20 Ostrya carpinifolia

20.1 Données d’occurrences GBIF

Collecte des données du GBIF :

<<gbif download metadata>>
  Status: SUCCEEDED
  DOI: 10.15468/dl.up8jr6
  Format: SIMPLE_CSV
  Download key: 0230936-230224095556074
  Created: 2023-05-10T20:53:21.874+00:00
  Modified: 2023-05-10T20:54:55.181+00:00
  Download link: https://api.gbif.org/v1/occurrence/download/request/0230936-230224095556074.zip
  Total records: 12497

Conversion en objets géographiques (format Simple feature de sf) et exploration rapide des données (classe du jeu de données et premières lignes du tableau) :

Simple feature collection with 12497 features and 50 fields
Attribute-geometry relationship: 50 constant, 0 aggregate, 0 identity
Geometry type: POINT
Dimension:     XY
Bounding box:  xmin: -90.25861 ymin: 34.066944 xmax: 44.702381 ymax: 63.434
Geodetic CRS:  WGS 84
# A tibble: 12,497 × 51
    gbifID datasetKey occurrenceID kingdom phylum class order family genus species infraspecificEpithet
 * <int64> <chr>      <chr>        <chr>   <chr>  <chr> <chr> <chr>  <chr> <chr>   <lgl>               
 1     9e8 6ac3f774-… ""           Plantae Trach… Magn… Faga… Betul… Ostr… Ostrya… NA                  
 2     9e8 6ac3f774-… ""           Plantae Trach… Magn… Faga… Betul… Ostr… Ostrya… NA                  
 3     9e8 6ac3f774-… ""           Plantae Trach… Magn… Faga… Betul… Ostr… Ostrya… NA                  
 4     9e8 6ac3f774-… ""           Plantae Trach… Magn… Faga… Betul… Ostr… Ostrya… NA                  
 5     9e8 6ac3f774-… ""           Plantae Trach… Magn… Faga… Betul… Ostr… Ostrya… NA                  
 6     9e8 6ac3f774-… ""           Plantae Trach… Magn… Faga… Betul… Ostr… Ostrya… NA                  
 7     9e8 6ac3f774-… ""           Plantae Trach… Magn… Faga… Betul… Ostr… Ostrya… NA                  
 8     9e8 6ac3f774-… ""           Plantae Trach… Magn… Faga… Betul… Ostr… Ostrya… NA                  
 9     9e8 6ac3f774-… ""           Plantae Trach… Magn… Faga… Betul… Ostr… Ostrya… NA                  
10     9e8 6ac3f774-… ""           Plantae Trach… Magn… Faga… Betul… Ostr… Ostrya… NA                  
# ℹ 12,487 more rows
# ℹ 40 more variables: taxonRank <chr>, scientificName <chr>, verbatimScientificName <chr>,
#   verbatimScientificNameAuthorship <chr>, countryCode <chr>, locality <chr>, stateProvince <chr>,
#   occurrenceStatus <chr>, individualCount <int>, publishingOrgKey <chr>, decimalLatitude <dbl>,
#   decimalLongitude <dbl>, coordinateUncertaintyInMeters <dbl>, coordinatePrecision <dbl>,
#   elevation <dbl>, elevationAccuracy <dbl>, depth <lgl>, depthAccuracy <lgl>, eventDate <dttm>,
#   day <int>, month <int>, year <int>, taxonKey <int>, speciesKey <int>, basisOfRecord <chr>, …

Il y a 12 497 occurrences dans le jeu de données. On les affiche sur la carte du monde :

Occurrences de Ostrya carpinifolia dans le monde.

Figure 20.1: Occurrences de Ostrya carpinifolia dans le monde.

20.1.1 Données par région

On évalue la proportion d’occurrences dans chaque région, en utilisant les 3 masques créés précédemment. Si on a au moins 50 % des occurrences dans une région, on peut continuer en travaillant uniquement sur ces données. Sinon, on vérifie qu’au moins 67 % des données tombent dans l’ensemble des régions, et on prend la région la plus représentée. Au final, s’il s’agit d’une espèce endémique d’Europe, on n’a pas besoin de manipulation supplémentaire.

[1] 0.9997599424
[1] 0.0002400576138
[1] 0

Espèce endémique d’Europe

Occurrence de Ostrya carpinifolia dans la région d'endémisme.

Figure 20.2: Occurrence de Ostrya carpinifolia dans la région d’endémisme.

20.1.2 Licences

On s’intéresse ici au problème particulier des licences :


                                                  CC_BY_4_0 
                                                       8560 
                                               CC_BY_NC_4_0 
                                                        819 
                                                    CC0_1_0 
                                                       3098 
   https://creativecommons.org/licenses/by-nc/4.0/legalcode 
                                                         10 
      https://creativecommons.org/licenses/by/4.0/legalcode 
                                                          4 
https://creativecommons.org/publicdomain/zero/1.0/legalcode 
                                                          3 
[1] 93.36481511
Occurrence de Ostrya carpinifolia dans la région d'endémisme, selon la licence : CC BY-NC en bleu ; CC0 et CC BY en orange.

Figure 20.3: Occurrence de Ostrya carpinifolia dans la région d’endémisme, selon la licence : CC BY-NC en bleu ; CC0 et CC BY en orange.

Idéalement, on aimerait avoir au moins 50 % de données vraiment libres d’utilisation (c’est-à-dire sans la clause -NC). On continue en supprimant les données en CC BY-NC.

[1] 11665

20.1.3 Sous-échantillonnage

Si le jeu de données contient 25 000 occurrences ou plus, on procède au sous-échantillonnage aléatoire pour en conserver un maximum de 25 000.

Moins de 25 000 occurrences : pas de sous-échantillonnage

Simple feature collection with 11665 features and 50 fields
Attribute-geometry relationship: 50 constant, 0 aggregate, 0 identity
Geometry type: POINT
Dimension:     XY
Bounding box:  xmin: -4.78 ymin: 34.408611 xmax: 44.702381 ymax: 63.434
Geodetic CRS:  WGS 84
# A tibble: 11,665 × 51
    gbifID datasetKey occurrenceID kingdom phylum class order family genus species infraspecificEpithet
   <int64> <chr>      <chr>        <chr>   <chr>  <chr> <chr> <chr>  <chr> <chr>   <lgl>               
 1     9e8 6ac3f774-… ""           Plantae Trach… Magn… Faga… Betul… Ostr… Ostrya… NA                  
 2     9e8 6ac3f774-… ""           Plantae Trach… Magn… Faga… Betul… Ostr… Ostrya… NA                  
 3     9e8 6ac3f774-… ""           Plantae Trach… Magn… Faga… Betul… Ostr… Ostrya… NA                  
 4     9e8 6ac3f774-… ""           Plantae Trach… Magn… Faga… Betul… Ostr… Ostrya… NA                  
 5     9e8 6ac3f774-… ""           Plantae Trach… Magn… Faga… Betul… Ostr… Ostrya… NA                  
 6     9e8 6ac3f774-… ""           Plantae Trach… Magn… Faga… Betul… Ostr… Ostrya… NA                  
 7     9e8 6ac3f774-… ""           Plantae Trach… Magn… Faga… Betul… Ostr… Ostrya… NA                  
 8     9e8 6ac3f774-… ""           Plantae Trach… Magn… Faga… Betul… Ostr… Ostrya… NA                  
 9     9e8 6ac3f774-… ""           Plantae Trach… Magn… Faga… Betul… Ostr… Ostrya… NA                  
10     9e8 6ac3f774-… ""           Plantae Trach… Magn… Faga… Betul… Ostr… Ostrya… NA                  
# ℹ 11,655 more rows
# ℹ 40 more variables: taxonRank <chr>, scientificName <chr>, verbatimScientificName <chr>,
#   verbatimScientificNameAuthorship <chr>, countryCode <chr>, locality <chr>, stateProvince <chr>,
#   occurrenceStatus <chr>, individualCount <int>, publishingOrgKey <chr>, decimalLatitude <dbl>,
#   decimalLongitude <dbl>, coordinateUncertaintyInMeters <dbl>, coordinatePrecision <dbl>,
#   elevation <dbl>, elevationAccuracy <dbl>, depth <lgl>, depthAccuracy <lgl>, eventDate <dttm>,
#   day <int>, month <int>, year <int>, taxonKey <int>, speciesKey <int>, basisOfRecord <chr>, …

20.1.4 Carte finale

On prépare la carte finale des occurrences :

Occurrence de Ostrya carpinifolia dans la région d'endémisme après sous-échantillonnage éventuel.

Figure 20.4: Occurrence de Ostrya carpinifolia dans la région d’endémisme après sous-échantillonnage éventuel.

20.2 Modélisation de la niche climatique

20.2.1 Préparer les données

Organisation des données d’entrées (occurrences et données environnementales) et des données produites de pseudo-absences :

 class       : SpatVector 
 geometry    : points 
 dimensions  : 11665, 0  (geometries, attributes)
 extent      : -4.78, 44.70238, 34.40861, 63.434  (xmin, xmax, ymin, ymax)
 coord. ref. : lon/lat WGS 84 (EPSG:4326) 

-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-= osca Data Formating -=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=

      ! Response variable is considered as only presences... Is it really what you want?
      ! No data has been set aside for modeling evaluation
 !!! Some data are located in the same raster cell. 
          Please set `filter.raster = TRUE` if you want an automatic filtering.

Checking Pseudo-absence selection arguments...

   > random pseudo absences selection
   > Pseudo absences are selected in explanatory variables
 ! Some NAs have been automatically removed from your data
 !!! Some data are located in the same raster cell. 
          Please set `filter.raster = TRUE` if you want an automatic filtering.
-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-= Done -=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=

-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-= BIOMOD.formated.data -=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=

dir.name =  Output

sp.name =  osca

     11648 presences,  0 true absences and  34515 undefined points in dataset


     6 explanatory variables

 temp_max_august    temp_min       temp_wet_quart     temp_season    
 Min.   : 0.50   Min.   :-21.988   Min.   :-12.310   Min.   :   0.0  
 1st Qu.:20.92   1st Qu.: -8.664   1st Qu.:  8.699   1st Qu.: 611.0  
 Median :24.88   Median : -1.640   Median : 12.328   Median : 727.9  
 Mean   :25.45   Mean   : -3.650   Mean   : 12.085   Mean   : 756.1  
 3rd Qu.:28.54   3rd Qu.:  1.720   3rd Qu.: 15.917   3rd Qu.: 896.6  
 Max.   :45.64   Max.   : 11.700   Max.   : 25.944   Max.   :1395.3  
 prec_wet_quart    prec_season     
 Min.   :   3.0   Min.   :  6.692  
 1st Qu.: 181.0   1st Qu.: 27.256  
 Median : 226.0   Median : 33.123  
 Mean   : 244.2   Mean   : 37.686  
 3rd Qu.: 297.0   3rd Qu.: 41.230  
 Max.   :1250.0   Max.   :122.649  

-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=

On visualise les pseudo-absences :

Les données d'occurrences (en haut à gauche) et les trois jeux de données aléatoires de pseudo-absences.

Figure 20.5: Les données d’occurrences (en haut à gauche) et les trois jeux de données aléatoires de pseudo-absences.

$data.vect
 class       : SpatVector 
 geometry    : points 
 dimensions  : 81587, 2  (geometries, attributes)
 extent      : -10.5625, 46.97917, 29.02083, 70.97917  (xmin, xmax, ymin, ymax)
 coord. ref. :  
 names       :  resp         dataset
 type        : <num>           <chr>
 values      :    10 Initial dataset
                  10 Initial dataset
                  10 Initial dataset

$data.label
                              9                              10 
                "**Presences**"       "Presences (calibration)" 
                             11                              12 
       "Presences (validation)"        "Presences (evaluation)" 
                             19                              20 
            "**True Absences**"   "True Absences (calibration)" 
                             21                              22 
   "True Absences (validation)"    "True Absences (evaluation)" 
                             29                              30 
          "**Pseudo-Absences**" "Pseudo-Absences (calibration)" 
                             31                               1 
 "Pseudo-Absences (validation)"                    "Background" 

$data.plot
Les données d'occurrences (en haut à gauche) et les trois jeux de données aléatoires de pseudo-absences.

Figure 20.6: Les données d’occurrences (en haut à gauche) et les trois jeux de données aléatoires de pseudo-absences.

20.2.2 Modèles individuels de niche


-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-= Build Single Models -=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=


Checking Models arguments...

Creating suitable Workdir...

            ! Weights where automatically defined for osca_PA1 to rise a 0.5 prevalence !
            ! Weights where automatically defined for osca_PA2 to rise a 0.5 prevalence !
            ! Weights where automatically defined for osca_PA3 to rise a 0.5 prevalence !


-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-= osca Modeling Summary -=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=

 6  environmental variables ( temp_max_august temp_min temp_wet_quart temp_season prec_wet_quart prec_season )
Number of evaluation repetitions : 1
Models selected : GAM MARS MAXNET GBM ANN RF 

Total number of model runs: 18 

-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=


-=-=-=- Run :  osca_PA1 


-=-=-=--=-=-=- osca_PA1_RUN1 


-=-=-=- Run :  osca_PA2 


-=-=-=--=-=-=- osca_PA2_RUN1 


-=-=-=- Run :  osca_PA3 


-=-=-=--=-=-=- osca_PA3_RUN1 

-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-= Done -=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=

20.2.2.1 Évaluation de la performance

             full.name  PA  run   algo metric.eval cutoff sensitivity
1    osca_PA1_RUN1_GAM PA1 RUN1    GAM         TSS  414.0      98.058
2    osca_PA1_RUN1_GAM PA1 RUN1    GAM         ROC  414.5      98.058
3   osca_PA1_RUN1_MARS PA1 RUN1   MARS         TSS  595.0      92.810
4   osca_PA1_RUN1_MARS PA1 RUN1   MARS         ROC  531.0      94.173
5 osca_PA1_RUN1_MAXNET PA1 RUN1 MAXNET         TSS  367.0      93.024
6 osca_PA1_RUN1_MAXNET PA1 RUN1 MAXNET         ROC  367.5      92.981
  specificity calibration validation evaluation
1      62.655       0.607      0.595         NA
2      62.666       0.761      0.752         NA
3      93.592       0.864      0.859         NA
4      92.317       0.979      0.976         NA
5      92.638       0.857      0.849         NA
6      92.724       0.979      0.975         NA
Évaluation de la performance des modèles individuels : True Skill Statistic & aire sous la courbe de ROC.

Figure 20.7: Évaluation de la performance des modèles individuels : True Skill Statistic & aire sous la courbe de ROC.

20.2.2.2 Importance des variables environnementales

          full.name  PA  run algo        expl.var rand  var.imp
1 osca_PA1_RUN1_GAM PA1 RUN1  GAM temp_max_august    1 0.280066
2 osca_PA1_RUN1_GAM PA1 RUN1  GAM        temp_min    1 0.228025
3 osca_PA1_RUN1_GAM PA1 RUN1  GAM  temp_wet_quart    1 0.004094
4 osca_PA1_RUN1_GAM PA1 RUN1  GAM     temp_season    1 0.449071
5 osca_PA1_RUN1_GAM PA1 RUN1  GAM  prec_wet_quart    1 0.047958
6 osca_PA1_RUN1_GAM PA1 RUN1  GAM     prec_season    1 0.034848
Pourcentage de variance expliquée pour chaque variable, décomposé par algorithme.

Figure 20.8: Pourcentage de variance expliquée pour chaque variable, décomposé par algorithme.

Pourcentage de variance expliquée pour chaque variable, décomposé par variable.

Figure 20.9: Pourcentage de variance expliquée pour chaque variable, décomposé par variable.

20.2.2.3 Courbes de réponses

Courbes de réponse de chaque variable climatique selon l'algorithme (en couleurs).

Figure 20.10: Courbes de réponse de chaque variable climatique selon l’algorithme (en couleurs).

20.2.3 Modèles d’ensemble de niche

Seulement modèles avec TSS > 0.8


-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-= BIOMOD.ensemble.models.out -=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=

sp.name : osca

expl.var.names : temp_max_august temp_min temp_wet_quart temp_season 
prec_wet_quart prec_season


models computed: 
osca_EMcvByTSS_mergedData_mergedRun_mergedAlgo, osca_EMwmeanByTSS_mergedData_mergedRun_mergedAlgo

models failed: none

-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=

20.2.3.1 Évaluation de la qualité

                                          full.name merged.by.PA merged.by.run
1 osca_EMwmeanByTSS_mergedData_mergedRun_mergedAlgo   mergedData     mergedRun
2 osca_EMwmeanByTSS_mergedData_mergedRun_mergedAlgo   mergedData     mergedRun
  merged.by.algo filtered.by    algo metric.eval cutoff sensitivity specificity
1     mergedAlgo         TSS EMwmean         TSS  527.0      95.810      95.753
2     mergedAlgo         TSS EMwmean         ROC  528.5      95.802      95.802
  calibration validation evaluation
1       0.916         NA         NA
2       0.993         NA         NA
Évaluation de la qualité du modèle d'ensemble : Aire sous la courbe de ROC & True Skill Statistic.

Figure 20.11: Évaluation de la qualité du modèle d’ensemble : Aire sous la courbe de ROC & True Skill Statistic.

                                       full.name merged.by.PA merged.by.run
1 osca_EMcvByTSS_mergedData_mergedRun_mergedAlgo   mergedData     mergedRun
2 osca_EMcvByTSS_mergedData_mergedRun_mergedAlgo   mergedData     mergedRun
3 osca_EMcvByTSS_mergedData_mergedRun_mergedAlgo   mergedData     mergedRun
4 osca_EMcvByTSS_mergedData_mergedRun_mergedAlgo   mergedData     mergedRun
5 osca_EMcvByTSS_mergedData_mergedRun_mergedAlgo   mergedData     mergedRun
6 osca_EMcvByTSS_mergedData_mergedRun_mergedAlgo   mergedData     mergedRun
  merged.by.algo filtered.by algo        expl.var rand  var.imp
1     mergedAlgo         TSS EMcv temp_max_august    1 0.193835
2     mergedAlgo         TSS EMcv        temp_min    1 0.324013
3     mergedAlgo         TSS EMcv  temp_wet_quart    1 0.030446
4     mergedAlgo         TSS EMcv     temp_season    1 0.191420
5     mergedAlgo         TSS EMcv  prec_wet_quart    1 0.208110
6     mergedAlgo         TSS EMcv     prec_season    1 0.202316

Par variable :

Pourcentage de variance expliquée par variable dans le modèle d'ensemble.

Figure 20.12: Pourcentage de variance expliquée par variable dans le modèle d’ensemble.

Courbes de réponse de chaque variable climatique dans le modèle d'ensemble.

Figure 20.13: Courbes de réponse de chaque variable climatique dans le modèle d’ensemble.

20.3 Projections

20.3.1 Distribution potentielle contemporaine

Contemporaine : Cartographie des observations sur couches climatiques Extraction des conditions climatiques favorables


-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-= BIOMOD.projection.out -=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=

Projection directory : Output/osca/current


sp.name : osca

expl.var.names : temp_max_august temp_min temp_wet_quart temp_season 
prec_wet_quart prec_season


modeling.id : AllModels ( Output/osca/osca.AllModels.models.out )

models.projected : 
osca_PA1_RUN1_GAM, osca_PA1_RUN1_MARS, osca_PA1_RUN1_MAXNET, osca_PA1_RUN1_GBM, osca_PA1_RUN1_ANN, osca_PA1_RUN1_RF, osca_PA2_RUN1_GAM, osca_PA2_RUN1_MARS, osca_PA2_RUN1_MAXNET, osca_PA2_RUN1_GBM, osca_PA2_RUN1_ANN, osca_PA2_RUN1_RF, osca_PA3_RUN1_GAM, osca_PA3_RUN1_MARS, osca_PA3_RUN1_MAXNET, osca_PA3_RUN1_GBM, osca_PA3_RUN1_ANN, osca_PA3_RUN1_RF

available binary projection : TSS, ROC

available filtered projection : TSS, ROC

-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=
Projection de la distribution potentielle contemporaine sur l'Europe, selon les 6 algorithmes et les 3 runs.

Figure 20.14: Projection de la distribution potentielle contemporaine sur l’Europe, selon les 6 algorithmes et les 3 runs.

Projection de la distribution potentielle contemporaine sur l'Europe, selon les 6 algorithmes et les 3 runs.

Figure 20.15: Projection de la distribution potentielle contemporaine sur l’Europe, selon les 6 algorithmes et les 3 runs.


-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-= BIOMOD.projection.out -=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=

Projection directory : Output/osca/current


sp.name : osca

expl.var.names : temp_max_august temp_min temp_wet_quart temp_season 
prec_wet_quart prec_season


modeling.id : AllModels ( Output/osca/osca.AllModels.ensemble.models.out )

models.projected : 
osca_EMcvByTSS_mergedData_mergedRun_mergedAlgo, osca_EMwmeanByTSS_mergedData_mergedRun_mergedAlgo

-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=
A) Projection de la distribution potentielle contemporaine (modèle d'ensemble) ; B) Incertitude associée à la projection.

Figure 20.16: A) Projection de la distribution potentielle contemporaine (modèle d’ensemble) ; B) Incertitude associée à la projection.

20.3.2 Interpolation à l’échelle de la métropole

  • → conditions climatiques favorables à fine échelle

On projette la niche climatique sur ce raster à fine échelle.


-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-= BIOMOD.projection.out -=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=

Projection directory : Output/osca/cont_gre


sp.name : osca

expl.var.names : temp_max_august temp_min temp_wet_quart temp_season 
prec_wet_quart prec_season


modeling.id : AllModels ( Output/osca/osca.AllModels.models.out )

models.projected : 
osca_PA1_RUN1_GAM, osca_PA1_RUN1_MARS, osca_PA1_RUN1_MAXNET, osca_PA1_RUN1_GBM, osca_PA1_RUN1_ANN, osca_PA1_RUN1_RF, osca_PA2_RUN1_GAM, osca_PA2_RUN1_MARS, osca_PA2_RUN1_MAXNET, osca_PA2_RUN1_GBM, osca_PA2_RUN1_ANN, osca_PA2_RUN1_RF, osca_PA3_RUN1_GAM, osca_PA3_RUN1_MARS, osca_PA3_RUN1_MAXNET, osca_PA3_RUN1_GBM, osca_PA3_RUN1_ANN, osca_PA3_RUN1_RF

available binary projection : TSS, ROC

available filtered projection : TSS, ROC

-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=
Projection de la distribution potentielle contemporaine sur la métropole de Grenoble, selon les 6 algorithmes et les 3 runs.

Figure 20.17: Projection de la distribution potentielle contemporaine sur la métropole de Grenoble, selon les 6 algorithmes et les 3 runs.

Projection de la distribution potentielle contemporaine sur la métropole de Grenoble, selon les 6 algorithmes et les 3 runs.

Figure 20.18: Projection de la distribution potentielle contemporaine sur la métropole de Grenoble, selon les 6 algorithmes et les 3 runs.


-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-= BIOMOD.projection.out -=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=

Projection directory : Output/osca/cont_gre


sp.name : osca

expl.var.names : temp_max_august temp_min temp_wet_quart temp_season 
prec_wet_quart prec_season


modeling.id : AllModels ( Output/osca/osca.AllModels.ensemble.models.out )

models.projected : 
osca_EMcvByTSS_mergedData_mergedRun_mergedAlgo, osca_EMwmeanByTSS_mergedData_mergedRun_mergedAlgo

-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=
A) Projection de la distribution potentielle contemporaine (modèle d'ensemble) sur la métropole de Grenoble ; B) Incertitude associée à la projection.

Figure 20.19: A) Projection de la distribution potentielle contemporaine (modèle d’ensemble) sur la métropole de Grenoble ; B) Incertitude associée à la projection.

20.3.3 Distributions potentielles futures

Futur : Projection à l’échelle de l’Europe jusqu’à l’horizon 2100

Toutes les fenêtres temporelles × scénarios pour le GCM « IPSL-CM6A-LR »

  1. SSP1-2.6
Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP1-2.6 (modèle d'ensemble).Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP1-2.6 (modèle d'ensemble).Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP1-2.6 (modèle d'ensemble).Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP1-2.6 (modèle d'ensemble).Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP1-2.6 (modèle d'ensemble).

Figure 20.20: Projection des distributions potentielles futures jusqu’à l’horizon 2100 sous le scénario SSP1-2.6 (modèle d’ensemble).

On obtient pour la métrique TSS une carte unique de moyenne pondérée sur les algorithmes et sur les jeux de pseudo-absences.

  1. SSP2-4.5
Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP2-4.5 (modèle d'ensemble).Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP2-4.5 (modèle d'ensemble).Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP2-4.5 (modèle d'ensemble).Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP2-4.5 (modèle d'ensemble).Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP2-4.5 (modèle d'ensemble).

Figure 20.21: Projection des distributions potentielles futures jusqu’à l’horizon 2100 sous le scénario SSP2-4.5 (modèle d’ensemble).

  1. SSP3-7.0
Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP3-7.0 (modèle d'ensemble).Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP3-7.0 (modèle d'ensemble).Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP3-7.0 (modèle d'ensemble).Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP3-7.0 (modèle d'ensemble).Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP3-7.0 (modèle d'ensemble).

Figure 20.22: Projection des distributions potentielles futures jusqu’à l’horizon 2100 sous le scénario SSP3-7.0 (modèle d’ensemble).

  1. SSP5-8.5
Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble).Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble).Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble).Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble).Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble).

Figure 20.23: Projection des distributions potentielles futures jusqu’à l’horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d’ensemble).

20.4 Inférence à l’échelle de la métropole

  • Croisement avec températures de surface 2019 (fournie par la métropole)
  • → conditions climatiques favorables à fine échelle
  • à peu près 7 pixels × 9 (WorldClim)

20.4.1 Distributions potentielles futures

Même chose que précédemment mais sur les rasters de Grenoble

  1. SSP1-2.6
Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).

Figure 20.24: Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu’à l’horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d’ensemble, GCM IPSL).

  1. SSP2-4.5
Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).

Figure 20.25: Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu’à l’horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d’ensemble, GCM IPSL).

  1. SSP3-7.0
Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).

Figure 20.26: Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu’à l’horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d’ensemble, GCM IPSL).

  1. SSP5-8.5
Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).

Figure 20.27: Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu’à l’horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d’ensemble, GCM IPSL).

20.4.2 Évolution temporelle

# A tibble: 17 × 8
   min         q1          median      mean        q3          max   ssp    year
   <table[1d]> <table[1d]> <table[1d]> <table[1d]> <table[1d]> <tab> <fct> <dbl>
 1 264         496         576         589.5354    710         821   0      2000
 2 350         626         732         695.9023    780         832   126    2040
 3 374         634         749         701.3134    784         834   126    2060
 4 405         667         772         725.3570    806         854   126    2080
 5 381         655         751         708.7797    784         835   126    2100
 6 353         647         739         702.8256    779         831   245    2040
 7 391         646         765         710.7729    795         839   245    2060
 8 379         636         764         704.4064    790         839   245    2080
 9 361         609         759         691.0311    787         854   245    2100
10 341         608         731         689.0608    777         828   370    2040
11 379         644         758         703.1270    784         834   370    2060
12 345         556         737         660.4203    770         835   370    2080
13 365         539         696         645.4313    764         835   370    2100
14 399         665         765         722.8494    804         841   585    2040
15 399         657         765         712.1268    791         842   585    2060
16 379         574         727         670.7703    785         844   585    2080
17 279         425         633         568.8432    683         791   585    2100
Évolution de la favorabilité climatique au cours du XXIème siècle. Le point représente la médiane sur l'étendue de la métropole (i.e. tous les pixels de la carte) ; le trait gras représente 50 % des données intermédiaires (espace inter-quartile) ; le trait fin représente le reste des données du minimum au maximum.

Figure 20.28: Évolution de la favorabilité climatique au cours du XXIème siècle. Le point représente la médiane sur l’étendue de la métropole (i.e. tous les pixels de la carte) ; le trait gras représente 50 % des données intermédiaires (espace inter-quartile) ; le trait fin représente le reste des données du minimum au maximum.