229 Sequoiadendron giganteum

229.1 Données d’occurrences GBIF

Collecte des données du GBIF :

<<gbif download metadata>>
  Status: SUCCEEDED
  DOI: 10.15468/dl.9ch5xz
  Format: SIMPLE_CSV
  Download key: 0260980-230224095556074
  Created: 2023-05-25T13:09:34.129+00:00
  Modified: 2023-05-25T13:10:28.628+00:00
  Download link: https://api.gbif.org/v1/occurrence/download/request/0260980-230224095556074.zip
  Total records: 4496

Conversion en objets géographiques (format Simple feature de sf) et exploration rapide des données (classe du jeu de données et premières lignes du tableau) :

Simple feature collection with 4496 features and 50 fields
Attribute-geometry relationship: 50 constant, 0 aggregate, 0 identity
Geometry type: POINT
Dimension:     XY
Bounding box:  xmin: -124.2 ymin: -45.565 xmax: 172.881667 ymax: 63.434
Geodetic CRS:  WGS 84
# A tibble: 4,496 × 51
      gbifID datasetKey         occurrenceID kingdom phylum class order family genus species
 *   <int64> <chr>              <chr>        <chr>   <chr>  <chr> <chr> <chr>  <chr> <chr>  
 1 930742310 0096dfc0-9925-47e… http://bioi… Plantae Trach… Pino… Pina… Cupre… Sequ… Sequoi…
 2 930742293 0096dfc0-9925-47e… http://bioi… Plantae Trach… Pino… Pina… Cupre… Sequ… Sequoi…
 3 930742292 0096dfc0-9925-47e… http://bioi… Plantae Trach… Pino… Pina… Cupre… Sequ… Sequoi…
 4 930742288 0096dfc0-9925-47e… http://bioi… Plantae Trach… Pino… Pina… Cupre… Sequ… Sequoi…
 5 930742275 0096dfc0-9925-47e… http://bioi… Plantae Trach… Pino… Pina… Cupre… Sequ… Sequoi…
 6 930742274 0096dfc0-9925-47e… http://bioi… Plantae Trach… Pino… Pina… Cupre… Sequ… Sequoi…
 7 930742273 0096dfc0-9925-47e… http://bioi… Plantae Trach… Pino… Pina… Cupre… Sequ… Sequoi…
 8 930742271 0096dfc0-9925-47e… http://bioi… Plantae Trach… Pino… Pina… Cupre… Sequ… Sequoi…
 9 930742265 0096dfc0-9925-47e… http://bioi… Plantae Trach… Pino… Pina… Cupre… Sequ… Sequoi…
10 930742255 0096dfc0-9925-47e… http://bioi… Plantae Trach… Pino… Pina… Cupre… Sequ… Sequoi…
# ℹ 4,486 more rows
# ℹ 41 more variables: infraspecificEpithet <lgl>, taxonRank <chr>, scientificName <chr>,
#   verbatimScientificName <chr>, verbatimScientificNameAuthorship <chr>,
#   countryCode <chr>, locality <chr>, stateProvince <chr>, occurrenceStatus <chr>,
#   individualCount <int>, publishingOrgKey <chr>, decimalLatitude <dbl>,
#   decimalLongitude <dbl>, coordinateUncertaintyInMeters <dbl>, coordinatePrecision <lgl>,
#   elevation <dbl>, elevationAccuracy <dbl>, depth <dbl>, depthAccuracy <dbl>, …

Il y a 4 496 occurrences dans le jeu de données. On les affiche sur la carte du monde :

Occurrences de Sequoiadendron giganteum dans le monde.

Figure 229.1: Occurrences de Sequoiadendron giganteum dans le monde.

229.1.1 Données par région

On évalue la proportion d’occurrences dans chaque région, en utilisant les 3 masques créés précédemment. Si on a au moins 50 % des occurrences dans une région, on peut continuer en travaillant uniquement sur ces données. Sinon, on vérifie qu’au moins 67 % des données tombent dans l’ensemble des régions, et on prend la région la plus représentée. Au final, s’il s’agit d’une espèce endémique d’Europe, on n’a pas besoin de manipulation supplémentaire.

[1] 0.727980427
[1] 0.2697953737
[1] 0.0002224199288

Espèce endémique d’Europe

Occurrence de Sequoiadendron giganteum dans la région d'endémisme.

Figure 229.2: Occurrence de Sequoiadendron giganteum dans la région d’endémisme.

229.1.2 Licences

On s’intéresse ici au problème particulier des licences :


                                                  CC_BY_4_0 
                                                       1891 
                                               CC_BY_NC_4_0 
                                                        136 
                                                    CC0_1_0 
                                                         14 
   https://creativecommons.org/licenses/by-nc/4.0/legalcode 
                                                       1006 
      https://creativecommons.org/licenses/by/4.0/legalcode 
                                                        143 
https://creativecommons.org/publicdomain/zero/1.0/legalcode 
                                                         83 
[1] 65.10846318
Occurrence de Sequoiadendron giganteum dans la région d'endémisme, selon la licence : CC BY-NC en bleu ; CC0 et CC BY en orange.

Figure 229.3: Occurrence de Sequoiadendron giganteum dans la région d’endémisme, selon la licence : CC BY-NC en bleu ; CC0 et CC BY en orange.

Idéalement, on aimerait avoir au moins 50 % de données vraiment libres d’utilisation (c’est-à-dire sans la clause -NC). On continue en supprimant les données en CC BY-NC.

[1] 2131

229.1.3 Sous-échantillonnage

Si le jeu de données contient 25 000 occurrences ou plus, on procède au sous-échantillonnage aléatoire pour en conserver un maximum de 25 000.

Moins de 25 000 occurrences : pas de sous-échantillonnage

Simple feature collection with 2131 features and 50 fields
Attribute-geometry relationship: 50 constant, 0 aggregate, 0 identity
Geometry type: POINT
Dimension:     XY
Bounding box:  xmin: -9.518896 ymin: 34.95 xmax: 39.742677 ymax: 63.434
Geodetic CRS:  WGS 84
# A tibble: 2,131 × 51
       gbifID datasetKey        occurrenceID kingdom phylum class order family genus species
      <int64> <chr>             <chr>        <chr>   <chr>  <chr> <chr> <chr>  <chr> <chr>  
 1  728978417 f6f1d320-d9cd-11… ""           Plantae Trach… Pino… Pina… Cupre… Sequ… Sequoi…
 2  416192528 857aa892-f762-11… ""           Plantae Trach… Pino… Pina… Cupre… Sequ… Sequoi…
 3  416192526 857aa892-f762-11… ""           Plantae Trach… Pino… Pina… Cupre… Sequ… Sequoi…
 4  416192522 857aa892-f762-11… ""           Plantae Trach… Pino… Pina… Cupre… Sequ… Sequoi…
 5  416192521 857aa892-f762-11… ""           Plantae Trach… Pino… Pina… Cupre… Sequ… Sequoi…
 6  416192519 857aa892-f762-11… ""           Plantae Trach… Pino… Pina… Cupre… Sequ… Sequoi…
 7  416192518 857aa892-f762-11… ""           Plantae Trach… Pino… Pina… Cupre… Sequ… Sequoi…
 8 4051830232 017f23ba-bf04-4e… "83025b34-6… Plantae Trach… Pino… Pina… Cupre… Sequ… Sequoi…
 9 4051816380 017f23ba-bf04-4e… "48345ffe-5… Plantae Trach… Pino… Pina… Cupre… Sequ… Sequoi…
10 4051781618 017f23ba-bf04-4e… "43c7f2d2-d… Plantae Trach… Pino… Pina… Cupre… Sequ… Sequoi…
# ℹ 2,121 more rows
# ℹ 41 more variables: infraspecificEpithet <lgl>, taxonRank <chr>, scientificName <chr>,
#   verbatimScientificName <chr>, verbatimScientificNameAuthorship <chr>,
#   countryCode <chr>, locality <chr>, stateProvince <chr>, occurrenceStatus <chr>,
#   individualCount <int>, publishingOrgKey <chr>, decimalLatitude <dbl>,
#   decimalLongitude <dbl>, coordinateUncertaintyInMeters <dbl>, coordinatePrecision <lgl>,
#   elevation <dbl>, elevationAccuracy <dbl>, depth <dbl>, depthAccuracy <dbl>, …

229.1.4 Carte finale

On prépare la carte finale des occurrences :

Occurrence de Sequoiadendron giganteum dans la région d'endémisme après sous-échantillonnage éventuel.

Figure 229.4: Occurrence de Sequoiadendron giganteum dans la région d’endémisme après sous-échantillonnage éventuel.

229.2 Modélisation de la niche climatique

229.2.1 Préparer les données

Organisation des données d’entrées (occurrences et données environnementales) et des données produites de pseudo-absences :

 class       : SpatVector 
 geometry    : points 
 dimensions  : 2131, 0  (geometries, attributes)
 extent      : -9.518896, 39.74268, 34.95, 63.434  (xmin, xmax, ymin, ymax)
 coord. ref. : lon/lat WGS 84 (EPSG:4326) 

-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-= segi Data Formating -=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=

      ! Response variable is considered as only presences... Is it really what you want?
      ! No data has been set aside for modeling evaluation
 !!! Some data are located in the same raster cell. 
          Please set `filter.raster = TRUE` if you want an automatic filtering.

Checking Pseudo-absence selection arguments...

   > random pseudo absences selection
   > Pseudo absences are selected in explanatory variables
 !!! Some data are located in the same raster cell. 
          Please set `filter.raster = TRUE` if you want an automatic filtering.
-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-= Done -=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=

-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-= BIOMOD.formated.data -=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=

dir.name =  Output

sp.name =  segi

     2131 presences,  0 true absences and  6380 undefined points in dataset


     6 explanatory variables

 temp_max_august     temp_min       temp_wet_quart    temp_season    
 Min.   : 5.004   Min.   :-21.856   Min.   :-8.873   Min.   : 269.6  
 1st Qu.:20.664   1st Qu.: -8.496   1st Qu.: 8.373   1st Qu.: 589.5  
 Median :23.852   Median : -2.088   Median :13.135   Median : 715.2  
 Mean   :24.927   Mean   : -3.803   Mean   :12.311   Mean   : 744.4  
 3rd Qu.:27.958   3rd Qu.:  1.400   3rd Qu.:16.351   3rd Qu.: 897.9  
 Max.   :45.452   Max.   : 10.148   Max.   :24.869   Max.   :1349.4  
 prec_wet_quart    prec_season     
 Min.   :   3.0   Min.   :  6.372  
 1st Qu.: 174.0   1st Qu.: 19.591  
 Median : 216.0   Median : 30.258  
 Mean   : 218.6   Mean   : 33.715  
 3rd Qu.: 254.0   3rd Qu.: 38.583  
 Max.   :1231.0   Max.   :121.859  

-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=

On visualise les pseudo-absences :

Les données d'occurrences (en haut à gauche) et les trois jeux de données aléatoires de pseudo-absences.

Figure 229.5: Les données d’occurrences (en haut à gauche) et les trois jeux de données aléatoires de pseudo-absences.

$data.vect
 class       : SpatVector 
 geometry    : points 
 dimensions  : 14917, 2  (geometries, attributes)
 extent      : -9.854167, 46.97917, 29.02083, 70.9375  (xmin, xmax, ymin, ymax)
 coord. ref. :  
 names       :  resp         dataset
 type        : <num>           <chr>
 values      :    10 Initial dataset
                  10 Initial dataset
                  10 Initial dataset

$data.label
                              9                              10 
                "**Presences**"       "Presences (calibration)" 
                             11                              12 
       "Presences (validation)"        "Presences (evaluation)" 
                             19                              20 
            "**True Absences**"   "True Absences (calibration)" 
                             21                              22 
   "True Absences (validation)"    "True Absences (evaluation)" 
                             29                              30 
          "**Pseudo-Absences**" "Pseudo-Absences (calibration)" 
                             31                               1 
 "Pseudo-Absences (validation)"                    "Background" 

$data.plot
Les données d'occurrences (en haut à gauche) et les trois jeux de données aléatoires de pseudo-absences.

Figure 229.6: Les données d’occurrences (en haut à gauche) et les trois jeux de données aléatoires de pseudo-absences.

229.2.2 Modèles individuels de niche


-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-= Build Single Models -=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=


Checking Models arguments...

Creating suitable Workdir...

            ! Weights where automatically defined for segi_PA1 to rise a 0.5 prevalence !
            ! Weights where automatically defined for segi_PA2 to rise a 0.5 prevalence !
            ! Weights where automatically defined for segi_PA3 to rise a 0.5 prevalence !


-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-= segi Modeling Summary -=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=

 6  environmental variables ( temp_max_august temp_min temp_wet_quart temp_season prec_wet_quart prec_season )
Number of evaluation repetitions : 1
Models selected : GAM MARS MAXNET GBM ANN RF 

Total number of model runs: 18 

-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=


-=-=-=- Run :  segi_PA1 


-=-=-=--=-=-=- segi_PA1_RUN1 


-=-=-=- Run :  segi_PA2 


-=-=-=--=-=-=- segi_PA2_RUN1 


-=-=-=- Run :  segi_PA3 


-=-=-=--=-=-=- segi_PA3_RUN1 

-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-= Done -=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=

229.2.2.1 Évaluation de la performance

             full.name  PA  run   algo metric.eval cutoff sensitivity
1    segi_PA1_RUN1_GAM PA1 RUN1    GAM         TSS  717.0      94.018
2    segi_PA1_RUN1_GAM PA1 RUN1    GAM         ROC  701.5      94.721
3   segi_PA1_RUN1_MARS PA1 RUN1   MARS         TSS  553.0      94.663
4   segi_PA1_RUN1_MARS PA1 RUN1   MARS         ROC  567.0      94.487
5 segi_PA1_RUN1_MAXNET PA1 RUN1 MAXNET         TSS  395.0      93.490
6 segi_PA1_RUN1_MAXNET PA1 RUN1 MAXNET         ROC  398.5      93.431
  specificity calibration validation evaluation
1      73.490       0.675      0.674         NA
2      72.845       0.826      0.825         NA
3      89.267       0.839      0.843         NA
4      89.560       0.960      0.962         NA
5      89.853       0.835      0.847         NA
6      90.147       0.961      0.962         NA
Évaluation de la performance des modèles individuels : True Skill Statistic & aire sous la courbe de ROC.

Figure 229.7: Évaluation de la performance des modèles individuels : True Skill Statistic & aire sous la courbe de ROC.

229.2.2.2 Importance des variables environnementales

          full.name  PA  run algo        expl.var rand  var.imp
1 segi_PA1_RUN1_GAM PA1 RUN1  GAM temp_max_august    1 0.273331
2 segi_PA1_RUN1_GAM PA1 RUN1  GAM        temp_min    1 0.030317
3 segi_PA1_RUN1_GAM PA1 RUN1  GAM  temp_wet_quart    1 0.021166
4 segi_PA1_RUN1_GAM PA1 RUN1  GAM     temp_season    1 0.867483
5 segi_PA1_RUN1_GAM PA1 RUN1  GAM  prec_wet_quart    1 0.050268
6 segi_PA1_RUN1_GAM PA1 RUN1  GAM     prec_season    1 0.074785
Pourcentage de variance expliquée pour chaque variable, décomposé par algorithme.

Figure 229.8: Pourcentage de variance expliquée pour chaque variable, décomposé par algorithme.

Pourcentage de variance expliquée pour chaque variable, décomposé par variable.

Figure 229.9: Pourcentage de variance expliquée pour chaque variable, décomposé par variable.

229.2.2.3 Courbes de réponses

Courbes de réponse de chaque variable climatique selon l'algorithme (en couleurs).

Figure 229.10: Courbes de réponse de chaque variable climatique selon l’algorithme (en couleurs).

229.2.3 Modèles d’ensemble de niche

Seulement modèles avec TSS > 0.8


-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-= BIOMOD.ensemble.models.out -=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=

sp.name : segi

expl.var.names : temp_max_august temp_min temp_wet_quart temp_season 
prec_wet_quart prec_season


models computed: 
segi_EMcvByTSS_mergedData_mergedRun_mergedAlgo, segi_EMwmeanByTSS_mergedData_mergedRun_mergedAlgo

models failed: none

-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=

229.2.3.1 Évaluation de la qualité

                                          full.name merged.by.PA merged.by.run
1 segi_EMwmeanByTSS_mergedData_mergedRun_mergedAlgo   mergedData     mergedRun
2 segi_EMwmeanByTSS_mergedData_mergedRun_mergedAlgo   mergedData     mergedRun
  merged.by.algo filtered.by    algo metric.eval cutoff sensitivity specificity
1     mergedAlgo         TSS EMwmean         TSS  487.0      97.137      89.922
2     mergedAlgo         TSS EMwmean         ROC  483.5      97.278      89.875
  calibration validation evaluation
1       0.871         NA         NA
2       0.984         NA         NA
Évaluation de la qualité du modèle d'ensemble : Aire sous la courbe de ROC & True Skill Statistic.

Figure 229.11: Évaluation de la qualité du modèle d’ensemble : Aire sous la courbe de ROC & True Skill Statistic.

                                       full.name merged.by.PA merged.by.run
1 segi_EMcvByTSS_mergedData_mergedRun_mergedAlgo   mergedData     mergedRun
2 segi_EMcvByTSS_mergedData_mergedRun_mergedAlgo   mergedData     mergedRun
3 segi_EMcvByTSS_mergedData_mergedRun_mergedAlgo   mergedData     mergedRun
4 segi_EMcvByTSS_mergedData_mergedRun_mergedAlgo   mergedData     mergedRun
5 segi_EMcvByTSS_mergedData_mergedRun_mergedAlgo   mergedData     mergedRun
6 segi_EMcvByTSS_mergedData_mergedRun_mergedAlgo   mergedData     mergedRun
  merged.by.algo filtered.by algo        expl.var rand  var.imp
1     mergedAlgo         TSS EMcv temp_max_august    1 0.223668
2     mergedAlgo         TSS EMcv        temp_min    1 0.293060
3     mergedAlgo         TSS EMcv  temp_wet_quart    1 0.022376
4     mergedAlgo         TSS EMcv     temp_season    1 0.245140
5     mergedAlgo         TSS EMcv  prec_wet_quart    1 0.062825
6     mergedAlgo         TSS EMcv     prec_season    1 0.089217

Par variable :

Pourcentage de variance expliquée par variable dans le modèle d'ensemble.

Figure 229.12: Pourcentage de variance expliquée par variable dans le modèle d’ensemble.

Courbes de réponse de chaque variable climatique dans le modèle d'ensemble.

Figure 229.13: Courbes de réponse de chaque variable climatique dans le modèle d’ensemble.

229.3 Projections

229.3.1 Distribution potentielle contemporaine

Contemporaine : Cartographie des observations sur couches climatiques Extraction des conditions climatiques favorables


-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-= BIOMOD.projection.out -=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=

Projection directory : Output/segi/current


sp.name : segi

expl.var.names : temp_max_august temp_min temp_wet_quart temp_season 
prec_wet_quart prec_season


modeling.id : AllModels ( Output/segi/segi.AllModels.models.out )

models.projected : 
segi_PA1_RUN1_GAM, segi_PA1_RUN1_MARS, segi_PA1_RUN1_MAXNET, segi_PA1_RUN1_GBM, segi_PA1_RUN1_ANN, segi_PA1_RUN1_RF, segi_PA2_RUN1_GAM, segi_PA2_RUN1_MARS, segi_PA2_RUN1_MAXNET, segi_PA2_RUN1_GBM, segi_PA2_RUN1_ANN, segi_PA2_RUN1_RF, segi_PA3_RUN1_GAM, segi_PA3_RUN1_MARS, segi_PA3_RUN1_MAXNET, segi_PA3_RUN1_GBM, segi_PA3_RUN1_ANN, segi_PA3_RUN1_RF

available binary projection : TSS, ROC

available filtered projection : TSS, ROC

-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=
Projection de la distribution potentielle contemporaine sur l'Europe, selon les 6 algorithmes et les 3 runs.

Figure 229.14: Projection de la distribution potentielle contemporaine sur l’Europe, selon les 6 algorithmes et les 3 runs.

Projection de la distribution potentielle contemporaine sur l'Europe, selon les 6 algorithmes et les 3 runs.

Figure 229.15: Projection de la distribution potentielle contemporaine sur l’Europe, selon les 6 algorithmes et les 3 runs.


-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-= BIOMOD.projection.out -=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=

Projection directory : Output/segi/current


sp.name : segi

expl.var.names : temp_max_august temp_min temp_wet_quart temp_season 
prec_wet_quart prec_season


modeling.id : AllModels ( Output/segi/segi.AllModels.ensemble.models.out )

models.projected : 
segi_EMcvByTSS_mergedData_mergedRun_mergedAlgo, segi_EMwmeanByTSS_mergedData_mergedRun_mergedAlgo

-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=
A) Projection de la distribution potentielle contemporaine (modèle d'ensemble) ; B) Incertitude associée à la projection.

Figure 229.16: A) Projection de la distribution potentielle contemporaine (modèle d’ensemble) ; B) Incertitude associée à la projection.

229.3.2 Interpolation à l’échelle de la métropole

  • → conditions climatiques favorables à fine échelle

On projette la niche climatique sur ce raster à fine échelle.


-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-= BIOMOD.projection.out -=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=

Projection directory : Output/segi/cont_gre


sp.name : segi

expl.var.names : temp_max_august temp_min temp_wet_quart temp_season 
prec_wet_quart prec_season


modeling.id : AllModels ( Output/segi/segi.AllModels.models.out )

models.projected : 
segi_PA1_RUN1_GAM, segi_PA1_RUN1_MARS, segi_PA1_RUN1_MAXNET, segi_PA1_RUN1_GBM, segi_PA1_RUN1_ANN, segi_PA1_RUN1_RF, segi_PA2_RUN1_GAM, segi_PA2_RUN1_MARS, segi_PA2_RUN1_MAXNET, segi_PA2_RUN1_GBM, segi_PA2_RUN1_ANN, segi_PA2_RUN1_RF, segi_PA3_RUN1_GAM, segi_PA3_RUN1_MARS, segi_PA3_RUN1_MAXNET, segi_PA3_RUN1_GBM, segi_PA3_RUN1_ANN, segi_PA3_RUN1_RF

available binary projection : TSS, ROC

available filtered projection : TSS, ROC

-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=
Projection de la distribution potentielle contemporaine sur la métropole de Grenoble, selon les 6 algorithmes et les 3 runs.

Figure 229.17: Projection de la distribution potentielle contemporaine sur la métropole de Grenoble, selon les 6 algorithmes et les 3 runs.

Projection de la distribution potentielle contemporaine sur la métropole de Grenoble, selon les 6 algorithmes et les 3 runs.

Figure 229.18: Projection de la distribution potentielle contemporaine sur la métropole de Grenoble, selon les 6 algorithmes et les 3 runs.


-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-= BIOMOD.projection.out -=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=

Projection directory : Output/segi/cont_gre


sp.name : segi

expl.var.names : temp_max_august temp_min temp_wet_quart temp_season 
prec_wet_quart prec_season


modeling.id : AllModels ( Output/segi/segi.AllModels.ensemble.models.out )

models.projected : 
segi_EMcvByTSS_mergedData_mergedRun_mergedAlgo, segi_EMwmeanByTSS_mergedData_mergedRun_mergedAlgo

-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=
A) Projection de la distribution potentielle contemporaine (modèle d'ensemble) sur la métropole de Grenoble ; B) Incertitude associée à la projection.

Figure 229.19: A) Projection de la distribution potentielle contemporaine (modèle d’ensemble) sur la métropole de Grenoble ; B) Incertitude associée à la projection.

229.3.3 Distributions potentielles futures

Futur : Projection à l’échelle de l’Europe jusqu’à l’horizon 2100

Toutes les fenêtres temporelles × scénarios pour le GCM « IPSL-CM6A-LR »

  1. SSP1-2.6
Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP1-2.6 (modèle d'ensemble).Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP1-2.6 (modèle d'ensemble).Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP1-2.6 (modèle d'ensemble).Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP1-2.6 (modèle d'ensemble).Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP1-2.6 (modèle d'ensemble).

Figure 229.20: Projection des distributions potentielles futures jusqu’à l’horizon 2100 sous le scénario SSP1-2.6 (modèle d’ensemble).

On obtient pour la métrique TSS une carte unique de moyenne pondérée sur les algorithmes et sur les jeux de pseudo-absences.

  1. SSP2-4.5
Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP2-4.5 (modèle d'ensemble).Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP2-4.5 (modèle d'ensemble).Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP2-4.5 (modèle d'ensemble).Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP2-4.5 (modèle d'ensemble).Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP2-4.5 (modèle d'ensemble).

Figure 229.21: Projection des distributions potentielles futures jusqu’à l’horizon 2100 sous le scénario SSP2-4.5 (modèle d’ensemble).

  1. SSP3-7.0
Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP3-7.0 (modèle d'ensemble).Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP3-7.0 (modèle d'ensemble).Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP3-7.0 (modèle d'ensemble).Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP3-7.0 (modèle d'ensemble).Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP3-7.0 (modèle d'ensemble).

Figure 229.22: Projection des distributions potentielles futures jusqu’à l’horizon 2100 sous le scénario SSP3-7.0 (modèle d’ensemble).

  1. SSP5-8.5
Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble).Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble).Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble).Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble).Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble).

Figure 229.23: Projection des distributions potentielles futures jusqu’à l’horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d’ensemble).

229.4 Inférence à l’échelle de la métropole

  • Croisement avec températures de surface 2019 (fournie par la métropole)
  • → conditions climatiques favorables à fine échelle
  • à peu près 7 pixels × 9 (WorldClim)

229.4.1 Distributions potentielles futures

Même chose que précédemment mais sur les rasters de Grenoble

  1. SSP1-2.6
Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).

Figure 229.24: Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu’à l’horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d’ensemble, GCM IPSL).

  1. SSP2-4.5
Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).

Figure 229.25: Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu’à l’horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d’ensemble, GCM IPSL).

  1. SSP3-7.0
Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).

Figure 229.26: Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu’à l’horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d’ensemble, GCM IPSL).

  1. SSP5-8.5
Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).

Figure 229.27: Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu’à l’horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d’ensemble, GCM IPSL).

229.4.2 Évolution temporelle

# A tibble: 17 × 8
   min         q1          median      mean        q3          max   ssp    year
   <table[1d]> <table[1d]> <table[1d]> <table[1d]> <table[1d]> <tab> <fct> <dbl>
 1 311         534.00      695         650.4999    772         848   0      2000
 2 180         397.00      678         579.6690    767         851   126    2040
 3 171         336.25      564         527.6483    731         843   126    2060
 4 175         343.00      579         529.4332    724         835   126    2080
 5 187         378.00      630         554.1659    731         826   126    2100
 6 177         395.00      693         583.9589    776         849   245    2040
 7 170         257.00      460         468.1411    673         823   245    2060
 8 168         253.00      419         454.2366    663         821   245    2080
 9 163         224.00      334         367.2159    499         764   245    2100
10 176         357.00      587         544.9239    747         847   370    2040
11 172         287.00      483         487.6344    690         826   370    2060
12 157         211.00      305         345.1635    457         773   370    2080
13  96         133.00      146         149.3133    162         301   370    2100
14 176         363.00      632         548.6998    734         821   585    2040
15 161         233.00      404         434.2192    643         796   585    2060
16 106         158.00      173         179.3575    194         389   585    2080
17  50          77.00      108         108.7236    126         265   585    2100
Évolution de la favorabilité climatique au cours du XXIème siècle. Le point représente la médiane sur l'étendue de la métropole (i.e. tous les pixels de la carte) ; le trait gras représente 50 % des données intermédiaires (espace inter-quartile) ; le trait fin représente le reste des données du minimum au maximum.

Figure 229.28: Évolution de la favorabilité climatique au cours du XXIème siècle. Le point représente la médiane sur l’étendue de la métropole (i.e. tous les pixels de la carte) ; le trait gras représente 50 % des données intermédiaires (espace inter-quartile) ; le trait fin représente le reste des données du minimum au maximum.