50 Tilia cordata

50.1 Données d’occurrences GBIF

Collecte des données du GBIF :

<<gbif download metadata>>
  Status: SUCCEEDED
  DOI: 10.15468/dl.zy47re
  Format: SIMPLE_CSV
  Download key: 0232238-230224095556074
  Created: 2023-05-11T08:36:45.695+00:00
  Modified: 2023-05-11T08:42:56.215+00:00
  Download link: https://api.gbif.org/v1/occurrence/download/request/0232238-230224095556074.zip
  Total records: 181826

Conversion en objets géographiques (format Simple feature de sf) et exploration rapide des données (classe du jeu de données et premières lignes du tableau) :

Simple feature collection with 99910 features and 50 fields
Attribute-geometry relationship: 50 constant, 0 aggregate, 0 identity
Geometry type: POINT
Dimension:     XY
Bounding box:  xmin: -123.203333 ymin: -43.644316 xmax: 172.579588 ymax: 67.71242
Geodetic CRS:  WGS 84
# A tibble: 99,910 × 51
    gbifID datasetKey occurrenceID kingdom phylum class order family genus species infraspecificEpithet
 * <int64> <chr>      <chr>        <chr>   <chr>  <chr> <chr> <chr>  <chr> <chr>   <chr>               
 1    3.e9 c4e1739b-… BISON:New Y… Plantae Trach… Magn… Malv… Malva… Tilia Tilia … ""                  
 2    3.e9 d1e9202b-… NYCstreetTr… Plantae Trach… Magn… Malv… Malva… Tilia Tilia … ""                  
 3    3.e9 c4e1739b-… BISON:New Y… Plantae Trach… Magn… Malv… Malva… Tilia Tilia … ""                  
 4    3.e9 d1e9202b-… NYCstreetTr… Plantae Trach… Magn… Malv… Malva… Tilia Tilia … ""                  
 5    3.e9 5f06e39d-… USFS - New … Plantae Trach… Magn… Malv… Malva… Tilia Tilia … ""                  
 6    3.e9 d1e9202b-… NYCstreetTr… Plantae Trach… Magn… Malv… Malva… Tilia Tilia … ""                  
 7    3.e9 5f06e39d-… USFS - New … Plantae Trach… Magn… Malv… Malva… Tilia Tilia … ""                  
 8    3.e9 d1e9202b-… NYCstreetTr… Plantae Trach… Magn… Malv… Malva… Tilia Tilia … ""                  
 9    3.e9 c4e1739b-… BISON:New Y… Plantae Trach… Magn… Malv… Malva… Tilia Tilia … ""                  
10    3.e9 5f06e39d-… USFS - New … Plantae Trach… Magn… Malv… Malva… Tilia Tilia … ""                  
# ℹ 99,900 more rows
# ℹ 40 more variables: taxonRank <chr>, scientificName <chr>, verbatimScientificName <chr>,
#   verbatimScientificNameAuthorship <chr>, countryCode <chr>, locality <chr>, stateProvince <chr>,
#   occurrenceStatus <chr>, individualCount <int>, publishingOrgKey <chr>, decimalLatitude <dbl>,
#   decimalLongitude <dbl>, coordinateUncertaintyInMeters <dbl>, coordinatePrecision <dbl>,
#   elevation <dbl>, elevationAccuracy <dbl>, depth <dbl>, depthAccuracy <dbl>, eventDate <dttm>,
#   day <int>, month <int>, year <int>, taxonKey <int>, speciesKey <int>, basisOfRecord <chr>, …

Il y a 99 910 occurrences dans le jeu de données. On les affiche sur la carte du monde :

Occurrences de Tilia cordata dans le monde.

Figure 50.1: Occurrences de Tilia cordata dans le monde.

50.1.1 Données par région

On évalue la proportion d’occurrences dans chaque région, en utilisant les 3 masques créés précédemment. Si on a au moins 50 % des occurrences dans une région, on peut continuer en travaillant uniquement sur ces données. Sinon, on vérifie qu’au moins 67 % des données tombent dans l’ensemble des régions, et on prend la région la plus représentée. Au final, s’il s’agit d’une espèce endémique d’Europe, on n’a pas besoin de manipulation supplémentaire.

[1] 0.9722250025
[1] 0.004454008608
[1] 0.0022219998

Espèce endémique d’Europe

Occurrence de Tilia cordata dans la région d'endémisme.

Figure 50.2: Occurrence de Tilia cordata dans la région d’endémisme.

50.1.2 Licences

On s’intéresse ici au problème particulier des licences :


   CC_BY_4_0 CC_BY_NC_4_0      CC0_1_0 
       58026         8184        30925 
[1] 91.57461265
Occurrence de Tilia cordata dans la région d'endémisme, selon la licence : CC BY-NC en bleu ; CC0 et CC BY en orange.

Figure 50.3: Occurrence de Tilia cordata dans la région d’endémisme, selon la licence : CC BY-NC en bleu ; CC0 et CC BY en orange.

Idéalement, on aimerait avoir au moins 50 % de données vraiment libres d’utilisation (c’est-à-dire sans la clause -NC). On continue en supprimant les données en CC BY-NC.

[1] 88951

50.1.3 Sous-échantillonnage

Si le jeu de données contient 25 000 occurrences ou plus, on procède au sous-échantillonnage aléatoire pour en conserver un maximum de 25 000.

Simple feature collection with 25000 features and 50 fields
Attribute-geometry relationship: 50 constant, 0 aggregate, 0 identity
Geometry type: POINT
Dimension:     XY
Bounding box:  xmin: -9.057763 ymin: 37.17384 xmax: 46.94427 ymax: 65.6295
Geodetic CRS:  WGS 84
# A tibble: 25,000 × 51
    gbifID datasetKey occurrenceID kingdom phylum class order family genus species infraspecificEpithet
   <int64> <chr>      <chr>        <chr>   <chr>  <chr> <chr> <chr>  <chr> <chr>   <chr>               
 1    2 e9 dd238f50-… ba525a5e-b3… Plantae Trach… Magn… Malv… Malva… Tilia Tilia … ""                  
 2    1.e9 8ea4250e-… http://id.s… Plantae Trach… Magn… Malv… Malva… Tilia Tilia … ""                  
 3    1.e9 8ea4250e-… http://id.s… Plantae Trach… Magn… Malv… Malva… Tilia Tilia … ""                  
 4    1.e9 8ea4250e-… http://id.s… Plantae Trach… Magn… Malv… Malva… Tilia Tilia … ""                  
 5    3.e9 e6a27867-… 16697        Plantae Trach… Magn… Malv… Malva… Tilia Tilia … ""                  
 6    8 e8 38b4c89f-… urn:lsid:ar… Plantae Trach… Magn… Malv… Malva… Tilia Tilia … ""                  
 7    1.e9 8ea4250e-… http://id.s… Plantae Trach… Magn… Malv… Malva… Tilia Tilia … ""                  
 8    3.e9 7a3679ef-… o-1007228077 Plantae Trach… Magn… Malv… Malva… Tilia Tilia … ""                  
 9    2 e9 38b4c89f-… urn:lsid:ar… Plantae Trach… Magn… Malv… Malva… Tilia Tilia … ""                  
10    2 e9 b124e1e0-… urn:uuid:e7… Plantae Trach… Magn… Malv… Malva… Tilia Tilia … ""                  
# ℹ 24,990 more rows
# ℹ 40 more variables: taxonRank <chr>, scientificName <chr>, verbatimScientificName <chr>,
#   verbatimScientificNameAuthorship <chr>, countryCode <chr>, locality <chr>, stateProvince <chr>,
#   occurrenceStatus <chr>, individualCount <int>, publishingOrgKey <chr>, decimalLatitude <dbl>,
#   decimalLongitude <dbl>, coordinateUncertaintyInMeters <dbl>, coordinatePrecision <dbl>,
#   elevation <dbl>, elevationAccuracy <dbl>, depth <dbl>, depthAccuracy <dbl>, eventDate <dttm>,
#   day <int>, month <int>, year <int>, taxonKey <int>, speciesKey <int>, basisOfRecord <chr>, …

50.1.4 Carte finale

On prépare la carte finale des occurrences :

Occurrence de Tilia cordata dans la région d'endémisme après sous-échantillonnage éventuel.

Figure 50.4: Occurrence de Tilia cordata dans la région d’endémisme après sous-échantillonnage éventuel.

50.2 Modélisation de la niche climatique

50.2.1 Préparer les données

Organisation des données d’entrées (occurrences et données environnementales) et des données produites de pseudo-absences :

 class       : SpatVector 
 geometry    : points 
 dimensions  : 25000, 0  (geometries, attributes)
 extent      : -9.057763, 46.94427, 37.17384, 65.6295  (xmin, xmax, ymin, ymax)
 coord. ref. : lon/lat WGS 84 (EPSG:4326) 

-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-= tico Data Formating -=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=

      ! Response variable is considered as only presences... Is it really what you want?
      ! No data has been set aside for modeling evaluation
 !!! Some data are located in the same raster cell. 
          Please set `filter.raster = TRUE` if you want an automatic filtering.

Checking Pseudo-absence selection arguments...

   > random pseudo absences selection
   > Pseudo absences are selected in explanatory variables
 ! Some NAs have been automatically removed from your data
 !!! Some data are located in the same raster cell. 
          Please set `filter.raster = TRUE` if you want an automatic filtering.
-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-= Done -=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=

-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-= BIOMOD.formated.data -=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=

dir.name =  Output

sp.name =  tico

     24993 presences,  0 true absences and  72904 undefined points in dataset


     6 explanatory variables

 temp_max_august     temp_min       temp_wet_quart     temp_season    
 Min.   : 2.292   Min.   :-22.180   Min.   :-13.553   Min.   : 199.4  
 1st Qu.:19.978   1st Qu.: -9.448   1st Qu.:  8.921   1st Qu.: 641.4  
 Median :22.992   Median : -4.296   Median : 13.512   Median : 742.9  
 Mean   :24.494   Mean   : -4.735   Mean   : 12.441   Mean   : 768.3  
 3rd Qu.:27.900   3rd Qu.:  0.532   3rd Qu.: 16.202   3rd Qu.: 905.7  
 Max.   :45.660   Max.   : 11.696   Max.   : 26.293   Max.   :1393.7  
 prec_wet_quart    prec_season     
 Min.   :   3.0   Min.   :  4.688  
 1st Qu.: 175.0   1st Qu.: 22.465  
 Median : 214.0   Median : 30.869  
 Mean   : 217.8   Mean   : 35.203  
 3rd Qu.: 248.0   3rd Qu.: 39.159  
 Max.   :1261.0   Max.   :123.656  

-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=

On visualise les pseudo-absences :

Les données d'occurrences (en haut à gauche) et les trois jeux de données aléatoires de pseudo-absences.

Figure 50.5: Les données d’occurrences (en haut à gauche) et les trois jeux de données aléatoires de pseudo-absences.

$data.vect
 class       : SpatVector 
 geometry    : points 
 dimensions  : 174972, 2  (geometries, attributes)
 extent      : -10.4375, 46.97917, 29.02083, 70.97917  (xmin, xmax, ymin, ymax)
 coord. ref. :  
 names       :  resp         dataset
 type        : <num>           <chr>
 values      :    10 Initial dataset
                  10 Initial dataset
                  10 Initial dataset

$data.label
                              9                              10 
                "**Presences**"       "Presences (calibration)" 
                             11                              12 
       "Presences (validation)"        "Presences (evaluation)" 
                             19                              20 
            "**True Absences**"   "True Absences (calibration)" 
                             21                              22 
   "True Absences (validation)"    "True Absences (evaluation)" 
                             29                              30 
          "**Pseudo-Absences**" "Pseudo-Absences (calibration)" 
                             31                               1 
 "Pseudo-Absences (validation)"                    "Background" 

$data.plot
Les données d'occurrences (en haut à gauche) et les trois jeux de données aléatoires de pseudo-absences.

Figure 50.6: Les données d’occurrences (en haut à gauche) et les trois jeux de données aléatoires de pseudo-absences.

50.2.2 Modèles individuels de niche


-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-= Build Single Models -=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=


Checking Models arguments...

Creating suitable Workdir...

            ! Weights where automatically defined for tico_PA1 to rise a 0.5 prevalence !
            ! Weights where automatically defined for tico_PA2 to rise a 0.5 prevalence !
            ! Weights where automatically defined for tico_PA3 to rise a 0.5 prevalence !


-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-= tico Modeling Summary -=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=

 6  environmental variables ( temp_max_august temp_min temp_wet_quart temp_season prec_wet_quart prec_season )
Number of evaluation repetitions : 1
Models selected : GAM MARS MAXNET GBM ANN RF 

Total number of model runs: 18 

-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=


-=-=-=- Run :  tico_PA1 


-=-=-=--=-=-=- tico_PA1_RUN1 


-=-=-=- Run :  tico_PA2 


-=-=-=--=-=-=- tico_PA2_RUN1 


-=-=-=- Run :  tico_PA3 


-=-=-=--=-=-=- tico_PA3_RUN1 

-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-= Done -=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=

50.2.2.1 Évaluation de la performance

             full.name  PA  run   algo metric.eval cutoff sensitivity
1    tico_PA1_RUN1_GAM PA1 RUN1    GAM         TSS  556.0      92.843
2    tico_PA1_RUN1_GAM PA1 RUN1    GAM         ROC  559.5      92.773
3   tico_PA1_RUN1_MARS PA1 RUN1   MARS         TSS  422.0      91.662
4   tico_PA1_RUN1_MARS PA1 RUN1   MARS         ROC  423.5      91.622
5 tico_PA1_RUN1_MAXNET PA1 RUN1 MAXNET         TSS  398.0      90.557
6 tico_PA1_RUN1_MAXNET PA1 RUN1 MAXNET         ROC  400.5      90.362
  specificity calibration validation evaluation
1      60.555       0.534      0.531         NA
2      60.750       0.735      0.739         NA
3      81.040       0.727      0.731         NA
4      81.165       0.925      0.926         NA
5      82.930       0.735      0.741         NA
6      83.205       0.923      0.925         NA
Évaluation de la performance des modèles individuels : True Skill Statistic & aire sous la courbe de ROC.

Figure 50.7: Évaluation de la performance des modèles individuels : True Skill Statistic & aire sous la courbe de ROC.

50.2.2.2 Importance des variables environnementales

          full.name  PA  run algo        expl.var rand  var.imp
1 tico_PA1_RUN1_GAM PA1 RUN1  GAM temp_max_august    1 0.497000
2 tico_PA1_RUN1_GAM PA1 RUN1  GAM        temp_min    1 0.134739
3 tico_PA1_RUN1_GAM PA1 RUN1  GAM  temp_wet_quart    1 0.080437
4 tico_PA1_RUN1_GAM PA1 RUN1  GAM     temp_season    1 0.235648
5 tico_PA1_RUN1_GAM PA1 RUN1  GAM  prec_wet_quart    1 0.121525
6 tico_PA1_RUN1_GAM PA1 RUN1  GAM     prec_season    1 0.279974
Pourcentage de variance expliquée pour chaque variable, décomposé par algorithme.

Figure 50.8: Pourcentage de variance expliquée pour chaque variable, décomposé par algorithme.

Pourcentage de variance expliquée pour chaque variable, décomposé par variable.

Figure 50.9: Pourcentage de variance expliquée pour chaque variable, décomposé par variable.

50.2.2.3 Courbes de réponses

Courbes de réponse de chaque variable climatique selon l'algorithme (en couleurs).

Figure 50.10: Courbes de réponse de chaque variable climatique selon l’algorithme (en couleurs).

50.2.3 Modèles d’ensemble de niche

Seulement modèles avec TSS > 0.8


-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-= BIOMOD.ensemble.models.out -=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=

sp.name : tico

expl.var.names : temp_max_august temp_min temp_wet_quart temp_season 
prec_wet_quart prec_season


models computed: 
tico_EMcvByTSS_mergedData_mergedRun_mergedAlgo, tico_EMwmeanByTSS_mergedData_mergedRun_mergedAlgo

models failed: none

-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=

50.2.3.1 Évaluation de la qualité

                                          full.name merged.by.PA merged.by.run
1 tico_EMwmeanByTSS_mergedData_mergedRun_mergedAlgo   mergedData     mergedRun
2 tico_EMwmeanByTSS_mergedData_mergedRun_mergedAlgo   mergedData     mergedRun
  merged.by.algo filtered.by    algo metric.eval cutoff sensitivity specificity
1     mergedAlgo         TSS EMwmean         TSS  656.0      96.615      96.458
2     mergedAlgo         TSS EMwmean         ROC  657.5      96.587      96.494
  calibration validation evaluation
1       0.931         NA         NA
2       0.996         NA         NA
Évaluation de la qualité du modèle d'ensemble : Aire sous la courbe de ROC & True Skill Statistic.

Figure 50.11: Évaluation de la qualité du modèle d’ensemble : Aire sous la courbe de ROC & True Skill Statistic.

                                       full.name merged.by.PA merged.by.run
1 tico_EMcvByTSS_mergedData_mergedRun_mergedAlgo   mergedData     mergedRun
2 tico_EMcvByTSS_mergedData_mergedRun_mergedAlgo   mergedData     mergedRun
3 tico_EMcvByTSS_mergedData_mergedRun_mergedAlgo   mergedData     mergedRun
4 tico_EMcvByTSS_mergedData_mergedRun_mergedAlgo   mergedData     mergedRun
5 tico_EMcvByTSS_mergedData_mergedRun_mergedAlgo   mergedData     mergedRun
6 tico_EMcvByTSS_mergedData_mergedRun_mergedAlgo   mergedData     mergedRun
  merged.by.algo filtered.by algo        expl.var rand  var.imp
1     mergedAlgo         TSS EMcv temp_max_august    1 0.620508
2     mergedAlgo         TSS EMcv        temp_min    1 0.541904
3     mergedAlgo         TSS EMcv  temp_wet_quart    1 0.427383
4     mergedAlgo         TSS EMcv     temp_season    1 0.485621
5     mergedAlgo         TSS EMcv  prec_wet_quart    1 0.395696
6     mergedAlgo         TSS EMcv     prec_season    1 0.495892

Par variable :

Pourcentage de variance expliquée par variable dans le modèle d'ensemble.

Figure 50.12: Pourcentage de variance expliquée par variable dans le modèle d’ensemble.

Courbes de réponse de chaque variable climatique dans le modèle d'ensemble.

Figure 50.13: Courbes de réponse de chaque variable climatique dans le modèle d’ensemble.

50.3 Projections

50.3.1 Distribution potentielle contemporaine

Contemporaine : Cartographie des observations sur couches climatiques Extraction des conditions climatiques favorables


-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-= BIOMOD.projection.out -=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=

Projection directory : Output/tico/current


sp.name : tico

expl.var.names : temp_max_august temp_min temp_wet_quart temp_season 
prec_wet_quart prec_season


modeling.id : AllModels ( Output/tico/tico.AllModels.models.out )

models.projected : 
tico_PA1_RUN1_GAM, tico_PA1_RUN1_MARS, tico_PA1_RUN1_MAXNET, tico_PA1_RUN1_GBM, tico_PA1_RUN1_RF, tico_PA2_RUN1_GAM, tico_PA2_RUN1_MARS, tico_PA2_RUN1_MAXNET, tico_PA2_RUN1_GBM, tico_PA2_RUN1_RF, tico_PA3_RUN1_GAM, tico_PA3_RUN1_MARS, tico_PA3_RUN1_MAXNET, tico_PA3_RUN1_GBM, tico_PA3_RUN1_RF

available binary projection : TSS, ROC

available filtered projection : TSS, ROC

-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=
Projection de la distribution potentielle contemporaine sur l'Europe, selon les 6 algorithmes et les 3 runs.

Figure 50.14: Projection de la distribution potentielle contemporaine sur l’Europe, selon les 6 algorithmes et les 3 runs.

Projection de la distribution potentielle contemporaine sur l'Europe, selon les 6 algorithmes et les 3 runs.

Figure 50.15: Projection de la distribution potentielle contemporaine sur l’Europe, selon les 6 algorithmes et les 3 runs.


-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-= BIOMOD.projection.out -=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=

Projection directory : Output/tico/current


sp.name : tico

expl.var.names : temp_max_august temp_min temp_wet_quart temp_season 
prec_wet_quart prec_season


modeling.id : AllModels ( Output/tico/tico.AllModels.ensemble.models.out )

models.projected : 
tico_EMcvByTSS_mergedData_mergedRun_mergedAlgo, tico_EMwmeanByTSS_mergedData_mergedRun_mergedAlgo

-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=
A) Projection de la distribution potentielle contemporaine (modèle d'ensemble) ; B) Incertitude associée à la projection.

Figure 50.16: A) Projection de la distribution potentielle contemporaine (modèle d’ensemble) ; B) Incertitude associée à la projection.

50.3.2 Interpolation à l’échelle de la métropole

  • → conditions climatiques favorables à fine échelle

On projette la niche climatique sur ce raster à fine échelle.


-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-= BIOMOD.projection.out -=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=

Projection directory : Output/tico/cont_gre


sp.name : tico

expl.var.names : temp_max_august temp_min temp_wet_quart temp_season 
prec_wet_quart prec_season


modeling.id : AllModels ( Output/tico/tico.AllModels.models.out )

models.projected : 
tico_PA1_RUN1_GAM, tico_PA1_RUN1_MARS, tico_PA1_RUN1_MAXNET, tico_PA1_RUN1_GBM, tico_PA1_RUN1_RF, tico_PA2_RUN1_GAM, tico_PA2_RUN1_MARS, tico_PA2_RUN1_MAXNET, tico_PA2_RUN1_GBM, tico_PA2_RUN1_RF, tico_PA3_RUN1_GAM, tico_PA3_RUN1_MARS, tico_PA3_RUN1_MAXNET, tico_PA3_RUN1_GBM, tico_PA3_RUN1_RF

available binary projection : TSS, ROC

available filtered projection : TSS, ROC

-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=
Projection de la distribution potentielle contemporaine sur la métropole de Grenoble, selon les 6 algorithmes et les 3 runs.

Figure 50.17: Projection de la distribution potentielle contemporaine sur la métropole de Grenoble, selon les 6 algorithmes et les 3 runs.

Projection de la distribution potentielle contemporaine sur la métropole de Grenoble, selon les 6 algorithmes et les 3 runs.

Figure 50.18: Projection de la distribution potentielle contemporaine sur la métropole de Grenoble, selon les 6 algorithmes et les 3 runs.


-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-= BIOMOD.projection.out -=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=

Projection directory : Output/tico/cont_gre


sp.name : tico

expl.var.names : temp_max_august temp_min temp_wet_quart temp_season 
prec_wet_quart prec_season


modeling.id : AllModels ( Output/tico/tico.AllModels.ensemble.models.out )

models.projected : 
tico_EMcvByTSS_mergedData_mergedRun_mergedAlgo, tico_EMwmeanByTSS_mergedData_mergedRun_mergedAlgo

-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=
A) Projection de la distribution potentielle contemporaine (modèle d'ensemble) sur la métropole de Grenoble ; B) Incertitude associée à la projection.

Figure 50.19: A) Projection de la distribution potentielle contemporaine (modèle d’ensemble) sur la métropole de Grenoble ; B) Incertitude associée à la projection.

50.3.3 Distributions potentielles futures

Futur : Projection à l’échelle de l’Europe jusqu’à l’horizon 2100

Toutes les fenêtres temporelles × scénarios pour le GCM « IPSL-CM6A-LR »

  1. SSP1-2.6
Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP1-2.6 (modèle d'ensemble).Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP1-2.6 (modèle d'ensemble).Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP1-2.6 (modèle d'ensemble).Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP1-2.6 (modèle d'ensemble).Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP1-2.6 (modèle d'ensemble).

Figure 50.20: Projection des distributions potentielles futures jusqu’à l’horizon 2100 sous le scénario SSP1-2.6 (modèle d’ensemble).

On obtient pour la métrique TSS une carte unique de moyenne pondérée sur les algorithmes et sur les jeux de pseudo-absences.

  1. SSP2-4.5
Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP2-4.5 (modèle d'ensemble).Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP2-4.5 (modèle d'ensemble).Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP2-4.5 (modèle d'ensemble).Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP2-4.5 (modèle d'ensemble).Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP2-4.5 (modèle d'ensemble).

Figure 50.21: Projection des distributions potentielles futures jusqu’à l’horizon 2100 sous le scénario SSP2-4.5 (modèle d’ensemble).

  1. SSP3-7.0
Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP3-7.0 (modèle d'ensemble).Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP3-7.0 (modèle d'ensemble).Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP3-7.0 (modèle d'ensemble).Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP3-7.0 (modèle d'ensemble).Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP3-7.0 (modèle d'ensemble).

Figure 50.22: Projection des distributions potentielles futures jusqu’à l’horizon 2100 sous le scénario SSP3-7.0 (modèle d’ensemble).

  1. SSP5-8.5
Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble).Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble).Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble).Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble).Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble).

Figure 50.23: Projection des distributions potentielles futures jusqu’à l’horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d’ensemble).

50.4 Inférence à l’échelle de la métropole

  • Croisement avec températures de surface 2019 (fournie par la métropole)
  • → conditions climatiques favorables à fine échelle
  • à peu près 7 pixels × 9 (WorldClim)

50.4.1 Distributions potentielles futures

Même chose que précédemment mais sur les rasters de Grenoble

  1. SSP1-2.6
Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).

Figure 50.24: Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu’à l’horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d’ensemble, GCM IPSL).

  1. SSP2-4.5
Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).

Figure 50.25: Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu’à l’horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d’ensemble, GCM IPSL).

  1. SSP3-7.0
Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).

Figure 50.26: Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu’à l’horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d’ensemble, GCM IPSL).

  1. SSP5-8.5
Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).

Figure 50.27: Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu’à l’horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d’ensemble, GCM IPSL).

50.4.2 Évolution temporelle

# A tibble: 17 × 8
   min         q1          median      mean        q3          max   ssp    year
   <table[1d]> <table[1d]> <table[1d]> <table[1d]> <table[1d]> <tab> <fct> <dbl>
 1 235         595         682         680.3849    801         998   0      2000
 2 111         286         506         496.9868    704         974   126    2040
 3  95         193         363         402.0798    583         926   126    2060
 4  79         185         333         373.2079    549         916   126    2080
 5 133         206         334         377.8531    535         906   126    2100
 6  92         271         498         488.7796    689         966   245    2040
 7  99         189         274         337.3139    459         885   245    2060
 8 100         195         217         287.3348    347         820   245    2080
 9  74         191         215         229.9393    240         609   245    2100
10 111         278         481         481.1860    677         954   370    2040
11 117         198         264         337.7053    483         864   370    2060
12 111         206         232         240.9400    255         586   370    2080
13  14         121         209         192.4683    273         319   370    2100
14  87         229         435         427.6593    607         935   585    2040
15  83         193         217         278.6742    361         716   585    2060
16  13         119         202         186.2548    256         321   585    2080
17  40         226         255         233.0946    278         382   585    2100
Évolution de la favorabilité climatique au cours du XXIème siècle. Le point représente la médiane sur l'étendue de la métropole (i.e. tous les pixels de la carte) ; le trait gras représente 50 % des données intermédiaires (espace inter-quartile) ; le trait fin représente le reste des données du minimum au maximum.

Figure 50.28: Évolution de la favorabilité climatique au cours du XXIème siècle. Le point représente la médiane sur l’étendue de la métropole (i.e. tous les pixels de la carte) ; le trait gras représente 50 % des données intermédiaires (espace inter-quartile) ; le trait fin représente le reste des données du minimum au maximum.