94 Ptelea trifoliata

94.1 Données d’occurrences GBIF

Collecte des données du GBIF :

<<gbif download metadata>>
  Status: SUCCEEDED
  DOI: 10.15468/dl.7dczjm
  Format: SIMPLE_CSV
  Download key: 0252268-230224095556074
  Created: 2023-05-20T13:12:21.644+00:00
  Modified: 2023-05-20T13:13:08.891+00:00
  Download link: https://api.gbif.org/v1/occurrence/download/request/0252268-230224095556074.zip
  Total records: 3834

Conversion en objets géographiques (format Simple feature de sf) et exploration rapide des données (classe du jeu de données et premières lignes du tableau) :

Simple feature collection with 3834 features and 50 fields
Attribute-geometry relationship: 50 constant, 0 aggregate, 0 identity
Geometry type: POINT
Dimension:     XY
Bounding box:  xmin: -123.233333 ymin: -43.52432 xmax: 172.622571 ymax: 63.434
Geodetic CRS:  WGS 84
# A tibble: 3,834 × 51
     gbifID datasetKey occurrenceID kingdom phylum class order family genus species infraspecificEpithet
 *  <int64> <chr>      <chr>        <chr>   <chr>  <chr> <chr> <chr>  <chr> <chr>   <chr>               
 1      9e8 6ac3f774-… ""           Plantae Trach… Magn… Sapi… Rutac… Ptel… Ptelea… ""                  
 2      9e8 95c938a8-… "f06c02ff-b… Plantae Trach… Magn… Sapi… Rutac… Ptel… Ptelea… "pallida"           
 3      9e8 50c9509d-… "http://www… Plantae Trach… Magn… Sapi… Rutac… Ptel… Ptelea… ""                  
 4      9e8 50c9509d-… "http://www… Plantae Trach… Magn… Sapi… Rutac… Ptel… Ptelea… ""                  
 5      8e8 50c9509d-… "http://www… Plantae Trach… Magn… Sapi… Rutac… Ptel… Ptelea… ""                  
 6      8e8 50c9509d-… "http://www… Plantae Trach… Magn… Sapi… Rutac… Ptel… Ptelea… ""                  
 7      8e8 50c9509d-… "http://www… Plantae Trach… Magn… Sapi… Rutac… Ptel… Ptelea… ""                  
 8      8e8 50c9509d-… "http://www… Plantae Trach… Magn… Sapi… Rutac… Ptel… Ptelea… ""                  
 9      8e8 50c9509d-… "http://www… Plantae Trach… Magn… Sapi… Rutac… Ptel… Ptelea… ""                  
10      8e8 50c9509d-… "http://www… Plantae Trach… Magn… Sapi… Rutac… Ptel… Ptelea… ""                  
# ℹ 3,824 more rows
# ℹ 40 more variables: taxonRank <chr>, scientificName <chr>, verbatimScientificName <chr>,
#   verbatimScientificNameAuthorship <chr>, countryCode <chr>, locality <chr>, stateProvince <chr>,
#   occurrenceStatus <chr>, individualCount <int>, publishingOrgKey <chr>, decimalLatitude <dbl>,
#   decimalLongitude <dbl>, coordinateUncertaintyInMeters <dbl>, coordinatePrecision <dbl>,
#   elevation <dbl>, elevationAccuracy <dbl>, depth <dbl>, depthAccuracy <dbl>, eventDate <dttm>,
#   day <int>, month <int>, year <int>, taxonKey <int>, speciesKey <int>, basisOfRecord <chr>, …

Il y a 3 834 occurrences dans le jeu de données. On les affiche sur la carte du monde :

Occurrences de Ptelea trifoliata dans le monde.

Figure 94.1: Occurrences de Ptelea trifoliata dans le monde.

94.1.1 Données par région

On évalue la proportion d’occurrences dans chaque région, en utilisant les 3 masques créés précédemment. Si on a au moins 50 % des occurrences dans une région, on peut continuer en travaillant uniquement sur ces données. Sinon, on vérifie qu’au moins 67 % des données tombent dans l’ensemble des régions, et on prend la région la plus représentée. Au final, s’il s’agit d’une espèce endémique d’Europe, on n’a pas besoin de manipulation supplémentaire.

[1] 0.1434533125
[1] 0.8552425665
[1] 0.000521648409

Espèce endémique d’Amérique du Nord

Occurrence de Ptelea trifoliata dans la région d'endémisme.

Figure 94.2: Occurrence de Ptelea trifoliata dans la région d’endémisme.

94.1.2 Licences

On s’intéresse ici au problème particulier des licences :


   CC_BY_4_0 CC_BY_NC_4_0      CC0_1_0 
         972         2022          285 
[1] 38.33485819
Occurrence de Ptelea trifoliata dans la région d'endémisme, selon la licence : CC BY-NC en bleu ; CC0 et CC BY en orange.

Figure 94.3: Occurrence de Ptelea trifoliata dans la région d’endémisme, selon la licence : CC BY-NC en bleu ; CC0 et CC BY en orange.

Idéalement, on aimerait avoir au moins 50 % de données vraiment libres d’utilisation (c’est-à-dire sans la clause -NC). On continue en supprimant les données en CC BY-NC.

Moins de 50 % de données librement utilisables

[1] 1257

94.1.3 Sous-échantillonnage

Si le jeu de données contient 25 000 occurrences ou plus, on procède au sous-échantillonnage aléatoire pour en conserver un maximum de 25 000.

Moins de 25 000 occurrences : pas de sous-échantillonnage

Simple feature collection with 1257 features and 50 fields
Attribute-geometry relationship: 50 constant, 0 aggregate, 0 identity
Geometry type: POINT
Dimension:     XY
Bounding box:  xmin: -123.233333 ymin: 16.68 xmax: -71.12027 ymax: 50.57
Geodetic CRS:  WGS 84
# A tibble: 1,257 × 51
     gbifID datasetKey occurrenceID kingdom phylum class order family genus species infraspecificEpithet
    <int64> <chr>      <chr>        <chr>   <chr>  <chr> <chr> <chr>  <chr> <chr>   <chr>               
 1      9e8 95c938a8-… f06c02ff-b1… Plantae Trach… Magn… Sapi… Rutac… Ptel… Ptelea… "pallida"           
 2      8e8 50c9509d-… http://www.… Plantae Trach… Magn… Sapi… Rutac… Ptel… Ptelea… ""                  
 3      8e8 50c9509d-… http://www.… Plantae Trach… Magn… Sapi… Rutac… Ptel… Ptelea… ""                  
 4      8e8 50c9509d-… http://www.… Plantae Trach… Magn… Sapi… Rutac… Ptel… Ptelea… ""                  
 5      8e8 50c9509d-… http://www.… Plantae Trach… Magn… Sapi… Rutac… Ptel… Ptelea… ""                  
 6      8e8 50c9509d-… http://www.… Plantae Trach… Magn… Sapi… Rutac… Ptel… Ptelea… ""                  
 7      8e8 50c9509d-… http://www.… Plantae Trach… Magn… Sapi… Rutac… Ptel… Ptelea… ""                  
 8      8e8 50c9509d-… http://www.… Plantae Trach… Magn… Sapi… Rutac… Ptel… Ptelea… ""                  
 9      8e8 50c9509d-… http://www.… Plantae Trach… Magn… Sapi… Rutac… Ptel… Ptelea… ""                  
10      8e8 50c9509d-… http://www.… Plantae Trach… Magn… Sapi… Rutac… Ptel… Ptelea… ""                  
# ℹ 1,247 more rows
# ℹ 40 more variables: taxonRank <chr>, scientificName <chr>, verbatimScientificName <chr>,
#   verbatimScientificNameAuthorship <chr>, countryCode <chr>, locality <chr>, stateProvince <chr>,
#   occurrenceStatus <chr>, individualCount <int>, publishingOrgKey <chr>, decimalLatitude <dbl>,
#   decimalLongitude <dbl>, coordinateUncertaintyInMeters <dbl>, coordinatePrecision <dbl>,
#   elevation <dbl>, elevationAccuracy <dbl>, depth <dbl>, depthAccuracy <dbl>, eventDate <dttm>,
#   day <int>, month <int>, year <int>, taxonKey <int>, speciesKey <int>, basisOfRecord <chr>, …

94.1.4 Carte finale

On prépare la carte finale des occurrences :

Occurrence de Ptelea trifoliata dans la région d'endémisme après sous-échantillonnage éventuel.

Figure 94.4: Occurrence de Ptelea trifoliata dans la région d’endémisme après sous-échantillonnage éventuel.

94.2 Modélisation de la niche climatique

94.2.1 Préparer les données

Organisation des données d’entrées (occurrences et données environnementales) et des données produites de pseudo-absences :

 class       : SpatVector 
 geometry    : points 
 dimensions  : 1257, 0  (geometries, attributes)
 extent      : -123.2333, -71.12027, 16.68, 50.57  (xmin, xmax, ymin, ymax)
 coord. ref. : lon/lat WGS 84 (EPSG:4326) 

-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-= pttr Data Formating -=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=

      ! Response variable is considered as only presences... Is it really what you want?
      ! No data has been set aside for modeling evaluation
 !!! Some data are located in the same raster cell. 
          Please set `filter.raster = TRUE` if you want an automatic filtering.

Checking Pseudo-absence selection arguments...

   > random pseudo absences selection
   > Pseudo absences are selected in explanatory variables
 ! Some NAs have been automatically removed from your data
 !!! Some data are located in the same raster cell. 
          Please set `filter.raster = TRUE` if you want an automatic filtering.
-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-= Done -=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=

-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-= BIOMOD.formated.data -=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=

dir.name =  Output

sp.name =  pttr

     1256 presences,  0 true absences and  3764 undefined points in dataset


     6 explanatory variables

 temp_max_august    temp_min       temp_wet_quart    temp_season    
 Min.   : 0.50   Min.   :-30.648   Min.   :-11.64   Min.   :   0.0  
 1st Qu.:23.70   1st Qu.:-14.438   1st Qu.: 12.56   1st Qu.: 675.0  
 Median :28.13   Median : -6.944   Median : 17.74   Median : 838.5  
 Mean   :27.69   Mean   : -6.821   Mean   : 16.44   Mean   : 818.8  
 3rd Qu.:31.92   3rd Qu.:  1.600   3rd Qu.: 21.87   3rd Qu.:1035.3  
 Max.   :42.30   Max.   : 22.267   Max.   : 33.48   Max.   :1456.5  
 prec_wet_quart    prec_season     
 Min.   :  21.0   Min.   :  6.084  
 1st Qu.: 202.0   1st Qu.: 24.414  
 Median : 284.0   Median : 43.697  
 Mean   : 309.7   Mean   : 47.239  
 3rd Qu.: 345.0   3rd Qu.: 62.933  
 Max.   :1868.0   Max.   :134.063  

-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=

On visualise les pseudo-absences :

Les données d'occurrences (en haut à gauche) et les trois jeux de données aléatoires de pseudo-absences.

Figure 94.5: Les données d’occurrences (en haut à gauche) et les trois jeux de données aléatoires de pseudo-absences.

$data.vect
 class       : SpatVector 
 geometry    : points 
 dimensions  : 8795, 2  (geometries, attributes)
 extent      : -129.9375, -53.10417, 13.0625, 54.97917  (xmin, xmax, ymin, ymax)
 coord. ref. :  
 names       :  resp         dataset
 type        : <num>           <chr>
 values      :    10 Initial dataset
                  10 Initial dataset
                  10 Initial dataset

$data.label
                              9                              10 
                "**Presences**"       "Presences (calibration)" 
                             11                              12 
       "Presences (validation)"        "Presences (evaluation)" 
                             19                              20 
            "**True Absences**"   "True Absences (calibration)" 
                             21                              22 
   "True Absences (validation)"    "True Absences (evaluation)" 
                             29                              30 
          "**Pseudo-Absences**" "Pseudo-Absences (calibration)" 
                             31                               1 
 "Pseudo-Absences (validation)"                    "Background" 

$data.plot
Les données d'occurrences (en haut à gauche) et les trois jeux de données aléatoires de pseudo-absences.

Figure 94.6: Les données d’occurrences (en haut à gauche) et les trois jeux de données aléatoires de pseudo-absences.

94.2.2 Modèles individuels de niche


-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-= Build Single Models -=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=


Checking Models arguments...

Creating suitable Workdir...

            ! Weights where automatically defined for pttr_PA1 to rise a 0.5 prevalence !
            ! Weights where automatically defined for pttr_PA2 to rise a 0.5 prevalence !
            ! Weights where automatically defined for pttr_PA3 to rise a 0.5 prevalence !


-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-= pttr Modeling Summary -=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=

 6  environmental variables ( temp_max_august temp_min temp_wet_quart temp_season prec_wet_quart prec_season )
Number of evaluation repetitions : 1
Models selected : GAM MARS MAXNET GBM ANN RF 

Total number of model runs: 18 

-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=


-=-=-=- Run :  pttr_PA1 


-=-=-=--=-=-=- pttr_PA1_RUN1 


-=-=-=- Run :  pttr_PA2 


-=-=-=--=-=-=- pttr_PA2_RUN1 


-=-=-=- Run :  pttr_PA3 


-=-=-=--=-=-=- pttr_PA3_RUN1 

-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-= Done -=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=

94.2.2.1 Évaluation de la performance

             full.name  PA  run   algo metric.eval cutoff sensitivity
1    pttr_PA1_RUN1_GAM PA1 RUN1    GAM         TSS  505.0      97.612
2    pttr_PA1_RUN1_GAM PA1 RUN1    GAM         ROC  508.0      97.612
3   pttr_PA1_RUN1_MARS PA1 RUN1   MARS         TSS  544.0      81.692
4   pttr_PA1_RUN1_MARS PA1 RUN1   MARS         ROC  542.5      81.990
5 pttr_PA1_RUN1_MAXNET PA1 RUN1 MAXNET         TSS  377.0      94.229
6 pttr_PA1_RUN1_MAXNET PA1 RUN1 MAXNET         ROC  377.5      94.229
  specificity calibration validation evaluation
1      58.350       0.560      0.494         NA
2      58.449       0.796      0.762         NA
3      81.412       0.631      0.697         NA
4      81.312       0.910      0.914         NA
5      70.080       0.644      0.633         NA
6      70.179       0.908      0.900         NA
Évaluation de la performance des modèles individuels : True Skill Statistic & aire sous la courbe de ROC.

Figure 94.7: Évaluation de la performance des modèles individuels : True Skill Statistic & aire sous la courbe de ROC.

94.2.2.2 Importance des variables environnementales

          full.name  PA  run algo        expl.var rand  var.imp
1 pttr_PA1_RUN1_GAM PA1 RUN1  GAM temp_max_august    1 0.132391
2 pttr_PA1_RUN1_GAM PA1 RUN1  GAM        temp_min    1 0.765279
3 pttr_PA1_RUN1_GAM PA1 RUN1  GAM  temp_wet_quart    1 0.096829
4 pttr_PA1_RUN1_GAM PA1 RUN1  GAM     temp_season    1 0.125482
5 pttr_PA1_RUN1_GAM PA1 RUN1  GAM  prec_wet_quart    1 0.138889
6 pttr_PA1_RUN1_GAM PA1 RUN1  GAM     prec_season    1 0.175882
Pourcentage de variance expliquée pour chaque variable, décomposé par algorithme.

Figure 94.8: Pourcentage de variance expliquée pour chaque variable, décomposé par algorithme.

Pourcentage de variance expliquée pour chaque variable, décomposé par variable.

Figure 94.9: Pourcentage de variance expliquée pour chaque variable, décomposé par variable.

94.2.2.3 Courbes de réponses

Courbes de réponse de chaque variable climatique selon l'algorithme (en couleurs).

Figure 94.10: Courbes de réponse de chaque variable climatique selon l’algorithme (en couleurs).

94.2.3 Modèles d’ensemble de niche

Seulement modèles avec TSS > 0.8


-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-= BIOMOD.ensemble.models.out -=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=

sp.name : pttr

expl.var.names : temp_max_august temp_min temp_wet_quart temp_season 
prec_wet_quart prec_season


models computed: 
pttr_EMcvByTSS_mergedData_mergedRun_mergedAlgo, pttr_EMwmeanByTSS_mergedData_mergedRun_mergedAlgo

models failed: none

-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=

94.2.3.1 Évaluation de la qualité

                                          full.name merged.by.PA merged.by.run
1 pttr_EMwmeanByTSS_mergedData_mergedRun_mergedAlgo   mergedData     mergedRun
2 pttr_EMwmeanByTSS_mergedData_mergedRun_mergedAlgo   mergedData     mergedRun
  merged.by.algo filtered.by    algo metric.eval cutoff sensitivity specificity
1     mergedAlgo         TSS EMwmean         TSS  667.0      94.268      95.802
2     mergedAlgo         TSS EMwmean         ROC  614.5      95.939      94.182
  calibration validation evaluation
1       0.901         NA         NA
2       0.991         NA         NA
Évaluation de la qualité du modèle d'ensemble : Aire sous la courbe de ROC & True Skill Statistic.

Figure 94.11: Évaluation de la qualité du modèle d’ensemble : Aire sous la courbe de ROC & True Skill Statistic.

                                       full.name merged.by.PA merged.by.run
1 pttr_EMcvByTSS_mergedData_mergedRun_mergedAlgo   mergedData     mergedRun
2 pttr_EMcvByTSS_mergedData_mergedRun_mergedAlgo   mergedData     mergedRun
3 pttr_EMcvByTSS_mergedData_mergedRun_mergedAlgo   mergedData     mergedRun
4 pttr_EMcvByTSS_mergedData_mergedRun_mergedAlgo   mergedData     mergedRun
5 pttr_EMcvByTSS_mergedData_mergedRun_mergedAlgo   mergedData     mergedRun
6 pttr_EMcvByTSS_mergedData_mergedRun_mergedAlgo   mergedData     mergedRun
  merged.by.algo filtered.by algo        expl.var rand  var.imp
1     mergedAlgo         TSS EMcv temp_max_august    1 0.496723
2     mergedAlgo         TSS EMcv        temp_min    1 0.602826
3     mergedAlgo         TSS EMcv  temp_wet_quart    1 0.558339
4     mergedAlgo         TSS EMcv     temp_season    1 0.465035
5     mergedAlgo         TSS EMcv  prec_wet_quart    1 0.374794
6     mergedAlgo         TSS EMcv     prec_season    1 0.385117

Par variable :

Pourcentage de variance expliquée par variable dans le modèle d'ensemble.

Figure 94.12: Pourcentage de variance expliquée par variable dans le modèle d’ensemble.

Courbes de réponse de chaque variable climatique dans le modèle d'ensemble.

Figure 94.13: Courbes de réponse de chaque variable climatique dans le modèle d’ensemble.

94.3 Projections

94.3.1 Distribution potentielle contemporaine

Contemporaine : Cartographie des observations sur couches climatiques Extraction des conditions climatiques favorables


-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-= BIOMOD.projection.out -=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=

Projection directory : Output/pttr/current


sp.name : pttr

expl.var.names : temp_max_august temp_min temp_wet_quart temp_season 
prec_wet_quart prec_season


modeling.id : AllModels ( Output/pttr/pttr.AllModels.models.out )

models.projected : 
pttr_PA1_RUN1_GAM, pttr_PA1_RUN1_MARS, pttr_PA1_RUN1_MAXNET, pttr_PA1_RUN1_GBM, pttr_PA1_RUN1_ANN, pttr_PA1_RUN1_RF, pttr_PA2_RUN1_GAM, pttr_PA2_RUN1_MARS, pttr_PA2_RUN1_MAXNET, pttr_PA2_RUN1_GBM, pttr_PA2_RUN1_ANN, pttr_PA2_RUN1_RF, pttr_PA3_RUN1_GAM, pttr_PA3_RUN1_MARS, pttr_PA3_RUN1_MAXNET, pttr_PA3_RUN1_GBM, pttr_PA3_RUN1_ANN, pttr_PA3_RUN1_RF

available binary projection : TSS, ROC

available filtered projection : TSS, ROC

-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=
Projection de la distribution potentielle contemporaine sur l'Europe, selon les 6 algorithmes et les 3 runs.

Figure 94.14: Projection de la distribution potentielle contemporaine sur l’Europe, selon les 6 algorithmes et les 3 runs.

Projection de la distribution potentielle contemporaine sur l'Europe, selon les 6 algorithmes et les 3 runs.

Figure 94.15: Projection de la distribution potentielle contemporaine sur l’Europe, selon les 6 algorithmes et les 3 runs.


-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-= BIOMOD.projection.out -=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=

Projection directory : Output/pttr/current


sp.name : pttr

expl.var.names : temp_max_august temp_min temp_wet_quart temp_season 
prec_wet_quart prec_season


modeling.id : AllModels ( Output/pttr/pttr.AllModels.ensemble.models.out )

models.projected : 
pttr_EMcvByTSS_mergedData_mergedRun_mergedAlgo, pttr_EMwmeanByTSS_mergedData_mergedRun_mergedAlgo

-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=
A) Projection de la distribution potentielle contemporaine (modèle d'ensemble) ; B) Incertitude associée à la projection.

Figure 94.16: A) Projection de la distribution potentielle contemporaine (modèle d’ensemble) ; B) Incertitude associée à la projection.

94.3.2 Interpolation à l’échelle de la métropole

  • → conditions climatiques favorables à fine échelle

On projette la niche climatique sur ce raster à fine échelle.


-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-= BIOMOD.projection.out -=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=

Projection directory : Output/pttr/cont_gre


sp.name : pttr

expl.var.names : temp_max_august temp_min temp_wet_quart temp_season 
prec_wet_quart prec_season


modeling.id : AllModels ( Output/pttr/pttr.AllModels.models.out )

models.projected : 
pttr_PA1_RUN1_GAM, pttr_PA1_RUN1_MARS, pttr_PA1_RUN1_MAXNET, pttr_PA1_RUN1_GBM, pttr_PA1_RUN1_ANN, pttr_PA1_RUN1_RF, pttr_PA2_RUN1_GAM, pttr_PA2_RUN1_MARS, pttr_PA2_RUN1_MAXNET, pttr_PA2_RUN1_GBM, pttr_PA2_RUN1_ANN, pttr_PA2_RUN1_RF, pttr_PA3_RUN1_GAM, pttr_PA3_RUN1_MARS, pttr_PA3_RUN1_MAXNET, pttr_PA3_RUN1_GBM, pttr_PA3_RUN1_ANN, pttr_PA3_RUN1_RF

available binary projection : TSS, ROC

available filtered projection : TSS, ROC

-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=
Projection de la distribution potentielle contemporaine sur la métropole de Grenoble, selon les 6 algorithmes et les 3 runs.

Figure 94.17: Projection de la distribution potentielle contemporaine sur la métropole de Grenoble, selon les 6 algorithmes et les 3 runs.

Projection de la distribution potentielle contemporaine sur la métropole de Grenoble, selon les 6 algorithmes et les 3 runs.

Figure 94.18: Projection de la distribution potentielle contemporaine sur la métropole de Grenoble, selon les 6 algorithmes et les 3 runs.


-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-= BIOMOD.projection.out -=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=

Projection directory : Output/pttr/cont_gre


sp.name : pttr

expl.var.names : temp_max_august temp_min temp_wet_quart temp_season 
prec_wet_quart prec_season


modeling.id : AllModels ( Output/pttr/pttr.AllModels.ensemble.models.out )

models.projected : 
pttr_EMcvByTSS_mergedData_mergedRun_mergedAlgo, pttr_EMwmeanByTSS_mergedData_mergedRun_mergedAlgo

-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=
A) Projection de la distribution potentielle contemporaine (modèle d'ensemble) sur la métropole de Grenoble ; B) Incertitude associée à la projection.

Figure 94.19: A) Projection de la distribution potentielle contemporaine (modèle d’ensemble) sur la métropole de Grenoble ; B) Incertitude associée à la projection.

94.3.3 Distributions potentielles futures

Futur : Projection à l’échelle de l’Europe jusqu’à l’horizon 2100

Toutes les fenêtres temporelles × scénarios pour le GCM « IPSL-CM6A-LR »

  1. SSP1-2.6
Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP1-2.6 (modèle d'ensemble).Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP1-2.6 (modèle d'ensemble).Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP1-2.6 (modèle d'ensemble).Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP1-2.6 (modèle d'ensemble).Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP1-2.6 (modèle d'ensemble).

Figure 94.20: Projection des distributions potentielles futures jusqu’à l’horizon 2100 sous le scénario SSP1-2.6 (modèle d’ensemble).

On obtient pour la métrique TSS une carte unique de moyenne pondérée sur les algorithmes et sur les jeux de pseudo-absences.

  1. SSP2-4.5
Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP2-4.5 (modèle d'ensemble).Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP2-4.5 (modèle d'ensemble).Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP2-4.5 (modèle d'ensemble).Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP2-4.5 (modèle d'ensemble).Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP2-4.5 (modèle d'ensemble).

Figure 94.21: Projection des distributions potentielles futures jusqu’à l’horizon 2100 sous le scénario SSP2-4.5 (modèle d’ensemble).

  1. SSP3-7.0
Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP3-7.0 (modèle d'ensemble).Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP3-7.0 (modèle d'ensemble).Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP3-7.0 (modèle d'ensemble).Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP3-7.0 (modèle d'ensemble).Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP3-7.0 (modèle d'ensemble).

Figure 94.22: Projection des distributions potentielles futures jusqu’à l’horizon 2100 sous le scénario SSP3-7.0 (modèle d’ensemble).

  1. SSP5-8.5
Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble).Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble).Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble).Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble).Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble).

Figure 94.23: Projection des distributions potentielles futures jusqu’à l’horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d’ensemble).

94.4 Inférence à l’échelle de la métropole

  • Croisement avec températures de surface 2019 (fournie par la métropole)
  • → conditions climatiques favorables à fine échelle
  • à peu près 7 pixels × 9 (WorldClim)

94.4.1 Distributions potentielles futures

Même chose que précédemment mais sur les rasters de Grenoble

  1. SSP1-2.6
Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).

Figure 94.24: Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu’à l’horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d’ensemble, GCM IPSL).

  1. SSP2-4.5
Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).

Figure 94.25: Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu’à l’horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d’ensemble, GCM IPSL).

  1. SSP3-7.0
Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).

Figure 94.26: Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu’à l’horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d’ensemble, GCM IPSL).

  1. SSP5-8.5
Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).

Figure 94.27: Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu’à l’horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d’ensemble, GCM IPSL).

94.4.2 Évolution temporelle

# A tibble: 17 × 8
   min         q1          median      mean        q3          max   ssp    year
   <table[1d]> <table[1d]> <table[1d]> <table[1d]> <table[1d]> <tab> <fct> <dbl>
 1 135         268         382         393.7052    539         678   0      2000
 2 185         415         513         490.3168    571         704   126    2040
 3 221         424         523         502.5164    579         696   126    2060
 4 235         451         533         518.4978    593         705   126    2080
 5 235         423         513         496.1512    572         672   126    2100
 6 203         425         516         501.9041    570         683   245    2040
 7 247         485         541         527.0418    594         693   245    2060
 8 279         497         556         543.7271    598         684   245    2080
 9 268         471         551         532.5670    596         724   245    2100
10 187         416         520         493.9854    573         702   370    2040
11 254         470         537         518.9482    585         686   370    2060
12 288         468         547         530.0675    592         695   370    2080
13 343         448         526         520.0515    586         770   370    2100
14 201         423         524         503.4925    586         714   585    2040
15 281         492         550         538.9791    594         692   585    2060
16 366         462         547         537.0231    606         795   585    2080
17 362         399         459         456.6625    506         603   585    2100
Évolution de la favorabilité climatique au cours du XXIème siècle. Le point représente la médiane sur l'étendue de la métropole (i.e. tous les pixels de la carte) ; le trait gras représente 50 % des données intermédiaires (espace inter-quartile) ; le trait fin représente le reste des données du minimum au maximum.

Figure 94.28: Évolution de la favorabilité climatique au cours du XXIème siècle. Le point représente la médiane sur l’étendue de la métropole (i.e. tous les pixels de la carte) ; le trait gras représente 50 % des données intermédiaires (espace inter-quartile) ; le trait fin représente le reste des données du minimum au maximum.