34 Celtis occidentalis

34.1 Données d’occurrences GBIF

Collecte des données du GBIF :

<<gbif download metadata>>
  Status: SUCCEEDED
  DOI: 10.15468/dl.eacamb
  Format: SIMPLE_CSV
  Download key: 0232050-230224095556074
  Created: 2023-05-11T06:48:00.990+00:00
  Modified: 2023-05-11T06:48:58.115+00:00
  Download link: https://api.gbif.org/v1/occurrence/download/request/0232050-230224095556074.zip
  Total records: 9231

Conversion en objets géographiques (format Simple feature de sf) et exploration rapide des données (classe du jeu de données et premières lignes du tableau) :

Simple feature collection with 4373 features and 50 fields
Attribute-geometry relationship: 50 constant, 0 aggregate, 0 identity
Geometry type: POINT
Dimension:     XY
Bounding box:  xmin: -122.033872 ymin: -37.8167 xmax: 153.01744 ymax: 63.434
Geodetic CRS:  WGS 84
# A tibble: 4,373 × 51
    gbifID datasetKey occurrenceID kingdom phylum class order family genus species infraspecificEpithet
 * <int64> <chr>      <chr>        <chr>   <chr>  <chr> <chr> <chr>  <chr> <chr>   <chr>               
 1    3.e9 5f06e39d-… USFS - New … Plantae Trach… Magn… Rosa… Canna… Celt… Celtis… ""                  
 2    3.e9 5f06e39d-… USFS - New … Plantae Trach… Magn… Rosa… Canna… Celt… Celtis… ""                  
 3    3.e9 5f06e39d-… USFS - New … Plantae Trach… Magn… Rosa… Canna… Celt… Celtis… ""                  
 4    3.e9 5f06e39d-… USFS - New … Plantae Trach… Magn… Rosa… Canna… Celt… Celtis… ""                  
 5    3.e9 d1e9202b-… NYCstreetTr… Plantae Trach… Magn… Rosa… Canna… Celt… Celtis… ""                  
 6    3.e9 d1e9202b-… NYCstreetTr… Plantae Trach… Magn… Rosa… Canna… Celt… Celtis… ""                  
 7    3.e9 d1e9202b-… NYCstreetTr… Plantae Trach… Magn… Rosa… Canna… Celt… Celtis… ""                  
 8    3.e9 c4e1739b-… BISON:New Y… Plantae Trach… Magn… Rosa… Canna… Celt… Celtis… ""                  
 9    3.e9 d1e9202b-… NYCstreetTr… Plantae Trach… Magn… Rosa… Canna… Celt… Celtis… ""                  
10    3.e9 c4e1739b-… BISON:New Y… Plantae Trach… Magn… Rosa… Canna… Celt… Celtis… ""                  
# ℹ 4,363 more rows
# ℹ 40 more variables: taxonRank <chr>, scientificName <chr>, verbatimScientificName <chr>,
#   verbatimScientificNameAuthorship <chr>, countryCode <chr>, locality <chr>, stateProvince <chr>,
#   occurrenceStatus <chr>, individualCount <int>, publishingOrgKey <chr>, decimalLatitude <dbl>,
#   decimalLongitude <dbl>, coordinateUncertaintyInMeters <dbl>, coordinatePrecision <dbl>,
#   elevation <dbl>, elevationAccuracy <dbl>, depth <lgl>, depthAccuracy <lgl>, eventDate <dttm>,
#   day <int>, month <int>, year <int>, taxonKey <int>, speciesKey <int>, basisOfRecord <chr>, …

Il y a 4 373 occurrences dans le jeu de données. On les affiche sur la carte du monde :

Occurrences de Celtis occidentalis dans le monde.

Figure 34.1: Occurrences de Celtis occidentalis dans le monde.

34.1.1 Données par région

On évalue la proportion d’occurrences dans chaque région, en utilisant les 3 masques créés précédemment. Si on a au moins 50 % des occurrences dans une région, on peut continuer en travaillant uniquement sur ces données. Sinon, on vérifie qu’au moins 67 % des données tombent dans l’ensemble des régions, et on prend la région la plus représentée. Au final, s’il s’agit d’une espèce endémique d’Europe, on n’a pas besoin de manipulation supplémentaire.

[1] 0.05282414818
[1] 0.912188429
[1] 0

Espèce endémique d’Amérique du Nord

Occurrence de Celtis occidentalis dans la région d'endémisme.

Figure 34.2: Occurrence de Celtis occidentalis dans la région d’endémisme.

34.1.2 Licences

On s’intéresse ici au problème particulier des licences :


   CC_BY_4_0 CC_BY_NC_4_0      CC0_1_0 
         707         2667          615 
[1] 33.14113813
Occurrence de Celtis occidentalis dans la région d'endémisme, selon la licence : CC BY-NC en bleu ; CC0 et CC BY en orange.

Figure 34.3: Occurrence de Celtis occidentalis dans la région d’endémisme, selon la licence : CC BY-NC en bleu ; CC0 et CC BY en orange.

Idéalement, on aimerait avoir au moins 50 % de données vraiment libres d’utilisation (c’est-à-dire sans la clause -NC). On continue en supprimant les données en CC BY-NC.

Moins de 50 % de données librement utilisables

[1] 1322

34.1.3 Sous-échantillonnage

Si le jeu de données contient 25 000 occurrences ou plus, on procède au sous-échantillonnage aléatoire pour en conserver un maximum de 25 000.

Moins de 25 000 occurrences : pas de sous-échantillonnage

Simple feature collection with 1322 features and 50 fields
Attribute-geometry relationship: 50 constant, 0 aggregate, 0 identity
Geometry type: POINT
Dimension:     XY
Bounding box:  xmin: -116.233333 ymin: 29.549438 xmax: -70.9275 ymax: 50.198611
Geodetic CRS:  WGS 84
# A tibble: 1,322 × 51
    gbifID datasetKey occurrenceID kingdom phylum class order family genus species infraspecificEpithet
   <int64> <chr>      <chr>        <chr>   <chr>  <chr> <chr> <chr>  <chr> <chr>   <chr>               
 1    3.e9 5f06e39d-… USFS - New … Plantae Trach… Magn… Rosa… Canna… Celt… Celtis… ""                  
 2    3.e9 5f06e39d-… USFS - New … Plantae Trach… Magn… Rosa… Canna… Celt… Celtis… ""                  
 3    3.e9 5f06e39d-… USFS - New … Plantae Trach… Magn… Rosa… Canna… Celt… Celtis… ""                  
 4    3.e9 5f06e39d-… USFS - New … Plantae Trach… Magn… Rosa… Canna… Celt… Celtis… ""                  
 5    3.e9 d1e9202b-… NYCstreetTr… Plantae Trach… Magn… Rosa… Canna… Celt… Celtis… ""                  
 6    3.e9 d1e9202b-… NYCstreetTr… Plantae Trach… Magn… Rosa… Canna… Celt… Celtis… ""                  
 7    3.e9 d1e9202b-… NYCstreetTr… Plantae Trach… Magn… Rosa… Canna… Celt… Celtis… ""                  
 8    3.e9 c4e1739b-… BISON:New Y… Plantae Trach… Magn… Rosa… Canna… Celt… Celtis… ""                  
 9    3.e9 d1e9202b-… NYCstreetTr… Plantae Trach… Magn… Rosa… Canna… Celt… Celtis… ""                  
10    3.e9 c4e1739b-… BISON:New Y… Plantae Trach… Magn… Rosa… Canna… Celt… Celtis… ""                  
# ℹ 1,312 more rows
# ℹ 40 more variables: taxonRank <chr>, scientificName <chr>, verbatimScientificName <chr>,
#   verbatimScientificNameAuthorship <chr>, countryCode <chr>, locality <chr>, stateProvince <chr>,
#   occurrenceStatus <chr>, individualCount <int>, publishingOrgKey <chr>, decimalLatitude <dbl>,
#   decimalLongitude <dbl>, coordinateUncertaintyInMeters <dbl>, coordinatePrecision <dbl>,
#   elevation <dbl>, elevationAccuracy <dbl>, depth <lgl>, depthAccuracy <lgl>, eventDate <dttm>,
#   day <int>, month <int>, year <int>, taxonKey <int>, speciesKey <int>, basisOfRecord <chr>, …

34.1.4 Carte finale

On prépare la carte finale des occurrences :

Occurrence de Celtis occidentalis dans la région d'endémisme après sous-échantillonnage éventuel.

Figure 34.4: Occurrence de Celtis occidentalis dans la région d’endémisme après sous-échantillonnage éventuel.

34.2 Modélisation de la niche climatique

34.2.1 Préparer les données

Organisation des données d’entrées (occurrences et données environnementales) et des données produites de pseudo-absences :

 class       : SpatVector 
 geometry    : points 
 dimensions  : 1322, 0  (geometries, attributes)
 extent      : -116.2333, -70.9275, 29.54944, 50.19861  (xmin, xmax, ymin, ymax)
 coord. ref. : lon/lat WGS 84 (EPSG:4326) 

-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-= ceoc Data Formating -=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=

      ! Response variable is considered as only presences... Is it really what you want?
      ! No data has been set aside for modeling evaluation
 !!! Some data are located in the same raster cell. 
          Please set `filter.raster = TRUE` if you want an automatic filtering.

Checking Pseudo-absence selection arguments...

   > random pseudo absences selection
   > Pseudo absences are selected in explanatory variables
 ! Some NAs have been automatically removed from your data
 !!! Some data are located in the same raster cell. 
          Please set `filter.raster = TRUE` if you want an automatic filtering.
-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-= Done -=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=

-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-= BIOMOD.formated.data -=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=

dir.name =  Output

sp.name =  ceoc

     1319 presences,  0 true absences and  3964 undefined points in dataset


     6 explanatory variables

 temp_max_august     temp_min       temp_wet_quart    temp_season    
 Min.   : 9.768   Min.   :-30.708   Min.   :-12.75   Min.   :  57.7  
 1st Qu.:24.300   1st Qu.:-15.266   1st Qu.: 12.47   1st Qu.: 773.9  
 Median :28.120   Median : -8.644   Median : 17.95   Median : 912.6  
 Mean   :27.498   Mean   : -8.733   Mean   : 16.27   Mean   : 899.8  
 3rd Qu.:31.174   3rd Qu.: -3.476   3rd Qu.: 21.63   3rd Qu.:1081.2  
 Max.   :42.536   Max.   : 22.044   Max.   : 32.19   Max.   :1456.5  
 prec_wet_quart    prec_season    
 Min.   :  28.0   Min.   :  5.55  
 1st Qu.: 224.0   1st Qu.: 19.14  
 Median : 296.0   Median : 35.23  
 Mean   : 312.3   Mean   : 40.17  
 3rd Qu.: 340.5   3rd Qu.: 56.34  
 Max.   :1789.0   Max.   :136.07  

-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=

On visualise les pseudo-absences :

Les données d'occurrences (en haut à gauche) et les trois jeux de données aléatoires de pseudo-absences.

Figure 34.5: Les données d’occurrences (en haut à gauche) et les trois jeux de données aléatoires de pseudo-absences.

$data.vect
 class       : SpatVector 
 geometry    : points 
 dimensions  : 9242, 2  (geometries, attributes)
 extent      : -129.9375, -52.85417, 13.0625, 54.97917  (xmin, xmax, ymin, ymax)
 coord. ref. :  
 names       :  resp         dataset
 type        : <num>           <chr>
 values      :    10 Initial dataset
                  10 Initial dataset
                  10 Initial dataset

$data.label
                              9                              10 
                "**Presences**"       "Presences (calibration)" 
                             11                              12 
       "Presences (validation)"        "Presences (evaluation)" 
                             19                              20 
            "**True Absences**"   "True Absences (calibration)" 
                             21                              22 
   "True Absences (validation)"    "True Absences (evaluation)" 
                             29                              30 
          "**Pseudo-Absences**" "Pseudo-Absences (calibration)" 
                             31                               1 
 "Pseudo-Absences (validation)"                    "Background" 

$data.plot
Les données d'occurrences (en haut à gauche) et les trois jeux de données aléatoires de pseudo-absences.

Figure 34.6: Les données d’occurrences (en haut à gauche) et les trois jeux de données aléatoires de pseudo-absences.

34.2.2 Modèles individuels de niche


-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-= Build Single Models -=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=


Checking Models arguments...

Creating suitable Workdir...

            ! Weights where automatically defined for ceoc_PA1 to rise a 0.5 prevalence !
            ! Weights where automatically defined for ceoc_PA2 to rise a 0.5 prevalence !
            ! Weights where automatically defined for ceoc_PA3 to rise a 0.5 prevalence !


-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-= ceoc Modeling Summary -=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=

 6  environmental variables ( temp_max_august temp_min temp_wet_quart temp_season prec_wet_quart prec_season )
Number of evaluation repetitions : 1
Models selected : GAM MARS MAXNET GBM ANN RF 

Total number of model runs: 18 

-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=


-=-=-=- Run :  ceoc_PA1 


-=-=-=--=-=-=- ceoc_PA1_RUN1 


-=-=-=- Run :  ceoc_PA2 


-=-=-=--=-=-=- ceoc_PA2_RUN1 


-=-=-=- Run :  ceoc_PA3 


-=-=-=--=-=-=- ceoc_PA3_RUN1 

-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-= Done -=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=

34.2.2.1 Évaluation de la performance

             full.name  PA  run   algo metric.eval cutoff sensitivity
1    ceoc_PA1_RUN1_GAM PA1 RUN1    GAM         TSS  616.0      93.270
2    ceoc_PA1_RUN1_GAM PA1 RUN1    GAM         ROC  617.0      93.270
3   ceoc_PA1_RUN1_MARS PA1 RUN1   MARS         TSS  534.0      88.531
4   ceoc_PA1_RUN1_MARS PA1 RUN1   MARS         ROC  649.0      85.877
5 ceoc_PA1_RUN1_MAXNET PA1 RUN1 MAXNET         TSS  425.0      86.730
6 ceoc_PA1_RUN1_MAXNET PA1 RUN1 MAXNET         ROC  427.5      86.730
  specificity calibration validation evaluation
1      69.282       0.626      0.568         NA
2      69.376       0.793      0.736         NA
3      84.026       0.727      0.705         NA
4      86.957       0.933      0.930         NA
5      86.389       0.733      0.708         NA
6      86.767       0.936      0.925         NA
Évaluation de la performance des modèles individuels : True Skill Statistic & aire sous la courbe de ROC.

Figure 34.7: Évaluation de la performance des modèles individuels : True Skill Statistic & aire sous la courbe de ROC.

34.2.2.2 Importance des variables environnementales

          full.name  PA  run algo        expl.var rand  var.imp
1 ceoc_PA1_RUN1_GAM PA1 RUN1  GAM temp_max_august    1 0.444373
2 ceoc_PA1_RUN1_GAM PA1 RUN1  GAM        temp_min    1 0.247590
3 ceoc_PA1_RUN1_GAM PA1 RUN1  GAM  temp_wet_quart    1 0.142522
4 ceoc_PA1_RUN1_GAM PA1 RUN1  GAM     temp_season    1 0.280586
5 ceoc_PA1_RUN1_GAM PA1 RUN1  GAM  prec_wet_quart    1 0.158239
6 ceoc_PA1_RUN1_GAM PA1 RUN1  GAM     prec_season    1 0.276264
Pourcentage de variance expliquée pour chaque variable, décomposé par algorithme.

Figure 34.8: Pourcentage de variance expliquée pour chaque variable, décomposé par algorithme.

Pourcentage de variance expliquée pour chaque variable, décomposé par variable.

Figure 34.9: Pourcentage de variance expliquée pour chaque variable, décomposé par variable.

34.2.2.3 Courbes de réponses

Courbes de réponse de chaque variable climatique selon l'algorithme (en couleurs).

Figure 34.10: Courbes de réponse de chaque variable climatique selon l’algorithme (en couleurs).

34.2.3 Modèles d’ensemble de niche

Seulement modèles avec TSS > 0.8


-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-= BIOMOD.ensemble.models.out -=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=

sp.name : ceoc

expl.var.names : temp_max_august temp_min temp_wet_quart temp_season 
prec_wet_quart prec_season


models computed: ceoc_EMwmeanByTSS_mergedData_mergedRun_mergedAlgo

models failed: ceoc_EMcvByTSS_mergedData_mergedRun_mergedAlgo

-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=

34.2.3.1 Évaluation de la qualité

                                          full.name merged.by.PA merged.by.run
1 ceoc_EMwmeanByTSS_mergedData_mergedRun_mergedAlgo   mergedData     mergedRun
2 ceoc_EMwmeanByTSS_mergedData_mergedRun_mergedAlgo   mergedData     mergedRun
  merged.by.algo filtered.by    algo metric.eval cutoff sensitivity specificity
1     mergedAlgo         TSS EMwmean         TSS    485      97.574      89.783
2     mergedAlgo         TSS EMwmean         ROC    485      97.574      89.783
  calibration validation evaluation
1       0.874         NA         NA
2       0.978         NA         NA
Évaluation de la qualité du modèle d'ensemble : Aire sous la courbe de ROC & True Skill Statistic.

Figure 34.11: Évaluation de la qualité du modèle d’ensemble : Aire sous la courbe de ROC & True Skill Statistic.

                                          full.name merged.by.PA merged.by.run
1 ceoc_EMwmeanByTSS_mergedData_mergedRun_mergedAlgo   mergedData     mergedRun
2 ceoc_EMwmeanByTSS_mergedData_mergedRun_mergedAlgo   mergedData     mergedRun
3 ceoc_EMwmeanByTSS_mergedData_mergedRun_mergedAlgo   mergedData     mergedRun
4 ceoc_EMwmeanByTSS_mergedData_mergedRun_mergedAlgo   mergedData     mergedRun
5 ceoc_EMwmeanByTSS_mergedData_mergedRun_mergedAlgo   mergedData     mergedRun
6 ceoc_EMwmeanByTSS_mergedData_mergedRun_mergedAlgo   mergedData     mergedRun
  merged.by.algo filtered.by    algo        expl.var rand  var.imp
1     mergedAlgo         TSS EMwmean temp_max_august    1 0.166442
2     mergedAlgo         TSS EMwmean        temp_min    1 0.073017
3     mergedAlgo         TSS EMwmean  temp_wet_quart    1 0.098005
4     mergedAlgo         TSS EMwmean     temp_season    1 0.246296
5     mergedAlgo         TSS EMwmean  prec_wet_quart    1 0.095021
6     mergedAlgo         TSS EMwmean     prec_season    1 0.127777

Par variable :

Pourcentage de variance expliquée par variable dans le modèle d'ensemble.

Figure 34.12: Pourcentage de variance expliquée par variable dans le modèle d’ensemble.

Courbes de réponse de chaque variable climatique dans le modèle d'ensemble.

Figure 34.13: Courbes de réponse de chaque variable climatique dans le modèle d’ensemble.

34.3 Projections

34.3.1 Distribution potentielle contemporaine

Contemporaine : Cartographie des observations sur couches climatiques Extraction des conditions climatiques favorables


-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-= BIOMOD.projection.out -=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=

Projection directory : Output/ceoc/current


sp.name : ceoc

expl.var.names : temp_max_august temp_min temp_wet_quart temp_season 
prec_wet_quart prec_season


modeling.id : AllModels ( Output/ceoc/ceoc.AllModels.models.out )

models.projected : 
ceoc_PA1_RUN1_GAM, ceoc_PA1_RUN1_MARS, ceoc_PA1_RUN1_MAXNET, ceoc_PA1_RUN1_GBM, ceoc_PA1_RUN1_RF, ceoc_PA2_RUN1_GAM, ceoc_PA2_RUN1_MARS, ceoc_PA2_RUN1_MAXNET, ceoc_PA2_RUN1_GBM, ceoc_PA2_RUN1_RF, ceoc_PA3_RUN1_GAM, ceoc_PA3_RUN1_MARS, ceoc_PA3_RUN1_MAXNET, ceoc_PA3_RUN1_GBM, ceoc_PA3_RUN1_RF

available binary projection : TSS, ROC

available filtered projection : TSS, ROC

-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=
Projection de la distribution potentielle contemporaine sur l'Europe, selon les 6 algorithmes et les 3 runs.

Figure 34.14: Projection de la distribution potentielle contemporaine sur l’Europe, selon les 6 algorithmes et les 3 runs.

Projection de la distribution potentielle contemporaine sur l'Europe, selon les 6 algorithmes et les 3 runs.

Figure 34.15: Projection de la distribution potentielle contemporaine sur l’Europe, selon les 6 algorithmes et les 3 runs.


-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-= BIOMOD.projection.out -=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=

Projection directory : Output/ceoc/current


sp.name : ceoc

expl.var.names : temp_max_august temp_min temp_wet_quart temp_season 
prec_wet_quart prec_season


modeling.id : AllModels ( Output/ceoc/ceoc.AllModels.ensemble.models.out )

models.projected : ceoc_EMwmeanByTSS_mergedData_mergedRun_mergedAlgo

-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=
A) Projection de la distribution potentielle contemporaine (modèle d'ensemble) ; B) Incertitude associée à la projection.

Figure 34.16: A) Projection de la distribution potentielle contemporaine (modèle d’ensemble) ; B) Incertitude associée à la projection.

34.3.2 Interpolation à l’échelle de la métropole

  • → conditions climatiques favorables à fine échelle

On projette la niche climatique sur ce raster à fine échelle.


-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-= BIOMOD.projection.out -=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=

Projection directory : Output/ceoc/cont_gre


sp.name : ceoc

expl.var.names : temp_max_august temp_min temp_wet_quart temp_season prec_wet_quart prec_season


modeling.id : AllModels ( Output/ceoc/ceoc.AllModels.models.out )

models.projected : 
ceoc_PA1_RUN1_GAM, ceoc_PA1_RUN1_MARS, ceoc_PA1_RUN1_MAXNET, ceoc_PA1_RUN1_GBM, ceoc_PA1_RUN1_RF, ceoc_PA2_RUN1_GAM, ceoc_PA2_RUN1_MARS, ceoc_PA2_RUN1_MAXNET, ceoc_PA2_RUN1_GBM, ceoc_PA2_RUN1_RF, ceoc_PA3_RUN1_GAM, ceoc_PA3_RUN1_MARS, ceoc_PA3_RUN1_MAXNET, ceoc_PA3_RUN1_GBM, ceoc_PA3_RUN1_RF

available binary projection : TSS, ROC

available filtered projection : TSS, ROC

-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=
Projection de la distribution potentielle contemporaine sur la métropole de Grenoble, selon les 6 algorithmes et les 3 runs.

Figure 34.17: Projection de la distribution potentielle contemporaine sur la métropole de Grenoble, selon les 6 algorithmes et les 3 runs.

Projection de la distribution potentielle contemporaine sur la métropole de Grenoble, selon les 6 algorithmes et les 3 runs.

Figure 34.18: Projection de la distribution potentielle contemporaine sur la métropole de Grenoble, selon les 6 algorithmes et les 3 runs.


-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-= BIOMOD.projection.out -=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=

Projection directory : Output/ceoc/cont_gre


sp.name : ceoc

expl.var.names : temp_max_august temp_min temp_wet_quart temp_season prec_wet_quart prec_season


modeling.id : AllModels ( Output/ceoc/ceoc.AllModels.ensemble.models.out )

models.projected : ceoc_EMwmeanByTSS_mergedData_mergedRun_mergedAlgo

-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=
A) Projection de la distribution potentielle contemporaine (modèle d'ensemble) sur la métropole de Grenoble ; B) Incertitude associée à la projection.

Figure 34.19: A) Projection de la distribution potentielle contemporaine (modèle d’ensemble) sur la métropole de Grenoble ; B) Incertitude associée à la projection.

34.3.3 Distributions potentielles futures

Futur : Projection à l’échelle de l’Europe jusqu’à l’horizon 2100

Toutes les fenêtres temporelles × scénarios pour le GCM « IPSL-CM6A-LR »

  1. SSP1-2.6
Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP1-2.6 (modèle d'ensemble).Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP1-2.6 (modèle d'ensemble).Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP1-2.6 (modèle d'ensemble).Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP1-2.6 (modèle d'ensemble).Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP1-2.6 (modèle d'ensemble).

Figure 34.20: Projection des distributions potentielles futures jusqu’à l’horizon 2100 sous le scénario SSP1-2.6 (modèle d’ensemble).

On obtient pour la métrique TSS une carte unique de moyenne pondérée sur les algorithmes et sur les jeux de pseudo-absences.

  1. SSP2-4.5
Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP2-4.5 (modèle d'ensemble).Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP2-4.5 (modèle d'ensemble).Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP2-4.5 (modèle d'ensemble).Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP2-4.5 (modèle d'ensemble).Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP2-4.5 (modèle d'ensemble).

Figure 34.21: Projection des distributions potentielles futures jusqu’à l’horizon 2100 sous le scénario SSP2-4.5 (modèle d’ensemble).

  1. SSP3-7.0
Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP3-7.0 (modèle d'ensemble).Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP3-7.0 (modèle d'ensemble).Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP3-7.0 (modèle d'ensemble).Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP3-7.0 (modèle d'ensemble).Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP3-7.0 (modèle d'ensemble).

Figure 34.22: Projection des distributions potentielles futures jusqu’à l’horizon 2100 sous le scénario SSP3-7.0 (modèle d’ensemble).

  1. SSP5-8.5
Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble).Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble).Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble).Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble).Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble).

Figure 34.23: Projection des distributions potentielles futures jusqu’à l’horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d’ensemble).

34.4 Inférence à l’échelle de la métropole

  • Croisement avec températures de surface 2019 (fournie par la métropole)
  • → conditions climatiques favorables à fine échelle
  • à peu près 7 pixels × 9 (WorldClim)

34.4.1 Distributions potentielles futures

Même chose que précédemment mais sur les rasters de Grenoble

  1. SSP1-2.6
Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).

Figure 34.24: Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu’à l’horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d’ensemble, GCM IPSL).

  1. SSP2-4.5
Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).

Figure 34.25: Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu’à l’horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d’ensemble, GCM IPSL).

  1. SSP3-7.0
Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).

Figure 34.26: Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu’à l’horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d’ensemble, GCM IPSL).

  1. SSP5-8.5
Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).

Figure 34.27: Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu’à l’horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d’ensemble, GCM IPSL).

34.4.2 Évolution temporelle

# A tibble: 17 × 8
   min         q1          median      mean        q3          max   ssp    year
   <table[1d]> <table[1d]> <table[1d]> <table[1d]> <table[1d]> <tab> <fct> <dbl>
 1 24           78         108         148.5897    234         412   0      2000
 2 44          152         234         216.4490    272         468   126    2040
 3 50          186         234         220.0629    260         412   126    2060
 4 30          194         238         223.3023    264         418   126    2080
 5 50          182         232         217.6373    260         394   126    2100
 6 56          182         240         224.8392    274         478   245    2040
 7 38          204         238         229.1742    256         408   245    2060
 8 66          222         248         243.0778    268         362   245    2080
 9 56          200         240         234.9077    270         342   245    2100
10 44          160         238         218.7033    272         472   370    2040
11 58          204         236         231.8975    264         394   370    2060
12 76          196         238         234.3531    272         370   370    2080
13 44          208         234         236.1528    270         370   370    2100
14 36          172         230         211.6456    266         370   585    2040
15 58          212         240         234.2775    264         358   585    2060
16 50          224         250         245.1061    278         376   585    2080
17 34          170         228         225.4402    292         422   585    2100
Évolution de la favorabilité climatique au cours du XXIème siècle. Le point représente la médiane sur l'étendue de la métropole (i.e. tous les pixels de la carte) ; le trait gras représente 50 % des données intermédiaires (espace inter-quartile) ; le trait fin représente le reste des données du minimum au maximum.

Figure 34.28: Évolution de la favorabilité climatique au cours du XXIème siècle. Le point représente la médiane sur l’étendue de la métropole (i.e. tous les pixels de la carte) ; le trait gras représente 50 % des données intermédiaires (espace inter-quartile) ; le trait fin représente le reste des données du minimum au maximum.