178 Sambucus nigra

178.1 Données d’occurrences GBIF

Collecte des données du GBIF :

<<gbif download metadata>>
  Status: SUCCEEDED
  DOI: 10.15468/dl.83rr2b
  Format: SIMPLE_CSV
  Download key: 0260091-230224095556074
  Created: 2023-05-24T19:39:20.246+00:00
  Modified: 2023-05-24T19:47:18.546+00:00
  Download link: https://api.gbif.org/v1/occurrence/download/request/0260091-230224095556074.zip
  Total records: 472477

Conversion en objets géographiques (format Simple feature de sf) et exploration rapide des données (classe du jeu de données et premières lignes du tableau) :

Simple feature collection with 472477 features and 50 fields
Attribute-geometry relationship: 50 constant, 0 aggregate, 0 identity
Geometry type: POINT
Dimension:     XY
Bounding box:  xmin: -176.555461 ymin: -53.789352 xmax: 178.043992 ymax: 68.801573
Geodetic CRS:  WGS 84
# A tibble: 472,477 × 51
     gbifID datasetKey occurrenceID kingdom phylum class order family genus species infraspecificEpithet
 *  <int64> <chr>      <chr>        <chr>   <chr>  <chr> <chr> <chr>  <chr> <chr>   <chr>               
 1      2e8 8354ecee-… 204435848    Plantae Trach… Magn… Dips… Vibur… Samb… Sambuc… ""                  
 2      2e8 8354ecee-… 204435816    Plantae Trach… Magn… Dips… Vibur… Samb… Sambuc… ""                  
 3      8e8 837381f4-… EMMA:EMMA:1… Plantae Trach… Magn… Dips… Vibur… Samb… Sambuc… ""                  
 4      2e9 83fdfd3d-… INFOFLORA-T… Plantae Trach… Magn… Dips… Vibur… Samb… Sambuc… ""                  
 5      2e9 83fdfd3d-… INFOFLORA-T… Plantae Trach… Magn… Dips… Vibur… Samb… Sambuc… ""                  
 6      2e9 83fdfd3d-… INFOFLORA-T… Plantae Trach… Magn… Dips… Vibur… Samb… Sambuc… ""                  
 7      2e9 83fdfd3d-… INFOFLORA-T… Plantae Trach… Magn… Dips… Vibur… Samb… Sambuc… ""                  
 8      2e9 83fdfd3d-… INFOFLORA-T… Plantae Trach… Magn… Dips… Vibur… Samb… Sambuc… ""                  
 9      2e9 83fdfd3d-… INFOFLORA-T… Plantae Trach… Magn… Dips… Vibur… Samb… Sambuc… ""                  
10      2e9 83fdfd3d-… INFOFLORA-T… Plantae Trach… Magn… Dips… Vibur… Samb… Sambuc… ""                  
# ℹ 472,467 more rows
# ℹ 40 more variables: taxonRank <chr>, scientificName <chr>, verbatimScientificName <chr>,
#   verbatimScientificNameAuthorship <chr>, countryCode <chr>, locality <chr>, stateProvince <chr>,
#   occurrenceStatus <chr>, individualCount <int>, publishingOrgKey <chr>, decimalLatitude <dbl>,
#   decimalLongitude <dbl>, coordinateUncertaintyInMeters <dbl>, coordinatePrecision <dbl>,
#   elevation <dbl>, elevationAccuracy <dbl>, depth <dbl>, depthAccuracy <dbl>, eventDate <dttm>,
#   day <int>, month <int>, year <int>, taxonKey <int>, speciesKey <int>, basisOfRecord <chr>, …

Il y a 472 477 occurrences dans le jeu de données. On les affiche sur la carte du monde :

Occurrences de Sambucus nigra dans le monde.

Figure 178.1: Occurrences de Sambucus nigra dans le monde.

178.1.1 Données par région

On évalue la proportion d’occurrences dans chaque région, en utilisant les 3 masques créés précédemment. Si on a au moins 50 % des occurrences dans une région, on peut continuer en travaillant uniquement sur ces données. Sinon, on vérifie qu’au moins 67 % des données tombent dans l’ensemble des régions, et on prend la région la plus représentée. Au final, s’il s’agit d’une espèce endémique d’Europe, on n’a pas besoin de manipulation supplémentaire.

[1] 0.9939150477
[1] 0.0005354758009
[1] 2.53980617e-05

Espèce endémique d’Europe

Occurrence de Sambucus nigra dans la région d'endémisme.

Figure 178.2: Occurrence de Sambucus nigra dans la région d’endémisme.

178.1.2 Licences

On s’intéresse ici au problème particulier des licences :


   CC_BY_4_0 CC_BY_NC_4_0      CC0_1_0 
      308941       119646        41015 
[1] 74.52182912
Occurrence de Sambucus nigra dans la région d'endémisme, selon la licence : CC BY-NC en bleu ; CC0 et CC BY en orange.

Figure 178.3: Occurrence de Sambucus nigra dans la région d’endémisme, selon la licence : CC BY-NC en bleu ; CC0 et CC BY en orange.

Idéalement, on aimerait avoir au moins 50 % de données vraiment libres d’utilisation (c’est-à-dire sans la clause -NC). On continue en supprimant les données en CC BY-NC.

[1] 349956

178.1.3 Sous-échantillonnage

Si le jeu de données contient 25 000 occurrences ou plus, on procède au sous-échantillonnage aléatoire pour en conserver un maximum de 25 000.

Simple feature collection with 25000 features and 50 fields
Attribute-geometry relationship: 50 constant, 0 aggregate, 0 identity
Geometry type: POINT
Dimension:     XY
Bounding box:  xmin: -9.836616 ymin: 33.822299 xmax: 41.736448 ymax: 65.3879
Geodetic CRS:  WGS 84
# A tibble: 25,000 × 51
     gbifID datasetKey occurrenceID kingdom phylum class order family genus species infraspecificEpithet
    <int64> <chr>      <chr>        <chr>   <chr>  <chr> <chr> <chr>  <chr> <chr>   <chr>               
 1     2 e9 dd238f50-… "39ba1e57-4… Plantae Trach… Magn… Dips… Vibur… Samb… Sambuc… ""                  
 2     4 e9 017f23ba-… "53888c8e-b… Plantae Trach… Magn… Dips… Vibur… Samb… Sambuc… ""                  
 3     1.e9 8ea4250e-… "http://id.… Plantae Trach… Magn… Dips… Vibur… Samb… Sambuc… ""                  
 4     2 e9 14d5676a-… "q-10100898… Plantae Trach… Magn… Dips… Vibur… Samb… Sambuc… ""                  
 5     2 e9 130eea59-… "304CEA6D-2… Plantae Trach… Magn… Dips… Vibur… Samb… Sambuc… ""                  
 6     2 e9 67fabcac-… "12718094"   Plantae Trach… Magn… Dips… Vibur… Samb… Sambuc… ""                  
 7     1 e9 bfc6fe18-… "Natuurpunt… Plantae Trach… Magn… Dips… Vibur… Samb… Sambuc… ""                  
 8     8 e8 271c444f-… "INBO:FLORA… Plantae Trach… Magn… Dips… Vibur… Samb… Sambuc… ""                  
 9     3.e9 f11a63fa-… "dffd56ed-f… Plantae Trach… Magn… Dips… Vibur… Samb… Sambuc… ""                  
10     2 e7 857aa892-… ""           Plantae Trach… Magn… Dips… Vibur… Samb… Sambuc… ""                  
# ℹ 24,990 more rows
# ℹ 40 more variables: taxonRank <chr>, scientificName <chr>, verbatimScientificName <chr>,
#   verbatimScientificNameAuthorship <chr>, countryCode <chr>, locality <chr>, stateProvince <chr>,
#   occurrenceStatus <chr>, individualCount <int>, publishingOrgKey <chr>, decimalLatitude <dbl>,
#   decimalLongitude <dbl>, coordinateUncertaintyInMeters <dbl>, coordinatePrecision <dbl>,
#   elevation <dbl>, elevationAccuracy <dbl>, depth <dbl>, depthAccuracy <dbl>, eventDate <dttm>,
#   day <int>, month <int>, year <int>, taxonKey <int>, speciesKey <int>, basisOfRecord <chr>, …

178.1.4 Carte finale

On prépare la carte finale des occurrences :

Occurrence de Sambucus nigra dans la région d'endémisme après sous-échantillonnage éventuel.

Figure 178.4: Occurrence de Sambucus nigra dans la région d’endémisme après sous-échantillonnage éventuel.

178.2 Modélisation de la niche climatique

178.2.1 Préparer les données

Organisation des données d’entrées (occurrences et données environnementales) et des données produites de pseudo-absences :

 class       : SpatVector 
 geometry    : points 
 dimensions  : 25000, 0  (geometries, attributes)
 extent      : -9.836616, 41.73645, 33.8223, 65.3879  (xmin, xmax, ymin, ymax)
 coord. ref. : lon/lat WGS 84 (EPSG:4326) 

-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-= sani Data Formating -=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=

      ! Response variable is considered as only presences... Is it really what you want?
      ! No data has been set aside for modeling evaluation
 !!! Some data are located in the same raster cell. 
          Please set `filter.raster = TRUE` if you want an automatic filtering.

Checking Pseudo-absence selection arguments...

   > random pseudo absences selection
   > Pseudo absences are selected in explanatory variables
 ! Some NAs have been automatically removed from your data
 !!! Some data are located in the same raster cell. 
          Please set `filter.raster = TRUE` if you want an automatic filtering.
-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-= Done -=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=

-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-= BIOMOD.formated.data -=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=

dir.name =  Output

sp.name =  sani

     24971 presences,  0 true absences and  72903 undefined points in dataset


     6 explanatory variables

 temp_max_august    temp_min       temp_wet_quart    temp_season    
 Min.   : 0.50   Min.   :-21.932   Min.   :-12.27   Min.   :   0.0  
 1st Qu.:20.40   1st Qu.: -8.736   1st Qu.:  8.47   1st Qu.: 599.4  
 Median :23.34   Median : -2.938   Median : 12.86   Median : 721.1  
 Mean   :24.79   Mean   : -4.061   Mean   : 12.23   Mean   : 750.2  
 3rd Qu.:27.94   3rd Qu.:  0.920   3rd Qu.: 16.21   3rd Qu.: 897.2  
 Max.   :45.72   Max.   : 11.948   Max.   : 25.94   Max.   :1369.0  
 prec_wet_quart    prec_season     
 Min.   :   3.0   Min.   :  4.779  
 1st Qu.: 176.0   1st Qu.: 20.795  
 Median : 216.0   Median : 30.530  
 Mean   : 218.3   Mean   : 34.525  
 3rd Qu.: 251.0   3rd Qu.: 39.238  
 Max.   :1240.0   Max.   :123.648  

-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=

On visualise les pseudo-absences :

Les données d'occurrences (en haut à gauche) et les trois jeux de données aléatoires de pseudo-absences.

Figure 178.5: Les données d’occurrences (en haut à gauche) et les trois jeux de données aléatoires de pseudo-absences.

$data.vect
 class       : SpatVector 
 geometry    : points 
 dimensions  : 174884, 2  (geometries, attributes)
 extent      : -10.35417, 46.97917, 29.02083, 70.97917  (xmin, xmax, ymin, ymax)
 coord. ref. :  
 names       :  resp         dataset
 type        : <num>           <chr>
 values      :    10 Initial dataset
                  10 Initial dataset
                  10 Initial dataset

$data.label
                              9                              10 
                "**Presences**"       "Presences (calibration)" 
                             11                              12 
       "Presences (validation)"        "Presences (evaluation)" 
                             19                              20 
            "**True Absences**"   "True Absences (calibration)" 
                             21                              22 
   "True Absences (validation)"    "True Absences (evaluation)" 
                             29                              30 
          "**Pseudo-Absences**" "Pseudo-Absences (calibration)" 
                             31                               1 
 "Pseudo-Absences (validation)"                    "Background" 

$data.plot
Les données d'occurrences (en haut à gauche) et les trois jeux de données aléatoires de pseudo-absences.

Figure 178.6: Les données d’occurrences (en haut à gauche) et les trois jeux de données aléatoires de pseudo-absences.

178.2.2 Modèles individuels de niche


-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-= Build Single Models -=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=


Checking Models arguments...

Creating suitable Workdir...

            ! Weights where automatically defined for sani_PA1 to rise a 0.5 prevalence !
            ! Weights where automatically defined for sani_PA2 to rise a 0.5 prevalence !
            ! Weights where automatically defined for sani_PA3 to rise a 0.5 prevalence !


-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-= sani Modeling Summary -=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=

 6  environmental variables ( temp_max_august temp_min temp_wet_quart temp_season prec_wet_quart prec_season )
Number of evaluation repetitions : 1
Models selected : GAM MARS MAXNET GBM ANN RF 

Total number of model runs: 18 

-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=


-=-=-=- Run :  sani_PA1 


-=-=-=--=-=-=- sani_PA1_RUN1 


-=-=-=- Run :  sani_PA2 


-=-=-=--=-=-=- sani_PA2_RUN1 


-=-=-=- Run :  sani_PA3 


-=-=-=--=-=-=- sani_PA3_RUN1 

-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-= Done -=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=

178.2.2.1 Évaluation de la performance

             full.name  PA  run   algo metric.eval cutoff sensitivity
1    sani_PA1_RUN1_GAM PA1 RUN1    GAM         TSS  747.0      94.854
2    sani_PA1_RUN1_GAM PA1 RUN1    GAM         ROC  746.5      94.854
3   sani_PA1_RUN1_MARS PA1 RUN1   MARS         TSS  553.0      95.795
4   sani_PA1_RUN1_MARS PA1 RUN1   MARS         ROC  558.5      95.730
5 sani_PA1_RUN1_MAXNET PA1 RUN1 MAXNET         TSS  388.0      95.400
6 sani_PA1_RUN1_MAXNET PA1 RUN1 MAXNET         ROC  389.5      95.330
  specificity calibration validation evaluation
1      69.455       0.643      0.636         NA
2      69.455       0.805      0.806         NA
3      87.675       0.835      0.836         NA
4      87.780       0.953      0.952         NA
5      87.600       0.830      0.836         NA
6      87.675       0.952      0.952         NA
Évaluation de la performance des modèles individuels : True Skill Statistic & aire sous la courbe de ROC.

Figure 178.7: Évaluation de la performance des modèles individuels : True Skill Statistic & aire sous la courbe de ROC.

178.2.2.2 Importance des variables environnementales

          full.name  PA  run algo        expl.var rand  var.imp
1 sani_PA1_RUN1_GAM PA1 RUN1  GAM temp_max_august    1 0.220682
2 sani_PA1_RUN1_GAM PA1 RUN1  GAM        temp_min    1 0.162206
3 sani_PA1_RUN1_GAM PA1 RUN1  GAM  temp_wet_quart    1 0.014617
4 sani_PA1_RUN1_GAM PA1 RUN1  GAM     temp_season    1 0.544413
5 sani_PA1_RUN1_GAM PA1 RUN1  GAM  prec_wet_quart    1 0.015298
6 sani_PA1_RUN1_GAM PA1 RUN1  GAM     prec_season    1 0.029741
Pourcentage de variance expliquée pour chaque variable, décomposé par algorithme.

Figure 178.8: Pourcentage de variance expliquée pour chaque variable, décomposé par algorithme.

Pourcentage de variance expliquée pour chaque variable, décomposé par variable.

Figure 178.9: Pourcentage de variance expliquée pour chaque variable, décomposé par variable.

178.2.2.3 Courbes de réponses

Courbes de réponse de chaque variable climatique selon l'algorithme (en couleurs).

Figure 178.10: Courbes de réponse de chaque variable climatique selon l’algorithme (en couleurs).

178.2.3 Modèles d’ensemble de niche

Seulement modèles avec TSS > 0.8


-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-= BIOMOD.ensemble.models.out -=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=

sp.name : sani

expl.var.names : temp_max_august temp_min temp_wet_quart temp_season 
prec_wet_quart prec_season


models computed: 
sani_EMcvByTSS_mergedData_mergedRun_mergedAlgo, sani_EMwmeanByTSS_mergedData_mergedRun_mergedAlgo

models failed: none

-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=

178.2.3.1 Évaluation de la qualité

                                          full.name merged.by.PA merged.by.run
1 sani_EMwmeanByTSS_mergedData_mergedRun_mergedAlgo   mergedData     mergedRun
2 sani_EMwmeanByTSS_mergedData_mergedRun_mergedAlgo   mergedData     mergedRun
  merged.by.algo filtered.by    algo metric.eval cutoff sensitivity specificity
1     mergedAlgo         TSS EMwmean         TSS  598.0      95.535      91.154
2     mergedAlgo         TSS EMwmean         ROC  603.5      95.427      91.266
  calibration validation evaluation
1       0.867         NA         NA
2       0.984         NA         NA
Évaluation de la qualité du modèle d'ensemble : Aire sous la courbe de ROC & True Skill Statistic.

Figure 178.11: Évaluation de la qualité du modèle d’ensemble : Aire sous la courbe de ROC & True Skill Statistic.

                                       full.name merged.by.PA merged.by.run
1 sani_EMcvByTSS_mergedData_mergedRun_mergedAlgo   mergedData     mergedRun
2 sani_EMcvByTSS_mergedData_mergedRun_mergedAlgo   mergedData     mergedRun
3 sani_EMcvByTSS_mergedData_mergedRun_mergedAlgo   mergedData     mergedRun
4 sani_EMcvByTSS_mergedData_mergedRun_mergedAlgo   mergedData     mergedRun
5 sani_EMcvByTSS_mergedData_mergedRun_mergedAlgo   mergedData     mergedRun
6 sani_EMcvByTSS_mergedData_mergedRun_mergedAlgo   mergedData     mergedRun
  merged.by.algo filtered.by algo        expl.var rand  var.imp
1     mergedAlgo         TSS EMcv temp_max_august    1 0.168634
2     mergedAlgo         TSS EMcv        temp_min    1 0.185261
3     mergedAlgo         TSS EMcv  temp_wet_quart    1 0.034841
4     mergedAlgo         TSS EMcv     temp_season    1 0.250084
5     mergedAlgo         TSS EMcv  prec_wet_quart    1 0.055292
6     mergedAlgo         TSS EMcv     prec_season    1 0.156976

Par variable :

Pourcentage de variance expliquée par variable dans le modèle d'ensemble.

Figure 178.12: Pourcentage de variance expliquée par variable dans le modèle d’ensemble.

Courbes de réponse de chaque variable climatique dans le modèle d'ensemble.

Figure 178.13: Courbes de réponse de chaque variable climatique dans le modèle d’ensemble.

178.3 Projections

178.3.1 Distribution potentielle contemporaine

Contemporaine : Cartographie des observations sur couches climatiques Extraction des conditions climatiques favorables


-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-= BIOMOD.projection.out -=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=

Projection directory : Output/sani/current


sp.name : sani

expl.var.names : temp_max_august temp_min temp_wet_quart temp_season 
prec_wet_quart prec_season


modeling.id : AllModels ( Output/sani/sani.AllModels.models.out )

models.projected : 
sani_PA1_RUN1_GAM, sani_PA1_RUN1_MARS, sani_PA1_RUN1_MAXNET, sani_PA1_RUN1_GBM, sani_PA1_RUN1_ANN, sani_PA1_RUN1_RF, sani_PA2_RUN1_GAM, sani_PA2_RUN1_MARS, sani_PA2_RUN1_MAXNET, sani_PA2_RUN1_GBM, sani_PA2_RUN1_ANN, sani_PA2_RUN1_RF, sani_PA3_RUN1_GAM, sani_PA3_RUN1_MARS, sani_PA3_RUN1_MAXNET, sani_PA3_RUN1_GBM, sani_PA3_RUN1_ANN, sani_PA3_RUN1_RF

available binary projection : TSS, ROC

available filtered projection : TSS, ROC

-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=
Projection de la distribution potentielle contemporaine sur l'Europe, selon les 6 algorithmes et les 3 runs.

Figure 178.14: Projection de la distribution potentielle contemporaine sur l’Europe, selon les 6 algorithmes et les 3 runs.

Projection de la distribution potentielle contemporaine sur l'Europe, selon les 6 algorithmes et les 3 runs.

Figure 178.15: Projection de la distribution potentielle contemporaine sur l’Europe, selon les 6 algorithmes et les 3 runs.


-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-= BIOMOD.projection.out -=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=

Projection directory : Output/sani/current


sp.name : sani

expl.var.names : temp_max_august temp_min temp_wet_quart temp_season 
prec_wet_quart prec_season


modeling.id : AllModels ( Output/sani/sani.AllModels.ensemble.models.out )

models.projected : 
sani_EMcvByTSS_mergedData_mergedRun_mergedAlgo, sani_EMwmeanByTSS_mergedData_mergedRun_mergedAlgo

-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=
A) Projection de la distribution potentielle contemporaine (modèle d'ensemble) ; B) Incertitude associée à la projection.

Figure 178.16: A) Projection de la distribution potentielle contemporaine (modèle d’ensemble) ; B) Incertitude associée à la projection.

178.3.2 Interpolation à l’échelle de la métropole

  • → conditions climatiques favorables à fine échelle

On projette la niche climatique sur ce raster à fine échelle.


-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-= BIOMOD.projection.out -=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=

Projection directory : Output/sani/cont_gre


sp.name : sani

expl.var.names : temp_max_august temp_min temp_wet_quart temp_season 
prec_wet_quart prec_season


modeling.id : AllModels ( Output/sani/sani.AllModels.models.out )

models.projected : 
sani_PA1_RUN1_GAM, sani_PA1_RUN1_MARS, sani_PA1_RUN1_MAXNET, sani_PA1_RUN1_GBM, sani_PA1_RUN1_ANN, sani_PA1_RUN1_RF, sani_PA2_RUN1_GAM, sani_PA2_RUN1_MARS, sani_PA2_RUN1_MAXNET, sani_PA2_RUN1_GBM, sani_PA2_RUN1_ANN, sani_PA2_RUN1_RF, sani_PA3_RUN1_GAM, sani_PA3_RUN1_MARS, sani_PA3_RUN1_MAXNET, sani_PA3_RUN1_GBM, sani_PA3_RUN1_ANN, sani_PA3_RUN1_RF

available binary projection : TSS, ROC

available filtered projection : TSS, ROC

-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=
Projection de la distribution potentielle contemporaine sur la métropole de Grenoble, selon les 6 algorithmes et les 3 runs.

Figure 178.17: Projection de la distribution potentielle contemporaine sur la métropole de Grenoble, selon les 6 algorithmes et les 3 runs.

Projection de la distribution potentielle contemporaine sur la métropole de Grenoble, selon les 6 algorithmes et les 3 runs.

Figure 178.18: Projection de la distribution potentielle contemporaine sur la métropole de Grenoble, selon les 6 algorithmes et les 3 runs.


-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-= BIOMOD.projection.out -=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=

Projection directory : Output/sani/cont_gre


sp.name : sani

expl.var.names : temp_max_august temp_min temp_wet_quart temp_season 
prec_wet_quart prec_season


modeling.id : AllModels ( Output/sani/sani.AllModels.ensemble.models.out )

models.projected : 
sani_EMcvByTSS_mergedData_mergedRun_mergedAlgo, sani_EMwmeanByTSS_mergedData_mergedRun_mergedAlgo

-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=
A) Projection de la distribution potentielle contemporaine (modèle d'ensemble) sur la métropole de Grenoble ; B) Incertitude associée à la projection.

Figure 178.19: A) Projection de la distribution potentielle contemporaine (modèle d’ensemble) sur la métropole de Grenoble ; B) Incertitude associée à la projection.

178.3.3 Distributions potentielles futures

Futur : Projection à l’échelle de l’Europe jusqu’à l’horizon 2100

Toutes les fenêtres temporelles × scénarios pour le GCM « IPSL-CM6A-LR »

  1. SSP1-2.6
Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP1-2.6 (modèle d'ensemble).Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP1-2.6 (modèle d'ensemble).Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP1-2.6 (modèle d'ensemble).Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP1-2.6 (modèle d'ensemble).Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP1-2.6 (modèle d'ensemble).

Figure 178.20: Projection des distributions potentielles futures jusqu’à l’horizon 2100 sous le scénario SSP1-2.6 (modèle d’ensemble).

On obtient pour la métrique TSS une carte unique de moyenne pondérée sur les algorithmes et sur les jeux de pseudo-absences.

  1. SSP2-4.5
Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP2-4.5 (modèle d'ensemble).Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP2-4.5 (modèle d'ensemble).Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP2-4.5 (modèle d'ensemble).Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP2-4.5 (modèle d'ensemble).Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP2-4.5 (modèle d'ensemble).

Figure 178.21: Projection des distributions potentielles futures jusqu’à l’horizon 2100 sous le scénario SSP2-4.5 (modèle d’ensemble).

  1. SSP3-7.0
Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP3-7.0 (modèle d'ensemble).Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP3-7.0 (modèle d'ensemble).Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP3-7.0 (modèle d'ensemble).Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP3-7.0 (modèle d'ensemble).Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP3-7.0 (modèle d'ensemble).

Figure 178.22: Projection des distributions potentielles futures jusqu’à l’horizon 2100 sous le scénario SSP3-7.0 (modèle d’ensemble).

  1. SSP5-8.5
Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble).Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble).Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble).Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble).Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble).

Figure 178.23: Projection des distributions potentielles futures jusqu’à l’horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d’ensemble).

178.4 Inférence à l’échelle de la métropole

  • Croisement avec températures de surface 2019 (fournie par la métropole)
  • → conditions climatiques favorables à fine échelle
  • à peu près 7 pixels × 9 (WorldClim)

178.4.1 Distributions potentielles futures

Même chose que précédemment mais sur les rasters de Grenoble

  1. SSP1-2.6
Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).

Figure 178.24: Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu’à l’horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d’ensemble, GCM IPSL).

  1. SSP2-4.5
Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).

Figure 178.25: Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu’à l’horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d’ensemble, GCM IPSL).

  1. SSP3-7.0
Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).

Figure 178.26: Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu’à l’horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d’ensemble, GCM IPSL).

  1. SSP5-8.5
Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).

Figure 178.27: Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu’à l’horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d’ensemble, GCM IPSL).

178.4.2 Évolution temporelle

# A tibble: 17 × 8
   min         q1          median      mean        q3          max   ssp    year
   <table[1d]> <table[1d]> <table[1d]> <table[1d]> <table[1d]> <tab> <fct> <dbl>
 1 199         550         791         697.2606    810         850   0      2000
 2 139         437         694         601.7217    769         844   126    2040
 3 123         388         630         552.5348    723         835   126    2060
 4 134         397         629         554.5183    725         825   126    2080
 5 151         421         646         566.4908    730         822   126    2100
 6 137         434         689         597.5724    775         843   245    2040
 7 121         346         555         508.4841    690         799   245    2060
 8 118         313         502         487.3568    659         802   245    2080
 9 116         249         446         428.3437    579         727   245    2100
10 110         407         665         579.5654    761         842   370    2040
11 121         365         578         520.8925    696         811   370    2060
12 117         235         421         402.1713    534         735   370    2080
13  73         158         219         212.4505    261         478   370    2100
14 132         414         669         577.7598    744         828   585    2040
15 116         319         502         482.5842    656         773   585    2060
16  85         167         260         248.2289    317         559   585    2080
17  62         109         141         138.8088    164         248   585    2100
Évolution de la favorabilité climatique au cours du XXIème siècle. Le point représente la médiane sur l'étendue de la métropole (i.e. tous les pixels de la carte) ; le trait gras représente 50 % des données intermédiaires (espace inter-quartile) ; le trait fin représente le reste des données du minimum au maximum.

Figure 178.28: Évolution de la favorabilité climatique au cours du XXIème siècle. Le point représente la médiane sur l’étendue de la métropole (i.e. tous les pixels de la carte) ; le trait gras représente 50 % des données intermédiaires (espace inter-quartile) ; le trait fin représente le reste des données du minimum au maximum.