205 Fagus japonica

205.1 Données d’occurrences GBIF

Collecte des données du GBIF :

<<gbif download metadata>>
  Status: SUCCEEDED
  DOI: 10.15468/dl.ry6are
  Format: SIMPLE_CSV
  Download key: 0260826-230224095556074
  Created: 2023-05-25T10:53:13.253+00:00
  Modified: 2023-05-25T10:53:51.610+00:00
  Download link: https://api.gbif.org/v1/occurrence/download/request/0260826-230224095556074.zip
  Total records: 582

Conversion en objets géographiques (format Simple feature de sf) et exploration rapide des données (classe du jeu de données et premières lignes du tableau) :

Simple feature collection with 582 features and 50 fields
Attribute-geometry relationship: 50 constant, 0 aggregate, 0 identity
Geometry type: POINT
Dimension:     XY
Bounding box:  xmin: 4.238888 ymin: 33.315881 xmax: 140.87285 ymax: 51.198888
Geodetic CRS:  WGS 84
# A tibble: 582 × 51
      gbifID datasetKey         occurrenceID kingdom phylum class order family genus species
 *   <int64> <chr>              <chr>        <chr>   <chr>  <chr> <chr> <chr>  <chr> <chr>  
 1 736075547 86185376-f762-11e… 7ccbdbb2-f8… Plantae Trach… Magn… Faga… Fagac… Fagus Fagus …
 2 736075545 86185376-f762-11e… 7cc651c4-f8… Plantae Trach… Magn… Faga… Fagac… Fagus Fagus …
 3 729330538 81031dbc-47f2-470… urn:catalog… Plantae Trach… Magn… Faga… Fagac… Fagus Fagus …
 4 729321847 81031dbc-47f2-470… urn:catalog… Plantae Trach… Magn… Faga… Fagac… Fagus Fagus …
 5 729321501 81031dbc-47f2-470… urn:catalog… Plantae Trach… Magn… Faga… Fagac… Fagus Fagus …
 6 729320720 81031dbc-47f2-470… urn:catalog… Plantae Trach… Magn… Faga… Fagac… Fagus Fagus …
 7 729318618 81031dbc-47f2-470… urn:catalog… Plantae Trach… Magn… Faga… Fagac… Fagus Fagus …
 8 729314205 81031dbc-47f2-470… urn:catalog… Plantae Trach… Magn… Faga… Fagac… Fagus Fagus …
 9 729288392 81031dbc-47f2-470… urn:catalog… Plantae Trach… Magn… Faga… Fagac… Fagus Fagus …
10 729286564 81031dbc-47f2-470… urn:catalog… Plantae Trach… Magn… Faga… Fagac… Fagus Fagus …
# ℹ 572 more rows
# ℹ 41 more variables: infraspecificEpithet <lgl>, taxonRank <chr>, scientificName <chr>,
#   verbatimScientificName <chr>, verbatimScientificNameAuthorship <chr>,
#   countryCode <chr>, locality <chr>, stateProvince <chr>, occurrenceStatus <chr>,
#   individualCount <lgl>, publishingOrgKey <chr>, decimalLatitude <dbl>,
#   decimalLongitude <dbl>, coordinateUncertaintyInMeters <dbl>, coordinatePrecision <lgl>,
#   elevation <dbl>, elevationAccuracy <dbl>, depth <lgl>, depthAccuracy <lgl>, …

Il y a 582 occurrences dans le jeu de données. On les affiche sur la carte du monde :

Occurrences de Fagus japonica dans le monde.

Figure 205.1: Occurrences de Fagus japonica dans le monde.

205.1.1 Données par région

On évalue la proportion d’occurrences dans chaque région, en utilisant les 3 masques créés précédemment. Si on a au moins 50 % des occurrences dans une région, on peut continuer en travaillant uniquement sur ces données. Sinon, on vérifie qu’au moins 67 % des données tombent dans l’ensemble des régions, et on prend la région la plus représentée. Au final, s’il s’agit d’une espèce endémique d’Europe, on n’a pas besoin de manipulation supplémentaire.

[1] 0.003436426117
[1] 0
[1] 0.9965635739

Espèce endémique d’Asie

Occurrence de Fagus japonica dans la région d'endémisme.

Figure 205.2: Occurrence de Fagus japonica dans la région d’endémisme.

205.1.2 Licences

On s’intéresse ici au problème particulier des licences :


   CC_BY_4_0 CC_BY_NC_4_0      CC0_1_0 
         550           28            2 
[1] 95.17241379
Occurrence de Fagus japonica dans la région d'endémisme, selon la licence : CC BY-NC en bleu ; CC0 et CC BY en orange.

Figure 205.3: Occurrence de Fagus japonica dans la région d’endémisme, selon la licence : CC BY-NC en bleu ; CC0 et CC BY en orange.

Idéalement, on aimerait avoir au moins 50 % de données vraiment libres d’utilisation (c’est-à-dire sans la clause -NC). On continue en supprimant les données en CC BY-NC.

[1] 552

205.1.3 Sous-échantillonnage

Si le jeu de données contient 25 000 occurrences ou plus, on procède au sous-échantillonnage aléatoire pour en conserver un maximum de 25 000.

Moins de 25 000 occurrences : pas de sous-échantillonnage

Simple feature collection with 552 features and 50 fields
Attribute-geometry relationship: 50 constant, 0 aggregate, 0 identity
Geometry type: POINT
Dimension:     XY
Bounding box:  xmin: 130.4 ymin: 33.315881 xmax: 140.87285 ymax: 38.7983
Geodetic CRS:  WGS 84
# A tibble: 552 × 51
       gbifID datasetKey        occurrenceID kingdom phylum class order family genus species
      <int64> <chr>             <chr>        <chr>   <chr>  <chr> <chr> <chr>  <chr> <chr>  
 1  736075547 86185376-f762-11… 7ccbdbb2-f8… Plantae Trach… Magn… Faga… Fagac… Fagus Fagus …
 2  736075545 86185376-f762-11… 7cc651c4-f8… Plantae Trach… Magn… Faga… Fagac… Fagus Fagus …
 3 4109269393 2507f17c-4446-41… urn:catalog… Plantae Trach… Magn… Faga… Fagac… Fagus Fagus …
 4 4109269246 2507f17c-4446-41… urn:catalog… Plantae Trach… Magn… Faga… Fagac… Fagus Fagus …
 5 4109268725 2507f17c-4446-41… urn:catalog… Plantae Trach… Magn… Faga… Fagac… Fagus Fagus …
 6 4109267525 2507f17c-4446-41… urn:catalog… Plantae Trach… Magn… Faga… Fagac… Fagus Fagus …
 7 4109266415 2507f17c-4446-41… urn:catalog… Plantae Trach… Magn… Faga… Fagac… Fagus Fagus …
 8 4109266384 2507f17c-4446-41… urn:catalog… Plantae Trach… Magn… Faga… Fagac… Fagus Fagus …
 9 4109265564 2507f17c-4446-41… urn:catalog… Plantae Trach… Magn… Faga… Fagac… Fagus Fagus …
10 4109264762 2507f17c-4446-41… urn:catalog… Plantae Trach… Magn… Faga… Fagac… Fagus Fagus …
# ℹ 542 more rows
# ℹ 41 more variables: infraspecificEpithet <lgl>, taxonRank <chr>, scientificName <chr>,
#   verbatimScientificName <chr>, verbatimScientificNameAuthorship <chr>,
#   countryCode <chr>, locality <chr>, stateProvince <chr>, occurrenceStatus <chr>,
#   individualCount <lgl>, publishingOrgKey <chr>, decimalLatitude <dbl>,
#   decimalLongitude <dbl>, coordinateUncertaintyInMeters <dbl>, coordinatePrecision <lgl>,
#   elevation <dbl>, elevationAccuracy <dbl>, depth <lgl>, depthAccuracy <lgl>, …

205.1.4 Carte finale

On prépare la carte finale des occurrences :

Occurrence de Fagus japonica dans la région d'endémisme après sous-échantillonnage éventuel.

Figure 205.4: Occurrence de Fagus japonica dans la région d’endémisme après sous-échantillonnage éventuel.

205.2 Modélisation de la niche climatique

205.2.1 Préparer les données

Organisation des données d’entrées (occurrences et données environnementales) et des données produites de pseudo-absences :

 class       : SpatVector 
 geometry    : points 
 dimensions  : 552, 0  (geometries, attributes)
 extent      : 130.4, 140.8728, 33.31588, 38.7983  (xmin, xmax, ymin, ymax)
 coord. ref. : lon/lat WGS 84 (EPSG:4326) 

-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-= faja Data Formating -=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=

      ! Response variable is considered as only presences... Is it really what you want?
      ! No data has been set aside for modeling evaluation
 !!! Some data are located in the same raster cell. 
          Please set `filter.raster = TRUE` if you want an automatic filtering.

Checking Pseudo-absence selection arguments...

   > random pseudo absences selection
   > Pseudo absences are selected in explanatory variables
 ! Some NAs have been automatically removed from your data
 !!! Some data are located in the same raster cell. 
          Please set `filter.raster = TRUE` if you want an automatic filtering.
-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-= Done -=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=

-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-= BIOMOD.formated.data -=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=

dir.name =  Output

sp.name =  faja

     547 presences,  0 true absences and  1653 undefined points in dataset


     6 explanatory variables

 temp_max_august     temp_min       temp_wet_quart    temp_season     
 Min.   : 2.612   Min.   :-43.532   Min.   :-14.27   Min.   :  24.62  
 1st Qu.:22.696   1st Qu.:-21.534   1st Qu.: 16.22   1st Qu.: 766.93  
 Median :26.500   Median : -7.764   Median : 19.76   Median : 871.56  
 Mean   :25.485   Mean   : -9.749   Mean   : 19.02   Mean   : 947.41  
 3rd Qu.:29.479   3rd Qu.: -1.180   3rd Qu.: 23.27   3rd Qu.:1283.77  
 Max.   :39.944   Max.   : 23.610   Max.   : 34.69   Max.   :1905.21  
 prec_wet_quart    prec_season     
 Min.   :  11.0   Min.   :  9.349  
 1st Qu.: 202.8   1st Qu.: 50.615  
 Median : 428.5   Median : 73.546  
 Mean   : 471.3   Mean   : 76.884  
 3rd Qu.: 674.2   3rd Qu.:101.918  
 Max.   :3264.0   Max.   :164.647  

-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=

On visualise les pseudo-absences :

Les données d'occurrences (en haut à gauche) et les trois jeux de données aléatoires de pseudo-absences.

Figure 205.5: Les données d’occurrences (en haut à gauche) et les trois jeux de données aléatoires de pseudo-absences.

$data.vect
 class       : SpatVector 
 geometry    : points 
 dimensions  : 3844, 2  (geometries, attributes)
 extent      : 68.0625, 146.8958, 3.020833, 56.97917  (xmin, xmax, ymin, ymax)
 coord. ref. :  
 names       :  resp         dataset
 type        : <num>           <chr>
 values      :    10 Initial dataset
                  10 Initial dataset
                  10 Initial dataset

$data.label
                              9                              10 
                "**Presences**"       "Presences (calibration)" 
                             11                              12 
       "Presences (validation)"        "Presences (evaluation)" 
                             19                              20 
            "**True Absences**"   "True Absences (calibration)" 
                             21                              22 
   "True Absences (validation)"    "True Absences (evaluation)" 
                             29                              30 
          "**Pseudo-Absences**" "Pseudo-Absences (calibration)" 
                             31                               1 
 "Pseudo-Absences (validation)"                    "Background" 

$data.plot
Les données d'occurrences (en haut à gauche) et les trois jeux de données aléatoires de pseudo-absences.

Figure 205.6: Les données d’occurrences (en haut à gauche) et les trois jeux de données aléatoires de pseudo-absences.

205.2.2 Modèles individuels de niche


-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-= Build Single Models -=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=


Checking Models arguments...

Creating suitable Workdir...

            ! Weights where automatically defined for faja_PA1 to rise a 0.5 prevalence !
            ! Weights where automatically defined for faja_PA2 to rise a 0.5 prevalence !
            ! Weights where automatically defined for faja_PA3 to rise a 0.5 prevalence !


-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-= faja Modeling Summary -=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=

 6  environmental variables ( temp_max_august temp_min temp_wet_quart temp_season prec_wet_quart prec_season )
Number of evaluation repetitions : 1
Models selected : GAM MARS MAXNET GBM ANN RF 

Total number of model runs: 18 

-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=


-=-=-=- Run :  faja_PA1 


-=-=-=--=-=-=- faja_PA1_RUN1 


-=-=-=- Run :  faja_PA2 


-=-=-=--=-=-=- faja_PA2_RUN1 


-=-=-=- Run :  faja_PA3 


-=-=-=--=-=-=- faja_PA3_RUN1 

-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-= Done -=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=

205.2.2.1 Évaluation de la performance

             full.name  PA  run   algo metric.eval cutoff sensitivity
1    faja_PA1_RUN1_GAM PA1 RUN1    GAM         TSS  596.0     100.000
2    faja_PA1_RUN1_GAM PA1 RUN1    GAM         ROC  597.5     100.000
3   faja_PA1_RUN1_MARS PA1 RUN1   MARS         TSS  500.0      99.772
4   faja_PA1_RUN1_MARS PA1 RUN1   MARS         ROC  500.0      99.772
5 faja_PA1_RUN1_MAXNET PA1 RUN1 MAXNET         TSS  332.5      99.772
6 faja_PA1_RUN1_MAXNET PA1 RUN1 MAXNET         ROC  334.0      99.772
  specificity calibration validation evaluation
1      92.760       0.928      0.918         NA
2      92.760       0.964      0.958         NA
3      98.416       0.982      0.991         NA
4      98.416       0.991      0.993         NA
5      96.606       0.964      0.991         NA
6      96.606       0.992      0.996         NA
Évaluation de la performance des modèles individuels : True Skill Statistic & aire sous la courbe de ROC.

Figure 205.7: Évaluation de la performance des modèles individuels : True Skill Statistic & aire sous la courbe de ROC.

205.2.2.2 Importance des variables environnementales

          full.name  PA  run algo        expl.var rand  var.imp
1 faja_PA1_RUN1_GAM PA1 RUN1  GAM temp_max_august    1 0.048684
2 faja_PA1_RUN1_GAM PA1 RUN1  GAM        temp_min    1 0.603760
3 faja_PA1_RUN1_GAM PA1 RUN1  GAM  temp_wet_quart    1 0.327551
4 faja_PA1_RUN1_GAM PA1 RUN1  GAM     temp_season    1 0.272506
5 faja_PA1_RUN1_GAM PA1 RUN1  GAM  prec_wet_quart    1 0.249162
6 faja_PA1_RUN1_GAM PA1 RUN1  GAM     prec_season    1 0.514477
Pourcentage de variance expliquée pour chaque variable, décomposé par algorithme.

Figure 205.8: Pourcentage de variance expliquée pour chaque variable, décomposé par algorithme.

Pourcentage de variance expliquée pour chaque variable, décomposé par variable.

Figure 205.9: Pourcentage de variance expliquée pour chaque variable, décomposé par variable.

205.2.2.3 Courbes de réponses

Courbes de réponse de chaque variable climatique selon l'algorithme (en couleurs).

Figure 205.10: Courbes de réponse de chaque variable climatique selon l’algorithme (en couleurs).

205.2.3 Modèles d’ensemble de niche

Seulement modèles avec TSS > 0.8


-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-= BIOMOD.ensemble.models.out -=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=

sp.name : faja

expl.var.names : temp_max_august temp_min temp_wet_quart temp_season 
prec_wet_quart prec_season


models computed: 
faja_EMcvByTSS_mergedData_mergedRun_mergedAlgo, faja_EMwmeanByTSS_mergedData_mergedRun_mergedAlgo

models failed: none

-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=

205.2.3.1 Évaluation de la qualité

                                          full.name merged.by.PA merged.by.run
1 faja_EMwmeanByTSS_mergedData_mergedRun_mergedAlgo   mergedData     mergedRun
2 faja_EMwmeanByTSS_mergedData_mergedRun_mergedAlgo   mergedData     mergedRun
  merged.by.algo filtered.by    algo metric.eval cutoff sensitivity specificity
1     mergedAlgo         TSS EMwmean         TSS  680.5      99.634      98.911
2     mergedAlgo         TSS EMwmean         ROC  682.0      99.634      98.911
  calibration validation evaluation
1       0.985         NA         NA
2       0.999         NA         NA
Évaluation de la qualité du modèle d'ensemble : Aire sous la courbe de ROC & True Skill Statistic.

Figure 205.11: Évaluation de la qualité du modèle d’ensemble : Aire sous la courbe de ROC & True Skill Statistic.

                                       full.name merged.by.PA merged.by.run
1 faja_EMcvByTSS_mergedData_mergedRun_mergedAlgo   mergedData     mergedRun
2 faja_EMcvByTSS_mergedData_mergedRun_mergedAlgo   mergedData     mergedRun
3 faja_EMcvByTSS_mergedData_mergedRun_mergedAlgo   mergedData     mergedRun
4 faja_EMcvByTSS_mergedData_mergedRun_mergedAlgo   mergedData     mergedRun
5 faja_EMcvByTSS_mergedData_mergedRun_mergedAlgo   mergedData     mergedRun
6 faja_EMcvByTSS_mergedData_mergedRun_mergedAlgo   mergedData     mergedRun
  merged.by.algo filtered.by algo        expl.var rand  var.imp
1     mergedAlgo         TSS EMcv temp_max_august    1 0.057974
2     mergedAlgo         TSS EMcv        temp_min    1 0.427237
3     mergedAlgo         TSS EMcv  temp_wet_quart    1 0.073162
4     mergedAlgo         TSS EMcv     temp_season    1 0.280469
5     mergedAlgo         TSS EMcv  prec_wet_quart    1 0.112465
6     mergedAlgo         TSS EMcv     prec_season    1 0.230134

Par variable :

Pourcentage de variance expliquée par variable dans le modèle d'ensemble.

Figure 205.12: Pourcentage de variance expliquée par variable dans le modèle d’ensemble.

Courbes de réponse de chaque variable climatique dans le modèle d'ensemble.

Figure 205.13: Courbes de réponse de chaque variable climatique dans le modèle d’ensemble.

205.3 Projections

205.3.1 Distribution potentielle contemporaine

Contemporaine : Cartographie des observations sur couches climatiques Extraction des conditions climatiques favorables


-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-= BIOMOD.projection.out -=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=

Projection directory : Output/faja/current


sp.name : faja

expl.var.names : temp_max_august temp_min temp_wet_quart temp_season 
prec_wet_quart prec_season


modeling.id : AllModels ( Output/faja/faja.AllModels.models.out )

models.projected : 
faja_PA1_RUN1_GAM, faja_PA1_RUN1_MARS, faja_PA1_RUN1_MAXNET, faja_PA1_RUN1_GBM, faja_PA1_RUN1_ANN, faja_PA1_RUN1_RF, faja_PA2_RUN1_GAM, faja_PA2_RUN1_MARS, faja_PA2_RUN1_MAXNET, faja_PA2_RUN1_GBM, faja_PA2_RUN1_ANN, faja_PA2_RUN1_RF, faja_PA3_RUN1_GAM, faja_PA3_RUN1_MARS, faja_PA3_RUN1_MAXNET, faja_PA3_RUN1_GBM, faja_PA3_RUN1_ANN, faja_PA3_RUN1_RF

available binary projection : TSS, ROC

available filtered projection : TSS, ROC

-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=
Projection de la distribution potentielle contemporaine sur l'Europe, selon les 6 algorithmes et les 3 runs.

Figure 205.14: Projection de la distribution potentielle contemporaine sur l’Europe, selon les 6 algorithmes et les 3 runs.

Projection de la distribution potentielle contemporaine sur l'Europe, selon les 6 algorithmes et les 3 runs.

Figure 205.15: Projection de la distribution potentielle contemporaine sur l’Europe, selon les 6 algorithmes et les 3 runs.


-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-= BIOMOD.projection.out -=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=

Projection directory : Output/faja/current


sp.name : faja

expl.var.names : temp_max_august temp_min temp_wet_quart temp_season 
prec_wet_quart prec_season


modeling.id : AllModels ( Output/faja/faja.AllModels.ensemble.models.out )

models.projected : 
faja_EMcvByTSS_mergedData_mergedRun_mergedAlgo, faja_EMwmeanByTSS_mergedData_mergedRun_mergedAlgo

-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=
A) Projection de la distribution potentielle contemporaine (modèle d'ensemble) ; B) Incertitude associée à la projection.

Figure 205.16: A) Projection de la distribution potentielle contemporaine (modèle d’ensemble) ; B) Incertitude associée à la projection.

205.3.2 Interpolation à l’échelle de la métropole

  • → conditions climatiques favorables à fine échelle

On projette la niche climatique sur ce raster à fine échelle.


-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-= BIOMOD.projection.out -=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=

Projection directory : Output/faja/cont_gre


sp.name : faja

expl.var.names : temp_max_august temp_min temp_wet_quart temp_season 
prec_wet_quart prec_season


modeling.id : AllModels ( Output/faja/faja.AllModels.models.out )

models.projected : 
faja_PA1_RUN1_GAM, faja_PA1_RUN1_MARS, faja_PA1_RUN1_MAXNET, faja_PA1_RUN1_GBM, faja_PA1_RUN1_ANN, faja_PA1_RUN1_RF, faja_PA2_RUN1_GAM, faja_PA2_RUN1_MARS, faja_PA2_RUN1_MAXNET, faja_PA2_RUN1_GBM, faja_PA2_RUN1_ANN, faja_PA2_RUN1_RF, faja_PA3_RUN1_GAM, faja_PA3_RUN1_MARS, faja_PA3_RUN1_MAXNET, faja_PA3_RUN1_GBM, faja_PA3_RUN1_ANN, faja_PA3_RUN1_RF

available binary projection : TSS, ROC

available filtered projection : TSS, ROC

-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=
Projection de la distribution potentielle contemporaine sur la métropole de Grenoble, selon les 6 algorithmes et les 3 runs.

Figure 205.17: Projection de la distribution potentielle contemporaine sur la métropole de Grenoble, selon les 6 algorithmes et les 3 runs.

Projection de la distribution potentielle contemporaine sur la métropole de Grenoble, selon les 6 algorithmes et les 3 runs.

Figure 205.18: Projection de la distribution potentielle contemporaine sur la métropole de Grenoble, selon les 6 algorithmes et les 3 runs.


-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-= BIOMOD.projection.out -=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=

Projection directory : Output/faja/cont_gre


sp.name : faja

expl.var.names : temp_max_august temp_min temp_wet_quart temp_season 
prec_wet_quart prec_season


modeling.id : AllModels ( Output/faja/faja.AllModels.ensemble.models.out )

models.projected : 
faja_EMcvByTSS_mergedData_mergedRun_mergedAlgo, faja_EMwmeanByTSS_mergedData_mergedRun_mergedAlgo

-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=
A) Projection de la distribution potentielle contemporaine (modèle d'ensemble) sur la métropole de Grenoble ; B) Incertitude associée à la projection.

Figure 205.19: A) Projection de la distribution potentielle contemporaine (modèle d’ensemble) sur la métropole de Grenoble ; B) Incertitude associée à la projection.

205.3.3 Distributions potentielles futures

Futur : Projection à l’échelle de l’Europe jusqu’à l’horizon 2100

Toutes les fenêtres temporelles × scénarios pour le GCM « IPSL-CM6A-LR »

  1. SSP1-2.6
Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP1-2.6 (modèle d'ensemble).Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP1-2.6 (modèle d'ensemble).Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP1-2.6 (modèle d'ensemble).Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP1-2.6 (modèle d'ensemble).Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP1-2.6 (modèle d'ensemble).

Figure 205.20: Projection des distributions potentielles futures jusqu’à l’horizon 2100 sous le scénario SSP1-2.6 (modèle d’ensemble).

On obtient pour la métrique TSS une carte unique de moyenne pondérée sur les algorithmes et sur les jeux de pseudo-absences.

  1. SSP2-4.5
Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP2-4.5 (modèle d'ensemble).Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP2-4.5 (modèle d'ensemble).Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP2-4.5 (modèle d'ensemble).Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP2-4.5 (modèle d'ensemble).Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP2-4.5 (modèle d'ensemble).

Figure 205.21: Projection des distributions potentielles futures jusqu’à l’horizon 2100 sous le scénario SSP2-4.5 (modèle d’ensemble).

  1. SSP3-7.0
Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP3-7.0 (modèle d'ensemble).Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP3-7.0 (modèle d'ensemble).Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP3-7.0 (modèle d'ensemble).Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP3-7.0 (modèle d'ensemble).Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP3-7.0 (modèle d'ensemble).

Figure 205.22: Projection des distributions potentielles futures jusqu’à l’horizon 2100 sous le scénario SSP3-7.0 (modèle d’ensemble).

  1. SSP5-8.5
Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble).Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble).Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble).Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble).Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble).

Figure 205.23: Projection des distributions potentielles futures jusqu’à l’horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d’ensemble).

205.4 Inférence à l’échelle de la métropole

  • Croisement avec températures de surface 2019 (fournie par la métropole)
  • → conditions climatiques favorables à fine échelle
  • à peu près 7 pixels × 9 (WorldClim)

205.4.1 Distributions potentielles futures

Même chose que précédemment mais sur les rasters de Grenoble

  1. SSP1-2.6
Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).

Figure 205.24: Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu’à l’horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d’ensemble, GCM IPSL).

  1. SSP2-4.5
Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).

Figure 205.25: Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu’à l’horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d’ensemble, GCM IPSL).

  1. SSP3-7.0
Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).

Figure 205.26: Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu’à l’horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d’ensemble, GCM IPSL).

  1. SSP5-8.5
Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).

Figure 205.27: Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu’à l’horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d’ensemble, GCM IPSL).

205.4.2 Évolution temporelle

# A tibble: 17 × 8
   min         q1          median      mean        q3          max   ssp    year
   <table[1d]> <table[1d]> <table[1d]> <table[1d]> <table[1d]> <tab> <fct> <dbl>
 1 74           96         153         154.4807    192         416   0      2000
 2 77          154         183         180.5087    207         380   126    2040
 3 72          151         174         167.8250    192         354   126    2060
 4 75          178         197         203.2416    227         380   126    2080
 5 75          165         180         185.7613    210         370   126    2100
 6 89          172         194         199.1059    221         388   245    2040
 7 82          171         191         187.6805    207         381   245    2060
 8 88          171         186         198.9845    213         369   245    2080
 9 75          165         171         177.3653    197         291   245    2100
10 79          153         175         175.0707    205         379   370    2040
11 76          164         176         176.2672    194         368   370    2060
12 69          160         167         167.8386    174         275   370    2080
13 84          160         170         174.8316    179         238   370    2100
14 75          161         191         189.7959    218         379   585    2040
15 74          170         178         194.6671    213         366   585    2060
16 67          164         177         179.6644    190         271   585    2080
17 99          156         157         169.0470    172         221   585    2100
Évolution de la favorabilité climatique au cours du XXIème siècle. Le point représente la médiane sur l'étendue de la métropole (i.e. tous les pixels de la carte) ; le trait gras représente 50 % des données intermédiaires (espace inter-quartile) ; le trait fin représente le reste des données du minimum au maximum.

Figure 205.28: Évolution de la favorabilité climatique au cours du XXIème siècle. Le point représente la médiane sur l’étendue de la métropole (i.e. tous les pixels de la carte) ; le trait gras représente 50 % des données intermédiaires (espace inter-quartile) ; le trait fin représente le reste des données du minimum au maximum.