131 Crataegus monogyna

131.1 Données d’occurrences GBIF

Collecte des données du GBIF :

<<gbif download metadata>>
  Status: SUCCEEDED
  DOI: 10.15468/dl.5w9n4r
  Format: SIMPLE_CSV
  Download key: 0252538-230224095556074
  Created: 2023-05-20T16:22:44.953+00:00
  Modified: 2023-05-20T16:27:27.767+00:00
  Download link: https://api.gbif.org/v1/occurrence/download/request/0252538-230224095556074.zip
  Total records: 652150

Conversion en objets géographiques (format Simple feature de sf) et exploration rapide des données (classe du jeu de données et premières lignes du tableau) :

Simple feature collection with 652150 features and 50 fields
Attribute-geometry relationship: 50 constant, 0 aggregate, 0 identity
Geometry type: POINT
Dimension:     XY
Bounding box:  xmin: -132.03923 ymin: -46.384475 xmax: 177.787781 ymax: 68.702322
Geodetic CRS:  WGS 84
# A tibble: 652,150 × 51
     gbifID datasetKey occurrenceID kingdom phylum class order family genus species infraspecificEpithet
 *  <int64> <chr>      <chr>        <chr>   <chr>  <chr> <chr> <chr>  <chr> <chr>   <chr>               
 1      2e9 835613da-… 880E0190-7D… Plantae Trach… Magn… Rosa… Rosac… Crat… Cratae… ""                  
 2      2e9 835613da-… CB6C288D-60… Plantae Trach… Magn… Rosa… Rosac… Crat… Cratae… ""                  
 3      2e9 835613da-… 5E0588DD-6A… Plantae Trach… Magn… Rosa… Rosac… Crat… Cratae… ""                  
 4      2e9 835613da-… 6E2F74D4-2E… Plantae Trach… Magn… Rosa… Rosac… Crat… Cratae… ""                  
 5      2e9 835613da-… 43A72A90-20… Plantae Trach… Magn… Rosa… Rosac… Crat… Cratae… ""                  
 6      2e9 835613da-… 66C93ED5-FD… Plantae Trach… Magn… Rosa… Rosac… Crat… Cratae… ""                  
 7      3e7 835613da-… C3232439-C7… Plantae Trach… Magn… Rosa… Rosac… Crat… Cratae… ""                  
 8      3e7 835613da-… 8FD06E2C-11… Plantae Trach… Magn… Rosa… Rosac… Crat… Cratae… ""                  
 9      2e9 835613da-… EB015144-D5… Plantae Trach… Magn… Rosa… Rosac… Crat… Cratae… ""                  
10      2e9 83fdfd3d-… INFOFLORA-T… Plantae Trach… Magn… Rosa… Rosac… Crat… Cratae… ""                  
# ℹ 652,140 more rows
# ℹ 40 more variables: taxonRank <chr>, scientificName <chr>, verbatimScientificName <chr>,
#   verbatimScientificNameAuthorship <chr>, countryCode <chr>, locality <chr>, stateProvince <chr>,
#   occurrenceStatus <chr>, individualCount <int>, publishingOrgKey <chr>, decimalLatitude <dbl>,
#   decimalLongitude <dbl>, coordinateUncertaintyInMeters <dbl>, coordinatePrecision <dbl>,
#   elevation <dbl>, elevationAccuracy <dbl>, depth <dbl>, depthAccuracy <dbl>, eventDate <dttm>,
#   day <int>, month <int>, year <int>, taxonKey <int>, speciesKey <int>, basisOfRecord <chr>, …

Il y a 652 150 occurrences dans le jeu de données. On les affiche sur la carte du monde :

Occurrences de Crataegus monogyna dans le monde.

Figure 131.1: Occurrences de Crataegus monogyna dans le monde.

131.1.1 Données par région

On évalue la proportion d’occurrences dans chaque région, en utilisant les 3 masques créés précédemment. Si on a au moins 50 % des occurrences dans une région, on peut continuer en travaillant uniquement sur ces données. Sinon, on vérifie qu’au moins 67 % des données tombent dans l’ensemble des régions, et on prend la région la plus représentée. Au final, s’il s’agit d’une espèce endémique d’Europe, on n’a pas besoin de manipulation supplémentaire.

[1] 0.9888537913
[1] 0.002709499348
[1] 9.200337346e-06

Espèce endémique d’Europe

Occurrence de Crataegus monogyna dans la région d'endémisme.

Figure 131.2: Occurrence de Crataegus monogyna dans la région d’endémisme.

131.1.2 Licences

On s’intéresse ici au problème particulier des licences :


   CC_BY_4_0 CC_BY_NC_4_0      CC0_1_0 
      460943       152009        31929 
[1] 76.4283643
Occurrence de Crataegus monogyna dans la région d'endémisme, selon la licence : CC BY-NC en bleu ; CC0 et CC BY en orange.

Figure 131.3: Occurrence de Crataegus monogyna dans la région d’endémisme, selon la licence : CC BY-NC en bleu ; CC0 et CC BY en orange.

Idéalement, on aimerait avoir au moins 50 % de données vraiment libres d’utilisation (c’est-à-dire sans la clause -NC). On continue en supprimant les données en CC BY-NC.

[1] 492872

131.1.3 Sous-échantillonnage

Si le jeu de données contient 25 000 occurrences ou plus, on procède au sous-échantillonnage aléatoire pour en conserver un maximum de 25 000.

Simple feature collection with 25000 features and 50 fields
Attribute-geometry relationship: 50 constant, 0 aggregate, 0 identity
Geometry type: POINT
Dimension:     XY
Bounding box:  xmin: -9.981081 ymin: 36.7 xmax: 40.83333 ymax: 63.4453
Geodetic CRS:  WGS 84
# A tibble: 25,000 × 51
     gbifID datasetKey occurrenceID kingdom phylum class order family genus species infraspecificEpithet
    <int64> <chr>      <chr>        <chr>   <chr>  <chr> <chr> <chr>  <chr> <chr>   <chr>               
 1     2 e9 a814f323-… SR000118000… Plantae Trach… Magn… Rosa… Rosac… Crat… Cratae… ""                  
 2     3.e9 dd238f50-… 377b1cc9-1b… Plantae Trach… Magn… Rosa… Rosac… Crat… Cratae… ""                  
 3     1 e9 bfc6fe18-… Natuurpunt:… Plantae Trach… Magn… Rosa… Rosac… Crat… Cratae… ""                  
 4     1 e9 75956ee6-… http://cbnb… Plantae Trach… Magn… Rosa… Rosac… Crat… Cratae… ""                  
 5     1 e9 75956ee6-… http://cbnm… Plantae Trach… Magn… Rosa… Rosac… Crat… Cratae… ""                  
 6     3 e9 67fabcac-… 7973641      Plantae Trach… Magn… Rosa… Rosac… Crat… Cratae… ""                  
 7     1 e9 75956ee6-… http://flor… Plantae Trach… Magn… Rosa… Rosac… Crat… Cratae… ""                  
 8     1 e9 75956ee6-… http://pifh… Plantae Trach… Magn… Rosa… Rosac… Crat… Cratae… ""                  
 9     3.e9 f11a63fa-… 5f995907-90… Plantae Trach… Magn… Rosa… Rosac… Crat… Cratae… ""                  
10     1 e9 75956ee6-… http://cbnb… Plantae Trach… Magn… Rosa… Rosac… Crat… Cratae… ""                  
# ℹ 24,990 more rows
# ℹ 40 more variables: taxonRank <chr>, scientificName <chr>, verbatimScientificName <chr>,
#   verbatimScientificNameAuthorship <chr>, countryCode <chr>, locality <chr>, stateProvince <chr>,
#   occurrenceStatus <chr>, individualCount <int>, publishingOrgKey <chr>, decimalLatitude <dbl>,
#   decimalLongitude <dbl>, coordinateUncertaintyInMeters <dbl>, coordinatePrecision <dbl>,
#   elevation <dbl>, elevationAccuracy <dbl>, depth <dbl>, depthAccuracy <dbl>, eventDate <dttm>,
#   day <int>, month <int>, year <int>, taxonKey <int>, speciesKey <int>, basisOfRecord <chr>, …

131.1.4 Carte finale

On prépare la carte finale des occurrences :

Occurrence de Crataegus monogyna dans la région d'endémisme après sous-échantillonnage éventuel.

Figure 131.4: Occurrence de Crataegus monogyna dans la région d’endémisme après sous-échantillonnage éventuel.

131.2 Modélisation de la niche climatique

131.2.1 Préparer les données

Organisation des données d’entrées (occurrences et données environnementales) et des données produites de pseudo-absences :

 class       : SpatVector 
 geometry    : points 
 dimensions  : 25000, 0  (geometries, attributes)
 extent      : -9.981081, 40.83333, 36.7, 63.4453  (xmin, xmax, ymin, ymax)
 coord. ref. : lon/lat WGS 84 (EPSG:4326) 

-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-= crmo Data Formating -=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=

      ! Response variable is considered as only presences... Is it really what you want?
      ! No data has been set aside for modeling evaluation
 !!! Some data are located in the same raster cell. 
          Please set `filter.raster = TRUE` if you want an automatic filtering.

Checking Pseudo-absence selection arguments...

   > random pseudo absences selection
   > Pseudo absences are selected in explanatory variables
 ! Some NAs have been automatically removed from your data
 !!! Some data are located in the same raster cell. 
          Please set `filter.raster = TRUE` if you want an automatic filtering.
-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-= Done -=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=

-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-= BIOMOD.formated.data -=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=

dir.name =  Output

sp.name =  crmo

     24966 presences,  0 true absences and  72840 undefined points in dataset


     6 explanatory variables

 temp_max_august     temp_min       temp_wet_quart     temp_season    
 Min.   : 2.484   Min.   :-21.996   Min.   :-12.310   Min.   : 197.0  
 1st Qu.:20.420   1st Qu.: -8.800   1st Qu.:  8.193   1st Qu.: 597.0  
 Median :23.712   Median : -2.432   Median : 12.377   Median : 718.7  
 Mean   :24.901   Mean   : -3.948   Mean   : 11.972   Mean   : 747.5  
 3rd Qu.:28.036   3rd Qu.:  1.064   3rd Qu.: 16.028   3rd Qu.: 896.9  
 Max.   :45.864   Max.   : 12.132   Max.   : 26.215   Max.   :1380.9  
 prec_wet_quart    prec_season    
 Min.   :   3.0   Min.   :  4.61  
 1st Qu.: 175.0   1st Qu.: 20.73  
 Median : 216.0   Median : 30.43  
 Mean   : 218.2   Mean   : 34.39  
 3rd Qu.: 253.0   3rd Qu.: 39.19  
 Max.   :1230.0   Max.   :123.69  

-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=

On visualise les pseudo-absences :

Les données d'occurrences (en haut à gauche) et les trois jeux de données aléatoires de pseudo-absences.

Figure 131.5: Les données d’occurrences (en haut à gauche) et les trois jeux de données aléatoires de pseudo-absences.

$data.vect
 class       : SpatVector 
 geometry    : points 
 dimensions  : 174864, 2  (geometries, attributes)
 extent      : -10.52083, 46.97917, 29.02083, 70.97917  (xmin, xmax, ymin, ymax)
 coord. ref. :  
 names       :  resp         dataset
 type        : <num>           <chr>
 values      :    10 Initial dataset
                  10 Initial dataset
                  10 Initial dataset

$data.label
                              9                              10 
                "**Presences**"       "Presences (calibration)" 
                             11                              12 
       "Presences (validation)"        "Presences (evaluation)" 
                             19                              20 
            "**True Absences**"   "True Absences (calibration)" 
                             21                              22 
   "True Absences (validation)"    "True Absences (evaluation)" 
                             29                              30 
          "**Pseudo-Absences**" "Pseudo-Absences (calibration)" 
                             31                               1 
 "Pseudo-Absences (validation)"                    "Background" 

$data.plot
Les données d'occurrences (en haut à gauche) et les trois jeux de données aléatoires de pseudo-absences.

Figure 131.6: Les données d’occurrences (en haut à gauche) et les trois jeux de données aléatoires de pseudo-absences.

131.2.2 Modèles individuels de niche


-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-= Build Single Models -=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=


Checking Models arguments...

Creating suitable Workdir...

            ! Weights where automatically defined for crmo_PA1 to rise a 0.5 prevalence !
            ! Weights where automatically defined for crmo_PA2 to rise a 0.5 prevalence !
            ! Weights where automatically defined for crmo_PA3 to rise a 0.5 prevalence !


-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-= crmo Modeling Summary -=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=

 6  environmental variables ( temp_max_august temp_min temp_wet_quart temp_season prec_wet_quart prec_season )
Number of evaluation repetitions : 1
Models selected : GAM MARS MAXNET GBM ANN RF 

Total number of model runs: 18 

-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=


-=-=-=- Run :  crmo_PA1 


-=-=-=--=-=-=- crmo_PA1_RUN1 


-=-=-=- Run :  crmo_PA2 


-=-=-=--=-=-=- crmo_PA2_RUN1 


-=-=-=- Run :  crmo_PA3 


-=-=-=--=-=-=- crmo_PA3_RUN1 

-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-= Done -=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=

131.2.2.1 Évaluation de la performance

             full.name  PA  run   algo metric.eval cutoff sensitivity
1    crmo_PA1_RUN1_GAM PA1 RUN1    GAM         TSS  667.0      95.819
2    crmo_PA1_RUN1_GAM PA1 RUN1    GAM         ROC  665.5      95.849
3   crmo_PA1_RUN1_MARS PA1 RUN1   MARS         TSS  529.0      96.210
4   crmo_PA1_RUN1_MARS PA1 RUN1   MARS         ROC  530.5      96.200
5 crmo_PA1_RUN1_MAXNET PA1 RUN1 MAXNET         TSS  313.0      97.547
6 crmo_PA1_RUN1_MAXNET PA1 RUN1 MAXNET         ROC  313.5      97.517
  specificity calibration validation evaluation
1      72.670       0.684      0.692         NA
2      72.655       0.843      0.845         NA
3      88.085       0.843      0.849         NA
4      88.120       0.957      0.959         NA
5      86.080       0.836      0.843         NA
6      86.115       0.956      0.957         NA
Évaluation de la performance des modèles individuels : True Skill Statistic & aire sous la courbe de ROC.

Figure 131.7: Évaluation de la performance des modèles individuels : True Skill Statistic & aire sous la courbe de ROC.

131.2.2.2 Importance des variables environnementales

          full.name  PA  run algo        expl.var rand  var.imp
1 crmo_PA1_RUN1_GAM PA1 RUN1  GAM temp_max_august    1 0.238341
2 crmo_PA1_RUN1_GAM PA1 RUN1  GAM        temp_min    1 0.110431
3 crmo_PA1_RUN1_GAM PA1 RUN1  GAM  temp_wet_quart    1 0.024956
4 crmo_PA1_RUN1_GAM PA1 RUN1  GAM     temp_season    1 0.697693
5 crmo_PA1_RUN1_GAM PA1 RUN1  GAM  prec_wet_quart    1 0.066419
6 crmo_PA1_RUN1_GAM PA1 RUN1  GAM     prec_season    1 0.019198
Pourcentage de variance expliquée pour chaque variable, décomposé par algorithme.

Figure 131.8: Pourcentage de variance expliquée pour chaque variable, décomposé par algorithme.

Pourcentage de variance expliquée pour chaque variable, décomposé par variable.

Figure 131.9: Pourcentage de variance expliquée pour chaque variable, décomposé par variable.

131.2.2.3 Courbes de réponses

Courbes de réponse de chaque variable climatique selon l'algorithme (en couleurs).

Figure 131.10: Courbes de réponse de chaque variable climatique selon l’algorithme (en couleurs).

131.2.3 Modèles d’ensemble de niche

Seulement modèles avec TSS > 0.8


-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-= BIOMOD.ensemble.models.out -=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=

sp.name : crmo

expl.var.names : temp_max_august temp_min temp_wet_quart temp_season 
prec_wet_quart prec_season


models computed: 
crmo_EMcvByTSS_mergedData_mergedRun_mergedAlgo, crmo_EMwmeanByTSS_mergedData_mergedRun_mergedAlgo

models failed: none

-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=

131.2.3.1 Évaluation de la qualité

                                          full.name merged.by.PA merged.by.run
1 crmo_EMwmeanByTSS_mergedData_mergedRun_mergedAlgo   mergedData     mergedRun
2 crmo_EMwmeanByTSS_mergedData_mergedRun_mergedAlgo   mergedData     mergedRun
  merged.by.algo filtered.by    algo metric.eval cutoff sensitivity specificity
1     mergedAlgo         TSS EMwmean         TSS  547.0      96.948      91.032
2     mergedAlgo         TSS EMwmean         ROC  554.5      96.816      91.186
  calibration validation evaluation
1       0.880         NA         NA
2       0.987         NA         NA
Évaluation de la qualité du modèle d'ensemble : Aire sous la courbe de ROC & True Skill Statistic.

Figure 131.11: Évaluation de la qualité du modèle d’ensemble : Aire sous la courbe de ROC & True Skill Statistic.

                                       full.name merged.by.PA merged.by.run
1 crmo_EMcvByTSS_mergedData_mergedRun_mergedAlgo   mergedData     mergedRun
2 crmo_EMcvByTSS_mergedData_mergedRun_mergedAlgo   mergedData     mergedRun
3 crmo_EMcvByTSS_mergedData_mergedRun_mergedAlgo   mergedData     mergedRun
4 crmo_EMcvByTSS_mergedData_mergedRun_mergedAlgo   mergedData     mergedRun
5 crmo_EMcvByTSS_mergedData_mergedRun_mergedAlgo   mergedData     mergedRun
6 crmo_EMcvByTSS_mergedData_mergedRun_mergedAlgo   mergedData     mergedRun
  merged.by.algo filtered.by algo        expl.var rand  var.imp
1     mergedAlgo         TSS EMcv temp_max_august    1 0.104467
2     mergedAlgo         TSS EMcv        temp_min    1 0.103989
3     mergedAlgo         TSS EMcv  temp_wet_quart    1 0.029762
4     mergedAlgo         TSS EMcv     temp_season    1 0.361416
5     mergedAlgo         TSS EMcv  prec_wet_quart    1 0.076626
6     mergedAlgo         TSS EMcv     prec_season    1 0.155540

Par variable :

Pourcentage de variance expliquée par variable dans le modèle d'ensemble.

Figure 131.12: Pourcentage de variance expliquée par variable dans le modèle d’ensemble.

Courbes de réponse de chaque variable climatique dans le modèle d'ensemble.

Figure 131.13: Courbes de réponse de chaque variable climatique dans le modèle d’ensemble.

131.3 Projections

131.3.1 Distribution potentielle contemporaine

Contemporaine : Cartographie des observations sur couches climatiques Extraction des conditions climatiques favorables


-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-= BIOMOD.projection.out -=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=

Projection directory : Output/crmo/current


sp.name : crmo

expl.var.names : temp_max_august temp_min temp_wet_quart temp_season 
prec_wet_quart prec_season


modeling.id : AllModels ( Output/crmo/crmo.AllModels.models.out )

models.projected : 
crmo_PA1_RUN1_GAM, crmo_PA1_RUN1_MARS, crmo_PA1_RUN1_MAXNET, crmo_PA1_RUN1_GBM, crmo_PA1_RUN1_RF, crmo_PA2_RUN1_GAM, crmo_PA2_RUN1_MARS, crmo_PA2_RUN1_MAXNET, crmo_PA2_RUN1_GBM, crmo_PA2_RUN1_RF, crmo_PA3_RUN1_GAM, crmo_PA3_RUN1_MARS, crmo_PA3_RUN1_MAXNET, crmo_PA3_RUN1_GBM, crmo_PA3_RUN1_RF

available binary projection : TSS, ROC

available filtered projection : TSS, ROC

-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=
Projection de la distribution potentielle contemporaine sur l'Europe, selon les 6 algorithmes et les 3 runs.

Figure 131.14: Projection de la distribution potentielle contemporaine sur l’Europe, selon les 6 algorithmes et les 3 runs.

Projection de la distribution potentielle contemporaine sur l'Europe, selon les 6 algorithmes et les 3 runs.

Figure 131.15: Projection de la distribution potentielle contemporaine sur l’Europe, selon les 6 algorithmes et les 3 runs.


-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-= BIOMOD.projection.out -=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=

Projection directory : Output/crmo/current


sp.name : crmo

expl.var.names : temp_max_august temp_min temp_wet_quart temp_season 
prec_wet_quart prec_season


modeling.id : AllModels ( Output/crmo/crmo.AllModels.ensemble.models.out )

models.projected : 
crmo_EMcvByTSS_mergedData_mergedRun_mergedAlgo, crmo_EMwmeanByTSS_mergedData_mergedRun_mergedAlgo

-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=
A) Projection de la distribution potentielle contemporaine (modèle d'ensemble) ; B) Incertitude associée à la projection.

Figure 131.16: A) Projection de la distribution potentielle contemporaine (modèle d’ensemble) ; B) Incertitude associée à la projection.

131.3.2 Interpolation à l’échelle de la métropole

  • → conditions climatiques favorables à fine échelle

On projette la niche climatique sur ce raster à fine échelle.


-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-= BIOMOD.projection.out -=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=

Projection directory : Output/crmo/cont_gre


sp.name : crmo

expl.var.names : temp_max_august temp_min temp_wet_quart temp_season 
prec_wet_quart prec_season


modeling.id : AllModels ( Output/crmo/crmo.AllModels.models.out )

models.projected : 
crmo_PA1_RUN1_GAM, crmo_PA1_RUN1_MARS, crmo_PA1_RUN1_MAXNET, crmo_PA1_RUN1_GBM, crmo_PA1_RUN1_RF, crmo_PA2_RUN1_GAM, crmo_PA2_RUN1_MARS, crmo_PA2_RUN1_MAXNET, crmo_PA2_RUN1_GBM, crmo_PA2_RUN1_RF, crmo_PA3_RUN1_GAM, crmo_PA3_RUN1_MARS, crmo_PA3_RUN1_MAXNET, crmo_PA3_RUN1_GBM, crmo_PA3_RUN1_RF

available binary projection : TSS, ROC

available filtered projection : TSS, ROC

-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=
Projection de la distribution potentielle contemporaine sur la métropole de Grenoble, selon les 6 algorithmes et les 3 runs.

Figure 131.17: Projection de la distribution potentielle contemporaine sur la métropole de Grenoble, selon les 6 algorithmes et les 3 runs.

Projection de la distribution potentielle contemporaine sur la métropole de Grenoble, selon les 6 algorithmes et les 3 runs.

Figure 131.18: Projection de la distribution potentielle contemporaine sur la métropole de Grenoble, selon les 6 algorithmes et les 3 runs.


-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-= BIOMOD.projection.out -=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=

Projection directory : Output/crmo/cont_gre


sp.name : crmo

expl.var.names : temp_max_august temp_min temp_wet_quart temp_season 
prec_wet_quart prec_season


modeling.id : AllModels ( Output/crmo/crmo.AllModels.ensemble.models.out )

models.projected : 
crmo_EMcvByTSS_mergedData_mergedRun_mergedAlgo, crmo_EMwmeanByTSS_mergedData_mergedRun_mergedAlgo

-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=
A) Projection de la distribution potentielle contemporaine (modèle d'ensemble) sur la métropole de Grenoble ; B) Incertitude associée à la projection.

Figure 131.19: A) Projection de la distribution potentielle contemporaine (modèle d’ensemble) sur la métropole de Grenoble ; B) Incertitude associée à la projection.

131.3.3 Distributions potentielles futures

Futur : Projection à l’échelle de l’Europe jusqu’à l’horizon 2100

Toutes les fenêtres temporelles × scénarios pour le GCM « IPSL-CM6A-LR »

  1. SSP1-2.6
Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP1-2.6 (modèle d'ensemble).Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP1-2.6 (modèle d'ensemble).Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP1-2.6 (modèle d'ensemble).Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP1-2.6 (modèle d'ensemble).Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP1-2.6 (modèle d'ensemble).

Figure 131.20: Projection des distributions potentielles futures jusqu’à l’horizon 2100 sous le scénario SSP1-2.6 (modèle d’ensemble).

On obtient pour la métrique TSS une carte unique de moyenne pondérée sur les algorithmes et sur les jeux de pseudo-absences.

  1. SSP2-4.5
Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP2-4.5 (modèle d'ensemble).Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP2-4.5 (modèle d'ensemble).Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP2-4.5 (modèle d'ensemble).Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP2-4.5 (modèle d'ensemble).Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP2-4.5 (modèle d'ensemble).

Figure 131.21: Projection des distributions potentielles futures jusqu’à l’horizon 2100 sous le scénario SSP2-4.5 (modèle d’ensemble).

  1. SSP3-7.0
Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP3-7.0 (modèle d'ensemble).Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP3-7.0 (modèle d'ensemble).Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP3-7.0 (modèle d'ensemble).Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP3-7.0 (modèle d'ensemble).Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP3-7.0 (modèle d'ensemble).

Figure 131.22: Projection des distributions potentielles futures jusqu’à l’horizon 2100 sous le scénario SSP3-7.0 (modèle d’ensemble).

  1. SSP5-8.5
Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble).Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble).Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble).Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble).Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble).

Figure 131.23: Projection des distributions potentielles futures jusqu’à l’horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d’ensemble).

131.4 Inférence à l’échelle de la métropole

  • Croisement avec températures de surface 2019 (fournie par la métropole)
  • → conditions climatiques favorables à fine échelle
  • à peu près 7 pixels × 9 (WorldClim)

131.4.1 Distributions potentielles futures

Même chose que précédemment mais sur les rasters de Grenoble

  1. SSP1-2.6
Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).

Figure 131.24: Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu’à l’horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d’ensemble, GCM IPSL).

  1. SSP2-4.5
Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).

Figure 131.25: Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu’à l’horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d’ensemble, GCM IPSL).

  1. SSP3-7.0
Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).

Figure 131.26: Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu’à l’horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d’ensemble, GCM IPSL).

  1. SSP5-8.5
Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).

Figure 131.27: Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu’à l’horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d’ensemble, GCM IPSL).

131.4.2 Évolution temporelle

# A tibble: 17 × 8
   min         q1          median      mean        q3          max   ssp    year
   <table[1d]> <table[1d]> <table[1d]> <table[1d]> <table[1d]> <tab> <fct> <dbl>
 1 306         644         737         713.14854   795         850   0      2000
 2 172         465         609         587.84836   745         842   126    2040
 3 177         416         541         535.45570   691         840   126    2060
 4 183         433         547         544.03730   697         828   126    2080
 5 220         471         579         567.75061   711         822   126    2100
 6 163         449         604         584.20437   754         840   245    2040
 7 155         377         485         479.55087   612         796   245    2060
 8 148         380         505         487.61134   608         796   245    2080
 9 132         308         443         415.39484   515         691   245    2100
10 149         409         558         547.30444   716         835   370    2040
11 156         410         515         506.38460   636         811   370    2060
12  96         273         419         392.65286   501         703   370    2080
13  68          98         152         159.74629   213         313   370    2100
14 162         431         574         555.98041   716         825   585    2040
15 145         352         476         456.75524   570         746   585    2060
16  67         120         184         192.50031   265         417   585    2080
17  53          68          88          93.39872   120         167   585    2100
Évolution de la favorabilité climatique au cours du XXIème siècle. Le point représente la médiane sur l'étendue de la métropole (i.e. tous les pixels de la carte) ; le trait gras représente 50 % des données intermédiaires (espace inter-quartile) ; le trait fin représente le reste des données du minimum au maximum.

Figure 131.28: Évolution de la favorabilité climatique au cours du XXIème siècle. Le point représente la médiane sur l’étendue de la métropole (i.e. tous les pixels de la carte) ; le trait gras représente 50 % des données intermédiaires (espace inter-quartile) ; le trait fin représente le reste des données du minimum au maximum.