79 Quercus variabilis

79.1 Données d’occurrences GBIF

Collecte des données du GBIF :

<<gbif download metadata>>
  Status: SUCCEEDED
  DOI: 10.15468/dl.kj57j8
  Format: SIMPLE_CSV
  Download key: 0252156-230224095556074
  Created: 2023-05-20T12:03:17.456+00:00
  Modified: 2023-05-20T12:04:08.339+00:00
  Download link: https://api.gbif.org/v1/occurrence/download/request/0252156-230224095556074.zip
  Total records: 1730

Conversion en objets géographiques (format Simple feature de sf) et exploration rapide des données (classe du jeu de données et premières lignes du tableau) :

Simple feature collection with 1730 features and 50 fields
Attribute-geometry relationship: 50 constant, 0 aggregate, 0 identity
Geometry type: POINT
Dimension:     XY
Bounding box:  xmin: -122.294582 ymin: 22.32 xmax: 140.47559 ymax: 63.434
Geodetic CRS:  WGS 84
# A tibble: 1,730 × 51
     gbifID datasetKey occurrenceID kingdom phylum class order family genus species infraspecificEpithet
 *  <int64> <chr>      <chr>        <chr>   <chr>  <chr> <chr> <chr>  <chr> <chr>   <lgl>               
 1     9 e8 1b412457-… 6674533      Plantae Trach… Magn… Faga… Fagac… Quer… Quercu… NA                  
 2     8 e8 29d56be4-… TAI220886    Plantae Trach… Magn… Faga… Fagac… Quer… Quercu… NA                  
 3     8 e8 29d56be4-… TAI222899    Plantae Trach… Magn… Faga… Fagac… Quer… Quercu… NA                  
 4     8 e8 29d56be4-… TAI223134    Plantae Trach… Magn… Faga… Fagac… Quer… Quercu… NA                  
 5     8 e8 29d56be4-… TAI223294    Plantae Trach… Magn… Faga… Fagac… Quer… Quercu… NA                  
 6     8 e8 29d56be4-… TAI255347    Plantae Trach… Magn… Faga… Fagac… Quer… Quercu… NA                  
 7     8 e8 29d56be4-… TAI255503    Plantae Trach… Magn… Faga… Fagac… Quer… Quercu… NA                  
 8     7.e8 bf2a4bf0-… http://data… Plantae Trach… Magn… Faga… Fagac… Quer… Quercu… NA                  
 9     7 e8 b5cdf794-… http://cold… Plantae Trach… Magn… Faga… Fagac… Quer… Quercu… NA                  
10     7 e8 b5cdf794-… http://cold… Plantae Trach… Magn… Faga… Fagac… Quer… Quercu… NA                  
# ℹ 1,720 more rows
# ℹ 40 more variables: taxonRank <chr>, scientificName <chr>, verbatimScientificName <chr>,
#   verbatimScientificNameAuthorship <chr>, countryCode <chr>, locality <chr>, stateProvince <chr>,
#   occurrenceStatus <chr>, individualCount <int>, publishingOrgKey <chr>, decimalLatitude <dbl>,
#   decimalLongitude <dbl>, coordinateUncertaintyInMeters <dbl>, coordinatePrecision <lgl>,
#   elevation <dbl>, elevationAccuracy <dbl>, depth <lgl>, depthAccuracy <lgl>, eventDate <dttm>,
#   day <int>, month <int>, year <int>, taxonKey <int>, speciesKey <int>, basisOfRecord <chr>, …

Il y a 1 730 occurrences dans le jeu de données. On les affiche sur la carte du monde :

Occurrences de Quercus variabilis dans le monde.

Figure 79.1: Occurrences de Quercus variabilis dans le monde.

79.1.1 Données par région

On évalue la proportion d’occurrences dans chaque région, en utilisant les 3 masques créés précédemment. Si on a au moins 50 % des occurrences dans une région, on peut continuer en travaillant uniquement sur ces données. Sinon, on vérifie qu’au moins 67 % des données tombent dans l’ensemble des régions, et on prend la région la plus représentée. Au final, s’il s’agit d’une espèce endémique d’Europe, on n’a pas besoin de manipulation supplémentaire.

[1] 0.001734104046
[1] 0.003468208092
[1] 0.9947976879

Espèce endémique d’Asie

Occurrence de Quercus variabilis dans la région d'endémisme.

Figure 79.2: Occurrence de Quercus variabilis dans la région d’endémisme.

79.1.2 Licences

On s’intéresse ici au problème particulier des licences :


   CC_BY_4_0 CC_BY_NC_4_0      CC0_1_0 
         309         1207          205 
[1] 29.86635677
Occurrence de Quercus variabilis dans la région d'endémisme, selon la licence : CC BY-NC en bleu ; CC0 et CC BY en orange.

Figure 79.3: Occurrence de Quercus variabilis dans la région d’endémisme, selon la licence : CC BY-NC en bleu ; CC0 et CC BY en orange.

Idéalement, on aimerait avoir au moins 50 % de données vraiment libres d’utilisation (c’est-à-dire sans la clause -NC). On continue en supprimant les données en CC BY-NC.

Moins de 50 % de données librement utilisables

[1] 514

79.1.3 Sous-échantillonnage

Si le jeu de données contient 25 000 occurrences ou plus, on procède au sous-échantillonnage aléatoire pour en conserver un maximum de 25 000.

Moins de 25 000 occurrences : pas de sous-échantillonnage

Simple feature collection with 514 features and 50 fields
Attribute-geometry relationship: 50 constant, 0 aggregate, 0 identity
Geometry type: POINT
Dimension:     XY
Bounding box:  xmin: 98.798637 ymin: 23.567943 xmax: 140.47559 ymax: 39.4533
Geodetic CRS:  WGS 84
# A tibble: 514 × 51
     gbifID datasetKey occurrenceID kingdom phylum class order family genus species infraspecificEpithet
    <int64> <chr>      <chr>        <chr>   <chr>  <chr> <chr> <chr>  <chr> <chr>   <lgl>               
 1      9e8 1b412457-… 6674533      Plantae Trach… Magn… Faga… Fagac… Quer… Quercu… NA                  
 2      7e8 b5cdf794-… http://cold… Plantae Trach… Magn… Faga… Fagac… Quer… Quercu… NA                  
 3      7e8 b5cdf794-… http://cold… Plantae Trach… Magn… Faga… Fagac… Quer… Quercu… NA                  
 4      7e8 b5cdf794-… http://cold… Plantae Trach… Magn… Faga… Fagac… Quer… Quercu… NA                  
 5      4e9 2507f17c-… urn:catalog… Plantae Trach… Magn… Faga… Fagac… Quer… Quercu… NA                  
 6      4e9 2507f17c-… urn:catalog… Plantae Trach… Magn… Faga… Fagac… Quer… Quercu… NA                  
 7      4e9 2507f17c-… urn:catalog… Plantae Trach… Magn… Faga… Fagac… Quer… Quercu… NA                  
 8      4e9 dfe29309-… 0e5c6217-2b… Plantae Trach… Magn… Faga… Fagac… Quer… Quercu… NA                  
 9      4e9 dc692432-… e5566652-b6… Plantae Trach… Magn… Faga… Fagac… Quer… Quercu… NA                  
10      4e9 dc692432-… 4e494199-1e… Plantae Trach… Magn… Faga… Fagac… Quer… Quercu… NA                  
# ℹ 504 more rows
# ℹ 40 more variables: taxonRank <chr>, scientificName <chr>, verbatimScientificName <chr>,
#   verbatimScientificNameAuthorship <chr>, countryCode <chr>, locality <chr>, stateProvince <chr>,
#   occurrenceStatus <chr>, individualCount <int>, publishingOrgKey <chr>, decimalLatitude <dbl>,
#   decimalLongitude <dbl>, coordinateUncertaintyInMeters <dbl>, coordinatePrecision <lgl>,
#   elevation <dbl>, elevationAccuracy <dbl>, depth <lgl>, depthAccuracy <lgl>, eventDate <dttm>,
#   day <int>, month <int>, year <int>, taxonKey <int>, speciesKey <int>, basisOfRecord <chr>, …

79.1.4 Carte finale

On prépare la carte finale des occurrences :

Occurrence de Quercus variabilis dans la région d'endémisme après sous-échantillonnage éventuel.

Figure 79.4: Occurrence de Quercus variabilis dans la région d’endémisme après sous-échantillonnage éventuel.

79.2 Modélisation de la niche climatique

79.2.1 Préparer les données

Organisation des données d’entrées (occurrences et données environnementales) et des données produites de pseudo-absences :

 class       : SpatVector 
 geometry    : points 
 dimensions  : 514, 0  (geometries, attributes)
 extent      : 98.79864, 140.4756, 23.56794, 39.4533  (xmin, xmax, ymin, ymax)
 coord. ref. : lon/lat WGS 84 (EPSG:4326) 

-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-= quva Data Formating -=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=

      ! Response variable is considered as only presences... Is it really what you want?
      ! No data has been set aside for modeling evaluation
 !!! Some data are located in the same raster cell. 
          Please set `filter.raster = TRUE` if you want an automatic filtering.

Checking Pseudo-absence selection arguments...

   > random pseudo absences selection
   > Pseudo absences are selected in explanatory variables
 ! Some NAs have been automatically removed from your data
 !!! Some data are located in the same raster cell. 
          Please set `filter.raster = TRUE` if you want an automatic filtering.
-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-= Done -=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=

-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-= BIOMOD.formated.data -=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=

dir.name =  Output

sp.name =  quva

     493 presences,  0 true absences and  1542 undefined points in dataset


     6 explanatory variables

 temp_max_august     temp_min       temp_wet_quart    temp_season     
 Min.   : 2.368   Min.   :-43.720   Min.   :-10.94   Min.   :  27.49  
 1st Qu.:22.378   1st Qu.:-21.850   1st Qu.: 15.82   1st Qu.: 736.08  
 Median :26.368   Median : -8.816   Median : 20.13   Median : 924.75  
 Mean   :25.637   Mean   : -9.599   Mean   : 19.28   Mean   : 949.66  
 3rd Qu.:29.993   3rd Qu.:  1.135   3rd Qu.: 23.49   3rd Qu.:1294.72  
 Max.   :40.484   Max.   : 23.536   Max.   : 34.58   Max.   :1915.54  
 prec_wet_quart    prec_season    
 Min.   :  11.0   Min.   : 10.52  
 1st Qu.: 196.0   1st Qu.: 54.93  
 Median : 390.0   Median : 76.47  
 Mean   : 472.8   Mean   : 79.40  
 3rd Qu.: 641.5   3rd Qu.:101.65  
 Max.   :3490.0   Max.   :166.57  

-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=

On visualise les pseudo-absences :

Les données d'occurrences (en haut à gauche) et les trois jeux de données aléatoires de pseudo-absences.

Figure 79.5: Les données d’occurrences (en haut à gauche) et les trois jeux de données aléatoires de pseudo-absences.

$data.vect
 class       : SpatVector 
 geometry    : points 
 dimensions  : 3514, 2  (geometries, attributes)
 extent      : 68.10417, 144.5208, 3.020833, 56.97917  (xmin, xmax, ymin, ymax)
 coord. ref. :  
 names       :  resp         dataset
 type        : <num>           <chr>
 values      :    10 Initial dataset
                  10 Initial dataset
                  10 Initial dataset

$data.label
                              9                              10 
                "**Presences**"       "Presences (calibration)" 
                             11                              12 
       "Presences (validation)"        "Presences (evaluation)" 
                             19                              20 
            "**True Absences**"   "True Absences (calibration)" 
                             21                              22 
   "True Absences (validation)"    "True Absences (evaluation)" 
                             29                              30 
          "**Pseudo-Absences**" "Pseudo-Absences (calibration)" 
                             31                               1 
 "Pseudo-Absences (validation)"                    "Background" 

$data.plot
Les données d'occurrences (en haut à gauche) et les trois jeux de données aléatoires de pseudo-absences.

Figure 79.6: Les données d’occurrences (en haut à gauche) et les trois jeux de données aléatoires de pseudo-absences.

79.2.2 Modèles individuels de niche


-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-= Build Single Models -=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=


Checking Models arguments...

Creating suitable Workdir...

            ! Weights where automatically defined for quva_PA1 to rise a 0.5 prevalence !
            ! Weights where automatically defined for quva_PA2 to rise a 0.5 prevalence !
            ! Weights where automatically defined for quva_PA3 to rise a 0.5 prevalence !


-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-= quva Modeling Summary -=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=

 6  environmental variables ( temp_max_august temp_min temp_wet_quart temp_season prec_wet_quart prec_season )
Number of evaluation repetitions : 1
Models selected : GAM MARS MAXNET GBM ANN RF 

Total number of model runs: 18 

-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=


-=-=-=- Run :  quva_PA1 


-=-=-=--=-=-=- quva_PA1_RUN1 


-=-=-=- Run :  quva_PA2 


-=-=-=--=-=-=- quva_PA2_RUN1 


-=-=-=- Run :  quva_PA3 


-=-=-=--=-=-=- quva_PA3_RUN1 

-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-= Done -=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=

79.2.2.1 Évaluation de la performance

             full.name  PA  run   algo metric.eval cutoff sensitivity
1    quva_PA1_RUN1_GAM PA1 RUN1    GAM         TSS  949.0      97.208
2    quva_PA1_RUN1_GAM PA1 RUN1    GAM         ROC  944.5      97.462
3   quva_PA1_RUN1_MARS PA1 RUN1   MARS         TSS  616.0      95.685
4   quva_PA1_RUN1_MARS PA1 RUN1   MARS         ROC  613.5      95.685
5 quva_PA1_RUN1_MAXNET PA1 RUN1 MAXNET         TSS  333.0      96.701
6 quva_PA1_RUN1_MAXNET PA1 RUN1 MAXNET         ROC  331.5      96.701
  specificity calibration validation evaluation
1      75.426       0.726      0.680         NA
2      75.426       0.808      0.764         NA
3      95.377       0.911      0.881         NA
4      95.377       0.987      0.985         NA
5      92.944       0.896      0.922         NA
6      92.944       0.984      0.982         NA
Évaluation de la performance des modèles individuels : True Skill Statistic & aire sous la courbe de ROC.

Figure 79.7: Évaluation de la performance des modèles individuels : True Skill Statistic & aire sous la courbe de ROC.

79.2.2.2 Importance des variables environnementales

          full.name  PA  run algo        expl.var rand  var.imp
1 quva_PA1_RUN1_GAM PA1 RUN1  GAM temp_max_august    1 0.242194
2 quva_PA1_RUN1_GAM PA1 RUN1  GAM        temp_min    1 0.149990
3 quva_PA1_RUN1_GAM PA1 RUN1  GAM  temp_wet_quart    1 0.006022
4 quva_PA1_RUN1_GAM PA1 RUN1  GAM     temp_season    1 0.838788
5 quva_PA1_RUN1_GAM PA1 RUN1  GAM  prec_wet_quart    1 0.267206
6 quva_PA1_RUN1_GAM PA1 RUN1  GAM     prec_season    1 0.147486
Pourcentage de variance expliquée pour chaque variable, décomposé par algorithme.

Figure 79.8: Pourcentage de variance expliquée pour chaque variable, décomposé par algorithme.

Pourcentage de variance expliquée pour chaque variable, décomposé par variable.

Figure 79.9: Pourcentage de variance expliquée pour chaque variable, décomposé par variable.

79.2.2.3 Courbes de réponses

Courbes de réponse de chaque variable climatique selon l'algorithme (en couleurs).

Figure 79.10: Courbes de réponse de chaque variable climatique selon l’algorithme (en couleurs).

79.2.3 Modèles d’ensemble de niche

Seulement modèles avec TSS > 0.8


-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-= BIOMOD.ensemble.models.out -=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=

sp.name : quva

expl.var.names : temp_max_august temp_min temp_wet_quart temp_season 
prec_wet_quart prec_season


models computed: 
quva_EMcvByTSS_mergedData_mergedRun_mergedAlgo, quva_EMwmeanByTSS_mergedData_mergedRun_mergedAlgo

models failed: none

-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=

79.2.3.1 Évaluation de la qualité

                                          full.name merged.by.PA merged.by.run
1 quva_EMwmeanByTSS_mergedData_mergedRun_mergedAlgo   mergedData     mergedRun
2 quva_EMwmeanByTSS_mergedData_mergedRun_mergedAlgo   mergedData     mergedRun
  merged.by.algo filtered.by    algo metric.eval cutoff sensitivity specificity
1     mergedAlgo         TSS EMwmean         TSS  628.0      95.132      97.601
2     mergedAlgo         TSS EMwmean         ROC  631.5      95.132      97.665
  calibration validation evaluation
1       0.927         NA         NA
2       0.994         NA         NA
Évaluation de la qualité du modèle d'ensemble : Aire sous la courbe de ROC & True Skill Statistic.

Figure 79.11: Évaluation de la qualité du modèle d’ensemble : Aire sous la courbe de ROC & True Skill Statistic.

                                       full.name merged.by.PA merged.by.run
1 quva_EMcvByTSS_mergedData_mergedRun_mergedAlgo   mergedData     mergedRun
2 quva_EMcvByTSS_mergedData_mergedRun_mergedAlgo   mergedData     mergedRun
3 quva_EMcvByTSS_mergedData_mergedRun_mergedAlgo   mergedData     mergedRun
4 quva_EMcvByTSS_mergedData_mergedRun_mergedAlgo   mergedData     mergedRun
5 quva_EMcvByTSS_mergedData_mergedRun_mergedAlgo   mergedData     mergedRun
6 quva_EMcvByTSS_mergedData_mergedRun_mergedAlgo   mergedData     mergedRun
  merged.by.algo filtered.by algo        expl.var rand  var.imp
1     mergedAlgo         TSS EMcv temp_max_august    1 0.115241
2     mergedAlgo         TSS EMcv        temp_min    1 0.256390
3     mergedAlgo         TSS EMcv  temp_wet_quart    1 0.175430
4     mergedAlgo         TSS EMcv     temp_season    1 0.172387
5     mergedAlgo         TSS EMcv  prec_wet_quart    1 0.330064
6     mergedAlgo         TSS EMcv     prec_season    1 0.308385

Par variable :

Pourcentage de variance expliquée par variable dans le modèle d'ensemble.

Figure 79.12: Pourcentage de variance expliquée par variable dans le modèle d’ensemble.

Courbes de réponse de chaque variable climatique dans le modèle d'ensemble.

Figure 79.13: Courbes de réponse de chaque variable climatique dans le modèle d’ensemble.

79.3 Projections

79.3.1 Distribution potentielle contemporaine

Contemporaine : Cartographie des observations sur couches climatiques Extraction des conditions climatiques favorables


-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-= BIOMOD.projection.out -=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=

Projection directory : Output/quva/current


sp.name : quva

expl.var.names : temp_max_august temp_min temp_wet_quart temp_season 
prec_wet_quart prec_season


modeling.id : AllModels ( Output/quva/quva.AllModels.models.out )

models.projected : 
quva_PA1_RUN1_GAM, quva_PA1_RUN1_MARS, quva_PA1_RUN1_MAXNET, quva_PA1_RUN1_GBM, quva_PA1_RUN1_ANN, quva_PA1_RUN1_RF, quva_PA2_RUN1_GAM, quva_PA2_RUN1_MARS, quva_PA2_RUN1_MAXNET, quva_PA2_RUN1_GBM, quva_PA2_RUN1_ANN, quva_PA2_RUN1_RF, quva_PA3_RUN1_GAM, quva_PA3_RUN1_MARS, quva_PA3_RUN1_MAXNET, quva_PA3_RUN1_GBM, quva_PA3_RUN1_ANN, quva_PA3_RUN1_RF

available binary projection : TSS, ROC

available filtered projection : TSS, ROC

-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=
Projection de la distribution potentielle contemporaine sur l'Europe, selon les 6 algorithmes et les 3 runs.

Figure 79.14: Projection de la distribution potentielle contemporaine sur l’Europe, selon les 6 algorithmes et les 3 runs.

Projection de la distribution potentielle contemporaine sur l'Europe, selon les 6 algorithmes et les 3 runs.

Figure 79.15: Projection de la distribution potentielle contemporaine sur l’Europe, selon les 6 algorithmes et les 3 runs.


-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-= BIOMOD.projection.out -=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=

Projection directory : Output/quva/current


sp.name : quva

expl.var.names : temp_max_august temp_min temp_wet_quart temp_season 
prec_wet_quart prec_season


modeling.id : AllModels ( Output/quva/quva.AllModels.ensemble.models.out )

models.projected : 
quva_EMcvByTSS_mergedData_mergedRun_mergedAlgo, quva_EMwmeanByTSS_mergedData_mergedRun_mergedAlgo

-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=
A) Projection de la distribution potentielle contemporaine (modèle d'ensemble) ; B) Incertitude associée à la projection.

Figure 79.16: A) Projection de la distribution potentielle contemporaine (modèle d’ensemble) ; B) Incertitude associée à la projection.

79.3.2 Interpolation à l’échelle de la métropole

  • → conditions climatiques favorables à fine échelle

On projette la niche climatique sur ce raster à fine échelle.


-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-= BIOMOD.projection.out -=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=

Projection directory : Output/quva/cont_gre


sp.name : quva

expl.var.names : temp_max_august temp_min temp_wet_quart temp_season 
prec_wet_quart prec_season


modeling.id : AllModels ( Output/quva/quva.AllModels.models.out )

models.projected : 
quva_PA1_RUN1_GAM, quva_PA1_RUN1_MARS, quva_PA1_RUN1_MAXNET, quva_PA1_RUN1_GBM, quva_PA1_RUN1_ANN, quva_PA1_RUN1_RF, quva_PA2_RUN1_GAM, quva_PA2_RUN1_MARS, quva_PA2_RUN1_MAXNET, quva_PA2_RUN1_GBM, quva_PA2_RUN1_ANN, quva_PA2_RUN1_RF, quva_PA3_RUN1_GAM, quva_PA3_RUN1_MARS, quva_PA3_RUN1_MAXNET, quva_PA3_RUN1_GBM, quva_PA3_RUN1_ANN, quva_PA3_RUN1_RF

available binary projection : TSS, ROC

available filtered projection : TSS, ROC

-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=
Projection de la distribution potentielle contemporaine sur la métropole de Grenoble, selon les 6 algorithmes et les 3 runs.

Figure 79.17: Projection de la distribution potentielle contemporaine sur la métropole de Grenoble, selon les 6 algorithmes et les 3 runs.

Projection de la distribution potentielle contemporaine sur la métropole de Grenoble, selon les 6 algorithmes et les 3 runs.

Figure 79.18: Projection de la distribution potentielle contemporaine sur la métropole de Grenoble, selon les 6 algorithmes et les 3 runs.


-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-= BIOMOD.projection.out -=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=

Projection directory : Output/quva/cont_gre


sp.name : quva

expl.var.names : temp_max_august temp_min temp_wet_quart temp_season 
prec_wet_quart prec_season


modeling.id : AllModels ( Output/quva/quva.AllModels.ensemble.models.out )

models.projected : 
quva_EMcvByTSS_mergedData_mergedRun_mergedAlgo, quva_EMwmeanByTSS_mergedData_mergedRun_mergedAlgo

-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=
A) Projection de la distribution potentielle contemporaine (modèle d'ensemble) sur la métropole de Grenoble ; B) Incertitude associée à la projection.

Figure 79.19: A) Projection de la distribution potentielle contemporaine (modèle d’ensemble) sur la métropole de Grenoble ; B) Incertitude associée à la projection.

79.3.3 Distributions potentielles futures

Futur : Projection à l’échelle de l’Europe jusqu’à l’horizon 2100

Toutes les fenêtres temporelles × scénarios pour le GCM « IPSL-CM6A-LR »

  1. SSP1-2.6
Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP1-2.6 (modèle d'ensemble).Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP1-2.6 (modèle d'ensemble).Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP1-2.6 (modèle d'ensemble).Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP1-2.6 (modèle d'ensemble).Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP1-2.6 (modèle d'ensemble).

Figure 79.20: Projection des distributions potentielles futures jusqu’à l’horizon 2100 sous le scénario SSP1-2.6 (modèle d’ensemble).

On obtient pour la métrique TSS une carte unique de moyenne pondérée sur les algorithmes et sur les jeux de pseudo-absences.

  1. SSP2-4.5
Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP2-4.5 (modèle d'ensemble).Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP2-4.5 (modèle d'ensemble).Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP2-4.5 (modèle d'ensemble).Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP2-4.5 (modèle d'ensemble).Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP2-4.5 (modèle d'ensemble).

Figure 79.21: Projection des distributions potentielles futures jusqu’à l’horizon 2100 sous le scénario SSP2-4.5 (modèle d’ensemble).

  1. SSP3-7.0
Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP3-7.0 (modèle d'ensemble).Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP3-7.0 (modèle d'ensemble).Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP3-7.0 (modèle d'ensemble).Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP3-7.0 (modèle d'ensemble).Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP3-7.0 (modèle d'ensemble).

Figure 79.22: Projection des distributions potentielles futures jusqu’à l’horizon 2100 sous le scénario SSP3-7.0 (modèle d’ensemble).

  1. SSP5-8.5
Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble).Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble).Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble).Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble).Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble).

Figure 79.23: Projection des distributions potentielles futures jusqu’à l’horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d’ensemble).

79.4 Inférence à l’échelle de la métropole

  • Croisement avec températures de surface 2019 (fournie par la métropole)
  • → conditions climatiques favorables à fine échelle
  • à peu près 7 pixels × 9 (WorldClim)

79.4.1 Distributions potentielles futures

Même chose que précédemment mais sur les rasters de Grenoble

  1. SSP1-2.6
Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).

Figure 79.24: Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu’à l’horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d’ensemble, GCM IPSL).

  1. SSP2-4.5
Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).

Figure 79.25: Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu’à l’horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d’ensemble, GCM IPSL).

  1. SSP3-7.0
Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).

Figure 79.26: Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu’à l’horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d’ensemble, GCM IPSL).

  1. SSP5-8.5
Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).

Figure 79.27: Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu’à l’horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d’ensemble, GCM IPSL).

79.4.2 Évolution temporelle

# A tibble: 17 × 8
   min         q1          median      mean        q3          max   ssp    year
   <table[1d]> <table[1d]> <table[1d]> <table[1d]> <table[1d]> <tab> <fct> <dbl>
 1 149         293         316         311.8356    339         424   0      2000
 2 148         290         320         304.3330    340         424   126    2040
 3 144         273         314         293.8580    330         416   126    2060
 4 149         282         325         307.4938    348         434   126    2080
 5 147         280         323         306.2131    342         428   126    2100
 6 148         289         323         307.6609    346         427   245    2040
 7 148         274         322         303.7181    344         425   245    2060
 8 145         260         318         294.0232    339         432   245    2080
 9 146         249         310         282.9604    326         426   245    2100
10 147         289         320         303.9130    339         424   370    2040
11 146         267         318         297.5773    335         424   370    2060
12 142         232         300         264.7281    312         403   370    2080
13 142         167         265         246.7042    303         415   370    2100
14 150         292         325         309.0188    347         427   585    2040
15 146         266         325         303.4547    348         437   585    2060
16 150         174         288         266.7490    324         412   585    2080
17 144         180         191         201.3382    209         382   585    2100
Évolution de la favorabilité climatique au cours du XXIème siècle. Le point représente la médiane sur l'étendue de la métropole (i.e. tous les pixels de la carte) ; le trait gras représente 50 % des données intermédiaires (espace inter-quartile) ; le trait fin représente le reste des données du minimum au maximum.

Figure 79.28: Évolution de la favorabilité climatique au cours du XXIème siècle. Le point représente la médiane sur l’étendue de la métropole (i.e. tous les pixels de la carte) ; le trait gras représente 50 % des données intermédiaires (espace inter-quartile) ; le trait fin représente le reste des données du minimum au maximum.