15 Carpinus betulus

15.1 Données d’occurrences GBIF

Collecte des données du GBIF :

<<gbif download metadata>>
  Status: SUCCEEDED
  DOI: 10.15468/dl.p27rbs
  Format: SIMPLE_CSV
  Download key: 0230503-230224095556074
  Created: 2023-05-10T16:31:00.621+00:00
  Modified: 2023-05-10T16:37:52.868+00:00
  Download link: https://api.gbif.org/v1/occurrence/download/request/0230503-230224095556074.zip
  Total records: 284076

Conversion en objets géographiques (format Simple feature de sf) et exploration rapide des données (classe du jeu de données et premières lignes du tableau) :

Simple feature collection with 281131 features and 50 fields
Attribute-geometry relationship: 50 constant, 0 aggregate, 0 identity
Geometry type: POINT
Dimension:     XY
Bounding box:  xmin: -123.233333 ymin: -43.542217 xmax: 175.04515 ymax: 63.743392
Geodetic CRS:  WGS 84
# A tibble: 281,131 × 51
     gbifID datasetKey occurrenceID kingdom phylum class order family genus species infraspecificEpithet
 *  <int64> <chr>      <chr>        <chr>   <chr>  <chr> <chr> <chr>  <chr> <chr>   <chr>               
 1     3.e9 d1e9202b-… NYCstreetTr… Plantae Trach… Magn… Faga… Betul… Carp… Carpin… ""                  
 2     3.e9 d1e9202b-… NYCstreetTr… Plantae Trach… Magn… Faga… Betul… Carp… Carpin… ""                  
 3     3.e9 d1e9202b-… NYCstreetTr… Plantae Trach… Magn… Faga… Betul… Carp… Carpin… ""                  
 4     3.e9 d1e9202b-… NYCstreetTr… Plantae Trach… Magn… Faga… Betul… Carp… Carpin… ""                  
 5     3.e9 d1e9202b-… NYCstreetTr… Plantae Trach… Magn… Faga… Betul… Carp… Carpin… ""                  
 6     3.e9 d1e9202b-… NYCstreetTr… Plantae Trach… Magn… Faga… Betul… Carp… Carpin… ""                  
 7     3.e9 d1e9202b-… NYCstreetTr… Plantae Trach… Magn… Faga… Betul… Carp… Carpin… ""                  
 8     3.e9 d1e9202b-… NYCstreetTr… Plantae Trach… Magn… Faga… Betul… Carp… Carpin… ""                  
 9     3.e9 c4e1739b-… BISON:New Y… Plantae Trach… Magn… Faga… Betul… Carp… Carpin… ""                  
10     3.e9 d1e9202b-… NYCstreetTr… Plantae Trach… Magn… Faga… Betul… Carp… Carpin… ""                  
# ℹ 281,121 more rows
# ℹ 40 more variables: taxonRank <chr>, scientificName <chr>, verbatimScientificName <chr>,
#   verbatimScientificNameAuthorship <chr>, countryCode <chr>, locality <chr>, stateProvince <chr>,
#   occurrenceStatus <chr>, individualCount <int>, publishingOrgKey <chr>, decimalLatitude <dbl>,
#   decimalLongitude <dbl>, coordinateUncertaintyInMeters <dbl>, coordinatePrecision <dbl>,
#   elevation <dbl>, elevationAccuracy <dbl>, depth <dbl>, depthAccuracy <dbl>, eventDate <dttm>,
#   day <int>, month <int>, year <int>, taxonKey <int>, speciesKey <int>, basisOfRecord <chr>, …

Il y a 281 131 occurrences dans le jeu de données. On les affiche sur la carte du monde :

Occurrences de Carpinus betulus dans le monde.

Figure 15.1: Occurrences de Carpinus betulus dans le monde.

15.1.1 Données par région

On évalue la proportion d’occurrences dans chaque région, en utilisant les 3 masques créés précédemment. Si on a au moins 50 % des occurrences dans une région, on peut continuer en travaillant uniquement sur ces données. Sinon, on vérifie qu’au moins 67 % des données tombent dans l’ensemble des régions, et on prend la région la plus représentée. Au final, s’il s’agit d’une espèce endémique d’Europe, on n’a pas besoin de manipulation supplémentaire.

[1] 0.9990573789
[1] 0.0005442302699
[1] 1.067118176e-05

Espèce endémique d’Europe

Occurrence de Carpinus betulus dans la région d'endémisme.

Figure 15.2: Occurrence de Carpinus betulus dans la région d’endémisme.

15.1.2 Licences

On s’intéresse ici au problème particulier des licences :


   CC_BY_4_0 CC_BY_NC_4_0      CC0_1_0 
      241509        16865        22492 
[1] 93.99535722
Occurrence de Carpinus betulus dans la région d'endémisme, selon la licence : CC BY-NC en bleu ; CC0 et CC BY en orange.

Figure 15.3: Occurrence de Carpinus betulus dans la région d’endémisme, selon la licence : CC BY-NC en bleu ; CC0 et CC BY en orange.

Idéalement, on aimerait avoir au moins 50 % de données vraiment libres d’utilisation (c’est-à-dire sans la clause -NC). On continue en supprimant les données en CC BY-NC.

[1] 264001

15.1.3 Sous-échantillonnage

Si le jeu de données contient 25 000 occurrences ou plus, on procède au sous-échantillonnage aléatoire pour en conserver un maximum de 25 000.

Simple feature collection with 25000 features and 50 fields
Attribute-geometry relationship: 50 constant, 0 aggregate, 0 identity
Geometry type: POINT
Dimension:     XY
Bounding box:  xmin: -9.254365 ymin: 37.87 xmax: 44.44 ymax: 60.427463
Geodetic CRS:  WGS 84
# A tibble: 25,000 × 51
     gbifID datasetKey occurrenceID kingdom phylum class order family genus species infraspecificEpithet
    <int64> <chr>      <chr>        <chr>   <chr>  <chr> <chr> <chr>  <chr> <chr>   <chr>               
 1     1 e9 75956ee6-… "http://cbn… Plantae Trach… Magn… Faga… Betul… Carp… Carpin… ""                  
 2     3.e9 14d5676a-… "q-10161535… Plantae Trach… Magn… Faga… Betul… Carp… Carpin… ""                  
 3     8 e6 857aa892-… ""           Plantae Trach… Magn… Faga… Betul… Carp… Carpin… ""                  
 4     8 e8 271c444f-… "INBO:FLORA… Plantae Trach… Magn… Faga… Betul… Carp… Carpin… ""                  
 5     2 e9 4ebe5835-… "e714529b-1… Plantae Trach… Magn… Faga… Betul… Carp… Carpin… ""                  
 6     8 e6 857aa892-… ""           Plantae Trach… Magn… Faga… Betul… Carp… Carpin… ""                  
 7     4 e9 017f23ba-… "658898be-d… Plantae Trach… Magn… Faga… Betul… Carp… Carpin… ""                  
 8     1.e9 8ea4250e-… "http://id.… Plantae Trach… Magn… Faga… Betul… Carp… Carpin… ""                  
 9     2 e8 857aa892-… ""           Plantae Trach… Magn… Faga… Betul… Carp… Carpin… ""                  
10     2 e9 83fdfd3d-… "INFOFLORA-… Plantae Trach… Magn… Faga… Betul… Carp… Carpin… ""                  
# ℹ 24,990 more rows
# ℹ 40 more variables: taxonRank <chr>, scientificName <chr>, verbatimScientificName <chr>,
#   verbatimScientificNameAuthorship <chr>, countryCode <chr>, locality <chr>, stateProvince <chr>,
#   occurrenceStatus <chr>, individualCount <int>, publishingOrgKey <chr>, decimalLatitude <dbl>,
#   decimalLongitude <dbl>, coordinateUncertaintyInMeters <dbl>, coordinatePrecision <dbl>,
#   elevation <dbl>, elevationAccuracy <dbl>, depth <dbl>, depthAccuracy <dbl>, eventDate <dttm>,
#   day <int>, month <int>, year <int>, taxonKey <int>, speciesKey <int>, basisOfRecord <chr>, …

15.1.4 Carte finale

On prépare la carte finale des occurrences :

Occurrence de Carpinus betulus dans la région d'endémisme après sous-échantillonnage éventuel.

Figure 15.4: Occurrence de Carpinus betulus dans la région d’endémisme après sous-échantillonnage éventuel.

15.2 Modélisation de la niche climatique

15.2.1 Préparer les données

Organisation des données d’entrées (occurrences et données environnementales) et des données produites de pseudo-absences :

 class       : SpatVector 
 geometry    : points 
 dimensions  : 25000, 0  (geometries, attributes)
 extent      : -9.254365, 44.44, 37.87, 60.42746  (xmin, xmax, ymin, ymax)
 coord. ref. : lon/lat WGS 84 (EPSG:4326) 

-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-= cabe Data Formating -=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=

      ! Response variable is considered as only presences... Is it really what you want?
      ! No data has been set aside for modeling evaluation
 !!! Some data are located in the same raster cell. 
          Please set `filter.raster = TRUE` if you want an automatic filtering.

Checking Pseudo-absence selection arguments...

   > random pseudo absences selection
   > Pseudo absences are selected in explanatory variables
 ! Some NAs have been automatically removed from your data
 !!! Some data are located in the same raster cell. 
          Please set `filter.raster = TRUE` if you want an automatic filtering.
-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-= Done -=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=

-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-= BIOMOD.formated.data -=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=

dir.name =  Output

sp.name =  cabe

     24998 presences,  0 true absences and  72850 undefined points in dataset


     6 explanatory variables

 temp_max_august    temp_min       temp_wet_quart     temp_season    
 Min.   : 0.50   Min.   :-21.932   Min.   :-12.078   Min.   :   0.0  
 1st Qu.:20.73   1st Qu.: -8.732   1st Qu.:  8.023   1st Qu.: 606.1  
 Median :23.80   Median : -2.364   Median : 12.615   Median : 719.1  
 Mean   :24.98   Mean   : -4.003   Mean   : 12.036   Mean   : 752.1  
 3rd Qu.:27.88   3rd Qu.:  0.852   3rd Qu.: 16.153   3rd Qu.: 896.5  
 Max.   :45.74   Max.   : 12.376   Max.   : 26.027   Max.   :1393.7  
 prec_wet_quart    prec_season     
 Min.   :   4.0   Min.   :  6.116  
 1st Qu.: 174.0   1st Qu.: 18.733  
 Median : 215.0   Median : 30.148  
 Mean   : 216.2   Mean   : 33.663  
 3rd Qu.: 250.0   3rd Qu.: 39.110  
 Max.   :1257.0   Max.   :122.373  

-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=

On visualise les pseudo-absences :

Les données d'occurrences (en haut à gauche) et les trois jeux de données aléatoires de pseudo-absences.

Figure 15.5: Les données d’occurrences (en haut à gauche) et les trois jeux de données aléatoires de pseudo-absences.

$data.vect
 class       : SpatVector 
 geometry    : points 
 dimensions  : 174992, 2  (geometries, attributes)
 extent      : -10.39583, 46.97917, 29.02083, 70.97917  (xmin, xmax, ymin, ymax)
 coord. ref. :  
 names       :  resp         dataset
 type        : <num>           <chr>
 values      :    10 Initial dataset
                  10 Initial dataset
                  10 Initial dataset

$data.label
                              9                              10 
                "**Presences**"       "Presences (calibration)" 
                             11                              12 
       "Presences (validation)"        "Presences (evaluation)" 
                             19                              20 
            "**True Absences**"   "True Absences (calibration)" 
                             21                              22 
   "True Absences (validation)"    "True Absences (evaluation)" 
                             29                              30 
          "**Pseudo-Absences**" "Pseudo-Absences (calibration)" 
                             31                               1 
 "Pseudo-Absences (validation)"                    "Background" 

$data.plot
Les données d'occurrences (en haut à gauche) et les trois jeux de données aléatoires de pseudo-absences.

Figure 15.6: Les données d’occurrences (en haut à gauche) et les trois jeux de données aléatoires de pseudo-absences.

15.2.2 Modèles individuels de niche


-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-= Build Single Models -=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=


Checking Models arguments...

Creating suitable Workdir...

            ! Weights where automatically defined for cabe_PA1 to rise a 0.5 prevalence !
            ! Weights where automatically defined for cabe_PA2 to rise a 0.5 prevalence !
            ! Weights where automatically defined for cabe_PA3 to rise a 0.5 prevalence !


-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-= cabe Modeling Summary -=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=

 6  environmental variables ( temp_max_august temp_min temp_wet_quart temp_season prec_wet_quart prec_season )
Number of evaluation repetitions : 1
Models selected : GAM MARS MAXNET GBM ANN RF 

Total number of model runs: 18 

-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=


-=-=-=- Run :  cabe_PA1 


-=-=-=--=-=-=- cabe_PA1_RUN1 


-=-=-=- Run :  cabe_PA2 


-=-=-=--=-=-=- cabe_PA2_RUN1 


-=-=-=- Run :  cabe_PA3 


-=-=-=--=-=-=- cabe_PA3_RUN1 

-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-= Done -=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=

15.2.2.1 Évaluation de la performance

             full.name  PA  run   algo metric.eval cutoff sensitivity
1    cabe_PA1_RUN1_GAM PA1 RUN1    GAM         TSS  624.0      95.850
2    cabe_PA1_RUN1_GAM PA1 RUN1    GAM         ROC  618.5      96.040
3   cabe_PA1_RUN1_MARS PA1 RUN1   MARS         TSS  503.0      95.915
4   cabe_PA1_RUN1_MARS PA1 RUN1   MARS         ROC  461.5      96.525
5 cabe_PA1_RUN1_MAXNET PA1 RUN1 MAXNET         TSS  354.0      96.425
6 cabe_PA1_RUN1_MAXNET PA1 RUN1 MAXNET         ROC  356.5      96.360
  specificity calibration validation evaluation
1      82.325       0.782      0.786         NA
2      82.230       0.949      0.948         NA
3      90.105       0.860      0.861         NA
4      89.565       0.971      0.971         NA
5      90.115       0.866      0.869         NA
6      90.210       0.971      0.972         NA
Évaluation de la performance des modèles individuels : True Skill Statistic & aire sous la courbe de ROC.

Figure 15.7: Évaluation de la performance des modèles individuels : True Skill Statistic & aire sous la courbe de ROC.

15.2.2.2 Importance des variables environnementales

          full.name  PA  run algo        expl.var rand  var.imp
1 cabe_PA1_RUN1_GAM PA1 RUN1  GAM temp_max_august    1 0.149856
2 cabe_PA1_RUN1_GAM PA1 RUN1  GAM        temp_min    1 0.209661
3 cabe_PA1_RUN1_GAM PA1 RUN1  GAM  temp_wet_quart    1 0.007521
4 cabe_PA1_RUN1_GAM PA1 RUN1  GAM     temp_season    1 0.197253
5 cabe_PA1_RUN1_GAM PA1 RUN1  GAM  prec_wet_quart    1 0.113093
6 cabe_PA1_RUN1_GAM PA1 RUN1  GAM     prec_season    1 0.024197
Pourcentage de variance expliquée pour chaque variable, décomposé par algorithme.

Figure 15.8: Pourcentage de variance expliquée pour chaque variable, décomposé par algorithme.

Pourcentage de variance expliquée pour chaque variable, décomposé par variable.

Figure 15.9: Pourcentage de variance expliquée pour chaque variable, décomposé par variable.

15.2.2.3 Courbes de réponses

Courbes de réponse de chaque variable climatique selon l'algorithme (en couleurs).

Figure 15.10: Courbes de réponse de chaque variable climatique selon l’algorithme (en couleurs).

15.2.3 Modèles d’ensemble de niche

Seulement modèles avec TSS > 0.8


-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-= BIOMOD.ensemble.models.out -=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=

sp.name : cabe

expl.var.names : temp_max_august temp_min temp_wet_quart temp_season 
prec_wet_quart prec_season


models computed: 
cabe_EMcvByTSS_mergedData_mergedRun_mergedAlgo, cabe_EMwmeanByTSS_mergedData_mergedRun_mergedAlgo

models failed: none

-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=

15.2.3.1 Évaluation de la qualité

                                          full.name merged.by.PA merged.by.run
1 cabe_EMwmeanByTSS_mergedData_mergedRun_mergedAlgo   mergedData     mergedRun
2 cabe_EMwmeanByTSS_mergedData_mergedRun_mergedAlgo   mergedData     mergedRun
  merged.by.algo filtered.by    algo metric.eval cutoff sensitivity specificity
1     mergedAlgo         TSS EMwmean         TSS  549.0      96.068      93.480
2     mergedAlgo         TSS EMwmean         ROC  556.5      95.960      93.635
  calibration validation evaluation
1       0.896         NA         NA
2       0.989         NA         NA
Évaluation de la qualité du modèle d'ensemble : Aire sous la courbe de ROC & True Skill Statistic.

Figure 15.11: Évaluation de la qualité du modèle d’ensemble : Aire sous la courbe de ROC & True Skill Statistic.

                                       full.name merged.by.PA merged.by.run
1 cabe_EMcvByTSS_mergedData_mergedRun_mergedAlgo   mergedData     mergedRun
2 cabe_EMcvByTSS_mergedData_mergedRun_mergedAlgo   mergedData     mergedRun
3 cabe_EMcvByTSS_mergedData_mergedRun_mergedAlgo   mergedData     mergedRun
4 cabe_EMcvByTSS_mergedData_mergedRun_mergedAlgo   mergedData     mergedRun
5 cabe_EMcvByTSS_mergedData_mergedRun_mergedAlgo   mergedData     mergedRun
6 cabe_EMcvByTSS_mergedData_mergedRun_mergedAlgo   mergedData     mergedRun
  merged.by.algo filtered.by algo        expl.var rand  var.imp
1     mergedAlgo         TSS EMcv temp_max_august    1 0.234421
2     mergedAlgo         TSS EMcv        temp_min    1 0.196176
3     mergedAlgo         TSS EMcv  temp_wet_quart    1 0.037122
4     mergedAlgo         TSS EMcv     temp_season    1 0.173430
5     mergedAlgo         TSS EMcv  prec_wet_quart    1 0.041202
6     mergedAlgo         TSS EMcv     prec_season    1 0.149669

Par variable :

Pourcentage de variance expliquée par variable dans le modèle d'ensemble.

Figure 15.12: Pourcentage de variance expliquée par variable dans le modèle d’ensemble.

Courbes de réponse de chaque variable climatique dans le modèle d'ensemble.

Figure 15.13: Courbes de réponse de chaque variable climatique dans le modèle d’ensemble.

15.3 Projections

15.3.1 Distribution potentielle contemporaine

Contemporaine : Cartographie des observations sur couches climatiques Extraction des conditions climatiques favorables


-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-= BIOMOD.projection.out -=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=

Projection directory : Output/cabe/current


sp.name : cabe

expl.var.names : temp_max_august temp_min temp_wet_quart temp_season 
prec_wet_quart prec_season


modeling.id : AllModels ( Output/cabe/cabe.AllModels.models.out )

models.projected : 
cabe_PA1_RUN1_GAM, cabe_PA1_RUN1_MARS, cabe_PA1_RUN1_MAXNET, cabe_PA1_RUN1_GBM, cabe_PA1_RUN1_ANN, cabe_PA1_RUN1_RF, cabe_PA2_RUN1_GAM, cabe_PA2_RUN1_MARS, cabe_PA2_RUN1_MAXNET, cabe_PA2_RUN1_GBM, cabe_PA2_RUN1_ANN, cabe_PA2_RUN1_RF, cabe_PA3_RUN1_GAM, cabe_PA3_RUN1_MARS, cabe_PA3_RUN1_MAXNET, cabe_PA3_RUN1_GBM, cabe_PA3_RUN1_RF

available binary projection : TSS, ROC

available filtered projection : TSS, ROC

-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=
Projection de la distribution potentielle contemporaine sur l'Europe, selon les 6 algorithmes et les 3 runs.

Figure 15.14: Projection de la distribution potentielle contemporaine sur l’Europe, selon les 6 algorithmes et les 3 runs.

Projection de la distribution potentielle contemporaine sur l'Europe, selon les 6 algorithmes et les 3 runs.

Figure 15.15: Projection de la distribution potentielle contemporaine sur l’Europe, selon les 6 algorithmes et les 3 runs.


-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-= BIOMOD.projection.out -=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=

Projection directory : Output/cabe/current


sp.name : cabe

expl.var.names : temp_max_august temp_min temp_wet_quart temp_season 
prec_wet_quart prec_season


modeling.id : AllModels ( Output/cabe/cabe.AllModels.ensemble.models.out )

models.projected : 
cabe_EMcvByTSS_mergedData_mergedRun_mergedAlgo, cabe_EMwmeanByTSS_mergedData_mergedRun_mergedAlgo

-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=
A) Projection de la distribution potentielle contemporaine (modèle d'ensemble) ; B) Incertitude associée à la projection.

Figure 15.16: A) Projection de la distribution potentielle contemporaine (modèle d’ensemble) ; B) Incertitude associée à la projection.

15.3.2 Interpolation à l’échelle de la métropole

  • → conditions climatiques favorables à fine échelle

On projette la niche climatique sur ce raster à fine échelle.


-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-= BIOMOD.projection.out -=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=

Projection directory : Output/cabe/cont_gre


sp.name : cabe

expl.var.names : temp_max_august temp_min temp_wet_quart temp_season 
prec_wet_quart prec_season


modeling.id : AllModels ( Output/cabe/cabe.AllModels.models.out )

models.projected : 
cabe_PA1_RUN1_GAM, cabe_PA1_RUN1_MARS, cabe_PA1_RUN1_MAXNET, cabe_PA1_RUN1_GBM, cabe_PA1_RUN1_ANN, cabe_PA1_RUN1_RF, cabe_PA2_RUN1_GAM, cabe_PA2_RUN1_MARS, cabe_PA2_RUN1_MAXNET, cabe_PA2_RUN1_GBM, cabe_PA2_RUN1_ANN, cabe_PA2_RUN1_RF, cabe_PA3_RUN1_GAM, cabe_PA3_RUN1_MARS, cabe_PA3_RUN1_MAXNET, cabe_PA3_RUN1_GBM, cabe_PA3_RUN1_RF

available binary projection : TSS, ROC

available filtered projection : TSS, ROC

-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=
Projection de la distribution potentielle contemporaine sur la métropole de Grenoble, selon les 6 algorithmes et les 3 runs.

Figure 15.17: Projection de la distribution potentielle contemporaine sur la métropole de Grenoble, selon les 6 algorithmes et les 3 runs.

Projection de la distribution potentielle contemporaine sur la métropole de Grenoble, selon les 6 algorithmes et les 3 runs.

Figure 15.18: Projection de la distribution potentielle contemporaine sur la métropole de Grenoble, selon les 6 algorithmes et les 3 runs.


-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-= BIOMOD.projection.out -=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=

Projection directory : Output/cabe/cont_gre


sp.name : cabe

expl.var.names : temp_max_august temp_min temp_wet_quart temp_season 
prec_wet_quart prec_season


modeling.id : AllModels ( Output/cabe/cabe.AllModels.ensemble.models.out )

models.projected : 
cabe_EMcvByTSS_mergedData_mergedRun_mergedAlgo, cabe_EMwmeanByTSS_mergedData_mergedRun_mergedAlgo

-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=
A) Projection de la distribution potentielle contemporaine (modèle d'ensemble) sur la métropole de Grenoble ; B) Incertitude associée à la projection.

Figure 15.19: A) Projection de la distribution potentielle contemporaine (modèle d’ensemble) sur la métropole de Grenoble ; B) Incertitude associée à la projection.

15.3.3 Distributions potentielles futures

Futur : Projection à l’échelle de l’Europe jusqu’à l’horizon 2100

Toutes les fenêtres temporelles × scénarios pour le GCM « IPSL-CM6A-LR »

  1. SSP1-2.6
Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP1-2.6 (modèle d'ensemble).Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP1-2.6 (modèle d'ensemble).Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP1-2.6 (modèle d'ensemble).Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP1-2.6 (modèle d'ensemble).Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP1-2.6 (modèle d'ensemble).

Figure 15.20: Projection des distributions potentielles futures jusqu’à l’horizon 2100 sous le scénario SSP1-2.6 (modèle d’ensemble).

On obtient pour la métrique TSS une carte unique de moyenne pondérée sur les algorithmes et sur les jeux de pseudo-absences.

  1. SSP2-4.5
Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP2-4.5 (modèle d'ensemble).Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP2-4.5 (modèle d'ensemble).Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP2-4.5 (modèle d'ensemble).Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP2-4.5 (modèle d'ensemble).Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP2-4.5 (modèle d'ensemble).

Figure 15.21: Projection des distributions potentielles futures jusqu’à l’horizon 2100 sous le scénario SSP2-4.5 (modèle d’ensemble).

  1. SSP3-7.0
Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP3-7.0 (modèle d'ensemble).Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP3-7.0 (modèle d'ensemble).Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP3-7.0 (modèle d'ensemble).Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP3-7.0 (modèle d'ensemble).Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP3-7.0 (modèle d'ensemble).

Figure 15.22: Projection des distributions potentielles futures jusqu’à l’horizon 2100 sous le scénario SSP3-7.0 (modèle d’ensemble).

  1. SSP5-8.5
Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble).Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble).Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble).Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble).Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble).

Figure 15.23: Projection des distributions potentielles futures jusqu’à l’horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d’ensemble).

15.4 Inférence à l’échelle de la métropole

  • Croisement avec températures de surface 2019 (fournie par la métropole)
  • → conditions climatiques favorables à fine échelle
  • à peu près 7 pixels × 9 (WorldClim)

15.4.1 Distributions potentielles futures

Même chose que précédemment mais sur les rasters de Grenoble

  1. SSP1-2.6
Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).

Figure 15.24: Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu’à l’horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d’ensemble, GCM IPSL).

  1. SSP2-4.5
Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).

Figure 15.25: Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu’à l’horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d’ensemble, GCM IPSL).

  1. SSP3-7.0
Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).

Figure 15.26: Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu’à l’horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d’ensemble, GCM IPSL).

  1. SSP5-8.5
Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).

Figure 15.27: Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu’à l’horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d’ensemble, GCM IPSL).

15.4.2 Évolution temporelle

# A tibble: 17 × 8
   min         q1          median      mean        q3          max   ssp    year
   <table[1d]> <table[1d]> <table[1d]> <table[1d]> <table[1d]> <tab> <fct> <dbl>
 1 277         584         758         700.6173    806         861   0      2000
 2 286         462         727         647.4352    799         862   126    2040
 3 251         420         665         605.3688    755         859   126    2060
 4 272         400         650         593.8556    752         851   126    2080
 5 291         428         672         610.7340    752         838   126    2100
 6 290         456         717         647.0361    810         864   245    2040
 7 210         386         597         561.7957    716         842   245    2060
 8 233         387         553         544.1810    687         824   245    2080
 9 225         371         500         490.3395    607         777   245    2100
10 232         456         701         635.0966    792         859   370    2040
11 244         401         614         576.1327    725         835   370    2060
12 230         363         482         475.8296    588         776   370    2080
13 101         250         271         279.9375    309         601   370    2100
14 267         426         689         617.2920    773         852   585    2040
15 214         381         562         540.7613    690         802   585    2060
16 121         261         296         310.3187    354         633   585    2080
17  53         185         205         198.0934    226         337   585    2100
Évolution de la favorabilité climatique au cours du XXIème siècle. Le point représente la médiane sur l'étendue de la métropole (i.e. tous les pixels de la carte) ; le trait gras représente 50 % des données intermédiaires (espace inter-quartile) ; le trait fin représente le reste des données du minimum au maximum.

Figure 15.28: Évolution de la favorabilité climatique au cours du XXIème siècle. Le point représente la médiane sur l’étendue de la métropole (i.e. tous les pixels de la carte) ; le trait gras représente 50 % des données intermédiaires (espace inter-quartile) ; le trait fin représente le reste des données du minimum au maximum.