111 Alniaria alnifolia

111.1 Données d’occurrences GBIF

Collecte des données du GBIF :

<<gbif download metadata>>
  Status: SUCCEEDED
  DOI: 10.15468/dl.9q8ahp
  Format: SIMPLE_CSV
  Download key: 0252451-230224095556074
  Created: 2023-05-20T15:34:24.205+00:00
  Modified: 2023-05-20T15:35:05.539+00:00
  Download link: https://api.gbif.org/v1/occurrence/download/request/0252451-230224095556074.zip
  Total records: 1605

Conversion en objets géographiques (format Simple feature de sf) et exploration rapide des données (classe du jeu de données et premières lignes du tableau) :

Simple feature collection with 1605 features and 50 fields
Attribute-geometry relationship: 50 constant, 0 aggregate, 0 identity
Geometry type: POINT
Dimension:     XY
Bounding box:  xmin: -123.233333 ymin: -43.523045 xmax: 172.608977 ymax: 63.434
Geodetic CRS:  WGS 84
# A tibble: 1,605 × 51
     gbifID datasetKey occurrenceID kingdom phylum class order family genus species infraspecificEpithet
 *  <int64> <chr>      <chr>        <chr>   <chr>  <chr> <chr> <chr>  <chr> <chr>   <chr>               
 1     3.e9 c4e1739b-… BISON:New Y… Plantae Trach… Magn… Rosa… Rosac… Alni… Alniar… ""                  
 2     3.e9 c4e1739b-… BISON:New Y… Plantae Trach… Magn… Rosa… Rosac… Alni… Alniar… ""                  
 3     3.e9 c4e1739b-… BISON:New Y… Plantae Trach… Magn… Rosa… Rosac… Alni… Alniar… ""                  
 4     3.e9 c4e1739b-… BISON:New Y… Plantae Trach… Magn… Rosa… Rosac… Alni… Alniar… ""                  
 5     7 e8 86185376-… 7d1276ee-f8… Plantae Trach… Magn… Rosa… Rosac… Alni… Alniar… ""                  
 6     7 e8 86185376-… 7b281190-f8… Plantae Trach… Magn… Rosa… Rosac… Alni… Alniar… ""                  
 7     7 e8 86185376-… 7ad0ec26-f8… Plantae Trach… Magn… Rosa… Rosac… Alni… Alniar… ""                  
 8     7 e8 86185376-… 7aa1075e-f8… Plantae Trach… Magn… Rosa… Rosac… Alni… Alniar… ""                  
 9     7 e8 81031dbc-… urn:catalog… Plantae Trach… Magn… Rosa… Rosac… Alni… Alniar… ""                  
10     7 e8 81031dbc-… urn:catalog… Plantae Trach… Magn… Rosa… Rosac… Alni… Alniar… ""                  
# ℹ 1,595 more rows
# ℹ 40 more variables: taxonRank <chr>, scientificName <chr>, verbatimScientificName <chr>,
#   verbatimScientificNameAuthorship <chr>, countryCode <chr>, locality <chr>, stateProvince <chr>,
#   occurrenceStatus <chr>, individualCount <int>, publishingOrgKey <chr>, decimalLatitude <dbl>,
#   decimalLongitude <dbl>, coordinateUncertaintyInMeters <dbl>, coordinatePrecision <lgl>,
#   elevation <dbl>, elevationAccuracy <dbl>, depth <lgl>, depthAccuracy <lgl>, eventDate <dttm>,
#   day <int>, month <int>, year <int>, taxonKey <int>, speciesKey <int>, basisOfRecord <chr>, …

Il y a 1 605 occurrences dans le jeu de données. On les affiche sur la carte du monde :

Occurrences de Alniaria alnifolia dans le monde.

Figure 111.1: Occurrences de Alniaria alnifolia dans le monde.

111.1.1 Données par région

On évalue la proportion d’occurrences dans chaque région, en utilisant les 3 masques créés précédemment. Si on a au moins 50 % des occurrences dans une région, on peut continuer en travaillant uniquement sur ces données. Sinon, on vérifie qu’au moins 67 % des données tombent dans l’ensemble des régions, et on prend la région la plus représentée. Au final, s’il s’agit d’une espèce endémique d’Europe, on n’a pas besoin de manipulation supplémentaire.

[1] 0.01433021807
[1] 0.01370716511
[1] 0.9707165109

Espèce endémique d’Asie

Occurrence de Alniaria alnifolia dans la région d'endémisme.

Figure 111.2: Occurrence de Alniaria alnifolia dans la région d’endémisme.

111.1.2 Licences

On s’intéresse ici au problème particulier des licences :


   CC_BY_4_0 CC_BY_NC_4_0      CC0_1_0 
         544          958           56 
[1] 38.51091142
Occurrence de Alniaria alnifolia dans la région d'endémisme, selon la licence : CC BY-NC en bleu ; CC0 et CC BY en orange.

Figure 111.3: Occurrence de Alniaria alnifolia dans la région d’endémisme, selon la licence : CC BY-NC en bleu ; CC0 et CC BY en orange.

Idéalement, on aimerait avoir au moins 50 % de données vraiment libres d’utilisation (c’est-à-dire sans la clause -NC). On continue en supprimant les données en CC BY-NC.

Moins de 50 % de données librement utilisables

[1] 600

111.1.3 Sous-échantillonnage

Si le jeu de données contient 25 000 occurrences ou plus, on procède au sous-échantillonnage aléatoire pour en conserver un maximum de 25 000.

Moins de 25 000 occurrences : pas de sous-échantillonnage

Simple feature collection with 600 features and 50 fields
Attribute-geometry relationship: 50 constant, 0 aggregate, 0 identity
Geometry type: POINT
Dimension:     XY
Bounding box:  xmin: 106.08 ymin: 24.234819 xmax: 144.513946 ymax: 44.816
Geodetic CRS:  WGS 84
# A tibble: 600 × 51
     gbifID datasetKey occurrenceID kingdom phylum class order family genus species infraspecificEpithet
    <int64> <chr>      <chr>        <chr>   <chr>  <chr> <chr> <chr>  <chr> <chr>   <chr>               
 1      7e8 86185376-… 7d1276ee-f8… Plantae Trach… Magn… Rosa… Rosac… Alni… Alniar… ""                  
 2      7e8 86185376-… 7b281190-f8… Plantae Trach… Magn… Rosa… Rosac… Alni… Alniar… ""                  
 3      7e8 86185376-… 7ad0ec26-f8… Plantae Trach… Magn… Rosa… Rosac… Alni… Alniar… ""                  
 4      7e8 86185376-… 7aa1075e-f8… Plantae Trach… Magn… Rosa… Rosac… Alni… Alniar… ""                  
 5      4e9 2507f17c-… urn:catalog… Plantae Trach… Magn… Rosa… Rosac… Alni… Alniar… ""                  
 6      4e9 2507f17c-… urn:catalog… Plantae Trach… Magn… Rosa… Rosac… Alni… Alniar… ""                  
 7      4e9 2507f17c-… urn:catalog… Plantae Trach… Magn… Rosa… Rosac… Alni… Alniar… ""                  
 8      4e9 2507f17c-… urn:catalog… Plantae Trach… Magn… Rosa… Rosac… Alni… Alniar… ""                  
 9      4e9 2507f17c-… urn:catalog… Plantae Trach… Magn… Rosa… Rosac… Alni… Alniar… ""                  
10      4e9 2507f17c-… urn:catalog… Plantae Trach… Magn… Rosa… Rosac… Alni… Alniar… ""                  
# ℹ 590 more rows
# ℹ 40 more variables: taxonRank <chr>, scientificName <chr>, verbatimScientificName <chr>,
#   verbatimScientificNameAuthorship <chr>, countryCode <chr>, locality <chr>, stateProvince <chr>,
#   occurrenceStatus <chr>, individualCount <int>, publishingOrgKey <chr>, decimalLatitude <dbl>,
#   decimalLongitude <dbl>, coordinateUncertaintyInMeters <dbl>, coordinatePrecision <lgl>,
#   elevation <dbl>, elevationAccuracy <dbl>, depth <lgl>, depthAccuracy <lgl>, eventDate <dttm>,
#   day <int>, month <int>, year <int>, taxonKey <int>, speciesKey <int>, basisOfRecord <chr>, …

111.1.4 Carte finale

On prépare la carte finale des occurrences :

Occurrence de Alniaria alnifolia dans la région d'endémisme après sous-échantillonnage éventuel.

Figure 111.4: Occurrence de Alniaria alnifolia dans la région d’endémisme après sous-échantillonnage éventuel.

111.2 Modélisation de la niche climatique

111.2.1 Préparer les données

Organisation des données d’entrées (occurrences et données environnementales) et des données produites de pseudo-absences :

 class       : SpatVector 
 geometry    : points 
 dimensions  : 600, 0  (geometries, attributes)
 extent      : 106.08, 144.5139, 24.23482, 44.816  (xmin, xmax, ymin, ymax)
 coord. ref. : lon/lat WGS 84 (EPSG:4326) 

-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-= alal Data Formating -=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=

      ! Response variable is considered as only presences... Is it really what you want?
      ! No data has been set aside for modeling evaluation
 !!! Some data are located in the same raster cell. 
          Please set `filter.raster = TRUE` if you want an automatic filtering.

Checking Pseudo-absence selection arguments...

   > random pseudo absences selection
   > Pseudo absences are selected in explanatory variables
 !!! Some data are located in the same raster cell. 
          Please set `filter.raster = TRUE` if you want an automatic filtering.
-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-= Done -=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=

-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-= BIOMOD.formated.data -=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=

dir.name =  Output

sp.name =  alal

     600 presences,  0 true absences and  1799 undefined points in dataset


     6 explanatory variables

 temp_max_august    temp_min       temp_wet_quart    temp_season     
 Min.   : 3.42   Min.   :-43.472   Min.   :-14.98   Min.   :  28.85  
 1st Qu.:22.26   1st Qu.:-21.870   1st Qu.: 15.40   1st Qu.: 778.69  
 Median :25.88   Median : -9.704   Median : 19.41   Median : 918.05  
 Mean   :25.19   Mean   :-10.346   Mean   : 18.56   Mean   : 961.36  
 3rd Qu.:29.49   3rd Qu.: -1.036   3rd Qu.: 23.16   3rd Qu.:1288.47  
 Max.   :40.58   Max.   : 23.436   Max.   : 34.69   Max.   :1907.70  
 prec_wet_quart    prec_season    
 Min.   :   8.0   Min.   : 14.08  
 1st Qu.: 198.0   1st Qu.: 48.77  
 Median : 411.0   Median : 75.14  
 Mean   : 459.8   Mean   : 76.10  
 3rd Qu.: 661.5   3rd Qu.:101.41  
 Max.   :3779.0   Max.   :161.85  

-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=

On visualise les pseudo-absences :

Les données d'occurrences (en haut à gauche) et les trois jeux de données aléatoires de pseudo-absences.

Figure 111.5: Les données d’occurrences (en haut à gauche) et les trois jeux de données aléatoires de pseudo-absences.

$data.vect
 class       : SpatVector 
 geometry    : points 
 dimensions  : 4200, 2  (geometries, attributes)
 extent      : 68.02083, 145.5208, 3.020833, 56.97917  (xmin, xmax, ymin, ymax)
 coord. ref. :  
 names       :  resp         dataset
 type        : <num>           <chr>
 values      :    10 Initial dataset
                  10 Initial dataset
                  10 Initial dataset

$data.label
                              9                              10 
                "**Presences**"       "Presences (calibration)" 
                             11                              12 
       "Presences (validation)"        "Presences (evaluation)" 
                             19                              20 
            "**True Absences**"   "True Absences (calibration)" 
                             21                              22 
   "True Absences (validation)"    "True Absences (evaluation)" 
                             29                              30 
          "**Pseudo-Absences**" "Pseudo-Absences (calibration)" 
                             31                               1 
 "Pseudo-Absences (validation)"                    "Background" 

$data.plot
Les données d'occurrences (en haut à gauche) et les trois jeux de données aléatoires de pseudo-absences.

Figure 111.6: Les données d’occurrences (en haut à gauche) et les trois jeux de données aléatoires de pseudo-absences.

111.2.2 Modèles individuels de niche


-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-= Build Single Models -=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=


Checking Models arguments...

Creating suitable Workdir...

            ! Weights where automatically defined for alal_PA1 to rise a 0.5 prevalence !
            ! Weights where automatically defined for alal_PA2 to rise a 0.5 prevalence !
            ! Weights where automatically defined for alal_PA3 to rise a 0.5 prevalence !


-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-= alal Modeling Summary -=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=

 6  environmental variables ( temp_max_august temp_min temp_wet_quart temp_season prec_wet_quart prec_season )
Number of evaluation repetitions : 1
Models selected : GAM MARS MAXNET GBM ANN RF 

Total number of model runs: 18 

-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=


-=-=-=- Run :  alal_PA1 


-=-=-=--=-=-=- alal_PA1_RUN1 


-=-=-=- Run :  alal_PA2 


-=-=-=--=-=-=- alal_PA2_RUN1 


-=-=-=- Run :  alal_PA3 


-=-=-=--=-=-=- alal_PA3_RUN1 

-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-= Done -=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=

111.2.2.1 Évaluation de la performance

             full.name  PA  run   algo metric.eval cutoff sensitivity
1    alal_PA1_RUN1_GAM PA1 RUN1    GAM         TSS  788.0     100.000
2    alal_PA1_RUN1_GAM PA1 RUN1    GAM         ROC  789.5     100.000
3   alal_PA1_RUN1_MARS PA1 RUN1   MARS         TSS  732.0      95.625
4   alal_PA1_RUN1_MARS PA1 RUN1   MARS         ROC  734.5      95.625
5 alal_PA1_RUN1_MAXNET PA1 RUN1 MAXNET         TSS  409.5      95.417
6 alal_PA1_RUN1_MAXNET PA1 RUN1 MAXNET         ROC  411.0      95.417
  specificity calibration validation evaluation
1      83.750       0.837      0.867         NA
2      83.750       0.916      0.932         NA
3      97.917       0.935      0.950         NA
4      97.917       0.993      0.986         NA
5      96.875       0.923      0.933         NA
6      97.083       0.992      0.987         NA
Évaluation de la performance des modèles individuels : True Skill Statistic & aire sous la courbe de ROC.

Figure 111.7: Évaluation de la performance des modèles individuels : True Skill Statistic & aire sous la courbe de ROC.

111.2.2.2 Importance des variables environnementales

          full.name  PA  run algo        expl.var rand  var.imp
1 alal_PA1_RUN1_GAM PA1 RUN1  GAM temp_max_august    1 0.123894
2 alal_PA1_RUN1_GAM PA1 RUN1  GAM        temp_min    1 0.160763
3 alal_PA1_RUN1_GAM PA1 RUN1  GAM  temp_wet_quart    1 0.138135
4 alal_PA1_RUN1_GAM PA1 RUN1  GAM     temp_season    1 0.159229
5 alal_PA1_RUN1_GAM PA1 RUN1  GAM  prec_wet_quart    1 0.581946
6 alal_PA1_RUN1_GAM PA1 RUN1  GAM     prec_season    1 0.453646
Pourcentage de variance expliquée pour chaque variable, décomposé par algorithme.

Figure 111.8: Pourcentage de variance expliquée pour chaque variable, décomposé par algorithme.

Pourcentage de variance expliquée pour chaque variable, décomposé par variable.

Figure 111.9: Pourcentage de variance expliquée pour chaque variable, décomposé par variable.

111.2.2.3 Courbes de réponses

Courbes de réponse de chaque variable climatique selon l'algorithme (en couleurs).

Figure 111.10: Courbes de réponse de chaque variable climatique selon l’algorithme (en couleurs).

111.2.3 Modèles d’ensemble de niche

Seulement modèles avec TSS > 0.8


-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-= BIOMOD.ensemble.models.out -=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=

sp.name : alal

expl.var.names : temp_max_august temp_min temp_wet_quart temp_season 
prec_wet_quart prec_season


models computed: 
alal_EMcvByTSS_mergedData_mergedRun_mergedAlgo, alal_EMwmeanByTSS_mergedData_mergedRun_mergedAlgo

models failed: none

-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=

111.2.3.1 Évaluation de la qualité

                                          full.name merged.by.PA merged.by.run
1 alal_EMwmeanByTSS_mergedData_mergedRun_mergedAlgo   mergedData     mergedRun
2 alal_EMwmeanByTSS_mergedData_mergedRun_mergedAlgo   mergedData     mergedRun
  merged.by.algo filtered.by    algo metric.eval cutoff sensitivity specificity
1     mergedAlgo         TSS EMwmean         TSS  547.0      98.667      97.165
2     mergedAlgo         TSS EMwmean         ROC  549.5      98.667      97.221
  calibration validation evaluation
1       0.958         NA         NA
2       0.997         NA         NA
Évaluation de la qualité du modèle d'ensemble : Aire sous la courbe de ROC & True Skill Statistic.

Figure 111.11: Évaluation de la qualité du modèle d’ensemble : Aire sous la courbe de ROC & True Skill Statistic.

                                       full.name merged.by.PA merged.by.run
1 alal_EMcvByTSS_mergedData_mergedRun_mergedAlgo   mergedData     mergedRun
2 alal_EMcvByTSS_mergedData_mergedRun_mergedAlgo   mergedData     mergedRun
3 alal_EMcvByTSS_mergedData_mergedRun_mergedAlgo   mergedData     mergedRun
4 alal_EMcvByTSS_mergedData_mergedRun_mergedAlgo   mergedData     mergedRun
5 alal_EMcvByTSS_mergedData_mergedRun_mergedAlgo   mergedData     mergedRun
6 alal_EMcvByTSS_mergedData_mergedRun_mergedAlgo   mergedData     mergedRun
  merged.by.algo filtered.by algo        expl.var rand  var.imp
1     mergedAlgo         TSS EMcv temp_max_august    1 0.203189
2     mergedAlgo         TSS EMcv        temp_min    1 0.432483
3     mergedAlgo         TSS EMcv  temp_wet_quart    1 0.149222
4     mergedAlgo         TSS EMcv     temp_season    1 0.305733
5     mergedAlgo         TSS EMcv  prec_wet_quart    1 0.450261
6     mergedAlgo         TSS EMcv     prec_season    1 0.246624

Par variable :

Pourcentage de variance expliquée par variable dans le modèle d'ensemble.

Figure 111.12: Pourcentage de variance expliquée par variable dans le modèle d’ensemble.

Courbes de réponse de chaque variable climatique dans le modèle d'ensemble.

Figure 111.13: Courbes de réponse de chaque variable climatique dans le modèle d’ensemble.

111.3 Projections

111.3.1 Distribution potentielle contemporaine

Contemporaine : Cartographie des observations sur couches climatiques Extraction des conditions climatiques favorables


-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-= BIOMOD.projection.out -=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=

Projection directory : Output/alal/current


sp.name : alal

expl.var.names : temp_max_august temp_min temp_wet_quart temp_season 
prec_wet_quart prec_season


modeling.id : AllModels ( Output/alal/alal.AllModels.models.out )

models.projected : 
alal_PA1_RUN1_GAM, alal_PA1_RUN1_MARS, alal_PA1_RUN1_MAXNET, alal_PA1_RUN1_GBM, alal_PA1_RUN1_ANN, alal_PA1_RUN1_RF, alal_PA2_RUN1_GAM, alal_PA2_RUN1_MARS, alal_PA2_RUN1_MAXNET, alal_PA2_RUN1_GBM, alal_PA2_RUN1_ANN, alal_PA2_RUN1_RF, alal_PA3_RUN1_GAM, alal_PA3_RUN1_MARS, alal_PA3_RUN1_MAXNET, alal_PA3_RUN1_GBM, alal_PA3_RUN1_ANN, alal_PA3_RUN1_RF

available binary projection : TSS, ROC

available filtered projection : TSS, ROC

-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=
Projection de la distribution potentielle contemporaine sur l'Europe, selon les 6 algorithmes et les 3 runs.

Figure 111.14: Projection de la distribution potentielle contemporaine sur l’Europe, selon les 6 algorithmes et les 3 runs.

Projection de la distribution potentielle contemporaine sur l'Europe, selon les 6 algorithmes et les 3 runs.

Figure 111.15: Projection de la distribution potentielle contemporaine sur l’Europe, selon les 6 algorithmes et les 3 runs.


-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-= BIOMOD.projection.out -=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=

Projection directory : Output/alal/current


sp.name : alal

expl.var.names : temp_max_august temp_min temp_wet_quart temp_season 
prec_wet_quart prec_season


modeling.id : AllModels ( Output/alal/alal.AllModels.ensemble.models.out )

models.projected : 
alal_EMcvByTSS_mergedData_mergedRun_mergedAlgo, alal_EMwmeanByTSS_mergedData_mergedRun_mergedAlgo

-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=
A) Projection de la distribution potentielle contemporaine (modèle d'ensemble) ; B) Incertitude associée à la projection.

Figure 111.16: A) Projection de la distribution potentielle contemporaine (modèle d’ensemble) ; B) Incertitude associée à la projection.

111.3.2 Interpolation à l’échelle de la métropole

  • → conditions climatiques favorables à fine échelle

On projette la niche climatique sur ce raster à fine échelle.


-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-= BIOMOD.projection.out -=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=

Projection directory : Output/alal/cont_gre


sp.name : alal

expl.var.names : temp_max_august temp_min temp_wet_quart temp_season 
prec_wet_quart prec_season


modeling.id : AllModels ( Output/alal/alal.AllModels.models.out )

models.projected : 
alal_PA1_RUN1_GAM, alal_PA1_RUN1_MARS, alal_PA1_RUN1_MAXNET, alal_PA1_RUN1_GBM, alal_PA1_RUN1_ANN, alal_PA1_RUN1_RF, alal_PA2_RUN1_GAM, alal_PA2_RUN1_MARS, alal_PA2_RUN1_MAXNET, alal_PA2_RUN1_GBM, alal_PA2_RUN1_ANN, alal_PA2_RUN1_RF, alal_PA3_RUN1_GAM, alal_PA3_RUN1_MARS, alal_PA3_RUN1_MAXNET, alal_PA3_RUN1_GBM, alal_PA3_RUN1_ANN, alal_PA3_RUN1_RF

available binary projection : TSS, ROC

available filtered projection : TSS, ROC

-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=
Projection de la distribution potentielle contemporaine sur la métropole de Grenoble, selon les 6 algorithmes et les 3 runs.

Figure 111.17: Projection de la distribution potentielle contemporaine sur la métropole de Grenoble, selon les 6 algorithmes et les 3 runs.

Projection de la distribution potentielle contemporaine sur la métropole de Grenoble, selon les 6 algorithmes et les 3 runs.

Figure 111.18: Projection de la distribution potentielle contemporaine sur la métropole de Grenoble, selon les 6 algorithmes et les 3 runs.


-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-= BIOMOD.projection.out -=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=

Projection directory : Output/alal/cont_gre


sp.name : alal

expl.var.names : temp_max_august temp_min temp_wet_quart temp_season 
prec_wet_quart prec_season


modeling.id : AllModels ( Output/alal/alal.AllModels.ensemble.models.out )

models.projected : 
alal_EMcvByTSS_mergedData_mergedRun_mergedAlgo, alal_EMwmeanByTSS_mergedData_mergedRun_mergedAlgo

-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=
A) Projection de la distribution potentielle contemporaine (modèle d'ensemble) sur la métropole de Grenoble ; B) Incertitude associée à la projection.

Figure 111.19: A) Projection de la distribution potentielle contemporaine (modèle d’ensemble) sur la métropole de Grenoble ; B) Incertitude associée à la projection.

111.3.3 Distributions potentielles futures

Futur : Projection à l’échelle de l’Europe jusqu’à l’horizon 2100

Toutes les fenêtres temporelles × scénarios pour le GCM « IPSL-CM6A-LR »

  1. SSP1-2.6
Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP1-2.6 (modèle d'ensemble).Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP1-2.6 (modèle d'ensemble).Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP1-2.6 (modèle d'ensemble).Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP1-2.6 (modèle d'ensemble).Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP1-2.6 (modèle d'ensemble).

Figure 111.20: Projection des distributions potentielles futures jusqu’à l’horizon 2100 sous le scénario SSP1-2.6 (modèle d’ensemble).

On obtient pour la métrique TSS une carte unique de moyenne pondérée sur les algorithmes et sur les jeux de pseudo-absences.

  1. SSP2-4.5
Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP2-4.5 (modèle d'ensemble).Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP2-4.5 (modèle d'ensemble).Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP2-4.5 (modèle d'ensemble).Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP2-4.5 (modèle d'ensemble).Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP2-4.5 (modèle d'ensemble).

Figure 111.21: Projection des distributions potentielles futures jusqu’à l’horizon 2100 sous le scénario SSP2-4.5 (modèle d’ensemble).

  1. SSP3-7.0
Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP3-7.0 (modèle d'ensemble).Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP3-7.0 (modèle d'ensemble).Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP3-7.0 (modèle d'ensemble).Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP3-7.0 (modèle d'ensemble).Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP3-7.0 (modèle d'ensemble).

Figure 111.22: Projection des distributions potentielles futures jusqu’à l’horizon 2100 sous le scénario SSP3-7.0 (modèle d’ensemble).

  1. SSP5-8.5
Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble).Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble).Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble).Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble).Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble).

Figure 111.23: Projection des distributions potentielles futures jusqu’à l’horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d’ensemble).

111.4 Inférence à l’échelle de la métropole

  • Croisement avec températures de surface 2019 (fournie par la métropole)
  • → conditions climatiques favorables à fine échelle
  • à peu près 7 pixels × 9 (WorldClim)

111.4.1 Distributions potentielles futures

Même chose que précédemment mais sur les rasters de Grenoble

  1. SSP1-2.6
Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).

Figure 111.24: Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu’à l’horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d’ensemble, GCM IPSL).

  1. SSP2-4.5
Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).

Figure 111.25: Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu’à l’horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d’ensemble, GCM IPSL).

  1. SSP3-7.0
Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).

Figure 111.26: Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu’à l’horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d’ensemble, GCM IPSL).

  1. SSP5-8.5
Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).

Figure 111.27: Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu’à l’horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d’ensemble, GCM IPSL).

111.4.2 Évolution temporelle

# A tibble: 17 × 8
   min         q1          median      mean        q3          max   ssp    year
   <table[1d]> <table[1d]> <table[1d]> <table[1d]> <table[1d]> <tab> <fct> <dbl>
 1 272         319         355         366.8485    390         684   0      2000
 2 263         315         349         358.5592    381         626   126    2040
 3 237         305         336         340.9701    358         601   126    2060
 4 239         320         348         358.6069    374         655   126    2080
 5 236         317         347         353.5981    367         655   126    2100
 6 243         321         352         361.4666    384         620   245    2040
 7 241         326         351         358.2159    372         626   245    2060
 8 234         314         342         340.4535    362         545   245    2080
 9 233         289         329         321.6381    347         558   245    2100
10 280         321         353         363.1361    386         641   370    2040
11 234         313         341         342.2191    359         603   370    2060
12 228         276         306         305.5854    336         463   370    2080
13 162         223         273         267.0315    291         442   370    2100
14 243         317         349         360.5636    378         656   585    2040
15 235         304         343         339.7312    364         598   585    2060
16 170         279         290         306.7668    341         480   585    2080
17 155         166         205         219.6208    280         404   585    2100
Évolution de la favorabilité climatique au cours du XXIème siècle. Le point représente la médiane sur l'étendue de la métropole (i.e. tous les pixels de la carte) ; le trait gras représente 50 % des données intermédiaires (espace inter-quartile) ; le trait fin représente le reste des données du minimum au maximum.

Figure 111.28: Évolution de la favorabilité climatique au cours du XXIème siècle. Le point représente la médiane sur l’étendue de la métropole (i.e. tous les pixels de la carte) ; le trait gras représente 50 % des données intermédiaires (espace inter-quartile) ; le trait fin représente le reste des données du minimum au maximum.