188 Abies concolor

188.1 Données d’occurrences GBIF

Collecte des données du GBIF :

<<gbif download metadata>>
  Status: SUCCEEDED
  DOI: 10.15468/dl.dt3k49
  Format: SIMPLE_CSV
  Download key: 0260722-230224095556074
  Created: 2023-05-25T09:00:31.115+00:00
  Modified: 2023-05-25T09:01:43.138+00:00
  Download link: https://api.gbif.org/v1/occurrence/download/request/0260722-230224095556074.zip
  Total records: 4456

Conversion en objets géographiques (format Simple feature de sf) et exploration rapide des données (classe du jeu de données et premières lignes du tableau) :

Simple feature collection with 4456 features and 50 fields
Attribute-geometry relationship: 50 constant, 0 aggregate, 0 identity
Geometry type: POINT
Dimension:     XY
Bounding box:  xmin: -124 ymin: -39.885362 xmax: 174.870809 ymax: 63.7405
Geodetic CRS:  WGS 84
# A tibble: 4,456 × 51
       gbifID datasetKey        occurrenceID kingdom phylum class order family genus species
 *    <int64> <chr>             <chr>        <chr>   <chr>  <chr> <chr> <chr>  <chr> <chr>  
 1 3051299578 c4e1739b-e225-47… BISON:New Y… Plantae Trach… Pino… Pina… Pinac… Abies Abies …
 2 3118088142 5f06e39d-81cf-46… USFS - New … Plantae Trach… Pino… Pina… Pinac… Abies Abies …
 3 3118074141 5f06e39d-81cf-46… USFS - New … Plantae Trach… Pino… Pina… Pinac… Abies Abies …
 4 3051065145 c4e1739b-e225-47… BISON:New Y… Plantae Trach… Pino… Pina… Pinac… Abies Abies …
 5 3117895780 5f06e39d-81cf-46… USFS - New … Plantae Trach… Pino… Pina… Pinac… Abies Abies …
 6  932164738 38b4c89f-584c-41… urn:lsid:ar… Plantae Trach… Pino… Pina… Pinac… Abies Abies …
 7  932008138 38b4c89f-584c-41… urn:lsid:ar… Plantae Trach… Pino… Pina… Pinac… Abies Abies …
 8  931290700 38b4c89f-584c-41… urn:lsid:ar… Plantae Trach… Pino… Pina… Pinac… Abies Abies …
 9  931265034 38b4c89f-584c-41… urn:lsid:ar… Plantae Trach… Pino… Pina… Pinac… Abies Abies …
10  930741857 0096dfc0-9925-47… http://bioi… Plantae Trach… Pino… Pina… Pinac… Abies Abies …
# ℹ 4,446 more rows
# ℹ 41 more variables: infraspecificEpithet <chr>, taxonRank <chr>, scientificName <chr>,
#   verbatimScientificName <chr>, verbatimScientificNameAuthorship <chr>,
#   countryCode <chr>, locality <chr>, stateProvince <chr>, occurrenceStatus <chr>,
#   individualCount <int>, publishingOrgKey <chr>, decimalLatitude <dbl>,
#   decimalLongitude <dbl>, coordinateUncertaintyInMeters <dbl>, coordinatePrecision <lgl>,
#   elevation <dbl>, elevationAccuracy <dbl>, depth <dbl>, depthAccuracy <dbl>, …

Il y a 4 456 occurrences dans le jeu de données. On les affiche sur la carte du monde :

Occurrences de Abies concolor dans le monde.

Figure 188.1: Occurrences de Abies concolor dans le monde.

188.1.1 Données par région

On évalue la proportion d’occurrences dans chaque région, en utilisant les 3 masques créés précédemment. Si on a au moins 50 % des occurrences dans une région, on peut continuer en travaillant uniquement sur ces données. Sinon, on vérifie qu’au moins 67 % des données tombent dans l’ensemble des régions, et on prend la région la plus représentée. Au final, s’il s’agit d’une espèce endémique d’Europe, on n’a pas besoin de manipulation supplémentaire.

[1] 0.3496409336
[1] 0.6501346499
[1] 0

Espèce endémique d’Amérique du Nord

Occurrence de Abies concolor dans la région d'endémisme.

Figure 188.2: Occurrence de Abies concolor dans la région d’endémisme.

188.1.2 Licences

On s’intéresse ici au problème particulier des licences :


   CC_BY_4_0 CC_BY_NC_4_0      CC0_1_0 
         841         1695          361 
[1] 41.49119779
Occurrence de Abies concolor dans la région d'endémisme, selon la licence : CC BY-NC en bleu ; CC0 et CC BY en orange.

Figure 188.3: Occurrence de Abies concolor dans la région d’endémisme, selon la licence : CC BY-NC en bleu ; CC0 et CC BY en orange.

Idéalement, on aimerait avoir au moins 50 % de données vraiment libres d’utilisation (c’est-à-dire sans la clause -NC). On continue en supprimant les données en CC BY-NC.

Moins de 50 % de données librement utilisables

[1] 1202

188.1.3 Sous-échantillonnage

Si le jeu de données contient 25 000 occurrences ou plus, on procède au sous-échantillonnage aléatoire pour en conserver un maximum de 25 000.

Moins de 25 000 occurrences : pas de sous-échantillonnage

Simple feature collection with 1202 features and 50 fields
Attribute-geometry relationship: 50 constant, 0 aggregate, 0 identity
Geometry type: POINT
Dimension:     XY
Bounding box:  xmin: -124 ymin: 28.256 xmax: -71.32946 ymax: 47.781256
Geodetic CRS:  WGS 84
# A tibble: 1,202 × 51
       gbifID datasetKey        occurrenceID kingdom phylum class order family genus species
      <int64> <chr>             <chr>        <chr>   <chr>  <chr> <chr> <chr>  <chr> <chr>  
 1 3051299578 c4e1739b-e225-47… BISON:New Y… Plantae Trach… Pino… Pina… Pinac… Abies Abies …
 2 3118088142 5f06e39d-81cf-46… USFS - New … Plantae Trach… Pino… Pina… Pinac… Abies Abies …
 3 3118074141 5f06e39d-81cf-46… USFS - New … Plantae Trach… Pino… Pina… Pinac… Abies Abies …
 4 3051065145 c4e1739b-e225-47… BISON:New Y… Plantae Trach… Pino… Pina… Pinac… Abies Abies …
 5 3117895780 5f06e39d-81cf-46… USFS - New … Plantae Trach… Pino… Pina… Pinac… Abies Abies …
 6  930741857 0096dfc0-9925-47… http://bioi… Plantae Trach… Pino… Pina… Pinac… Abies Abies …
 7  899961005 50c9509d-22c7-4a… http://www.… Plantae Trach… Pino… Pina… Pinac… Abies Abies …
 8  891745043 50c9509d-22c7-4a… http://www.… Plantae Trach… Pino… Pina… Pinac… Abies Abies …
 9  891131954 50c9509d-22c7-4a… http://www.… Plantae Trach… Pino… Pina… Pinac… Abies Abies …
10  891100862 50c9509d-22c7-4a… http://www.… Plantae Trach… Pino… Pina… Pinac… Abies Abies …
# ℹ 1,192 more rows
# ℹ 41 more variables: infraspecificEpithet <chr>, taxonRank <chr>, scientificName <chr>,
#   verbatimScientificName <chr>, verbatimScientificNameAuthorship <chr>,
#   countryCode <chr>, locality <chr>, stateProvince <chr>, occurrenceStatus <chr>,
#   individualCount <int>, publishingOrgKey <chr>, decimalLatitude <dbl>,
#   decimalLongitude <dbl>, coordinateUncertaintyInMeters <dbl>, coordinatePrecision <lgl>,
#   elevation <dbl>, elevationAccuracy <dbl>, depth <dbl>, depthAccuracy <dbl>, …

188.1.4 Carte finale

On prépare la carte finale des occurrences :

Occurrence de Abies concolor dans la région d'endémisme après sous-échantillonnage éventuel.

Figure 188.4: Occurrence de Abies concolor dans la région d’endémisme après sous-échantillonnage éventuel.

188.2 Modélisation de la niche climatique

188.2.1 Préparer les données

Organisation des données d’entrées (occurrences et données environnementales) et des données produites de pseudo-absences :

 class       : SpatVector 
 geometry    : points 
 dimensions  : 1202, 0  (geometries, attributes)
 extent      : -124, -71.32946, 28.256, 47.78126  (xmin, xmax, ymin, ymax)
 coord. ref. : lon/lat WGS 84 (EPSG:4326) 

-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-= abco Data Formating -=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=

      ! Response variable is considered as only presences... Is it really what you want?
      ! No data has been set aside for modeling evaluation
 !!! Some data are located in the same raster cell. 
          Please set `filter.raster = TRUE` if you want an automatic filtering.

Checking Pseudo-absence selection arguments...

   > random pseudo absences selection
   > Pseudo absences are selected in explanatory variables
 !!! Some data are located in the same raster cell. 
          Please set `filter.raster = TRUE` if you want an automatic filtering.
-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-= Done -=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=

-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-= BIOMOD.formated.data -=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=

dir.name =  Output

sp.name =  abco

     1202 presences,  0 true absences and  3603 undefined points in dataset


     6 explanatory variables

 temp_max_august    temp_min       temp_wet_quart     temp_season     
 Min.   :13.48   Min.   :-30.536   Min.   :-12.367   Min.   :  57.99  
 1st Qu.:22.76   1st Qu.:-14.480   1st Qu.:  8.838   1st Qu.: 651.01  
 Median :26.42   Median : -7.152   Median : 15.363   Median : 803.02  
 Mean   :26.68   Mean   : -8.097   Mean   : 13.993   Mean   : 827.79  
 3rd Qu.:30.69   3rd Qu.: -2.116   3rd Qu.: 19.621   3rd Qu.:1021.02  
 Max.   :44.08   Max.   : 22.272   Max.   : 33.180   Max.   :1458.27  
 prec_wet_quart    prec_season     
 Min.   :  29.0   Min.   :  5.664  
 1st Qu.: 203.0   1st Qu.: 26.869  
 Median : 298.0   Median : 50.092  
 Mean   : 312.1   Mean   : 49.332  
 3rd Qu.: 359.0   3rd Qu.: 67.167  
 Max.   :1773.0   Max.   :132.751  

-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=

On visualise les pseudo-absences :

Les données d'occurrences (en haut à gauche) et les trois jeux de données aléatoires de pseudo-absences.

Figure 188.5: Les données d’occurrences (en haut à gauche) et les trois jeux de données aléatoires de pseudo-absences.

$data.vect
 class       : SpatVector 
 geometry    : points 
 dimensions  : 8414, 2  (geometries, attributes)
 extent      : -129.7292, -52.85417, 13.0625, 54.97917  (xmin, xmax, ymin, ymax)
 coord. ref. :  
 names       :  resp         dataset
 type        : <num>           <chr>
 values      :    10 Initial dataset
                  10 Initial dataset
                  10 Initial dataset

$data.label
                              9                              10 
                "**Presences**"       "Presences (calibration)" 
                             11                              12 
       "Presences (validation)"        "Presences (evaluation)" 
                             19                              20 
            "**True Absences**"   "True Absences (calibration)" 
                             21                              22 
   "True Absences (validation)"    "True Absences (evaluation)" 
                             29                              30 
          "**Pseudo-Absences**" "Pseudo-Absences (calibration)" 
                             31                               1 
 "Pseudo-Absences (validation)"                    "Background" 

$data.plot
Les données d'occurrences (en haut à gauche) et les trois jeux de données aléatoires de pseudo-absences.

Figure 188.6: Les données d’occurrences (en haut à gauche) et les trois jeux de données aléatoires de pseudo-absences.

188.2.2 Modèles individuels de niche


-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-= Build Single Models -=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=


Checking Models arguments...

Creating suitable Workdir...

            ! Weights where automatically defined for abco_PA1 to rise a 0.5 prevalence !
            ! Weights where automatically defined for abco_PA2 to rise a 0.5 prevalence !
            ! Weights where automatically defined for abco_PA3 to rise a 0.5 prevalence !


-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-= abco Modeling Summary -=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=

 6  environmental variables ( temp_max_august temp_min temp_wet_quart temp_season prec_wet_quart prec_season )
Number of evaluation repetitions : 1
Models selected : GAM MARS MAXNET GBM ANN RF 

Total number of model runs: 18 

-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=


-=-=-=- Run :  abco_PA1 


-=-=-=--=-=-=- abco_PA1_RUN1 


-=-=-=- Run :  abco_PA2 


-=-=-=--=-=-=- abco_PA2_RUN1 


-=-=-=- Run :  abco_PA3 


-=-=-=--=-=-=- abco_PA3_RUN1 

-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-= Done -=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=

188.2.2.1 Évaluation de la performance

             full.name  PA  run   algo metric.eval cutoff sensitivity
1    abco_PA1_RUN1_GAM PA1 RUN1    GAM         TSS  677.0      95.114
2    abco_PA1_RUN1_GAM PA1 RUN1    GAM         ROC  678.5      95.114
3   abco_PA1_RUN1_MARS PA1 RUN1   MARS         TSS  622.0      92.931
4   abco_PA1_RUN1_MARS PA1 RUN1   MARS         ROC  623.5      92.931
5 abco_PA1_RUN1_MAXNET PA1 RUN1 MAXNET         TSS  338.0      94.802
6 abco_PA1_RUN1_MAXNET PA1 RUN1 MAXNET         ROC  334.5      95.114
  specificity calibration validation evaluation
1      80.769       0.759      0.700         NA
2      80.769       0.896      0.871         NA
3      94.075       0.870      0.833         NA
4      94.075       0.978      0.967         NA
5      93.243       0.883      0.842         NA
6      93.243       0.982      0.963         NA
Évaluation de la performance des modèles individuels : True Skill Statistic & aire sous la courbe de ROC.

Figure 188.7: Évaluation de la performance des modèles individuels : True Skill Statistic & aire sous la courbe de ROC.

188.2.2.2 Importance des variables environnementales

          full.name  PA  run algo        expl.var rand  var.imp
1 abco_PA1_RUN1_GAM PA1 RUN1  GAM temp_max_august    1 0.061047
2 abco_PA1_RUN1_GAM PA1 RUN1  GAM        temp_min    1 0.288507
3 abco_PA1_RUN1_GAM PA1 RUN1  GAM  temp_wet_quart    1 0.102701
4 abco_PA1_RUN1_GAM PA1 RUN1  GAM     temp_season    1 0.905124
5 abco_PA1_RUN1_GAM PA1 RUN1  GAM  prec_wet_quart    1 0.079302
6 abco_PA1_RUN1_GAM PA1 RUN1  GAM     prec_season    1 0.096946
Pourcentage de variance expliquée pour chaque variable, décomposé par algorithme.

Figure 188.8: Pourcentage de variance expliquée pour chaque variable, décomposé par algorithme.

Pourcentage de variance expliquée pour chaque variable, décomposé par variable.

Figure 188.9: Pourcentage de variance expliquée pour chaque variable, décomposé par variable.

188.2.2.3 Courbes de réponses

Courbes de réponse de chaque variable climatique selon l'algorithme (en couleurs).

Figure 188.10: Courbes de réponse de chaque variable climatique selon l’algorithme (en couleurs).

188.2.3 Modèles d’ensemble de niche

Seulement modèles avec TSS > 0.8


-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-= BIOMOD.ensemble.models.out -=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=

sp.name : abco

expl.var.names : temp_max_august temp_min temp_wet_quart temp_season 
prec_wet_quart prec_season


models computed: 
abco_EMcvByTSS_mergedData_mergedRun_mergedAlgo, abco_EMwmeanByTSS_mergedData_mergedRun_mergedAlgo

models failed: none

-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=

188.2.3.1 Évaluation de la qualité

                                          full.name merged.by.PA merged.by.run
1 abco_EMwmeanByTSS_mergedData_mergedRun_mergedAlgo   mergedData     mergedRun
2 abco_EMwmeanByTSS_mergedData_mergedRun_mergedAlgo   mergedData     mergedRun
  merged.by.algo filtered.by    algo metric.eval cutoff sensitivity specificity
1     mergedAlgo         TSS EMwmean         TSS  496.0      94.759      95.309
2     mergedAlgo         TSS EMwmean         ROC  490.5      94.925      95.282
  calibration validation evaluation
1       0.901         NA         NA
2       0.991         NA         NA
Évaluation de la qualité du modèle d'ensemble : Aire sous la courbe de ROC & True Skill Statistic.

Figure 188.11: Évaluation de la qualité du modèle d’ensemble : Aire sous la courbe de ROC & True Skill Statistic.

                                       full.name merged.by.PA merged.by.run
1 abco_EMcvByTSS_mergedData_mergedRun_mergedAlgo   mergedData     mergedRun
2 abco_EMcvByTSS_mergedData_mergedRun_mergedAlgo   mergedData     mergedRun
3 abco_EMcvByTSS_mergedData_mergedRun_mergedAlgo   mergedData     mergedRun
4 abco_EMcvByTSS_mergedData_mergedRun_mergedAlgo   mergedData     mergedRun
5 abco_EMcvByTSS_mergedData_mergedRun_mergedAlgo   mergedData     mergedRun
6 abco_EMcvByTSS_mergedData_mergedRun_mergedAlgo   mergedData     mergedRun
  merged.by.algo filtered.by algo        expl.var rand  var.imp
1     mergedAlgo         TSS EMcv temp_max_august    1 0.089249
2     mergedAlgo         TSS EMcv        temp_min    1 0.134135
3     mergedAlgo         TSS EMcv  temp_wet_quart    1 0.080420
4     mergedAlgo         TSS EMcv     temp_season    1 0.631479
5     mergedAlgo         TSS EMcv  prec_wet_quart    1 0.067016
6     mergedAlgo         TSS EMcv     prec_season    1 0.062317

Par variable :

Pourcentage de variance expliquée par variable dans le modèle d'ensemble.

Figure 188.12: Pourcentage de variance expliquée par variable dans le modèle d’ensemble.

Courbes de réponse de chaque variable climatique dans le modèle d'ensemble.

Figure 188.13: Courbes de réponse de chaque variable climatique dans le modèle d’ensemble.

188.3 Projections

188.3.1 Distribution potentielle contemporaine

Contemporaine : Cartographie des observations sur couches climatiques Extraction des conditions climatiques favorables


-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-= BIOMOD.projection.out -=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=

Projection directory : Output/abco/current


sp.name : abco

expl.var.names : temp_max_august temp_min temp_wet_quart temp_season 
prec_wet_quart prec_season


modeling.id : AllModels ( Output/abco/abco.AllModels.models.out )

models.projected : 
abco_PA1_RUN1_GAM, abco_PA1_RUN1_MARS, abco_PA1_RUN1_MAXNET, abco_PA1_RUN1_GBM, abco_PA1_RUN1_ANN, abco_PA1_RUN1_RF, abco_PA2_RUN1_GAM, abco_PA2_RUN1_MARS, abco_PA2_RUN1_MAXNET, abco_PA2_RUN1_GBM, abco_PA2_RUN1_ANN, abco_PA2_RUN1_RF, abco_PA3_RUN1_GAM, abco_PA3_RUN1_MARS, abco_PA3_RUN1_MAXNET, abco_PA3_RUN1_GBM, abco_PA3_RUN1_ANN, abco_PA3_RUN1_RF

available binary projection : TSS, ROC

available filtered projection : TSS, ROC

-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=
Projection de la distribution potentielle contemporaine sur l'Europe, selon les 6 algorithmes et les 3 runs.

Figure 188.14: Projection de la distribution potentielle contemporaine sur l’Europe, selon les 6 algorithmes et les 3 runs.

Projection de la distribution potentielle contemporaine sur l'Europe, selon les 6 algorithmes et les 3 runs.

Figure 188.15: Projection de la distribution potentielle contemporaine sur l’Europe, selon les 6 algorithmes et les 3 runs.


-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-= BIOMOD.projection.out -=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=

Projection directory : Output/abco/current


sp.name : abco

expl.var.names : temp_max_august temp_min temp_wet_quart temp_season 
prec_wet_quart prec_season


modeling.id : AllModels ( Output/abco/abco.AllModels.ensemble.models.out )

models.projected : 
abco_EMcvByTSS_mergedData_mergedRun_mergedAlgo, abco_EMwmeanByTSS_mergedData_mergedRun_mergedAlgo

-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=
A) Projection de la distribution potentielle contemporaine (modèle d'ensemble) ; B) Incertitude associée à la projection.

Figure 188.16: A) Projection de la distribution potentielle contemporaine (modèle d’ensemble) ; B) Incertitude associée à la projection.

188.3.2 Interpolation à l’échelle de la métropole

  • → conditions climatiques favorables à fine échelle

On projette la niche climatique sur ce raster à fine échelle.


-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-= BIOMOD.projection.out -=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=

Projection directory : Output/abco/cont_gre


sp.name : abco

expl.var.names : temp_max_august temp_min temp_wet_quart temp_season 
prec_wet_quart prec_season


modeling.id : AllModels ( Output/abco/abco.AllModels.models.out )

models.projected : 
abco_PA1_RUN1_GAM, abco_PA1_RUN1_MARS, abco_PA1_RUN1_MAXNET, abco_PA1_RUN1_GBM, abco_PA1_RUN1_ANN, abco_PA1_RUN1_RF, abco_PA2_RUN1_GAM, abco_PA2_RUN1_MARS, abco_PA2_RUN1_MAXNET, abco_PA2_RUN1_GBM, abco_PA2_RUN1_ANN, abco_PA2_RUN1_RF, abco_PA3_RUN1_GAM, abco_PA3_RUN1_MARS, abco_PA3_RUN1_MAXNET, abco_PA3_RUN1_GBM, abco_PA3_RUN1_ANN, abco_PA3_RUN1_RF

available binary projection : TSS, ROC

available filtered projection : TSS, ROC

-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=
Projection de la distribution potentielle contemporaine sur la métropole de Grenoble, selon les 6 algorithmes et les 3 runs.

Figure 188.17: Projection de la distribution potentielle contemporaine sur la métropole de Grenoble, selon les 6 algorithmes et les 3 runs.

Projection de la distribution potentielle contemporaine sur la métropole de Grenoble, selon les 6 algorithmes et les 3 runs.

Figure 188.18: Projection de la distribution potentielle contemporaine sur la métropole de Grenoble, selon les 6 algorithmes et les 3 runs.


-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-= BIOMOD.projection.out -=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=

Projection directory : Output/abco/cont_gre


sp.name : abco

expl.var.names : temp_max_august temp_min temp_wet_quart temp_season 
prec_wet_quart prec_season


modeling.id : AllModels ( Output/abco/abco.AllModels.ensemble.models.out )

models.projected : 
abco_EMcvByTSS_mergedData_mergedRun_mergedAlgo, abco_EMwmeanByTSS_mergedData_mergedRun_mergedAlgo

-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=
A) Projection de la distribution potentielle contemporaine (modèle d'ensemble) sur la métropole de Grenoble ; B) Incertitude associée à la projection.

Figure 188.19: A) Projection de la distribution potentielle contemporaine (modèle d’ensemble) sur la métropole de Grenoble ; B) Incertitude associée à la projection.

188.3.3 Distributions potentielles futures

Futur : Projection à l’échelle de l’Europe jusqu’à l’horizon 2100

Toutes les fenêtres temporelles × scénarios pour le GCM « IPSL-CM6A-LR »

  1. SSP1-2.6
Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP1-2.6 (modèle d'ensemble).Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP1-2.6 (modèle d'ensemble).Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP1-2.6 (modèle d'ensemble).Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP1-2.6 (modèle d'ensemble).Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP1-2.6 (modèle d'ensemble).

Figure 188.20: Projection des distributions potentielles futures jusqu’à l’horizon 2100 sous le scénario SSP1-2.6 (modèle d’ensemble).

On obtient pour la métrique TSS une carte unique de moyenne pondérée sur les algorithmes et sur les jeux de pseudo-absences.

  1. SSP2-4.5
Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP2-4.5 (modèle d'ensemble).Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP2-4.5 (modèle d'ensemble).Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP2-4.5 (modèle d'ensemble).Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP2-4.5 (modèle d'ensemble).Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP2-4.5 (modèle d'ensemble).

Figure 188.21: Projection des distributions potentielles futures jusqu’à l’horizon 2100 sous le scénario SSP2-4.5 (modèle d’ensemble).

  1. SSP3-7.0
Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP3-7.0 (modèle d'ensemble).Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP3-7.0 (modèle d'ensemble).Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP3-7.0 (modèle d'ensemble).Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP3-7.0 (modèle d'ensemble).Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP3-7.0 (modèle d'ensemble).

Figure 188.22: Projection des distributions potentielles futures jusqu’à l’horizon 2100 sous le scénario SSP3-7.0 (modèle d’ensemble).

  1. SSP5-8.5
Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble).Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble).Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble).Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble).Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble).

Figure 188.23: Projection des distributions potentielles futures jusqu’à l’horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d’ensemble).

188.4 Inférence à l’échelle de la métropole

  • Croisement avec températures de surface 2019 (fournie par la métropole)
  • → conditions climatiques favorables à fine échelle
  • à peu près 7 pixels × 9 (WorldClim)

188.4.1 Distributions potentielles futures

Même chose que précédemment mais sur les rasters de Grenoble

  1. SSP1-2.6
Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).

Figure 188.24: Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu’à l’horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d’ensemble, GCM IPSL).

  1. SSP2-4.5
Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).

Figure 188.25: Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu’à l’horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d’ensemble, GCM IPSL).

  1. SSP3-7.0
Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).

Figure 188.26: Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu’à l’horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d’ensemble, GCM IPSL).

  1. SSP5-8.5
Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).

Figure 188.27: Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu’à l’horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d’ensemble, GCM IPSL).

188.4.2 Évolution temporelle

# A tibble: 17 × 8
   min         q1          median      mean        q3          max   ssp    year
   <table[1d]> <table[1d]> <table[1d]> <table[1d]> <table[1d]> <tab> <fct> <dbl>
 1 61          454         562         497.83072   602         631   0      2000
 2 40          265         556         444.77232   583         615   126    2040
 3 35          189         491         399.67096   560         608   126    2060
 4 35          182         502         399.83998   562         607   126    2080
 5 35          184         480         387.76927   544         598   126    2100
 6 35          230         542         429.58582   576         612   245    2040
 7 34          148         468         377.41883   552         601   245    2060
 8 32          107         406         326.74475   483         579   245    2080
 9 31           86         335         286.74950   441         556   245    2100
10 39          253         558         444.09429   584         613   370    2040
11 32          144         453         363.13548   521         594   370    2060
12 32           77         294         263.23271   419         562   370    2080
13 27           47         104         128.77238   193         450   370    2100
14 36          234         546         430.92128   573         611   585    2040
15 31          111         409         326.65544   474         568   585    2060
16 30           51         136         166.32414   264         497   585    2080
17 28           36          54          59.58924    73         279   585    2100
Évolution de la favorabilité climatique au cours du XXIème siècle. Le point représente la médiane sur l'étendue de la métropole (i.e. tous les pixels de la carte) ; le trait gras représente 50 % des données intermédiaires (espace inter-quartile) ; le trait fin représente le reste des données du minimum au maximum.

Figure 188.28: Évolution de la favorabilité climatique au cours du XXIème siècle. Le point représente la médiane sur l’étendue de la métropole (i.e. tous les pixels de la carte) ; le trait gras représente 50 % des données intermédiaires (espace inter-quartile) ; le trait fin représente le reste des données du minimum au maximum.