165 Pterocarya pterocarpa

165.1 Données d’occurrences GBIF

Collecte des données du GBIF :

<<gbif download metadata>>
  Status: SUCCEEDED
  DOI: 10.15468/dl.afrtnu
  Format: SIMPLE_CSV
  Download key: 0252702-230224095556074
  Created: 2023-05-20T18:13:40.916+00:00
  Modified: 2023-05-20T18:14:34.751+00:00
  Download link: https://api.gbif.org/v1/occurrence/download/request/0252702-230224095556074.zip
  Total records: 2902

Conversion en objets géographiques (format Simple feature de sf) et exploration rapide des données (classe du jeu de données et premières lignes du tableau) :

Simple feature collection with 2902 features and 50 fields
Attribute-geometry relationship: 50 constant, 0 aggregate, 0 identity
Geometry type: POINT
Dimension:     XY
Bounding box:  xmin: -85.664542 ymin: -38.773 xmax: 177.553 ymax: 63.434
Geodetic CRS:  WGS 84
# A tibble: 2,902 × 51
     gbifID datasetKey occurrenceID kingdom phylum class order family genus species infraspecificEpithet
 *  <int64> <chr>      <chr>        <chr>   <chr>  <chr> <chr> <chr>  <chr> <chr>   <lgl>               
 1      9e8 38b4c89f-… urn:lsid:ar… Plantae Trach… Magn… Faga… Jugla… Pter… Pteroc… NA                  
 2      9e8 85714c48-… https://her… Plantae Trach… Magn… Faga… Jugla… Pter… Pteroc… NA                  
 3      9e8 85714c48-… https://her… Plantae Trach… Magn… Faga… Jugla… Pter… Pteroc… NA                  
 4      9e8 85714c48-… https://her… Plantae Trach… Magn… Faga… Jugla… Pter… Pteroc… NA                  
 5      9e8 85714c48-… https://her… Plantae Trach… Magn… Faga… Jugla… Pter… Pteroc… NA                  
 6      9e8 85714c48-… https://her… Plantae Trach… Magn… Faga… Jugla… Pter… Pteroc… NA                  
 7      9e8 85714c48-… https://her… Plantae Trach… Magn… Faga… Jugla… Pter… Pteroc… NA                  
 8      9e8 85714c48-… https://her… Plantae Trach… Magn… Faga… Jugla… Pter… Pteroc… NA                  
 9      9e8 85714c48-… https://her… Plantae Trach… Magn… Faga… Jugla… Pter… Pteroc… NA                  
10      9e8 85714c48-… https://her… Plantae Trach… Magn… Faga… Jugla… Pter… Pteroc… NA                  
# ℹ 2,892 more rows
# ℹ 40 more variables: taxonRank <chr>, scientificName <chr>, verbatimScientificName <chr>,
#   verbatimScientificNameAuthorship <chr>, countryCode <chr>, locality <chr>, stateProvince <chr>,
#   occurrenceStatus <chr>, individualCount <int>, publishingOrgKey <chr>, decimalLatitude <dbl>,
#   decimalLongitude <dbl>, coordinateUncertaintyInMeters <dbl>, coordinatePrecision <dbl>,
#   elevation <dbl>, elevationAccuracy <dbl>, depth <lgl>, depthAccuracy <lgl>, eventDate <dttm>,
#   day <int>, month <int>, year <int>, taxonKey <int>, speciesKey <int>, basisOfRecord <chr>, …

Il y a 2 902 occurrences dans le jeu de données. On les affiche sur la carte du monde :

Occurrences de Pterocarya pterocarpa dans le monde.

Figure 165.1: Occurrences de Pterocarya pterocarpa dans le monde.

165.1.1 Données par région

On évalue la proportion d’occurrences dans chaque région, en utilisant les 3 masques créés précédemment. Si on a au moins 50 % des occurrences dans une région, on peut continuer en travaillant uniquement sur ces données. Sinon, on vérifie qu’au moins 67 % des données tombent dans l’ensemble des régions, et on prend la région la plus représentée. Au final, s’il s’agit d’une espèce endémique d’Europe, on n’a pas besoin de manipulation supplémentaire.

[1] 0.9235010338
[1] 0.001033769814
[1] 0

Espèce endémique d’Europe

Occurrence de Pterocarya pterocarpa dans la région d'endémisme.

Figure 165.2: Occurrence de Pterocarya pterocarpa dans la région d’endémisme.

165.1.2 Licences

On s’intéresse ici au problème particulier des licences :


                                                  CC_BY_4_0 
                                                       1846 
                                               CC_BY_NC_4_0 
                                                        580 
                                                    CC0_1_0 
                                                        170 
   https://creativecommons.org/licenses/by-nc/4.0/legalcode 
                                                         56 
      https://creativecommons.org/licenses/by/4.0/legalcode 
                                                         26 
https://creativecommons.org/publicdomain/zero/1.0/legalcode 
                                                          2 
[1] 76.26865672
Occurrence de Pterocarya pterocarpa dans la région d'endémisme, selon la licence : CC BY-NC en bleu ; CC0 et CC BY en orange.

Figure 165.3: Occurrence de Pterocarya pterocarpa dans la région d’endémisme, selon la licence : CC BY-NC en bleu ; CC0 et CC BY en orange.

Idéalement, on aimerait avoir au moins 50 % de données vraiment libres d’utilisation (c’est-à-dire sans la clause -NC). On continue en supprimant les données en CC BY-NC.

[1] 2044

165.1.3 Sous-échantillonnage

Si le jeu de données contient 25 000 occurrences ou plus, on procède au sous-échantillonnage aléatoire pour en conserver un maximum de 25 000.

Moins de 25 000 occurrences : pas de sous-échantillonnage

Simple feature collection with 2044 features and 50 fields
Attribute-geometry relationship: 50 constant, 0 aggregate, 0 identity
Geometry type: POINT
Dimension:     XY
Bounding box:  xmin: -9.061479 ymin: 37.87 xmax: 46.79417 ymax: 63.434
Geodetic CRS:  WGS 84
# A tibble: 2,044 × 51
     gbifID datasetKey occurrenceID kingdom phylum class order family genus species infraspecificEpithet
    <int64> <chr>      <chr>        <chr>   <chr>  <chr> <chr> <chr>  <chr> <chr>   <lgl>               
 1      9e8 38b4c89f-… urn:lsid:ar… Plantae Trach… Magn… Faga… Jugla… Pter… Pteroc… NA                  
 2      9e8 85714c48-… https://her… Plantae Trach… Magn… Faga… Jugla… Pter… Pteroc… NA                  
 3      9e8 85714c48-… https://her… Plantae Trach… Magn… Faga… Jugla… Pter… Pteroc… NA                  
 4      9e8 85714c48-… https://her… Plantae Trach… Magn… Faga… Jugla… Pter… Pteroc… NA                  
 5      9e8 85714c48-… https://her… Plantae Trach… Magn… Faga… Jugla… Pter… Pteroc… NA                  
 6      9e8 85714c48-… https://her… Plantae Trach… Magn… Faga… Jugla… Pter… Pteroc… NA                  
 7      8e8 38b4c89f-… urn:lsid:ar… Plantae Trach… Magn… Faga… Jugla… Pter… Pteroc… NA                  
 8      8e8 38b4c89f-… urn:lsid:ar… Plantae Trach… Magn… Faga… Jugla… Pter… Pteroc… NA                  
 9      8e8 38b4c89f-… urn:lsid:ar… Plantae Trach… Magn… Faga… Jugla… Pter… Pteroc… NA                  
10      8e8 271c444f-… INBO:FLORA:… Plantae Trach… Magn… Faga… Jugla… Pter… Pteroc… NA                  
# ℹ 2,034 more rows
# ℹ 40 more variables: taxonRank <chr>, scientificName <chr>, verbatimScientificName <chr>,
#   verbatimScientificNameAuthorship <chr>, countryCode <chr>, locality <chr>, stateProvince <chr>,
#   occurrenceStatus <chr>, individualCount <int>, publishingOrgKey <chr>, decimalLatitude <dbl>,
#   decimalLongitude <dbl>, coordinateUncertaintyInMeters <dbl>, coordinatePrecision <dbl>,
#   elevation <dbl>, elevationAccuracy <dbl>, depth <lgl>, depthAccuracy <lgl>, eventDate <dttm>,
#   day <int>, month <int>, year <int>, taxonKey <int>, speciesKey <int>, basisOfRecord <chr>, …

165.1.4 Carte finale

On prépare la carte finale des occurrences :

Occurrence de Pterocarya pterocarpa dans la région d'endémisme après sous-échantillonnage éventuel.

Figure 165.4: Occurrence de Pterocarya pterocarpa dans la région d’endémisme après sous-échantillonnage éventuel.

165.2 Modélisation de la niche climatique

165.2.1 Préparer les données

Organisation des données d’entrées (occurrences et données environnementales) et des données produites de pseudo-absences :

 class       : SpatVector 
 geometry    : points 
 dimensions  : 2044, 0  (geometries, attributes)
 extent      : -9.061479, 46.79417, 37.87, 63.434  (xmin, xmax, ymin, ymax)
 coord. ref. : lon/lat WGS 84 (EPSG:4326) 

-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-= ptpt Data Formating -=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=

      ! Response variable is considered as only presences... Is it really what you want?
      ! No data has been set aside for modeling evaluation
 !!! Some data are located in the same raster cell. 
          Please set `filter.raster = TRUE` if you want an automatic filtering.

Checking Pseudo-absence selection arguments...

   > random pseudo absences selection
   > Pseudo absences are selected in explanatory variables
 !!! Some data are located in the same raster cell. 
          Please set `filter.raster = TRUE` if you want an automatic filtering.
-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-= Done -=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=

-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-= BIOMOD.formated.data -=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=

dir.name =  Output

sp.name =  ptpt

     2044 presences,  0 true absences and  6122 undefined points in dataset


     6 explanatory variables

 temp_max_august     temp_min       temp_wet_quart    temp_season    
 Min.   : 4.816   Min.   :-21.624   Min.   :-9.274   Min.   : 254.2  
 1st Qu.:20.757   1st Qu.: -8.540   1st Qu.: 9.167   1st Qu.: 616.3  
 Median :24.016   Median : -2.170   Median :13.558   Median : 735.7  
 Mean   :25.133   Mean   : -3.872   Mean   :12.717   Mean   : 755.7  
 3rd Qu.:28.284   3rd Qu.:  1.200   3rd Qu.:16.679   3rd Qu.: 898.3  
 Max.   :44.712   Max.   : 10.800   Max.   :23.975   Max.   :1335.3  
 prec_wet_quart    prec_season     
 Min.   :   6.0   Min.   :  8.091  
 1st Qu.: 175.0   1st Qu.: 21.198  
 Median : 217.0   Median : 30.814  
 Mean   : 221.2   Mean   : 34.737  
 3rd Qu.: 258.0   3rd Qu.: 39.598  
 Max.   :1119.0   Max.   :122.330  

-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=

On visualise les pseudo-absences :

Les données d'occurrences (en haut à gauche) et les trois jeux de données aléatoires de pseudo-absences.

Figure 165.5: Les données d’occurrences (en haut à gauche) et les trois jeux de données aléatoires de pseudo-absences.

$data.vect
 class       : SpatVector 
 geometry    : points 
 dimensions  : 14308, 2  (geometries, attributes)
 extent      : -10.1875, 46.97917, 29.02083, 70.9375  (xmin, xmax, ymin, ymax)
 coord. ref. :  
 names       :  resp         dataset
 type        : <num>           <chr>
 values      :    10 Initial dataset
                  10 Initial dataset
                  10 Initial dataset

$data.label
                              9                              10 
                "**Presences**"       "Presences (calibration)" 
                             11                              12 
       "Presences (validation)"        "Presences (evaluation)" 
                             19                              20 
            "**True Absences**"   "True Absences (calibration)" 
                             21                              22 
   "True Absences (validation)"    "True Absences (evaluation)" 
                             29                              30 
          "**Pseudo-Absences**" "Pseudo-Absences (calibration)" 
                             31                               1 
 "Pseudo-Absences (validation)"                    "Background" 

$data.plot
Les données d'occurrences (en haut à gauche) et les trois jeux de données aléatoires de pseudo-absences.

Figure 165.6: Les données d’occurrences (en haut à gauche) et les trois jeux de données aléatoires de pseudo-absences.

165.2.2 Modèles individuels de niche


-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-= Build Single Models -=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=


Checking Models arguments...

Creating suitable Workdir...

            ! Weights where automatically defined for ptpt_PA1 to rise a 0.5 prevalence !
            ! Weights where automatically defined for ptpt_PA2 to rise a 0.5 prevalence !
            ! Weights where automatically defined for ptpt_PA3 to rise a 0.5 prevalence !


-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-= ptpt Modeling Summary -=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=

 6  environmental variables ( temp_max_august temp_min temp_wet_quart temp_season prec_wet_quart prec_season )
Number of evaluation repetitions : 1
Models selected : GAM MARS MAXNET GBM ANN RF 

Total number of model runs: 18 

-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=


-=-=-=- Run :  ptpt_PA1 


-=-=-=--=-=-=- ptpt_PA1_RUN1 


-=-=-=- Run :  ptpt_PA2 


-=-=-=--=-=-=- ptpt_PA2_RUN1 


-=-=-=- Run :  ptpt_PA3 


-=-=-=--=-=-=- ptpt_PA3_RUN1 

-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-= Done -=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=

165.2.2.1 Évaluation de la performance

             full.name  PA  run   algo metric.eval cutoff sensitivity
1    ptpt_PA1_RUN1_GAM PA1 RUN1    GAM         TSS  657.0      95.352
2    ptpt_PA1_RUN1_GAM PA1 RUN1    GAM         ROC  657.0      95.352
3   ptpt_PA1_RUN1_MARS PA1 RUN1   MARS         TSS  594.0      92.416
4   ptpt_PA1_RUN1_MARS PA1 RUN1   MARS         ROC  600.5      92.416
5 ptpt_PA1_RUN1_MAXNET PA1 RUN1 MAXNET         TSS  424.5      91.804
6 ptpt_PA1_RUN1_MAXNET PA1 RUN1 MAXNET         ROC  438.5      91.254
  specificity calibration validation evaluation
1      75.046       0.704      0.682         NA
2      75.046       0.818      0.799         NA
3      88.624       0.810      0.792         NA
4      88.746       0.953      0.945         NA
5      89.358       0.813      0.817         NA
6      90.153       0.956      0.949         NA
Évaluation de la performance des modèles individuels : True Skill Statistic & aire sous la courbe de ROC.

Figure 165.7: Évaluation de la performance des modèles individuels : True Skill Statistic & aire sous la courbe de ROC.

165.2.2.2 Importance des variables environnementales

          full.name  PA  run algo        expl.var rand  var.imp
1 ptpt_PA1_RUN1_GAM PA1 RUN1  GAM temp_max_august    1 0.146470
2 ptpt_PA1_RUN1_GAM PA1 RUN1  GAM        temp_min    1 0.646630
3 ptpt_PA1_RUN1_GAM PA1 RUN1  GAM  temp_wet_quart    1 0.030041
4 ptpt_PA1_RUN1_GAM PA1 RUN1  GAM     temp_season    1 0.219009
5 ptpt_PA1_RUN1_GAM PA1 RUN1  GAM  prec_wet_quart    1 0.024440
6 ptpt_PA1_RUN1_GAM PA1 RUN1  GAM     prec_season    1 0.315856
Pourcentage de variance expliquée pour chaque variable, décomposé par algorithme.

Figure 165.8: Pourcentage de variance expliquée pour chaque variable, décomposé par algorithme.

Pourcentage de variance expliquée pour chaque variable, décomposé par variable.

Figure 165.9: Pourcentage de variance expliquée pour chaque variable, décomposé par variable.

165.2.2.3 Courbes de réponses

Courbes de réponse de chaque variable climatique selon l'algorithme (en couleurs).

Figure 165.10: Courbes de réponse de chaque variable climatique selon l’algorithme (en couleurs).

165.2.3 Modèles d’ensemble de niche

Seulement modèles avec TSS > 0.8


-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-= BIOMOD.ensemble.models.out -=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=

sp.name : ptpt

expl.var.names : temp_max_august temp_min temp_wet_quart temp_season 
prec_wet_quart prec_season


models computed: 
ptpt_EMcvByTSS_mergedData_mergedRun_mergedAlgo, ptpt_EMwmeanByTSS_mergedData_mergedRun_mergedAlgo

models failed: none

-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=

165.2.3.1 Évaluation de la qualité

                                          full.name merged.by.PA merged.by.run
1 ptpt_EMwmeanByTSS_mergedData_mergedRun_mergedAlgo   mergedData     mergedRun
2 ptpt_EMwmeanByTSS_mergedData_mergedRun_mergedAlgo   mergedData     mergedRun
  merged.by.algo filtered.by    algo metric.eval cutoff sensitivity specificity
1     mergedAlgo         TSS EMwmean         TSS  434.0      97.945      88.631
2     mergedAlgo         TSS EMwmean         ROC  441.5      97.896      88.795
  calibration validation evaluation
1       0.866         NA         NA
2       0.985         NA         NA
Évaluation de la qualité du modèle d'ensemble : Aire sous la courbe de ROC & True Skill Statistic.

Figure 165.11: Évaluation de la qualité du modèle d’ensemble : Aire sous la courbe de ROC & True Skill Statistic.

                                       full.name merged.by.PA merged.by.run
1 ptpt_EMcvByTSS_mergedData_mergedRun_mergedAlgo   mergedData     mergedRun
2 ptpt_EMcvByTSS_mergedData_mergedRun_mergedAlgo   mergedData     mergedRun
3 ptpt_EMcvByTSS_mergedData_mergedRun_mergedAlgo   mergedData     mergedRun
4 ptpt_EMcvByTSS_mergedData_mergedRun_mergedAlgo   mergedData     mergedRun
5 ptpt_EMcvByTSS_mergedData_mergedRun_mergedAlgo   mergedData     mergedRun
6 ptpt_EMcvByTSS_mergedData_mergedRun_mergedAlgo   mergedData     mergedRun
  merged.by.algo filtered.by algo        expl.var rand  var.imp
1     mergedAlgo         TSS EMcv temp_max_august    1 0.245926
2     mergedAlgo         TSS EMcv        temp_min    1 0.291897
3     mergedAlgo         TSS EMcv  temp_wet_quart    1 0.051611
4     mergedAlgo         TSS EMcv     temp_season    1 0.337124
5     mergedAlgo         TSS EMcv  prec_wet_quart    1 0.265354
6     mergedAlgo         TSS EMcv     prec_season    1 0.283398

Par variable :

Pourcentage de variance expliquée par variable dans le modèle d'ensemble.

Figure 165.12: Pourcentage de variance expliquée par variable dans le modèle d’ensemble.

Courbes de réponse de chaque variable climatique dans le modèle d'ensemble.

Figure 165.13: Courbes de réponse de chaque variable climatique dans le modèle d’ensemble.

165.3 Projections

165.3.1 Distribution potentielle contemporaine

Contemporaine : Cartographie des observations sur couches climatiques Extraction des conditions climatiques favorables


-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-= BIOMOD.projection.out -=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=

Projection directory : Output/ptpt/current


sp.name : ptpt

expl.var.names : temp_max_august temp_min temp_wet_quart temp_season 
prec_wet_quart prec_season


modeling.id : AllModels ( Output/ptpt/ptpt.AllModels.models.out )

models.projected : 
ptpt_PA1_RUN1_GAM, ptpt_PA1_RUN1_MARS, ptpt_PA1_RUN1_MAXNET, ptpt_PA1_RUN1_GBM, ptpt_PA1_RUN1_ANN, ptpt_PA1_RUN1_RF, ptpt_PA2_RUN1_GAM, ptpt_PA2_RUN1_MARS, ptpt_PA2_RUN1_MAXNET, ptpt_PA2_RUN1_GBM, ptpt_PA2_RUN1_ANN, ptpt_PA2_RUN1_RF, ptpt_PA3_RUN1_GAM, ptpt_PA3_RUN1_MARS, ptpt_PA3_RUN1_MAXNET, ptpt_PA3_RUN1_GBM, ptpt_PA3_RUN1_ANN, ptpt_PA3_RUN1_RF

available binary projection : TSS, ROC

available filtered projection : TSS, ROC

-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=
Projection de la distribution potentielle contemporaine sur l'Europe, selon les 6 algorithmes et les 3 runs.

Figure 165.14: Projection de la distribution potentielle contemporaine sur l’Europe, selon les 6 algorithmes et les 3 runs.

Projection de la distribution potentielle contemporaine sur l'Europe, selon les 6 algorithmes et les 3 runs.

Figure 165.15: Projection de la distribution potentielle contemporaine sur l’Europe, selon les 6 algorithmes et les 3 runs.


-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-= BIOMOD.projection.out -=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=

Projection directory : Output/ptpt/current


sp.name : ptpt

expl.var.names : temp_max_august temp_min temp_wet_quart temp_season 
prec_wet_quart prec_season


modeling.id : AllModels ( Output/ptpt/ptpt.AllModels.ensemble.models.out )

models.projected : 
ptpt_EMcvByTSS_mergedData_mergedRun_mergedAlgo, ptpt_EMwmeanByTSS_mergedData_mergedRun_mergedAlgo

-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=
A) Projection de la distribution potentielle contemporaine (modèle d'ensemble) ; B) Incertitude associée à la projection.

Figure 165.16: A) Projection de la distribution potentielle contemporaine (modèle d’ensemble) ; B) Incertitude associée à la projection.

165.3.2 Interpolation à l’échelle de la métropole

  • → conditions climatiques favorables à fine échelle

On projette la niche climatique sur ce raster à fine échelle.


-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-= BIOMOD.projection.out -=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=

Projection directory : Output/ptpt/cont_gre


sp.name : ptpt

expl.var.names : temp_max_august temp_min temp_wet_quart temp_season 
prec_wet_quart prec_season


modeling.id : AllModels ( Output/ptpt/ptpt.AllModels.models.out )

models.projected : 
ptpt_PA1_RUN1_GAM, ptpt_PA1_RUN1_MARS, ptpt_PA1_RUN1_MAXNET, ptpt_PA1_RUN1_GBM, ptpt_PA1_RUN1_ANN, ptpt_PA1_RUN1_RF, ptpt_PA2_RUN1_GAM, ptpt_PA2_RUN1_MARS, ptpt_PA2_RUN1_MAXNET, ptpt_PA2_RUN1_GBM, ptpt_PA2_RUN1_ANN, ptpt_PA2_RUN1_RF, ptpt_PA3_RUN1_GAM, ptpt_PA3_RUN1_MARS, ptpt_PA3_RUN1_MAXNET, ptpt_PA3_RUN1_GBM, ptpt_PA3_RUN1_ANN, ptpt_PA3_RUN1_RF

available binary projection : TSS, ROC

available filtered projection : TSS, ROC

-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=
Projection de la distribution potentielle contemporaine sur la métropole de Grenoble, selon les 6 algorithmes et les 3 runs.

Figure 165.17: Projection de la distribution potentielle contemporaine sur la métropole de Grenoble, selon les 6 algorithmes et les 3 runs.

Projection de la distribution potentielle contemporaine sur la métropole de Grenoble, selon les 6 algorithmes et les 3 runs.

Figure 165.18: Projection de la distribution potentielle contemporaine sur la métropole de Grenoble, selon les 6 algorithmes et les 3 runs.


-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-= BIOMOD.projection.out -=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=

Projection directory : Output/ptpt/cont_gre


sp.name : ptpt

expl.var.names : temp_max_august temp_min temp_wet_quart temp_season 
prec_wet_quart prec_season


modeling.id : AllModels ( Output/ptpt/ptpt.AllModels.ensemble.models.out )

models.projected : 
ptpt_EMcvByTSS_mergedData_mergedRun_mergedAlgo, ptpt_EMwmeanByTSS_mergedData_mergedRun_mergedAlgo

-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=
A) Projection de la distribution potentielle contemporaine (modèle d'ensemble) sur la métropole de Grenoble ; B) Incertitude associée à la projection.

Figure 165.19: A) Projection de la distribution potentielle contemporaine (modèle d’ensemble) sur la métropole de Grenoble ; B) Incertitude associée à la projection.

165.3.3 Distributions potentielles futures

Futur : Projection à l’échelle de l’Europe jusqu’à l’horizon 2100

Toutes les fenêtres temporelles × scénarios pour le GCM « IPSL-CM6A-LR »

  1. SSP1-2.6
Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP1-2.6 (modèle d'ensemble).Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP1-2.6 (modèle d'ensemble).Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP1-2.6 (modèle d'ensemble).Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP1-2.6 (modèle d'ensemble).Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP1-2.6 (modèle d'ensemble).

Figure 165.20: Projection des distributions potentielles futures jusqu’à l’horizon 2100 sous le scénario SSP1-2.6 (modèle d’ensemble).

On obtient pour la métrique TSS une carte unique de moyenne pondérée sur les algorithmes et sur les jeux de pseudo-absences.

  1. SSP2-4.5
Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP2-4.5 (modèle d'ensemble).Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP2-4.5 (modèle d'ensemble).Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP2-4.5 (modèle d'ensemble).Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP2-4.5 (modèle d'ensemble).Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP2-4.5 (modèle d'ensemble).

Figure 165.21: Projection des distributions potentielles futures jusqu’à l’horizon 2100 sous le scénario SSP2-4.5 (modèle d’ensemble).

  1. SSP3-7.0
Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP3-7.0 (modèle d'ensemble).Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP3-7.0 (modèle d'ensemble).Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP3-7.0 (modèle d'ensemble).Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP3-7.0 (modèle d'ensemble).Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP3-7.0 (modèle d'ensemble).

Figure 165.22: Projection des distributions potentielles futures jusqu’à l’horizon 2100 sous le scénario SSP3-7.0 (modèle d’ensemble).

  1. SSP5-8.5
Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble).Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble).Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble).Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble).Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble).

Figure 165.23: Projection des distributions potentielles futures jusqu’à l’horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d’ensemble).

165.4 Inférence à l’échelle de la métropole

  • Croisement avec températures de surface 2019 (fournie par la métropole)
  • → conditions climatiques favorables à fine échelle
  • à peu près 7 pixels × 9 (WorldClim)

165.4.1 Distributions potentielles futures

Même chose que précédemment mais sur les rasters de Grenoble

  1. SSP1-2.6
Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).

Figure 165.24: Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu’à l’horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d’ensemble, GCM IPSL).

  1. SSP2-4.5
Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).

Figure 165.25: Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu’à l’horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d’ensemble, GCM IPSL).

  1. SSP3-7.0
Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).

Figure 165.26: Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu’à l’horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d’ensemble, GCM IPSL).

  1. SSP5-8.5
Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).

Figure 165.27: Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu’à l’horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d’ensemble, GCM IPSL).

165.4.2 Évolution temporelle

# A tibble: 17 × 8
   min         q1          median      mean        q3          max   ssp    year
   <table[1d]> <table[1d]> <table[1d]> <table[1d]> <table[1d]> <tab> <fct> <dbl>
 1 126         468         682         621.5091    786         850   0      2000
 2 252         631         765         699.3642    792         830   126    2040
 3 262         632         750         695.5256    781         824   126    2060
 4 277         623         750         688.5350    775         806   126    2080
 5 273         632         740         692.7932    773         803   126    2100
 6 274         645         774         709.6428    790         820   245    2040
 7 269         630         751         694.2544    781         812   245    2060
 8 293         652         750         705.0049    775         824   245    2080
 9 284         649         724         698.7482    766         841   245    2100
10 243         624         765         696.8231    794         839   370    2040
11 279         646         744         701.7995    778         816   370    2060
12 283         651         726         701.2037    772         842   370    2080
13 274         629         691         671.7108    725         841   370    2100
14 255         619         754         689.3435    783         811   585    2040
15 297         664         754         713.3283    775         825   585    2060
16 274         640         707         685.8145    739         846   585    2080
17 269         538         637         600.6530    671         792   585    2100
Évolution de la favorabilité climatique au cours du XXIème siècle. Le point représente la médiane sur l'étendue de la métropole (i.e. tous les pixels de la carte) ; le trait gras représente 50 % des données intermédiaires (espace inter-quartile) ; le trait fin représente le reste des données du minimum au maximum.

Figure 165.28: Évolution de la favorabilité climatique au cours du XXIème siècle. Le point représente la médiane sur l’étendue de la métropole (i.e. tous les pixels de la carte) ; le trait gras représente 50 % des données intermédiaires (espace inter-quartile) ; le trait fin représente le reste des données du minimum au maximum.