252 Juglans nigra

252.1 Données d’occurrences GBIF

Collecte des données du GBIF :

<<gbif download metadata>>
  Status: SUCCEEDED
  DOI: 10.15468/dl.y33x4y
  Format: SIMPLE_CSV
  Download key: 0013696-230828120925497
  Created: 2023-09-11T22:45:58.527+00:00
  Modified: 2023-09-11T22:46:58.008+00:00
  Download link: https://api.gbif.org/v1/occurrence/download/request/0013696-230828120925497.zip
  Total records: 10407

Conversion en objets géographiques (format Simple feature de sf) et exploration rapide des données (classe du jeu de données et premières lignes du tableau) :

Simple feature collection with 10143 features and 50 fields
Attribute-geometry relationships: constant (50)
Geometry type: POINT
Dimension:     XY
Bounding box:  xmin: -123.589156 ymin: -45.86351 xmax: 176.055433 ymax: 63.434
Geodetic CRS:  WGS 84
# A tibble: 10,143 × 51
     gbifID datasetKey occurrenceID kingdom phylum class order family genus species infraspecificEpithet
 *  <int64> <chr>      <chr>        <chr>   <chr>  <chr> <chr> <chr>  <chr> <chr>   <lgl>               
 1     3.e9 d1e9202b-… NYCstreetTr… Plantae Trach… Magn… Faga… Jugla… Jugl… Juglan… NA                  
 2     3.e9 d1e9202b-… NYCstreetTr… Plantae Trach… Magn… Faga… Jugla… Jugl… Juglan… NA                  
 3     3.e9 d1e9202b-… NYCstreetTr… Plantae Trach… Magn… Faga… Jugla… Jugl… Juglan… NA                  
 4     3.e9 d1e9202b-… NYCstreetTr… Plantae Trach… Magn… Faga… Jugla… Jugl… Juglan… NA                  
 5     3.e9 d1e9202b-… NYCstreetTr… Plantae Trach… Magn… Faga… Jugla… Jugl… Juglan… NA                  
 6     3.e9 d1e9202b-… NYCstreetTr… Plantae Trach… Magn… Faga… Jugla… Jugl… Juglan… NA                  
 7     3.e9 d1e9202b-… NYCstreetTr… Plantae Trach… Magn… Faga… Jugla… Jugl… Juglan… NA                  
 8     3.e9 d1e9202b-… NYCstreetTr… Plantae Trach… Magn… Faga… Jugla… Jugl… Juglan… NA                  
 9     3.e9 d1e9202b-… NYCstreetTr… Plantae Trach… Magn… Faga… Jugla… Jugl… Juglan… NA                  
10     3.e9 d1e9202b-… NYCstreetTr… Plantae Trach… Magn… Faga… Jugla… Jugl… Juglan… NA                  
# ℹ 10,133 more rows
# ℹ 40 more variables: taxonRank <chr>, scientificName <chr>, verbatimScientificName <chr>,
#   verbatimScientificNameAuthorship <chr>, countryCode <chr>, locality <chr>, stateProvince <chr>,
#   occurrenceStatus <chr>, individualCount <int>, publishingOrgKey <chr>, decimalLatitude <dbl>,
#   decimalLongitude <dbl>, coordinateUncertaintyInMeters <dbl>, coordinatePrecision <dbl>,
#   elevation <dbl>, elevationAccuracy <dbl>, depth <lgl>, depthAccuracy <lgl>, eventDate <dttm>,
#   day <int>, month <int>, year <int>, taxonKey <int>, speciesKey <int>, basisOfRecord <chr>, …

Il y a 10 143 occurrences dans le jeu de données. On les affiche sur la carte du monde :

Occurrences de Juglans nigra dans le monde.

Figure 252.1: Occurrences de Juglans nigra dans le monde.

252.1.1 Données par région

On évalue la proportion d’occurrences dans chaque région, en utilisant les 3 masques créés précédemment. Si on a au moins 50 % des occurrences dans une région, on peut continuer en travaillant uniquement sur ces données. Sinon, on vérifie qu’au moins 67 % des données tombent dans l’ensemble des régions, et on prend la région la plus représentée. Au final, s’il s’agit d’une espèce endémique d’Europe, on n’a pas besoin de manipulation supplémentaire.

[1] 0.2167011732
[1] 0.7804397121
[1] 9.85901607e-05

Espèce endémique d’Amérique du Nord

Occurrence de Juglans nigra dans la région d'endémisme.

Figure 252.2: Occurrence de Juglans nigra dans la région d’endémisme.

252.1.2 Licences

On s’intéresse ici au problème particulier des licences :


   CC_BY_4_0 CC_BY_NC_4_0      CC0_1_0 
        1572         5578          766 
[1] 29.53511875
Occurrence de Juglans nigra dans la région d'endémisme, selon la licence : CC BY-NC en bleu ; CC0 et CC BY en orange.

Figure 252.3: Occurrence de Juglans nigra dans la région d’endémisme, selon la licence : CC BY-NC en bleu ; CC0 et CC BY en orange.

Idéalement, on aimerait avoir au moins 50 % de données vraiment libres d’utilisation (c’est-à-dire sans la clause -NC). On continue en supprimant les données en CC BY-NC.

Moins de 50 % de données librement utilisables

[1] 2338

252.1.3 Sous-échantillonnage

Si le jeu de données contient 25 000 occurrences ou plus, on procède au sous-échantillonnage aléatoire pour en conserver un maximum de 25 000.

Moins de 25 000 occurrences : pas de sous-échantillonnage

Simple feature collection with 2338 features and 50 fields
Attribute-geometry relationships: constant (50)
Geometry type: POINT
Dimension:     XY
Bounding box:  xmin: -123.353333 ymin: 25.658212 xmax: -70.146369 ymax: 49.237392
Geodetic CRS:  WGS 84
# A tibble: 2,338 × 51
     gbifID datasetKey occurrenceID kingdom phylum class order family genus species infraspecificEpithet
    <int64> <chr>      <chr>        <chr>   <chr>  <chr> <chr> <chr>  <chr> <chr>   <lgl>               
 1     3.e9 d1e9202b-… NYCstreetTr… Plantae Trach… Magn… Faga… Jugla… Jugl… Juglan… NA                  
 2     3.e9 d1e9202b-… NYCstreetTr… Plantae Trach… Magn… Faga… Jugla… Jugl… Juglan… NA                  
 3     3.e9 d1e9202b-… NYCstreetTr… Plantae Trach… Magn… Faga… Jugla… Jugl… Juglan… NA                  
 4     3.e9 d1e9202b-… NYCstreetTr… Plantae Trach… Magn… Faga… Jugla… Jugl… Juglan… NA                  
 5     3.e9 d1e9202b-… NYCstreetTr… Plantae Trach… Magn… Faga… Jugla… Jugl… Juglan… NA                  
 6     3.e9 d1e9202b-… NYCstreetTr… Plantae Trach… Magn… Faga… Jugla… Jugl… Juglan… NA                  
 7     3.e9 d1e9202b-… NYCstreetTr… Plantae Trach… Magn… Faga… Jugla… Jugl… Juglan… NA                  
 8     3.e9 d1e9202b-… NYCstreetTr… Plantae Trach… Magn… Faga… Jugla… Jugl… Juglan… NA                  
 9     3.e9 d1e9202b-… NYCstreetTr… Plantae Trach… Magn… Faga… Jugla… Jugl… Juglan… NA                  
10     3.e9 d1e9202b-… NYCstreetTr… Plantae Trach… Magn… Faga… Jugla… Jugl… Juglan… NA                  
# ℹ 2,328 more rows
# ℹ 40 more variables: taxonRank <chr>, scientificName <chr>, verbatimScientificName <chr>,
#   verbatimScientificNameAuthorship <chr>, countryCode <chr>, locality <chr>, stateProvince <chr>,
#   occurrenceStatus <chr>, individualCount <int>, publishingOrgKey <chr>, decimalLatitude <dbl>,
#   decimalLongitude <dbl>, coordinateUncertaintyInMeters <dbl>, coordinatePrecision <dbl>,
#   elevation <dbl>, elevationAccuracy <dbl>, depth <lgl>, depthAccuracy <lgl>, eventDate <dttm>,
#   day <int>, month <int>, year <int>, taxonKey <int>, speciesKey <int>, basisOfRecord <chr>, …

252.1.4 Carte finale

On prépare la carte finale des occurrences :

Occurrence de Juglans nigra dans la région d'endémisme après sous-échantillonnage éventuel.

Figure 252.4: Occurrence de Juglans nigra dans la région d’endémisme après sous-échantillonnage éventuel.

252.2 Modélisation de la niche climatique

252.2.1 Préparer les données

Organisation des données d’entrées (occurrences et données environnementales) et des données produites de pseudo-absences :

 class       : SpatVector 
 geometry    : points 
 dimensions  : 2338, 0  (geometries, attributes)
 extent      : -123.353333, -70.146369, 25.658212, 49.237392  (xmin, xmax, ymin, ymax)
 coord. ref. : lon/lat WGS 84 (EPSG:4326) 

-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-= juni Data Formating -=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=

      ! Response variable is considered as only presences... Is it really what you want?
      ! No data has been set aside for modeling evaluation
 !!! Some data are located in the same raster cell. 
          Please set `filter.raster = TRUE` if you want an automatic filtering.

Checking Pseudo-absence selection arguments...

   > random pseudo absences selection
   > Pseudo absences are selected in explanatory variables
 !!! Some data are located in the same raster cell. 
          Please set `filter.raster = TRUE` if you want an automatic filtering.
-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-= Done -=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=

-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-= BIOMOD.formated.data -=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=

dir.name =  Output

sp.name =  juni

     2338 presences,  0 true absences and  6991 undefined points in dataset


     6 explanatory variables

 temp_max_august      temp_min          temp_wet_quart       temp_season         prec_wet_quart     
 Min.   : 8.1500   Min.   :-30.752001   Min.   :-12.62267   Min.   :  51.63462   Min.   :  24.0000  
 1st Qu.:24.2200   1st Qu.:-14.816000   1st Qu.: 12.32133   1st Qu.: 768.13293   1st Qu.: 225.0000  
 Median :28.1360   Median : -8.296000   Median : 17.67867   Median : 906.64551   Median : 297.0000  
 Mean   :27.5295   Mean   : -8.423183   Mean   : 16.19297   Mean   : 889.88902   Mean   : 311.8776  
 3rd Qu.:31.1520   3rd Qu.: -2.580000   3rd Qu.: 21.49600   3rd Qu.:1054.28271   3rd Qu.: 341.0000  
 Max.   :42.2560   Max.   : 21.933332   Max.   : 33.36733   Max.   :1472.41809   Max.   :2213.0000  
  prec_season        
 Min.   :  5.881809  
 1st Qu.: 18.142126  
 Median : 33.145779  
 Mean   : 39.502247  
 3rd Qu.: 56.186169  
 Max.   :134.347672  

-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=

On visualise les pseudo-absences :

Les données d'occurrences (en haut à gauche) et les trois jeux de données aléatoires de pseudo-absences.

Figure 252.5: Les données d’occurrences (en haut à gauche) et les trois jeux de données aléatoires de pseudo-absences.

$data.vect
 class       : SpatVector 
 geometry    : points 
 dimensions  : 16366, 2  (geometries, attributes)
 extent      : -129.9375, -52.8125, 13.02083333, 54.97916667  (xmin, xmax, ymin, ymax)
 coord. ref. :  
 names       :  resp         dataset
 type        : <num>           <chr>
 values      :    10 Initial dataset
                  10 Initial dataset
                  10 Initial dataset

$data.label
                              9                              10                              11 
                "**Presences**"       "Presences (calibration)"        "Presences (validation)" 
                             12                              19                              20 
       "Presences (evaluation)"             "**True Absences**"   "True Absences (calibration)" 
                             21                              22                              29 
   "True Absences (validation)"    "True Absences (evaluation)"           "**Pseudo-Absences**" 
                             30                              31                               1 
"Pseudo-Absences (calibration)"  "Pseudo-Absences (validation)"                    "Background" 

$data.plot
Les données d'occurrences (en haut à gauche) et les trois jeux de données aléatoires de pseudo-absences.

Figure 252.6: Les données d’occurrences (en haut à gauche) et les trois jeux de données aléatoires de pseudo-absences.

252.2.2 Modèles individuels de niche


-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-= Build Single Models -=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=


Checking Models arguments...

Creating suitable Workdir...

            ! Weights where automatically defined for juni_PA1 to rise a 0.5 prevalence !
            ! Weights where automatically defined for juni_PA2 to rise a 0.5 prevalence !
            ! Weights where automatically defined for juni_PA3 to rise a 0.5 prevalence !


-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-= juni Modeling Summary -=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=

 6  environmental variables ( temp_max_august temp_min temp_wet_quart temp_season prec_wet_quart prec_season )
Number of evaluation repetitions : 1
Models selected : GAM MARS MAXNET GBM ANN RF 

Total number of model runs: 18 

-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=


-=-=-=- Run :  juni_PA1 


-=-=-=--=-=-=- juni_PA1_RUN1 


-=-=-=- Run :  juni_PA2 


-=-=-=--=-=-=- juni_PA2_RUN1 


-=-=-=- Run :  juni_PA3 


-=-=-=--=-=-=- juni_PA3_RUN1 

-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-= Done -=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=

252.2.2.1 Évaluation de la performance

             full.name  PA  run   algo metric.eval cutoff sensitivity specificity calibration
1    juni_PA1_RUN1_GAM PA1 RUN1    GAM         TSS  515.0      97.861      59.251       0.571
2    juni_PA1_RUN1_GAM PA1 RUN1    GAM         ROC  514.5      97.861      59.251       0.733
3   juni_PA1_RUN1_MARS PA1 RUN1   MARS         TSS  489.0      93.583      80.160       0.738
4   juni_PA1_RUN1_MARS PA1 RUN1   MARS         ROC  495.5      93.476      80.428       0.933
5 juni_PA1_RUN1_MAXNET PA1 RUN1 MAXNET         TSS  375.5      94.278      79.465       0.739
6 juni_PA1_RUN1_MAXNET PA1 RUN1 MAXNET         ROC  385.5      93.957      80.107       0.931
  validation evaluation
1      0.560         NA
2      0.731         NA
3      0.714         NA
4      0.927         NA
5      0.729         NA
6      0.925         NA
Évaluation de la performance des modèles individuels : True Skill Statistic & aire sous la courbe de ROC.

Figure 252.7: Évaluation de la performance des modèles individuels : True Skill Statistic & aire sous la courbe de ROC.

252.2.2.2 Importance des variables environnementales

          full.name  PA  run algo        expl.var rand  var.imp
1 juni_PA1_RUN1_GAM PA1 RUN1  GAM temp_max_august    1 0.197668
2 juni_PA1_RUN1_GAM PA1 RUN1  GAM        temp_min    1 0.698901
3 juni_PA1_RUN1_GAM PA1 RUN1  GAM  temp_wet_quart    1 0.065942
4 juni_PA1_RUN1_GAM PA1 RUN1  GAM     temp_season    1 0.176733
5 juni_PA1_RUN1_GAM PA1 RUN1  GAM  prec_wet_quart    1 0.057187
6 juni_PA1_RUN1_GAM PA1 RUN1  GAM     prec_season    1 0.232626
Pourcentage de variance expliquée pour chaque variable, décomposé par algorithme.

Figure 252.8: Pourcentage de variance expliquée pour chaque variable, décomposé par algorithme.

Pourcentage de variance expliquée pour chaque variable, décomposé par variable.

Figure 252.9: Pourcentage de variance expliquée pour chaque variable, décomposé par variable.

252.2.2.3 Courbes de réponses

Courbes de réponse de chaque variable climatique selon l'algorithme (en couleurs).

Figure 252.10: Courbes de réponse de chaque variable climatique selon l’algorithme (en couleurs).

252.2.3 Modèles d’ensemble de niche

Seulement modèles avec TSS > 0.8


-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-= BIOMOD.ensemble.models.out -=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=

sp.name : juni

expl.var.names : temp_max_august temp_min temp_wet_quart temp_season prec_wet_quart prec_season


models computed: 
juni_EMcvByTSS_mergedData_mergedRun_mergedAlgo, juni_EMwmeanByTSS_mergedData_mergedRun_mergedAlgo

models failed: none

-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=

252.2.3.1 Évaluation de la qualité

                                          full.name merged.by.PA merged.by.run merged.by.algo
1 juni_EMwmeanByTSS_mergedData_mergedRun_mergedAlgo   mergedData     mergedRun     mergedAlgo
2 juni_EMwmeanByTSS_mergedData_mergedRun_mergedAlgo   mergedData     mergedRun     mergedAlgo
  filtered.by    algo metric.eval cutoff sensitivity specificity calibration validation evaluation
1         TSS EMwmean         TSS  646.0      94.354      94.893       0.892         NA         NA
2         TSS EMwmean         ROC  648.5      94.311      94.979       0.988         NA         NA
Évaluation de la qualité du modèle d'ensemble : Aire sous la courbe de ROC & True Skill Statistic.

Figure 252.11: Évaluation de la qualité du modèle d’ensemble : Aire sous la courbe de ROC & True Skill Statistic.

                                       full.name merged.by.PA merged.by.run merged.by.algo filtered.by
1 juni_EMcvByTSS_mergedData_mergedRun_mergedAlgo   mergedData     mergedRun     mergedAlgo         TSS
2 juni_EMcvByTSS_mergedData_mergedRun_mergedAlgo   mergedData     mergedRun     mergedAlgo         TSS
3 juni_EMcvByTSS_mergedData_mergedRun_mergedAlgo   mergedData     mergedRun     mergedAlgo         TSS
4 juni_EMcvByTSS_mergedData_mergedRun_mergedAlgo   mergedData     mergedRun     mergedAlgo         TSS
5 juni_EMcvByTSS_mergedData_mergedRun_mergedAlgo   mergedData     mergedRun     mergedAlgo         TSS
6 juni_EMcvByTSS_mergedData_mergedRun_mergedAlgo   mergedData     mergedRun     mergedAlgo         TSS
  algo        expl.var rand  var.imp
1 EMcv temp_max_august    1 0.510383
2 EMcv        temp_min    1 0.556786
3 EMcv  temp_wet_quart    1 0.522044
4 EMcv     temp_season    1 0.527005
5 EMcv  prec_wet_quart    1 0.482913
6 EMcv     prec_season    1 0.520107

Par variable :

Pourcentage de variance expliquée par variable dans le modèle d'ensemble.

Figure 252.12: Pourcentage de variance expliquée par variable dans le modèle d’ensemble.

Courbes de réponse de chaque variable climatique dans le modèle d'ensemble.

Figure 252.13: Courbes de réponse de chaque variable climatique dans le modèle d’ensemble.

252.3 Projections

252.3.1 Distribution potentielle contemporaine

Contemporaine : Cartographie des observations sur couches climatiques Extraction des conditions climatiques favorables


-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-= BIOMOD.projection.out -=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=

Projection directory : Output/juni/current


sp.name : juni

expl.var.names : temp_max_august temp_min temp_wet_quart temp_season prec_wet_quart prec_season


modeling.id : AllModels ( Output/juni/juni.AllModels.models.out )

models.projected : 
juni_PA1_RUN1_GAM, juni_PA1_RUN1_MARS, juni_PA1_RUN1_MAXNET, juni_PA1_RUN1_GBM, juni_PA1_RUN1_ANN, juni_PA1_RUN1_RF, juni_PA2_RUN1_GAM, juni_PA2_RUN1_MARS, juni_PA2_RUN1_MAXNET, juni_PA2_RUN1_GBM, juni_PA2_RUN1_ANN, juni_PA2_RUN1_RF, juni_PA3_RUN1_GAM, juni_PA3_RUN1_MARS, juni_PA3_RUN1_MAXNET, juni_PA3_RUN1_GBM, juni_PA3_RUN1_ANN, juni_PA3_RUN1_RF

available binary projection : TSS, ROC

available filtered projection : TSS, ROC

-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=
Projection de la distribution potentielle contemporaine sur l'Europe, selon les 6 algorithmes et les 3 runs.

Figure 252.14: Projection de la distribution potentielle contemporaine sur l’Europe, selon les 6 algorithmes et les 3 runs.

Projection de la distribution potentielle contemporaine sur l'Europe, selon les 6 algorithmes et les 3 runs.

Figure 252.15: Projection de la distribution potentielle contemporaine sur l’Europe, selon les 6 algorithmes et les 3 runs.


-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-= BIOMOD.projection.out -=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=

Projection directory : Output/juni/current


sp.name : juni

expl.var.names : temp_max_august temp_min temp_wet_quart temp_season prec_wet_quart prec_season


modeling.id : AllModels ( Output/juni/juni.AllModels.ensemble.models.out )

models.projected : 
juni_EMcvByTSS_mergedData_mergedRun_mergedAlgo, juni_EMwmeanByTSS_mergedData_mergedRun_mergedAlgo

-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=
A) Projection de la distribution potentielle contemporaine (modèle d'ensemble) ; B) Incertitude associée à la projection.

Figure 252.16: A) Projection de la distribution potentielle contemporaine (modèle d’ensemble) ; B) Incertitude associée à la projection.

252.3.2 Interpolation à l’échelle de la métropole

  • → conditions climatiques favorables à fine échelle

On projette la niche climatique sur ce raster à fine échelle.


-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-= BIOMOD.projection.out -=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=

Projection directory : Output/juni/cont_gre


sp.name : juni

expl.var.names : temp_max_august temp_min temp_wet_quart temp_season prec_wet_quart prec_season


modeling.id : AllModels ( Output/juni/juni.AllModels.models.out )

models.projected : 
juni_PA1_RUN1_GAM, juni_PA1_RUN1_MARS, juni_PA1_RUN1_MAXNET, juni_PA1_RUN1_GBM, juni_PA1_RUN1_ANN, juni_PA1_RUN1_RF, juni_PA2_RUN1_GAM, juni_PA2_RUN1_MARS, juni_PA2_RUN1_MAXNET, juni_PA2_RUN1_GBM, juni_PA2_RUN1_ANN, juni_PA2_RUN1_RF, juni_PA3_RUN1_GAM, juni_PA3_RUN1_MARS, juni_PA3_RUN1_MAXNET, juni_PA3_RUN1_GBM, juni_PA3_RUN1_ANN, juni_PA3_RUN1_RF

available binary projection : TSS, ROC

available filtered projection : TSS, ROC

-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=
Projection de la distribution potentielle contemporaine sur la métropole de Grenoble, selon les 6 algorithmes et les 3 runs.

Figure 252.17: Projection de la distribution potentielle contemporaine sur la métropole de Grenoble, selon les 6 algorithmes et les 3 runs.

Projection de la distribution potentielle contemporaine sur la métropole de Grenoble, selon les 6 algorithmes et les 3 runs.

Figure 252.18: Projection de la distribution potentielle contemporaine sur la métropole de Grenoble, selon les 6 algorithmes et les 3 runs.


-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-= BIOMOD.projection.out -=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=

Projection directory : Output/juni/cont_gre


sp.name : juni

expl.var.names : temp_max_august temp_min temp_wet_quart temp_season prec_wet_quart prec_season


modeling.id : AllModels ( Output/juni/juni.AllModels.ensemble.models.out )

models.projected : 
juni_EMcvByTSS_mergedData_mergedRun_mergedAlgo, juni_EMwmeanByTSS_mergedData_mergedRun_mergedAlgo

-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=
A) Projection de la distribution potentielle contemporaine (modèle d'ensemble) sur la métropole de Grenoble ; B) Incertitude associée à la projection.

Figure 252.19: A) Projection de la distribution potentielle contemporaine (modèle d’ensemble) sur la métropole de Grenoble ; B) Incertitude associée à la projection.

252.3.3 Distributions potentielles futures

Futur : Projection à l’échelle de l’Europe jusqu’à l’horizon 2100

Toutes les fenêtres temporelles × scénarios pour le GCM « IPSL-CM6A-LR »

  1. SSP1-2.6
Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP1-2.6 (modèle d'ensemble).Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP1-2.6 (modèle d'ensemble).Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP1-2.6 (modèle d'ensemble).Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP1-2.6 (modèle d'ensemble).Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP1-2.6 (modèle d'ensemble).

Figure 252.20: Projection des distributions potentielles futures jusqu’à l’horizon 2100 sous le scénario SSP1-2.6 (modèle d’ensemble).

On obtient pour la métrique TSS une carte unique de moyenne pondérée sur les algorithmes et sur les jeux de pseudo-absences.

  1. SSP2-4.5
Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP2-4.5 (modèle d'ensemble).Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP2-4.5 (modèle d'ensemble).Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP2-4.5 (modèle d'ensemble).Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP2-4.5 (modèle d'ensemble).Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP2-4.5 (modèle d'ensemble).

Figure 252.21: Projection des distributions potentielles futures jusqu’à l’horizon 2100 sous le scénario SSP2-4.5 (modèle d’ensemble).

  1. SSP3-7.0
Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP3-7.0 (modèle d'ensemble).Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP3-7.0 (modèle d'ensemble).Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP3-7.0 (modèle d'ensemble).Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP3-7.0 (modèle d'ensemble).Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP3-7.0 (modèle d'ensemble).

Figure 252.22: Projection des distributions potentielles futures jusqu’à l’horizon 2100 sous le scénario SSP3-7.0 (modèle d’ensemble).

  1. SSP5-8.5
Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble).Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble).Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble).Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble).Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble).

Figure 252.23: Projection des distributions potentielles futures jusqu’à l’horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d’ensemble).

252.4 Inférence à l’échelle de la métropole

  • Croisement avec températures de surface 2019 (fournie par la métropole)
  • → conditions climatiques favorables à fine échelle
  • à peu près 7 pixels × 9 (WorldClim)

252.4.1 Distributions potentielles futures

Même chose que précédemment mais sur les rasters de Grenoble

  1. SSP1-2.6
Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).

Figure 252.24: Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu’à l’horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d’ensemble, GCM IPSL).

  1. SSP2-4.5
Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).

Figure 252.25: Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu’à l’horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d’ensemble, GCM IPSL).

  1. SSP3-7.0
Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).

Figure 252.26: Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu’à l’horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d’ensemble, GCM IPSL).

  1. SSP5-8.5
Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).

Figure 252.27: Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu’à l’horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d’ensemble, GCM IPSL).

252.4.2 Évolution temporelle

# A tibble: 17 × 8
   min         q1          median      mean        q3          max         ssp    year
   <table[1d]> <table[1d]> <table[1d]> <table[1d]> <table[1d]> <table[1d]> <fct> <dbl>
 1  44         117         153         266.9855030 443         546         0      2000
 2  68         393         429         385.1516124 454         570         126    2040
 3  77         410         435         418.8349963 461         566         126    2060
 4  51         401         448         432.6439369 485         620         126    2080
 5  81         414         446         430.9672320 478         582         126    2100
 6  67         407         443         406.8112563 469         576         245    2040
 7  85         422         450         448.5798443 481         602         245    2060
 8 114         415         451         449.2485756 484         580         245    2080
 9 131         375         423         423.1707640 471         590         245    2100
10  68         393         427         387.3049447 453         567         370    2040
11  92         411         440         440.4236616 475         579         370    2060
12 173         351         404         409.8095596 468         574         370    2080
13 254         420         446         445.3332815 475         590         370    2100
14  60         390         433         400.3650331 469         618         585    2040
15 113         420         455         452.6327753 484         590         585    2060
16 257         436         458         455.9414162 478         596         585    2080
17 260         392         417         418.0220583 440         582         585    2100
Évolution de la favorabilité climatique au cours du XXIème siècle. Le point représente la médiane sur l'étendue de la métropole (i.e. tous les pixels de la carte) ; le trait gras représente 50 % des données intermédiaires (espace inter-quartile) ; le trait fin représente le reste des données du minimum au maximum.

Figure 252.28: Évolution de la favorabilité climatique au cours du XXIème siècle. Le point représente la médiane sur l’étendue de la métropole (i.e. tous les pixels de la carte) ; le trait gras représente 50 % des données intermédiaires (espace inter-quartile) ; le trait fin représente le reste des données du minimum au maximum.