217 Pinus pinaster

217.1 Données d’occurrences GBIF

Collecte des données du GBIF :

<<gbif download metadata>>
  Status: SUCCEEDED
  DOI: 10.15468/dl.bwxn7d
  Format: SIMPLE_CSV
  Download key: 0260909-230224095556074
  Created: 2023-05-25T12:09:01.903+00:00
  Modified: 2023-05-25T12:26:02.181+00:00
  Download link: https://api.gbif.org/v1/occurrence/download/request/0260909-230224095556074.zip
  Total records: 301820

Conversion en objets géographiques (format Simple feature de sf) et exploration rapide des données (classe du jeu de données et premières lignes du tableau) :

Simple feature collection with 301820 features and 50 fields
Attribute-geometry relationship: 50 constant, 0 aggregate, 0 identity
Geometry type: POINT
Dimension:     XY
Bounding box:  xmin: -156.24345 ymin: -46.587954 xmax: 177.018963 ymax: 57.648687
Geodetic CRS:  WGS 84
# A tibble: 301,820 × 51
       gbifID datasetKey        occurrenceID kingdom phylum class order family genus species
 *    <int64> <chr>             <chr>        <chr>   <chr>  <chr> <chr> <chr>  <chr> <chr>  
 1 2830393673 9360958c-3534-4d… 083634e4-55… Plantae Trach… Pino… Pina… Pinac… Pinus Pinus …
 2 2829536355 9360958c-3534-4d… 69f87e9f-83… Plantae Trach… Pino… Pina… Pinac… Pinus Pinus …
 3 2829919262 9360958c-3534-4d… bf5454fc-69… Plantae Trach… Pino… Pina… Pinac… Pinus Pinus …
 4 2828798114 9360958c-3534-4d… 09b062f2-1a… Plantae Trach… Pino… Pina… Pinac… Pinus Pinus …
 5 2828753124 9360958c-3534-4d… 9c2eb58a-60… Plantae Trach… Pino… Pina… Pinac… Pinus Pinus …
 6 2829829400 9360958c-3534-4d… 1ba546d4-95… Plantae Trach… Pino… Pina… Pinac… Pinus Pinus …
 7 1118234864 75956ee6-1a2b-4f… http://flor… Plantae Trach… Pino… Pina… Pinac… Pinus Pinus …
 8 1120107666 75956ee6-1a2b-4f… http://ofsa… Plantae Trach… Pino… Pina… Pinac… Pinus Pinus …
 9 1120175269 75956ee6-1a2b-4f… http://ofsa… Plantae Trach… Pino… Pina… Pinac… Pinus Pinus …
10 1121929356 75956ee6-1a2b-4f… http://cbnb… Plantae Trach… Pino… Pina… Pinac… Pinus Pinus …
# ℹ 301,810 more rows
# ℹ 41 more variables: infraspecificEpithet <chr>, taxonRank <chr>, scientificName <chr>,
#   verbatimScientificName <chr>, verbatimScientificNameAuthorship <chr>,
#   countryCode <chr>, locality <chr>, stateProvince <chr>, occurrenceStatus <chr>,
#   individualCount <int>, publishingOrgKey <chr>, decimalLatitude <dbl>,
#   decimalLongitude <dbl>, coordinateUncertaintyInMeters <dbl>, coordinatePrecision <dbl>,
#   elevation <dbl>, elevationAccuracy <dbl>, depth <dbl>, depthAccuracy <dbl>, …

Il y a 301 820 occurrences dans le jeu de données. On les affiche sur la carte du monde :

Occurrences de Pinus pinaster dans le monde.

Figure 217.1: Occurrences de Pinus pinaster dans le monde.

217.1.1 Données par région

On évalue la proportion d’occurrences dans chaque région, en utilisant les 3 masques créés précédemment. Si on a au moins 50 % des occurrences dans une région, on peut continuer en travaillant uniquement sur ces données. Sinon, on vérifie qu’au moins 67 % des données tombent dans l’ensemble des régions, et on prend la région la plus représentée. Au final, s’il s’agit d’une espèce endémique d’Europe, on n’a pas besoin de manipulation supplémentaire.

[1] 0.9951825591
[1] 4.969849579e-05
[1] 3.313233053e-06

Espèce endémique d’Europe

Occurrence de Pinus pinaster dans la région d'endémisme.

Figure 217.2: Occurrence de Pinus pinaster dans la région d’endémisme.

217.1.2 Licences

On s’intéresse ici au problème particulier des licences :


   CC_BY_4_0 CC_BY_NC_4_0      CC0_1_0 
      292818         7359          189 
[1] 97.54998901
Occurrence de Pinus pinaster dans la région d'endémisme, selon la licence : CC BY-NC en bleu ; CC0 et CC BY en orange.

Figure 217.3: Occurrence de Pinus pinaster dans la région d’endémisme, selon la licence : CC BY-NC en bleu ; CC0 et CC BY en orange.

Idéalement, on aimerait avoir au moins 50 % de données vraiment libres d’utilisation (c’est-à-dire sans la clause -NC). On continue en supprimant les données en CC BY-NC.

[1] 293007

217.1.3 Sous-échantillonnage

Si le jeu de données contient 25 000 occurrences ou plus, on procède au sous-échantillonnage aléatoire pour en conserver un maximum de 25 000.

Simple feature collection with 25000 features and 50 fields
Attribute-geometry relationship: 50 constant, 0 aggregate, 0 identity
Geometry type: POINT
Dimension:     XY
Bounding box:  xmin: -9.48225 ymin: 33.6 xmax: 16.293955 ymax: 54.54
Geodetic CRS:  WGS 84
# A tibble: 25,000 × 51
       gbifID datasetKey        occurrenceID kingdom phylum class order family genus species
      <int64> <chr>             <chr>        <chr>   <chr>  <chr> <chr> <chr>  <chr> <chr>  
 1 3402561504 7dccad9d-1339-4a… 6ceef873-ec… Plantae Trach… Pino… Pina… Pinac… Pinus Pinus …
 2 3402011181 eb97768a-339d-4c… 10a3f879-7f… Plantae Trach… Pino… Pina… Pinac… Pinus Pinus …
 3 3402872236 0fe87daf-ed3c-45… 85789154-ef… Plantae Trach… Pino… Pina… Pinac… Pinus Pinus …
 4 3402206785 eb97768a-339d-4c… 5f5bcf90-03… Plantae Trach… Pino… Pina… Pinac… Pinus Pinus …
 5 3402211516 7dccad9d-1339-4a… cf4d19ef-d5… Plantae Trach… Pino… Pina… Pinac… Pinus Pinus …
 6 3401959026 7dccad9d-1339-4a… 5de6c521-5b… Plantae Trach… Pino… Pina… Pinac… Pinus Pinus …
 7 3402025735 eb97768a-339d-4c… 15e6ae02-d4… Plantae Trach… Pino… Pina… Pinac… Pinus Pinus …
 8 3403273845 0fe87daf-ed3c-45… d9fff131-ef… Plantae Trach… Pino… Pina… Pinac… Pinus Pinus …
 9 3402249633 7dccad9d-1339-4a… e4c589d5-57… Plantae Trach… Pino… Pina… Pinac… Pinus Pinus …
10 3402529168 eb97768a-339d-4c… fe31deab-3f… Plantae Trach… Pino… Pina… Pinac… Pinus Pinus …
# ℹ 24,990 more rows
# ℹ 41 more variables: infraspecificEpithet <chr>, taxonRank <chr>, scientificName <chr>,
#   verbatimScientificName <chr>, verbatimScientificNameAuthorship <chr>,
#   countryCode <chr>, locality <chr>, stateProvince <chr>, occurrenceStatus <chr>,
#   individualCount <int>, publishingOrgKey <chr>, decimalLatitude <dbl>,
#   decimalLongitude <dbl>, coordinateUncertaintyInMeters <dbl>, coordinatePrecision <dbl>,
#   elevation <dbl>, elevationAccuracy <dbl>, depth <dbl>, depthAccuracy <dbl>, …

217.1.4 Carte finale

On prépare la carte finale des occurrences :

Occurrence de Pinus pinaster dans la région d'endémisme après sous-échantillonnage éventuel.

Figure 217.4: Occurrence de Pinus pinaster dans la région d’endémisme après sous-échantillonnage éventuel.

217.2 Modélisation de la niche climatique

217.2.1 Préparer les données

Organisation des données d’entrées (occurrences et données environnementales) et des données produites de pseudo-absences :

 class       : SpatVector 
 geometry    : points 
 dimensions  : 25000, 0  (geometries, attributes)
 extent      : -9.48225, 16.29396, 33.6, 54.54  (xmin, xmax, ymin, ymax)
 coord. ref. : lon/lat WGS 84 (EPSG:4326) 

-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-= pips Data Formating -=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=

      ! Response variable is considered as only presences... Is it really what you want?
      ! No data has been set aside for modeling evaluation
 !!! Some data are located in the same raster cell. 
          Please set `filter.raster = TRUE` if you want an automatic filtering.

Checking Pseudo-absence selection arguments...

   > random pseudo absences selection
   > Pseudo absences are selected in explanatory variables
 ! Some NAs have been automatically removed from your data
 !!! Some data are located in the same raster cell. 
          Please set `filter.raster = TRUE` if you want an automatic filtering.
-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-= Done -=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=

-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-= BIOMOD.formated.data -=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=

dir.name =  Output

sp.name =  pips

     24985 presences,  0 true absences and  72910 undefined points in dataset


     6 explanatory variables

 temp_max_august    temp_min       temp_wet_quart     temp_season    
 Min.   : 3.92   Min.   :-22.000   Min.   :-11.243   Min.   : 193.2  
 1st Qu.:21.00   1st Qu.: -8.700   1st Qu.:  8.406   1st Qu.: 533.4  
 Median :25.50   Median : -0.472   Median : 11.591   Median : 713.2  
 Mean   :25.73   Mean   : -2.731   Mean   : 11.724   Mean   : 718.9  
 3rd Qu.:28.99   3rd Qu.:  3.868   3rd Qu.: 15.447   3rd Qu.: 895.1  
 Max.   :45.98   Max.   : 12.032   Max.   : 26.126   Max.   :1383.7  
 prec_wet_quart    prec_season     
 Min.   :   3.0   Min.   :  6.315  
 1st Qu.: 182.0   1st Qu.: 29.010  
 Median : 228.0   Median : 37.329  
 Mean   : 265.9   Mean   : 43.060  
 3rd Qu.: 333.0   3rd Qu.: 56.365  
 Max.   :1240.0   Max.   :122.119  

-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=

On visualise les pseudo-absences :

Les données d'occurrences (en haut à gauche) et les trois jeux de données aléatoires de pseudo-absences.

Figure 217.5: Les données d’occurrences (en haut à gauche) et les trois jeux de données aléatoires de pseudo-absences.

$data.vect
 class       : SpatVector 
 geometry    : points 
 dimensions  : 174940, 2  (geometries, attributes)
 extent      : -10.5625, 46.97917, 29.02083, 70.97917  (xmin, xmax, ymin, ymax)
 coord. ref. :  
 names       :  resp         dataset
 type        : <num>           <chr>
 values      :    10 Initial dataset
                  10 Initial dataset
                  10 Initial dataset

$data.label
                              9                              10 
                "**Presences**"       "Presences (calibration)" 
                             11                              12 
       "Presences (validation)"        "Presences (evaluation)" 
                             19                              20 
            "**True Absences**"   "True Absences (calibration)" 
                             21                              22 
   "True Absences (validation)"    "True Absences (evaluation)" 
                             29                              30 
          "**Pseudo-Absences**" "Pseudo-Absences (calibration)" 
                             31                               1 
 "Pseudo-Absences (validation)"                    "Background" 

$data.plot
Les données d'occurrences (en haut à gauche) et les trois jeux de données aléatoires de pseudo-absences.

Figure 217.6: Les données d’occurrences (en haut à gauche) et les trois jeux de données aléatoires de pseudo-absences.

217.2.2 Modèles individuels de niche


-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-= Build Single Models -=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=


Checking Models arguments...

Creating suitable Workdir...

            ! Weights where automatically defined for pips_PA1 to rise a 0.5 prevalence !
            ! Weights where automatically defined for pips_PA2 to rise a 0.5 prevalence !
            ! Weights where automatically defined for pips_PA3 to rise a 0.5 prevalence !


-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-= pips Modeling Summary -=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=

 6  environmental variables ( temp_max_august temp_min temp_wet_quart temp_season prec_wet_quart prec_season )
Number of evaluation repetitions : 1
Models selected : GAM MARS MAXNET GBM ANN RF 

Total number of model runs: 18 

-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=


-=-=-=- Run :  pips_PA1 


-=-=-=--=-=-=- pips_PA1_RUN1 


-=-=-=- Run :  pips_PA2 


-=-=-=--=-=-=- pips_PA2_RUN1 


-=-=-=- Run :  pips_PA3 


-=-=-=--=-=-=- pips_PA3_RUN1 

-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-= Done -=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=

217.2.2.1 Évaluation de la performance

             full.name  PA  run   algo metric.eval cutoff sensitivity
1    pips_PA1_RUN1_GAM PA1 RUN1    GAM         TSS  636.0      99.210
2    pips_PA1_RUN1_GAM PA1 RUN1    GAM         ROC  648.5      99.164
3   pips_PA1_RUN1_MARS PA1 RUN1   MARS         TSS  505.0      97.619
4   pips_PA1_RUN1_MARS PA1 RUN1   MARS         ROC  500.5      97.684
5 pips_PA1_RUN1_MAXNET PA1 RUN1 MAXNET         TSS  308.0      97.669
6 pips_PA1_RUN1_MAXNET PA1 RUN1 MAXNET         ROC  315.5      97.544
  specificity calibration validation evaluation
1      83.490       0.827      0.832         NA
2      83.550       0.928      0.929         NA
3      96.830       0.944      0.949         NA
4      96.775       0.996      0.996         NA
5      96.805       0.945      0.946         NA
6      97.010       0.996      0.996         NA
Évaluation de la performance des modèles individuels : True Skill Statistic & aire sous la courbe de ROC.

Figure 217.7: Évaluation de la performance des modèles individuels : True Skill Statistic & aire sous la courbe de ROC.

217.2.2.2 Importance des variables environnementales

          full.name  PA  run algo        expl.var rand  var.imp
1 pips_PA1_RUN1_GAM PA1 RUN1  GAM temp_max_august    1 0.221470
2 pips_PA1_RUN1_GAM PA1 RUN1  GAM        temp_min    1 0.000046
3 pips_PA1_RUN1_GAM PA1 RUN1  GAM  temp_wet_quart    1 0.080403
4 pips_PA1_RUN1_GAM PA1 RUN1  GAM     temp_season    1 0.482648
5 pips_PA1_RUN1_GAM PA1 RUN1  GAM  prec_wet_quart    1 0.020526
6 pips_PA1_RUN1_GAM PA1 RUN1  GAM     prec_season    1 0.109565
Pourcentage de variance expliquée pour chaque variable, décomposé par algorithme.

Figure 217.8: Pourcentage de variance expliquée pour chaque variable, décomposé par algorithme.

Pourcentage de variance expliquée pour chaque variable, décomposé par variable.

Figure 217.9: Pourcentage de variance expliquée pour chaque variable, décomposé par variable.

217.2.2.3 Courbes de réponses

Courbes de réponse de chaque variable climatique selon l'algorithme (en couleurs).

Figure 217.10: Courbes de réponse de chaque variable climatique selon l’algorithme (en couleurs).

217.2.3 Modèles d’ensemble de niche

Seulement modèles avec TSS > 0.8


-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-= BIOMOD.ensemble.models.out -=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=

sp.name : pips

expl.var.names : temp_max_august temp_min temp_wet_quart temp_season 
prec_wet_quart prec_season


models computed: 
pips_EMcvByTSS_mergedData_mergedRun_mergedAlgo, pips_EMwmeanByTSS_mergedData_mergedRun_mergedAlgo

models failed: none

-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=

217.2.3.1 Évaluation de la qualité

                                          full.name merged.by.PA merged.by.run
1 pips_EMwmeanByTSS_mergedData_mergedRun_mergedAlgo   mergedData     mergedRun
2 pips_EMwmeanByTSS_mergedData_mergedRun_mergedAlgo   mergedData     mergedRun
  merged.by.algo filtered.by    algo metric.eval cutoff sensitivity specificity
1     mergedAlgo         TSS EMwmean         TSS  438.0      99.067      97.218
2     mergedAlgo         TSS EMwmean         ROC  437.5      99.067      97.218
  calibration validation evaluation
1       0.963         NA         NA
2       0.999         NA         NA
Évaluation de la qualité du modèle d'ensemble : Aire sous la courbe de ROC & True Skill Statistic.

Figure 217.11: Évaluation de la qualité du modèle d’ensemble : Aire sous la courbe de ROC & True Skill Statistic.

                                       full.name merged.by.PA merged.by.run
1 pips_EMcvByTSS_mergedData_mergedRun_mergedAlgo   mergedData     mergedRun
2 pips_EMcvByTSS_mergedData_mergedRun_mergedAlgo   mergedData     mergedRun
3 pips_EMcvByTSS_mergedData_mergedRun_mergedAlgo   mergedData     mergedRun
4 pips_EMcvByTSS_mergedData_mergedRun_mergedAlgo   mergedData     mergedRun
5 pips_EMcvByTSS_mergedData_mergedRun_mergedAlgo   mergedData     mergedRun
6 pips_EMcvByTSS_mergedData_mergedRun_mergedAlgo   mergedData     mergedRun
  merged.by.algo filtered.by algo        expl.var rand  var.imp
1     mergedAlgo         TSS EMcv temp_max_august    1 0.177777
2     mergedAlgo         TSS EMcv        temp_min    1 0.138536
3     mergedAlgo         TSS EMcv  temp_wet_quart    1 0.024192
4     mergedAlgo         TSS EMcv     temp_season    1 0.316914
5     mergedAlgo         TSS EMcv  prec_wet_quart    1 0.113852
6     mergedAlgo         TSS EMcv     prec_season    1 0.094452

Par variable :

Pourcentage de variance expliquée par variable dans le modèle d'ensemble.

Figure 217.12: Pourcentage de variance expliquée par variable dans le modèle d’ensemble.

Courbes de réponse de chaque variable climatique dans le modèle d'ensemble.

Figure 217.13: Courbes de réponse de chaque variable climatique dans le modèle d’ensemble.

217.3 Projections

217.3.1 Distribution potentielle contemporaine

Contemporaine : Cartographie des observations sur couches climatiques Extraction des conditions climatiques favorables


-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-= BIOMOD.projection.out -=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=

Projection directory : Output/pips/current


sp.name : pips

expl.var.names : temp_max_august temp_min temp_wet_quart temp_season 
prec_wet_quart prec_season


modeling.id : AllModels ( Output/pips/pips.AllModels.models.out )

models.projected : 
pips_PA1_RUN1_GAM, pips_PA1_RUN1_MARS, pips_PA1_RUN1_MAXNET, pips_PA1_RUN1_GBM, pips_PA1_RUN1_RF, pips_PA2_RUN1_GAM, pips_PA2_RUN1_MARS, pips_PA2_RUN1_MAXNET, pips_PA2_RUN1_GBM, pips_PA2_RUN1_RF, pips_PA3_RUN1_GAM, pips_PA3_RUN1_MARS, pips_PA3_RUN1_MAXNET, pips_PA3_RUN1_GBM, pips_PA3_RUN1_RF

available binary projection : TSS, ROC

available filtered projection : TSS, ROC

-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=
Projection de la distribution potentielle contemporaine sur l'Europe, selon les 6 algorithmes et les 3 runs.

Figure 217.14: Projection de la distribution potentielle contemporaine sur l’Europe, selon les 6 algorithmes et les 3 runs.

Projection de la distribution potentielle contemporaine sur l'Europe, selon les 6 algorithmes et les 3 runs.

Figure 217.15: Projection de la distribution potentielle contemporaine sur l’Europe, selon les 6 algorithmes et les 3 runs.


-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-= BIOMOD.projection.out -=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=

Projection directory : Output/pips/current


sp.name : pips

expl.var.names : temp_max_august temp_min temp_wet_quart temp_season 
prec_wet_quart prec_season


modeling.id : AllModels ( Output/pips/pips.AllModels.ensemble.models.out )

models.projected : 
pips_EMcvByTSS_mergedData_mergedRun_mergedAlgo, pips_EMwmeanByTSS_mergedData_mergedRun_mergedAlgo

-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=
A) Projection de la distribution potentielle contemporaine (modèle d'ensemble) ; B) Incertitude associée à la projection.

Figure 217.16: A) Projection de la distribution potentielle contemporaine (modèle d’ensemble) ; B) Incertitude associée à la projection.

217.3.2 Interpolation à l’échelle de la métropole

  • → conditions climatiques favorables à fine échelle

On projette la niche climatique sur ce raster à fine échelle.


-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-= BIOMOD.projection.out -=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=

Projection directory : Output/pips/cont_gre


sp.name : pips

expl.var.names : temp_max_august temp_min temp_wet_quart temp_season 
prec_wet_quart prec_season


modeling.id : AllModels ( Output/pips/pips.AllModels.models.out )

models.projected : 
pips_PA1_RUN1_GAM, pips_PA1_RUN1_MARS, pips_PA1_RUN1_MAXNET, pips_PA1_RUN1_GBM, pips_PA1_RUN1_RF, pips_PA2_RUN1_GAM, pips_PA2_RUN1_MARS, pips_PA2_RUN1_MAXNET, pips_PA2_RUN1_GBM, pips_PA2_RUN1_RF, pips_PA3_RUN1_GAM, pips_PA3_RUN1_MARS, pips_PA3_RUN1_MAXNET, pips_PA3_RUN1_GBM, pips_PA3_RUN1_RF

available binary projection : TSS, ROC

available filtered projection : TSS, ROC

-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=
Projection de la distribution potentielle contemporaine sur la métropole de Grenoble, selon les 6 algorithmes et les 3 runs.

Figure 217.17: Projection de la distribution potentielle contemporaine sur la métropole de Grenoble, selon les 6 algorithmes et les 3 runs.

Projection de la distribution potentielle contemporaine sur la métropole de Grenoble, selon les 6 algorithmes et les 3 runs.

Figure 217.18: Projection de la distribution potentielle contemporaine sur la métropole de Grenoble, selon les 6 algorithmes et les 3 runs.


-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-= BIOMOD.projection.out -=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=

Projection directory : Output/pips/cont_gre


sp.name : pips

expl.var.names : temp_max_august temp_min temp_wet_quart temp_season 
prec_wet_quart prec_season


modeling.id : AllModels ( Output/pips/pips.AllModels.ensemble.models.out )

models.projected : 
pips_EMcvByTSS_mergedData_mergedRun_mergedAlgo, pips_EMwmeanByTSS_mergedData_mergedRun_mergedAlgo

-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=
A) Projection de la distribution potentielle contemporaine (modèle d'ensemble) sur la métropole de Grenoble ; B) Incertitude associée à la projection.

Figure 217.19: A) Projection de la distribution potentielle contemporaine (modèle d’ensemble) sur la métropole de Grenoble ; B) Incertitude associée à la projection.

217.3.3 Distributions potentielles futures

Futur : Projection à l’échelle de l’Europe jusqu’à l’horizon 2100

Toutes les fenêtres temporelles × scénarios pour le GCM « IPSL-CM6A-LR »

  1. SSP1-2.6
Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP1-2.6 (modèle d'ensemble).Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP1-2.6 (modèle d'ensemble).Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP1-2.6 (modèle d'ensemble).Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP1-2.6 (modèle d'ensemble).Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP1-2.6 (modèle d'ensemble).

Figure 217.20: Projection des distributions potentielles futures jusqu’à l’horizon 2100 sous le scénario SSP1-2.6 (modèle d’ensemble).

On obtient pour la métrique TSS une carte unique de moyenne pondérée sur les algorithmes et sur les jeux de pseudo-absences.

  1. SSP2-4.5
Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP2-4.5 (modèle d'ensemble).Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP2-4.5 (modèle d'ensemble).Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP2-4.5 (modèle d'ensemble).Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP2-4.5 (modèle d'ensemble).Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP2-4.5 (modèle d'ensemble).

Figure 217.21: Projection des distributions potentielles futures jusqu’à l’horizon 2100 sous le scénario SSP2-4.5 (modèle d’ensemble).

  1. SSP3-7.0
Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP3-7.0 (modèle d'ensemble).Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP3-7.0 (modèle d'ensemble).Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP3-7.0 (modèle d'ensemble).Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP3-7.0 (modèle d'ensemble).Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP3-7.0 (modèle d'ensemble).

Figure 217.22: Projection des distributions potentielles futures jusqu’à l’horizon 2100 sous le scénario SSP3-7.0 (modèle d’ensemble).

  1. SSP5-8.5
Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble).Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble).Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble).Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble).Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble).

Figure 217.23: Projection des distributions potentielles futures jusqu’à l’horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d’ensemble).

217.4 Inférence à l’échelle de la métropole

  • Croisement avec températures de surface 2019 (fournie par la métropole)
  • → conditions climatiques favorables à fine échelle
  • à peu près 7 pixels × 9 (WorldClim)

217.4.1 Distributions potentielles futures

Même chose que précédemment mais sur les rasters de Grenoble

  1. SSP1-2.6
Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).

Figure 217.24: Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu’à l’horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d’ensemble, GCM IPSL).

  1. SSP2-4.5
Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).

Figure 217.25: Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu’à l’horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d’ensemble, GCM IPSL).

  1. SSP3-7.0
Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).

Figure 217.26: Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu’à l’horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d’ensemble, GCM IPSL).

  1. SSP5-8.5
Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).

Figure 217.27: Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu’à l’horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d’ensemble, GCM IPSL).

217.4.2 Évolution temporelle

# A tibble: 17 × 8
   min         q1          median      mean        q3          max   ssp    year
   <table[1d]> <table[1d]> <table[1d]> <table[1d]> <table[1d]> <tab> <fct> <dbl>
 1 18          32           52          91.96732   126         370   0      2000
 2 24          61           87          97.79337   118         293   126    2040
 3 30          68           95         103.49756   121         283   126    2060
 4 32          76          110         114.75146   130         298   126    2080
 5 33          83          117         122.94309   139         316   126    2100
 6 27          67           98         105.70918   122         309   245    2040
 7 33          62           84          94.26412   116         262   245    2060
 8 34          70          104         112.06277   132         277   245    2080
 9 28          56           97         104.52238   131         257   245    2100
10 23          55           76          88.11308   111         270   370    2040
11 36          72           97         106.25505   125         279   370    2060
12 27          44           85          97.30988   126         263   370    2080
13 22          29           42          50.66232    63         200   370    2100
14 26          66           96         103.35002   121         295   585    2040
15 34          61           85          96.34558   117         268   585    2060
16 22          35           45          56.52736    68         203   585    2080
17 21          24           31          34.09157    44          73   585    2100
Évolution de la favorabilité climatique au cours du XXIème siècle. Le point représente la médiane sur l'étendue de la métropole (i.e. tous les pixels de la carte) ; le trait gras représente 50 % des données intermédiaires (espace inter-quartile) ; le trait fin représente le reste des données du minimum au maximum.

Figure 217.28: Évolution de la favorabilité climatique au cours du XXIème siècle. Le point représente la médiane sur l’étendue de la métropole (i.e. tous les pixels de la carte) ; le trait gras représente 50 % des données intermédiaires (espace inter-quartile) ; le trait fin représente le reste des données du minimum au maximum.