59 Ailanthus altissima

59.1 Données d’occurrences GBIF

Collecte des données du GBIF :

<<gbif download metadata>>
  Status: SUCCEEDED
  DOI: 10.15468/dl.58hyd9
  Format: SIMPLE_CSV
  Download key: 0252081-230224095556074
  Created: 2023-05-20T11:13:08.943+00:00
  Modified: 2023-05-20T11:15:32.617+00:00
  Download link: https://api.gbif.org/v1/occurrence/download/request/0252081-230224095556074.zip
  Total records: 75948

Conversion en objets géographiques (format Simple feature de sf) et exploration rapide des données (classe du jeu de données et premières lignes du tableau) :

Simple feature collection with 71528 features and 50 fields
Attribute-geometry relationship: 50 constant, 0 aggregate, 0 identity
Geometry type: POINT
Dimension:     XY
Bounding box:  xmin: -159.663 ymin: -43.645819 xmax: 176.908005 ymax: 63.434
Geodetic CRS:  WGS 84
# A tibble: 71,528 × 51
     gbifID datasetKey occurrenceID kingdom phylum class order family genus species infraspecificEpithet
 *  <int64> <chr>      <chr>        <chr>   <chr>  <chr> <chr> <chr>  <chr> <chr>   <chr>               
 1     3.e9 c4e1739b-… BISON:New Y… Plantae Trach… Magn… Sapi… Simar… Aila… Ailant… ""                  
 2     3.e9 c4e1739b-… BISON:New Y… Plantae Trach… Magn… Sapi… Simar… Aila… Ailant… ""                  
 3     3.e9 c4e1739b-… BISON:New Y… Plantae Trach… Magn… Sapi… Simar… Aila… Ailant… ""                  
 4     3.e9 c4e1739b-… BISON:New Y… Plantae Trach… Magn… Sapi… Simar… Aila… Ailant… ""                  
 5     3.e9 5f06e39d-… USFS - New … Plantae Trach… Magn… Sapi… Simar… Aila… Ailant… ""                  
 6     3.e9 d1e9202b-… NYCstreetTr… Plantae Trach… Magn… Sapi… Simar… Aila… Ailant… ""                  
 7     3.e9 d1e9202b-… NYCstreetTr… Plantae Trach… Magn… Sapi… Simar… Aila… Ailant… ""                  
 8     3.e9 c4e1739b-… BISON:New Y… Plantae Trach… Magn… Sapi… Simar… Aila… Ailant… ""                  
 9     3.e9 5f06e39d-… USFS - New … Plantae Trach… Magn… Sapi… Simar… Aila… Ailant… ""                  
10     3.e9 c4e1739b-… BISON:New Y… Plantae Trach… Magn… Sapi… Simar… Aila… Ailant… ""                  
# ℹ 71,518 more rows
# ℹ 40 more variables: taxonRank <chr>, scientificName <chr>, verbatimScientificName <chr>,
#   verbatimScientificNameAuthorship <chr>, countryCode <chr>, locality <chr>, stateProvince <chr>,
#   occurrenceStatus <chr>, individualCount <int>, publishingOrgKey <chr>, decimalLatitude <dbl>,
#   decimalLongitude <dbl>, coordinateUncertaintyInMeters <dbl>, coordinatePrecision <dbl>,
#   elevation <dbl>, elevationAccuracy <dbl>, depth <dbl>, depthAccuracy <dbl>, eventDate <dttm>,
#   day <int>, month <int>, year <int>, taxonKey <int>, speciesKey <int>, basisOfRecord <chr>, …

Il y a 71 528 occurrences dans le jeu de données. On les affiche sur la carte du monde :

Occurrences de Ailanthus altissima dans le monde.

Figure 59.1: Occurrences de Ailanthus altissima dans le monde.

59.1.1 Données par région

On évalue la proportion d’occurrences dans chaque région, en utilisant les 3 masques créés précédemment. Si on a au moins 50 % des occurrences dans une région, on peut continuer en travaillant uniquement sur ces données. Sinon, on vérifie qu’au moins 67 % des données tombent dans l’ensemble des régions, et on prend la région la plus représentée. Au final, s’il s’agit d’une espèce endémique d’Europe, on n’a pas besoin de manipulation supplémentaire.

[1] 0.7866989151
[1] 0.1914914439
[1] 0.006864444693

Espèce endémique d’Europe

Occurrence de Ailanthus altissima dans la région d'endémisme.

Figure 59.2: Occurrence de Ailanthus altissima dans la région d’endémisme.

59.1.2 Licences

On s’intéresse ici au problème particulier des licences :


                                                  CC_BY_4_0 
                                                      46721 
                                               CC_BY_NC_4_0 
                                                       7166 
                                                    CC0_1_0 
                                                       1676 
   https://creativecommons.org/licenses/by-nc/4.0/legalcode 
                                                        210 
      https://creativecommons.org/licenses/by/4.0/legalcode 
                                                        489 
https://creativecommons.org/publicdomain/zero/1.0/legalcode 
                                                          9 
[1] 86.89200476
Occurrence de Ailanthus altissima dans la région d'endémisme, selon la licence : CC BY-NC en bleu ; CC0 et CC BY en orange.

Figure 59.3: Occurrence de Ailanthus altissima dans la région d’endémisme, selon la licence : CC BY-NC en bleu ; CC0 et CC BY en orange.

Idéalement, on aimerait avoir au moins 50 % de données vraiment libres d’utilisation (c’est-à-dire sans la clause -NC). On continue en supprimant les données en CC BY-NC.

[1] 48895

59.1.3 Sous-échantillonnage

Si le jeu de données contient 25 000 occurrences ou plus, on procède au sous-échantillonnage aléatoire pour en conserver un maximum de 25 000.

Simple feature collection with 25000 features and 50 fields
Attribute-geometry relationship: 50 constant, 0 aggregate, 0 identity
Geometry type: POINT
Dimension:     XY
Bounding box:  xmin: -9.339229 ymin: 31.200001 xmax: 46.39583 ymax: 57.7048
Geodetic CRS:  WGS 84
# A tibble: 25,000 × 51
     gbifID datasetKey occurrenceID kingdom phylum class order family genus species infraspecificEpithet
    <int64> <chr>      <chr>        <chr>   <chr>  <chr> <chr> <chr>  <chr> <chr>   <chr>               
 1     6 e6 857aa892-… ""           Plantae Trach… Magn… Sapi… Simar… Aila… Ailant… ""                  
 2     2 e9 83fdfd3d-… "INFOFLORA-… Plantae Trach… Magn… Sapi… Simar… Aila… Ailant… ""                  
 3     2 e8 857aa892-… ""           Plantae Trach… Magn… Sapi… Simar… Aila… Ailant… ""                  
 4     2 e9 a814f323-… "THU0000300… Plantae Trach… Magn… Sapi… Simar… Aila… Ailant… ""                  
 5     1.e9 f0c74a2c-… ""           Plantae Trach… Magn… Sapi… Simar… Aila… Ailant… ""                  
 6     3.e9 9f8368e2-… "2b9409e8-3… Plantae Trach… Magn… Sapi… Simar… Aila… Ailant… ""                  
 7     2 e9 83fdfd3d-… "INFOFLORA-… Plantae Trach… Magn… Sapi… Simar… Aila… Ailant… ""                  
 8     2 e9 14d5676a-… "q-10225228… Plantae Trach… Magn… Sapi… Simar… Aila… Ailant… ""                  
 9     1.e9 f0c74a2c-… ""           Plantae Trach… Magn… Sapi… Simar… Aila… Ailant… ""                  
10     2 e9 83fdfd3d-… "INFOFLORA-… Plantae Trach… Magn… Sapi… Simar… Aila… Ailant… ""                  
# ℹ 24,990 more rows
# ℹ 40 more variables: taxonRank <chr>, scientificName <chr>, verbatimScientificName <chr>,
#   verbatimScientificNameAuthorship <chr>, countryCode <chr>, locality <chr>, stateProvince <chr>,
#   occurrenceStatus <chr>, individualCount <int>, publishingOrgKey <chr>, decimalLatitude <dbl>,
#   decimalLongitude <dbl>, coordinateUncertaintyInMeters <dbl>, coordinatePrecision <dbl>,
#   elevation <dbl>, elevationAccuracy <dbl>, depth <dbl>, depthAccuracy <dbl>, eventDate <dttm>,
#   day <int>, month <int>, year <int>, taxonKey <int>, speciesKey <int>, basisOfRecord <chr>, …

59.1.4 Carte finale

On prépare la carte finale des occurrences :

Occurrence de Ailanthus altissima dans la région d'endémisme après sous-échantillonnage éventuel.

Figure 59.4: Occurrence de Ailanthus altissima dans la région d’endémisme après sous-échantillonnage éventuel.

59.2 Modélisation de la niche climatique

59.2.1 Préparer les données

Organisation des données d’entrées (occurrences et données environnementales) et des données produites de pseudo-absences :

 class       : SpatVector 
 geometry    : points 
 dimensions  : 25000, 0  (geometries, attributes)
 extent      : -9.339229, 46.39583, 31.2, 57.7048  (xmin, xmax, ymin, ymax)
 coord. ref. : lon/lat WGS 84 (EPSG:4326) 

-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-= aial Data Formating -=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=

      ! Response variable is considered as only presences... Is it really what you want?
      ! No data has been set aside for modeling evaluation
 !!! Some data are located in the same raster cell. 
          Please set `filter.raster = TRUE` if you want an automatic filtering.

Checking Pseudo-absence selection arguments...

   > random pseudo absences selection
   > Pseudo absences are selected in explanatory variables
 ! Some NAs have been automatically removed from your data
 !!! Some data are located in the same raster cell. 
          Please set `filter.raster = TRUE` if you want an automatic filtering.
-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-= Done -=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=

-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-= BIOMOD.formated.data -=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=

dir.name =  Output

sp.name =  aial

     24954 presences,  0 true absences and  72903 undefined points in dataset


     6 explanatory variables

 temp_max_august     temp_min       temp_wet_quart     temp_season    
 Min.   : 2.656   Min.   :-22.048   Min.   :-11.199   Min.   : 198.9  
 1st Qu.:20.880   1st Qu.: -8.692   1st Qu.:  9.825   1st Qu.: 631.6  
 Median :24.400   Median : -2.592   Median : 13.428   Median : 726.1  
 Mean   :25.317   Mean   : -3.902   Mean   : 12.792   Mean   : 757.6  
 3rd Qu.:28.456   3rd Qu.:  1.356   3rd Qu.: 16.700   3rd Qu.: 896.3  
 Max.   :45.976   Max.   : 11.592   Max.   : 26.126   Max.   :1383.7  
 prec_wet_quart    prec_season     
 Min.   :   3.0   Min.   :  6.331  
 1st Qu.: 176.0   1st Qu.: 23.603  
 Median : 218.0   Median : 31.528  
 Mean   : 229.1   Mean   : 36.068  
 3rd Qu.: 274.0   3rd Qu.: 41.020  
 Max.   :1240.0   Max.   :123.066  

-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=

On visualise les pseudo-absences :

Les données d'occurrences (en haut à gauche) et les trois jeux de données aléatoires de pseudo-absences.

Figure 59.5: Les données d’occurrences (en haut à gauche) et les trois jeux de données aléatoires de pseudo-absences.

$data.vect
 class       : SpatVector 
 geometry    : points 
 dimensions  : 174816, 2  (geometries, attributes)
 extent      : -10.39583, 46.97917, 29.02083, 70.97917  (xmin, xmax, ymin, ymax)
 coord. ref. :  
 names       :  resp         dataset
 type        : <num>           <chr>
 values      :    10 Initial dataset
                  10 Initial dataset
                  10 Initial dataset

$data.label
                              9                              10 
                "**Presences**"       "Presences (calibration)" 
                             11                              12 
       "Presences (validation)"        "Presences (evaluation)" 
                             19                              20 
            "**True Absences**"   "True Absences (calibration)" 
                             21                              22 
   "True Absences (validation)"    "True Absences (evaluation)" 
                             29                              30 
          "**Pseudo-Absences**" "Pseudo-Absences (calibration)" 
                             31                               1 
 "Pseudo-Absences (validation)"                    "Background" 

$data.plot
Les données d'occurrences (en haut à gauche) et les trois jeux de données aléatoires de pseudo-absences.

Figure 59.6: Les données d’occurrences (en haut à gauche) et les trois jeux de données aléatoires de pseudo-absences.

59.2.2 Modèles individuels de niche


-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-= Build Single Models -=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=


Checking Models arguments...

Creating suitable Workdir...

            ! Weights where automatically defined for aial_PA1 to rise a 0.5 prevalence !
            ! Weights where automatically defined for aial_PA2 to rise a 0.5 prevalence !
            ! Weights where automatically defined for aial_PA3 to rise a 0.5 prevalence !


-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-= aial Modeling Summary -=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=

 6  environmental variables ( temp_max_august temp_min temp_wet_quart temp_season prec_wet_quart prec_season )
Number of evaluation repetitions : 1
Models selected : GAM MARS MAXNET GBM ANN RF 

Total number of model runs: 18 

-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=


-=-=-=- Run :  aial_PA1 


-=-=-=--=-=-=- aial_PA1_RUN1 


-=-=-=- Run :  aial_PA2 


-=-=-=--=-=-=- aial_PA2_RUN1 


-=-=-=- Run :  aial_PA3 


-=-=-=--=-=-=- aial_PA3_RUN1 

-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-= Done -=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=

59.2.2.1 Évaluation de la performance

             full.name  PA  run   algo metric.eval cutoff sensitivity
1    aial_PA1_RUN1_GAM PA1 RUN1    GAM         TSS  707.0      92.201
2    aial_PA1_RUN1_GAM PA1 RUN1    GAM         ROC  701.5      92.376
3   aial_PA1_RUN1_MARS PA1 RUN1   MARS         TSS  463.0      93.443
4   aial_PA1_RUN1_MARS PA1 RUN1   MARS         ROC  461.5      93.513
5 aial_PA1_RUN1_MAXNET PA1 RUN1 MAXNET         TSS  401.0      90.553
6 aial_PA1_RUN1_MAXNET PA1 RUN1 MAXNET         ROC  406.5      90.182
  specificity calibration validation evaluation
1      61.965       0.542      0.545         NA
2      61.840       0.693      0.695         NA
3      86.085       0.795      0.800         NA
4      86.065       0.955      0.956         NA
5      88.695       0.793      0.792         NA
6      89.210       0.956      0.956         NA
Évaluation de la performance des modèles individuels : True Skill Statistic & aire sous la courbe de ROC.

Figure 59.7: Évaluation de la performance des modèles individuels : True Skill Statistic & aire sous la courbe de ROC.

59.2.2.2 Importance des variables environnementales

          full.name  PA  run algo        expl.var rand  var.imp
1 aial_PA1_RUN1_GAM PA1 RUN1  GAM temp_max_august    1 0.397749
2 aial_PA1_RUN1_GAM PA1 RUN1  GAM        temp_min    1 0.116558
3 aial_PA1_RUN1_GAM PA1 RUN1  GAM  temp_wet_quart    1 0.008025
4 aial_PA1_RUN1_GAM PA1 RUN1  GAM     temp_season    1 0.326212
5 aial_PA1_RUN1_GAM PA1 RUN1  GAM  prec_wet_quart    1 0.044455
6 aial_PA1_RUN1_GAM PA1 RUN1  GAM     prec_season    1 0.044135
Pourcentage de variance expliquée pour chaque variable, décomposé par algorithme.

Figure 59.8: Pourcentage de variance expliquée pour chaque variable, décomposé par algorithme.

Pourcentage de variance expliquée pour chaque variable, décomposé par variable.

Figure 59.9: Pourcentage de variance expliquée pour chaque variable, décomposé par variable.

59.2.2.3 Courbes de réponses

Courbes de réponse de chaque variable climatique selon l'algorithme (en couleurs).

Figure 59.10: Courbes de réponse de chaque variable climatique selon l’algorithme (en couleurs).

59.2.3 Modèles d’ensemble de niche

Seulement modèles avec TSS > 0.8


-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-= BIOMOD.ensemble.models.out -=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=

sp.name : aial

expl.var.names : temp_max_august temp_min temp_wet_quart temp_season 
prec_wet_quart prec_season


models computed: 
aial_EMcvByTSS_mergedData_mergedRun_mergedAlgo, aial_EMwmeanByTSS_mergedData_mergedRun_mergedAlgo

models failed: none

-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=

59.2.3.1 Évaluation de la qualité

                                          full.name merged.by.PA merged.by.run
1 aial_EMwmeanByTSS_mergedData_mergedRun_mergedAlgo   mergedData     mergedRun
2 aial_EMwmeanByTSS_mergedData_mergedRun_mergedAlgo   mergedData     mergedRun
  merged.by.algo filtered.by    algo metric.eval cutoff sensitivity specificity
1     mergedAlgo         TSS EMwmean         TSS  544.0      95.724      93.563
2     mergedAlgo         TSS EMwmean         ROC  544.5      95.708      93.581
  calibration validation evaluation
1       0.893         NA         NA
2       0.992         NA         NA
Évaluation de la qualité du modèle d'ensemble : Aire sous la courbe de ROC & True Skill Statistic.

Figure 59.11: Évaluation de la qualité du modèle d’ensemble : Aire sous la courbe de ROC & True Skill Statistic.

                                       full.name merged.by.PA merged.by.run
1 aial_EMcvByTSS_mergedData_mergedRun_mergedAlgo   mergedData     mergedRun
2 aial_EMcvByTSS_mergedData_mergedRun_mergedAlgo   mergedData     mergedRun
3 aial_EMcvByTSS_mergedData_mergedRun_mergedAlgo   mergedData     mergedRun
4 aial_EMcvByTSS_mergedData_mergedRun_mergedAlgo   mergedData     mergedRun
5 aial_EMcvByTSS_mergedData_mergedRun_mergedAlgo   mergedData     mergedRun
6 aial_EMcvByTSS_mergedData_mergedRun_mergedAlgo   mergedData     mergedRun
  merged.by.algo filtered.by algo        expl.var rand  var.imp
1     mergedAlgo         TSS EMcv temp_max_august    1 0.313527
2     mergedAlgo         TSS EMcv        temp_min    1 0.485783
3     mergedAlgo         TSS EMcv  temp_wet_quart    1 0.123899
4     mergedAlgo         TSS EMcv     temp_season    1 0.283876
5     mergedAlgo         TSS EMcv  prec_wet_quart    1 0.182421
6     mergedAlgo         TSS EMcv     prec_season    1 0.180887

Par variable :

Pourcentage de variance expliquée par variable dans le modèle d'ensemble.

Figure 59.12: Pourcentage de variance expliquée par variable dans le modèle d’ensemble.

Courbes de réponse de chaque variable climatique dans le modèle d'ensemble.

Figure 59.13: Courbes de réponse de chaque variable climatique dans le modèle d’ensemble.

59.3 Projections

59.3.1 Distribution potentielle contemporaine

Contemporaine : Cartographie des observations sur couches climatiques Extraction des conditions climatiques favorables


-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-= BIOMOD.projection.out -=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=

Projection directory : Output/aial/current


sp.name : aial

expl.var.names : temp_max_august temp_min temp_wet_quart temp_season 
prec_wet_quart prec_season


modeling.id : AllModels ( Output/aial/aial.AllModels.models.out )

models.projected : 
aial_PA1_RUN1_GAM, aial_PA1_RUN1_MARS, aial_PA1_RUN1_MAXNET, aial_PA1_RUN1_GBM, aial_PA1_RUN1_RF, aial_PA2_RUN1_GAM, aial_PA2_RUN1_MARS, aial_PA2_RUN1_MAXNET, aial_PA2_RUN1_GBM, aial_PA2_RUN1_RF, aial_PA3_RUN1_GAM, aial_PA3_RUN1_MARS, aial_PA3_RUN1_MAXNET, aial_PA3_RUN1_GBM, aial_PA3_RUN1_RF

available binary projection : TSS, ROC

available filtered projection : TSS, ROC

-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=
Projection de la distribution potentielle contemporaine sur l'Europe, selon les 6 algorithmes et les 3 runs.

Figure 59.14: Projection de la distribution potentielle contemporaine sur l’Europe, selon les 6 algorithmes et les 3 runs.

Projection de la distribution potentielle contemporaine sur l'Europe, selon les 6 algorithmes et les 3 runs.

Figure 59.15: Projection de la distribution potentielle contemporaine sur l’Europe, selon les 6 algorithmes et les 3 runs.


-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-= BIOMOD.projection.out -=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=

Projection directory : Output/aial/current


sp.name : aial

expl.var.names : temp_max_august temp_min temp_wet_quart temp_season 
prec_wet_quart prec_season


modeling.id : AllModels ( Output/aial/aial.AllModels.ensemble.models.out )

models.projected : 
aial_EMcvByTSS_mergedData_mergedRun_mergedAlgo, aial_EMwmeanByTSS_mergedData_mergedRun_mergedAlgo

-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=
A) Projection de la distribution potentielle contemporaine (modèle d'ensemble) ; B) Incertitude associée à la projection.

Figure 59.16: A) Projection de la distribution potentielle contemporaine (modèle d’ensemble) ; B) Incertitude associée à la projection.

59.3.2 Interpolation à l’échelle de la métropole

  • → conditions climatiques favorables à fine échelle

On projette la niche climatique sur ce raster à fine échelle.


-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-= BIOMOD.projection.out -=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=

Projection directory : Output/aial/cont_gre


sp.name : aial

expl.var.names : temp_max_august temp_min temp_wet_quart temp_season 
prec_wet_quart prec_season


modeling.id : AllModels ( Output/aial/aial.AllModels.models.out )

models.projected : 
aial_PA1_RUN1_GAM, aial_PA1_RUN1_MARS, aial_PA1_RUN1_MAXNET, aial_PA1_RUN1_GBM, aial_PA1_RUN1_RF, aial_PA2_RUN1_GAM, aial_PA2_RUN1_MARS, aial_PA2_RUN1_MAXNET, aial_PA2_RUN1_GBM, aial_PA2_RUN1_RF, aial_PA3_RUN1_GAM, aial_PA3_RUN1_MARS, aial_PA3_RUN1_MAXNET, aial_PA3_RUN1_GBM, aial_PA3_RUN1_RF

available binary projection : TSS, ROC

available filtered projection : TSS, ROC

-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=
Projection de la distribution potentielle contemporaine sur la métropole de Grenoble, selon les 6 algorithmes et les 3 runs.

Figure 59.17: Projection de la distribution potentielle contemporaine sur la métropole de Grenoble, selon les 6 algorithmes et les 3 runs.

Projection de la distribution potentielle contemporaine sur la métropole de Grenoble, selon les 6 algorithmes et les 3 runs.

Figure 59.18: Projection de la distribution potentielle contemporaine sur la métropole de Grenoble, selon les 6 algorithmes et les 3 runs.


-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-= BIOMOD.projection.out -=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=

Projection directory : Output/aial/cont_gre


sp.name : aial

expl.var.names : temp_max_august temp_min temp_wet_quart temp_season 
prec_wet_quart prec_season


modeling.id : AllModels ( Output/aial/aial.AllModels.ensemble.models.out )

models.projected : 
aial_EMcvByTSS_mergedData_mergedRun_mergedAlgo, aial_EMwmeanByTSS_mergedData_mergedRun_mergedAlgo

-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=
A) Projection de la distribution potentielle contemporaine (modèle d'ensemble) sur la métropole de Grenoble ; B) Incertitude associée à la projection.

Figure 59.19: A) Projection de la distribution potentielle contemporaine (modèle d’ensemble) sur la métropole de Grenoble ; B) Incertitude associée à la projection.

59.3.3 Distributions potentielles futures

Futur : Projection à l’échelle de l’Europe jusqu’à l’horizon 2100

Toutes les fenêtres temporelles × scénarios pour le GCM « IPSL-CM6A-LR »

  1. SSP1-2.6
Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP1-2.6 (modèle d'ensemble).Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP1-2.6 (modèle d'ensemble).Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP1-2.6 (modèle d'ensemble).Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP1-2.6 (modèle d'ensemble).Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP1-2.6 (modèle d'ensemble).

Figure 59.20: Projection des distributions potentielles futures jusqu’à l’horizon 2100 sous le scénario SSP1-2.6 (modèle d’ensemble).

On obtient pour la métrique TSS une carte unique de moyenne pondérée sur les algorithmes et sur les jeux de pseudo-absences.

  1. SSP2-4.5
Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP2-4.5 (modèle d'ensemble).Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP2-4.5 (modèle d'ensemble).Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP2-4.5 (modèle d'ensemble).Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP2-4.5 (modèle d'ensemble).Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP2-4.5 (modèle d'ensemble).

Figure 59.21: Projection des distributions potentielles futures jusqu’à l’horizon 2100 sous le scénario SSP2-4.5 (modèle d’ensemble).

  1. SSP3-7.0
Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP3-7.0 (modèle d'ensemble).Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP3-7.0 (modèle d'ensemble).Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP3-7.0 (modèle d'ensemble).Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP3-7.0 (modèle d'ensemble).Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP3-7.0 (modèle d'ensemble).

Figure 59.22: Projection des distributions potentielles futures jusqu’à l’horizon 2100 sous le scénario SSP3-7.0 (modèle d’ensemble).

  1. SSP5-8.5
Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble).Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble).Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble).Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble).Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble).

Figure 59.23: Projection des distributions potentielles futures jusqu’à l’horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d’ensemble).

59.4 Inférence à l’échelle de la métropole

  • Croisement avec températures de surface 2019 (fournie par la métropole)
  • → conditions climatiques favorables à fine échelle
  • à peu près 7 pixels × 9 (WorldClim)

59.4.1 Distributions potentielles futures

Même chose que précédemment mais sur les rasters de Grenoble

  1. SSP1-2.6
Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).

Figure 59.24: Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu’à l’horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d’ensemble, GCM IPSL).

  1. SSP2-4.5
Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).

Figure 59.25: Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu’à l’horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d’ensemble, GCM IPSL).

  1. SSP3-7.0
Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).

Figure 59.26: Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu’à l’horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d’ensemble, GCM IPSL).

  1. SSP5-8.5
Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).

Figure 59.27: Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu’à l’horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d’ensemble, GCM IPSL).

59.4.2 Évolution temporelle

# A tibble: 17 × 8
   min         q1          median      mean        q3          max   ssp    year
   <table[1d]> <table[1d]> <table[1d]> <table[1d]> <table[1d]> <tab> <fct> <dbl>
 1 169         508         637         646.0094    825         952   0      2000
 2 233         572         715         687.5229    844         947   126    2040
 3 311         547         641         641.4319    785         931   126    2060
 4 325         570         712         675.3822    821         916   126    2080
 5 322         563         693         658.7849    783         912   126    2100
 6 315         590         779         705.2919    846         939   245    2040
 7 320         515         624         624.6620    789         924   245    2060
 8 317         493         639         634.9687    798         900   245    2080
 9 304         417         610         578.0127    722         850   245    2100
10 217         547         634         654.2970    832         948   370    2040
11 320         535         626         624.8508    775         906   370    2060
12 297         384         600         558.4163    696         842   370    2080
13 270         316         416         436.2547    541         658   370    2100
14 245         573         708         682.4967    836         936   585    2040
15 317         471         624         614.2609    774         889   585    2060
16 239         325         496         470.0868    593         677   585    2080
17 195         290         328         335.9069    374         604   585    2100
Évolution de la favorabilité climatique au cours du XXIème siècle. Le point représente la médiane sur l'étendue de la métropole (i.e. tous les pixels de la carte) ; le trait gras représente 50 % des données intermédiaires (espace inter-quartile) ; le trait fin représente le reste des données du minimum au maximum.

Figure 59.28: Évolution de la favorabilité climatique au cours du XXIème siècle. Le point représente la médiane sur l’étendue de la métropole (i.e. tous les pixels de la carte) ; le trait gras représente 50 % des données intermédiaires (espace inter-quartile) ; le trait fin représente le reste des données du minimum au maximum.