134 Diospyros kaki

134.1 Données d’occurrences GBIF

Collecte des données du GBIF :

<<gbif download metadata>>
  Status: SUCCEEDED
  DOI: 10.15468/dl.jw6524
  Format: SIMPLE_CSV
  Download key: 0252556-230224095556074
  Created: 2023-05-20T16:32:35.408+00:00
  Modified: 2023-05-20T16:33:16.421+00:00
  Download link: https://api.gbif.org/v1/occurrence/download/request/0252556-230224095556074.zip
  Total records: 900

Conversion en objets géographiques (format Simple feature de sf) et exploration rapide des données (classe du jeu de données et premières lignes du tableau) :

Simple feature collection with 900 features and 50 fields
Attribute-geometry relationship: 50 constant, 0 aggregate, 0 identity
Geometry type: POINT
Dimension:     XY
Bounding box:  xmin: -156.3 ymin: -28.598333 xmax: 166.41611 ymax: 63.434
Geodetic CRS:  WGS 84
# A tibble: 900 × 51
     gbifID datasetKey occurrenceID kingdom phylum class order family genus species infraspecificEpithet
 *  <int64> <chr>      <chr>        <chr>   <chr>  <chr> <chr> <chr>  <chr> <chr>   <chr>               
 1      9e8 6ac3f774-… ""           Plantae Trach… Magn… Eric… Ebena… Dios… Diospy… ""                  
 2      9e8 6ac3f774-… ""           Plantae Trach… Magn… Eric… Ebena… Dios… Diospy… ""                  
 3      9e8 6ac3f774-… ""           Plantae Trach… Magn… Eric… Ebena… Dios… Diospy… ""                  
 4      9e8 6ac3f774-… ""           Plantae Trach… Magn… Eric… Ebena… Dios… Diospy… ""                  
 5      9e8 6ac3f774-… ""           Plantae Trach… Magn… Eric… Ebena… Dios… Diospy… ""                  
 6      9e8 1b412457-… "5840128"    Plantae Trach… Magn… Eric… Ebena… Dios… Diospy… "silvestris"        
 7      9e8 1b412457-… "5331891"    Plantae Trach… Magn… Eric… Ebena… Dios… Diospy… "silvestris"        
 8      9e8 1b412457-… "5331898"    Plantae Trach… Magn… Eric… Ebena… Dios… Diospy… "silvestris"        
 9      9e8 1b412457-… "5331900"    Plantae Trach… Magn… Eric… Ebena… Dios… Diospy… "silvestris"        
10      9e8 1b412457-… "5331889"    Plantae Trach… Magn… Eric… Ebena… Dios… Diospy… "silvestris"        
# ℹ 890 more rows
# ℹ 40 more variables: taxonRank <chr>, scientificName <chr>, verbatimScientificName <chr>,
#   verbatimScientificNameAuthorship <chr>, countryCode <chr>, locality <chr>, stateProvince <chr>,
#   occurrenceStatus <chr>, individualCount <int>, publishingOrgKey <chr>, decimalLatitude <dbl>,
#   decimalLongitude <dbl>, coordinateUncertaintyInMeters <dbl>, coordinatePrecision <dbl>,
#   elevation <dbl>, elevationAccuracy <dbl>, depth <lgl>, depthAccuracy <lgl>, eventDate <dttm>,
#   day <int>, month <int>, year <int>, taxonKey <int>, speciesKey <int>, basisOfRecord <chr>, …

Il y a 900 occurrences dans le jeu de données. On les affiche sur la carte du monde :

Figure 134.1: Occurrences de Diospyros kaki dans le monde.

134.1.1 Données par région

On évalue la proportion d’occurrences dans chaque région, en utilisant les 3 masques créés précédemment. Si on a au moins 50 % des occurrences dans une région, on peut continuer en travaillant uniquement sur ces données. Sinon, on vérifie qu’au moins 67 % des données tombent dans l’ensemble des régions, et on prend la région la plus représentée. Au final, s’il s’agit d’une espèce endémique d’Europe, on n’a pas besoin de manipulation supplémentaire.

[1] 0.2211111111

[1] 0.01444444444

[1] 0.71

Espèce endémique d’Asie

Figure 134.2: Occurrence de Diospyros kaki dans la région d’endémisme.

134.1.2 Licences

On s’intéresse ici au problème particulier des licences :

   CC_BY_4_0 CC_BY_NC_4_0      CC0_1_0 
         301          312           26 

[1] 51.17370892

Figure 134.3: Occurrence de Diospyros kaki dans la région d’endémisme, selon la licence : CC BY-NC en bleu ; CC0 et CC BY en orange.

Idéalement, on aimerait avoir au moins 50 % de données vraiment libres d’utilisation (c’est-à-dire sans la clause -NC). On continue en supprimant les données en CC BY-NC.

[1] 327

Moins de 500 occurrences utilisables