136 Ficus carica

136.1 Données d’occurrences GBIF

Collecte des données du GBIF :

<<gbif download metadata>>
  Status: SUCCEEDED
  DOI: 10.15468/dl.8m6cv8
  Format: SIMPLE_CSV
  Download key: 0252560-230224095556074
  Created: 2023-05-20T16:34:41.423+00:00
  Modified: 2023-05-20T16:35:50.987+00:00
  Download link: https://api.gbif.org/v1/occurrence/download/request/0252560-230224095556074.zip
  Total records: 44533

Conversion en objets géographiques (format Simple feature de sf) et exploration rapide des données (classe du jeu de données et premières lignes du tableau) :

Simple feature collection with 44533 features and 50 fields
Attribute-geometry relationship: 50 constant, 0 aggregate, 0 identity
Geometry type: POINT
Dimension:     XY
Bounding box:  xmin: -159.523 ymin: -46.023155 xmax: 176.969732 ymax: 63.434
Geodetic CRS:  WGS 84
# A tibble: 44,533 × 51
     gbifID datasetKey occurrenceID kingdom phylum class order family genus species infraspecificEpithet
 *  <int64> <chr>      <chr>        <chr>   <chr>  <chr> <chr> <chr>  <chr> <chr>   <chr>               
 1     3.e9 5f06e39d-… "USFS - New… Plantae Trach… Magn… Rosa… Morac… Ficus Ficus … ""                  
 2     9 e8 ebd49d9b-… ""           Plantae Trach… Magn… Rosa… Morac… Ficus Ficus … ""                  
 3     9 e8 38b4c89f-… "urn:lsid:a… Plantae Trach… Magn… Rosa… Morac… Ficus Ficus … ""                  
 4     9 e8 23243164-… "UdeA:HUA:1… Plantae Trach… Magn… Rosa… Morac… Ficus Ficus … ""                  
 5     9 e8 23243164-… "UdeA:HUA:1… Plantae Trach… Magn… Rosa… Morac… Ficus Ficus … ""                  
 6     9 e8 23243164-… "UdeA:HUA:1… Plantae Trach… Magn… Rosa… Morac… Ficus Ficus … ""                  
 7     9 e8 23243164-… "UdeA:HUA:1… Plantae Trach… Magn… Rosa… Morac… Ficus Ficus … ""                  
 8     9 e8 50c9509d-… "http://www… Plantae Trach… Magn… Rosa… Morac… Ficus Ficus … ""                  
 9     9 e8 50c9509d-… "http://www… Plantae Trach… Magn… Rosa… Morac… Ficus Ficus … ""                  
10     9 e8 50c9509d-… "http://www… Plantae Trach… Magn… Rosa… Morac… Ficus Ficus … ""                  
# ℹ 44,523 more rows
# ℹ 40 more variables: taxonRank <chr>, scientificName <chr>, verbatimScientificName <chr>,
#   verbatimScientificNameAuthorship <chr>, countryCode <chr>, locality <chr>, stateProvince <chr>,
#   occurrenceStatus <chr>, individualCount <int>, publishingOrgKey <chr>, decimalLatitude <dbl>,
#   decimalLongitude <dbl>, coordinateUncertaintyInMeters <dbl>, coordinatePrecision <dbl>,
#   elevation <dbl>, elevationAccuracy <dbl>, depth <dbl>, depthAccuracy <dbl>, eventDate <dttm>,
#   day <int>, month <int>, year <int>, taxonKey <int>, speciesKey <int>, basisOfRecord <chr>, …

Il y a 44 533 occurrences dans le jeu de données. On les affiche sur la carte du monde :

Occurrences de Ficus carica dans le monde.

Figure 136.1: Occurrences de Ficus carica dans le monde.

136.1.1 Données par région

On évalue la proportion d’occurrences dans chaque région, en utilisant les 3 masques créés précédemment. Si on a au moins 50 % des occurrences dans une région, on peut continuer en travaillant uniquement sur ces données. Sinon, on vérifie qu’au moins 67 % des données tombent dans l’ensemble des régions, et on prend la région la plus représentée. Au final, s’il s’agit d’une espèce endémique d’Europe, on n’a pas besoin de manipulation supplémentaire.

[1] 0.8813688725
[1] 0.05710372084
[1] 0.003570386006

Espèce endémique d’Europe

Occurrence de Ficus carica dans la région d'endémisme.

Figure 136.2: Occurrence de Ficus carica dans la région d’endémisme.

136.1.2 Licences

On s’intéresse ici au problème particulier des licences :


                                                  CC_BY_4_0 
                                                      28596 
                                               CC_BY_NC_4_0 
                                                       9366 
                                                    CC0_1_0 
                                                        556 
   https://creativecommons.org/licenses/by-nc/4.0/legalcode 
                                                        530 
      https://creativecommons.org/licenses/by/4.0/legalcode 
                                                        151 
https://creativecommons.org/publicdomain/zero/1.0/legalcode 
                                                         51 
[1] 74.78726115
Occurrence de Ficus carica dans la région d'endémisme, selon la licence : CC BY-NC en bleu ; CC0 et CC BY en orange.

Figure 136.3: Occurrence de Ficus carica dans la région d’endémisme, selon la licence : CC BY-NC en bleu ; CC0 et CC BY en orange.

Idéalement, on aimerait avoir au moins 50 % de données vraiment libres d’utilisation (c’est-à-dire sans la clause -NC). On continue en supprimant les données en CC BY-NC.

[1] 29354

136.1.3 Sous-échantillonnage

Si le jeu de données contient 25 000 occurrences ou plus, on procède au sous-échantillonnage aléatoire pour en conserver un maximum de 25 000.

Simple feature collection with 25000 features and 50 fields
Attribute-geometry relationship: 50 constant, 0 aggregate, 0 identity
Geometry type: POINT
Dimension:     XY
Bounding box:  xmin: -9.829539 ymin: 29.692986 xmax: 46.62194 ymax: 63.434
Geodetic CRS:  WGS 84
# A tibble: 25,000 × 51
     gbifID datasetKey occurrenceID kingdom phylum class order family genus species infraspecificEpithet
    <int64> <chr>      <chr>        <chr>   <chr>  <chr> <chr> <chr>  <chr> <chr>   <chr>               
 1     3.e9 14d5676a-… q-102082857… Plantae Trach… Magn… Rosa… Morac… Ficus Ficus … ""                  
 2     2 e9 14d5676a-… q-101003267… Plantae Trach… Magn… Rosa… Morac… Ficus Ficus … ""                  
 3     3 e9 4f6de508-… f723ad56-4f… Plantae Trach… Magn… Rosa… Morac… Ficus Ficus … ""                  
 4     2 e9 7a8a2ad3-… 96434cc9-e9… Plantae Trach… Magn… Rosa… Morac… Ficus Ficus … ""                  
 5     2 e9 a3e74d8a-… 598f0291-7e… Plantae Trach… Magn… Rosa… Morac… Ficus Ficus … ""                  
 6     2 e9 014f3d14-… 20d490c8-bb… Plantae Trach… Magn… Rosa… Morac… Ficus Ficus … ""                  
 7     2 e9 14d5676a-… q-101817533… Plantae Trach… Magn… Rosa… Morac… Ficus Ficus … ""                  
 8     2 e9 7a3679ef-… o-1005048741 Plantae Trach… Magn… Rosa… Morac… Ficus Ficus … ""                  
 9     2 e9 14d5676a-… q-101887900… Plantae Trach… Magn… Rosa… Morac… Ficus Ficus … ""                  
10     3.e9 14d5676a-… q-101816659… Plantae Trach… Magn… Rosa… Morac… Ficus Ficus … ""                  
# ℹ 24,990 more rows
# ℹ 40 more variables: taxonRank <chr>, scientificName <chr>, verbatimScientificName <chr>,
#   verbatimScientificNameAuthorship <chr>, countryCode <chr>, locality <chr>, stateProvince <chr>,
#   occurrenceStatus <chr>, individualCount <int>, publishingOrgKey <chr>, decimalLatitude <dbl>,
#   decimalLongitude <dbl>, coordinateUncertaintyInMeters <dbl>, coordinatePrecision <dbl>,
#   elevation <dbl>, elevationAccuracy <dbl>, depth <dbl>, depthAccuracy <dbl>, eventDate <dttm>,
#   day <int>, month <int>, year <int>, taxonKey <int>, speciesKey <int>, basisOfRecord <chr>, …

136.1.4 Carte finale

On prépare la carte finale des occurrences :

Occurrence de Ficus carica dans la région d'endémisme après sous-échantillonnage éventuel.

Figure 136.4: Occurrence de Ficus carica dans la région d’endémisme après sous-échantillonnage éventuel.

136.2 Modélisation de la niche climatique

136.2.1 Préparer les données

Organisation des données d’entrées (occurrences et données environnementales) et des données produites de pseudo-absences :

 class       : SpatVector 
 geometry    : points 
 dimensions  : 25000, 0  (geometries, attributes)
 extent      : -9.829539, 46.62194, 29.69299, 63.434  (xmin, xmax, ymin, ymax)
 coord. ref. : lon/lat WGS 84 (EPSG:4326) 

-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-= fica Data Formating -=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=

      ! Response variable is considered as only presences... Is it really what you want?
      ! No data has been set aside for modeling evaluation
 !!! Some data are located in the same raster cell. 
          Please set `filter.raster = TRUE` if you want an automatic filtering.

Checking Pseudo-absence selection arguments...

   > random pseudo absences selection
   > Pseudo absences are selected in explanatory variables
 ! Some NAs have been automatically removed from your data
 !!! Some data are located in the same raster cell. 
          Please set `filter.raster = TRUE` if you want an automatic filtering.
-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-= Done -=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=

-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-= BIOMOD.formated.data -=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=

dir.name =  Output

sp.name =  fica

     24872 presences,  0 true absences and  72846 undefined points in dataset


     6 explanatory variables

 temp_max_august     temp_min       temp_wet_quart     temp_season    
 Min.   : 2.272   Min.   :-22.180   Min.   :-11.199   Min.   : 199.4  
 1st Qu.:20.831   1st Qu.: -8.752   1st Qu.:  9.533   1st Qu.: 599.3  
 Median :25.372   Median : -1.588   Median : 12.802   Median : 726.9  
 Mean   :25.737   Mean   : -3.359   Mean   : 12.435   Mean   : 750.2  
 3rd Qu.:29.292   3rd Qu.:  2.396   3rd Qu.: 15.981   3rd Qu.: 896.3  
 Max.   :45.924   Max.   : 12.032   Max.   : 25.847   Max.   :1387.1  
 prec_wet_quart    prec_season     
 Min.   :   3.0   Min.   :  5.209  
 1st Qu.: 176.0   1st Qu.: 25.468  
 Median : 220.0   Median : 33.015  
 Mean   : 224.3   Mean   : 38.263  
 3rd Qu.: 268.0   3rd Qu.: 43.843  
 Max.   :1260.0   Max.   :123.408  

-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=

On visualise les pseudo-absences :

Les données d'occurrences (en haut à gauche) et les trois jeux de données aléatoires de pseudo-absences.

Figure 136.5: Les données d’occurrences (en haut à gauche) et les trois jeux de données aléatoires de pseudo-absences.

$data.vect
 class       : SpatVector 
 geometry    : points 
 dimensions  : 174488, 2  (geometries, attributes)
 extent      : -10.47917, 46.97917, 29.02083, 70.97917  (xmin, xmax, ymin, ymax)
 coord. ref. :  
 names       :  resp         dataset
 type        : <num>           <chr>
 values      :    10 Initial dataset
                  10 Initial dataset
                  10 Initial dataset

$data.label
                              9                              10 
                "**Presences**"       "Presences (calibration)" 
                             11                              12 
       "Presences (validation)"        "Presences (evaluation)" 
                             19                              20 
            "**True Absences**"   "True Absences (calibration)" 
                             21                              22 
   "True Absences (validation)"    "True Absences (evaluation)" 
                             29                              30 
          "**Pseudo-Absences**" "Pseudo-Absences (calibration)" 
                             31                               1 
 "Pseudo-Absences (validation)"                    "Background" 

$data.plot
Les données d'occurrences (en haut à gauche) et les trois jeux de données aléatoires de pseudo-absences.

Figure 136.6: Les données d’occurrences (en haut à gauche) et les trois jeux de données aléatoires de pseudo-absences.

136.2.2 Modèles individuels de niche


-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-= Build Single Models -=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=


Checking Models arguments...

Creating suitable Workdir...

            ! Weights where automatically defined for fica_PA1 to rise a 0.5 prevalence !
            ! Weights where automatically defined for fica_PA2 to rise a 0.5 prevalence !
            ! Weights where automatically defined for fica_PA3 to rise a 0.5 prevalence !


-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-= fica Modeling Summary -=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=

 6  environmental variables ( temp_max_august temp_min temp_wet_quart temp_season prec_wet_quart prec_season )
Number of evaluation repetitions : 1
Models selected : GAM MARS MAXNET GBM ANN RF 

Total number of model runs: 18 

-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=


-=-=-=- Run :  fica_PA1 


-=-=-=--=-=-=- fica_PA1_RUN1 


-=-=-=- Run :  fica_PA2 


-=-=-=--=-=-=- fica_PA2_RUN1 


-=-=-=- Run :  fica_PA3 


-=-=-=--=-=-=- fica_PA3_RUN1 

-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-= Done -=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=

136.2.2.1 Évaluation de la performance

             full.name  PA  run   algo metric.eval cutoff sensitivity
1    fica_PA1_RUN1_GAM PA1 RUN1    GAM         TSS  616.0      94.602
2    fica_PA1_RUN1_GAM PA1 RUN1    GAM         ROC  614.5      94.638
3   fica_PA1_RUN1_MARS PA1 RUN1   MARS         TSS  541.0      90.486
4   fica_PA1_RUN1_MARS PA1 RUN1   MARS         ROC  543.5      90.426
5 fica_PA1_RUN1_MAXNET PA1 RUN1 MAXNET         TSS  366.0      93.467
6 fica_PA1_RUN1_MAXNET PA1 RUN1 MAXNET         ROC  373.5      92.788
  specificity calibration validation evaluation
1      63.070       0.577      0.575         NA
2      63.070       0.748      0.743         NA
3      87.590       0.781      0.779         NA
4      87.685       0.956      0.952         NA
5      85.115       0.786      0.776         NA
6      85.840       0.957      0.955         NA
Évaluation de la performance des modèles individuels : True Skill Statistic & aire sous la courbe de ROC.

Figure 136.7: Évaluation de la performance des modèles individuels : True Skill Statistic & aire sous la courbe de ROC.

136.2.2.2 Importance des variables environnementales

          full.name  PA  run algo        expl.var rand  var.imp
1 fica_PA1_RUN1_GAM PA1 RUN1  GAM temp_max_august    1 0.312984
2 fica_PA1_RUN1_GAM PA1 RUN1  GAM        temp_min    1 0.337286
3 fica_PA1_RUN1_GAM PA1 RUN1  GAM  temp_wet_quart    1 0.005110
4 fica_PA1_RUN1_GAM PA1 RUN1  GAM     temp_season    1 0.289754
5 fica_PA1_RUN1_GAM PA1 RUN1  GAM  prec_wet_quart    1 0.017498
6 fica_PA1_RUN1_GAM PA1 RUN1  GAM     prec_season    1 0.008217
Pourcentage de variance expliquée pour chaque variable, décomposé par algorithme.

Figure 136.8: Pourcentage de variance expliquée pour chaque variable, décomposé par algorithme.

Pourcentage de variance expliquée pour chaque variable, décomposé par variable.

Figure 136.9: Pourcentage de variance expliquée pour chaque variable, décomposé par variable.

136.2.2.3 Courbes de réponses

Courbes de réponse de chaque variable climatique selon l'algorithme (en couleurs).

Figure 136.10: Courbes de réponse de chaque variable climatique selon l’algorithme (en couleurs).

136.2.3 Modèles d’ensemble de niche

Seulement modèles avec TSS > 0.8


-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-= BIOMOD.ensemble.models.out -=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=

sp.name : fica

expl.var.names : temp_max_august temp_min temp_wet_quart temp_season 
prec_wet_quart prec_season


models computed: 
fica_EMcvByTSS_mergedData_mergedRun_mergedAlgo, fica_EMwmeanByTSS_mergedData_mergedRun_mergedAlgo

models failed: none

-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=

136.2.3.1 Évaluation de la qualité

                                          full.name merged.by.PA merged.by.run
1 fica_EMwmeanByTSS_mergedData_mergedRun_mergedAlgo   mergedData     mergedRun
2 fica_EMwmeanByTSS_mergedData_mergedRun_mergedAlgo   mergedData     mergedRun
  merged.by.algo filtered.by    algo metric.eval cutoff sensitivity specificity
1     mergedAlgo         TSS EMwmean         TSS  636.0      96.454      96.365
2     mergedAlgo         TSS EMwmean         ROC  653.5      96.116      96.733
  calibration validation evaluation
1       0.928         NA         NA
2       0.996         NA         NA
Évaluation de la qualité du modèle d'ensemble : Aire sous la courbe de ROC & True Skill Statistic.

Figure 136.11: Évaluation de la qualité du modèle d’ensemble : Aire sous la courbe de ROC & True Skill Statistic.

                                       full.name merged.by.PA merged.by.run
1 fica_EMcvByTSS_mergedData_mergedRun_mergedAlgo   mergedData     mergedRun
2 fica_EMcvByTSS_mergedData_mergedRun_mergedAlgo   mergedData     mergedRun
3 fica_EMcvByTSS_mergedData_mergedRun_mergedAlgo   mergedData     mergedRun
4 fica_EMcvByTSS_mergedData_mergedRun_mergedAlgo   mergedData     mergedRun
5 fica_EMcvByTSS_mergedData_mergedRun_mergedAlgo   mergedData     mergedRun
6 fica_EMcvByTSS_mergedData_mergedRun_mergedAlgo   mergedData     mergedRun
  merged.by.algo filtered.by algo        expl.var rand  var.imp
1     mergedAlgo         TSS EMcv temp_max_august    1 0.558281
2     mergedAlgo         TSS EMcv        temp_min    1 0.532138
3     mergedAlgo         TSS EMcv  temp_wet_quart    1 0.381322
4     mergedAlgo         TSS EMcv     temp_season    1 0.497145
5     mergedAlgo         TSS EMcv  prec_wet_quart    1 0.471679
6     mergedAlgo         TSS EMcv     prec_season    1 0.384897

Par variable :

Pourcentage de variance expliquée par variable dans le modèle d'ensemble.

Figure 136.12: Pourcentage de variance expliquée par variable dans le modèle d’ensemble.

Courbes de réponse de chaque variable climatique dans le modèle d'ensemble.

Figure 136.13: Courbes de réponse de chaque variable climatique dans le modèle d’ensemble.

136.3 Projections

136.3.1 Distribution potentielle contemporaine

Contemporaine : Cartographie des observations sur couches climatiques Extraction des conditions climatiques favorables


-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-= BIOMOD.projection.out -=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=

Projection directory : Output/fica/current


sp.name : fica

expl.var.names : temp_max_august temp_min temp_wet_quart temp_season 
prec_wet_quart prec_season


modeling.id : AllModels ( Output/fica/fica.AllModels.models.out )

models.projected : 
fica_PA1_RUN1_GAM, fica_PA1_RUN1_MARS, fica_PA1_RUN1_MAXNET, fica_PA1_RUN1_GBM, fica_PA1_RUN1_ANN, fica_PA1_RUN1_RF, fica_PA2_RUN1_GAM, fica_PA2_RUN1_MARS, fica_PA2_RUN1_MAXNET, fica_PA2_RUN1_GBM, fica_PA2_RUN1_ANN, fica_PA2_RUN1_RF, fica_PA3_RUN1_GAM, fica_PA3_RUN1_MARS, fica_PA3_RUN1_MAXNET, fica_PA3_RUN1_GBM, fica_PA3_RUN1_ANN, fica_PA3_RUN1_RF

available binary projection : TSS, ROC

available filtered projection : TSS, ROC

-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=
Projection de la distribution potentielle contemporaine sur l'Europe, selon les 6 algorithmes et les 3 runs.

Figure 136.14: Projection de la distribution potentielle contemporaine sur l’Europe, selon les 6 algorithmes et les 3 runs.

Projection de la distribution potentielle contemporaine sur l'Europe, selon les 6 algorithmes et les 3 runs.

Figure 136.15: Projection de la distribution potentielle contemporaine sur l’Europe, selon les 6 algorithmes et les 3 runs.


-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-= BIOMOD.projection.out -=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=

Projection directory : Output/fica/current


sp.name : fica

expl.var.names : temp_max_august temp_min temp_wet_quart temp_season 
prec_wet_quart prec_season


modeling.id : AllModels ( Output/fica/fica.AllModels.ensemble.models.out )

models.projected : 
fica_EMcvByTSS_mergedData_mergedRun_mergedAlgo, fica_EMwmeanByTSS_mergedData_mergedRun_mergedAlgo

-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=
A) Projection de la distribution potentielle contemporaine (modèle d'ensemble) ; B) Incertitude associée à la projection.

Figure 136.16: A) Projection de la distribution potentielle contemporaine (modèle d’ensemble) ; B) Incertitude associée à la projection.

136.3.2 Interpolation à l’échelle de la métropole

  • → conditions climatiques favorables à fine échelle

On projette la niche climatique sur ce raster à fine échelle.


-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-= BIOMOD.projection.out -=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=

Projection directory : Output/fica/cont_gre


sp.name : fica

expl.var.names : temp_max_august temp_min temp_wet_quart temp_season 
prec_wet_quart prec_season


modeling.id : AllModels ( Output/fica/fica.AllModels.models.out )

models.projected : 
fica_PA1_RUN1_GAM, fica_PA1_RUN1_MARS, fica_PA1_RUN1_MAXNET, fica_PA1_RUN1_GBM, fica_PA1_RUN1_ANN, fica_PA1_RUN1_RF, fica_PA2_RUN1_GAM, fica_PA2_RUN1_MARS, fica_PA2_RUN1_MAXNET, fica_PA2_RUN1_GBM, fica_PA2_RUN1_ANN, fica_PA2_RUN1_RF, fica_PA3_RUN1_GAM, fica_PA3_RUN1_MARS, fica_PA3_RUN1_MAXNET, fica_PA3_RUN1_GBM, fica_PA3_RUN1_ANN, fica_PA3_RUN1_RF

available binary projection : TSS, ROC

available filtered projection : TSS, ROC

-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=
Projection de la distribution potentielle contemporaine sur la métropole de Grenoble, selon les 6 algorithmes et les 3 runs.

Figure 136.17: Projection de la distribution potentielle contemporaine sur la métropole de Grenoble, selon les 6 algorithmes et les 3 runs.

Projection de la distribution potentielle contemporaine sur la métropole de Grenoble, selon les 6 algorithmes et les 3 runs.

Figure 136.18: Projection de la distribution potentielle contemporaine sur la métropole de Grenoble, selon les 6 algorithmes et les 3 runs.


-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-= BIOMOD.projection.out -=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=

Projection directory : Output/fica/cont_gre


sp.name : fica

expl.var.names : temp_max_august temp_min temp_wet_quart temp_season 
prec_wet_quart prec_season


modeling.id : AllModels ( Output/fica/fica.AllModels.ensemble.models.out )

models.projected : 
fica_EMcvByTSS_mergedData_mergedRun_mergedAlgo, fica_EMwmeanByTSS_mergedData_mergedRun_mergedAlgo

-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=
A) Projection de la distribution potentielle contemporaine (modèle d'ensemble) sur la métropole de Grenoble ; B) Incertitude associée à la projection.

Figure 136.19: A) Projection de la distribution potentielle contemporaine (modèle d’ensemble) sur la métropole de Grenoble ; B) Incertitude associée à la projection.

136.3.3 Distributions potentielles futures

Futur : Projection à l’échelle de l’Europe jusqu’à l’horizon 2100

Toutes les fenêtres temporelles × scénarios pour le GCM « IPSL-CM6A-LR »

  1. SSP1-2.6
Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP1-2.6 (modèle d'ensemble).Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP1-2.6 (modèle d'ensemble).Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP1-2.6 (modèle d'ensemble).Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP1-2.6 (modèle d'ensemble).Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP1-2.6 (modèle d'ensemble).

Figure 136.20: Projection des distributions potentielles futures jusqu’à l’horizon 2100 sous le scénario SSP1-2.6 (modèle d’ensemble).

On obtient pour la métrique TSS une carte unique de moyenne pondérée sur les algorithmes et sur les jeux de pseudo-absences.

  1. SSP2-4.5
Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP2-4.5 (modèle d'ensemble).Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP2-4.5 (modèle d'ensemble).Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP2-4.5 (modèle d'ensemble).Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP2-4.5 (modèle d'ensemble).Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP2-4.5 (modèle d'ensemble).

Figure 136.21: Projection des distributions potentielles futures jusqu’à l’horizon 2100 sous le scénario SSP2-4.5 (modèle d’ensemble).

  1. SSP3-7.0
Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP3-7.0 (modèle d'ensemble).Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP3-7.0 (modèle d'ensemble).Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP3-7.0 (modèle d'ensemble).Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP3-7.0 (modèle d'ensemble).Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP3-7.0 (modèle d'ensemble).

Figure 136.22: Projection des distributions potentielles futures jusqu’à l’horizon 2100 sous le scénario SSP3-7.0 (modèle d’ensemble).

  1. SSP5-8.5
Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble).Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble).Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble).Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble).Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble).

Figure 136.23: Projection des distributions potentielles futures jusqu’à l’horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d’ensemble).

136.4 Inférence à l’échelle de la métropole

  • Croisement avec températures de surface 2019 (fournie par la métropole)
  • → conditions climatiques favorables à fine échelle
  • à peu près 7 pixels × 9 (WorldClim)

136.4.1 Distributions potentielles futures

Même chose que précédemment mais sur les rasters de Grenoble

  1. SSP1-2.6
Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).

Figure 136.24: Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu’à l’horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d’ensemble, GCM IPSL).

  1. SSP2-4.5
Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).

Figure 136.25: Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu’à l’horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d’ensemble, GCM IPSL).

  1. SSP3-7.0
Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).

Figure 136.26: Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu’à l’horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d’ensemble, GCM IPSL).

  1. SSP5-8.5
Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).

Figure 136.27: Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu’à l’horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d’ensemble, GCM IPSL).

136.4.2 Évolution temporelle

# A tibble: 17 × 8
   min         q1          median      mean        q3          max   ssp    year
   <table[1d]> <table[1d]> <table[1d]> <table[1d]> <table[1d]> <tab> <fct> <dbl>
 1  55         451         592         606.9891    772         995   0      2000
 2 224         511         666         648.9245    773         958   126    2040
 3 310         503         618         609.6703    703         943   126    2060
 4 290         516         669         644.7967    751         921   126    2080
 5 323         503         619         608.5317    699         915   126    2100
 6 205         547         679         661.6105    769         945   245    2040
 7 286         503         669         639.0463    750         920   245    2060
 8 350         467         674         629.5578    731         876   245    2080
 9 327         433         597         582.8704    701         884   245    2100
10 229         499         658         644.5605    771         969   370    2040
11 347         487         634         610.6911    703         880   370    2060
12 354         417         598         575.8230    684         876   370    2080
13 271         415         455         493.1993    565         754   370    2100
14 256         511         661         642.2780    760         932   585    2040
15 339         473         653         616.8431    719         874   585    2060
16 278         420         495         532.0340    665         798   585    2080
17 250         406         443         443.6888    476         736   585    2100
Évolution de la favorabilité climatique au cours du XXIème siècle. Le point représente la médiane sur l'étendue de la métropole (i.e. tous les pixels de la carte) ; le trait gras représente 50 % des données intermédiaires (espace inter-quartile) ; le trait fin représente le reste des données du minimum au maximum.

Figure 136.28: Évolution de la favorabilité climatique au cours du XXIème siècle. Le point représente la médiane sur l’étendue de la métropole (i.e. tous les pixels de la carte) ; le trait gras représente 50 % des données intermédiaires (espace inter-quartile) ; le trait fin représente le reste des données du minimum au maximum.