60 Albizia julibrissin

60.1 Données d’occurrences GBIF

Collecte des données du GBIF :

<<gbif download metadata>>
  Status: SUCCEEDED
  DOI: 10.15468/dl.mes3a5
  Format: SIMPLE_CSV
  Download key: 0252084-230224095556074
  Created: 2023-05-20T11:16:04.492+00:00
  Modified: 2023-05-20T11:17:43.334+00:00
  Download link: https://api.gbif.org/v1/occurrence/download/request/0252084-230224095556074.zip
  Total records: 8367

Conversion en objets géographiques (format Simple feature de sf) et exploration rapide des données (classe du jeu de données et premières lignes du tableau) :

Simple feature collection with 8181 features and 50 fields
Attribute-geometry relationship: 50 constant, 0 aggregate, 0 identity
Geometry type: POINT
Dimension:     XY
Bounding box:  xmin: -124.255351 ymin: -43.519157 xmax: 176.990959 ymax: 63.434
Geodetic CRS:  WGS 84
# A tibble: 8,181 × 51
     gbifID datasetKey occurrenceID kingdom phylum class order family genus species infraspecificEpithet
 *  <int64> <chr>      <chr>        <chr>   <chr>  <chr> <chr> <chr>  <chr> <chr>   <chr>               
 1     3.e9 c4e1739b-… BISON:New Y… Plantae Trach… Magn… Faba… Fabac… Albi… Albizi… ""                  
 2     3.e9 d1e9202b-… NYCstreetTr… Plantae Trach… Magn… Faba… Fabac… Albi… Albizi… ""                  
 3     3.e9 d1e9202b-… NYCstreetTr… Plantae Trach… Magn… Faba… Fabac… Albi… Albizi… ""                  
 4     3.e9 5f06e39d-… USFS - New … Plantae Trach… Magn… Faba… Fabac… Albi… Albizi… ""                  
 5     3.e9 d1e9202b-… NYCstreetTr… Plantae Trach… Magn… Faba… Fabac… Albi… Albizi… ""                  
 6     3.e9 d1e9202b-… NYCstreetTr… Plantae Trach… Magn… Faba… Fabac… Albi… Albizi… ""                  
 7     3.e9 d1e9202b-… NYCstreetTr… Plantae Trach… Magn… Faba… Fabac… Albi… Albizi… ""                  
 8     3.e9 d1e9202b-… NYCstreetTr… Plantae Trach… Magn… Faba… Fabac… Albi… Albizi… ""                  
 9     3.e9 d1e9202b-… NYCstreetTr… Plantae Trach… Magn… Faba… Fabac… Albi… Albizi… ""                  
10     3.e9 d1e9202b-… NYCstreetTr… Plantae Trach… Magn… Faba… Fabac… Albi… Albizi… ""                  
# ℹ 8,171 more rows
# ℹ 40 more variables: taxonRank <chr>, scientificName <chr>, verbatimScientificName <chr>,
#   verbatimScientificNameAuthorship <chr>, countryCode <chr>, locality <chr>, stateProvince <chr>,
#   occurrenceStatus <chr>, individualCount <int>, publishingOrgKey <chr>, decimalLatitude <dbl>,
#   decimalLongitude <dbl>, coordinateUncertaintyInMeters <dbl>, coordinatePrecision <dbl>,
#   elevation <dbl>, elevationAccuracy <dbl>, depth <dbl>, depthAccuracy <dbl>, eventDate <dttm>,
#   day <int>, month <int>, year <int>, taxonKey <int>, speciesKey <int>, basisOfRecord <chr>, …

Il y a 8 181 occurrences dans le jeu de données. On les affiche sur la carte du monde :

Occurrences de Albizia julibrissin dans le monde.

Figure 60.1: Occurrences de Albizia julibrissin dans le monde.

60.1.1 Données par région

On évalue la proportion d’occurrences dans chaque région, en utilisant les 3 masques créés précédemment. Si on a au moins 50 % des occurrences dans une région, on peut continuer en travaillant uniquement sur ces données. Sinon, on vérifie qu’au moins 67 % des données tombent dans l’ensemble des régions, et on prend la région la plus représentée. Au final, s’il s’agit d’une espèce endémique d’Europe, on n’a pas besoin de manipulation supplémentaire.

[1] 0.08825326977
[1] 0.6929470725
[1] 0.1952084097

Espèce endémique d’Amérique du Nord

Occurrence de Albizia julibrissin dans la région d'endémisme.

Figure 60.2: Occurrence de Albizia julibrissin dans la région d’endémisme.

60.1.2 Licences

On s’intéresse ici au problème particulier des licences :


   CC_BY_4_0 CC_BY_NC_4_0      CC0_1_0 
         943         3645         1081 
[1] 35.70294585
Occurrence de Albizia julibrissin dans la région d'endémisme, selon la licence : CC BY-NC en bleu ; CC0 et CC BY en orange.

Figure 60.3: Occurrence de Albizia julibrissin dans la région d’endémisme, selon la licence : CC BY-NC en bleu ; CC0 et CC BY en orange.

Idéalement, on aimerait avoir au moins 50 % de données vraiment libres d’utilisation (c’est-à-dire sans la clause -NC). On continue en supprimant les données en CC BY-NC.

Moins de 50 % de données librement utilisables

[1] 2024

60.1.3 Sous-échantillonnage

Si le jeu de données contient 25 000 occurrences ou plus, on procède au sous-échantillonnage aléatoire pour en conserver un maximum de 25 000.

Moins de 25 000 occurrences : pas de sous-échantillonnage

Simple feature collection with 2024 features and 50 fields
Attribute-geometry relationship: 50 constant, 0 aggregate, 0 identity
Geometry type: POINT
Dimension:     XY
Bounding box:  xmin: -124.255351 ymin: 15.752778 xmax: -70.543547 ymax: 47.62872
Geodetic CRS:  WGS 84
# A tibble: 2,024 × 51
     gbifID datasetKey occurrenceID kingdom phylum class order family genus species infraspecificEpithet
    <int64> <chr>      <chr>        <chr>   <chr>  <chr> <chr> <chr>  <chr> <chr>   <chr>               
 1     3.e9 c4e1739b-… BISON:New Y… Plantae Trach… Magn… Faba… Fabac… Albi… Albizi… ""                  
 2     3.e9 d1e9202b-… NYCstreetTr… Plantae Trach… Magn… Faba… Fabac… Albi… Albizi… ""                  
 3     3.e9 d1e9202b-… NYCstreetTr… Plantae Trach… Magn… Faba… Fabac… Albi… Albizi… ""                  
 4     3.e9 5f06e39d-… USFS - New … Plantae Trach… Magn… Faba… Fabac… Albi… Albizi… ""                  
 5     3.e9 d1e9202b-… NYCstreetTr… Plantae Trach… Magn… Faba… Fabac… Albi… Albizi… ""                  
 6     3.e9 d1e9202b-… NYCstreetTr… Plantae Trach… Magn… Faba… Fabac… Albi… Albizi… ""                  
 7     3.e9 d1e9202b-… NYCstreetTr… Plantae Trach… Magn… Faba… Fabac… Albi… Albizi… ""                  
 8     3.e9 d1e9202b-… NYCstreetTr… Plantae Trach… Magn… Faba… Fabac… Albi… Albizi… ""                  
 9     3.e9 d1e9202b-… NYCstreetTr… Plantae Trach… Magn… Faba… Fabac… Albi… Albizi… ""                  
10     3.e9 d1e9202b-… NYCstreetTr… Plantae Trach… Magn… Faba… Fabac… Albi… Albizi… ""                  
# ℹ 2,014 more rows
# ℹ 40 more variables: taxonRank <chr>, scientificName <chr>, verbatimScientificName <chr>,
#   verbatimScientificNameAuthorship <chr>, countryCode <chr>, locality <chr>, stateProvince <chr>,
#   occurrenceStatus <chr>, individualCount <int>, publishingOrgKey <chr>, decimalLatitude <dbl>,
#   decimalLongitude <dbl>, coordinateUncertaintyInMeters <dbl>, coordinatePrecision <dbl>,
#   elevation <dbl>, elevationAccuracy <dbl>, depth <dbl>, depthAccuracy <dbl>, eventDate <dttm>,
#   day <int>, month <int>, year <int>, taxonKey <int>, speciesKey <int>, basisOfRecord <chr>, …

60.1.4 Carte finale

On prépare la carte finale des occurrences :

Occurrence de Albizia julibrissin dans la région d'endémisme après sous-échantillonnage éventuel.

Figure 60.4: Occurrence de Albizia julibrissin dans la région d’endémisme après sous-échantillonnage éventuel.

60.2 Modélisation de la niche climatique

60.2.1 Préparer les données

Organisation des données d’entrées (occurrences et données environnementales) et des données produites de pseudo-absences :

 class       : SpatVector 
 geometry    : points 
 dimensions  : 2024, 0  (geometries, attributes)
 extent      : -124.2554, -70.54355, 15.75278, 47.62872  (xmin, xmax, ymin, ymax)
 coord. ref. : lon/lat WGS 84 (EPSG:4326) 

-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-= alju Data Formating -=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=

      ! Response variable is considered as only presences... Is it really what you want?
      ! No data has been set aside for modeling evaluation
 !!! Some data are located in the same raster cell. 
          Please set `filter.raster = TRUE` if you want an automatic filtering.

Checking Pseudo-absence selection arguments...

   > random pseudo absences selection
   > Pseudo absences are selected in explanatory variables
 ! Some NAs have been automatically removed from your data
 !!! Some data are located in the same raster cell. 
          Please set `filter.raster = TRUE` if you want an automatic filtering.
-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-= Done -=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=

-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-= BIOMOD.formated.data -=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=

dir.name =  Output

sp.name =  alju

     2023 presences,  0 true absences and  6061 undefined points in dataset


     6 explanatory variables

 temp_max_august    temp_min       temp_wet_quart    temp_season    
 Min.   : 0.50   Min.   :-30.760   Min.   :-11.42   Min.   :   0.0  
 1st Qu.:24.23   1st Qu.:-14.321   1st Qu.: 11.37   1st Qu.: 731.9  
 Median :29.35   Median : -5.752   Median : 16.34   Median : 844.7  
 Mean   :28.11   Mean   : -7.149   Mean   : 15.86   Mean   : 857.3  
 3rd Qu.:32.15   3rd Qu.:  0.116   3rd Qu.: 21.62   3rd Qu.:1022.2  
 Max.   :42.76   Max.   : 22.333   Max.   : 32.87   Max.   :1472.5  
 prec_wet_quart  prec_season     
 Min.   :  21   Min.   :  5.772  
 1st Qu.: 223   1st Qu.: 18.803  
 Median : 309   Median : 32.093  
 Mean   : 324   Mean   : 39.708  
 3rd Qu.: 379   3rd Qu.: 56.725  
 Max.   :1683   Max.   :137.839  

-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=

On visualise les pseudo-absences :

Les données d'occurrences (en haut à gauche) et les trois jeux de données aléatoires de pseudo-absences.

Figure 60.5: Les données d’occurrences (en haut à gauche) et les trois jeux de données aléatoires de pseudo-absences.

$data.vect
 class       : SpatVector 
 geometry    : points 
 dimensions  : 14164, 2  (geometries, attributes)
 extent      : -129.8542, -53.14583, 13.0625, 54.97917  (xmin, xmax, ymin, ymax)
 coord. ref. :  
 names       :  resp         dataset
 type        : <num>           <chr>
 values      :    10 Initial dataset
                  10 Initial dataset
                  10 Initial dataset

$data.label
                              9                              10 
                "**Presences**"       "Presences (calibration)" 
                             11                              12 
       "Presences (validation)"        "Presences (evaluation)" 
                             19                              20 
            "**True Absences**"   "True Absences (calibration)" 
                             21                              22 
   "True Absences (validation)"    "True Absences (evaluation)" 
                             29                              30 
          "**Pseudo-Absences**" "Pseudo-Absences (calibration)" 
                             31                               1 
 "Pseudo-Absences (validation)"                    "Background" 

$data.plot
Les données d'occurrences (en haut à gauche) et les trois jeux de données aléatoires de pseudo-absences.

Figure 60.6: Les données d’occurrences (en haut à gauche) et les trois jeux de données aléatoires de pseudo-absences.

60.2.2 Modèles individuels de niche


-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-= Build Single Models -=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=


Checking Models arguments...

Creating suitable Workdir...

            ! Weights where automatically defined for alju_PA1 to rise a 0.5 prevalence !
            ! Weights where automatically defined for alju_PA2 to rise a 0.5 prevalence !
            ! Weights where automatically defined for alju_PA3 to rise a 0.5 prevalence !


-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-= alju Modeling Summary -=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=

 6  environmental variables ( temp_max_august temp_min temp_wet_quart temp_season prec_wet_quart prec_season )
Number of evaluation repetitions : 1
Models selected : GAM MARS MAXNET GBM ANN RF 

Total number of model runs: 18 

-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=


-=-=-=- Run :  alju_PA1 


-=-=-=--=-=-=- alju_PA1_RUN1 


-=-=-=- Run :  alju_PA2 


-=-=-=--=-=-=- alju_PA2_RUN1 


-=-=-=- Run :  alju_PA3 


-=-=-=--=-=-=- alju_PA3_RUN1 

-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-= Done -=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=

60.2.2.1 Évaluation de la performance

             full.name  PA  run   algo metric.eval cutoff sensitivity
1    alju_PA1_RUN1_GAM PA1 RUN1    GAM         TSS  864.0      96.848
2    alju_PA1_RUN1_GAM PA1 RUN1    GAM         ROC  855.0      96.972
3   alju_PA1_RUN1_MARS PA1 RUN1   MARS         TSS  549.0      92.089
4   alju_PA1_RUN1_MARS PA1 RUN1   MARS         ROC  525.5      92.645
5 alju_PA1_RUN1_MAXNET PA1 RUN1 MAXNET         TSS  339.0      95.550
6 alju_PA1_RUN1_MAXNET PA1 RUN1 MAXNET         ROC  334.5      95.797
  specificity calibration validation evaluation
1      69.117       0.660      0.681         NA
2      68.993       0.809      0.827         NA
3      87.894       0.801      0.810         NA
4      87.461       0.944      0.950         NA
5      85.300       0.808      0.825         NA
6      85.176       0.948      0.959         NA
Évaluation de la performance des modèles individuels : True Skill Statistic & aire sous la courbe de ROC.

Figure 60.7: Évaluation de la performance des modèles individuels : True Skill Statistic & aire sous la courbe de ROC.

60.2.2.2 Importance des variables environnementales

          full.name  PA  run algo        expl.var rand  var.imp
1 alju_PA1_RUN1_GAM PA1 RUN1  GAM temp_max_august    1 0.186705
2 alju_PA1_RUN1_GAM PA1 RUN1  GAM        temp_min    1 0.454168
3 alju_PA1_RUN1_GAM PA1 RUN1  GAM  temp_wet_quart    1 0.067057
4 alju_PA1_RUN1_GAM PA1 RUN1  GAM     temp_season    1 0.196451
5 alju_PA1_RUN1_GAM PA1 RUN1  GAM  prec_wet_quart    1 0.035774
6 alju_PA1_RUN1_GAM PA1 RUN1  GAM     prec_season    1 0.086128
Pourcentage de variance expliquée pour chaque variable, décomposé par algorithme.

Figure 60.8: Pourcentage de variance expliquée pour chaque variable, décomposé par algorithme.

Pourcentage de variance expliquée pour chaque variable, décomposé par variable.

Figure 60.9: Pourcentage de variance expliquée pour chaque variable, décomposé par variable.

60.2.2.3 Courbes de réponses

Courbes de réponse de chaque variable climatique selon l'algorithme (en couleurs).

Figure 60.10: Courbes de réponse de chaque variable climatique selon l’algorithme (en couleurs).

60.2.3 Modèles d’ensemble de niche

Seulement modèles avec TSS > 0.8


-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-= BIOMOD.ensemble.models.out -=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=

sp.name : alju

expl.var.names : temp_max_august temp_min temp_wet_quart temp_season 
prec_wet_quart prec_season


models computed: 
alju_EMcvByTSS_mergedData_mergedRun_mergedAlgo, alju_EMwmeanByTSS_mergedData_mergedRun_mergedAlgo

models failed: none

-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=

60.2.3.1 Évaluation de la qualité

                                          full.name merged.by.PA merged.by.run
1 alju_EMwmeanByTSS_mergedData_mergedRun_mergedAlgo   mergedData     mergedRun
2 alju_EMwmeanByTSS_mergedData_mergedRun_mergedAlgo   mergedData     mergedRun
  merged.by.algo filtered.by    algo metric.eval cutoff sensitivity specificity
1     mergedAlgo         TSS EMwmean         TSS  473.0      96.688      87.312
2     mergedAlgo         TSS EMwmean         ROC  475.5      96.688      87.345
  calibration validation evaluation
1       0.840         NA         NA
2       0.976         NA         NA
Évaluation de la qualité du modèle d'ensemble : Aire sous la courbe de ROC & True Skill Statistic.

Figure 60.11: Évaluation de la qualité du modèle d’ensemble : Aire sous la courbe de ROC & True Skill Statistic.

                                       full.name merged.by.PA merged.by.run
1 alju_EMcvByTSS_mergedData_mergedRun_mergedAlgo   mergedData     mergedRun
2 alju_EMcvByTSS_mergedData_mergedRun_mergedAlgo   mergedData     mergedRun
3 alju_EMcvByTSS_mergedData_mergedRun_mergedAlgo   mergedData     mergedRun
4 alju_EMcvByTSS_mergedData_mergedRun_mergedAlgo   mergedData     mergedRun
5 alju_EMcvByTSS_mergedData_mergedRun_mergedAlgo   mergedData     mergedRun
6 alju_EMcvByTSS_mergedData_mergedRun_mergedAlgo   mergedData     mergedRun
  merged.by.algo filtered.by algo        expl.var rand  var.imp
1     mergedAlgo         TSS EMcv temp_max_august    1 0.125059
2     mergedAlgo         TSS EMcv        temp_min    1 0.485091
3     mergedAlgo         TSS EMcv  temp_wet_quart    1 0.060870
4     mergedAlgo         TSS EMcv     temp_season    1 0.254474
5     mergedAlgo         TSS EMcv  prec_wet_quart    1 0.070878
6     mergedAlgo         TSS EMcv     prec_season    1 0.081533

Par variable :

Pourcentage de variance expliquée par variable dans le modèle d'ensemble.

Figure 60.12: Pourcentage de variance expliquée par variable dans le modèle d’ensemble.

Courbes de réponse de chaque variable climatique dans le modèle d'ensemble.

Figure 60.13: Courbes de réponse de chaque variable climatique dans le modèle d’ensemble.

60.3 Projections

60.3.1 Distribution potentielle contemporaine

Contemporaine : Cartographie des observations sur couches climatiques Extraction des conditions climatiques favorables


-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-= BIOMOD.projection.out -=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=

Projection directory : Output/alju/current


sp.name : alju

expl.var.names : temp_max_august temp_min temp_wet_quart temp_season 
prec_wet_quart prec_season


modeling.id : AllModels ( Output/alju/alju.AllModels.models.out )

models.projected : 
alju_PA1_RUN1_GAM, alju_PA1_RUN1_MARS, alju_PA1_RUN1_MAXNET, alju_PA1_RUN1_GBM, alju_PA1_RUN1_ANN, alju_PA1_RUN1_RF, alju_PA2_RUN1_GAM, alju_PA2_RUN1_MARS, alju_PA2_RUN1_MAXNET, alju_PA2_RUN1_GBM, alju_PA2_RUN1_ANN, alju_PA2_RUN1_RF, alju_PA3_RUN1_GAM, alju_PA3_RUN1_MARS, alju_PA3_RUN1_MAXNET, alju_PA3_RUN1_GBM, alju_PA3_RUN1_ANN, alju_PA3_RUN1_RF

available binary projection : TSS, ROC

available filtered projection : TSS, ROC

-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=
Projection de la distribution potentielle contemporaine sur l'Europe, selon les 6 algorithmes et les 3 runs.

Figure 60.14: Projection de la distribution potentielle contemporaine sur l’Europe, selon les 6 algorithmes et les 3 runs.

Projection de la distribution potentielle contemporaine sur l'Europe, selon les 6 algorithmes et les 3 runs.

Figure 60.15: Projection de la distribution potentielle contemporaine sur l’Europe, selon les 6 algorithmes et les 3 runs.


-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-= BIOMOD.projection.out -=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=

Projection directory : Output/alju/current


sp.name : alju

expl.var.names : temp_max_august temp_min temp_wet_quart temp_season 
prec_wet_quart prec_season


modeling.id : AllModels ( Output/alju/alju.AllModels.ensemble.models.out )

models.projected : 
alju_EMcvByTSS_mergedData_mergedRun_mergedAlgo, alju_EMwmeanByTSS_mergedData_mergedRun_mergedAlgo

-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=
A) Projection de la distribution potentielle contemporaine (modèle d'ensemble) ; B) Incertitude associée à la projection.

Figure 60.16: A) Projection de la distribution potentielle contemporaine (modèle d’ensemble) ; B) Incertitude associée à la projection.

60.3.2 Interpolation à l’échelle de la métropole

  • → conditions climatiques favorables à fine échelle

On projette la niche climatique sur ce raster à fine échelle.


-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-= BIOMOD.projection.out -=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=

Projection directory : Output/alju/cont_gre


sp.name : alju

expl.var.names : temp_max_august temp_min temp_wet_quart temp_season 
prec_wet_quart prec_season


modeling.id : AllModels ( Output/alju/alju.AllModels.models.out )

models.projected : 
alju_PA1_RUN1_GAM, alju_PA1_RUN1_MARS, alju_PA1_RUN1_MAXNET, alju_PA1_RUN1_GBM, alju_PA1_RUN1_ANN, alju_PA1_RUN1_RF, alju_PA2_RUN1_GAM, alju_PA2_RUN1_MARS, alju_PA2_RUN1_MAXNET, alju_PA2_RUN1_GBM, alju_PA2_RUN1_ANN, alju_PA2_RUN1_RF, alju_PA3_RUN1_GAM, alju_PA3_RUN1_MARS, alju_PA3_RUN1_MAXNET, alju_PA3_RUN1_GBM, alju_PA3_RUN1_ANN, alju_PA3_RUN1_RF

available binary projection : TSS, ROC

available filtered projection : TSS, ROC

-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=
Projection de la distribution potentielle contemporaine sur la métropole de Grenoble, selon les 6 algorithmes et les 3 runs.

Figure 60.17: Projection de la distribution potentielle contemporaine sur la métropole de Grenoble, selon les 6 algorithmes et les 3 runs.

Projection de la distribution potentielle contemporaine sur la métropole de Grenoble, selon les 6 algorithmes et les 3 runs.

Figure 60.18: Projection de la distribution potentielle contemporaine sur la métropole de Grenoble, selon les 6 algorithmes et les 3 runs.


-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-= BIOMOD.projection.out -=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=

Projection directory : Output/alju/cont_gre


sp.name : alju

expl.var.names : temp_max_august temp_min temp_wet_quart temp_season 
prec_wet_quart prec_season


modeling.id : AllModels ( Output/alju/alju.AllModels.ensemble.models.out )

models.projected : 
alju_EMcvByTSS_mergedData_mergedRun_mergedAlgo, alju_EMwmeanByTSS_mergedData_mergedRun_mergedAlgo

-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=
A) Projection de la distribution potentielle contemporaine (modèle d'ensemble) sur la métropole de Grenoble ; B) Incertitude associée à la projection.

Figure 60.19: A) Projection de la distribution potentielle contemporaine (modèle d’ensemble) sur la métropole de Grenoble ; B) Incertitude associée à la projection.

60.3.3 Distributions potentielles futures

Futur : Projection à l’échelle de l’Europe jusqu’à l’horizon 2100

Toutes les fenêtres temporelles × scénarios pour le GCM « IPSL-CM6A-LR »

  1. SSP1-2.6
Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP1-2.6 (modèle d'ensemble).Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP1-2.6 (modèle d'ensemble).Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP1-2.6 (modèle d'ensemble).Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP1-2.6 (modèle d'ensemble).Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP1-2.6 (modèle d'ensemble).

Figure 60.20: Projection des distributions potentielles futures jusqu’à l’horizon 2100 sous le scénario SSP1-2.6 (modèle d’ensemble).

On obtient pour la métrique TSS une carte unique de moyenne pondérée sur les algorithmes et sur les jeux de pseudo-absences.

  1. SSP2-4.5
Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP2-4.5 (modèle d'ensemble).Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP2-4.5 (modèle d'ensemble).Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP2-4.5 (modèle d'ensemble).Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP2-4.5 (modèle d'ensemble).Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP2-4.5 (modèle d'ensemble).

Figure 60.21: Projection des distributions potentielles futures jusqu’à l’horizon 2100 sous le scénario SSP2-4.5 (modèle d’ensemble).

  1. SSP3-7.0
Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP3-7.0 (modèle d'ensemble).Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP3-7.0 (modèle d'ensemble).Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP3-7.0 (modèle d'ensemble).Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP3-7.0 (modèle d'ensemble).Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP3-7.0 (modèle d'ensemble).

Figure 60.22: Projection des distributions potentielles futures jusqu’à l’horizon 2100 sous le scénario SSP3-7.0 (modèle d’ensemble).

  1. SSP5-8.5
Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble).Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble).Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble).Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble).Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble).

Figure 60.23: Projection des distributions potentielles futures jusqu’à l’horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d’ensemble).

60.4 Inférence à l’échelle de la métropole

  • Croisement avec températures de surface 2019 (fournie par la métropole)
  • → conditions climatiques favorables à fine échelle
  • à peu près 7 pixels × 9 (WorldClim)

60.4.1 Distributions potentielles futures

Même chose que précédemment mais sur les rasters de Grenoble

  1. SSP1-2.6
Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).

Figure 60.24: Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu’à l’horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d’ensemble, GCM IPSL).

  1. SSP2-4.5
Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).

Figure 60.25: Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu’à l’horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d’ensemble, GCM IPSL).

  1. SSP3-7.0
Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).

Figure 60.26: Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu’à l’horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d’ensemble, GCM IPSL).

  1. SSP5-8.5
Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).

Figure 60.27: Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu’à l’horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d’ensemble, GCM IPSL).

60.4.2 Évolution temporelle

# A tibble: 17 × 8
   min         q1          median      mean        q3          max   ssp    year
   <table[1d]> <table[1d]> <table[1d]> <table[1d]> <table[1d]> <tab> <fct> <dbl>
 1 187         285         338         389.6540    527         683   0      2000
 2 231         398         463         497.2406    604         721   126    2040
 3 253         440         521         535.3410    637         729   126    2060
 4 256         438         526         535.6337    638         733   126    2080
 5 253         449         529         543.0684    646         729   126    2100
 6 257         414         487         514.0362    620         726   245    2040
 7 275         468         551         559.0176    657         739   245    2060
 8 379         520         607         599.3364    688         734   245    2080
 9 359         554         637         617.8895    697         749   245    2100
10 233         399         469         498.9267    606         728   370    2040
11 291         479         559         568.4045    666         732   370    2060
12 330         549         617         604.0313    696         734   370    2080
13 366         598         703         649.4779    723         761   370    2100
14 233         407         483         506.5985    614         728   585    2040
15 320         515         598         596.0892    690         745   585    2060
16 388         630         705         665.2596    722         767   585    2080
17 368         574         659         637.6876    737         767   585    2100
Évolution de la favorabilité climatique au cours du XXIème siècle. Le point représente la médiane sur l'étendue de la métropole (i.e. tous les pixels de la carte) ; le trait gras représente 50 % des données intermédiaires (espace inter-quartile) ; le trait fin représente le reste des données du minimum au maximum.

Figure 60.28: Évolution de la favorabilité climatique au cours du XXIème siècle. Le point représente la médiane sur l’étendue de la métropole (i.e. tous les pixels de la carte) ; le trait gras représente 50 % des données intermédiaires (espace inter-quartile) ; le trait fin représente le reste des données du minimum au maximum.