240 Carya cordiformis

240.1 Données d’occurrences GBIF

Collecte des données du GBIF :

<<gbif download metadata>>
  Status: SUCCEEDED
  DOI: 10.15468/dl.k3dyrm
  Format: SIMPLE_CSV
  Download key: 0011944-230828120925497
  Created: 2023-09-11T11:35:08.043+00:00
  Modified: 2023-09-11T11:36:03.893+00:00
  Download link: https://api.gbif.org/v1/occurrence/download/request/0011944-230828120925497.zip
  Total records: 2958

Conversion en objets géographiques (format Simple feature de sf) et exploration rapide des données (classe du jeu de données et premières lignes du tableau) :

Simple feature collection with 2958 features and 50 fields
Attribute-geometry relationships: constant (50)
Geometry type: POINT
Dimension:     XY
Bounding box:  xmin: -123.25 ymin: 29.499967 xmax: 25.947515 ymax: 56.684089
Geodetic CRS:  WGS 84
# A tibble: 2,958 × 51
     gbifID datasetKey occurrenceID kingdom phylum class order family genus species infraspecificEpithet
 *  <int64> <chr>      <chr>        <chr>   <chr>  <chr> <chr> <chr>  <chr> <chr>   <chr>               
 1     3.e9 5f06e39d-… USFS - New … Plantae Trach… Magn… Faga… Jugla… Carya Carya … ""                  
 2     3.e9 5f06e39d-… USFS - New … Plantae Trach… Magn… Faga… Jugla… Carya Carya … ""                  
 3     3.e9 5f06e39d-… USFS - New … Plantae Trach… Magn… Faga… Jugla… Carya Carya … ""                  
 4     3.e9 5f06e39d-… USFS - New … Plantae Trach… Magn… Faga… Jugla… Carya Carya … ""                  
 5     9 e8 0096dfc0-… http://bioi… Plantae Trach… Magn… Faga… Jugla… Carya Carya … ""                  
 6     9 e8 0096dfc0-… http://bioi… Plantae Trach… Magn… Faga… Jugla… Carya Carya … ""                  
 7     9 e8 0096dfc0-… http://bioi… Plantae Trach… Magn… Faga… Jugla… Carya Carya … ""                  
 8     9 e8 0096dfc0-… http://bioi… Plantae Trach… Magn… Faga… Jugla… Carya Carya … ""                  
 9     9 e8 0096dfc0-… http://bioi… Plantae Trach… Magn… Faga… Jugla… Carya Carya … ""                  
10     9 e8 0096dfc0-… http://bioi… Plantae Trach… Magn… Faga… Jugla… Carya Carya … ""                  
# ℹ 2,948 more rows
# ℹ 40 more variables: taxonRank <chr>, scientificName <chr>, verbatimScientificName <chr>,
#   verbatimScientificNameAuthorship <chr>, countryCode <chr>, locality <chr>, stateProvince <chr>,
#   occurrenceStatus <chr>, individualCount <int>, publishingOrgKey <chr>, decimalLatitude <dbl>,
#   decimalLongitude <dbl>, coordinateUncertaintyInMeters <dbl>, coordinatePrecision <lgl>,
#   elevation <dbl>, elevationAccuracy <dbl>, depth <lgl>, depthAccuracy <lgl>, eventDate <dttm>,
#   day <int>, month <int>, year <int>, taxonKey <int>, speciesKey <int>, basisOfRecord <chr>, …

Il y a 2 958 occurrences dans le jeu de données. On les affiche sur la carte du monde :

Occurrences de Carya cordiformis dans le monde.

Figure 240.1: Occurrences de Carya cordiformis dans le monde.

240.1.1 Données par région

On évalue la proportion d’occurrences dans chaque région, en utilisant les 3 masques créés précédemment. Si on a au moins 50 % des occurrences dans une région, on peut continuer en travaillant uniquement sur ces données. Sinon, on vérifie qu’au moins 67 % des données tombent dans l’ensemble des régions, et on prend la région la plus représentée. Au final, s’il s’agit d’une espèce endémique d’Europe, on n’a pas besoin de manipulation supplémentaire.

[1] 0.005409060176
[1] 0.9945909398
[1] 0

Espèce endémique d’Amérique du Nord

Occurrence de Carya cordiformis dans la région d'endémisme.

Figure 240.2: Occurrence de Carya cordiformis dans la région d’endémisme.

240.1.2 Licences

On s’intéresse ici au problème particulier des licences :


   CC_BY_4_0 CC_BY_NC_4_0      CC0_1_0 
         407         2086          449 
[1] 29.09585316
Occurrence de Carya cordiformis dans la région d'endémisme, selon la licence : CC BY-NC en bleu ; CC0 et CC BY en orange.

Figure 240.3: Occurrence de Carya cordiformis dans la région d’endémisme, selon la licence : CC BY-NC en bleu ; CC0 et CC BY en orange.

Idéalement, on aimerait avoir au moins 50 % de données vraiment libres d’utilisation (c’est-à-dire sans la clause -NC). On continue en supprimant les données en CC BY-NC.

Moins de 50 % de données librement utilisables

[1] 856

240.1.3 Sous-échantillonnage

Si le jeu de données contient 25 000 occurrences ou plus, on procède au sous-échantillonnage aléatoire pour en conserver un maximum de 25 000.

Moins de 25 000 occurrences : pas de sous-échantillonnage

Simple feature collection with 856 features and 50 fields
Attribute-geometry relationships: constant (50)
Geometry type: POINT
Dimension:     XY
Bounding box:  xmin: -123.25 ymin: 29.49997 xmax: -71.122465 ymax: 49.25
Geodetic CRS:  WGS 84
# A tibble: 856 × 51
     gbifID datasetKey occurrenceID kingdom phylum class order family genus species infraspecificEpithet
    <int64> <chr>      <chr>        <chr>   <chr>  <chr> <chr> <chr>  <chr> <chr>   <chr>               
 1     3.e9 5f06e39d-… USFS - New … Plantae Trach… Magn… Faga… Jugla… Carya Carya … ""                  
 2     3.e9 5f06e39d-… USFS - New … Plantae Trach… Magn… Faga… Jugla… Carya Carya … ""                  
 3     3.e9 5f06e39d-… USFS - New … Plantae Trach… Magn… Faga… Jugla… Carya Carya … ""                  
 4     3.e9 5f06e39d-… USFS - New … Plantae Trach… Magn… Faga… Jugla… Carya Carya … ""                  
 5     9 e8 0096dfc0-… http://bioi… Plantae Trach… Magn… Faga… Jugla… Carya Carya … ""                  
 6     9 e8 0096dfc0-… http://bioi… Plantae Trach… Magn… Faga… Jugla… Carya Carya … ""                  
 7     9 e8 0096dfc0-… http://bioi… Plantae Trach… Magn… Faga… Jugla… Carya Carya … ""                  
 8     9 e8 0096dfc0-… http://bioi… Plantae Trach… Magn… Faga… Jugla… Carya Carya … ""                  
 9     9 e8 0096dfc0-… http://bioi… Plantae Trach… Magn… Faga… Jugla… Carya Carya … ""                  
10     9 e8 0096dfc0-… http://bioi… Plantae Trach… Magn… Faga… Jugla… Carya Carya … ""                  
# ℹ 846 more rows
# ℹ 40 more variables: taxonRank <chr>, scientificName <chr>, verbatimScientificName <chr>,
#   verbatimScientificNameAuthorship <chr>, countryCode <chr>, locality <chr>, stateProvince <chr>,
#   occurrenceStatus <chr>, individualCount <int>, publishingOrgKey <chr>, decimalLatitude <dbl>,
#   decimalLongitude <dbl>, coordinateUncertaintyInMeters <dbl>, coordinatePrecision <lgl>,
#   elevation <dbl>, elevationAccuracy <dbl>, depth <lgl>, depthAccuracy <lgl>, eventDate <dttm>,
#   day <int>, month <int>, year <int>, taxonKey <int>, speciesKey <int>, basisOfRecord <chr>, …

240.1.4 Carte finale

On prépare la carte finale des occurrences :

Occurrence de Carya cordiformis dans la région d'endémisme après sous-échantillonnage éventuel.

Figure 240.4: Occurrence de Carya cordiformis dans la région d’endémisme après sous-échantillonnage éventuel.

240.2 Modélisation de la niche climatique

240.2.1 Préparer les données

Organisation des données d’entrées (occurrences et données environnementales) et des données produites de pseudo-absences :

 class       : SpatVector 
 geometry    : points 
 dimensions  : 856, 0  (geometries, attributes)
 extent      : -123.25, -71.122465, 29.49997, 49.25  (xmin, xmax, ymin, ymax)
 coord. ref. : lon/lat WGS 84 (EPSG:4326) 

-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-= caco Data Formating -=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=

      ! Response variable is considered as only presences... Is it really what you want?
      ! No data has been set aside for modeling evaluation
 !!! Some data are located in the same raster cell. 
          Please set `filter.raster = TRUE` if you want an automatic filtering.

Checking Pseudo-absence selection arguments...

   > random pseudo absences selection
   > Pseudo absences are selected in explanatory variables
 ! Some NAs have been automatically removed from your data
 !!! Some data are located in the same raster cell. 
          Please set `filter.raster = TRUE` if you want an automatic filtering.
-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-= Done -=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=

-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-= BIOMOD.formated.data -=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=

dir.name =  Output

sp.name =  caco

     854 presences,  0 true absences and  2568 undefined points in dataset


     6 explanatory variables

 temp_max_august       temp_min          temp_wet_quart       temp_season         prec_wet_quart     
 Min.   :13.62800   Min.   :-30.596001   Min.   :-10.23467   Min.   :  68.35162   Min.   :  26.0000  
 1st Qu.:24.28000   1st Qu.:-15.168000   1st Qu.: 12.27933   1st Qu.: 768.90381   1st Qu.: 229.0000  
 Median :27.34200   Median : -8.888000   Median : 17.36800   Median : 911.54163   Median : 298.0000  
 Mean   :27.32604   Mean   : -8.742956   Mean   : 16.11399   Mean   : 897.54314   Mean   : 311.2525  
 3rd Qu.:31.09500   3rd Qu.: -2.748000   3rd Qu.: 20.94983   3rd Qu.:1082.02689   3rd Qu.: 341.0000  
 Max.   :42.60000   Max.   : 21.700001   Max.   : 33.14667   Max.   :1458.26929   Max.   :1740.0000  
  prec_season        
 Min.   :  5.816862  
 1st Qu.: 18.297724  
 Median : 32.757786  
 Mean   : 38.842631  
 3rd Qu.: 55.149600  
 Max.   :132.901352  

-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=

On visualise les pseudo-absences :

Les données d'occurrences (en haut à gauche) et les trois jeux de données aléatoires de pseudo-absences.

Figure 240.5: Les données d’occurrences (en haut à gauche) et les trois jeux de données aléatoires de pseudo-absences.

$data.vect
 class       : SpatVector 
 geometry    : points 
 dimensions  : 5984, 2  (geometries, attributes)
 extent      : -129.6875, -52.64583333, 13.0625, 54.97916667  (xmin, xmax, ymin, ymax)
 coord. ref. :  
 names       :  resp         dataset
 type        : <num>           <chr>
 values      :    10 Initial dataset
                  10 Initial dataset
                  10 Initial dataset

$data.label
                              9                              10                              11 
                "**Presences**"       "Presences (calibration)"        "Presences (validation)" 
                             12                              19                              20 
       "Presences (evaluation)"             "**True Absences**"   "True Absences (calibration)" 
                             21                              22                              29 
   "True Absences (validation)"    "True Absences (evaluation)"           "**Pseudo-Absences**" 
                             30                              31                               1 
"Pseudo-Absences (calibration)"  "Pseudo-Absences (validation)"                    "Background" 

$data.plot
Les données d'occurrences (en haut à gauche) et les trois jeux de données aléatoires de pseudo-absences.

Figure 240.6: Les données d’occurrences (en haut à gauche) et les trois jeux de données aléatoires de pseudo-absences.

240.2.2 Modèles individuels de niche


-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-= Build Single Models -=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=


Checking Models arguments...

Creating suitable Workdir...

            ! Weights where automatically defined for caco_PA1 to rise a 0.5 prevalence !
            ! Weights where automatically defined for caco_PA2 to rise a 0.5 prevalence !
            ! Weights where automatically defined for caco_PA3 to rise a 0.5 prevalence !


-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-= caco Modeling Summary -=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=

 6  environmental variables ( temp_max_august temp_min temp_wet_quart temp_season prec_wet_quart prec_season )
Number of evaluation repetitions : 1
Models selected : GAM MARS MAXNET GBM ANN RF 

Total number of model runs: 18 

-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=


-=-=-=- Run :  caco_PA1 


-=-=-=--=-=-=- caco_PA1_RUN1 


-=-=-=- Run :  caco_PA2 


-=-=-=--=-=-=- caco_PA2_RUN1 


-=-=-=- Run :  caco_PA3 


-=-=-=--=-=-=- caco_PA3_RUN1 

-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-= Done -=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=

240.2.2.1 Évaluation de la performance

             full.name  PA  run   algo metric.eval cutoff sensitivity specificity calibration
1    caco_PA1_RUN1_GAM PA1 RUN1    GAM         TSS  717.0      95.900      71.387       0.673
2    caco_PA1_RUN1_GAM PA1 RUN1    GAM         ROC  717.5      95.900      71.387       0.801
3   caco_PA1_RUN1_MARS PA1 RUN1   MARS         TSS  401.0      97.511      79.270       0.768
4   caco_PA1_RUN1_MARS PA1 RUN1   MARS         ROC  398.0      97.657      79.124       0.942
5 caco_PA1_RUN1_MAXNET PA1 RUN1 MAXNET         TSS  373.0      97.804      79.416       0.771
6 caco_PA1_RUN1_MAXNET PA1 RUN1 MAXNET         ROC  371.5      97.804      79.416       0.936
  validation evaluation
1      0.649         NA
2      0.765         NA
3      0.772         NA
4      0.920         NA
5      0.743         NA
6      0.925         NA
Évaluation de la performance des modèles individuels : True Skill Statistic & aire sous la courbe de ROC.

Figure 240.7: Évaluation de la performance des modèles individuels : True Skill Statistic & aire sous la courbe de ROC.

240.2.2.2 Importance des variables environnementales

          full.name  PA  run algo        expl.var rand  var.imp
1 caco_PA1_RUN1_GAM PA1 RUN1  GAM temp_max_august    1 0.173457
2 caco_PA1_RUN1_GAM PA1 RUN1  GAM        temp_min    1 0.384377
3 caco_PA1_RUN1_GAM PA1 RUN1  GAM  temp_wet_quart    1 0.091599
4 caco_PA1_RUN1_GAM PA1 RUN1  GAM     temp_season    1 0.265423
5 caco_PA1_RUN1_GAM PA1 RUN1  GAM  prec_wet_quart    1 0.149037
6 caco_PA1_RUN1_GAM PA1 RUN1  GAM     prec_season    1 0.516534
Pourcentage de variance expliquée pour chaque variable, décomposé par algorithme.

Figure 240.8: Pourcentage de variance expliquée pour chaque variable, décomposé par algorithme.

Pourcentage de variance expliquée pour chaque variable, décomposé par variable.

Figure 240.9: Pourcentage de variance expliquée pour chaque variable, décomposé par variable.

240.2.2.3 Courbes de réponses

Courbes de réponse de chaque variable climatique selon l'algorithme (en couleurs).

Figure 240.10: Courbes de réponse de chaque variable climatique selon l’algorithme (en couleurs).

240.2.3 Modèles d’ensemble de niche

Seulement modèles avec TSS > 0.8


-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-= BIOMOD.ensemble.models.out -=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=

sp.name : caco

expl.var.names : temp_max_august temp_min temp_wet_quart temp_season prec_wet_quart prec_season


models computed: 
caco_EMcvByTSS_mergedData_mergedRun_mergedAlgo, caco_EMwmeanByTSS_mergedData_mergedRun_mergedAlgo

models failed: none

-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=

240.2.3.1 Évaluation de la qualité

                                          full.name merged.by.PA merged.by.run merged.by.algo
1 caco_EMwmeanByTSS_mergedData_mergedRun_mergedAlgo   mergedData     mergedRun     mergedAlgo
2 caco_EMwmeanByTSS_mergedData_mergedRun_mergedAlgo   mergedData     mergedRun     mergedAlgo
  filtered.by    algo metric.eval cutoff sensitivity specificity calibration validation evaluation
1         TSS EMwmean         TSS  632.0      95.082      90.498       0.856         NA         NA
2         TSS EMwmean         ROC  634.5      95.082      90.732       0.981         NA         NA
Évaluation de la qualité du modèle d'ensemble : Aire sous la courbe de ROC & True Skill Statistic.

Figure 240.11: Évaluation de la qualité du modèle d’ensemble : Aire sous la courbe de ROC & True Skill Statistic.

                                       full.name merged.by.PA merged.by.run merged.by.algo filtered.by
1 caco_EMcvByTSS_mergedData_mergedRun_mergedAlgo   mergedData     mergedRun     mergedAlgo         TSS
2 caco_EMcvByTSS_mergedData_mergedRun_mergedAlgo   mergedData     mergedRun     mergedAlgo         TSS
3 caco_EMcvByTSS_mergedData_mergedRun_mergedAlgo   mergedData     mergedRun     mergedAlgo         TSS
4 caco_EMcvByTSS_mergedData_mergedRun_mergedAlgo   mergedData     mergedRun     mergedAlgo         TSS
5 caco_EMcvByTSS_mergedData_mergedRun_mergedAlgo   mergedData     mergedRun     mergedAlgo         TSS
6 caco_EMcvByTSS_mergedData_mergedRun_mergedAlgo   mergedData     mergedRun     mergedAlgo         TSS
  algo        expl.var rand  var.imp
1 EMcv temp_max_august    1 0.252239
2 EMcv        temp_min    1 0.196424
3 EMcv  temp_wet_quart    1 0.106642
4 EMcv     temp_season    1 0.176006
5 EMcv  prec_wet_quart    1 0.223041
6 EMcv     prec_season    1 0.239735

Par variable :

Pourcentage de variance expliquée par variable dans le modèle d'ensemble.

Figure 240.12: Pourcentage de variance expliquée par variable dans le modèle d’ensemble.

Courbes de réponse de chaque variable climatique dans le modèle d'ensemble.

Figure 240.13: Courbes de réponse de chaque variable climatique dans le modèle d’ensemble.

240.3 Projections

240.3.1 Distribution potentielle contemporaine

Contemporaine : Cartographie des observations sur couches climatiques Extraction des conditions climatiques favorables


-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-= BIOMOD.projection.out -=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=

Projection directory : Output/caco/current


sp.name : caco

expl.var.names : temp_max_august temp_min temp_wet_quart temp_season prec_wet_quart prec_season


modeling.id : AllModels ( Output/caco/caco.AllModels.models.out )

models.projected : 
caco_PA1_RUN1_GAM, caco_PA1_RUN1_MARS, caco_PA1_RUN1_MAXNET, caco_PA1_RUN1_GBM, caco_PA1_RUN1_RF, caco_PA2_RUN1_GAM, caco_PA2_RUN1_MARS, caco_PA2_RUN1_MAXNET, caco_PA2_RUN1_GBM, caco_PA2_RUN1_RF, caco_PA3_RUN1_GAM, caco_PA3_RUN1_MARS, caco_PA3_RUN1_MAXNET, caco_PA3_RUN1_GBM, caco_PA3_RUN1_RF

available binary projection : TSS, ROC

available filtered projection : TSS, ROC

-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=
Projection de la distribution potentielle contemporaine sur l'Europe, selon les 6 algorithmes et les 3 runs.

Figure 240.14: Projection de la distribution potentielle contemporaine sur l’Europe, selon les 6 algorithmes et les 3 runs.

Projection de la distribution potentielle contemporaine sur l'Europe, selon les 6 algorithmes et les 3 runs.

Figure 240.15: Projection de la distribution potentielle contemporaine sur l’Europe, selon les 6 algorithmes et les 3 runs.


-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-= BIOMOD.projection.out -=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=

Projection directory : Output/caco/current


sp.name : caco

expl.var.names : temp_max_august temp_min temp_wet_quart temp_season prec_wet_quart prec_season


modeling.id : AllModels ( Output/caco/caco.AllModels.ensemble.models.out )

models.projected : 
caco_EMcvByTSS_mergedData_mergedRun_mergedAlgo, caco_EMwmeanByTSS_mergedData_mergedRun_mergedAlgo

-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=
A) Projection de la distribution potentielle contemporaine (modèle d'ensemble) ; B) Incertitude associée à la projection.

Figure 240.16: A) Projection de la distribution potentielle contemporaine (modèle d’ensemble) ; B) Incertitude associée à la projection.

240.3.2 Interpolation à l’échelle de la métropole

  • → conditions climatiques favorables à fine échelle

On projette la niche climatique sur ce raster à fine échelle.


-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-= BIOMOD.projection.out -=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=

Projection directory : Output/caco/cont_gre


sp.name : caco

expl.var.names : temp_max_august temp_min temp_wet_quart temp_season prec_wet_quart prec_season


modeling.id : AllModels ( Output/caco/caco.AllModels.models.out )

models.projected : 
caco_PA1_RUN1_GAM, caco_PA1_RUN1_MARS, caco_PA1_RUN1_MAXNET, caco_PA1_RUN1_GBM, caco_PA1_RUN1_RF, caco_PA2_RUN1_GAM, caco_PA2_RUN1_MARS, caco_PA2_RUN1_MAXNET, caco_PA2_RUN1_GBM, caco_PA2_RUN1_RF, caco_PA3_RUN1_GAM, caco_PA3_RUN1_MARS, caco_PA3_RUN1_MAXNET, caco_PA3_RUN1_GBM, caco_PA3_RUN1_RF

available binary projection : TSS, ROC

available filtered projection : TSS, ROC

-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=
Projection de la distribution potentielle contemporaine sur la métropole de Grenoble, selon les 6 algorithmes et les 3 runs.

Figure 240.17: Projection de la distribution potentielle contemporaine sur la métropole de Grenoble, selon les 6 algorithmes et les 3 runs.

Projection de la distribution potentielle contemporaine sur la métropole de Grenoble, selon les 6 algorithmes et les 3 runs.

Figure 240.18: Projection de la distribution potentielle contemporaine sur la métropole de Grenoble, selon les 6 algorithmes et les 3 runs.


-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-= BIOMOD.projection.out -=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=

Projection directory : Output/caco/cont_gre


sp.name : caco

expl.var.names : temp_max_august temp_min temp_wet_quart temp_season prec_wet_quart prec_season


modeling.id : AllModels ( Output/caco/caco.AllModels.ensemble.models.out )

models.projected : 
caco_EMcvByTSS_mergedData_mergedRun_mergedAlgo, caco_EMwmeanByTSS_mergedData_mergedRun_mergedAlgo

-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=
A) Projection de la distribution potentielle contemporaine (modèle d'ensemble) sur la métropole de Grenoble ; B) Incertitude associée à la projection.

Figure 240.19: A) Projection de la distribution potentielle contemporaine (modèle d’ensemble) sur la métropole de Grenoble ; B) Incertitude associée à la projection.

240.3.3 Distributions potentielles futures

Futur : Projection à l’échelle de l’Europe jusqu’à l’horizon 2100

Toutes les fenêtres temporelles × scénarios pour le GCM « IPSL-CM6A-LR »

  1. SSP1-2.6
Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP1-2.6 (modèle d'ensemble).Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP1-2.6 (modèle d'ensemble).Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP1-2.6 (modèle d'ensemble).Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP1-2.6 (modèle d'ensemble).Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP1-2.6 (modèle d'ensemble).

Figure 240.20: Projection des distributions potentielles futures jusqu’à l’horizon 2100 sous le scénario SSP1-2.6 (modèle d’ensemble).

On obtient pour la métrique TSS une carte unique de moyenne pondérée sur les algorithmes et sur les jeux de pseudo-absences.

  1. SSP2-4.5
Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP2-4.5 (modèle d'ensemble).Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP2-4.5 (modèle d'ensemble).Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP2-4.5 (modèle d'ensemble).Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP2-4.5 (modèle d'ensemble).Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP2-4.5 (modèle d'ensemble).

Figure 240.21: Projection des distributions potentielles futures jusqu’à l’horizon 2100 sous le scénario SSP2-4.5 (modèle d’ensemble).

  1. SSP3-7.0
Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP3-7.0 (modèle d'ensemble).Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP3-7.0 (modèle d'ensemble).Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP3-7.0 (modèle d'ensemble).Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP3-7.0 (modèle d'ensemble).Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP3-7.0 (modèle d'ensemble).

Figure 240.22: Projection des distributions potentielles futures jusqu’à l’horizon 2100 sous le scénario SSP3-7.0 (modèle d’ensemble).

  1. SSP5-8.5
Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble).Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble).Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble).Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble).Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble).

Figure 240.23: Projection des distributions potentielles futures jusqu’à l’horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d’ensemble).

240.4 Inférence à l’échelle de la métropole

  • Croisement avec températures de surface 2019 (fournie par la métropole)
  • → conditions climatiques favorables à fine échelle
  • à peu près 7 pixels × 9 (WorldClim)

240.4.1 Distributions potentielles futures

Même chose que précédemment mais sur les rasters de Grenoble

  1. SSP1-2.6
Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).

Figure 240.24: Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu’à l’horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d’ensemble, GCM IPSL).

  1. SSP2-4.5
Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).

Figure 240.25: Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu’à l’horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d’ensemble, GCM IPSL).

  1. SSP3-7.0
Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).

Figure 240.26: Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu’à l’horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d’ensemble, GCM IPSL).

  1. SSP5-8.5
Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).

Figure 240.27: Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu’à l’horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d’ensemble, GCM IPSL).

240.4.2 Évolution temporelle

# A tibble: 17 × 8
   min         q1          median      mean        q3          max         ssp    year
   <table[1d]> <table[1d]> <table[1d]> <table[1d]> <table[1d]> <table[1d]> <fct> <dbl>
 1  92         302         371         366.2165409 435         593         0      2000
 2 156         408         463         457.0430755 543         627         126    2040
 3 153         415         489         463.3838256 548         607         126    2060
 4 166         421         499         470.4470309 556         603         126    2080
 5 171         411         495         468.2104793 554         595         126    2100
 6 160         422         485         470.4345484 553         658         245    2040
 7 154         426         512         472.3048884 561         608         245    2060
 8 153         411         512         469.4913131 563         603         245    2080
 9 158         378         495         453.6381682 548         601         245    2100
10 141         411         470         460.2128248 548         634         370    2040
11 154         428         516         474.1901110 559         600         370    2060
12 154         364         487         440.6380027 534         608         370    2080
13 157         321         498         422.7054787 530         618         370    2100
14 169         411         471         458.8459245 547         598         585    2040
15 163         428         530         482.3280557 569         610         585    2060
16 147         346         503         431.5411802 535         617         585    2080
17 114         172         429         373.8073663 506         605         585    2100
Évolution de la favorabilité climatique au cours du XXIème siècle. Le point représente la médiane sur l'étendue de la métropole (i.e. tous les pixels de la carte) ; le trait gras représente 50 % des données intermédiaires (espace inter-quartile) ; le trait fin représente le reste des données du minimum au maximum.

Figure 240.28: Évolution de la favorabilité climatique au cours du XXIème siècle. Le point représente la médiane sur l’étendue de la métropole (i.e. tous les pixels de la carte) ; le trait gras représente 50 % des données intermédiaires (espace inter-quartile) ; le trait fin représente le reste des données du minimum au maximum.