224 Quercus ithaburensis

224.1 Données d’occurrences GBIF

Collecte des données du GBIF :

<<gbif download metadata>>
  Status: SUCCEEDED
  DOI: 10.15468/dl.b8jyz2
  Format: SIMPLE_CSV
  Download key: 0260961-230224095556074
  Created: 2023-05-25T12:58:11.945+00:00
  Modified: 2023-05-25T12:59:08.531+00:00
  Download link: https://api.gbif.org/v1/occurrence/download/request/0260961-230224095556074.zip
  Total records: 789

Conversion en objets géographiques (format Simple feature de sf) et exploration rapide des données (classe du jeu de données et premières lignes du tableau) :

Simple feature collection with 789 features and 50 fields
Attribute-geometry relationship: 50 constant, 0 aggregate, 0 identity
Geometry type: POINT
Dimension:     XY
Bounding box:  xmin: -121.763611 ymin: 31.800036 xmax: 41.231369 ymax: 51.01
Geodetic CRS:  WGS 84
# A tibble: 789 × 51
     gbifID datasetKey          occurrenceID kingdom phylum class order family genus species
 *  <int64> <chr>               <chr>        <chr>   <chr>  <chr> <chr> <chr>  <chr> <chr>  
 1 85587685 8582b50a-f762-11e1… ""           Plantae Trach… Magn… Faga… Fagac… Quer… Quercu…
 2 85587680 8582b50a-f762-11e1… ""           Plantae Trach… Magn… Faga… Fagac… Quer… Quercu…
 3 85587672 8582b50a-f762-11e1… ""           Plantae Trach… Magn… Faga… Fagac… Quer… Quercu…
 4 85587670 8582b50a-f762-11e1… ""           Plantae Trach… Magn… Faga… Fagac… Quer… Quercu…
 5 85587664 8582b50a-f762-11e1… ""           Plantae Trach… Magn… Faga… Fagac… Quer… Quercu…
 6 85587656 8582b50a-f762-11e1… ""           Plantae Trach… Magn… Faga… Fagac… Quer… Quercu…
 7 85587650 8582b50a-f762-11e1… ""           Plantae Trach… Magn… Faga… Fagac… Quer… Quercu…
 8 85587635 8582b50a-f762-11e1… ""           Plantae Trach… Magn… Faga… Fagac… Quer… Quercu…
 9 85587629 8582b50a-f762-11e1… ""           Plantae Trach… Magn… Faga… Fagac… Quer… Quercu…
10 85587626 8582b50a-f762-11e1… ""           Plantae Trach… Magn… Faga… Fagac… Quer… Quercu…
# ℹ 779 more rows
# ℹ 41 more variables: infraspecificEpithet <chr>, taxonRank <chr>, scientificName <chr>,
#   verbatimScientificName <chr>, verbatimScientificNameAuthorship <chr>,
#   countryCode <chr>, locality <chr>, stateProvince <chr>, occurrenceStatus <chr>,
#   individualCount <int>, publishingOrgKey <chr>, decimalLatitude <dbl>,
#   decimalLongitude <dbl>, coordinateUncertaintyInMeters <dbl>, coordinatePrecision <lgl>,
#   elevation <dbl>, elevationAccuracy <dbl>, depth <lgl>, depthAccuracy <lgl>, …

Il y a 789 occurrences dans le jeu de données. On les affiche sur la carte du monde :

Occurrences de Quercus ithaburensis dans le monde.

Figure 224.1: Occurrences de Quercus ithaburensis dans le monde.

224.1.1 Données par région

On évalue la proportion d’occurrences dans chaque région, en utilisant les 3 masques créés précédemment. Si on a au moins 50 % des occurrences dans une région, on peut continuer en travaillant uniquement sur ces données. Sinon, on vérifie qu’au moins 67 % des données tombent dans l’ensemble des régions, et on prend la région la plus représentée. Au final, s’il s’agit d’une espèce endémique d’Europe, on n’a pas besoin de manipulation supplémentaire.

[1] 0.9949302915
[1] 0.005069708492
[1] 0

Espèce endémique d’Europe

Occurrence de Quercus ithaburensis dans la région d'endémisme.

Figure 224.2: Occurrence de Quercus ithaburensis dans la région d’endémisme.

224.1.2 Licences

On s’intéresse ici au problème particulier des licences :


   CC_BY_4_0 CC_BY_NC_4_0      CC0_1_0 
         614           93           78 
[1] 88.15286624
Occurrence de Quercus ithaburensis dans la région d'endémisme, selon la licence : CC BY-NC en bleu ; CC0 et CC BY en orange.

Figure 224.3: Occurrence de Quercus ithaburensis dans la région d’endémisme, selon la licence : CC BY-NC en bleu ; CC0 et CC BY en orange.

Idéalement, on aimerait avoir au moins 50 % de données vraiment libres d’utilisation (c’est-à-dire sans la clause -NC). On continue en supprimant les données en CC BY-NC.

[1] 692

224.1.3 Sous-échantillonnage

Si le jeu de données contient 25 000 occurrences ou plus, on procède au sous-échantillonnage aléatoire pour en conserver un maximum de 25 000.

Moins de 25 000 occurrences : pas de sous-échantillonnage

Simple feature collection with 692 features and 50 fields
Attribute-geometry relationship: 50 constant, 0 aggregate, 0 identity
Geometry type: POINT
Dimension:     XY
Bounding box:  xmin: 5.88432 ymin: 31.833522 xmax: 41.231369 ymax: 49.21417
Geodetic CRS:  WGS 84
# A tibble: 692 × 51
     gbifID datasetKey          occurrenceID kingdom phylum class order family genus species
    <int64> <chr>               <chr>        <chr>   <chr>  <chr> <chr> <chr>  <chr> <chr>  
 1 85587685 8582b50a-f762-11e1… ""           Plantae Trach… Magn… Faga… Fagac… Quer… Quercu…
 2 85587680 8582b50a-f762-11e1… ""           Plantae Trach… Magn… Faga… Fagac… Quer… Quercu…
 3 85587672 8582b50a-f762-11e1… ""           Plantae Trach… Magn… Faga… Fagac… Quer… Quercu…
 4 85587670 8582b50a-f762-11e1… ""           Plantae Trach… Magn… Faga… Fagac… Quer… Quercu…
 5 85587664 8582b50a-f762-11e1… ""           Plantae Trach… Magn… Faga… Fagac… Quer… Quercu…
 6 85587656 8582b50a-f762-11e1… ""           Plantae Trach… Magn… Faga… Fagac… Quer… Quercu…
 7 85587650 8582b50a-f762-11e1… ""           Plantae Trach… Magn… Faga… Fagac… Quer… Quercu…
 8 85587635 8582b50a-f762-11e1… ""           Plantae Trach… Magn… Faga… Fagac… Quer… Quercu…
 9 85587629 8582b50a-f762-11e1… ""           Plantae Trach… Magn… Faga… Fagac… Quer… Quercu…
10 85587626 8582b50a-f762-11e1… ""           Plantae Trach… Magn… Faga… Fagac… Quer… Quercu…
# ℹ 682 more rows
# ℹ 41 more variables: infraspecificEpithet <chr>, taxonRank <chr>, scientificName <chr>,
#   verbatimScientificName <chr>, verbatimScientificNameAuthorship <chr>,
#   countryCode <chr>, locality <chr>, stateProvince <chr>, occurrenceStatus <chr>,
#   individualCount <int>, publishingOrgKey <chr>, decimalLatitude <dbl>,
#   decimalLongitude <dbl>, coordinateUncertaintyInMeters <dbl>, coordinatePrecision <lgl>,
#   elevation <dbl>, elevationAccuracy <dbl>, depth <lgl>, depthAccuracy <lgl>, …

224.1.4 Carte finale

On prépare la carte finale des occurrences :

Occurrence de Quercus ithaburensis dans la région d'endémisme après sous-échantillonnage éventuel.

Figure 224.4: Occurrence de Quercus ithaburensis dans la région d’endémisme après sous-échantillonnage éventuel.

224.2 Modélisation de la niche climatique

224.2.1 Préparer les données

Organisation des données d’entrées (occurrences et données environnementales) et des données produites de pseudo-absences :

 class       : SpatVector 
 geometry    : points 
 dimensions  : 692, 0  (geometries, attributes)
 extent      : 5.88432, 41.23137, 31.83352, 49.21417  (xmin, xmax, ymin, ymax)
 coord. ref. : lon/lat WGS 84 (EPSG:4326) 

-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-= quit Data Formating -=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=

      ! Response variable is considered as only presences... Is it really what you want?
      ! No data has been set aside for modeling evaluation
 !!! Some data are located in the same raster cell. 
          Please set `filter.raster = TRUE` if you want an automatic filtering.

Checking Pseudo-absence selection arguments...

   > random pseudo absences selection
   > Pseudo absences are selected in explanatory variables
 ! Some NAs have been automatically removed from your data
 !!! Some data are located in the same raster cell. 
          Please set `filter.raster = TRUE` if you want an automatic filtering.
-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-= Done -=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=

-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-= BIOMOD.formated.data -=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=

dir.name =  Output

sp.name =  quit

     691 presences,  0 true absences and  2075 undefined points in dataset


     6 explanatory variables

 temp_max_august     temp_min       temp_wet_quart    temp_season    
 Min.   : 8.824   Min.   :-21.900   Min.   :-5.835   Min.   : 295.5  
 1st Qu.:20.996   1st Qu.: -8.432   1st Qu.: 9.917   1st Qu.: 599.3  
 Median :27.420   Median : -0.860   Median :11.974   Median : 717.1  
 Mean   :26.723   Mean   : -2.264   Mean   :12.195   Mean   : 745.8  
 3rd Qu.:31.964   3rd Qu.:  5.542   3rd Qu.:15.409   3rd Qu.: 884.4  
 Max.   :45.704   Max.   :  9.232   Max.   :23.828   Max.   :1341.6  
 prec_wet_quart   prec_season     
 Min.   :  7.0   Min.   :  8.471  
 1st Qu.:182.0   1st Qu.: 28.666  
 Median :228.5   Median : 37.286  
 Mean   :249.0   Mean   : 53.310  
 3rd Qu.:350.0   3rd Qu.: 79.388  
 Max.   :999.0   Max.   :119.480  

-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=

On visualise les pseudo-absences :

Les données d'occurrences (en haut à gauche) et les trois jeux de données aléatoires de pseudo-absences.

Figure 224.5: Les données d’occurrences (en haut à gauche) et les trois jeux de données aléatoires de pseudo-absences.

$data.vect
 class       : SpatVector 
 geometry    : points 
 dimensions  : 4840, 2  (geometries, attributes)
 extent      : -9.6875, 46.97917, 29.02083, 70.9375  (xmin, xmax, ymin, ymax)
 coord. ref. :  
 names       :  resp         dataset
 type        : <num>           <chr>
 values      :    10 Initial dataset
                  10 Initial dataset
                  10 Initial dataset

$data.label
                              9                              10 
                "**Presences**"       "Presences (calibration)" 
                             11                              12 
       "Presences (validation)"        "Presences (evaluation)" 
                             19                              20 
            "**True Absences**"   "True Absences (calibration)" 
                             21                              22 
   "True Absences (validation)"    "True Absences (evaluation)" 
                             29                              30 
          "**Pseudo-Absences**" "Pseudo-Absences (calibration)" 
                             31                               1 
 "Pseudo-Absences (validation)"                    "Background" 

$data.plot
Les données d'occurrences (en haut à gauche) et les trois jeux de données aléatoires de pseudo-absences.

Figure 224.6: Les données d’occurrences (en haut à gauche) et les trois jeux de données aléatoires de pseudo-absences.

224.2.2 Modèles individuels de niche


-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-= Build Single Models -=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=


Checking Models arguments...

Creating suitable Workdir...

            ! Weights where automatically defined for quit_PA1 to rise a 0.5 prevalence !
            ! Weights where automatically defined for quit_PA2 to rise a 0.5 prevalence !
            ! Weights where automatically defined for quit_PA3 to rise a 0.5 prevalence !


-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-= quit Modeling Summary -=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=

 6  environmental variables ( temp_max_august temp_min temp_wet_quart temp_season prec_wet_quart prec_season )
Number of evaluation repetitions : 1
Models selected : GAM MARS MAXNET GBM ANN RF 

Total number of model runs: 18 

-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=


-=-=-=- Run :  quit_PA1 


-=-=-=--=-=-=- quit_PA1_RUN1 


-=-=-=- Run :  quit_PA2 


-=-=-=--=-=-=- quit_PA2_RUN1 


-=-=-=- Run :  quit_PA3 


-=-=-=--=-=-=- quit_PA3_RUN1 

-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-= Done -=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=

224.2.2.1 Évaluation de la performance

             full.name  PA  run   algo metric.eval cutoff sensitivity
1    quit_PA1_RUN1_GAM PA1 RUN1    GAM         TSS  859.0     100.000
2    quit_PA1_RUN1_GAM PA1 RUN1    GAM         ROC  998.0     100.000
3   quit_PA1_RUN1_MARS PA1 RUN1   MARS         TSS  469.0      94.937
4   quit_PA1_RUN1_MARS PA1 RUN1   MARS         ROC  623.5      93.309
5 quit_PA1_RUN1_MAXNET PA1 RUN1 MAXNET         TSS  340.0      96.926
6 quit_PA1_RUN1_MAXNET PA1 RUN1 MAXNET         ROC  339.0      96.926
  specificity calibration validation evaluation
1      67.148       0.671      0.717         NA
2      67.329       0.837      0.858         NA
3      93.502       0.884      0.855         NA
4      95.307       0.988      0.985         NA
5      92.960       0.899      0.884         NA
6      92.960       0.988      0.988         NA
Évaluation de la performance des modèles individuels : True Skill Statistic & aire sous la courbe de ROC.

Figure 224.7: Évaluation de la performance des modèles individuels : True Skill Statistic & aire sous la courbe de ROC.

224.2.2.2 Importance des variables environnementales

          full.name  PA  run algo        expl.var rand  var.imp
1 quit_PA1_RUN1_GAM PA1 RUN1  GAM temp_max_august    1 0.119396
2 quit_PA1_RUN1_GAM PA1 RUN1  GAM        temp_min    1 0.379069
3 quit_PA1_RUN1_GAM PA1 RUN1  GAM  temp_wet_quart    1 0.086040
4 quit_PA1_RUN1_GAM PA1 RUN1  GAM     temp_season    1 0.050858
5 quit_PA1_RUN1_GAM PA1 RUN1  GAM  prec_wet_quart    1 0.106837
6 quit_PA1_RUN1_GAM PA1 RUN1  GAM     prec_season    1 0.460021
Pourcentage de variance expliquée pour chaque variable, décomposé par algorithme.

Figure 224.8: Pourcentage de variance expliquée pour chaque variable, décomposé par algorithme.

Pourcentage de variance expliquée pour chaque variable, décomposé par variable.

Figure 224.9: Pourcentage de variance expliquée pour chaque variable, décomposé par variable.

224.2.2.3 Courbes de réponses

Courbes de réponse de chaque variable climatique selon l'algorithme (en couleurs).

Figure 224.10: Courbes de réponse de chaque variable climatique selon l’algorithme (en couleurs).

224.2.3 Modèles d’ensemble de niche

Seulement modèles avec TSS > 0.8


-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-= BIOMOD.ensemble.models.out -=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=

sp.name : quit

expl.var.names : temp_max_august temp_min temp_wet_quart temp_season 
prec_wet_quart prec_season


models computed: 
quit_EMcvByTSS_mergedData_mergedRun_mergedAlgo, quit_EMwmeanByTSS_mergedData_mergedRun_mergedAlgo

models failed: none

-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=

224.2.3.1 Évaluation de la qualité

                                          full.name merged.by.PA merged.by.run
1 quit_EMwmeanByTSS_mergedData_mergedRun_mergedAlgo   mergedData     mergedRun
2 quit_EMwmeanByTSS_mergedData_mergedRun_mergedAlgo   mergedData     mergedRun
  merged.by.algo filtered.by    algo metric.eval cutoff sensitivity specificity
1     mergedAlgo         TSS EMwmean         TSS    435      98.553      95.133
2     mergedAlgo         TSS EMwmean         ROC    439      98.553      95.229
  calibration validation evaluation
1       0.937         NA         NA
2       0.997         NA         NA
Évaluation de la qualité du modèle d'ensemble : Aire sous la courbe de ROC & True Skill Statistic.

Figure 224.11: Évaluation de la qualité du modèle d’ensemble : Aire sous la courbe de ROC & True Skill Statistic.

                                       full.name merged.by.PA merged.by.run
1 quit_EMcvByTSS_mergedData_mergedRun_mergedAlgo   mergedData     mergedRun
2 quit_EMcvByTSS_mergedData_mergedRun_mergedAlgo   mergedData     mergedRun
3 quit_EMcvByTSS_mergedData_mergedRun_mergedAlgo   mergedData     mergedRun
4 quit_EMcvByTSS_mergedData_mergedRun_mergedAlgo   mergedData     mergedRun
5 quit_EMcvByTSS_mergedData_mergedRun_mergedAlgo   mergedData     mergedRun
6 quit_EMcvByTSS_mergedData_mergedRun_mergedAlgo   mergedData     mergedRun
  merged.by.algo filtered.by algo        expl.var rand  var.imp
1     mergedAlgo         TSS EMcv temp_max_august    1 0.282233
2     mergedAlgo         TSS EMcv        temp_min    1 0.265975
3     mergedAlgo         TSS EMcv  temp_wet_quart    1 0.099639
4     mergedAlgo         TSS EMcv     temp_season    1 0.152442
5     mergedAlgo         TSS EMcv  prec_wet_quart    1 0.181078
6     mergedAlgo         TSS EMcv     prec_season    1 0.066568

Par variable :

Pourcentage de variance expliquée par variable dans le modèle d'ensemble.

Figure 224.12: Pourcentage de variance expliquée par variable dans le modèle d’ensemble.

Courbes de réponse de chaque variable climatique dans le modèle d'ensemble.

Figure 224.13: Courbes de réponse de chaque variable climatique dans le modèle d’ensemble.

224.3 Projections

224.3.1 Distribution potentielle contemporaine

Contemporaine : Cartographie des observations sur couches climatiques Extraction des conditions climatiques favorables


-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-= BIOMOD.projection.out -=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=

Projection directory : Output/quit/current


sp.name : quit

expl.var.names : temp_max_august temp_min temp_wet_quart temp_season 
prec_wet_quart prec_season


modeling.id : AllModels ( Output/quit/quit.AllModels.models.out )

models.projected : 
quit_PA1_RUN1_GAM, quit_PA1_RUN1_MARS, quit_PA1_RUN1_MAXNET, quit_PA1_RUN1_GBM, quit_PA1_RUN1_RF, quit_PA2_RUN1_GAM, quit_PA2_RUN1_MARS, quit_PA2_RUN1_MAXNET, quit_PA2_RUN1_GBM, quit_PA2_RUN1_RF, quit_PA3_RUN1_GAM, quit_PA3_RUN1_MARS, quit_PA3_RUN1_MAXNET, quit_PA3_RUN1_GBM, quit_PA3_RUN1_RF

available binary projection : TSS, ROC

available filtered projection : TSS, ROC

-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=
Projection de la distribution potentielle contemporaine sur l'Europe, selon les 6 algorithmes et les 3 runs.

Figure 224.14: Projection de la distribution potentielle contemporaine sur l’Europe, selon les 6 algorithmes et les 3 runs.

Projection de la distribution potentielle contemporaine sur l'Europe, selon les 6 algorithmes et les 3 runs.

Figure 224.15: Projection de la distribution potentielle contemporaine sur l’Europe, selon les 6 algorithmes et les 3 runs.


-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-= BIOMOD.projection.out -=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=

Projection directory : Output/quit/current


sp.name : quit

expl.var.names : temp_max_august temp_min temp_wet_quart temp_season 
prec_wet_quart prec_season


modeling.id : AllModels ( Output/quit/quit.AllModels.ensemble.models.out )

models.projected : 
quit_EMcvByTSS_mergedData_mergedRun_mergedAlgo, quit_EMwmeanByTSS_mergedData_mergedRun_mergedAlgo

-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=
A) Projection de la distribution potentielle contemporaine (modèle d'ensemble) ; B) Incertitude associée à la projection.

Figure 224.16: A) Projection de la distribution potentielle contemporaine (modèle d’ensemble) ; B) Incertitude associée à la projection.

224.3.2 Interpolation à l’échelle de la métropole

  • → conditions climatiques favorables à fine échelle

On projette la niche climatique sur ce raster à fine échelle.


-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-= BIOMOD.projection.out -=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=

Projection directory : Output/quit/cont_gre


sp.name : quit

expl.var.names : temp_max_august temp_min temp_wet_quart temp_season 
prec_wet_quart prec_season


modeling.id : AllModels ( Output/quit/quit.AllModels.models.out )

models.projected : 
quit_PA1_RUN1_GAM, quit_PA1_RUN1_MARS, quit_PA1_RUN1_MAXNET, quit_PA1_RUN1_GBM, quit_PA1_RUN1_RF, quit_PA2_RUN1_GAM, quit_PA2_RUN1_MARS, quit_PA2_RUN1_MAXNET, quit_PA2_RUN1_GBM, quit_PA2_RUN1_RF, quit_PA3_RUN1_GAM, quit_PA3_RUN1_MARS, quit_PA3_RUN1_MAXNET, quit_PA3_RUN1_GBM, quit_PA3_RUN1_RF

available binary projection : TSS, ROC

available filtered projection : TSS, ROC

-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=
Projection de la distribution potentielle contemporaine sur la métropole de Grenoble, selon les 6 algorithmes et les 3 runs.

Figure 224.17: Projection de la distribution potentielle contemporaine sur la métropole de Grenoble, selon les 6 algorithmes et les 3 runs.

Projection de la distribution potentielle contemporaine sur la métropole de Grenoble, selon les 6 algorithmes et les 3 runs.

Figure 224.18: Projection de la distribution potentielle contemporaine sur la métropole de Grenoble, selon les 6 algorithmes et les 3 runs.


-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-= BIOMOD.projection.out -=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=

Projection directory : Output/quit/cont_gre


sp.name : quit

expl.var.names : temp_max_august temp_min temp_wet_quart temp_season 
prec_wet_quart prec_season


modeling.id : AllModels ( Output/quit/quit.AllModels.ensemble.models.out )

models.projected : 
quit_EMcvByTSS_mergedData_mergedRun_mergedAlgo, quit_EMwmeanByTSS_mergedData_mergedRun_mergedAlgo

-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=
A) Projection de la distribution potentielle contemporaine (modèle d'ensemble) sur la métropole de Grenoble ; B) Incertitude associée à la projection.

Figure 224.19: A) Projection de la distribution potentielle contemporaine (modèle d’ensemble) sur la métropole de Grenoble ; B) Incertitude associée à la projection.

224.3.3 Distributions potentielles futures

Futur : Projection à l’échelle de l’Europe jusqu’à l’horizon 2100

Toutes les fenêtres temporelles × scénarios pour le GCM « IPSL-CM6A-LR »

  1. SSP1-2.6
Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP1-2.6 (modèle d'ensemble).Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP1-2.6 (modèle d'ensemble).Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP1-2.6 (modèle d'ensemble).Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP1-2.6 (modèle d'ensemble).Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP1-2.6 (modèle d'ensemble).

Figure 224.20: Projection des distributions potentielles futures jusqu’à l’horizon 2100 sous le scénario SSP1-2.6 (modèle d’ensemble).

On obtient pour la métrique TSS une carte unique de moyenne pondérée sur les algorithmes et sur les jeux de pseudo-absences.

  1. SSP2-4.5
Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP2-4.5 (modèle d'ensemble).Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP2-4.5 (modèle d'ensemble).Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP2-4.5 (modèle d'ensemble).Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP2-4.5 (modèle d'ensemble).Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP2-4.5 (modèle d'ensemble).

Figure 224.21: Projection des distributions potentielles futures jusqu’à l’horizon 2100 sous le scénario SSP2-4.5 (modèle d’ensemble).

  1. SSP3-7.0
Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP3-7.0 (modèle d'ensemble).Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP3-7.0 (modèle d'ensemble).Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP3-7.0 (modèle d'ensemble).Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP3-7.0 (modèle d'ensemble).Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP3-7.0 (modèle d'ensemble).

Figure 224.22: Projection des distributions potentielles futures jusqu’à l’horizon 2100 sous le scénario SSP3-7.0 (modèle d’ensemble).

  1. SSP5-8.5
Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble).Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble).Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble).Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble).Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble).

Figure 224.23: Projection des distributions potentielles futures jusqu’à l’horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d’ensemble).

224.4 Inférence à l’échelle de la métropole

  • Croisement avec températures de surface 2019 (fournie par la métropole)
  • → conditions climatiques favorables à fine échelle
  • à peu près 7 pixels × 9 (WorldClim)

224.4.1 Distributions potentielles futures

Même chose que précédemment mais sur les rasters de Grenoble

  1. SSP1-2.6
Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).

Figure 224.24: Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu’à l’horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d’ensemble, GCM IPSL).

  1. SSP2-4.5
Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).

Figure 224.25: Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu’à l’horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d’ensemble, GCM IPSL).

  1. SSP3-7.0
Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).

Figure 224.26: Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu’à l’horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d’ensemble, GCM IPSL).

  1. SSP5-8.5
Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).

Figure 224.27: Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu’à l’horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d’ensemble, GCM IPSL).

224.4.2 Évolution temporelle

# A tibble: 17 × 8
   min         q1          median      mean        q3          max   ssp    year
   <table[1d]> <table[1d]> <table[1d]> <table[1d]> <table[1d]> <tab> <fct> <dbl>
 1 20           79         125         148.5901    195         434   0      2000
 2 68          145         187         194.4416    234         520   126    2040
 3 63          164         242         232.2841    275         547   126    2060
 4 67          156         232         222.0417    263         559   126    2080
 5 68          162         244         235.3713    279         550   126    2100
 6 71          156         192         201.1525    250         493   245    2040
 7 69          148         245         240.4377    283         567   245    2060
 8 62          119         247         229.3367    274         561   245    2080
 9 61          111         272         267.9689    366         586   245    2100
10 71          156         202         209.5433    256         527   370    2040
11 62          148         254         245.1207    295         565   370    2060
12 60          101         267         250.0119    320         565   370    2080
13 58           89         208         270.7138    428         664   370    2100
14 70          159         212         212.4929    255         543   585    2040
15 68          135         269         248.4432    298         566   585    2060
16 61           94         215         256.6004    372         662   585    2080
17 59           81         128         196.3616    295         686   585    2100
Évolution de la favorabilité climatique au cours du XXIème siècle. Le point représente la médiane sur l'étendue de la métropole (i.e. tous les pixels de la carte) ; le trait gras représente 50 % des données intermédiaires (espace inter-quartile) ; le trait fin représente le reste des données du minimum au maximum.

Figure 224.28: Évolution de la favorabilité climatique au cours du XXIème siècle. Le point représente la médiane sur l’étendue de la métropole (i.e. tous les pixels de la carte) ; le trait gras représente 50 % des données intermédiaires (espace inter-quartile) ; le trait fin représente le reste des données du minimum au maximum.