162 Prunus mahaleb

162.1 Données d’occurrences GBIF

Collecte des données du GBIF :

<<gbif download metadata>>
  Status: SUCCEEDED
  DOI: 10.15468/dl.jtzhuf
  Format: SIMPLE_CSV
  Download key: 0252694-230224095556074
  Created: 2023-05-20T18:09:36.014+00:00
  Modified: 2023-05-20T18:11:15.200+00:00
  Download link: https://api.gbif.org/v1/occurrence/download/request/0252694-230224095556074.zip
  Total records: 72793

Conversion en objets géographiques (format Simple feature de sf) et exploration rapide des données (classe du jeu de données et premières lignes du tableau) :

Simple feature collection with 72793 features and 50 fields
Attribute-geometry relationship: 50 constant, 0 aggregate, 0 identity
Geometry type: POINT
Dimension:     XY
Bounding box:  xmin: -135.09853 ymin: -45.265475 xmax: 173.324118 ymax: 63.434
Geodetic CRS:  WGS 84
# A tibble: 72,793 × 51
     gbifID datasetKey occurrenceID kingdom phylum class order family genus species infraspecificEpithet
 *  <int64> <chr>      <chr>        <chr>   <chr>  <chr> <chr> <chr>  <chr> <chr>   <chr>               
 1      9e8 38b4c89f-… urn:lsid:ar… Plantae Trach… Magn… Rosa… Rosac… Prun… Prunus… ""                  
 2      9e8 38b4c89f-… urn:lsid:ar… Plantae Trach… Magn… Rosa… Rosac… Prun… Prunus… ""                  
 3      9e8 38b4c89f-… urn:lsid:ar… Plantae Trach… Magn… Rosa… Rosac… Prun… Prunus… ""                  
 4      9e8 38b4c89f-… urn:lsid:ar… Plantae Trach… Magn… Rosa… Rosac… Prun… Prunus… ""                  
 5      9e8 38b4c89f-… urn:lsid:ar… Plantae Trach… Magn… Rosa… Rosac… Prun… Prunus… ""                  
 6      9e8 38b4c89f-… urn:lsid:ar… Plantae Trach… Magn… Rosa… Rosac… Prun… Prunus… ""                  
 7      9e8 38b4c89f-… urn:lsid:ar… Plantae Trach… Magn… Rosa… Rosac… Prun… Prunus… ""                  
 8      9e8 38b4c89f-… urn:lsid:ar… Plantae Trach… Magn… Rosa… Rosac… Prun… Prunus… ""                  
 9      9e8 271c444f-… INBO:FLORA:… Plantae Trach… Magn… Rosa… Rosac… Prun… Prunus… ""                  
10      9e8 837acfc2-… HSS:HSS:509… Plantae Trach… Magn… Rosa… Rosac… Prun… Prunus… ""                  
# ℹ 72,783 more rows
# ℹ 40 more variables: taxonRank <chr>, scientificName <chr>, verbatimScientificName <chr>,
#   verbatimScientificNameAuthorship <chr>, countryCode <chr>, locality <chr>, stateProvince <chr>,
#   occurrenceStatus <chr>, individualCount <int>, publishingOrgKey <chr>, decimalLatitude <dbl>,
#   decimalLongitude <dbl>, coordinateUncertaintyInMeters <dbl>, coordinatePrecision <dbl>,
#   elevation <dbl>, elevationAccuracy <dbl>, depth <dbl>, depthAccuracy <dbl>, eventDate <dttm>,
#   day <int>, month <int>, year <int>, taxonKey <int>, speciesKey <int>, basisOfRecord <chr>, …

Il y a 72 793 occurrences dans le jeu de données. On les affiche sur la carte du monde :

Occurrences de Prunus mahaleb dans le monde.

Figure 162.1: Occurrences de Prunus mahaleb dans le monde.

162.1.1 Données par région

On évalue la proportion d’occurrences dans chaque région, en utilisant les 3 masques créés précédemment. Si on a au moins 50 % des occurrences dans une région, on peut continuer en travaillant uniquement sur ces données. Sinon, on vérifie qu’au moins 67 % des données tombent dans l’ensemble des régions, et on prend la région la plus représentée. Au final, s’il s’agit d’une espèce endémique d’Europe, on n’a pas besoin de manipulation supplémentaire.

[1] 0.9928701936
[1] 0.006140700342
[1] 9.616309261e-05

Espèce endémique d’Europe

Occurrence de Prunus mahaleb dans la région d'endémisme.

Figure 162.2: Occurrence de Prunus mahaleb dans la région d’endémisme.

162.1.2 Licences

On s’intéresse ici au problème particulier des licences :


                                               CC_BY_4_0 
                                                   69509 
                                            CC_BY_NC_4_0 
                                                    2255 
                                                 CC0_1_0 
                                                     497 
https://creativecommons.org/licenses/by-nc/4.0/legalcode 
                                                      13 
[1] 96.86194205
Occurrence de Prunus mahaleb dans la région d'endémisme, selon la licence : CC BY-NC en bleu ; CC0 et CC BY en orange.

Figure 162.3: Occurrence de Prunus mahaleb dans la région d’endémisme, selon la licence : CC BY-NC en bleu ; CC0 et CC BY en orange.

Idéalement, on aimerait avoir au moins 50 % de données vraiment libres d’utilisation (c’est-à-dire sans la clause -NC). On continue en supprimant les données en CC BY-NC.

[1] 70006

162.1.3 Sous-échantillonnage

Si le jeu de données contient 25 000 occurrences ou plus, on procède au sous-échantillonnage aléatoire pour en conserver un maximum de 25 000.

Simple feature collection with 25000 features and 50 fields
Attribute-geometry relationship: 50 constant, 0 aggregate, 0 identity
Geometry type: POINT
Dimension:     XY
Bounding box:  xmin: -9.256212 ymin: 37.086249 xmax: 46.37028 ymax: 63.434
Geodetic CRS:  WGS 84
# A tibble: 25,000 × 51
     gbifID datasetKey occurrenceID kingdom phylum class order family genus species infraspecificEpithet
    <int64> <chr>      <chr>        <chr>   <chr>  <chr> <chr> <chr>  <chr> <chr>   <chr>               
 1     1 e9 75956ee6-… "http://pif… Plantae Trach… Magn… Rosa… Rosac… Prun… Prunus… ""                  
 2     1.e8 857aa892-… ""           Plantae Trach… Magn… Rosa… Rosac… Prun… Prunus… ""                  
 3     3.e9 14d5676a-… "q-10209428… Plantae Trach… Magn… Rosa… Rosac… Prun… Prunus… ""                  
 4     3.e9 dd238f50-… "9d91d567-1… Plantae Trach… Magn… Rosa… Rosac… Prun… Prunus… ""                  
 5     1.e8 857aa892-… ""           Plantae Trach… Magn… Rosa… Rosac… Prun… Prunus… ""                  
 6     3.e9 e5f16d86-… "6aba4874-5… Plantae Trach… Magn… Rosa… Rosac… Prun… Prunus… ""                  
 7     3.e9 14d81697-… "65109bb0-f… Plantae Trach… Magn… Rosa… Rosac… Prun… Prunus… ""                  
 8     2 e9 dd238f50-… "8ef22562-5… Plantae Trach… Magn… Rosa… Rosac… Prun… Prunus… ""                  
 9     2 e9 7a3679ef-… "o-10032447… Plantae Trach… Magn… Rosa… Rosac… Prun… Prunus… ""                  
10     2 e9 90f9376e-… "a31c4433-f… Plantae Trach… Magn… Rosa… Rosac… Prun… Prunus… ""                  
# ℹ 24,990 more rows
# ℹ 40 more variables: taxonRank <chr>, scientificName <chr>, verbatimScientificName <chr>,
#   verbatimScientificNameAuthorship <chr>, countryCode <chr>, locality <chr>, stateProvince <chr>,
#   occurrenceStatus <chr>, individualCount <int>, publishingOrgKey <chr>, decimalLatitude <dbl>,
#   decimalLongitude <dbl>, coordinateUncertaintyInMeters <dbl>, coordinatePrecision <dbl>,
#   elevation <dbl>, elevationAccuracy <dbl>, depth <dbl>, depthAccuracy <dbl>, eventDate <dttm>,
#   day <int>, month <int>, year <int>, taxonKey <int>, speciesKey <int>, basisOfRecord <chr>, …

162.1.4 Carte finale

On prépare la carte finale des occurrences :

Occurrence de Prunus mahaleb dans la région d'endémisme après sous-échantillonnage éventuel.

Figure 162.4: Occurrence de Prunus mahaleb dans la région d’endémisme après sous-échantillonnage éventuel.

162.2 Modélisation de la niche climatique

162.2.1 Préparer les données

Organisation des données d’entrées (occurrences et données environnementales) et des données produites de pseudo-absences :

 class       : SpatVector 
 geometry    : points 
 dimensions  : 25000, 0  (geometries, attributes)
 extent      : -9.256212, 46.37028, 37.08625, 63.434  (xmin, xmax, ymin, ymax)
 coord. ref. : lon/lat WGS 84 (EPSG:4326) 

-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-= prma Data Formating -=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=

      ! Response variable is considered as only presences... Is it really what you want?
      ! No data has been set aside for modeling evaluation
 !!! Some data are located in the same raster cell. 
          Please set `filter.raster = TRUE` if you want an automatic filtering.

Checking Pseudo-absence selection arguments...

   > random pseudo absences selection
   > Pseudo absences are selected in explanatory variables
 ! Some NAs have been automatically removed from your data
 !!! Some data are located in the same raster cell. 
          Please set `filter.raster = TRUE` if you want an automatic filtering.
-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-= Done -=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=

-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-= BIOMOD.formated.data -=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=

dir.name =  Output

sp.name =  prma

     24999 presences,  0 true absences and  72879 undefined points in dataset


     6 explanatory variables

 temp_max_august     temp_min       temp_wet_quart     temp_season    
 Min.   : 0.084   Min.   :-24.584   Min.   :-12.205   Min.   :   0.0  
 1st Qu.:20.720   1st Qu.: -8.665   1st Qu.:  8.603   1st Qu.: 620.8  
 Median :24.432   Median : -2.600   Median : 12.436   Median : 717.9  
 Mean   :25.213   Mean   : -4.055   Mean   : 11.991   Mean   : 755.4  
 3rd Qu.:28.144   3rd Qu.:  0.808   3rd Qu.: 15.999   3rd Qu.: 896.0  
 Max.   :46.104   Max.   : 12.124   Max.   : 24.861   Max.   :1383.7  
 prec_wet_quart    prec_season    
 Min.   :   3.0   Min.   :  4.61  
 1st Qu.: 175.0   1st Qu.: 20.99  
 Median : 218.0   Median : 30.59  
 Mean   : 222.6   Mean   : 34.44  
 3rd Qu.: 267.0   3rd Qu.: 39.24  
 Max.   :1243.0   Max.   :123.13  

-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=

On visualise les pseudo-absences :

Les données d'occurrences (en haut à gauche) et les trois jeux de données aléatoires de pseudo-absences.

Figure 162.5: Les données d’occurrences (en haut à gauche) et les trois jeux de données aléatoires de pseudo-absences.

$data.vect
 class       : SpatVector 
 geometry    : points 
 dimensions  : 174996, 2  (geometries, attributes)
 extent      : -10.60417, 46.97917, 29.02083, 70.97917  (xmin, xmax, ymin, ymax)
 coord. ref. :  
 names       :  resp         dataset
 type        : <num>           <chr>
 values      :    10 Initial dataset
                  10 Initial dataset
                  10 Initial dataset

$data.label
                              9                              10 
                "**Presences**"       "Presences (calibration)" 
                             11                              12 
       "Presences (validation)"        "Presences (evaluation)" 
                             19                              20 
            "**True Absences**"   "True Absences (calibration)" 
                             21                              22 
   "True Absences (validation)"    "True Absences (evaluation)" 
                             29                              30 
          "**Pseudo-Absences**" "Pseudo-Absences (calibration)" 
                             31                               1 
 "Pseudo-Absences (validation)"                    "Background" 

$data.plot
Les données d'occurrences (en haut à gauche) et les trois jeux de données aléatoires de pseudo-absences.

Figure 162.6: Les données d’occurrences (en haut à gauche) et les trois jeux de données aléatoires de pseudo-absences.

162.2.2 Modèles individuels de niche


-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-= Build Single Models -=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=


Checking Models arguments...

Creating suitable Workdir...

            ! Weights where automatically defined for prma_PA1 to rise a 0.5 prevalence !
            ! Weights where automatically defined for prma_PA2 to rise a 0.5 prevalence !
            ! Weights where automatically defined for prma_PA3 to rise a 0.5 prevalence !


-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-= prma Modeling Summary -=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=

 6  environmental variables ( temp_max_august temp_min temp_wet_quart temp_season prec_wet_quart prec_season )
Number of evaluation repetitions : 1
Models selected : GAM MARS MAXNET GBM ANN RF 

Total number of model runs: 18 

-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=


-=-=-=- Run :  prma_PA1 


-=-=-=--=-=-=- prma_PA1_RUN1 


-=-=-=- Run :  prma_PA2 


-=-=-=--=-=-=- prma_PA2_RUN1 


-=-=-=- Run :  prma_PA3 


-=-=-=--=-=-=- prma_PA3_RUN1 

-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-= Done -=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=

162.2.2.1 Évaluation de la performance

             full.name  PA  run   algo metric.eval cutoff sensitivity
1    prma_PA1_RUN1_GAM PA1 RUN1    GAM         TSS  687.0      94.290
2    prma_PA1_RUN1_GAM PA1 RUN1    GAM         ROC  686.5      94.290
3   prma_PA1_RUN1_MARS PA1 RUN1   MARS         TSS  529.0      94.115
4   prma_PA1_RUN1_MARS PA1 RUN1   MARS         ROC  536.5      94.035
5 prma_PA1_RUN1_MAXNET PA1 RUN1 MAXNET         TSS  372.0      93.995
6 prma_PA1_RUN1_MAXNET PA1 RUN1 MAXNET         ROC  372.5      93.965
  specificity calibration validation evaluation
1      61.335       0.556      0.555         NA
2      61.335       0.696      0.694         NA
3      89.335       0.835      0.835         NA
4      89.460       0.971      0.970         NA
5      91.015       0.850      0.855         NA
6      91.070       0.971      0.968         NA
Évaluation de la performance des modèles individuels : True Skill Statistic & aire sous la courbe de ROC.

Figure 162.7: Évaluation de la performance des modèles individuels : True Skill Statistic & aire sous la courbe de ROC.

162.2.2.2 Importance des variables environnementales

          full.name  PA  run algo        expl.var rand  var.imp
1 prma_PA1_RUN1_GAM PA1 RUN1  GAM temp_max_august    1 0.530451
2 prma_PA1_RUN1_GAM PA1 RUN1  GAM        temp_min    1 0.110203
3 prma_PA1_RUN1_GAM PA1 RUN1  GAM  temp_wet_quart    1 0.024050
4 prma_PA1_RUN1_GAM PA1 RUN1  GAM     temp_season    1 0.603240
5 prma_PA1_RUN1_GAM PA1 RUN1  GAM  prec_wet_quart    1 0.017412
6 prma_PA1_RUN1_GAM PA1 RUN1  GAM     prec_season    1 0.011250
Pourcentage de variance expliquée pour chaque variable, décomposé par algorithme.

Figure 162.8: Pourcentage de variance expliquée pour chaque variable, décomposé par algorithme.

Pourcentage de variance expliquée pour chaque variable, décomposé par variable.

Figure 162.9: Pourcentage de variance expliquée pour chaque variable, décomposé par variable.

162.2.2.3 Courbes de réponses

Courbes de réponse de chaque variable climatique selon l'algorithme (en couleurs).

Figure 162.10: Courbes de réponse de chaque variable climatique selon l’algorithme (en couleurs).

162.2.3 Modèles d’ensemble de niche

Seulement modèles avec TSS > 0.8


-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-= BIOMOD.ensemble.models.out -=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=

sp.name : prma

expl.var.names : temp_max_august temp_min temp_wet_quart temp_season 
prec_wet_quart prec_season


models computed: 
prma_EMcvByTSS_mergedData_mergedRun_mergedAlgo, prma_EMwmeanByTSS_mergedData_mergedRun_mergedAlgo

models failed: none

-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=

162.2.3.1 Évaluation de la qualité

                                          full.name merged.by.PA merged.by.run
1 prma_EMwmeanByTSS_mergedData_mergedRun_mergedAlgo   mergedData     mergedRun
2 prma_EMwmeanByTSS_mergedData_mergedRun_mergedAlgo   mergedData     mergedRun
  merged.by.algo filtered.by    algo metric.eval cutoff sensitivity specificity
1     mergedAlgo         TSS EMwmean         TSS  581.0      95.332      95.447
2     mergedAlgo         TSS EMwmean         ROC  578.5      95.428      95.392
  calibration validation evaluation
1       0.908         NA         NA
2       0.992         NA         NA
Évaluation de la qualité du modèle d'ensemble : Aire sous la courbe de ROC & True Skill Statistic.

Figure 162.11: Évaluation de la qualité du modèle d’ensemble : Aire sous la courbe de ROC & True Skill Statistic.

                                       full.name merged.by.PA merged.by.run
1 prma_EMcvByTSS_mergedData_mergedRun_mergedAlgo   mergedData     mergedRun
2 prma_EMcvByTSS_mergedData_mergedRun_mergedAlgo   mergedData     mergedRun
3 prma_EMcvByTSS_mergedData_mergedRun_mergedAlgo   mergedData     mergedRun
4 prma_EMcvByTSS_mergedData_mergedRun_mergedAlgo   mergedData     mergedRun
5 prma_EMcvByTSS_mergedData_mergedRun_mergedAlgo   mergedData     mergedRun
6 prma_EMcvByTSS_mergedData_mergedRun_mergedAlgo   mergedData     mergedRun
  merged.by.algo filtered.by algo        expl.var rand  var.imp
1     mergedAlgo         TSS EMcv temp_max_august    1 0.157714
2     mergedAlgo         TSS EMcv        temp_min    1 0.099953
3     mergedAlgo         TSS EMcv  temp_wet_quart    1 0.036976
4     mergedAlgo         TSS EMcv     temp_season    1 0.414486
5     mergedAlgo         TSS EMcv  prec_wet_quart    1 0.081955
6     mergedAlgo         TSS EMcv     prec_season    1 0.207780

Par variable :

Pourcentage de variance expliquée par variable dans le modèle d'ensemble.

Figure 162.12: Pourcentage de variance expliquée par variable dans le modèle d’ensemble.

Courbes de réponse de chaque variable climatique dans le modèle d'ensemble.

Figure 162.13: Courbes de réponse de chaque variable climatique dans le modèle d’ensemble.

162.3 Projections

162.3.1 Distribution potentielle contemporaine

Contemporaine : Cartographie des observations sur couches climatiques Extraction des conditions climatiques favorables


-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-= BIOMOD.projection.out -=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=

Projection directory : Output/prma/current


sp.name : prma

expl.var.names : temp_max_august temp_min temp_wet_quart temp_season 
prec_wet_quart prec_season


modeling.id : AllModels ( Output/prma/prma.AllModels.models.out )

models.projected : 
prma_PA1_RUN1_GAM, prma_PA1_RUN1_MARS, prma_PA1_RUN1_MAXNET, prma_PA1_RUN1_GBM, prma_PA1_RUN1_ANN, prma_PA1_RUN1_RF, prma_PA2_RUN1_GAM, prma_PA2_RUN1_MARS, prma_PA2_RUN1_MAXNET, prma_PA2_RUN1_GBM, prma_PA2_RUN1_ANN, prma_PA2_RUN1_RF, prma_PA3_RUN1_GAM, prma_PA3_RUN1_MARS, prma_PA3_RUN1_MAXNET, prma_PA3_RUN1_GBM, prma_PA3_RUN1_RF

available binary projection : TSS, ROC

available filtered projection : TSS, ROC

-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=
Projection de la distribution potentielle contemporaine sur l'Europe, selon les 6 algorithmes et les 3 runs.

Figure 162.14: Projection de la distribution potentielle contemporaine sur l’Europe, selon les 6 algorithmes et les 3 runs.

Projection de la distribution potentielle contemporaine sur l'Europe, selon les 6 algorithmes et les 3 runs.

Figure 162.15: Projection de la distribution potentielle contemporaine sur l’Europe, selon les 6 algorithmes et les 3 runs.


-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-= BIOMOD.projection.out -=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=

Projection directory : Output/prma/current


sp.name : prma

expl.var.names : temp_max_august temp_min temp_wet_quart temp_season 
prec_wet_quart prec_season


modeling.id : AllModels ( Output/prma/prma.AllModels.ensemble.models.out )

models.projected : 
prma_EMcvByTSS_mergedData_mergedRun_mergedAlgo, prma_EMwmeanByTSS_mergedData_mergedRun_mergedAlgo

-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=
A) Projection de la distribution potentielle contemporaine (modèle d'ensemble) ; B) Incertitude associée à la projection.

Figure 162.16: A) Projection de la distribution potentielle contemporaine (modèle d’ensemble) ; B) Incertitude associée à la projection.

162.3.2 Interpolation à l’échelle de la métropole

  • → conditions climatiques favorables à fine échelle

On projette la niche climatique sur ce raster à fine échelle.


-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-= BIOMOD.projection.out -=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=

Projection directory : Output/prma/cont_gre


sp.name : prma

expl.var.names : temp_max_august temp_min temp_wet_quart temp_season 
prec_wet_quart prec_season


modeling.id : AllModels ( Output/prma/prma.AllModels.models.out )

models.projected : 
prma_PA1_RUN1_GAM, prma_PA1_RUN1_MARS, prma_PA1_RUN1_MAXNET, prma_PA1_RUN1_GBM, prma_PA1_RUN1_ANN, prma_PA1_RUN1_RF, prma_PA2_RUN1_GAM, prma_PA2_RUN1_MARS, prma_PA2_RUN1_MAXNET, prma_PA2_RUN1_GBM, prma_PA2_RUN1_ANN, prma_PA2_RUN1_RF, prma_PA3_RUN1_GAM, prma_PA3_RUN1_MARS, prma_PA3_RUN1_MAXNET, prma_PA3_RUN1_GBM, prma_PA3_RUN1_RF

available binary projection : TSS, ROC

available filtered projection : TSS, ROC

-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=
Projection de la distribution potentielle contemporaine sur la métropole de Grenoble, selon les 6 algorithmes et les 3 runs.

Figure 162.17: Projection de la distribution potentielle contemporaine sur la métropole de Grenoble, selon les 6 algorithmes et les 3 runs.

Projection de la distribution potentielle contemporaine sur la métropole de Grenoble, selon les 6 algorithmes et les 3 runs.

Figure 162.18: Projection de la distribution potentielle contemporaine sur la métropole de Grenoble, selon les 6 algorithmes et les 3 runs.


-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-= BIOMOD.projection.out -=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=

Projection directory : Output/prma/cont_gre


sp.name : prma

expl.var.names : temp_max_august temp_min temp_wet_quart temp_season 
prec_wet_quart prec_season


modeling.id : AllModels ( Output/prma/prma.AllModels.ensemble.models.out )

models.projected : 
prma_EMcvByTSS_mergedData_mergedRun_mergedAlgo, prma_EMwmeanByTSS_mergedData_mergedRun_mergedAlgo

-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=
A) Projection de la distribution potentielle contemporaine (modèle d'ensemble) sur la métropole de Grenoble ; B) Incertitude associée à la projection.

Figure 162.19: A) Projection de la distribution potentielle contemporaine (modèle d’ensemble) sur la métropole de Grenoble ; B) Incertitude associée à la projection.

162.3.3 Distributions potentielles futures

Futur : Projection à l’échelle de l’Europe jusqu’à l’horizon 2100

Toutes les fenêtres temporelles × scénarios pour le GCM « IPSL-CM6A-LR »

  1. SSP1-2.6
Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP1-2.6 (modèle d'ensemble).Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP1-2.6 (modèle d'ensemble).Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP1-2.6 (modèle d'ensemble).Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP1-2.6 (modèle d'ensemble).Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP1-2.6 (modèle d'ensemble).

Figure 162.20: Projection des distributions potentielles futures jusqu’à l’horizon 2100 sous le scénario SSP1-2.6 (modèle d’ensemble).

On obtient pour la métrique TSS une carte unique de moyenne pondérée sur les algorithmes et sur les jeux de pseudo-absences.

  1. SSP2-4.5
Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP2-4.5 (modèle d'ensemble).Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP2-4.5 (modèle d'ensemble).Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP2-4.5 (modèle d'ensemble).Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP2-4.5 (modèle d'ensemble).Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP2-4.5 (modèle d'ensemble).

Figure 162.21: Projection des distributions potentielles futures jusqu’à l’horizon 2100 sous le scénario SSP2-4.5 (modèle d’ensemble).

  1. SSP3-7.0
Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP3-7.0 (modèle d'ensemble).Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP3-7.0 (modèle d'ensemble).Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP3-7.0 (modèle d'ensemble).Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP3-7.0 (modèle d'ensemble).Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP3-7.0 (modèle d'ensemble).

Figure 162.22: Projection des distributions potentielles futures jusqu’à l’horizon 2100 sous le scénario SSP3-7.0 (modèle d’ensemble).

  1. SSP5-8.5
Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble).Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble).Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble).Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble).Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble).

Figure 162.23: Projection des distributions potentielles futures jusqu’à l’horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d’ensemble).

162.4 Inférence à l’échelle de la métropole

  • Croisement avec températures de surface 2019 (fournie par la métropole)
  • → conditions climatiques favorables à fine échelle
  • à peu près 7 pixels × 9 (WorldClim)

162.4.1 Distributions potentielles futures

Même chose que précédemment mais sur les rasters de Grenoble

  1. SSP1-2.6
Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).

Figure 162.24: Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu’à l’horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d’ensemble, GCM IPSL).

  1. SSP2-4.5
Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).

Figure 162.25: Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu’à l’horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d’ensemble, GCM IPSL).

  1. SSP3-7.0
Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).

Figure 162.26: Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu’à l’horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d’ensemble, GCM IPSL).

  1. SSP5-8.5
Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).

Figure 162.27: Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu’à l’horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d’ensemble, GCM IPSL).

162.4.2 Évolution temporelle

# A tibble: 17 × 8
   min         q1          median      mean        q3          max   ssp    year
   <table[1d]> <table[1d]> <table[1d]> <table[1d]> <table[1d]> <tab> <fct> <dbl>
 1 349         638         716         704.8921    800         867   0      2000
 2 256         564         685         652.5544    780         864   126    2040
 3 181         525         656         617.3654    761         853   126    2060
 4 184         540         665         628.9102    762         854   126    2080
 5 271         565         680         637.8047    761         842   126    2100
 6 250         567         689         656.7405    790         864   245    2040
 7 165         456         603         564.6758    706         842   245    2060
 8 172         428         590         558.9550    725         824   245    2080
 9 172         337         534         494.2056    642         763   245    2100
10 171         538         652         620.3440    753         859   370    2040
11 173         481         622         581.9263    729         832   370    2060
12 169         300         490         462.8897    624         765   370    2080
13 135         185         218         239.7981    277         510   370    2100
14 244         555         673         639.9440    764         859   585    2040
15 165         386         568         531.8190    685         797   585    2060
16 151         182         253         278.6496    346         558   585    2080
17 115         146         166         164.5075    183         237   585    2100
Évolution de la favorabilité climatique au cours du XXIème siècle. Le point représente la médiane sur l'étendue de la métropole (i.e. tous les pixels de la carte) ; le trait gras représente 50 % des données intermédiaires (espace inter-quartile) ; le trait fin représente le reste des données du minimum au maximum.

Figure 162.28: Évolution de la favorabilité climatique au cours du XXIème siècle. Le point représente la médiane sur l’étendue de la métropole (i.e. tous les pixels de la carte) ; le trait gras représente 50 % des données intermédiaires (espace inter-quartile) ; le trait fin représente le reste des données du minimum au maximum.