276 Tamarix gallica

276.1 Données d’occurrences GBIF

Collecte des données du GBIF :

<<gbif download metadata>>
  Status: SUCCEEDED
  DOI: 10.15468/dl.v8fzdh
  Format: SIMPLE_CSV
  Download key: 0018202-230828120925497
  Created: 2023-09-16T01:59:57.465+00:00
  Modified: 2023-09-16T02:00:52.861+00:00
  Download link: https://api.gbif.org/v1/occurrence/download/request/0018202-230828120925497.zip
  Total records: 6574

Conversion en objets géographiques (format Simple feature de sf) et exploration rapide des données (classe du jeu de données et premières lignes du tableau) :

Simple feature collection with 6574 features and 50 fields
Attribute-geometry relationships: constant (50)
Geometry type: POINT
Dimension:     XY
Bounding box:  xmin: -121.8444 ymin: -49.46634 xmax: 151.9594 ymax: 59.38052
Geodetic CRS:  WGS 84
# A tibble: 6,574 × 51
      gbifID datasetKey     occurrenceID kingdom phylum class order family genus
 *   <int64> <chr>          <chr>        <chr>   <chr>  <chr> <chr> <chr>  <chr>
 1 932707301 ebd49d9b-696b… ""           Plantae Trach… Magn… Cary… Tamar… Tama…
 2 932707273 ebd49d9b-696b… ""           Plantae Trach… Magn… Cary… Tamar… Tama…
 3 932705400 ebd49d9b-696b… ""           Plantae Trach… Magn… Cary… Tamar… Tama…
 4 910453020 837acfc2-f762… "HSS:HSS:27… Plantae Trach… Magn… Cary… Tamar… Tama…
 5 895291146 834a4794-f762… "AA565DB8-1… Plantae Trach… Magn… Cary… Tamar… Tama…
 6 895281250 834a4794-f762… "FDAF9CB4-A… Plantae Trach… Magn… Cary… Tamar… Tama…
 7 895280622 834a4794-f762… "63D84ABB-5… Plantae Trach… Magn… Cary… Tamar… Tama…
 8 895249841 834a4794-f762… "5AD9AC03-2… Plantae Trach… Magn… Cary… Tamar… Tama…
 9 895248688 834a4794-f762… "A3A7B01C-8… Plantae Trach… Magn… Cary… Tamar… Tama…
10 895247752 834a4794-f762… "9B65C041-E… Plantae Trach… Magn… Cary… Tamar… Tama…
# ℹ 6,564 more rows
# ℹ 42 more variables: species <chr>, infraspecificEpithet <lgl>,
#   taxonRank <chr>, scientificName <chr>, verbatimScientificName <chr>,
#   verbatimScientificNameAuthorship <chr>, countryCode <chr>, locality <chr>,
#   stateProvince <chr>, occurrenceStatus <chr>, individualCount <int>,
#   publishingOrgKey <chr>, decimalLatitude <dbl>, decimalLongitude <dbl>,
#   coordinateUncertaintyInMeters <dbl>, coordinatePrecision <lgl>, …

Il y a 6 574 occurrences dans le jeu de données. On les affiche sur la carte du monde :

Occurrences de Tamarix gallica dans le monde.

Figure 276.1: Occurrences de Tamarix gallica dans le monde.

276.1.1 Données par région

On évalue la proportion d’occurrences dans chaque région, en utilisant les 3 masques créés précédemment. Si on a au moins 50 % des occurrences dans une région, on peut continuer en travaillant uniquement sur ces données. Sinon, on vérifie qu’au moins 67 % des données tombent dans l’ensemble des régions, et on prend la région la plus représentée. Au final, s’il s’agit d’une espèce endémique d’Europe, on n’a pas besoin de manipulation supplémentaire.

[1] 0.9825068
[1] 0.009431092
[1] 0.0001521144

Espèce endémique d’Europe

Occurrence de Tamarix gallica dans la région d'endémisme.

Figure 276.2: Occurrence de Tamarix gallica dans la région d’endémisme.

276.1.2 Licences

On s’intéresse ici au problème particulier des licences :


                                                  CC_BY_4_0 
                                                       4410 
                                               CC_BY_NC_4_0 
                                                        587 
                                                    CC0_1_0 
                                                         88 
   https://creativecommons.org/licenses/by-nc/4.0/legalcode 
                                                       1265 
      https://creativecommons.org/licenses/by/4.0/legalcode 
                                                         72 
https://creativecommons.org/publicdomain/zero/1.0/legalcode 
                                                         37 
[1] 71.32683
Occurrence de Tamarix gallica dans la région d'endémisme, selon la licence : CC BY-NC en bleu ; CC0 et CC BY en orange.

Figure 276.3: Occurrence de Tamarix gallica dans la région d’endémisme, selon la licence : CC BY-NC en bleu ; CC0 et CC BY en orange.

Idéalement, on aimerait avoir au moins 50 % de données vraiment libres d’utilisation (c’est-à-dire sans la clause -NC). On continue en supprimant les données en CC BY-NC.

[1] 4607

276.1.3 Sous-échantillonnage

Si le jeu de données contient 25 000 occurrences ou plus, on procède au sous-échantillonnage aléatoire pour en conserver un maximum de 25 000.

Moins de 25 000 occurrences : pas de sous-échantillonnage

Simple feature collection with 4607 features and 50 fields
Attribute-geometry relationships: constant (50)
Geometry type: POINT
Dimension:     XY
Bounding box:  xmin: -9.623206 ymin: 31.51622 xmax: 24.1355 ymax: 54.8831
Geodetic CRS:  WGS 84
# A tibble: 4,607 × 51
       gbifID datasetKey    occurrenceID kingdom phylum class order family genus
      <int64> <chr>         <chr>        <chr>   <chr>  <chr> <chr> <chr>  <chr>
 1  871995344 271c444f-f8d… "INBO:FLORA… Plantae Trach… Magn… Cary… Tamar… Tama…
 2  871392917 271c444f-f8d… "INBO:FLORA… Plantae Trach… Magn… Cary… Tamar… Tama…
 3  871392891 271c444f-f8d… "INBO:FLORA… Plantae Trach… Magn… Cary… Tamar… Tama…
 4  871392865 271c444f-f8d… "INBO:FLORA… Plantae Trach… Magn… Cary… Tamar… Tama…
 5  871392840 271c444f-f8d… "INBO:FLORA… Plantae Trach… Magn… Cary… Tamar… Tama…
 6  871392816 271c444f-f8d… "INBO:FLORA… Plantae Trach… Magn… Cary… Tamar… Tama…
 7  871392592 271c444f-f8d… "INBO:FLORA… Plantae Trach… Magn… Cary… Tamar… Tama…
 8  474748047 857aa892-f76… ""           Plantae Trach… Magn… Cary… Tamar… Tama…
 9  439578792 b5cdf794-8fa… "http://col… Plantae Trach… Magn… Cary… Tamar… Tama…
10 4176517747 6ac3f774-d9f… ""           Plantae Trach… Magn… Cary… Tamar… Tama…
# ℹ 4,597 more rows
# ℹ 42 more variables: species <chr>, infraspecificEpithet <lgl>,
#   taxonRank <chr>, scientificName <chr>, verbatimScientificName <chr>,
#   verbatimScientificNameAuthorship <chr>, countryCode <chr>, locality <chr>,
#   stateProvince <chr>, occurrenceStatus <chr>, individualCount <int>,
#   publishingOrgKey <chr>, decimalLatitude <dbl>, decimalLongitude <dbl>,
#   coordinateUncertaintyInMeters <dbl>, coordinatePrecision <lgl>, …

276.1.4 Carte finale

On prépare la carte finale des occurrences :

Occurrence de Tamarix gallica dans la région d'endémisme après sous-échantillonnage éventuel.

Figure 276.4: Occurrence de Tamarix gallica dans la région d’endémisme après sous-échantillonnage éventuel.

276.2 Modélisation de la niche climatique

276.2.1 Préparer les données

Organisation des données d’entrées (occurrences et données environnementales) et des données produites de pseudo-absences :

 class       : SpatVector 
 geometry    : points 
 dimensions  : 4607, 0  (geometries, attributes)
 extent      : -9.623206, 24.1355, 31.51622, 54.8831  (xmin, xmax, ymin, ymax)
 coord. ref. : lon/lat WGS 84 (EPSG:4326) 

-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-= taga Data Formating -=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=

      ! Response variable is considered as only presences... Is it really what you want?
      ! No data has been set aside for modeling evaluation
 !!! Some data are located in the same raster cell. 
          Please set `filter.raster = TRUE` if you want an automatic filtering.

Checking Pseudo-absence selection arguments...

   > random pseudo absences selection
   > Pseudo absences are selected in explanatory variables
 ! Some NAs have been automatically removed from your data
 !!! Some data are located in the same raster cell. 
          Please set `filter.raster = TRUE` if you want an automatic filtering.
-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-= Done -=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=

-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-= BIOMOD.formated.data -=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=

dir.name =  Output

sp.name =  taga

     4371 presences,  0 true absences and  13748 undefined points in dataset


     6 explanatory variables

 temp_max_august     temp_min       temp_wet_quart    temp_season    
 Min.   : 5.136   Min.   :-21.856   Min.   :-9.633   Min.   : 230.3  
 1st Qu.:20.692   1st Qu.: -8.660   1st Qu.: 9.752   1st Qu.: 588.7  
 Median :25.636   Median : -0.760   Median :12.745   Median : 714.3  
 Mean   :25.716   Mean   : -2.944   Mean   :12.457   Mean   : 739.5  
 3rd Qu.:29.008   3rd Qu.:  3.544   3rd Qu.:15.810   3rd Qu.: 894.3  
 Max.   :44.740   Max.   : 11.248   Max.   :24.575   Max.   :1335.3  
 prec_wet_quart    prec_season     
 Min.   :   3.0   Min.   :  4.852  
 1st Qu.: 177.0   1st Qu.: 27.462  
 Median : 218.0   Median : 33.898  
 Mean   : 219.7   Mean   : 38.371  
 3rd Qu.: 253.0   3rd Qu.: 41.499  
 Max.   :1182.0   Max.   :122.373  

-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=

On visualise les pseudo-absences :

Les données d'occurrences (en haut à gauche) et les trois jeux de données aléatoires de pseudo-absences.

Figure 276.5: Les données d’occurrences (en haut à gauche) et les trois jeux de données aléatoires de pseudo-absences.

$data.vect
 class       : SpatVector 
 geometry    : points 
 dimensions  : 31305, 2  (geometries, attributes)
 extent      : -10.1875, 46.97917, 29.02083, 70.97917  (xmin, xmax, ymin, ymax)
 coord. ref. :  
 names       :  resp         dataset
 type        : <num>           <chr>
 values      :    10 Initial dataset
                  10 Initial dataset
                  10 Initial dataset

$data.label
                              9                              10 
                "**Presences**"       "Presences (calibration)" 
                             11                              12 
       "Presences (validation)"        "Presences (evaluation)" 
                             19                              20 
            "**True Absences**"   "True Absences (calibration)" 
                             21                              22 
   "True Absences (validation)"    "True Absences (evaluation)" 
                             29                              30 
          "**Pseudo-Absences**" "Pseudo-Absences (calibration)" 
                             31                               1 
 "Pseudo-Absences (validation)"                    "Background" 

$data.plot
Les données d'occurrences (en haut à gauche) et les trois jeux de données aléatoires de pseudo-absences.

Figure 276.6: Les données d’occurrences (en haut à gauche) et les trois jeux de données aléatoires de pseudo-absences.

276.2.2 Modèles individuels de niche


-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-= Build Single Models -=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=


Checking Models arguments...

Creating suitable Workdir...

            ! Weights where automatically defined for taga_PA1 to rise a 0.5 prevalence !
            ! Weights where automatically defined for taga_PA2 to rise a 0.5 prevalence !
            ! Weights where automatically defined for taga_PA3 to rise a 0.5 prevalence !


-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-= taga Modeling Summary -=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=

 6  environmental variables ( temp_max_august temp_min temp_wet_quart temp_season prec_wet_quart prec_season )
Number of evaluation repetitions : 1
Models selected : GAM MARS MAXNET GBM ANN RF 

Total number of model runs: 18 

-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=


-=-=-=- Run :  taga_PA1 


-=-=-=--=-=-=- taga_PA1_RUN1 


-=-=-=- Run :  taga_PA2 


-=-=-=--=-=-=- taga_PA2_RUN1 


-=-=-=- Run :  taga_PA3 


-=-=-=--=-=-=- taga_PA3_RUN1 

-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-= Done -=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=

276.2.2.1 Évaluation de la performance

             full.name  PA  run   algo metric.eval cutoff sensitivity
1    taga_PA1_RUN1_GAM PA1 RUN1    GAM         TSS  525.0      98.170
2    taga_PA1_RUN1_GAM PA1 RUN1    GAM         ROC  518.5      98.256
3   taga_PA1_RUN1_MARS PA1 RUN1   MARS         TSS  543.0      93.938
4   taga_PA1_RUN1_MARS PA1 RUN1   MARS         ROC  542.5      93.938
5 taga_PA1_RUN1_MAXNET PA1 RUN1 MAXNET         TSS  336.0      95.110
6 taga_PA1_RUN1_MAXNET PA1 RUN1 MAXNET         ROC  339.5      94.939
  specificity calibration validation evaluation
1      75.963       0.742      0.732         NA
2      75.936       0.856      0.852         NA
3      93.869       0.878      0.860         NA
4      93.869       0.986      0.980         NA
5      92.566       0.876      0.857         NA
6      92.838       0.985      0.980         NA
Évaluation de la performance des modèles individuels : True Skill Statistic & aire sous la courbe de ROC.

Figure 276.7: Évaluation de la performance des modèles individuels : True Skill Statistic & aire sous la courbe de ROC.

276.2.2.2 Importance des variables environnementales

          full.name  PA  run algo        expl.var rand  var.imp
1 taga_PA1_RUN1_GAM PA1 RUN1  GAM temp_max_august    1 0.217532
2 taga_PA1_RUN1_GAM PA1 RUN1  GAM        temp_min    1 0.384103
3 taga_PA1_RUN1_GAM PA1 RUN1  GAM  temp_wet_quart    1 0.020459
4 taga_PA1_RUN1_GAM PA1 RUN1  GAM     temp_season    1 0.382629
5 taga_PA1_RUN1_GAM PA1 RUN1  GAM  prec_wet_quart    1 0.003425
6 taga_PA1_RUN1_GAM PA1 RUN1  GAM     prec_season    1 0.007334
Pourcentage de variance expliquée pour chaque variable, décomposé par algorithme.

Figure 276.8: Pourcentage de variance expliquée pour chaque variable, décomposé par algorithme.

Pourcentage de variance expliquée pour chaque variable, décomposé par variable.

Figure 276.9: Pourcentage de variance expliquée pour chaque variable, décomposé par variable.

276.2.2.3 Courbes de réponses

Courbes de réponse de chaque variable climatique selon l'algorithme (en couleurs).

Figure 276.10: Courbes de réponse de chaque variable climatique selon l’algorithme (en couleurs).

276.2.3 Modèles d’ensemble de niche

Seulement modèles avec TSS > 0.8


-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-= BIOMOD.ensemble.models.out -=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=

sp.name : taga

expl.var.names : temp_max_august temp_min temp_wet_quart temp_season 
prec_wet_quart prec_season


models computed: 
taga_EMcvByTSS_mergedData_mergedRun_mergedAlgo, taga_EMwmeanByTSS_mergedData_mergedRun_mergedAlgo

models failed: none

-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=

276.2.3.1 Évaluation de la qualité

                                          full.name merged.by.PA merged.by.run
1 taga_EMwmeanByTSS_mergedData_mergedRun_mergedAlgo   mergedData     mergedRun
2 taga_EMwmeanByTSS_mergedData_mergedRun_mergedAlgo   mergedData     mergedRun
  merged.by.algo filtered.by    algo metric.eval cutoff sensitivity specificity
1     mergedAlgo         TSS EMwmean         TSS  488.0      96.408      95.170
2     mergedAlgo         TSS EMwmean         ROC  486.5      96.431      95.156
  calibration validation evaluation
1       0.916         NA         NA
2       0.994         NA         NA
Évaluation de la qualité du modèle d'ensemble : Aire sous la courbe de ROC & True Skill Statistic.

Figure 276.11: Évaluation de la qualité du modèle d’ensemble : Aire sous la courbe de ROC & True Skill Statistic.

                                       full.name merged.by.PA merged.by.run
1 taga_EMcvByTSS_mergedData_mergedRun_mergedAlgo   mergedData     mergedRun
2 taga_EMcvByTSS_mergedData_mergedRun_mergedAlgo   mergedData     mergedRun
3 taga_EMcvByTSS_mergedData_mergedRun_mergedAlgo   mergedData     mergedRun
4 taga_EMcvByTSS_mergedData_mergedRun_mergedAlgo   mergedData     mergedRun
5 taga_EMcvByTSS_mergedData_mergedRun_mergedAlgo   mergedData     mergedRun
6 taga_EMcvByTSS_mergedData_mergedRun_mergedAlgo   mergedData     mergedRun
  merged.by.algo filtered.by algo        expl.var rand  var.imp
1     mergedAlgo         TSS EMcv temp_max_august    1 0.183413
2     mergedAlgo         TSS EMcv        temp_min    1 0.472163
3     mergedAlgo         TSS EMcv  temp_wet_quart    1 0.112054
4     mergedAlgo         TSS EMcv     temp_season    1 0.336478
5     mergedAlgo         TSS EMcv  prec_wet_quart    1 0.210180
6     mergedAlgo         TSS EMcv     prec_season    1 0.169485

Par variable :

Pourcentage de variance expliquée par variable dans le modèle d'ensemble.

Figure 276.12: Pourcentage de variance expliquée par variable dans le modèle d’ensemble.

Courbes de réponse de chaque variable climatique dans le modèle d'ensemble.

Figure 276.13: Courbes de réponse de chaque variable climatique dans le modèle d’ensemble.

276.3 Projections

276.3.1 Distribution potentielle contemporaine

Contemporaine : Cartographie des observations sur couches climatiques Extraction des conditions climatiques favorables


-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-= BIOMOD.projection.out -=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=

Projection directory : Output/taga/current


sp.name : taga

expl.var.names : temp_max_august temp_min temp_wet_quart temp_season 
prec_wet_quart prec_season


modeling.id : AllModels ( Output/taga/taga.AllModels.models.out )

models.projected : 
taga_PA1_RUN1_GAM, taga_PA1_RUN1_MARS, taga_PA1_RUN1_MAXNET, taga_PA1_RUN1_GBM, taga_PA1_RUN1_RF, taga_PA2_RUN1_GAM, taga_PA2_RUN1_MARS, taga_PA2_RUN1_MAXNET, taga_PA2_RUN1_GBM, taga_PA2_RUN1_ANN, taga_PA2_RUN1_RF, taga_PA3_RUN1_GAM, taga_PA3_RUN1_MARS, taga_PA3_RUN1_MAXNET, taga_PA3_RUN1_GBM, taga_PA3_RUN1_ANN, taga_PA3_RUN1_RF

available binary projection : TSS, ROC

available filtered projection : TSS, ROC

-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=
Projection de la distribution potentielle contemporaine sur l'Europe, selon les 6 algorithmes et les 3 runs.

Figure 276.14: Projection de la distribution potentielle contemporaine sur l’Europe, selon les 6 algorithmes et les 3 runs.

Projection de la distribution potentielle contemporaine sur l'Europe, selon les 6 algorithmes et les 3 runs.

Figure 276.15: Projection de la distribution potentielle contemporaine sur l’Europe, selon les 6 algorithmes et les 3 runs.


-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-= BIOMOD.projection.out -=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=

Projection directory : Output/taga/current


sp.name : taga

expl.var.names : temp_max_august temp_min temp_wet_quart temp_season 
prec_wet_quart prec_season


modeling.id : AllModels ( Output/taga/taga.AllModels.ensemble.models.out )

models.projected : 
taga_EMcvByTSS_mergedData_mergedRun_mergedAlgo, taga_EMwmeanByTSS_mergedData_mergedRun_mergedAlgo

-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=
A) Projection de la distribution potentielle contemporaine (modèle d'ensemble) ; B) Incertitude associée à la projection.

Figure 276.16: A) Projection de la distribution potentielle contemporaine (modèle d’ensemble) ; B) Incertitude associée à la projection.

276.3.2 Interpolation à l’échelle de la métropole

  • → conditions climatiques favorables à fine échelle

On projette la niche climatique sur ce raster à fine échelle.


-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-= BIOMOD.projection.out -=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=

Projection directory : Output/taga/cont_gre


sp.name : taga

expl.var.names : temp_max_august temp_min temp_wet_quart temp_season 
prec_wet_quart prec_season


modeling.id : AllModels ( Output/taga/taga.AllModels.models.out )

models.projected : 
taga_PA1_RUN1_GAM, taga_PA1_RUN1_MARS, taga_PA1_RUN1_MAXNET, taga_PA1_RUN1_GBM, taga_PA1_RUN1_RF, taga_PA2_RUN1_GAM, taga_PA2_RUN1_MARS, taga_PA2_RUN1_MAXNET, taga_PA2_RUN1_GBM, taga_PA2_RUN1_ANN, taga_PA2_RUN1_RF, taga_PA3_RUN1_GAM, taga_PA3_RUN1_MARS, taga_PA3_RUN1_MAXNET, taga_PA3_RUN1_GBM, taga_PA3_RUN1_ANN, taga_PA3_RUN1_RF

available binary projection : TSS, ROC

available filtered projection : TSS, ROC

-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=
Projection de la distribution potentielle contemporaine sur la métropole de Grenoble, selon les 6 algorithmes et les 3 runs.

Figure 276.17: Projection de la distribution potentielle contemporaine sur la métropole de Grenoble, selon les 6 algorithmes et les 3 runs.

Projection de la distribution potentielle contemporaine sur la métropole de Grenoble, selon les 6 algorithmes et les 3 runs.

Figure 276.18: Projection de la distribution potentielle contemporaine sur la métropole de Grenoble, selon les 6 algorithmes et les 3 runs.


-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-= BIOMOD.projection.out -=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=

Projection directory : Output/taga/cont_gre


sp.name : taga

expl.var.names : temp_max_august temp_min temp_wet_quart temp_season 
prec_wet_quart prec_season


modeling.id : AllModels ( Output/taga/taga.AllModels.ensemble.models.out )

models.projected : 
taga_EMcvByTSS_mergedData_mergedRun_mergedAlgo, taga_EMwmeanByTSS_mergedData_mergedRun_mergedAlgo

-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=
A) Projection de la distribution potentielle contemporaine (modèle d'ensemble) sur la métropole de Grenoble ; B) Incertitude associée à la projection.

Figure 276.19: A) Projection de la distribution potentielle contemporaine (modèle d’ensemble) sur la métropole de Grenoble ; B) Incertitude associée à la projection.

276.3.3 Distributions potentielles futures

Futur : Projection à l’échelle de l’Europe jusqu’à l’horizon 2100

Toutes les fenêtres temporelles × scénarios pour le GCM « IPSL-CM6A-LR »

  1. SSP1-2.6
Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP1-2.6 (modèle d'ensemble).Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP1-2.6 (modèle d'ensemble).Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP1-2.6 (modèle d'ensemble).Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP1-2.6 (modèle d'ensemble).Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP1-2.6 (modèle d'ensemble).

Figure 276.20: Projection des distributions potentielles futures jusqu’à l’horizon 2100 sous le scénario SSP1-2.6 (modèle d’ensemble).

On obtient pour la métrique TSS une carte unique de moyenne pondérée sur les algorithmes et sur les jeux de pseudo-absences.

  1. SSP2-4.5
Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP2-4.5 (modèle d'ensemble).Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP2-4.5 (modèle d'ensemble).Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP2-4.5 (modèle d'ensemble).Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP2-4.5 (modèle d'ensemble).Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP2-4.5 (modèle d'ensemble).

Figure 276.21: Projection des distributions potentielles futures jusqu’à l’horizon 2100 sous le scénario SSP2-4.5 (modèle d’ensemble).

  1. SSP3-7.0
Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP3-7.0 (modèle d'ensemble).Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP3-7.0 (modèle d'ensemble).Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP3-7.0 (modèle d'ensemble).Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP3-7.0 (modèle d'ensemble).Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP3-7.0 (modèle d'ensemble).

Figure 276.22: Projection des distributions potentielles futures jusqu’à l’horizon 2100 sous le scénario SSP3-7.0 (modèle d’ensemble).

  1. SSP5-8.5
Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble).Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble).Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble).Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble).Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble).

Figure 276.23: Projection des distributions potentielles futures jusqu’à l’horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d’ensemble).

276.4 Inférence à l’échelle de la métropole

  • Croisement avec températures de surface 2019 (fournie par la métropole)
  • → conditions climatiques favorables à fine échelle
  • à peu près 7 pixels × 9 (WorldClim)

276.4.1 Distributions potentielles futures

Même chose que précédemment mais sur les rasters de Grenoble

  1. SSP1-2.6
Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).

Figure 276.24: Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu’à l’horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d’ensemble, GCM IPSL).

  1. SSP2-4.5
Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).

Figure 276.25: Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu’à l’horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d’ensemble, GCM IPSL).

  1. SSP3-7.0
Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).

Figure 276.26: Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu’à l’horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d’ensemble, GCM IPSL).

  1. SSP5-8.5
Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).

Figure 276.27: Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu’à l’horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d’ensemble, GCM IPSL).

276.4.2 Évolution temporelle

# A tibble: 17 × 8
   min         q1          median      mean        q3          max   ssp    year
   <table[1d]> <table[1d]> <table[1d]> <table[1d]> <table[1d]> <tab> <fct> <dbl>
 1  31         101         189         216.6956    340         486   0      2000
 2  50         307         451         398.8146    500         615   126    2040
 3  62         353         488         442.0322    549         653   126    2060
 4  53         404         491         458.8940    558         638   126    2080
 5  59         390         514         468.0313    581         678   126    2100
 6  61         382         466         437.8001    517         625   245    2040
 7  58         405         478         443.4554    538         625   245    2060
 8 142         476         547         523.9724    598         681   245    2080
 9 126         474         540         515.3850    595         691   245    2100
10  50         271         406         357.3471    455         576   370    2040
11  75         438         515         477.4593    574         665   370    2060
12 134         491         555         530.6057    597         686   370    2080
13 245         480         513         506.0857    549         604   370    2100
14  46         318         456         408.7702    513         623   585    2040
15  98         471         539         513.4758    590         673   585    2060
16 172         474         514         502.2923    554         614   585    2080
17 268         472         505         494.8583    526         594   585    2100
Évolution de la favorabilité climatique au cours du XXIème siècle. Le point représente la médiane sur l'étendue de la métropole (i.e. tous les pixels de la carte) ; le trait gras représente 50 % des données intermédiaires (espace inter-quartile) ; le trait fin représente le reste des données du minimum au maximum.

Figure 276.28: Évolution de la favorabilité climatique au cours du XXIème siècle. Le point représente la médiane sur l’étendue de la métropole (i.e. tous les pixels de la carte) ; le trait gras représente 50 % des données intermédiaires (espace inter-quartile) ; le trait fin représente le reste des données du minimum au maximum.