102 Ilex aquifolium

102.1 Données d’occurrences GBIF

Collecte des données du GBIF :

<<gbif download metadata>>
  Status: SUCCEEDED
  DOI: 10.15468/dl.nfv26p
  Format: SIMPLE_CSV
  Download key: 0252321-230224095556074
  Created: 2023-05-20T13:44:09.513+00:00
  Modified: 2023-05-20T13:48:48.617+00:00
  Download link: https://api.gbif.org/v1/occurrence/download/request/0252321-230224095556074.zip
  Total records: 326789

Conversion en objets géographiques (format Simple feature de sf) et exploration rapide des données (classe du jeu de données et premières lignes du tableau) :

Simple feature collection with 326789 features and 50 fields
Attribute-geometry relationship: 50 constant, 0 aggregate, 0 identity
Geometry type: POINT
Dimension:     XY
Bounding box:  xmin: -176.582528 ymin: -46.907739 xmax: 176.034282 ymax: 68.25117
Geodetic CRS:  WGS 84
# A tibble: 326,789 × 51
     gbifID datasetKey occurrenceID kingdom phylum class order family genus species infraspecificEpithet
 *  <int64> <chr>      <chr>        <chr>   <chr>  <chr> <chr> <chr>  <chr> <chr>   <chr>               
 1     2 e9 835613da-… 140F6FA2-26… Plantae Trach… Magn… Aqui… Aquif… Ilex  Ilex a… ""                  
 2     3.e9 83fdfd3d-… INFOFLORA-T… Plantae Trach… Magn… Aqui… Aquif… Ilex  Ilex a… ""                  
 3     2 e9 83fdfd3d-… INFOFLORA-T… Plantae Trach… Magn… Aqui… Aquif… Ilex  Ilex a… ""                  
 4     2 e9 83fdfd3d-… INFOFLORA-T… Plantae Trach… Magn… Aqui… Aquif… Ilex  Ilex a… ""                  
 5     2 e9 83fdfd3d-… INFOFLORA-T… Plantae Trach… Magn… Aqui… Aquif… Ilex  Ilex a… ""                  
 6     2 e9 83fdfd3d-… INFOFLORA-T… Plantae Trach… Magn… Aqui… Aquif… Ilex  Ilex a… ""                  
 7     2 e9 83fdfd3d-… INFOFLORA-T… Plantae Trach… Magn… Aqui… Aquif… Ilex  Ilex a… ""                  
 8     2 e9 83fdfd3d-… INFOFLORA-T… Plantae Trach… Magn… Aqui… Aquif… Ilex  Ilex a… ""                  
 9     2 e9 83fdfd3d-… INFOFLORA-T… Plantae Trach… Magn… Aqui… Aquif… Ilex  Ilex a… ""                  
10     2 e9 83fdfd3d-… INFOFLORA-T… Plantae Trach… Magn… Aqui… Aquif… Ilex  Ilex a… ""                  
# ℹ 326,779 more rows
# ℹ 40 more variables: taxonRank <chr>, scientificName <chr>, verbatimScientificName <chr>,
#   verbatimScientificNameAuthorship <chr>, countryCode <chr>, locality <chr>, stateProvince <chr>,
#   occurrenceStatus <chr>, individualCount <int>, publishingOrgKey <chr>, decimalLatitude <dbl>,
#   decimalLongitude <dbl>, coordinateUncertaintyInMeters <dbl>, coordinatePrecision <dbl>,
#   elevation <dbl>, elevationAccuracy <dbl>, depth <dbl>, depthAccuracy <dbl>, eventDate <dttm>,
#   day <int>, month <int>, year <int>, taxonKey <int>, speciesKey <int>, basisOfRecord <chr>, …

Il y a 326 789 occurrences dans le jeu de données. On les affiche sur la carte du monde :

Occurrences de Ilex aquifolium dans le monde.

Figure 102.1: Occurrences de Ilex aquifolium dans le monde.

102.1.1 Données par région

On évalue la proportion d’occurrences dans chaque région, en utilisant les 3 masques créés précédemment. Si on a au moins 50 % des occurrences dans une région, on peut continuer en travaillant uniquement sur ces données. Sinon, on vérifie qu’au moins 67 % des données tombent dans l’ensemble des régions, et on prend la région la plus représentée. Au final, s’il s’agit d’une espèce endémique d’Europe, on n’a pas besoin de manipulation supplémentaire.

[1] 0.9856512918
[1] 0.009679028364
[1] 1.530039261e-05

Espèce endémique d’Europe

Occurrence de Ilex aquifolium dans la région d'endémisme.

Figure 102.2: Occurrence de Ilex aquifolium dans la région d’endémisme.

102.1.2 Licences

On s’intéresse ici au problème particulier des licences :


   CC_BY_4_0 CC_BY_NC_4_0      CC0_1_0 
      212840        88116        21144 
[1] 72.64327848
Occurrence de Ilex aquifolium dans la région d'endémisme, selon la licence : CC BY-NC en bleu ; CC0 et CC BY en orange.

Figure 102.3: Occurrence de Ilex aquifolium dans la région d’endémisme, selon la licence : CC BY-NC en bleu ; CC0 et CC BY en orange.

Idéalement, on aimerait avoir au moins 50 % de données vraiment libres d’utilisation (c’est-à-dire sans la clause -NC). On continue en supprimant les données en CC BY-NC.

[1] 233984

102.1.3 Sous-échantillonnage

Si le jeu de données contient 25 000 occurrences ou plus, on procède au sous-échantillonnage aléatoire pour en conserver un maximum de 25 000.

Simple feature collection with 25000 features and 50 fields
Attribute-geometry relationship: 50 constant, 0 aggregate, 0 identity
Geometry type: POINT
Dimension:     XY
Bounding box:  xmin: -10.178309 ymin: 33.937588 xmax: 35.591317 ymax: 68.25117
Geodetic CRS:  WGS 84
# A tibble: 25,000 × 51
     gbifID datasetKey occurrenceID kingdom phylum class order family genus species infraspecificEpithet
    <int64> <chr>      <chr>        <chr>   <chr>  <chr> <chr> <chr>  <chr> <chr>   <chr>               
 1     2 e9 14d5676a-… q-101385898… Plantae Trach… Magn… Aqui… Aquif… Ilex  Ilex a… ""                  
 2     1 e9 75956ee6-… http://pifh… Plantae Trach… Magn… Aqui… Aquif… Ilex  Ilex a… ""                  
 3     2 e9 da216795-… 82e3ca1e-1c… Plantae Trach… Magn… Aqui… Aquif… Ilex  Ilex a… ""                  
 4     3.e9 7a3679ef-… o-1009213065 Plantae Trach… Magn… Aqui… Aquif… Ilex  Ilex a… ""                  
 5     3.e9 f11a63fa-… bf4d226e-e4… Plantae Trach… Magn… Aqui… Aquif… Ilex  Ilex a… ""                  
 6     3.e9 25d4f82b-… urn:catalog… Plantae Trach… Magn… Aqui… Aquif… Ilex  Ilex a… ""                  
 7     3.e9 f11a63fa-… 9ed8ab4b-62… Plantae Trach… Magn… Aqui… Aquif… Ilex  Ilex a… ""                  
 8     2 e9 a814f323-… SR000118000… Plantae Trach… Magn… Aqui… Aquif… Ilex  Ilex a… ""                  
 9     3.e9 14d5676a-… q-102814683… Plantae Trach… Magn… Aqui… Aquif… Ilex  Ilex a… ""                  
10     1 e9 75956ee6-… http://cbnp… Plantae Trach… Magn… Aqui… Aquif… Ilex  Ilex a… ""                  
# ℹ 24,990 more rows
# ℹ 40 more variables: taxonRank <chr>, scientificName <chr>, verbatimScientificName <chr>,
#   verbatimScientificNameAuthorship <chr>, countryCode <chr>, locality <chr>, stateProvince <chr>,
#   occurrenceStatus <chr>, individualCount <int>, publishingOrgKey <chr>, decimalLatitude <dbl>,
#   decimalLongitude <dbl>, coordinateUncertaintyInMeters <dbl>, coordinatePrecision <dbl>,
#   elevation <dbl>, elevationAccuracy <dbl>, depth <dbl>, depthAccuracy <dbl>, eventDate <dttm>,
#   day <int>, month <int>, year <int>, taxonKey <int>, speciesKey <int>, basisOfRecord <chr>, …

102.1.4 Carte finale

On prépare la carte finale des occurrences :

Occurrence de Ilex aquifolium dans la région d'endémisme après sous-échantillonnage éventuel.

Figure 102.4: Occurrence de Ilex aquifolium dans la région d’endémisme après sous-échantillonnage éventuel.

102.2 Modélisation de la niche climatique

102.2.1 Préparer les données

Organisation des données d’entrées (occurrences et données environnementales) et des données produites de pseudo-absences :

 class       : SpatVector 
 geometry    : points 
 dimensions  : 25000, 0  (geometries, attributes)
 extent      : -10.17831, 35.59132, 33.93759, 68.25117  (xmin, xmax, ymin, ymax)
 coord. ref. : lon/lat WGS 84 (EPSG:4326) 

-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-= ilaq Data Formating -=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=

      ! Response variable is considered as only presences... Is it really what you want?
      ! No data has been set aside for modeling evaluation
 !!! Some data are located in the same raster cell. 
          Please set `filter.raster = TRUE` if you want an automatic filtering.

Checking Pseudo-absence selection arguments...

   > random pseudo absences selection
   > Pseudo absences are selected in explanatory variables
 ! Some NAs have been automatically removed from your data
 !!! Some data are located in the same raster cell. 
          Please set `filter.raster = TRUE` if you want an automatic filtering.
-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-= Done -=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=

-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-= BIOMOD.formated.data -=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=

dir.name =  Output

sp.name =  ilaq

     24983 presences,  0 true absences and  72846 undefined points in dataset


     6 explanatory variables

 temp_max_august     temp_min       temp_wet_quart     temp_season    
 Min.   : 3.224   Min.   :-22.048   Min.   :-11.711   Min.   : 202.8  
 1st Qu.:20.460   1st Qu.: -8.752   1st Qu.:  8.016   1st Qu.: 578.0  
 Median :23.632   Median : -2.020   Median : 12.051   Median : 716.6  
 Mean   :24.837   Mean   : -3.807   Mean   : 11.791   Mean   : 741.6  
 3rd Qu.:27.940   3rd Qu.:  1.432   3rd Qu.: 15.897   3rd Qu.: 896.8  
 Max.   :45.856   Max.   : 11.932   Max.   : 26.185   Max.   :1387.5  
 prec_wet_quart    prec_season     
 Min.   :   3.0   Min.   :  4.496  
 1st Qu.: 178.0   1st Qu.: 20.751  
 Median : 219.0   Median : 30.413  
 Mean   : 222.6   Mean   : 34.488  
 3rd Qu.: 256.0   3rd Qu.: 39.230  
 Max.   :1261.0   Max.   :123.656  

-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=

On visualise les pseudo-absences :

Les données d'occurrences (en haut à gauche) et les trois jeux de données aléatoires de pseudo-absences.

Figure 102.5: Les données d’occurrences (en haut à gauche) et les trois jeux de données aléatoires de pseudo-absences.

$data.vect
 class       : SpatVector 
 geometry    : points 
 dimensions  : 174932, 2  (geometries, attributes)
 extent      : -10.52083, 46.97917, 29.02083, 70.97917  (xmin, xmax, ymin, ymax)
 coord. ref. :  
 names       :  resp         dataset
 type        : <num>           <chr>
 values      :    10 Initial dataset
                  10 Initial dataset
                  10 Initial dataset

$data.label
                              9                              10 
                "**Presences**"       "Presences (calibration)" 
                             11                              12 
       "Presences (validation)"        "Presences (evaluation)" 
                             19                              20 
            "**True Absences**"   "True Absences (calibration)" 
                             21                              22 
   "True Absences (validation)"    "True Absences (evaluation)" 
                             29                              30 
          "**Pseudo-Absences**" "Pseudo-Absences (calibration)" 
                             31                               1 
 "Pseudo-Absences (validation)"                    "Background" 

$data.plot
Les données d'occurrences (en haut à gauche) et les trois jeux de données aléatoires de pseudo-absences.

Figure 102.6: Les données d’occurrences (en haut à gauche) et les trois jeux de données aléatoires de pseudo-absences.

102.2.2 Modèles individuels de niche


-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-= Build Single Models -=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=


Checking Models arguments...

Creating suitable Workdir...

            ! Weights where automatically defined for ilaq_PA1 to rise a 0.5 prevalence !
            ! Weights where automatically defined for ilaq_PA2 to rise a 0.5 prevalence !
            ! Weights where automatically defined for ilaq_PA3 to rise a 0.5 prevalence !


-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-= ilaq Modeling Summary -=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=

 6  environmental variables ( temp_max_august temp_min temp_wet_quart temp_season prec_wet_quart prec_season )
Number of evaluation repetitions : 1
Models selected : GAM MARS MAXNET GBM ANN RF 

Total number of model runs: 18 

-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=


-=-=-=- Run :  ilaq_PA1 


-=-=-=--=-=-=- ilaq_PA1_RUN1 


-=-=-=- Run :  ilaq_PA2 


-=-=-=--=-=-=- ilaq_PA2_RUN1 


-=-=-=- Run :  ilaq_PA3 


-=-=-=--=-=-=- ilaq_PA3_RUN1 

-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-= Done -=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=

102.2.2.1 Évaluation de la performance

             full.name  PA  run   algo metric.eval cutoff sensitivity
1    ilaq_PA1_RUN1_GAM PA1 RUN1    GAM         TSS  707.0      95.992
2    ilaq_PA1_RUN1_GAM PA1 RUN1    GAM         ROC  674.5      96.392
3   ilaq_PA1_RUN1_MARS PA1 RUN1   MARS         TSS  512.0      96.392
4   ilaq_PA1_RUN1_MARS PA1 RUN1   MARS         ROC  498.5      96.563
5 ilaq_PA1_RUN1_MAXNET PA1 RUN1 MAXNET         TSS  329.0      97.123
6 ilaq_PA1_RUN1_MAXNET PA1 RUN1 MAXNET         ROC  333.5      96.953
  specificity calibration validation evaluation
1      75.565       0.716      0.723         NA
2      75.185       0.833      0.838         NA
3      89.560       0.860      0.865         NA
4      89.405       0.969      0.970         NA
5      88.780       0.859      0.868         NA
6      88.960       0.965      0.967         NA
Évaluation de la performance des modèles individuels : True Skill Statistic & aire sous la courbe de ROC.

Figure 102.7: Évaluation de la performance des modèles individuels : True Skill Statistic & aire sous la courbe de ROC.

102.2.2.2 Importance des variables environnementales

          full.name  PA  run algo        expl.var rand  var.imp
1 ilaq_PA1_RUN1_GAM PA1 RUN1  GAM temp_max_august    1 0.196747
2 ilaq_PA1_RUN1_GAM PA1 RUN1  GAM        temp_min    1 0.111336
3 ilaq_PA1_RUN1_GAM PA1 RUN1  GAM  temp_wet_quart    1 0.005362
4 ilaq_PA1_RUN1_GAM PA1 RUN1  GAM     temp_season    1 0.665724
5 ilaq_PA1_RUN1_GAM PA1 RUN1  GAM  prec_wet_quart    1 0.042445
6 ilaq_PA1_RUN1_GAM PA1 RUN1  GAM     prec_season    1 0.003286
Pourcentage de variance expliquée pour chaque variable, décomposé par algorithme.

Figure 102.8: Pourcentage de variance expliquée pour chaque variable, décomposé par algorithme.

Pourcentage de variance expliquée pour chaque variable, décomposé par variable.

Figure 102.9: Pourcentage de variance expliquée pour chaque variable, décomposé par variable.

102.2.2.3 Courbes de réponses

Courbes de réponse de chaque variable climatique selon l'algorithme (en couleurs).

Figure 102.10: Courbes de réponse de chaque variable climatique selon l’algorithme (en couleurs).

102.2.3 Modèles d’ensemble de niche

Seulement modèles avec TSS > 0.8


-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-= BIOMOD.ensemble.models.out -=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=

sp.name : ilaq

expl.var.names : temp_max_august temp_min temp_wet_quart temp_season 
prec_wet_quart prec_season


models computed: 
ilaq_EMcvByTSS_mergedData_mergedRun_mergedAlgo, ilaq_EMwmeanByTSS_mergedData_mergedRun_mergedAlgo

models failed: none

-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=

102.2.3.1 Évaluation de la qualité

                                          full.name merged.by.PA merged.by.run
1 ilaq_EMwmeanByTSS_mergedData_mergedRun_mergedAlgo   mergedData     mergedRun
2 ilaq_EMwmeanByTSS_mergedData_mergedRun_mergedAlgo   mergedData     mergedRun
  merged.by.algo filtered.by    algo metric.eval cutoff sensitivity specificity
1     mergedAlgo         TSS EMwmean         TSS  574.0      96.422      92.646
2     mergedAlgo         TSS EMwmean         ROC  559.5      96.734      92.340
  calibration validation evaluation
1       0.891         NA         NA
2       0.989         NA         NA
Évaluation de la qualité du modèle d'ensemble : Aire sous la courbe de ROC & True Skill Statistic.

Figure 102.11: Évaluation de la qualité du modèle d’ensemble : Aire sous la courbe de ROC & True Skill Statistic.

                                       full.name merged.by.PA merged.by.run
1 ilaq_EMcvByTSS_mergedData_mergedRun_mergedAlgo   mergedData     mergedRun
2 ilaq_EMcvByTSS_mergedData_mergedRun_mergedAlgo   mergedData     mergedRun
3 ilaq_EMcvByTSS_mergedData_mergedRun_mergedAlgo   mergedData     mergedRun
4 ilaq_EMcvByTSS_mergedData_mergedRun_mergedAlgo   mergedData     mergedRun
5 ilaq_EMcvByTSS_mergedData_mergedRun_mergedAlgo   mergedData     mergedRun
6 ilaq_EMcvByTSS_mergedData_mergedRun_mergedAlgo   mergedData     mergedRun
  merged.by.algo filtered.by algo        expl.var rand  var.imp
1     mergedAlgo         TSS EMcv temp_max_august    1 0.138749
2     mergedAlgo         TSS EMcv        temp_min    1 0.184998
3     mergedAlgo         TSS EMcv  temp_wet_quart    1 0.025605
4     mergedAlgo         TSS EMcv     temp_season    1 0.343835
5     mergedAlgo         TSS EMcv  prec_wet_quart    1 0.085590
6     mergedAlgo         TSS EMcv     prec_season    1 0.165427

Par variable :

Pourcentage de variance expliquée par variable dans le modèle d'ensemble.

Figure 102.12: Pourcentage de variance expliquée par variable dans le modèle d’ensemble.

Courbes de réponse de chaque variable climatique dans le modèle d'ensemble.

Figure 102.13: Courbes de réponse de chaque variable climatique dans le modèle d’ensemble.

102.3 Projections

102.3.1 Distribution potentielle contemporaine

Contemporaine : Cartographie des observations sur couches climatiques Extraction des conditions climatiques favorables


-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-= BIOMOD.projection.out -=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=

Projection directory : Output/ilaq/current


sp.name : ilaq

expl.var.names : temp_max_august temp_min temp_wet_quart temp_season 
prec_wet_quart prec_season


modeling.id : AllModels ( Output/ilaq/ilaq.AllModels.models.out )

models.projected : 
ilaq_PA1_RUN1_GAM, ilaq_PA1_RUN1_MARS, ilaq_PA1_RUN1_MAXNET, ilaq_PA1_RUN1_GBM, ilaq_PA1_RUN1_RF, ilaq_PA2_RUN1_GAM, ilaq_PA2_RUN1_MARS, ilaq_PA2_RUN1_MAXNET, ilaq_PA2_RUN1_GBM, ilaq_PA2_RUN1_RF, ilaq_PA3_RUN1_GAM, ilaq_PA3_RUN1_MARS, ilaq_PA3_RUN1_MAXNET, ilaq_PA3_RUN1_GBM, ilaq_PA3_RUN1_ANN, ilaq_PA3_RUN1_RF

available binary projection : TSS, ROC

available filtered projection : TSS, ROC

-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=
Projection de la distribution potentielle contemporaine sur l'Europe, selon les 6 algorithmes et les 3 runs.

Figure 102.14: Projection de la distribution potentielle contemporaine sur l’Europe, selon les 6 algorithmes et les 3 runs.

Projection de la distribution potentielle contemporaine sur l'Europe, selon les 6 algorithmes et les 3 runs.

Figure 102.15: Projection de la distribution potentielle contemporaine sur l’Europe, selon les 6 algorithmes et les 3 runs.


-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-= BIOMOD.projection.out -=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=

Projection directory : Output/ilaq/current


sp.name : ilaq

expl.var.names : temp_max_august temp_min temp_wet_quart temp_season 
prec_wet_quart prec_season


modeling.id : AllModels ( Output/ilaq/ilaq.AllModels.ensemble.models.out )

models.projected : 
ilaq_EMcvByTSS_mergedData_mergedRun_mergedAlgo, ilaq_EMwmeanByTSS_mergedData_mergedRun_mergedAlgo

-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=
A) Projection de la distribution potentielle contemporaine (modèle d'ensemble) ; B) Incertitude associée à la projection.

Figure 102.16: A) Projection de la distribution potentielle contemporaine (modèle d’ensemble) ; B) Incertitude associée à la projection.

102.3.2 Interpolation à l’échelle de la métropole

  • → conditions climatiques favorables à fine échelle

On projette la niche climatique sur ce raster à fine échelle.


-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-= BIOMOD.projection.out -=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=

Projection directory : Output/ilaq/cont_gre


sp.name : ilaq

expl.var.names : temp_max_august temp_min temp_wet_quart temp_season 
prec_wet_quart prec_season


modeling.id : AllModels ( Output/ilaq/ilaq.AllModels.models.out )

models.projected : 
ilaq_PA1_RUN1_GAM, ilaq_PA1_RUN1_MARS, ilaq_PA1_RUN1_MAXNET, ilaq_PA1_RUN1_GBM, ilaq_PA1_RUN1_RF, ilaq_PA2_RUN1_GAM, ilaq_PA2_RUN1_MARS, ilaq_PA2_RUN1_MAXNET, ilaq_PA2_RUN1_GBM, ilaq_PA2_RUN1_RF, ilaq_PA3_RUN1_GAM, ilaq_PA3_RUN1_MARS, ilaq_PA3_RUN1_MAXNET, ilaq_PA3_RUN1_GBM, ilaq_PA3_RUN1_ANN, ilaq_PA3_RUN1_RF

available binary projection : TSS, ROC

available filtered projection : TSS, ROC

-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=
Projection de la distribution potentielle contemporaine sur la métropole de Grenoble, selon les 6 algorithmes et les 3 runs.

Figure 102.17: Projection de la distribution potentielle contemporaine sur la métropole de Grenoble, selon les 6 algorithmes et les 3 runs.

Projection de la distribution potentielle contemporaine sur la métropole de Grenoble, selon les 6 algorithmes et les 3 runs.

Figure 102.18: Projection de la distribution potentielle contemporaine sur la métropole de Grenoble, selon les 6 algorithmes et les 3 runs.


-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-= BIOMOD.projection.out -=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=

Projection directory : Output/ilaq/cont_gre


sp.name : ilaq

expl.var.names : temp_max_august temp_min temp_wet_quart temp_season 
prec_wet_quart prec_season


modeling.id : AllModels ( Output/ilaq/ilaq.AllModels.ensemble.models.out )

models.projected : 
ilaq_EMcvByTSS_mergedData_mergedRun_mergedAlgo, ilaq_EMwmeanByTSS_mergedData_mergedRun_mergedAlgo

-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=
A) Projection de la distribution potentielle contemporaine (modèle d'ensemble) sur la métropole de Grenoble ; B) Incertitude associée à la projection.

Figure 102.19: A) Projection de la distribution potentielle contemporaine (modèle d’ensemble) sur la métropole de Grenoble ; B) Incertitude associée à la projection.

102.3.3 Distributions potentielles futures

Futur : Projection à l’échelle de l’Europe jusqu’à l’horizon 2100

Toutes les fenêtres temporelles × scénarios pour le GCM « IPSL-CM6A-LR »

  1. SSP1-2.6
Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP1-2.6 (modèle d'ensemble).Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP1-2.6 (modèle d'ensemble).Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP1-2.6 (modèle d'ensemble).Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP1-2.6 (modèle d'ensemble).Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP1-2.6 (modèle d'ensemble).

Figure 102.20: Projection des distributions potentielles futures jusqu’à l’horizon 2100 sous le scénario SSP1-2.6 (modèle d’ensemble).

On obtient pour la métrique TSS une carte unique de moyenne pondérée sur les algorithmes et sur les jeux de pseudo-absences.

  1. SSP2-4.5
Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP2-4.5 (modèle d'ensemble).Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP2-4.5 (modèle d'ensemble).Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP2-4.5 (modèle d'ensemble).Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP2-4.5 (modèle d'ensemble).Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP2-4.5 (modèle d'ensemble).

Figure 102.21: Projection des distributions potentielles futures jusqu’à l’horizon 2100 sous le scénario SSP2-4.5 (modèle d’ensemble).

  1. SSP3-7.0
Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP3-7.0 (modèle d'ensemble).Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP3-7.0 (modèle d'ensemble).Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP3-7.0 (modèle d'ensemble).Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP3-7.0 (modèle d'ensemble).Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP3-7.0 (modèle d'ensemble).

Figure 102.22: Projection des distributions potentielles futures jusqu’à l’horizon 2100 sous le scénario SSP3-7.0 (modèle d’ensemble).

  1. SSP5-8.5
Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble).Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble).Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble).Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble).Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble).

Figure 102.23: Projection des distributions potentielles futures jusqu’à l’horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d’ensemble).

102.4 Inférence à l’échelle de la métropole

  • Croisement avec températures de surface 2019 (fournie par la métropole)
  • → conditions climatiques favorables à fine échelle
  • à peu près 7 pixels × 9 (WorldClim)

102.4.1 Distributions potentielles futures

Même chose que précédemment mais sur les rasters de Grenoble

  1. SSP1-2.6
Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).

Figure 102.24: Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu’à l’horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d’ensemble, GCM IPSL).

  1. SSP2-4.5
Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).

Figure 102.25: Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu’à l’horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d’ensemble, GCM IPSL).

  1. SSP3-7.0
Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).

Figure 102.26: Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu’à l’horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d’ensemble, GCM IPSL).

  1. SSP5-8.5
Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).

Figure 102.27: Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu’à l’horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d’ensemble, GCM IPSL).

102.4.2 Évolution temporelle

# A tibble: 17 × 8
   min         q1          median      mean        q3          max   ssp    year
   <table[1d]> <table[1d]> <table[1d]> <table[1d]> <table[1d]> <tab> <fct> <dbl>
 1 378         598         727         696.4614    798         847   0      2000
 2 229         454         630         602.0838    775         840   126    2040
 3 216         393         559         546.3311    719         836   126    2060
 4 236         402         549         553.7035    734         833   126    2080
 5 259         447         597         583.0027    747         820   126    2100
 6 254         458         624         606.6918    793         850   245    2040
 7 232         352         484         494.6808    637         820   245    2060
 8 215         335         470         480.4752    623         809   245    2080
 9 202         295         403         410.3413    516         747   245    2100
10 237         430         599         575.9871    738         836   370    2040
11 220         368         507         510.7150    660         818   370    2060
12 191         255         362         382.0737    505         739   370    2080
13 184         209         247         253.0468    293         435   370    2100
14 241         421         588         574.0770    750         837   585    2040
15 222         329         458         469.9428    604         787   585    2060
16 191         235         278         280.6250    328         462   585    2080
17 161         197         210         215.9096    241         322   585    2100
Évolution de la favorabilité climatique au cours du XXIème siècle. Le point représente la médiane sur l'étendue de la métropole (i.e. tous les pixels de la carte) ; le trait gras représente 50 % des données intermédiaires (espace inter-quartile) ; le trait fin représente le reste des données du minimum au maximum.

Figure 102.28: Évolution de la favorabilité climatique au cours du XXIème siècle. Le point représente la médiane sur l’étendue de la métropole (i.e. tous les pixels de la carte) ; le trait gras représente 50 % des données intermédiaires (espace inter-quartile) ; le trait fin représente le reste des données du minimum au maximum.