96 Ulmus pumila

96.1 Données d’occurrences GBIF

Collecte des données du GBIF :

<<gbif download metadata>>
  Status: SUCCEEDED
  DOI: 10.15468/dl.3v2fzf
  Format: SIMPLE_CSV
  Download key: 0252272-230224095556074
  Created: 2023-05-20T13:14:26.031+00:00
  Modified: 2023-05-20T13:15:14.181+00:00
  Download link: https://api.gbif.org/v1/occurrence/download/request/0252272-230224095556074.zip
  Total records: 5076

Conversion en objets géographiques (format Simple feature de sf) et exploration rapide des données (classe du jeu de données et premières lignes du tableau) :

Simple feature collection with 3438 features and 50 fields
Attribute-geometry relationship: 50 constant, 0 aggregate, 0 identity
Geometry type: POINT
Dimension:     XY
Bounding box:  xmin: -123.361843 ymin: -38.885833 xmax: 143.87161 ymax: 60.968693
Geodetic CRS:  WGS 84
# A tibble: 3,438 × 51
     gbifID datasetKey occurrenceID kingdom phylum class order family genus species infraspecificEpithet
 *  <int64> <chr>      <chr>        <chr>   <chr>  <chr> <chr> <chr>  <chr> <chr>   <chr>               
 1     3.e9 d1e9202b-… NYCstreetTr… Plantae Trach… Magn… Rosa… Ulmac… Ulmus Ulmus … ""                  
 2     3.e9 d1e9202b-… NYCstreetTr… Plantae Trach… Magn… Rosa… Ulmac… Ulmus Ulmus … ""                  
 3     3.e9 d1e9202b-… NYCstreetTr… Plantae Trach… Magn… Rosa… Ulmac… Ulmus Ulmus … ""                  
 4     3.e9 d1e9202b-… NYCstreetTr… Plantae Trach… Magn… Rosa… Ulmac… Ulmus Ulmus … ""                  
 5     3.e9 d1e9202b-… NYCstreetTr… Plantae Trach… Magn… Rosa… Ulmac… Ulmus Ulmus … ""                  
 6     3.e9 d1e9202b-… NYCstreetTr… Plantae Trach… Magn… Rosa… Ulmac… Ulmus Ulmus … ""                  
 7     3.e9 d1e9202b-… NYCstreetTr… Plantae Trach… Magn… Rosa… Ulmac… Ulmus Ulmus … ""                  
 8     3.e9 d1e9202b-… NYCstreetTr… Plantae Trach… Magn… Rosa… Ulmac… Ulmus Ulmus … ""                  
 9     3.e9 d1e9202b-… NYCstreetTr… Plantae Trach… Magn… Rosa… Ulmac… Ulmus Ulmus … ""                  
10     3.e9 c4e1739b-… BISON:New Y… Plantae Trach… Magn… Rosa… Ulmac… Ulmus Ulmus … ""                  
# ℹ 3,428 more rows
# ℹ 40 more variables: taxonRank <chr>, scientificName <chr>, verbatimScientificName <chr>,
#   verbatimScientificNameAuthorship <chr>, countryCode <chr>, locality <chr>, stateProvince <chr>,
#   occurrenceStatus <chr>, individualCount <int>, publishingOrgKey <chr>, decimalLatitude <dbl>,
#   decimalLongitude <dbl>, coordinateUncertaintyInMeters <dbl>, coordinatePrecision <dbl>,
#   elevation <dbl>, elevationAccuracy <dbl>, depth <dbl>, depthAccuracy <dbl>, eventDate <dttm>,
#   day <int>, month <int>, year <int>, taxonKey <int>, speciesKey <int>, basisOfRecord <chr>, …

Il y a 3 438 occurrences dans le jeu de données. On les affiche sur la carte du monde :

Occurrences de Ulmus pumila dans le monde.

Figure 96.1: Occurrences de Ulmus pumila dans le monde.

96.1.1 Données par région

On évalue la proportion d’occurrences dans chaque région, en utilisant les 3 masques créés précédemment. Si on a au moins 50 % des occurrences dans une région, on peut continuer en travaillant uniquement sur ces données. Sinon, on vérifie qu’au moins 67 % des données tombent dans l’ensemble des régions, et on prend la région la plus représentée. Au final, s’il s’agit d’une espèce endémique d’Europe, on n’a pas besoin de manipulation supplémentaire.

[1] 0.1771378709
[1] 0.5703897615
[1] 0.1352530541

Espèce endémique d’Amérique du Nord

Occurrence de Ulmus pumila dans la région d'endémisme.

Figure 96.2: Occurrence de Ulmus pumila dans la région d’endémisme.

96.1.2 Licences

On s’intéresse ici au problème particulier des licences :


   CC_BY_4_0 CC_BY_NC_4_0      CC0_1_0 
         425          949          587 
[1] 51.6063233
Occurrence de Ulmus pumila dans la région d'endémisme, selon la licence : CC BY-NC en bleu ; CC0 et CC BY en orange.

Figure 96.3: Occurrence de Ulmus pumila dans la région d’endémisme, selon la licence : CC BY-NC en bleu ; CC0 et CC BY en orange.

Idéalement, on aimerait avoir au moins 50 % de données vraiment libres d’utilisation (c’est-à-dire sans la clause -NC). On continue en supprimant les données en CC BY-NC.

[1] 1012

96.1.3 Sous-échantillonnage

Si le jeu de données contient 25 000 occurrences ou plus, on procède au sous-échantillonnage aléatoire pour en conserver un maximum de 25 000.

Moins de 25 000 occurrences : pas de sous-échantillonnage

Simple feature collection with 1012 features and 50 fields
Attribute-geometry relationship: 50 constant, 0 aggregate, 0 identity
Geometry type: POINT
Dimension:     XY
Bounding box:  xmin: -123.161667 ymin: 24.82 xmax: -60.290122 ymax: 50.757672
Geodetic CRS:  WGS 84
# A tibble: 1,012 × 51
     gbifID datasetKey occurrenceID kingdom phylum class order family genus species infraspecificEpithet
    <int64> <chr>      <chr>        <chr>   <chr>  <chr> <chr> <chr>  <chr> <chr>   <chr>               
 1     3.e9 d1e9202b-… NYCstreetTr… Plantae Trach… Magn… Rosa… Ulmac… Ulmus Ulmus … ""                  
 2     3.e9 d1e9202b-… NYCstreetTr… Plantae Trach… Magn… Rosa… Ulmac… Ulmus Ulmus … ""                  
 3     3.e9 d1e9202b-… NYCstreetTr… Plantae Trach… Magn… Rosa… Ulmac… Ulmus Ulmus … ""                  
 4     3.e9 d1e9202b-… NYCstreetTr… Plantae Trach… Magn… Rosa… Ulmac… Ulmus Ulmus … ""                  
 5     3.e9 d1e9202b-… NYCstreetTr… Plantae Trach… Magn… Rosa… Ulmac… Ulmus Ulmus … ""                  
 6     3.e9 d1e9202b-… NYCstreetTr… Plantae Trach… Magn… Rosa… Ulmac… Ulmus Ulmus … ""                  
 7     3.e9 d1e9202b-… NYCstreetTr… Plantae Trach… Magn… Rosa… Ulmac… Ulmus Ulmus … ""                  
 8     3.e9 d1e9202b-… NYCstreetTr… Plantae Trach… Magn… Rosa… Ulmac… Ulmus Ulmus … ""                  
 9     3.e9 d1e9202b-… NYCstreetTr… Plantae Trach… Magn… Rosa… Ulmac… Ulmus Ulmus … ""                  
10     3.e9 c4e1739b-… BISON:New Y… Plantae Trach… Magn… Rosa… Ulmac… Ulmus Ulmus … ""                  
# ℹ 1,002 more rows
# ℹ 40 more variables: taxonRank <chr>, scientificName <chr>, verbatimScientificName <chr>,
#   verbatimScientificNameAuthorship <chr>, countryCode <chr>, locality <chr>, stateProvince <chr>,
#   occurrenceStatus <chr>, individualCount <int>, publishingOrgKey <chr>, decimalLatitude <dbl>,
#   decimalLongitude <dbl>, coordinateUncertaintyInMeters <dbl>, coordinatePrecision <dbl>,
#   elevation <dbl>, elevationAccuracy <dbl>, depth <dbl>, depthAccuracy <dbl>, eventDate <dttm>,
#   day <int>, month <int>, year <int>, taxonKey <int>, speciesKey <int>, basisOfRecord <chr>, …

96.1.4 Carte finale

On prépare la carte finale des occurrences :

Occurrence de Ulmus pumila dans la région d'endémisme après sous-échantillonnage éventuel.

Figure 96.4: Occurrence de Ulmus pumila dans la région d’endémisme après sous-échantillonnage éventuel.

96.2 Modélisation de la niche climatique

96.2.1 Préparer les données

Organisation des données d’entrées (occurrences et données environnementales) et des données produites de pseudo-absences :

 class       : SpatVector 
 geometry    : points 
 dimensions  : 1012, 0  (geometries, attributes)
 extent      : -123.1617, -60.29012, 24.82, 50.75767  (xmin, xmax, ymin, ymax)
 coord. ref. : lon/lat WGS 84 (EPSG:4326) 

-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-= ulpu Data Formating -=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=

      ! Response variable is considered as only presences... Is it really what you want?
      ! No data has been set aside for modeling evaluation
 !!! Some data are located in the same raster cell. 
          Please set `filter.raster = TRUE` if you want an automatic filtering.

Checking Pseudo-absence selection arguments...

   > random pseudo absences selection
   > Pseudo absences are selected in explanatory variables
 !!! Some data are located in the same raster cell. 
          Please set `filter.raster = TRUE` if you want an automatic filtering.
-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-= Done -=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=

-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-= BIOMOD.formated.data -=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=

dir.name =  Output

sp.name =  ulpu

     1012 presences,  0 true absences and  3035 undefined points in dataset


     6 explanatory variables

 temp_max_august    temp_min       temp_wet_quart    temp_season    
 Min.   : 0.50   Min.   :-30.596   Min.   :-10.04   Min.   :   0.0  
 1st Qu.:24.16   1st Qu.:-15.244   1st Qu.: 12.38   1st Qu.: 758.8  
 Median :28.38   Median : -8.900   Median : 17.37   Median : 888.9  
 Mean   :27.66   Mean   : -8.721   Mean   : 16.08   Mean   : 887.0  
 3rd Qu.:31.42   3rd Qu.: -2.872   3rd Qu.: 21.42   3rd Qu.:1074.8  
 Max.   :42.85   Max.   : 22.400   Max.   : 33.30   Max.   :1458.4  
 prec_wet_quart    prec_season     
 Min.   :  27.0   Min.   :  5.865  
 1st Qu.: 184.0   1st Qu.: 23.154  
 Median : 275.0   Median : 42.288  
 Mean   : 290.6   Mean   : 43.836  
 3rd Qu.: 332.0   3rd Qu.: 59.209  
 Max.   :1653.0   Max.   :126.296  

-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=

On visualise les pseudo-absences :

Les données d'occurrences (en haut à gauche) et les trois jeux de données aléatoires de pseudo-absences.

Figure 96.5: Les données d’occurrences (en haut à gauche) et les trois jeux de données aléatoires de pseudo-absences.

$data.vect
 class       : SpatVector 
 geometry    : points 
 dimensions  : 7084, 2  (geometries, attributes)
 extent      : -129.7292, -52.89583, 13.0625, 54.97917  (xmin, xmax, ymin, ymax)
 coord. ref. :  
 names       :  resp         dataset
 type        : <num>           <chr>
 values      :    10 Initial dataset
                  10 Initial dataset
                  10 Initial dataset

$data.label
                              9                              10 
                "**Presences**"       "Presences (calibration)" 
                             11                              12 
       "Presences (validation)"        "Presences (evaluation)" 
                             19                              20 
            "**True Absences**"   "True Absences (calibration)" 
                             21                              22 
   "True Absences (validation)"    "True Absences (evaluation)" 
                             29                              30 
          "**Pseudo-Absences**" "Pseudo-Absences (calibration)" 
                             31                               1 
 "Pseudo-Absences (validation)"                    "Background" 

$data.plot
Les données d'occurrences (en haut à gauche) et les trois jeux de données aléatoires de pseudo-absences.

Figure 96.6: Les données d’occurrences (en haut à gauche) et les trois jeux de données aléatoires de pseudo-absences.

96.2.2 Modèles individuels de niche


-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-= Build Single Models -=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=


Checking Models arguments...

Creating suitable Workdir...

            ! Weights where automatically defined for ulpu_PA1 to rise a 0.5 prevalence !
            ! Weights where automatically defined for ulpu_PA2 to rise a 0.5 prevalence !
            ! Weights where automatically defined for ulpu_PA3 to rise a 0.5 prevalence !


-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-= ulpu Modeling Summary -=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=

 6  environmental variables ( temp_max_august temp_min temp_wet_quart temp_season prec_wet_quart prec_season )
Number of evaluation repetitions : 1
Models selected : GAM MARS MAXNET GBM ANN RF 

Total number of model runs: 18 

-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=


-=-=-=- Run :  ulpu_PA1 


-=-=-=--=-=-=- ulpu_PA1_RUN1 


-=-=-=- Run :  ulpu_PA2 


-=-=-=--=-=-=- ulpu_PA2_RUN1 


-=-=-=- Run :  ulpu_PA3 


-=-=-=--=-=-=- ulpu_PA3_RUN1 

-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-= Done -=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=

96.2.2.1 Évaluation de la performance

             full.name  PA  run   algo metric.eval cutoff sensitivity
1    ulpu_PA1_RUN1_GAM PA1 RUN1    GAM         TSS  576.0      90.864
2    ulpu_PA1_RUN1_GAM PA1 RUN1    GAM         ROC  575.0      90.864
3   ulpu_PA1_RUN1_MARS PA1 RUN1   MARS         TSS  599.0      79.136
4   ulpu_PA1_RUN1_MARS PA1 RUN1   MARS         ROC  585.0      80.000
5 ulpu_PA1_RUN1_MAXNET PA1 RUN1 MAXNET         TSS  445.0      88.025
6 ulpu_PA1_RUN1_MAXNET PA1 RUN1 MAXNET         ROC  445.5      88.025
  specificity calibration validation evaluation
1      56.667       0.475      0.446         NA
2      56.667       0.718      0.685         NA
3      81.111       0.606      0.599         NA
4      80.741       0.886      0.881         NA
5      75.062       0.632      0.614         NA
6      75.185       0.894      0.881         NA
Évaluation de la performance des modèles individuels : True Skill Statistic & aire sous la courbe de ROC.

Figure 96.7: Évaluation de la performance des modèles individuels : True Skill Statistic & aire sous la courbe de ROC.

96.2.2.2 Importance des variables environnementales

          full.name  PA  run algo        expl.var rand  var.imp
1 ulpu_PA1_RUN1_GAM PA1 RUN1  GAM temp_max_august    1 0.130104
2 ulpu_PA1_RUN1_GAM PA1 RUN1  GAM        temp_min    1 0.627973
3 ulpu_PA1_RUN1_GAM PA1 RUN1  GAM  temp_wet_quart    1 0.101010
4 ulpu_PA1_RUN1_GAM PA1 RUN1  GAM     temp_season    1 0.126569
5 ulpu_PA1_RUN1_GAM PA1 RUN1  GAM  prec_wet_quart    1 0.033056
6 ulpu_PA1_RUN1_GAM PA1 RUN1  GAM     prec_season    1 0.186636
Pourcentage de variance expliquée pour chaque variable, décomposé par algorithme.

Figure 96.8: Pourcentage de variance expliquée pour chaque variable, décomposé par algorithme.

Pourcentage de variance expliquée pour chaque variable, décomposé par variable.

Figure 96.9: Pourcentage de variance expliquée pour chaque variable, décomposé par variable.

96.2.2.3 Courbes de réponses

Courbes de réponse de chaque variable climatique selon l'algorithme (en couleurs).

Figure 96.10: Courbes de réponse de chaque variable climatique selon l’algorithme (en couleurs).

96.2.3 Modèles d’ensemble de niche

Seulement modèles avec TSS > 0.8


-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-= BIOMOD.ensemble.models.out -=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=

sp.name : ulpu

expl.var.names : temp_max_august temp_min temp_wet_quart temp_season 
prec_wet_quart prec_season


models computed: ulpu_EMwmeanByTSS_mergedData_mergedRun_mergedAlgo

models failed: ulpu_EMcvByTSS_mergedData_mergedRun_mergedAlgo

-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=

96.2.3.1 Évaluation de la qualité

                                          full.name merged.by.PA merged.by.run
1 ulpu_EMwmeanByTSS_mergedData_mergedRun_mergedAlgo   mergedData     mergedRun
2 ulpu_EMwmeanByTSS_mergedData_mergedRun_mergedAlgo   mergedData     mergedRun
  merged.by.algo filtered.by    algo metric.eval cutoff sensitivity specificity
1     mergedAlgo         TSS EMwmean         TSS    636       92.49      92.554
2     mergedAlgo         TSS EMwmean         ROC    637       92.49      92.586
  calibration validation evaluation
1       0.851         NA         NA
2       0.979         NA         NA
Évaluation de la qualité du modèle d'ensemble : Aire sous la courbe de ROC & True Skill Statistic.

Figure 96.11: Évaluation de la qualité du modèle d’ensemble : Aire sous la courbe de ROC & True Skill Statistic.

                                          full.name merged.by.PA merged.by.run
1 ulpu_EMwmeanByTSS_mergedData_mergedRun_mergedAlgo   mergedData     mergedRun
2 ulpu_EMwmeanByTSS_mergedData_mergedRun_mergedAlgo   mergedData     mergedRun
3 ulpu_EMwmeanByTSS_mergedData_mergedRun_mergedAlgo   mergedData     mergedRun
4 ulpu_EMwmeanByTSS_mergedData_mergedRun_mergedAlgo   mergedData     mergedRun
5 ulpu_EMwmeanByTSS_mergedData_mergedRun_mergedAlgo   mergedData     mergedRun
6 ulpu_EMwmeanByTSS_mergedData_mergedRun_mergedAlgo   mergedData     mergedRun
  merged.by.algo filtered.by    algo        expl.var rand  var.imp
1     mergedAlgo         TSS EMwmean temp_max_august    1 0.194733
2     mergedAlgo         TSS EMwmean        temp_min    1 0.163337
3     mergedAlgo         TSS EMwmean  temp_wet_quart    1 0.086687
4     mergedAlgo         TSS EMwmean     temp_season    1 0.125640
5     mergedAlgo         TSS EMwmean  prec_wet_quart    1 0.126893
6     mergedAlgo         TSS EMwmean     prec_season    1 0.068886

Par variable :

Pourcentage de variance expliquée par variable dans le modèle d'ensemble.

Figure 96.12: Pourcentage de variance expliquée par variable dans le modèle d’ensemble.

Courbes de réponse de chaque variable climatique dans le modèle d'ensemble.

Figure 96.13: Courbes de réponse de chaque variable climatique dans le modèle d’ensemble.

96.3 Projections

96.3.1 Distribution potentielle contemporaine

Contemporaine : Cartographie des observations sur couches climatiques Extraction des conditions climatiques favorables


-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-= BIOMOD.projection.out -=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=

Projection directory : Output/ulpu/current


sp.name : ulpu

expl.var.names : temp_max_august temp_min temp_wet_quart temp_season 
prec_wet_quart prec_season


modeling.id : AllModels ( Output/ulpu/ulpu.AllModels.models.out )

models.projected : 
ulpu_PA1_RUN1_GAM, ulpu_PA1_RUN1_MARS, ulpu_PA1_RUN1_MAXNET, ulpu_PA1_RUN1_GBM, ulpu_PA1_RUN1_ANN, ulpu_PA1_RUN1_RF, ulpu_PA2_RUN1_GAM, ulpu_PA2_RUN1_MARS, ulpu_PA2_RUN1_MAXNET, ulpu_PA2_RUN1_GBM, ulpu_PA2_RUN1_ANN, ulpu_PA2_RUN1_RF, ulpu_PA3_RUN1_GAM, ulpu_PA3_RUN1_MARS, ulpu_PA3_RUN1_MAXNET, ulpu_PA3_RUN1_GBM, ulpu_PA3_RUN1_ANN, ulpu_PA3_RUN1_RF

available binary projection : TSS, ROC

available filtered projection : TSS, ROC

-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=
Projection de la distribution potentielle contemporaine sur l'Europe, selon les 6 algorithmes et les 3 runs.

Figure 96.14: Projection de la distribution potentielle contemporaine sur l’Europe, selon les 6 algorithmes et les 3 runs.

Projection de la distribution potentielle contemporaine sur l'Europe, selon les 6 algorithmes et les 3 runs.

Figure 96.15: Projection de la distribution potentielle contemporaine sur l’Europe, selon les 6 algorithmes et les 3 runs.


-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-= BIOMOD.projection.out -=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=

Projection directory : Output/ulpu/current


sp.name : ulpu

expl.var.names : temp_max_august temp_min temp_wet_quart temp_season 
prec_wet_quart prec_season


modeling.id : AllModels ( Output/ulpu/ulpu.AllModels.ensemble.models.out )

models.projected : ulpu_EMwmeanByTSS_mergedData_mergedRun_mergedAlgo

-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=
A) Projection de la distribution potentielle contemporaine (modèle d'ensemble) ; B) Incertitude associée à la projection.

Figure 96.16: A) Projection de la distribution potentielle contemporaine (modèle d’ensemble) ; B) Incertitude associée à la projection.

96.3.2 Interpolation à l’échelle de la métropole

  • → conditions climatiques favorables à fine échelle

On projette la niche climatique sur ce raster à fine échelle.


-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-= BIOMOD.projection.out -=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=

Projection directory : Output/ulpu/cont_gre


sp.name : ulpu

expl.var.names : temp_max_august temp_min temp_wet_quart temp_season 
prec_wet_quart prec_season


modeling.id : AllModels ( Output/ulpu/ulpu.AllModels.models.out )

models.projected : 
ulpu_PA1_RUN1_GAM, ulpu_PA1_RUN1_MARS, ulpu_PA1_RUN1_MAXNET, ulpu_PA1_RUN1_GBM, ulpu_PA1_RUN1_ANN, ulpu_PA1_RUN1_RF, ulpu_PA2_RUN1_GAM, ulpu_PA2_RUN1_MARS, ulpu_PA2_RUN1_MAXNET, ulpu_PA2_RUN1_GBM, ulpu_PA2_RUN1_ANN, ulpu_PA2_RUN1_RF, ulpu_PA3_RUN1_GAM, ulpu_PA3_RUN1_MARS, ulpu_PA3_RUN1_MAXNET, ulpu_PA3_RUN1_GBM, ulpu_PA3_RUN1_ANN, ulpu_PA3_RUN1_RF

available binary projection : TSS, ROC

available filtered projection : TSS, ROC

-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=
Projection de la distribution potentielle contemporaine sur la métropole de Grenoble, selon les 6 algorithmes et les 3 runs.

Figure 96.17: Projection de la distribution potentielle contemporaine sur la métropole de Grenoble, selon les 6 algorithmes et les 3 runs.

Projection de la distribution potentielle contemporaine sur la métropole de Grenoble, selon les 6 algorithmes et les 3 runs.

Figure 96.18: Projection de la distribution potentielle contemporaine sur la métropole de Grenoble, selon les 6 algorithmes et les 3 runs.


-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-= BIOMOD.projection.out -=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=

Projection directory : Output/ulpu/cont_gre


sp.name : ulpu

expl.var.names : temp_max_august temp_min temp_wet_quart temp_season 
prec_wet_quart prec_season


modeling.id : AllModels ( Output/ulpu/ulpu.AllModels.ensemble.models.out )

models.projected : ulpu_EMwmeanByTSS_mergedData_mergedRun_mergedAlgo

-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=
A) Projection de la distribution potentielle contemporaine (modèle d'ensemble) sur la métropole de Grenoble ; B) Incertitude associée à la projection.

Figure 96.19: A) Projection de la distribution potentielle contemporaine (modèle d’ensemble) sur la métropole de Grenoble ; B) Incertitude associée à la projection.

96.3.3 Distributions potentielles futures

Futur : Projection à l’échelle de l’Europe jusqu’à l’horizon 2100

Toutes les fenêtres temporelles × scénarios pour le GCM « IPSL-CM6A-LR »

  1. SSP1-2.6
Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP1-2.6 (modèle d'ensemble).Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP1-2.6 (modèle d'ensemble).Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP1-2.6 (modèle d'ensemble).Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP1-2.6 (modèle d'ensemble).Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP1-2.6 (modèle d'ensemble).

Figure 96.20: Projection des distributions potentielles futures jusqu’à l’horizon 2100 sous le scénario SSP1-2.6 (modèle d’ensemble).

On obtient pour la métrique TSS une carte unique de moyenne pondérée sur les algorithmes et sur les jeux de pseudo-absences.

  1. SSP2-4.5
Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP2-4.5 (modèle d'ensemble).Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP2-4.5 (modèle d'ensemble).Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP2-4.5 (modèle d'ensemble).Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP2-4.5 (modèle d'ensemble).Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP2-4.5 (modèle d'ensemble).

Figure 96.21: Projection des distributions potentielles futures jusqu’à l’horizon 2100 sous le scénario SSP2-4.5 (modèle d’ensemble).

  1. SSP3-7.0
Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP3-7.0 (modèle d'ensemble).Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP3-7.0 (modèle d'ensemble).Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP3-7.0 (modèle d'ensemble).Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP3-7.0 (modèle d'ensemble).Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP3-7.0 (modèle d'ensemble).

Figure 96.22: Projection des distributions potentielles futures jusqu’à l’horizon 2100 sous le scénario SSP3-7.0 (modèle d’ensemble).

  1. SSP5-8.5
Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble).Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble).Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble).Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble).Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble).

Figure 96.23: Projection des distributions potentielles futures jusqu’à l’horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d’ensemble).

96.4 Inférence à l’échelle de la métropole

  • Croisement avec températures de surface 2019 (fournie par la métropole)
  • → conditions climatiques favorables à fine échelle
  • à peu près 7 pixels × 9 (WorldClim)

96.4.1 Distributions potentielles futures

Même chose que précédemment mais sur les rasters de Grenoble

  1. SSP1-2.6
Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).

Figure 96.24: Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu’à l’horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d’ensemble, GCM IPSL).

  1. SSP2-4.5
Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).

Figure 96.25: Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu’à l’horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d’ensemble, GCM IPSL).

  1. SSP3-7.0
Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).

Figure 96.26: Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu’à l’horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d’ensemble, GCM IPSL).

  1. SSP5-8.5
Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).

Figure 96.27: Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu’à l’horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d’ensemble, GCM IPSL).

96.4.2 Évolution temporelle

# A tibble: 17 × 8
   min         q1          median      mean        q3          max   ssp    year
   <table[1d]> <table[1d]> <table[1d]> <table[1d]> <table[1d]> <tab> <fct> <dbl>
 1  2          106         200         211.4990    322         446   0      2000
 2 16          202         290         259.6632    328         434   126    2040
 3 36          214         294         266.9634    330         428   126    2060
 4 28          218         278         261.3012    328         418   126    2080
 5 24          208         280         260.1364    334         424   126    2100
 6 22          208         278         259.8449    322         418   245    2040
 7 40          214         278         262.5611    324         428   245    2060
 8 54          232         256         265.6753    314         422   245    2080
 9 44          216         238         239.8356    262         420   245    2100
10 36          198         286         256.0096    322         430   370    2040
11 38          222         274         269.0063    332         412   370    2060
12 64          206         234         241.9712    266         442   370    2080
13 52          216         234         234.7665    258         406   370    2100
14 24          206         276         254.1068    322         414   585    2040
15 48          222         248         247.7372    276         396   585    2060
16 28          232         250         246.5734    266         462   585    2080
17 94          234         254         253.3769    268         448   585    2100
Évolution de la favorabilité climatique au cours du XXIème siècle. Le point représente la médiane sur l'étendue de la métropole (i.e. tous les pixels de la carte) ; le trait gras représente 50 % des données intermédiaires (espace inter-quartile) ; le trait fin représente le reste des données du minimum au maximum.

Figure 96.28: Évolution de la favorabilité climatique au cours du XXIème siècle. Le point représente la médiane sur l’étendue de la métropole (i.e. tous les pixels de la carte) ; le trait gras représente 50 % des données intermédiaires (espace inter-quartile) ; le trait fin représente le reste des données du minimum au maximum.