176 Rhus typhina

176.1 Données d’occurrences GBIF

Collecte des données du GBIF :

<<gbif download metadata>>
  Status: SUCCEEDED
  DOI: 10.15468/dl.fpqpxr
  Format: SIMPLE_CSV
  Download key: 0252787-230224095556074
  Created: 2023-05-20T19:05:07.568+00:00
  Modified: 2023-05-20T19:06:19.742+00:00
  Download link: https://api.gbif.org/v1/occurrence/download/request/0252787-230224095556074.zip
  Total records: 41885

Conversion en objets géographiques (format Simple feature de sf) et exploration rapide des données (classe du jeu de données et premières lignes du tableau) :

Simple feature collection with 41885 features and 50 fields
Attribute-geometry relationship: 50 constant, 0 aggregate, 0 identity
Geometry type: POINT
Dimension:     XY
Bounding box:  xmin: -125.311667 ymin: -45.903712 xmax: 176.892779 ymax: 63.434
Geodetic CRS:  WGS 84
# A tibble: 41,885 × 51
     gbifID datasetKey occurrenceID kingdom phylum class order family genus species infraspecificEpithet
 *  <int64> <chr>      <chr>        <chr>   <chr>  <chr> <chr> <chr>  <chr> <chr>   <chr>               
 1      9e8 38b4c89f-… urn:lsid:ar… Plantae Trach… Magn… Sapi… Anaca… Rhus  Rhus t… ""                  
 2      9e8 38b4c89f-… urn:lsid:ar… Plantae Trach… Magn… Sapi… Anaca… Rhus  Rhus t… ""                  
 3      9e8 38b4c89f-… urn:lsid:ar… Plantae Trach… Magn… Sapi… Anaca… Rhus  Rhus t… ""                  
 4      9e8 38b4c89f-… urn:lsid:ar… Plantae Trach… Magn… Sapi… Anaca… Rhus  Rhus t… ""                  
 5      9e8 38b4c89f-… urn:lsid:ar… Plantae Trach… Magn… Sapi… Anaca… Rhus  Rhus t… ""                  
 6      9e8 38b4c89f-… urn:lsid:ar… Plantae Trach… Magn… Sapi… Anaca… Rhus  Rhus t… ""                  
 7      9e8 38b4c89f-… urn:lsid:ar… Plantae Trach… Magn… Sapi… Anaca… Rhus  Rhus t… ""                  
 8      9e8 38b4c89f-… urn:lsid:ar… Plantae Trach… Magn… Sapi… Anaca… Rhus  Rhus t… ""                  
 9      9e8 38b4c89f-… urn:lsid:ar… Plantae Trach… Magn… Sapi… Anaca… Rhus  Rhus t… ""                  
10      9e8 38b4c89f-… urn:lsid:ar… Plantae Trach… Magn… Sapi… Anaca… Rhus  Rhus t… ""                  
# ℹ 41,875 more rows
# ℹ 40 more variables: taxonRank <chr>, scientificName <chr>, verbatimScientificName <chr>,
#   verbatimScientificNameAuthorship <chr>, countryCode <chr>, locality <chr>, stateProvince <chr>,
#   occurrenceStatus <chr>, individualCount <int>, publishingOrgKey <chr>, decimalLatitude <dbl>,
#   decimalLongitude <dbl>, coordinateUncertaintyInMeters <dbl>, coordinatePrecision <dbl>,
#   elevation <dbl>, elevationAccuracy <dbl>, depth <lgl>, depthAccuracy <lgl>, eventDate <dttm>,
#   day <int>, month <int>, year <int>, taxonKey <int>, speciesKey <int>, basisOfRecord <chr>, …

Il y a 41 885 occurrences dans le jeu de données. On les affiche sur la carte du monde :

Occurrences de Rhus typhina dans le monde.

Figure 176.1: Occurrences de Rhus typhina dans le monde.

176.1.1 Données par région

On évalue la proportion d’occurrences dans chaque région, en utilisant les 3 masques créés précédemment. Si on a au moins 50 % des occurrences dans une région, on peut continuer en travaillant uniquement sur ces données. Sinon, on vérifie qu’au moins 67 % des données tombent dans l’ensemble des régions, et on prend la région la plus représentée. Au final, s’il s’agit d’une espèce endémique d’Europe, on n’a pas besoin de manipulation supplémentaire.

[1] 0.7030440492
[1] 0.2949743345
[1] 0.001169869882

Espèce endémique d’Europe

Occurrence de Rhus typhina dans la région d'endémisme.

Figure 176.2: Occurrence de Rhus typhina dans la région d’endémisme.

176.1.2 Licences

On s’intéresse ici au problème particulier des licences :


                                                  CC_BY_4_0 
                                                      24835 
                                               CC_BY_NC_4_0 
                                                       1995 
                                                    CC0_1_0 
                                                       1472 
   https://creativecommons.org/licenses/by-nc/4.0/legalcode 
                                                        904 
      https://creativecommons.org/licenses/by/4.0/legalcode 
                                                        227 
https://creativecommons.org/publicdomain/zero/1.0/legalcode 
                                                         14 
[1] 90.15519408
Occurrence de Rhus typhina dans la région d'endémisme, selon la licence : CC BY-NC en bleu ; CC0 et CC BY en orange.

Figure 176.3: Occurrence de Rhus typhina dans la région d’endémisme, selon la licence : CC BY-NC en bleu ; CC0 et CC BY en orange.

Idéalement, on aimerait avoir au moins 50 % de données vraiment libres d’utilisation (c’est-à-dire sans la clause -NC). On continue en supprimant les données en CC BY-NC.

[1] 26548

176.1.3 Sous-échantillonnage

Si le jeu de données contient 25 000 occurrences ou plus, on procède au sous-échantillonnage aléatoire pour en conserver un maximum de 25 000.

Simple feature collection with 25000 features and 50 fields
Attribute-geometry relationship: 50 constant, 0 aggregate, 0 identity
Geometry type: POINT
Dimension:     XY
Bounding box:  xmin: -7.55658 ymin: 37.86 xmax: 46.1659 ymax: 63.434
Geodetic CRS:  WGS 84
# A tibble: 25,000 × 51
     gbifID datasetKey occurrenceID kingdom phylum class order family genus species infraspecificEpithet
    <int64> <chr>      <chr>        <chr>   <chr>  <chr> <chr> <chr>  <chr> <chr>   <chr>               
 1     3.e9 14d5676a-… "q-10183346… Plantae Trach… Magn… Sapi… Anaca… Rhus  Rhus t… ""                  
 2     2 e9 83fdfd3d-… "INFOFLORA-… Plantae Trach… Magn… Sapi… Anaca… Rhus  Rhus t… ""                  
 3     2 e9 14d5676a-… "q-10236422… Plantae Trach… Magn… Sapi… Anaca… Rhus  Rhus t… ""                  
 4     2 e9 64dabd3c-… "http://id.… Plantae Trach… Magn… Sapi… Anaca… Rhus  Rhus t… ""                  
 5     2 e9 38b4c89f-… "urn:lsid:a… Plantae Trach… Magn… Sapi… Anaca… Rhus  Rhus t… ""                  
 6     2 e9 38b4c89f-… "urn:lsid:a… Plantae Trach… Magn… Sapi… Anaca… Rhus  Rhus t… ""                  
 7     2 e9 83fdfd3d-… "INFOFLORA-… Plantae Trach… Magn… Sapi… Anaca… Rhus  Rhus t… ""                  
 8     2 e9 ebf3c079-… ""           Plantae Trach… Magn… Sapi… Anaca… Rhus  Rhus t… ""                  
 9     2 e9 83fdfd3d-… "INFOFLORA-… Plantae Trach… Magn… Sapi… Anaca… Rhus  Rhus t… ""                  
10     3.e9 14d5676a-… "q-10288057… Plantae Trach… Magn… Sapi… Anaca… Rhus  Rhus t… ""                  
# ℹ 24,990 more rows
# ℹ 40 more variables: taxonRank <chr>, scientificName <chr>, verbatimScientificName <chr>,
#   verbatimScientificNameAuthorship <chr>, countryCode <chr>, locality <chr>, stateProvince <chr>,
#   occurrenceStatus <chr>, individualCount <int>, publishingOrgKey <chr>, decimalLatitude <dbl>,
#   decimalLongitude <dbl>, coordinateUncertaintyInMeters <dbl>, coordinatePrecision <dbl>,
#   elevation <dbl>, elevationAccuracy <dbl>, depth <lgl>, depthAccuracy <lgl>, eventDate <dttm>,
#   day <int>, month <int>, year <int>, taxonKey <int>, speciesKey <int>, basisOfRecord <chr>, …

176.1.4 Carte finale

On prépare la carte finale des occurrences :

Occurrence de Rhus typhina dans la région d'endémisme après sous-échantillonnage éventuel.

Figure 176.4: Occurrence de Rhus typhina dans la région d’endémisme après sous-échantillonnage éventuel.

176.2 Modélisation de la niche climatique

176.2.1 Préparer les données

Organisation des données d’entrées (occurrences et données environnementales) et des données produites de pseudo-absences :

 class       : SpatVector 
 geometry    : points 
 dimensions  : 25000, 0  (geometries, attributes)
 extent      : -7.55658, 46.1659, 37.86, 63.434  (xmin, xmax, ymin, ymax)
 coord. ref. : lon/lat WGS 84 (EPSG:4326) 

-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-= rhty Data Formating -=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=

      ! Response variable is considered as only presences... Is it really what you want?
      ! No data has been set aside for modeling evaluation
 !!! Some data are located in the same raster cell. 
          Please set `filter.raster = TRUE` if you want an automatic filtering.

Checking Pseudo-absence selection arguments...

   > random pseudo absences selection
   > Pseudo absences are selected in explanatory variables
 ! Some NAs have been automatically removed from your data
 !!! Some data are located in the same raster cell. 
          Please set `filter.raster = TRUE` if you want an automatic filtering.
-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-= Done -=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=

-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-= BIOMOD.formated.data -=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=

dir.name =  Output

sp.name =  rhty

     24993 presences,  0 true absences and  72894 undefined points in dataset


     6 explanatory variables

 temp_max_august    temp_min       temp_wet_quart     temp_season    
 Min.   : 0.50   Min.   :-22.000   Min.   :-12.087   Min.   :   0.0  
 1st Qu.:20.62   1st Qu.: -8.746   1st Qu.:  9.413   1st Qu.: 637.1  
 Median :23.61   Median : -3.068   Median : 13.722   Median : 728.0  
 Mean   :24.94   Mean   : -4.222   Mean   : 12.754   Mean   : 759.4  
 3rd Qu.:28.13   3rd Qu.:  0.848   3rd Qu.: 16.741   3rd Qu.: 896.5  
 Max.   :46.10   Max.   : 11.156   Max.   : 26.126   Max.   :1393.9  
 prec_wet_quart    prec_season    
 Min.   :   3.0   Min.   :  4.63  
 1st Qu.: 177.0   1st Qu.: 22.05  
 Median : 220.0   Median : 30.71  
 Mean   : 230.6   Mean   : 35.02  
 3rd Qu.: 277.0   3rd Qu.: 39.53  
 Max.   :1241.0   Max.   :123.60  

-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=

On visualise les pseudo-absences :

Les données d'occurrences (en haut à gauche) et les trois jeux de données aléatoires de pseudo-absences.

Figure 176.5: Les données d’occurrences (en haut à gauche) et les trois jeux de données aléatoires de pseudo-absences.

$data.vect
 class       : SpatVector 
 geometry    : points 
 dimensions  : 174972, 2  (geometries, attributes)
 extent      : -10.35417, 46.97917, 29.02083, 70.97917  (xmin, xmax, ymin, ymax)
 coord. ref. :  
 names       :  resp         dataset
 type        : <num>           <chr>
 values      :    10 Initial dataset
                  10 Initial dataset
                  10 Initial dataset

$data.label
                              9                              10 
                "**Presences**"       "Presences (calibration)" 
                             11                              12 
       "Presences (validation)"        "Presences (evaluation)" 
                             19                              20 
            "**True Absences**"   "True Absences (calibration)" 
                             21                              22 
   "True Absences (validation)"    "True Absences (evaluation)" 
                             29                              30 
          "**Pseudo-Absences**" "Pseudo-Absences (calibration)" 
                             31                               1 
 "Pseudo-Absences (validation)"                    "Background" 

$data.plot
Les données d'occurrences (en haut à gauche) et les trois jeux de données aléatoires de pseudo-absences.

Figure 176.6: Les données d’occurrences (en haut à gauche) et les trois jeux de données aléatoires de pseudo-absences.

176.2.2 Modèles individuels de niche


-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-= Build Single Models -=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=


Checking Models arguments...

Creating suitable Workdir...

            ! Weights where automatically defined for rhty_PA1 to rise a 0.5 prevalence !
            ! Weights where automatically defined for rhty_PA2 to rise a 0.5 prevalence !
            ! Weights where automatically defined for rhty_PA3 to rise a 0.5 prevalence !


-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-= rhty Modeling Summary -=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=

 6  environmental variables ( temp_max_august temp_min temp_wet_quart temp_season prec_wet_quart prec_season )
Number of evaluation repetitions : 1
Models selected : GAM MARS MAXNET GBM ANN RF 

Total number of model runs: 18 

-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=


-=-=-=- Run :  rhty_PA1 


-=-=-=--=-=-=- rhty_PA1_RUN1 


-=-=-=- Run :  rhty_PA2 


-=-=-=--=-=-=- rhty_PA2_RUN1 


-=-=-=- Run :  rhty_PA3 


-=-=-=--=-=-=- rhty_PA3_RUN1 

-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-= Done -=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=

176.2.2.1 Évaluation de la performance

             full.name  PA  run   algo metric.eval cutoff sensitivity
1    rhty_PA1_RUN1_GAM PA1 RUN1    GAM         TSS  626.0      94.138
2    rhty_PA1_RUN1_GAM PA1 RUN1    GAM         ROC  632.5      93.953
3   rhty_PA1_RUN1_MARS PA1 RUN1   MARS         TSS  490.0      93.628
4   rhty_PA1_RUN1_MARS PA1 RUN1   MARS         ROC  466.5      94.218
5 rhty_PA1_RUN1_MAXNET PA1 RUN1 MAXNET         TSS  380.0      93.088
6 rhty_PA1_RUN1_MAXNET PA1 RUN1 MAXNET         ROC  381.5      92.998
  specificity calibration validation evaluation
1      69.805       0.639      0.651         NA
2      70.040       0.827      0.830         NA
3      84.600       0.782      0.792         NA
4      84.035       0.953      0.953         NA
5      85.200       0.783      0.792         NA
6      85.370       0.952      0.952         NA
Évaluation de la performance des modèles individuels : True Skill Statistic & aire sous la courbe de ROC.

Figure 176.7: Évaluation de la performance des modèles individuels : True Skill Statistic & aire sous la courbe de ROC.

176.2.2.2 Importance des variables environnementales

          full.name  PA  run algo        expl.var rand  var.imp
1 rhty_PA1_RUN1_GAM PA1 RUN1  GAM temp_max_august    1 0.306731
2 rhty_PA1_RUN1_GAM PA1 RUN1  GAM        temp_min    1 0.030887
3 rhty_PA1_RUN1_GAM PA1 RUN1  GAM  temp_wet_quart    1 0.005143
4 rhty_PA1_RUN1_GAM PA1 RUN1  GAM     temp_season    1 0.496132
5 rhty_PA1_RUN1_GAM PA1 RUN1  GAM  prec_wet_quart    1 0.102515
6 rhty_PA1_RUN1_GAM PA1 RUN1  GAM     prec_season    1 0.012818
Pourcentage de variance expliquée pour chaque variable, décomposé par algorithme.

Figure 176.8: Pourcentage de variance expliquée pour chaque variable, décomposé par algorithme.

Pourcentage de variance expliquée pour chaque variable, décomposé par variable.

Figure 176.9: Pourcentage de variance expliquée pour chaque variable, décomposé par variable.

176.2.2.3 Courbes de réponses

Courbes de réponse de chaque variable climatique selon l'algorithme (en couleurs).

Figure 176.10: Courbes de réponse de chaque variable climatique selon l’algorithme (en couleurs).

176.2.3 Modèles d’ensemble de niche

Seulement modèles avec TSS > 0.8


-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-= BIOMOD.ensemble.models.out -=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=

sp.name : rhty

expl.var.names : temp_max_august temp_min temp_wet_quart temp_season 
prec_wet_quart prec_season


models computed: 
rhty_EMcvByTSS_mergedData_mergedRun_mergedAlgo, rhty_EMwmeanByTSS_mergedData_mergedRun_mergedAlgo

models failed: none

-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=

176.2.3.1 Évaluation de la qualité

                                          full.name merged.by.PA merged.by.run
1 rhty_EMwmeanByTSS_mergedData_mergedRun_mergedAlgo   mergedData     mergedRun
2 rhty_EMwmeanByTSS_mergedData_mergedRun_mergedAlgo   mergedData     mergedRun
  merged.by.algo filtered.by    algo metric.eval cutoff sensitivity specificity
1     mergedAlgo         TSS EMwmean         TSS  666.0      95.891      95.504
2     mergedAlgo         TSS EMwmean         ROC  669.5      95.795      95.620
  calibration validation evaluation
1       0.914         NA         NA
2       0.994         NA         NA
Évaluation de la qualité du modèle d'ensemble : Aire sous la courbe de ROC & True Skill Statistic.

Figure 176.11: Évaluation de la qualité du modèle d’ensemble : Aire sous la courbe de ROC & True Skill Statistic.

                                       full.name merged.by.PA merged.by.run
1 rhty_EMcvByTSS_mergedData_mergedRun_mergedAlgo   mergedData     mergedRun
2 rhty_EMcvByTSS_mergedData_mergedRun_mergedAlgo   mergedData     mergedRun
3 rhty_EMcvByTSS_mergedData_mergedRun_mergedAlgo   mergedData     mergedRun
4 rhty_EMcvByTSS_mergedData_mergedRun_mergedAlgo   mergedData     mergedRun
5 rhty_EMcvByTSS_mergedData_mergedRun_mergedAlgo   mergedData     mergedRun
6 rhty_EMcvByTSS_mergedData_mergedRun_mergedAlgo   mergedData     mergedRun
  merged.by.algo filtered.by algo        expl.var rand  var.imp
1     mergedAlgo         TSS EMcv temp_max_august    1 0.368143
2     mergedAlgo         TSS EMcv        temp_min    1 0.443372
3     mergedAlgo         TSS EMcv  temp_wet_quart    1 0.194579
4     mergedAlgo         TSS EMcv     temp_season    1 0.384334
5     mergedAlgo         TSS EMcv  prec_wet_quart    1 0.299199
6     mergedAlgo         TSS EMcv     prec_season    1 0.308597

Par variable :

Pourcentage de variance expliquée par variable dans le modèle d'ensemble.

Figure 176.12: Pourcentage de variance expliquée par variable dans le modèle d’ensemble.

Courbes de réponse de chaque variable climatique dans le modèle d'ensemble.

Figure 176.13: Courbes de réponse de chaque variable climatique dans le modèle d’ensemble.

176.3 Projections

176.3.1 Distribution potentielle contemporaine

Contemporaine : Cartographie des observations sur couches climatiques Extraction des conditions climatiques favorables


-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-= BIOMOD.projection.out -=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=

Projection directory : Output/rhty/current


sp.name : rhty

expl.var.names : temp_max_august temp_min temp_wet_quart temp_season 
prec_wet_quart prec_season


modeling.id : AllModels ( Output/rhty/rhty.AllModels.models.out )

models.projected : 
rhty_PA1_RUN1_GAM, rhty_PA1_RUN1_MARS, rhty_PA1_RUN1_MAXNET, rhty_PA1_RUN1_GBM, rhty_PA1_RUN1_ANN, rhty_PA1_RUN1_RF, rhty_PA2_RUN1_GAM, rhty_PA2_RUN1_MARS, rhty_PA2_RUN1_MAXNET, rhty_PA2_RUN1_GBM, rhty_PA2_RUN1_ANN, rhty_PA2_RUN1_RF, rhty_PA3_RUN1_GAM, rhty_PA3_RUN1_MARS, rhty_PA3_RUN1_MAXNET, rhty_PA3_RUN1_GBM, rhty_PA3_RUN1_ANN, rhty_PA3_RUN1_RF

available binary projection : TSS, ROC

available filtered projection : TSS, ROC

-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=
Projection de la distribution potentielle contemporaine sur l'Europe, selon les 6 algorithmes et les 3 runs.

Figure 176.14: Projection de la distribution potentielle contemporaine sur l’Europe, selon les 6 algorithmes et les 3 runs.

Projection de la distribution potentielle contemporaine sur l'Europe, selon les 6 algorithmes et les 3 runs.

Figure 176.15: Projection de la distribution potentielle contemporaine sur l’Europe, selon les 6 algorithmes et les 3 runs.


-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-= BIOMOD.projection.out -=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=

Projection directory : Output/rhty/current


sp.name : rhty

expl.var.names : temp_max_august temp_min temp_wet_quart temp_season 
prec_wet_quart prec_season


modeling.id : AllModels ( Output/rhty/rhty.AllModels.ensemble.models.out )

models.projected : 
rhty_EMcvByTSS_mergedData_mergedRun_mergedAlgo, rhty_EMwmeanByTSS_mergedData_mergedRun_mergedAlgo

-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=
A) Projection de la distribution potentielle contemporaine (modèle d'ensemble) ; B) Incertitude associée à la projection.

Figure 176.16: A) Projection de la distribution potentielle contemporaine (modèle d’ensemble) ; B) Incertitude associée à la projection.

176.3.2 Interpolation à l’échelle de la métropole

  • → conditions climatiques favorables à fine échelle

On projette la niche climatique sur ce raster à fine échelle.


-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-= BIOMOD.projection.out -=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=

Projection directory : Output/rhty/cont_gre


sp.name : rhty

expl.var.names : temp_max_august temp_min temp_wet_quart temp_season 
prec_wet_quart prec_season


modeling.id : AllModels ( Output/rhty/rhty.AllModels.models.out )

models.projected : 
rhty_PA1_RUN1_GAM, rhty_PA1_RUN1_MARS, rhty_PA1_RUN1_MAXNET, rhty_PA1_RUN1_GBM, rhty_PA1_RUN1_ANN, rhty_PA1_RUN1_RF, rhty_PA2_RUN1_GAM, rhty_PA2_RUN1_MARS, rhty_PA2_RUN1_MAXNET, rhty_PA2_RUN1_GBM, rhty_PA2_RUN1_ANN, rhty_PA2_RUN1_RF, rhty_PA3_RUN1_GAM, rhty_PA3_RUN1_MARS, rhty_PA3_RUN1_MAXNET, rhty_PA3_RUN1_GBM, rhty_PA3_RUN1_ANN, rhty_PA3_RUN1_RF

available binary projection : TSS, ROC

available filtered projection : TSS, ROC

-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=
Projection de la distribution potentielle contemporaine sur la métropole de Grenoble, selon les 6 algorithmes et les 3 runs.

Figure 176.17: Projection de la distribution potentielle contemporaine sur la métropole de Grenoble, selon les 6 algorithmes et les 3 runs.

Projection de la distribution potentielle contemporaine sur la métropole de Grenoble, selon les 6 algorithmes et les 3 runs.

Figure 176.18: Projection de la distribution potentielle contemporaine sur la métropole de Grenoble, selon les 6 algorithmes et les 3 runs.


-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-= BIOMOD.projection.out -=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=

Projection directory : Output/rhty/cont_gre


sp.name : rhty

expl.var.names : temp_max_august temp_min temp_wet_quart temp_season 
prec_wet_quart prec_season


modeling.id : AllModels ( Output/rhty/rhty.AllModels.ensemble.models.out )

models.projected : 
rhty_EMcvByTSS_mergedData_mergedRun_mergedAlgo, rhty_EMwmeanByTSS_mergedData_mergedRun_mergedAlgo

-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=
A) Projection de la distribution potentielle contemporaine (modèle d'ensemble) sur la métropole de Grenoble ; B) Incertitude associée à la projection.

Figure 176.19: A) Projection de la distribution potentielle contemporaine (modèle d’ensemble) sur la métropole de Grenoble ; B) Incertitude associée à la projection.

176.3.3 Distributions potentielles futures

Futur : Projection à l’échelle de l’Europe jusqu’à l’horizon 2100

Toutes les fenêtres temporelles × scénarios pour le GCM « IPSL-CM6A-LR »

  1. SSP1-2.6
Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP1-2.6 (modèle d'ensemble).Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP1-2.6 (modèle d'ensemble).Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP1-2.6 (modèle d'ensemble).Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP1-2.6 (modèle d'ensemble).Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP1-2.6 (modèle d'ensemble).

Figure 176.20: Projection des distributions potentielles futures jusqu’à l’horizon 2100 sous le scénario SSP1-2.6 (modèle d’ensemble).

On obtient pour la métrique TSS une carte unique de moyenne pondérée sur les algorithmes et sur les jeux de pseudo-absences.

  1. SSP2-4.5
Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP2-4.5 (modèle d'ensemble).Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP2-4.5 (modèle d'ensemble).Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP2-4.5 (modèle d'ensemble).Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP2-4.5 (modèle d'ensemble).Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP2-4.5 (modèle d'ensemble).

Figure 176.21: Projection des distributions potentielles futures jusqu’à l’horizon 2100 sous le scénario SSP2-4.5 (modèle d’ensemble).

  1. SSP3-7.0
Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP3-7.0 (modèle d'ensemble).Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP3-7.0 (modèle d'ensemble).Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP3-7.0 (modèle d'ensemble).Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP3-7.0 (modèle d'ensemble).Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP3-7.0 (modèle d'ensemble).

Figure 176.22: Projection des distributions potentielles futures jusqu’à l’horizon 2100 sous le scénario SSP3-7.0 (modèle d’ensemble).

  1. SSP5-8.5
Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble).Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble).Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble).Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble).Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble).

Figure 176.23: Projection des distributions potentielles futures jusqu’à l’horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d’ensemble).

176.4 Inférence à l’échelle de la métropole

  • Croisement avec températures de surface 2019 (fournie par la métropole)
  • → conditions climatiques favorables à fine échelle
  • à peu près 7 pixels × 9 (WorldClim)

176.4.1 Distributions potentielles futures

Même chose que précédemment mais sur les rasters de Grenoble

  1. SSP1-2.6
Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).

Figure 176.24: Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu’à l’horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d’ensemble, GCM IPSL).

  1. SSP2-4.5
Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).

Figure 176.25: Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu’à l’horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d’ensemble, GCM IPSL).

  1. SSP3-7.0
Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).

Figure 176.26: Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu’à l’horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d’ensemble, GCM IPSL).

  1. SSP5-8.5
Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).

Figure 176.27: Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu’à l’horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d’ensemble, GCM IPSL).

176.4.2 Évolution temporelle

# A tibble: 17 × 8
   min         q1          median      mean        q3          max   ssp    year
   <table[1d]> <table[1d]> <table[1d]> <table[1d]> <table[1d]> <tab> <fct> <dbl>
 1 276         641         748         737.3334    822         966   0      2000
 2 403         632         717         711.5847    781         948   126    2040
 3 376         596         661         666.4171    733         907   126    2060
 4 376         598         689         677.0466    748         887   126    2080
 5 379         577         652         647.5235    713         880   126    2100
 6 435         616         724         714.0190    792         913   245    2040
 7 372         583         650         652.7665    725         873   245    2060
 8 408         590         641         645.3657    698         850   245    2080
 9 361         553         602         595.6600    644         774   245    2100
10 398         601         687         687.6763    768         933   370    2040
11 385         581         639         640.3559    700         873   370    2060
12 378         531         591         588.5654    640         798   370    2080
13 298         446         496         486.8416    535         685   370    2100
14 372         610         691         686.9164    763         894   585    2040
15 383         587         621         628.3631    671         838   585    2060
16 246         494         538         526.9045    572         707   585    2080
17 237         352         397         393.6382    431         635   585    2100
Évolution de la favorabilité climatique au cours du XXIème siècle. Le point représente la médiane sur l'étendue de la métropole (i.e. tous les pixels de la carte) ; le trait gras représente 50 % des données intermédiaires (espace inter-quartile) ; le trait fin représente le reste des données du minimum au maximum.

Figure 176.28: Évolution de la favorabilité climatique au cours du XXIème siècle. Le point représente la médiane sur l’étendue de la métropole (i.e. tous les pixels de la carte) ; le trait gras représente 50 % des données intermédiaires (espace inter-quartile) ; le trait fin représente le reste des données du minimum au maximum.