46 Prunus spinosa

46.1 Données d’occurrences GBIF

Collecte des données du GBIF :

<<gbif download metadata>>
  Status: SUCCEEDED
  DOI: 10.15468/dl.by4par
  Format: SIMPLE_CSV
  Download key: 0232182-230224095556074
  Created: 2023-05-11T08:03:36.983+00:00
  Modified: 2023-05-11T08:10:30.405+00:00
  Download link: https://api.gbif.org/v1/occurrence/download/request/0232182-230224095556074.zip
  Total records: 473866

Conversion en objets géographiques (format Simple feature de sf) et exploration rapide des données (classe du jeu de données et premières lignes du tableau) :

Simple feature collection with 473866 features and 50 fields
Attribute-geometry relationship: 50 constant, 0 aggregate, 0 identity
Geometry type: POINT
Dimension:     XY
Bounding box:  xmin: -124.15 ymin: -43.586 xmax: 172.089 ymax: 66.511139
Geodetic CRS:  WGS 84
# A tibble: 473,866 × 51
    gbifID datasetKey occurrenceID kingdom phylum class order family genus species infraspecificEpithet
 * <int64> <chr>      <chr>        <chr>   <chr>  <chr> <chr> <chr>  <chr> <chr>   <chr>               
 1    3.e9 1cd10854-… EHS00001000… Plantae Trach… Magn… Rosa… Rosac… Prun… Prunus… ""                  
 2    3.e9 1cd10854-… EHS00001000… Plantae Trach… Magn… Rosa… Rosac… Prun… Prunus… ""                  
 3    3.e9 1cd10854-… EHS00001000… Plantae Trach… Magn… Rosa… Rosac… Prun… Prunus… ""                  
 4    3.e9 1cd10854-… EHS00001000… Plantae Trach… Magn… Rosa… Rosac… Prun… Prunus… ""                  
 5    3.e9 1cd10854-… EHS00001000… Plantae Trach… Magn… Rosa… Rosac… Prun… Prunus… ""                  
 6    3.e9 1cd10854-… EHS00001000… Plantae Trach… Magn… Rosa… Rosac… Prun… Prunus… ""                  
 7    3.e9 1cd10854-… EHS00001000… Plantae Trach… Magn… Rosa… Rosac… Prun… Prunus… ""                  
 8    3.e9 1cd10854-… EHS00001000… Plantae Trach… Magn… Rosa… Rosac… Prun… Prunus… ""                  
 9    3.e9 1cd10854-… EHS00001000… Plantae Trach… Magn… Rosa… Rosac… Prun… Prunus… ""                  
10    3.e9 1cd10854-… EHS00001000… Plantae Trach… Magn… Rosa… Rosac… Prun… Prunus… ""                  
# ℹ 473,856 more rows
# ℹ 40 more variables: taxonRank <chr>, scientificName <chr>, verbatimScientificName <chr>,
#   verbatimScientificNameAuthorship <chr>, countryCode <chr>, locality <chr>, stateProvince <chr>,
#   occurrenceStatus <chr>, individualCount <int>, publishingOrgKey <chr>, decimalLatitude <dbl>,
#   decimalLongitude <dbl>, coordinateUncertaintyInMeters <dbl>, coordinatePrecision <dbl>,
#   elevation <dbl>, elevationAccuracy <dbl>, depth <dbl>, depthAccuracy <dbl>, eventDate <dttm>,
#   day <int>, month <int>, year <int>, taxonKey <int>, speciesKey <int>, basisOfRecord <chr>, …

Il y a 473 866 occurrences dans le jeu de données. On les affiche sur la carte du monde :

Occurrences de Prunus spinosa dans le monde.

Figure 46.1: Occurrences de Prunus spinosa dans le monde.

46.1.1 Données par région

On évalue la proportion d’occurrences dans chaque région, en utilisant les 3 masques créés précédemment. Si on a au moins 50 % des occurrences dans une région, on peut continuer en travaillant uniquement sur ces données. Sinon, on vérifie qu’au moins 67 % des données tombent dans l’ensemble des régions, et on prend la région la plus représentée. Au final, s’il s’agit d’une espèce endémique d’Europe, on n’a pas besoin de manipulation supplémentaire.

[1] 0.9988182313
[1] 0.0002046992188
[1] 1.477210857e-05

Espèce endémique d’Europe

Occurrence de Prunus spinosa dans la région d'endémisme.

Figure 46.2: Occurrence de Prunus spinosa dans la région d’endémisme.

46.1.2 Licences

On s’intéresse ici au problème particulier des licences :


   CC_BY_4_0 CC_BY_NC_4_0      CC0_1_0 
      356244        86518        30544 
[1] 81.72049372
Occurrence de Prunus spinosa dans la région d'endémisme, selon la licence : CC BY-NC en bleu ; CC0 et CC BY en orange.

Figure 46.3: Occurrence de Prunus spinosa dans la région d’endémisme, selon la licence : CC BY-NC en bleu ; CC0 et CC BY en orange.

Idéalement, on aimerait avoir au moins 50 % de données vraiment libres d’utilisation (c’est-à-dire sans la clause -NC). On continue en supprimant les données en CC BY-NC.

[1] 386788

46.1.3 Sous-échantillonnage

Si le jeu de données contient 25 000 occurrences ou plus, on procède au sous-échantillonnage aléatoire pour en conserver un maximum de 25 000.

Simple feature collection with 25000 features and 50 fields
Attribute-geometry relationship: 50 constant, 0 aggregate, 0 identity
Geometry type: POINT
Dimension:     XY
Bounding box:  xmin: -9.816202 ymin: 36.74934 xmax: 46.6339 ymax: 60.57402
Geodetic CRS:  WGS 84
# A tibble: 25,000 × 51
    gbifID datasetKey occurrenceID kingdom phylum class order family genus species infraspecificEpithet
   <int64> <chr>      <chr>        <chr>   <chr>  <chr> <chr> <chr>  <chr> <chr>   <chr>               
 1    3.e9 83fdfd3d-… INFOFLORA-T… Plantae Trach… Magn… Rosa… Rosac… Prun… Prunus… ""                  
 2    8 e8 271c444f-… INBO:FLORA:… Plantae Trach… Magn… Rosa… Rosac… Prun… Prunus… ""                  
 3    2 e9 14d5676a-… q-101443792… Plantae Trach… Magn… Rosa… Rosac… Prun… Prunus… ""                  
 4    9 e8 38b4c89f-… urn:lsid:ar… Plantae Trach… Magn… Rosa… Rosac… Prun… Prunus… ""                  
 5    3.e9 2f96ab0b-… 5b5af95a-c2… Plantae Trach… Magn… Rosa… Rosac… Prun… Prunus… ""                  
 6    2 e9 bfc6fe18-… Natuurpunt:… Plantae Trach… Magn… Rosa… Rosac… Prun… Prunus… ""                  
 7    1 e9 75956ee6-… http://digi… Plantae Trach… Magn… Rosa… Rosac… Prun… Prunus… ""                  
 8    2 e9 dd238f50-… cde81549-2d… Plantae Trach… Magn… Rosa… Rosac… Prun… Prunus… ""                  
 9    2 e9 67fabcac-… 5461035      Plantae Trach… Magn… Rosa… Rosac… Prun… Prunus… ""                  
10    2 e9 0d8cc344-… 0a4274e8-8d… Plantae Trach… Magn… Rosa… Rosac… Prun… Prunus… ""                  
# ℹ 24,990 more rows
# ℹ 40 more variables: taxonRank <chr>, scientificName <chr>, verbatimScientificName <chr>,
#   verbatimScientificNameAuthorship <chr>, countryCode <chr>, locality <chr>, stateProvince <chr>,
#   occurrenceStatus <chr>, individualCount <int>, publishingOrgKey <chr>, decimalLatitude <dbl>,
#   decimalLongitude <dbl>, coordinateUncertaintyInMeters <dbl>, coordinatePrecision <dbl>,
#   elevation <dbl>, elevationAccuracy <dbl>, depth <dbl>, depthAccuracy <dbl>, eventDate <dttm>,
#   day <int>, month <int>, year <int>, taxonKey <int>, speciesKey <int>, basisOfRecord <chr>, …

46.1.4 Carte finale

On prépare la carte finale des occurrences :

Occurrence de Prunus spinosa dans la région d'endémisme après sous-échantillonnage éventuel.

Figure 46.4: Occurrence de Prunus spinosa dans la région d’endémisme après sous-échantillonnage éventuel.

46.2 Modélisation de la niche climatique

46.2.1 Préparer les données

Organisation des données d’entrées (occurrences et données environnementales) et des données produites de pseudo-absences :

 class       : SpatVector 
 geometry    : points 
 dimensions  : 25000, 0  (geometries, attributes)
 extent      : -9.816202, 46.6339, 36.74934, 60.57402  (xmin, xmax, ymin, ymax)
 coord. ref. : lon/lat WGS 84 (EPSG:4326) 

-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-= prsp Data Formating -=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=

      ! Response variable is considered as only presences... Is it really what you want?
      ! No data has been set aside for modeling evaluation
 !!! Some data are located in the same raster cell. 
          Please set `filter.raster = TRUE` if you want an automatic filtering.

Checking Pseudo-absence selection arguments...

   > random pseudo absences selection
   > Pseudo absences are selected in explanatory variables
 ! Some NAs have been automatically removed from your data
 !!! Some data are located in the same raster cell. 
          Please set `filter.raster = TRUE` if you want an automatic filtering.
-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-= Done -=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=

-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-= BIOMOD.formated.data -=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=

dir.name =  Output

sp.name =  prsp

     24956 presences,  0 true absences and  72886 undefined points in dataset


     6 explanatory variables

 temp_max_august    temp_min       temp_wet_quart    temp_season    
 Min.   : 3.92   Min.   :-22.104   Min.   :-9.411   Min.   : 226.1  
 1st Qu.:20.46   1st Qu.: -8.804   1st Qu.: 8.371   1st Qu.: 603.3  
 Median :23.66   Median : -2.788   Median :12.741   Median : 721.6  
 Mean   :24.91   Mean   : -4.020   Mean   :12.136   Mean   : 750.8  
 3rd Qu.:28.01   3rd Qu.:  1.000   3rd Qu.:16.118   3rd Qu.: 896.6  
 Max.   :45.72   Max.   : 12.132   Max.   :26.027   Max.   :1385.6  
 prec_wet_quart    prec_season     
 Min.   :   3.0   Min.   :  6.315  
 1st Qu.: 175.0   1st Qu.: 20.600  
 Median : 215.0   Median : 30.505  
 Mean   : 217.1   Mean   : 34.435  
 3rd Qu.: 251.0   3rd Qu.: 39.354  
 Max.   :1264.0   Max.   :123.127  

-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=

On visualise les pseudo-absences :

Les données d'occurrences (en haut à gauche) et les trois jeux de données aléatoires de pseudo-absences.

Figure 46.5: Les données d’occurrences (en haut à gauche) et les trois jeux de données aléatoires de pseudo-absences.

$data.vect
 class       : SpatVector 
 geometry    : points 
 dimensions  : 174824, 2  (geometries, attributes)
 extent      : -10.47917, 46.97917, 29.02083, 70.97917  (xmin, xmax, ymin, ymax)
 coord. ref. :  
 names       :  resp         dataset
 type        : <num>           <chr>
 values      :    10 Initial dataset
                  10 Initial dataset
                  10 Initial dataset

$data.label
                              9                              10 
                "**Presences**"       "Presences (calibration)" 
                             11                              12 
       "Presences (validation)"        "Presences (evaluation)" 
                             19                              20 
            "**True Absences**"   "True Absences (calibration)" 
                             21                              22 
   "True Absences (validation)"    "True Absences (evaluation)" 
                             29                              30 
          "**Pseudo-Absences**" "Pseudo-Absences (calibration)" 
                             31                               1 
 "Pseudo-Absences (validation)"                    "Background" 

$data.plot
Les données d'occurrences (en haut à gauche) et les trois jeux de données aléatoires de pseudo-absences.

Figure 46.6: Les données d’occurrences (en haut à gauche) et les trois jeux de données aléatoires de pseudo-absences.

46.2.2 Modèles individuels de niche


-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-= Build Single Models -=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=


Checking Models arguments...

Creating suitable Workdir...

            ! Weights where automatically defined for prsp_PA1 to rise a 0.5 prevalence !
            ! Weights where automatically defined for prsp_PA2 to rise a 0.5 prevalence !
            ! Weights where automatically defined for prsp_PA3 to rise a 0.5 prevalence !


-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-= prsp Modeling Summary -=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=

 6  environmental variables ( temp_max_august temp_min temp_wet_quart temp_season prec_wet_quart prec_season )
Number of evaluation repetitions : 1
Models selected : GAM MARS MAXNET GBM ANN RF 

Total number of model runs: 18 

-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=


-=-=-=- Run :  prsp_PA1 


-=-=-=--=-=-=- prsp_PA1_RUN1 


-=-=-=- Run :  prsp_PA2 


-=-=-=--=-=-=- prsp_PA2_RUN1 


-=-=-=- Run :  prsp_PA3 


-=-=-=--=-=-=- prsp_PA3_RUN1 

-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-= Done -=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=

46.2.2.1 Évaluation de la performance

             full.name  PA  run   algo metric.eval cutoff sensitivity
1    prsp_PA1_RUN1_GAM PA1 RUN1    GAM         TSS  657.0      95.978
2    prsp_PA1_RUN1_GAM PA1 RUN1    GAM         ROC  658.5      95.928
3   prsp_PA1_RUN1_MARS PA1 RUN1   MARS         TSS  579.0      94.360
4   prsp_PA1_RUN1_MARS PA1 RUN1   MARS         ROC  576.0      94.390
5 prsp_PA1_RUN1_MAXNET PA1 RUN1 MAXNET         TSS  353.0      95.397
6 prsp_PA1_RUN1_MAXNET PA1 RUN1 MAXNET         ROC  353.5      95.352
  specificity calibration validation evaluation
1      69.480       0.654      0.659         NA
2      69.545       0.812      0.817         NA
3      88.185       0.825      0.828         NA
4      88.155       0.951      0.951         NA
5      86.430       0.819      0.823         NA
6      86.510       0.951      0.952         NA
Évaluation de la performance des modèles individuels : True Skill Statistic & aire sous la courbe de ROC.

Figure 46.7: Évaluation de la performance des modèles individuels : True Skill Statistic & aire sous la courbe de ROC.

46.2.2.2 Importance des variables environnementales

          full.name  PA  run algo        expl.var rand  var.imp
1 prsp_PA1_RUN1_GAM PA1 RUN1  GAM temp_max_august    1 0.219220
2 prsp_PA1_RUN1_GAM PA1 RUN1  GAM        temp_min    1 0.106233
3 prsp_PA1_RUN1_GAM PA1 RUN1  GAM  temp_wet_quart    1 0.016172
4 prsp_PA1_RUN1_GAM PA1 RUN1  GAM     temp_season    1 0.594164
5 prsp_PA1_RUN1_GAM PA1 RUN1  GAM  prec_wet_quart    1 0.002713
6 prsp_PA1_RUN1_GAM PA1 RUN1  GAM     prec_season    1 0.026970
Pourcentage de variance expliquée pour chaque variable, décomposé par algorithme.

Figure 46.8: Pourcentage de variance expliquée pour chaque variable, décomposé par algorithme.

Pourcentage de variance expliquée pour chaque variable, décomposé par variable.

Figure 46.9: Pourcentage de variance expliquée pour chaque variable, décomposé par variable.

46.2.2.3 Courbes de réponses

Courbes de réponse de chaque variable climatique selon l'algorithme (en couleurs).

Figure 46.10: Courbes de réponse de chaque variable climatique selon l’algorithme (en couleurs).

46.2.3 Modèles d’ensemble de niche

Seulement modèles avec TSS > 0.8


-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-= BIOMOD.ensemble.models.out -=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=

sp.name : prsp

expl.var.names : temp_max_august temp_min temp_wet_quart temp_season 
prec_wet_quart prec_season


models computed: 
prsp_EMcvByTSS_mergedData_mergedRun_mergedAlgo, prsp_EMwmeanByTSS_mergedData_mergedRun_mergedAlgo

models failed: none

-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=

46.2.3.1 Évaluation de la qualité

                                          full.name merged.by.PA merged.by.run
1 prsp_EMwmeanByTSS_mergedData_mergedRun_mergedAlgo   mergedData     mergedRun
2 prsp_EMwmeanByTSS_mergedData_mergedRun_mergedAlgo   mergedData     mergedRun
  merged.by.algo filtered.by    algo metric.eval cutoff sensitivity specificity
1     mergedAlgo         TSS EMwmean         TSS  555.0      95.340      90.842
2     mergedAlgo         TSS EMwmean         ROC  580.5      94.795      91.393
  calibration validation evaluation
1       0.862         NA         NA
2       0.984         NA         NA
Évaluation de la qualité du modèle d'ensemble : Aire sous la courbe de ROC & True Skill Statistic.

Figure 46.11: Évaluation de la qualité du modèle d’ensemble : Aire sous la courbe de ROC & True Skill Statistic.

                                       full.name merged.by.PA merged.by.run
1 prsp_EMcvByTSS_mergedData_mergedRun_mergedAlgo   mergedData     mergedRun
2 prsp_EMcvByTSS_mergedData_mergedRun_mergedAlgo   mergedData     mergedRun
3 prsp_EMcvByTSS_mergedData_mergedRun_mergedAlgo   mergedData     mergedRun
4 prsp_EMcvByTSS_mergedData_mergedRun_mergedAlgo   mergedData     mergedRun
5 prsp_EMcvByTSS_mergedData_mergedRun_mergedAlgo   mergedData     mergedRun
6 prsp_EMcvByTSS_mergedData_mergedRun_mergedAlgo   mergedData     mergedRun
  merged.by.algo filtered.by algo        expl.var rand  var.imp
1     mergedAlgo         TSS EMcv temp_max_august    1 0.151750
2     mergedAlgo         TSS EMcv        temp_min    1 0.132865
3     mergedAlgo         TSS EMcv  temp_wet_quart    1 0.033454
4     mergedAlgo         TSS EMcv     temp_season    1 0.261310
5     mergedAlgo         TSS EMcv  prec_wet_quart    1 0.077434
6     mergedAlgo         TSS EMcv     prec_season    1 0.177393

Par variable :

Pourcentage de variance expliquée par variable dans le modèle d'ensemble.

Figure 46.12: Pourcentage de variance expliquée par variable dans le modèle d’ensemble.

Courbes de réponse de chaque variable climatique dans le modèle d'ensemble.

Figure 46.13: Courbes de réponse de chaque variable climatique dans le modèle d’ensemble.

46.3 Projections

46.3.1 Distribution potentielle contemporaine

Contemporaine : Cartographie des observations sur couches climatiques Extraction des conditions climatiques favorables


-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-= BIOMOD.projection.out -=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=

Projection directory : Output/prsp/current


sp.name : prsp

expl.var.names : temp_max_august temp_min temp_wet_quart temp_season 
prec_wet_quart prec_season


modeling.id : AllModels ( Output/prsp/prsp.AllModels.models.out )

models.projected : 
prsp_PA1_RUN1_GAM, prsp_PA1_RUN1_MARS, prsp_PA1_RUN1_MAXNET, prsp_PA1_RUN1_GBM, prsp_PA1_RUN1_RF, prsp_PA2_RUN1_GAM, prsp_PA2_RUN1_MARS, prsp_PA2_RUN1_MAXNET, prsp_PA2_RUN1_GBM, prsp_PA2_RUN1_ANN, prsp_PA2_RUN1_RF, prsp_PA3_RUN1_GAM, prsp_PA3_RUN1_MARS, prsp_PA3_RUN1_MAXNET, prsp_PA3_RUN1_GBM, prsp_PA3_RUN1_RF

available binary projection : TSS, ROC

available filtered projection : TSS, ROC

-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=
Projection de la distribution potentielle contemporaine sur l'Europe, selon les 6 algorithmes et les 3 runs.

Figure 46.14: Projection de la distribution potentielle contemporaine sur l’Europe, selon les 6 algorithmes et les 3 runs.

Projection de la distribution potentielle contemporaine sur l'Europe, selon les 6 algorithmes et les 3 runs.

Figure 46.15: Projection de la distribution potentielle contemporaine sur l’Europe, selon les 6 algorithmes et les 3 runs.


-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-= BIOMOD.projection.out -=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=

Projection directory : Output/prsp/current


sp.name : prsp

expl.var.names : temp_max_august temp_min temp_wet_quart temp_season 
prec_wet_quart prec_season


modeling.id : AllModels ( Output/prsp/prsp.AllModels.ensemble.models.out )

models.projected : 
prsp_EMcvByTSS_mergedData_mergedRun_mergedAlgo, prsp_EMwmeanByTSS_mergedData_mergedRun_mergedAlgo

-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=
A) Projection de la distribution potentielle contemporaine (modèle d'ensemble) ; B) Incertitude associée à la projection.

Figure 46.16: A) Projection de la distribution potentielle contemporaine (modèle d’ensemble) ; B) Incertitude associée à la projection.

46.3.2 Interpolation à l’échelle de la métropole

  • → conditions climatiques favorables à fine échelle

On projette la niche climatique sur ce raster à fine échelle.


-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-= BIOMOD.projection.out -=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=

Projection directory : Output/prsp/cont_gre


sp.name : prsp

expl.var.names : temp_max_august temp_min temp_wet_quart temp_season 
prec_wet_quart prec_season


modeling.id : AllModels ( Output/prsp/prsp.AllModels.models.out )

models.projected : 
prsp_PA1_RUN1_GAM, prsp_PA1_RUN1_MARS, prsp_PA1_RUN1_MAXNET, prsp_PA1_RUN1_GBM, prsp_PA1_RUN1_RF, prsp_PA2_RUN1_GAM, prsp_PA2_RUN1_MARS, prsp_PA2_RUN1_MAXNET, prsp_PA2_RUN1_GBM, prsp_PA2_RUN1_ANN, prsp_PA2_RUN1_RF, prsp_PA3_RUN1_GAM, prsp_PA3_RUN1_MARS, prsp_PA3_RUN1_MAXNET, prsp_PA3_RUN1_GBM, prsp_PA3_RUN1_RF

available binary projection : TSS, ROC

available filtered projection : TSS, ROC

-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=
Projection de la distribution potentielle contemporaine sur la métropole de Grenoble, selon les 6 algorithmes et les 3 runs.

Figure 46.17: Projection de la distribution potentielle contemporaine sur la métropole de Grenoble, selon les 6 algorithmes et les 3 runs.

Projection de la distribution potentielle contemporaine sur la métropole de Grenoble, selon les 6 algorithmes et les 3 runs.

Figure 46.18: Projection de la distribution potentielle contemporaine sur la métropole de Grenoble, selon les 6 algorithmes et les 3 runs.


-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-= BIOMOD.projection.out -=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=

Projection directory : Output/prsp/cont_gre


sp.name : prsp

expl.var.names : temp_max_august temp_min temp_wet_quart temp_season 
prec_wet_quart prec_season


modeling.id : AllModels ( Output/prsp/prsp.AllModels.ensemble.models.out )

models.projected : 
prsp_EMcvByTSS_mergedData_mergedRun_mergedAlgo, prsp_EMwmeanByTSS_mergedData_mergedRun_mergedAlgo

-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=
A) Projection de la distribution potentielle contemporaine (modèle d'ensemble) sur la métropole de Grenoble ; B) Incertitude associée à la projection.

Figure 46.19: A) Projection de la distribution potentielle contemporaine (modèle d’ensemble) sur la métropole de Grenoble ; B) Incertitude associée à la projection.

46.3.3 Distributions potentielles futures

Futur : Projection à l’échelle de l’Europe jusqu’à l’horizon 2100

Toutes les fenêtres temporelles × scénarios pour le GCM « IPSL-CM6A-LR »

  1. SSP1-2.6
Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP1-2.6 (modèle d'ensemble).Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP1-2.6 (modèle d'ensemble).Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP1-2.6 (modèle d'ensemble).Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP1-2.6 (modèle d'ensemble).Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP1-2.6 (modèle d'ensemble).

Figure 46.20: Projection des distributions potentielles futures jusqu’à l’horizon 2100 sous le scénario SSP1-2.6 (modèle d’ensemble).

On obtient pour la métrique TSS une carte unique de moyenne pondérée sur les algorithmes et sur les jeux de pseudo-absences.

  1. SSP2-4.5
Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP2-4.5 (modèle d'ensemble).Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP2-4.5 (modèle d'ensemble).Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP2-4.5 (modèle d'ensemble).Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP2-4.5 (modèle d'ensemble).Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP2-4.5 (modèle d'ensemble).

Figure 46.21: Projection des distributions potentielles futures jusqu’à l’horizon 2100 sous le scénario SSP2-4.5 (modèle d’ensemble).

  1. SSP3-7.0
Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP3-7.0 (modèle d'ensemble).Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP3-7.0 (modèle d'ensemble).Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP3-7.0 (modèle d'ensemble).Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP3-7.0 (modèle d'ensemble).Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP3-7.0 (modèle d'ensemble).

Figure 46.22: Projection des distributions potentielles futures jusqu’à l’horizon 2100 sous le scénario SSP3-7.0 (modèle d’ensemble).

  1. SSP5-8.5
Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble).Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble).Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble).Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble).Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble).

Figure 46.23: Projection des distributions potentielles futures jusqu’à l’horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d’ensemble).

46.4 Inférence à l’échelle de la métropole

  • Croisement avec températures de surface 2019 (fournie par la métropole)
  • → conditions climatiques favorables à fine échelle
  • à peu près 7 pixels × 9 (WorldClim)

46.4.1 Distributions potentielles futures

Même chose que précédemment mais sur les rasters de Grenoble

  1. SSP1-2.6
Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).

Figure 46.24: Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu’à l’horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d’ensemble, GCM IPSL).

  1. SSP2-4.5
Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).

Figure 46.25: Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu’à l’horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d’ensemble, GCM IPSL).

  1. SSP3-7.0
Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).

Figure 46.26: Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu’à l’horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d’ensemble, GCM IPSL).

  1. SSP5-8.5
Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).

Figure 46.27: Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu’à l’horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d’ensemble, GCM IPSL).

46.4.2 Évolution temporelle

# A tibble: 17 × 8
   min         q1          median      mean        q3          max   ssp    year
   <table[1d]> <table[1d]> <table[1d]> <table[1d]> <table[1d]> <tab> <fct> <dbl>
 1 312         632         772         714.2009    800         843   0      2000
 2 236         506         705         634.1216    763         841   126    2040
 3 212         471         633         594.0703    732         829   126    2060
 4 219         480         645         601.6388    728         823   126    2080
 5 269         488         661         608.5252    729         823   126    2100
 6 233         498         694         630.2885    771         837   245    2040
 7 184         430         586         549.1970    695         802   245    2060
 8 186         428         557         538.6000    667         805   245    2080
 9 184         375         523         484.6943    609         724   245    2100
10 187         464         657         599.2913    754         835   370    2040
11 194         449         602         565.0227    699         815   370    2060
12 173         344         494         461.6933    580         732   370    2080
13 111         188         260         256.3549    308         491   370    2100
14 230         491         678         617.2208    745         827   585    2040
15 185         413         550         524.3113    657         778   585    2060
16 139         207         307         292.4945    356         566   585    2080
17  94         149         171         174.4162    205         319   585    2100
Évolution de la favorabilité climatique au cours du XXIème siècle. Le point représente la médiane sur l'étendue de la métropole (i.e. tous les pixels de la carte) ; le trait gras représente 50 % des données intermédiaires (espace inter-quartile) ; le trait fin représente le reste des données du minimum au maximum.

Figure 46.28: Évolution de la favorabilité climatique au cours du XXIème siècle. Le point représente la médiane sur l’étendue de la métropole (i.e. tous les pixels de la carte) ; le trait gras représente 50 % des données intermédiaires (espace inter-quartile) ; le trait fin représente le reste des données du minimum au maximum.