109 Acer negundo

109.1 Données d’occurrences GBIF

Collecte des données du GBIF :

<<gbif download metadata>>
  Status: SUCCEEDED
  DOI: 10.15468/dl.eqnd9g
  Format: SIMPLE_CSV
  Download key: 0252445-230224095556074
  Created: 2023-05-20T15:30:42.725+00:00
  Modified: 2023-05-20T15:32:10.102+00:00
  Download link: https://api.gbif.org/v1/occurrence/download/request/0252445-230224095556074.zip
  Total records: 65160

Conversion en objets géographiques (format Simple feature de sf) et exploration rapide des données (classe du jeu de données et premières lignes du tableau) :

Simple feature collection with 65110 features and 50 fields
Attribute-geometry relationship: 50 constant, 0 aggregate, 0 identity
Geometry type: POINT
Dimension:     XY
Bounding box:  xmin: -149.856694 ymin: -46.452565 xmax: 176.894148 ymax: 65.76289
Geodetic CRS:  WGS 84
# A tibble: 65,110 × 51
     gbifID datasetKey occurrenceID kingdom phylum class order family genus species infraspecificEpithet
 *  <int64> <chr>      <chr>        <chr>   <chr>  <chr> <chr> <chr>  <chr> <chr>   <chr>               
 1     3.e9 5f06e39d-… USFS - New … Plantae Trach… Magn… Sapi… Sapin… Acer  Acer n… ""                  
 2     3.e9 c4e1739b-… BISON:New Y… Plantae Trach… Magn… Sapi… Sapin… Acer  Acer n… ""                  
 3     3.e9 d1e9202b-… NYCstreetTr… Plantae Trach… Magn… Sapi… Sapin… Acer  Acer n… ""                  
 4     3.e9 d1e9202b-… NYCstreetTr… Plantae Trach… Magn… Sapi… Sapin… Acer  Acer n… ""                  
 5     3.e9 d1e9202b-… NYCstreetTr… Plantae Trach… Magn… Sapi… Sapin… Acer  Acer n… ""                  
 6     3.e9 d1e9202b-… NYCstreetTr… Plantae Trach… Magn… Sapi… Sapin… Acer  Acer n… ""                  
 7     3.e9 d1e9202b-… NYCstreetTr… Plantae Trach… Magn… Sapi… Sapin… Acer  Acer n… ""                  
 8     3.e9 d1e9202b-… NYCstreetTr… Plantae Trach… Magn… Sapi… Sapin… Acer  Acer n… ""                  
 9     3.e9 c4e1739b-… BISON:New Y… Plantae Trach… Magn… Sapi… Sapin… Acer  Acer n… ""                  
10     3.e9 c4e1739b-… BISON:New Y… Plantae Trach… Magn… Sapi… Sapin… Acer  Acer n… ""                  
# ℹ 65,100 more rows
# ℹ 40 more variables: taxonRank <chr>, scientificName <chr>, verbatimScientificName <chr>,
#   verbatimScientificNameAuthorship <chr>, countryCode <chr>, locality <chr>, stateProvince <chr>,
#   occurrenceStatus <chr>, individualCount <int>, publishingOrgKey <chr>, decimalLatitude <dbl>,
#   decimalLongitude <dbl>, coordinateUncertaintyInMeters <dbl>, coordinatePrecision <dbl>,
#   elevation <dbl>, elevationAccuracy <dbl>, depth <dbl>, depthAccuracy <dbl>, eventDate <dttm>,
#   day <int>, month <int>, year <int>, taxonKey <int>, speciesKey <int>, basisOfRecord <chr>, …

Il y a 65 110 occurrences dans le jeu de données. On les affiche sur la carte du monde :

Occurrences de Acer negundo dans le monde.

Figure 109.1: Occurrences de Acer negundo dans le monde.

109.1.1 Données par région

On évalue la proportion d’occurrences dans chaque région, en utilisant les 3 masques créés précédemment. Si on a au moins 50 % des occurrences dans une région, on peut continuer en travaillant uniquement sur ces données. Sinon, on vérifie qu’au moins 67 % des données tombent dans l’ensemble des régions, et on prend la région la plus représentée. Au final, s’il s’agit d’une espèce endémique d’Europe, on n’a pas besoin de manipulation supplémentaire.

[1] 0.6457533405
[1] 0.2889110736
[1] 0.0206573491

Espèce endémique d’Europe

Occurrence de Acer negundo dans la région d'endémisme.

Figure 109.2: Occurrence de Acer negundo dans la région d’endémisme.

109.1.2 Licences

On s’intéresse ici au problème particulier des licences :


                                                  CC_BY_4_0 
                                                      33311 
                                               CC_BY_NC_4_0 
                                                       6895 
                                                    CC0_1_0 
                                                       1636 
   https://creativecommons.org/licenses/by-nc/4.0/legalcode 
                                                        155 
      https://creativecommons.org/licenses/by/4.0/legalcode 
                                                         44 
https://creativecommons.org/publicdomain/zero/1.0/legalcode 
                                                          4 
[1] 83.23225116
Occurrence de Acer negundo dans la région d'endémisme, selon la licence : CC BY-NC en bleu ; CC0 et CC BY en orange.

Figure 109.3: Occurrence de Acer negundo dans la région d’endémisme, selon la licence : CC BY-NC en bleu ; CC0 et CC BY en orange.

Idéalement, on aimerait avoir au moins 50 % de données vraiment libres d’utilisation (c’est-à-dire sans la clause -NC). On continue en supprimant les données en CC BY-NC.

[1] 34995

109.1.3 Sous-échantillonnage

Si le jeu de données contient 25 000 occurrences ou plus, on procède au sous-échantillonnage aléatoire pour en conserver un maximum de 25 000.

Simple feature collection with 25000 features and 50 fields
Attribute-geometry relationship: 50 constant, 0 aggregate, 0 identity
Geometry type: POINT
Dimension:     XY
Bounding box:  xmin: -9.141639 ymin: 33.654767 xmax: 46.97979 ymax: 65.76289
Geodetic CRS:  WGS 84
# A tibble: 25,000 × 51
     gbifID datasetKey occurrenceID kingdom phylum class order family genus species infraspecificEpithet
    <int64> <chr>      <chr>        <chr>   <chr>  <chr> <chr> <chr>  <chr> <chr>   <chr>               
 1     6 e6 857aa892-… ""           Plantae Trach… Magn… Sapi… Sapin… Acer  Acer n… ""                  
 2     2 e9 dd238f50-… "4641dfd4-2… Plantae Trach… Magn… Sapi… Sapin… Acer  Acer n… ""                  
 3     3 e9 50c9509d-… "https://ww… Plantae Trach… Magn… Sapi… Sapin… Acer  Acer n… ""                  
 4     2 e9 14d5676a-… "q-10233316… Plantae Trach… Magn… Sapi… Sapin… Acer  Acer n… ""                  
 5     3.e9 9f51fefe-… "unibuc_608" Plantae Trach… Magn… Sapi… Sapin… Acer  Acer n… ""                  
 6     2 e9 14d5676a-… "q-10036532… Plantae Trach… Magn… Sapi… Sapin… Acer  Acer n… ""                  
 7     3.e9 28b85661-… "46209940"   Plantae Trach… Magn… Sapi… Sapin… Acer  Acer n… ""                  
 8     2 e9 14d5676a-… "q-10076398… Plantae Trach… Magn… Sapi… Sapin… Acer  Acer n… ""                  
 9     1 e8 857aa892-… ""           Plantae Trach… Magn… Sapi… Sapin… Acer  Acer n… ""                  
10     1 e9 75956ee6-… "http://cbn… Plantae Trach… Magn… Sapi… Sapin… Acer  Acer n… ""                  
# ℹ 24,990 more rows
# ℹ 40 more variables: taxonRank <chr>, scientificName <chr>, verbatimScientificName <chr>,
#   verbatimScientificNameAuthorship <chr>, countryCode <chr>, locality <chr>, stateProvince <chr>,
#   occurrenceStatus <chr>, individualCount <int>, publishingOrgKey <chr>, decimalLatitude <dbl>,
#   decimalLongitude <dbl>, coordinateUncertaintyInMeters <dbl>, coordinatePrecision <dbl>,
#   elevation <dbl>, elevationAccuracy <dbl>, depth <dbl>, depthAccuracy <dbl>, eventDate <dttm>,
#   day <int>, month <int>, year <int>, taxonKey <int>, speciesKey <int>, basisOfRecord <chr>, …

109.1.4 Carte finale

On prépare la carte finale des occurrences :

Occurrence de Acer negundo dans la région d'endémisme après sous-échantillonnage éventuel.

Figure 109.4: Occurrence de Acer negundo dans la région d’endémisme après sous-échantillonnage éventuel.

109.2 Modélisation de la niche climatique

109.2.1 Préparer les données

Organisation des données d’entrées (occurrences et données environnementales) et des données produites de pseudo-absences :

 class       : SpatVector 
 geometry    : points 
 dimensions  : 25000, 0  (geometries, attributes)
 extent      : -9.141639, 46.97979, 33.65477, 65.76289  (xmin, xmax, ymin, ymax)
 coord. ref. : lon/lat WGS 84 (EPSG:4326) 

-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-= acne Data Formating -=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=

      ! Response variable is considered as only presences... Is it really what you want?
      ! No data has been set aside for modeling evaluation
 !!! Some data are located in the same raster cell. 
          Please set `filter.raster = TRUE` if you want an automatic filtering.

Checking Pseudo-absence selection arguments...

   > random pseudo absences selection
   > Pseudo absences are selected in explanatory variables
 ! Some NAs have been automatically removed from your data
 !!! Some data are located in the same raster cell. 
          Please set `filter.raster = TRUE` if you want an automatic filtering.
-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-= Done -=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=

-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-= BIOMOD.formated.data -=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=

dir.name =  Output

sp.name =  acne

     24995 presences,  0 true absences and  72881 undefined points in dataset


     6 explanatory variables

 temp_max_august    temp_min       temp_wet_quart     temp_season    
 Min.   : 0.50   Min.   :-22.000   Min.   :-12.078   Min.   :   0.0  
 1st Qu.:20.85   1st Qu.: -9.112   1st Qu.:  9.507   1st Qu.: 623.0  
 Median :24.78   Median : -2.420   Median : 13.162   Median : 741.0  
 Mean   :25.35   Mean   : -4.017   Mean   : 12.632   Mean   : 762.1  
 3rd Qu.:28.38   3rd Qu.:  1.180   3rd Qu.: 16.559   3rd Qu.: 904.4  
 Max.   :45.72   Max.   : 11.700   Max.   : 25.938   Max.   :1386.3  
 prec_wet_quart  prec_season     
 Min.   :   3   Min.   :  5.698  
 1st Qu.: 175   1st Qu.: 22.315  
 Median : 213   Median : 31.260  
 Mean   : 217   Mean   : 35.264  
 3rd Qu.: 253   3rd Qu.: 39.796  
 Max.   :1248   Max.   :123.722  

-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=

On visualise les pseudo-absences :

Les données d'occurrences (en haut à gauche) et les trois jeux de données aléatoires de pseudo-absences.

Figure 109.5: Les données d’occurrences (en haut à gauche) et les trois jeux de données aléatoires de pseudo-absences.

$data.vect
 class       : SpatVector 
 geometry    : points 
 dimensions  : 174980, 2  (geometries, attributes)
 extent      : -10.4375, 46.97979, 29.02083, 70.97917  (xmin, xmax, ymin, ymax)
 coord. ref. :  
 names       :  resp         dataset
 type        : <num>           <chr>
 values      :    10 Initial dataset
                  10 Initial dataset
                  10 Initial dataset

$data.label
                              9                              10 
                "**Presences**"       "Presences (calibration)" 
                             11                              12 
       "Presences (validation)"        "Presences (evaluation)" 
                             19                              20 
            "**True Absences**"   "True Absences (calibration)" 
                             21                              22 
   "True Absences (validation)"    "True Absences (evaluation)" 
                             29                              30 
          "**Pseudo-Absences**" "Pseudo-Absences (calibration)" 
                             31                               1 
 "Pseudo-Absences (validation)"                    "Background" 

$data.plot
Les données d'occurrences (en haut à gauche) et les trois jeux de données aléatoires de pseudo-absences.

Figure 109.6: Les données d’occurrences (en haut à gauche) et les trois jeux de données aléatoires de pseudo-absences.

109.2.2 Modèles individuels de niche


-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-= Build Single Models -=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=


Checking Models arguments...

Creating suitable Workdir...

            ! Weights where automatically defined for acne_PA1 to rise a 0.5 prevalence !
            ! Weights where automatically defined for acne_PA2 to rise a 0.5 prevalence !
            ! Weights where automatically defined for acne_PA3 to rise a 0.5 prevalence !


-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-= acne Modeling Summary -=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=

 6  environmental variables ( temp_max_august temp_min temp_wet_quart temp_season prec_wet_quart prec_season )
Number of evaluation repetitions : 1
Models selected : GAM MARS MAXNET GBM ANN RF 

Total number of model runs: 18 

-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=


-=-=-=- Run :  acne_PA1 


-=-=-=--=-=-=- acne_PA1_RUN1 


-=-=-=- Run :  acne_PA2 


-=-=-=--=-=-=- acne_PA2_RUN1 


-=-=-=- Run :  acne_PA3 


-=-=-=--=-=-=- acne_PA3_RUN1 

-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-= Done -=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=

109.2.2.1 Évaluation de la performance

             full.name  PA  run   algo metric.eval cutoff sensitivity
1    acne_PA1_RUN1_GAM PA1 RUN1    GAM         TSS  677.0      85.857
2    acne_PA1_RUN1_GAM PA1 RUN1    GAM         ROC  692.5      85.432
3   acne_PA1_RUN1_MARS PA1 RUN1   MARS         TSS  619.0      85.972
4   acne_PA1_RUN1_MARS PA1 RUN1   MARS         ROC  618.5      85.972
5 acne_PA1_RUN1_MAXNET PA1 RUN1 MAXNET         TSS  450.0      84.172
6 acne_PA1_RUN1_MAXNET PA1 RUN1 MAXNET         ROC  452.5      84.052
  specificity calibration validation evaluation
1      69.375       0.552      0.553         NA
2      69.845       0.756      0.754         NA
3      89.855       0.758      0.761         NA
4      89.855       0.937      0.937         NA
5      92.260       0.765      0.771         NA
6      92.500       0.940      0.941         NA
Évaluation de la performance des modèles individuels : True Skill Statistic & aire sous la courbe de ROC.

Figure 109.7: Évaluation de la performance des modèles individuels : True Skill Statistic & aire sous la courbe de ROC.

109.2.2.2 Importance des variables environnementales

          full.name  PA  run algo        expl.var rand  var.imp
1 acne_PA1_RUN1_GAM PA1 RUN1  GAM temp_max_august    1 0.505622
2 acne_PA1_RUN1_GAM PA1 RUN1  GAM        temp_min    1 0.527931
3 acne_PA1_RUN1_GAM PA1 RUN1  GAM  temp_wet_quart    1 0.017237
4 acne_PA1_RUN1_GAM PA1 RUN1  GAM     temp_season    1 0.110253
5 acne_PA1_RUN1_GAM PA1 RUN1  GAM  prec_wet_quart    1 0.013708
6 acne_PA1_RUN1_GAM PA1 RUN1  GAM     prec_season    1 0.146538
Pourcentage de variance expliquée pour chaque variable, décomposé par algorithme.

Figure 109.8: Pourcentage de variance expliquée pour chaque variable, décomposé par algorithme.

Pourcentage de variance expliquée pour chaque variable, décomposé par variable.

Figure 109.9: Pourcentage de variance expliquée pour chaque variable, décomposé par variable.

109.2.2.3 Courbes de réponses

Courbes de réponse de chaque variable climatique selon l'algorithme (en couleurs).

Figure 109.10: Courbes de réponse de chaque variable climatique selon l’algorithme (en couleurs).

109.2.3 Modèles d’ensemble de niche

Seulement modèles avec TSS > 0.8


-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-= BIOMOD.ensemble.models.out -=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=

sp.name : acne

expl.var.names : temp_max_august temp_min temp_wet_quart temp_season 
prec_wet_quart prec_season


models computed: 
acne_EMcvByTSS_mergedData_mergedRun_mergedAlgo, acne_EMwmeanByTSS_mergedData_mergedRun_mergedAlgo

models failed: none

-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=

109.2.3.1 Évaluation de la qualité

                                          full.name merged.by.PA merged.by.run
1 acne_EMwmeanByTSS_mergedData_mergedRun_mergedAlgo   mergedData     mergedRun
2 acne_EMwmeanByTSS_mergedData_mergedRun_mergedAlgo   mergedData     mergedRun
  merged.by.algo filtered.by    algo metric.eval cutoff sensitivity specificity
1     mergedAlgo         TSS EMwmean         TSS  495.0      98.076      95.283
2     mergedAlgo         TSS EMwmean         ROC  538.5      97.283      96.090
  calibration validation evaluation
1       0.933         NA         NA
2       0.996         NA         NA
Évaluation de la qualité du modèle d'ensemble : Aire sous la courbe de ROC & True Skill Statistic.

Figure 109.11: Évaluation de la qualité du modèle d’ensemble : Aire sous la courbe de ROC & True Skill Statistic.

                                       full.name merged.by.PA merged.by.run
1 acne_EMcvByTSS_mergedData_mergedRun_mergedAlgo   mergedData     mergedRun
2 acne_EMcvByTSS_mergedData_mergedRun_mergedAlgo   mergedData     mergedRun
3 acne_EMcvByTSS_mergedData_mergedRun_mergedAlgo   mergedData     mergedRun
4 acne_EMcvByTSS_mergedData_mergedRun_mergedAlgo   mergedData     mergedRun
5 acne_EMcvByTSS_mergedData_mergedRun_mergedAlgo   mergedData     mergedRun
6 acne_EMcvByTSS_mergedData_mergedRun_mergedAlgo   mergedData     mergedRun
  merged.by.algo filtered.by algo        expl.var rand  var.imp
1     mergedAlgo         TSS EMcv temp_max_august    1 0.653690
2     mergedAlgo         TSS EMcv        temp_min    1 0.591027
3     mergedAlgo         TSS EMcv  temp_wet_quart    1 0.442967
4     mergedAlgo         TSS EMcv     temp_season    1 0.486439
5     mergedAlgo         TSS EMcv  prec_wet_quart    1 0.478125
6     mergedAlgo         TSS EMcv     prec_season    1 0.503342

Par variable :

Pourcentage de variance expliquée par variable dans le modèle d'ensemble.

Figure 109.12: Pourcentage de variance expliquée par variable dans le modèle d’ensemble.

Courbes de réponse de chaque variable climatique dans le modèle d'ensemble.

Figure 109.13: Courbes de réponse de chaque variable climatique dans le modèle d’ensemble.

109.3 Projections

109.3.1 Distribution potentielle contemporaine

Contemporaine : Cartographie des observations sur couches climatiques Extraction des conditions climatiques favorables


-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-= BIOMOD.projection.out -=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=

Projection directory : Output/acne/current


sp.name : acne

expl.var.names : temp_max_august temp_min temp_wet_quart temp_season 
prec_wet_quart prec_season


modeling.id : AllModels ( Output/acne/acne.AllModels.models.out )

models.projected : 
acne_PA1_RUN1_GAM, acne_PA1_RUN1_MARS, acne_PA1_RUN1_MAXNET, acne_PA1_RUN1_GBM, acne_PA1_RUN1_RF, acne_PA2_RUN1_GAM, acne_PA2_RUN1_MARS, acne_PA2_RUN1_MAXNET, acne_PA2_RUN1_GBM, acne_PA2_RUN1_RF, acne_PA3_RUN1_GAM, acne_PA3_RUN1_MARS, acne_PA3_RUN1_MAXNET, acne_PA3_RUN1_GBM, acne_PA3_RUN1_RF

available binary projection : TSS, ROC

available filtered projection : TSS, ROC

-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=
Projection de la distribution potentielle contemporaine sur l'Europe, selon les 6 algorithmes et les 3 runs.

Figure 109.14: Projection de la distribution potentielle contemporaine sur l’Europe, selon les 6 algorithmes et les 3 runs.

Projection de la distribution potentielle contemporaine sur l'Europe, selon les 6 algorithmes et les 3 runs.

Figure 109.15: Projection de la distribution potentielle contemporaine sur l’Europe, selon les 6 algorithmes et les 3 runs.


-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-= BIOMOD.projection.out -=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=

Projection directory : Output/acne/current


sp.name : acne

expl.var.names : temp_max_august temp_min temp_wet_quart temp_season 
prec_wet_quart prec_season


modeling.id : AllModels ( Output/acne/acne.AllModels.ensemble.models.out )

models.projected : 
acne_EMcvByTSS_mergedData_mergedRun_mergedAlgo, acne_EMwmeanByTSS_mergedData_mergedRun_mergedAlgo

-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=
A) Projection de la distribution potentielle contemporaine (modèle d'ensemble) ; B) Incertitude associée à la projection.

Figure 109.16: A) Projection de la distribution potentielle contemporaine (modèle d’ensemble) ; B) Incertitude associée à la projection.

109.3.2 Interpolation à l’échelle de la métropole

  • → conditions climatiques favorables à fine échelle

On projette la niche climatique sur ce raster à fine échelle.


-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-= BIOMOD.projection.out -=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=

Projection directory : Output/acne/cont_gre


sp.name : acne

expl.var.names : temp_max_august temp_min temp_wet_quart temp_season 
prec_wet_quart prec_season


modeling.id : AllModels ( Output/acne/acne.AllModels.models.out )

models.projected : 
acne_PA1_RUN1_GAM, acne_PA1_RUN1_MARS, acne_PA1_RUN1_MAXNET, acne_PA1_RUN1_GBM, acne_PA1_RUN1_RF, acne_PA2_RUN1_GAM, acne_PA2_RUN1_MARS, acne_PA2_RUN1_MAXNET, acne_PA2_RUN1_GBM, acne_PA2_RUN1_RF, acne_PA3_RUN1_GAM, acne_PA3_RUN1_MARS, acne_PA3_RUN1_MAXNET, acne_PA3_RUN1_GBM, acne_PA3_RUN1_RF

available binary projection : TSS, ROC

available filtered projection : TSS, ROC

-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=
Projection de la distribution potentielle contemporaine sur la métropole de Grenoble, selon les 6 algorithmes et les 3 runs.

Figure 109.17: Projection de la distribution potentielle contemporaine sur la métropole de Grenoble, selon les 6 algorithmes et les 3 runs.

Projection de la distribution potentielle contemporaine sur la métropole de Grenoble, selon les 6 algorithmes et les 3 runs.

Figure 109.18: Projection de la distribution potentielle contemporaine sur la métropole de Grenoble, selon les 6 algorithmes et les 3 runs.


-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-= BIOMOD.projection.out -=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=

Projection directory : Output/acne/cont_gre


sp.name : acne

expl.var.names : temp_max_august temp_min temp_wet_quart temp_season 
prec_wet_quart prec_season


modeling.id : AllModels ( Output/acne/acne.AllModels.ensemble.models.out )

models.projected : 
acne_EMcvByTSS_mergedData_mergedRun_mergedAlgo, acne_EMwmeanByTSS_mergedData_mergedRun_mergedAlgo

-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=
A) Projection de la distribution potentielle contemporaine (modèle d'ensemble) sur la métropole de Grenoble ; B) Incertitude associée à la projection.

Figure 109.19: A) Projection de la distribution potentielle contemporaine (modèle d’ensemble) sur la métropole de Grenoble ; B) Incertitude associée à la projection.

109.3.3 Distributions potentielles futures

Futur : Projection à l’échelle de l’Europe jusqu’à l’horizon 2100

Toutes les fenêtres temporelles × scénarios pour le GCM « IPSL-CM6A-LR »

  1. SSP1-2.6
Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP1-2.6 (modèle d'ensemble).Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP1-2.6 (modèle d'ensemble).Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP1-2.6 (modèle d'ensemble).Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP1-2.6 (modèle d'ensemble).Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP1-2.6 (modèle d'ensemble).

Figure 109.20: Projection des distributions potentielles futures jusqu’à l’horizon 2100 sous le scénario SSP1-2.6 (modèle d’ensemble).

On obtient pour la métrique TSS une carte unique de moyenne pondérée sur les algorithmes et sur les jeux de pseudo-absences.

  1. SSP2-4.5
Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP2-4.5 (modèle d'ensemble).Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP2-4.5 (modèle d'ensemble).Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP2-4.5 (modèle d'ensemble).Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP2-4.5 (modèle d'ensemble).Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP2-4.5 (modèle d'ensemble).

Figure 109.21: Projection des distributions potentielles futures jusqu’à l’horizon 2100 sous le scénario SSP2-4.5 (modèle d’ensemble).

  1. SSP3-7.0
Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP3-7.0 (modèle d'ensemble).Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP3-7.0 (modèle d'ensemble).Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP3-7.0 (modèle d'ensemble).Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP3-7.0 (modèle d'ensemble).Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP3-7.0 (modèle d'ensemble).

Figure 109.22: Projection des distributions potentielles futures jusqu’à l’horizon 2100 sous le scénario SSP3-7.0 (modèle d’ensemble).

  1. SSP5-8.5
Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble).Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble).Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble).Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble).Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble).

Figure 109.23: Projection des distributions potentielles futures jusqu’à l’horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d’ensemble).

109.4 Inférence à l’échelle de la métropole

  • Croisement avec températures de surface 2019 (fournie par la métropole)
  • → conditions climatiques favorables à fine échelle
  • à peu près 7 pixels × 9 (WorldClim)

109.4.1 Distributions potentielles futures

Même chose que précédemment mais sur les rasters de Grenoble

  1. SSP1-2.6
Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).

Figure 109.24: Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu’à l’horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d’ensemble, GCM IPSL).

  1. SSP2-4.5
Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).

Figure 109.25: Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu’à l’horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d’ensemble, GCM IPSL).

  1. SSP3-7.0
Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).

Figure 109.26: Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu’à l’horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d’ensemble, GCM IPSL).

  1. SSP5-8.5
Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).

Figure 109.27: Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu’à l’horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d’ensemble, GCM IPSL).

109.4.2 Évolution temporelle

# A tibble: 17 × 8
   min         q1          median      mean        q3          max   ssp    year
   <table[1d]> <table[1d]> <table[1d]> <table[1d]> <table[1d]> <tab> <fct> <dbl>
 1  11         283         451         468.8171    617         996   0      2000
 2 199         478         545         554.6902    635         998   126    2040
 3 233         423         498         509.8746    601         902   126    2060
 4 226         449         518         522.6792    607         847   126    2080
 5 202         394         495         497.8620    595         846   126    2100
 6 185         480         540         549.2323    621         976   245    2040
 7 227         432         508         515.0855    607         870   245    2060
 8 208         467         533         527.3674    612         839   245    2080
 9 177         435         479         483.0162    588         790   245    2100
10 233         460         539         555.0427    640         983   370    2040
11 203         413         491         497.8928    596         854   370    2060
12 193         435         498         503.5707    595         815   370    2080
13 159         367         476         443.7756    502         701   370    2100
14 208         445         519         524.4391    611         921   585    2040
15 207         452         487         495.0238    583         785   585    2060
16 161         445         487         474.1913    541         721   585    2080
17 139         413         486         448.6627    514         677   585    2100
Évolution de la favorabilité climatique au cours du XXIème siècle. Le point représente la médiane sur l'étendue de la métropole (i.e. tous les pixels de la carte) ; le trait gras représente 50 % des données intermédiaires (espace inter-quartile) ; le trait fin représente le reste des données du minimum au maximum.

Figure 109.28: Évolution de la favorabilité climatique au cours du XXIème siècle. Le point représente la médiane sur l’étendue de la métropole (i.e. tous les pixels de la carte) ; le trait gras représente 50 % des données intermédiaires (espace inter-quartile) ; le trait fin représente le reste des données du minimum au maximum.