la métropole de Grenoble, selon les 6 algorithmes et les 3 runs.

Figure 13.17: Projection de la distribution potentielle contemporaine sur la métropole de Grenoble, selon les 6 algorithmes et les 3 runs.

Projection de la distribution potentielle contemporaine sur la métropole de Grenoble, selon les 6 algorithmes et les 3 runs.

Figure 13.18: Projection de la distribution potentielle contemporaine sur la métropole de Grenoble, selon les 6 algorithmes et les 3 runs.


-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-= BIOMOD.projection.out -=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=

Projection directory : Output/prav/cont_gre


sp.name : prav

expl.var.names : temp_max_august temp_min temp_wet_quart temp_season 
prec_wet_quart prec_season


modeling.id : AllModels ( Output/prav/prav.AllModels.ensemble.models.out )

models.projected : 
prav_EMcvByTSS_mergedData_mergedRun_mergedAlgo, prav_EMwmeanByTSS_mergedData_mergedRun_mergedAlgo

-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=
A) Projection de la distribution potentielle contemporaine (modèle d'ensemble) sur la métropole de Grenoble ; B) Incertitude associée à la projection.

Figure 13.19: A) Projection de la distribution potentielle contemporaine (modèle d’ensemble) sur la métropole de Grenoble ; B) Incertitude associée à la projection.

13.3.3 Distributions potentielles futures

Futur : Projection à l’échelle de l’Europe jusqu’à l’horizon 2100

Toutes les fenêtres temporelles × scénarios pour le GCM « IPSL-CM6A-LR »

  1. SSP1-2.6
Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP1-2.6 (modèle d'ensemble).Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP1-2.6 (modèle d'ensemble).Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP1-2.6 (modèle d'ensemble).Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP1-2.6 (modèle d'ensemble).Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP1-2.6 (modèle d'ensemble).

Figure 13.20: Projection des distributions potentielles futures jusqu’à l’horizon 2100 sous le scénario SSP1-2.6 (modèle d’ensemble).

On obtient pour la métrique TSS une carte unique de moyenne pondérée sur les algorithmes et sur les jeux de pseudo-absences.

  1. SSP2-4.5
Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP2-4.5 (modèle d'ensemble).Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP2-4.5 (modèle d'ensemble).Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP2-4.5 (modèle d'ensemble).Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP2-4.5 (modèle d'ensemble).Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP2-4.5 (modèle d'ensemble).

Figure 13.21: Projection des distributions potentielles futures jusqu’à l’horizon 2100 sous le scénario SSP2-4.5 (modèle d’ensemble).

  1. SSP3-7.0
Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP3-7.0 (modèle d'ensemble).Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP3-7.0 (modèle d'ensemble).Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP3-7.0 (modèle d'ensemble).Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP3-7.0 (modèle d'ensemble).Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP3-7.0 (modèle d'ensemble).

Figure 13.22: Projection des distributions potentielles futures jusqu’à l’horizon 2100 sous le scénario SSP3-7.0 (modèle d’ensemble).

  1. SSP5-8.5
Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble).Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble).Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble).Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble).Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble).

Figure 13.23: Projection des distributions potentielles futures jusqu’à l’horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d’ensemble).

13.4 Inférence à l’échelle de la métropole

  • Croisement avec températures de surface 2019 (fournie par la métropole)
  • → conditions climatiques favorables à fine échelle
  • à peu près 7 pixels × 9 (WorldClim)

13.4.1 Distributions potentielles futures

Même chose que précédemment mais sur les rasters de Grenoble

  1. SSP1-2.6
Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).

Figure 13.24: Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu’à l’horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d’ensemble, GCM IPSL).

  1. SSP2-4.5
Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).

Figure 13.25: Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu’à l’horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d’ensemble, GCM IPSL).

  1. SSP3-7.0
Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).

Figure 13.26: Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu’à l’horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d’ensemble, GCM IPSL).

  1. SSP5-8.5
Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).

Figure 13.27: Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu’à l’horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d’ensemble, GCM IPSL).

13.4.2 Évolution temporelle

# A tibble: 17 × 8
   min         q1          median      mean        q3          max   ssp    year
   <table[1d]> <table[1d]> <table[1d]> <table[1d]> <table[1d]> <tab> <fct> <dbl>
 1 280         566         767         685.41533   805         848   0      2000
 2 174         360         700         591.37469   788         839   126    2040
 3 149         303         599         534.74521   750         829   126    2060
 4 167         304         590         530.30195   739         822   126    2080
 5 185         318         622         544.42820   739         804   126    2100
 6 172         348         682         583.11158   789         837   245    2040
 7 133         261         491         477.92164   702         811   245    2060
 8 129         259         426         444.82855   634         788   245    2080
 9 118         227         353         377.09150   528         738   245    2100
10 150         339         643         569.74877   779         843   370    2040
11 135         273         514         490.75925   707         801   370    2060
12 108         207         320         346.62586   472         751   370    2080
13  71          97         141         146.21750   183         492   370    2100
14 174         336         656         563.45731   759         822   585    2040
15 130         247         423         438.65246   639         768   585    2060
16  73         116         165         174.98498   222         560   585    2080
17  49          69          92          88.87471   107         168   585    2100
Évolution de la favorabilité climatique au cours du XXIème siècle. Le point représente la médiane sur l'étendue de la métropole (i.e. tous les pixels de la carte) ; le trait gras représente 50 % des données intermédiaires (espace inter-quartile) ; le trait fin représente le reste des données du minimum au maximum.

Figure 13.28: Évolution de la favorabilité climatique au cours du XXIème siècle. Le point représente la médiane sur l’étendue de la métropole (i.e. tous les pixels de la carte) ; le trait gras représente 50 % des données intermédiaires (espace inter-quartile) ; le trait fin représente le reste des données du minimum au maximum.