286 Quillaja saponaria

286.1 Données d’occurrences GBIF

Collecte des données du GBIF :

<<gbif download metadata>>
  Status: SUCCEEDED
  DOI: 10.15468/dl.4396ta
  Format: SIMPLE_CSV
  Download key: 0018303-230828120925497
  Created: 2023-09-16T09:28:05.536+00:00
  Modified: 2023-09-16T09:28:50.387+00:00
  Download link: https://api.gbif.org/v1/occurrence/download/request/0018303-230828120925497.zip
  Total records: 620

Conversion en objets géographiques (format Simple feature de sf) et exploration rapide des données (classe du jeu de données et premières lignes du tableau) :

Simple feature collection with 620 features and 50 fields
Attribute-geometry relationships: constant (50)
Geometry type: POINT
Dimension:     XY
Bounding box:  xmin: -122.25 ymin: -43.53152 xmax: 174.7667 ymax: 63.434
Geodetic CRS:  WGS 84
# A tibble: 620 × 51
      gbifID datasetKey     occurrenceID kingdom phylum class order family genus
 *   <int64> <chr>          <chr>        <chr>   <chr>  <chr> <chr> <chr>  <chr>
 1 890161914 bf2a4bf0-5f31… http://data… Plantae Trach… Magn… Faba… Quill… Quil…
 2 575328105 bf2a4bf0-5f31… http://data… Plantae Trach… Magn… Faba… Quill… Quil…
 3 575092121 bf2a4bf0-5f31… http://data… Plantae Trach… Magn… Faba… Quill… Quil…
 4 575082172 bf2a4bf0-5f31… http://data… Plantae Trach… Magn… Faba… Quill… Quil…
 5 575065913 bf2a4bf0-5f31… http://data… Plantae Trach… Magn… Faba… Quill… Quil…
 6 574971382 bf2a4bf0-5f31… http://data… Plantae Trach… Magn… Faba… Quill… Quil…
 7 574955943 bf2a4bf0-5f31… http://data… Plantae Trach… Magn… Faba… Quill… Quil…
 8 574902123 bf2a4bf0-5f31… http://data… Plantae Trach… Magn… Faba… Quill… Quil…
 9 574857762 bf2a4bf0-5f31… http://data… Plantae Trach… Magn… Faba… Quill… Quil…
10 574838763 bf2a4bf0-5f31… http://data… Plantae Trach… Magn… Faba… Quill… Quil…
# ℹ 610 more rows
# ℹ 42 more variables: species <chr>, infraspecificEpithet <lgl>,
#   taxonRank <chr>, scientificName <chr>, verbatimScientificName <chr>,
#   verbatimScientificNameAuthorship <chr>, countryCode <chr>, locality <chr>,
#   stateProvince <chr>, occurrenceStatus <chr>, individualCount <int>,
#   publishingOrgKey <chr>, decimalLatitude <dbl>, decimalLongitude <dbl>,
#   coordinateUncertaintyInMeters <dbl>, coordinatePrecision <dbl>, …

Il y a 620 occurrences dans le jeu de données. On les affiche sur la carte du monde :

Figure 286.1: Occurrences de Quillaja saponaria dans le monde.

286.1.1 Données par région

On évalue la proportion d’occurrences dans chaque région, en utilisant les 3 masques créés précédemment. Si on a au moins 50 % des occurrences dans une région, on peut continuer en travaillant uniquement sur ces données. Sinon, on vérifie qu’au moins 67 % des données tombent dans l’ensemble des régions, et on prend la région la plus représentée. Au final, s’il s’agit d’une espèce endémique d’Europe, on n’a pas besoin de manipulation supplémentaire.

[1] 0.00483871

[1] 0.01129032

[1] 0

Espèce non endémique