40 Acer saccharinum

40.1 Données d’occurrences GBIF

Collecte des données du GBIF :

<<gbif download metadata>>
  Status: SUCCEEDED
  DOI: 10.15468/dl.92r5r2
  Format: SIMPLE_CSV
  Download key: 0232089-230224095556074
  Created: 2023-05-11T07:04:16.536+00:00
  Modified: 2023-05-11T07:05:46.751+00:00
  Download link: https://api.gbif.org/v1/occurrence/download/request/0232089-230224095556074.zip
  Total records: 60416

Conversion en objets géographiques (format Simple feature de sf) et exploration rapide des données (classe du jeu de données et premières lignes du tableau) :

Simple feature collection with 8799 features and 50 fields
Attribute-geometry relationship: 50 constant, 0 aggregate, 0 identity
Geometry type: POINT
Dimension:     XY
Bounding box:  xmin: -123.444337 ymin: -33.619444 xmax: 151.866595 ymax: 63.434
Geodetic CRS:  WGS 84
# A tibble: 8,799 × 51
    gbifID datasetKey occurrenceID kingdom phylum class order family genus species infraspecificEpithet
 * <int64> <chr>      <chr>        <chr>   <chr>  <chr> <chr> <chr>  <chr> <chr>   <lgl>               
 1    3.e9 d1e9202b-… NYCstreetTr… Plantae Trach… Magn… Sapi… Sapin… Acer  Acer s… NA                  
 2    3.e9 d1e9202b-… NYCstreetTr… Plantae Trach… Magn… Sapi… Sapin… Acer  Acer s… NA                  
 3    3.e9 c4e1739b-… BISON:New Y… Plantae Trach… Magn… Sapi… Sapin… Acer  Acer s… NA                  
 4    3.e9 c4e1739b-… BISON:New Y… Plantae Trach… Magn… Sapi… Sapin… Acer  Acer s… NA                  
 5    3.e9 d1e9202b-… NYCstreetTr… Plantae Trach… Magn… Sapi… Sapin… Acer  Acer s… NA                  
 6    3.e9 5f06e39d-… USFS - New … Plantae Trach… Magn… Sapi… Sapin… Acer  Acer s… NA                  
 7    3.e9 d1e9202b-… NYCstreetTr… Plantae Trach… Magn… Sapi… Sapin… Acer  Acer s… NA                  
 8    3.e9 5f06e39d-… USFS - New … Plantae Trach… Magn… Sapi… Sapin… Acer  Acer s… NA                  
 9    3.e9 5f06e39d-… USFS - New … Plantae Trach… Magn… Sapi… Sapin… Acer  Acer s… NA                  
10    3.e9 c4e1739b-… BISON:New Y… Plantae Trach… Magn… Sapi… Sapin… Acer  Acer s… NA                  
# ℹ 8,789 more rows
# ℹ 40 more variables: taxonRank <chr>, scientificName <chr>, verbatimScientificName <chr>,
#   verbatimScientificNameAuthorship <chr>, countryCode <chr>, locality <chr>, stateProvince <chr>,
#   occurrenceStatus <chr>, individualCount <int>, publishingOrgKey <chr>, decimalLatitude <dbl>,
#   decimalLongitude <dbl>, coordinateUncertaintyInMeters <dbl>, coordinatePrecision <dbl>,
#   elevation <dbl>, elevationAccuracy <dbl>, depth <lgl>, depthAccuracy <lgl>, eventDate <dttm>,
#   day <int>, month <int>, year <int>, taxonKey <int>, speciesKey <int>, basisOfRecord <chr>, …

Il y a 8 799 occurrences dans le jeu de données. On les affiche sur la carte du monde :

Occurrences de Acer saccharinum dans le monde.

Figure 40.1: Occurrences de Acer saccharinum dans le monde.

40.1.1 Données par région

On évalue la proportion d’occurrences dans chaque région, en utilisant les 3 masques créés précédemment. Si on a au moins 50 % des occurrences dans une région, on peut continuer en travaillant uniquement sur ces données. Sinon, on vérifie qu’au moins 67 % des données tombent dans l’ensemble des régions, et on prend la région la plus représentée. Au final, s’il s’agit d’une espèce endémique d’Europe, on n’a pas besoin de manipulation supplémentaire.

[1] 0.3083304921
[1] 0.6895101716
[1] 0.001477440618

Espèce endémique d’Amérique du Nord

Occurrence de Acer saccharinum dans la région d'endémisme.

Figure 40.2: Occurrence de Acer saccharinum dans la région d’endémisme.

40.1.2 Licences

On s’intéresse ici au problème particulier des licences :


   CC_BY_4_0 CC_BY_NC_4_0      CC0_1_0 
        1104         4187          776 
[1] 30.98730839
Occurrence de Acer saccharinum dans la région d'endémisme, selon la licence : CC BY-NC en bleu ; CC0 et CC BY en orange.

Figure 40.3: Occurrence de Acer saccharinum dans la région d’endémisme, selon la licence : CC BY-NC en bleu ; CC0 et CC BY en orange.

Idéalement, on aimerait avoir au moins 50 % de données vraiment libres d’utilisation (c’est-à-dire sans la clause -NC). On continue en supprimant les données en CC BY-NC.

Moins de 50 % de données librement utilisables

[1] 1880

40.1.3 Sous-échantillonnage

Si le jeu de données contient 25 000 occurrences ou plus, on procède au sous-échantillonnage aléatoire pour en conserver un maximum de 25 000.

Moins de 25 000 occurrences : pas de sous-échantillonnage

Simple feature collection with 1880 features and 50 fields
Attribute-geometry relationship: 50 constant, 0 aggregate, 0 identity
Geometry type: POINT
Dimension:     XY
Bounding box:  xmin: -123.213858 ymin: 28.330191 xmax: -63.43402 ymax: 50.686389
Geodetic CRS:  WGS 84
# A tibble: 1,880 × 51
    gbifID datasetKey occurrenceID kingdom phylum class order family genus species infraspecificEpithet
   <int64> <chr>      <chr>        <chr>   <chr>  <chr> <chr> <chr>  <chr> <chr>   <lgl>               
 1    3.e9 d1e9202b-… NYCstreetTr… Plantae Trach… Magn… Sapi… Sapin… Acer  Acer s… NA                  
 2    3.e9 d1e9202b-… NYCstreetTr… Plantae Trach… Magn… Sapi… Sapin… Acer  Acer s… NA                  
 3    3.e9 c4e1739b-… BISON:New Y… Plantae Trach… Magn… Sapi… Sapin… Acer  Acer s… NA                  
 4    3.e9 c4e1739b-… BISON:New Y… Plantae Trach… Magn… Sapi… Sapin… Acer  Acer s… NA                  
 5    3.e9 d1e9202b-… NYCstreetTr… Plantae Trach… Magn… Sapi… Sapin… Acer  Acer s… NA                  
 6    3.e9 5f06e39d-… USFS - New … Plantae Trach… Magn… Sapi… Sapin… Acer  Acer s… NA                  
 7    3.e9 d1e9202b-… NYCstreetTr… Plantae Trach… Magn… Sapi… Sapin… Acer  Acer s… NA                  
 8    3.e9 5f06e39d-… USFS - New … Plantae Trach… Magn… Sapi… Sapin… Acer  Acer s… NA                  
 9    3.e9 5f06e39d-… USFS - New … Plantae Trach… Magn… Sapi… Sapin… Acer  Acer s… NA                  
10    3.e9 c4e1739b-… BISON:New Y… Plantae Trach… Magn… Sapi… Sapin… Acer  Acer s… NA                  
# ℹ 1,870 more rows
# ℹ 40 more variables: taxonRank <chr>, scientificName <chr>, verbatimScientificName <chr>,
#   verbatimScientificNameAuthorship <chr>, countryCode <chr>, locality <chr>, stateProvince <chr>,
#   occurrenceStatus <chr>, individualCount <int>, publishingOrgKey <chr>, decimalLatitude <dbl>,
#   decimalLongitude <dbl>, coordinateUncertaintyInMeters <dbl>, coordinatePrecision <dbl>,
#   elevation <dbl>, elevationAccuracy <dbl>, depth <lgl>, depthAccuracy <lgl>, eventDate <dttm>,
#   day <int>, month <int>, year <int>, taxonKey <int>, speciesKey <int>, basisOfRecord <chr>, …

40.1.4 Carte finale

On prépare la carte finale des occurrences :

Occurrence de Acer saccharinum dans la région d'endémisme après sous-échantillonnage éventuel.

Figure 40.4: Occurrence de Acer saccharinum dans la région d’endémisme après sous-échantillonnage éventuel.

40.2 Modélisation de la niche climatique

40.2.1 Préparer les données

Organisation des données d’entrées (occurrences et données environnementales) et des données produites de pseudo-absences :

 class       : SpatVector 
 geometry    : points 
 dimensions  : 1880, 0  (geometries, attributes)
 extent      : -123.2139, -63.43402, 28.33019, 50.68639  (xmin, xmax, ymin, ymax)
 coord. ref. : lon/lat WGS 84 (EPSG:4326) 

-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-= acsa Data Formating -=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=

      ! Response variable is considered as only presences... Is it really what you want?
      ! No data has been set aside for modeling evaluation
 !!! Some data are located in the same raster cell. 
          Please set `filter.raster = TRUE` if you want an automatic filtering.

Checking Pseudo-absence selection arguments...

   > random pseudo absences selection
   > Pseudo absences are selected in explanatory variables
 ! Some NAs have been automatically removed from your data
 !!! Some data are located in the same raster cell. 
          Please set `filter.raster = TRUE` if you want an automatic filtering.
-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-= Done -=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=

-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-= BIOMOD.formated.data -=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=

dir.name =  Output

sp.name =  acsa

     1879 presences,  0 true absences and  5629 undefined points in dataset


     6 explanatory variables

 temp_max_august     temp_min       temp_wet_quart    temp_season     
 Min.   : 7.884   Min.   :-30.752   Min.   :-11.72   Min.   :  49.97  
 1st Qu.:24.007   1st Qu.:-15.629   1st Qu.: 11.51   1st Qu.: 771.59  
 Median :27.916   Median : -8.778   Median : 17.17   Median : 914.51  
 Mean   :27.388   Mean   : -8.752   Mean   : 15.78   Mean   : 897.13  
 3rd Qu.:31.152   3rd Qu.: -2.878   3rd Qu.: 21.34   3rd Qu.:1080.46  
 Max.   :44.140   Max.   : 21.852   Max.   : 33.06   Max.   :1472.54  
 prec_wet_quart    prec_season     
 Min.   :  24.0   Min.   :  5.798  
 1st Qu.: 219.0   1st Qu.: 18.777  
 Median : 294.0   Median : 34.322  
 Mean   : 308.9   Mean   : 39.832  
 3rd Qu.: 341.0   3rd Qu.: 55.896  
 Max.   :1760.0   Max.   :137.768  

-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=

On visualise les pseudo-absences :

Les données d'occurrences (en haut à gauche) et les trois jeux de données aléatoires de pseudo-absences.

Figure 40.5: Les données d’occurrences (en haut à gauche) et les trois jeux de données aléatoires de pseudo-absences.

$data.vect
 class       : SpatVector 
 geometry    : points 
 dimensions  : 13156, 2  (geometries, attributes)
 extent      : -129.8958, -52.77083, 13.0625, 54.97917  (xmin, xmax, ymin, ymax)
 coord. ref. :  
 names       :  resp         dataset
 type        : <num>           <chr>
 values      :    10 Initial dataset
                  10 Initial dataset
                  10 Initial dataset

$data.label
                              9                              10 
                "**Presences**"       "Presences (calibration)" 
                             11                              12 
       "Presences (validation)"        "Presences (evaluation)" 
                             19                              20 
            "**True Absences**"   "True Absences (calibration)" 
                             21                              22 
   "True Absences (validation)"    "True Absences (evaluation)" 
                             29                              30 
          "**Pseudo-Absences**" "Pseudo-Absences (calibration)" 
                             31                               1 
 "Pseudo-Absences (validation)"                    "Background" 

$data.plot
Les données d'occurrences (en haut à gauche) et les trois jeux de données aléatoires de pseudo-absences.

Figure 40.6: Les données d’occurrences (en haut à gauche) et les trois jeux de données aléatoires de pseudo-absences.

40.2.2 Modèles individuels de niche


-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-= Build Single Models -=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=


Checking Models arguments...

Creating suitable Workdir...

            ! Weights where automatically defined for acsa_PA1 to rise a 0.5 prevalence !
            ! Weights where automatically defined for acsa_PA2 to rise a 0.5 prevalence !
            ! Weights where automatically defined for acsa_PA3 to rise a 0.5 prevalence !


-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-= acsa Modeling Summary -=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=

 6  environmental variables ( temp_max_august temp_min temp_wet_quart temp_season prec_wet_quart prec_season )
Number of evaluation repetitions : 1
Models selected : GAM MARS MAXNET GBM ANN RF 

Total number of model runs: 18 

-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=


-=-=-=- Run :  acsa_PA1 


-=-=-=--=-=-=- acsa_PA1_RUN1 


-=-=-=- Run :  acsa_PA2 


-=-=-=--=-=-=- acsa_PA2_RUN1 


-=-=-=- Run :  acsa_PA3 


-=-=-=--=-=-=- acsa_PA3_RUN1 

-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-= Done -=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=

40.2.2.1 Évaluation de la performance

             full.name  PA  run   algo metric.eval cutoff sensitivity
1    acsa_PA1_RUN1_GAM PA1 RUN1    GAM         TSS  727.0      89.088
2    acsa_PA1_RUN1_GAM PA1 RUN1    GAM         ROC  727.5      89.022
3   acsa_PA1_RUN1_MARS PA1 RUN1   MARS         TSS  491.0      88.556
4   acsa_PA1_RUN1_MARS PA1 RUN1   MARS         ROC  496.5      88.290
5 acsa_PA1_RUN1_MAXNET PA1 RUN1 MAXNET         TSS  364.0      93.214
6 acsa_PA1_RUN1_MAXNET PA1 RUN1 MAXNET         ROC  366.5      93.214
  specificity calibration validation evaluation
1      68.285       0.574      0.580         NA
2      68.418       0.781      0.786         NA
3      79.122       0.678      0.684         NA
4      79.588       0.910      0.909         NA
5      75.532       0.688      0.705         NA
6      75.864       0.918      0.923         NA
Évaluation de la performance des modèles individuels : True Skill Statistic & aire sous la courbe de ROC.

Figure 40.7: Évaluation de la performance des modèles individuels : True Skill Statistic & aire sous la courbe de ROC.

40.2.2.2 Importance des variables environnementales

          full.name  PA  run algo        expl.var rand  var.imp
1 acsa_PA1_RUN1_GAM PA1 RUN1  GAM temp_max_august    1 0.316218
2 acsa_PA1_RUN1_GAM PA1 RUN1  GAM        temp_min    1 0.699290
3 acsa_PA1_RUN1_GAM PA1 RUN1  GAM  temp_wet_quart    1 0.006453
4 acsa_PA1_RUN1_GAM PA1 RUN1  GAM     temp_season    1 0.347845
5 acsa_PA1_RUN1_GAM PA1 RUN1  GAM  prec_wet_quart    1 0.061213
6 acsa_PA1_RUN1_GAM PA1 RUN1  GAM     prec_season    1 0.233900
Pourcentage de variance expliquée pour chaque variable, décomposé par algorithme.

Figure 40.8: Pourcentage de variance expliquée pour chaque variable, décomposé par algorithme.

Pourcentage de variance expliquée pour chaque variable, décomposé par variable.

Figure 40.9: Pourcentage de variance expliquée pour chaque variable, décomposé par variable.

40.2.2.3 Courbes de réponses

Courbes de réponse de chaque variable climatique selon l'algorithme (en couleurs).

Figure 40.10: Courbes de réponse de chaque variable climatique selon l’algorithme (en couleurs).

40.2.3 Modèles d’ensemble de niche

Seulement modèles avec TSS > 0.8


-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-= BIOMOD.ensemble.models.out -=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=

sp.name : acsa

expl.var.names : temp_max_august temp_min temp_wet_quart temp_season 
prec_wet_quart prec_season


models computed: 
acsa_EMcvByTSS_mergedData_mergedRun_mergedAlgo, acsa_EMwmeanByTSS_mergedData_mergedRun_mergedAlgo

models failed: none

-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=

40.2.3.1 Évaluation de la qualité

                                          full.name merged.by.PA merged.by.run
1 acsa_EMwmeanByTSS_mergedData_mergedRun_mergedAlgo   mergedData     mergedRun
2 acsa_EMwmeanByTSS_mergedData_mergedRun_mergedAlgo   mergedData     mergedRun
  merged.by.algo filtered.by    algo metric.eval cutoff sensitivity specificity
1     mergedAlgo         TSS EMwmean         TSS  626.0      95.263      94.706
2     mergedAlgo         TSS EMwmean         ROC  632.5      95.210      94.990
  calibration validation evaluation
1       0.900         NA         NA
2       0.989         NA         NA
Évaluation de la qualité du modèle d'ensemble : Aire sous la courbe de ROC & True Skill Statistic.

Figure 40.11: Évaluation de la qualité du modèle d’ensemble : Aire sous la courbe de ROC & True Skill Statistic.

                                       full.name merged.by.PA merged.by.run
1 acsa_EMcvByTSS_mergedData_mergedRun_mergedAlgo   mergedData     mergedRun
2 acsa_EMcvByTSS_mergedData_mergedRun_mergedAlgo   mergedData     mergedRun
3 acsa_EMcvByTSS_mergedData_mergedRun_mergedAlgo   mergedData     mergedRun
4 acsa_EMcvByTSS_mergedData_mergedRun_mergedAlgo   mergedData     mergedRun
5 acsa_EMcvByTSS_mergedData_mergedRun_mergedAlgo   mergedData     mergedRun
6 acsa_EMcvByTSS_mergedData_mergedRun_mergedAlgo   mergedData     mergedRun
  merged.by.algo filtered.by algo        expl.var rand  var.imp
1     mergedAlgo         TSS EMcv temp_max_august    1 0.547673
2     mergedAlgo         TSS EMcv        temp_min    1 0.543906
3     mergedAlgo         TSS EMcv  temp_wet_quart    1 0.526980
4     mergedAlgo         TSS EMcv     temp_season    1 0.538692
5     mergedAlgo         TSS EMcv  prec_wet_quart    1 0.402550
6     mergedAlgo         TSS EMcv     prec_season    1 0.522263

Par variable :

Pourcentage de variance expliquée par variable dans le modèle d'ensemble.

Figure 40.12: Pourcentage de variance expliquée par variable dans le modèle d’ensemble.

Courbes de réponse de chaque variable climatique dans le modèle d'ensemble.

Figure 40.13: Courbes de réponse de chaque variable climatique dans le modèle d’ensemble.

40.3 Projections

40.3.1 Distribution potentielle contemporaine

Contemporaine : Cartographie des observations sur couches climatiques Extraction des conditions climatiques favorables


-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-= BIOMOD.projection.out -=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=

Projection directory : Output/acsa/current


sp.name : acsa

expl.var.names : temp_max_august temp_min temp_wet_quart temp_season 
prec_wet_quart prec_season


modeling.id : AllModels ( Output/acsa/acsa.AllModels.models.out )

models.projected : 
acsa_PA1_RUN1_GAM, acsa_PA1_RUN1_MARS, acsa_PA1_RUN1_MAXNET, acsa_PA1_RUN1_GBM, acsa_PA1_RUN1_ANN, acsa_PA1_RUN1_RF, acsa_PA2_RUN1_GAM, acsa_PA2_RUN1_MARS, acsa_PA2_RUN1_MAXNET, acsa_PA2_RUN1_GBM, acsa_PA2_RUN1_ANN, acsa_PA2_RUN1_RF, acsa_PA3_RUN1_GAM, acsa_PA3_RUN1_MARS, acsa_PA3_RUN1_MAXNET, acsa_PA3_RUN1_GBM, acsa_PA3_RUN1_ANN, acsa_PA3_RUN1_RF

available binary projection : TSS, ROC

available filtered projection : TSS, ROC

-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=
Projection de la distribution potentielle contemporaine sur l'Europe, selon les 6 algorithmes et les 3 runs.

Figure 40.14: Projection de la distribution potentielle contemporaine sur l’Europe, selon les 6 algorithmes et les 3 runs.

Projection de la distribution potentielle contemporaine sur l'Europe, selon les 6 algorithmes et les 3 runs.

Figure 40.15: Projection de la distribution potentielle contemporaine sur l’Europe, selon les 6 algorithmes et les 3 runs.


-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-= BIOMOD.projection.out -=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=

Projection directory : Output/acsa/current


sp.name : acsa

expl.var.names : temp_max_august temp_min temp_wet_quart temp_season 
prec_wet_quart prec_season


modeling.id : AllModels ( Output/acsa/acsa.AllModels.ensemble.models.out )

models.projected : 
acsa_EMcvByTSS_mergedData_mergedRun_mergedAlgo, acsa_EMwmeanByTSS_mergedData_mergedRun_mergedAlgo

-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=
A) Projection de la distribution potentielle contemporaine (modèle d'ensemble) ; B) Incertitude associée à la projection.

Figure 40.16: A) Projection de la distribution potentielle contemporaine (modèle d’ensemble) ; B) Incertitude associée à la projection.

40.3.2 Interpolation à l’échelle de la métropole

  • → conditions climatiques favorables à fine échelle

On projette la niche climatique sur ce raster à fine échelle.


-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-= BIOMOD.projection.out -=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=

Projection directory : Output/acsa/cont_gre


sp.name : acsa

expl.var.names : temp_max_august temp_min temp_wet_quart temp_season 
prec_wet_quart prec_season


modeling.id : AllModels ( Output/acsa/acsa.AllModels.models.out )

models.projected : 
acsa_PA1_RUN1_GAM, acsa_PA1_RUN1_MARS, acsa_PA1_RUN1_MAXNET, acsa_PA1_RUN1_GBM, acsa_PA1_RUN1_ANN, acsa_PA1_RUN1_RF, acsa_PA2_RUN1_GAM, acsa_PA2_RUN1_MARS, acsa_PA2_RUN1_MAXNET, acsa_PA2_RUN1_GBM, acsa_PA2_RUN1_ANN, acsa_PA2_RUN1_RF, acsa_PA3_RUN1_GAM, acsa_PA3_RUN1_MARS, acsa_PA3_RUN1_MAXNET, acsa_PA3_RUN1_GBM, acsa_PA3_RUN1_ANN, acsa_PA3_RUN1_RF

available binary projection : TSS, ROC

available filtered projection : TSS, ROC

-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=
Projection de la distribution potentielle contemporaine sur la métropole de Grenoble, selon les 6 algorithmes et les 3 runs.

Figure 40.17: Projection de la distribution potentielle contemporaine sur la métropole de Grenoble, selon les 6 algorithmes et les 3 runs.

Projection de la distribution potentielle contemporaine sur la métropole de Grenoble, selon les 6 algorithmes et les 3 runs.

Figure 40.18: Projection de la distribution potentielle contemporaine sur la métropole de Grenoble, selon les 6 algorithmes et les 3 runs.


-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-= BIOMOD.projection.out -=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=

Projection directory : Output/acsa/cont_gre


sp.name : acsa

expl.var.names : temp_max_august temp_min temp_wet_quart temp_season 
prec_wet_quart prec_season


modeling.id : AllModels ( Output/acsa/acsa.AllModels.ensemble.models.out )

models.projected : 
acsa_EMcvByTSS_mergedData_mergedRun_mergedAlgo, acsa_EMwmeanByTSS_mergedData_mergedRun_mergedAlgo

-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=
A) Projection de la distribution potentielle contemporaine (modèle d'ensemble) sur la métropole de Grenoble ; B) Incertitude associée à la projection.

Figure 40.19: A) Projection de la distribution potentielle contemporaine (modèle d’ensemble) sur la métropole de Grenoble ; B) Incertitude associée à la projection.

40.3.3 Distributions potentielles futures

Futur : Projection à l’échelle de l’Europe jusqu’à l’horizon 2100

Toutes les fenêtres temporelles × scénarios pour le GCM « IPSL-CM6A-LR »

  1. SSP1-2.6
Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP1-2.6 (modèle d'ensemble).Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP1-2.6 (modèle d'ensemble).Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP1-2.6 (modèle d'ensemble).Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP1-2.6 (modèle d'ensemble).Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP1-2.6 (modèle d'ensemble).

Figure 40.20: Projection des distributions potentielles futures jusqu’à l’horizon 2100 sous le scénario SSP1-2.6 (modèle d’ensemble).

On obtient pour la métrique TSS une carte unique de moyenne pondérée sur les algorithmes et sur les jeux de pseudo-absences.

  1. SSP2-4.5
Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP2-4.5 (modèle d'ensemble).Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP2-4.5 (modèle d'ensemble).Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP2-4.5 (modèle d'ensemble).Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP2-4.5 (modèle d'ensemble).Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP2-4.5 (modèle d'ensemble).

Figure 40.21: Projection des distributions potentielles futures jusqu’à l’horizon 2100 sous le scénario SSP2-4.5 (modèle d’ensemble).

  1. SSP3-7.0
Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP3-7.0 (modèle d'ensemble).Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP3-7.0 (modèle d'ensemble).Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP3-7.0 (modèle d'ensemble).Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP3-7.0 (modèle d'ensemble).Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP3-7.0 (modèle d'ensemble).

Figure 40.22: Projection des distributions potentielles futures jusqu’à l’horizon 2100 sous le scénario SSP3-7.0 (modèle d’ensemble).

  1. SSP5-8.5
Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble).Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble).Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble).Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble).Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble).

Figure 40.23: Projection des distributions potentielles futures jusqu’à l’horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d’ensemble).

40.4 Inférence à l’échelle de la métropole

  • Croisement avec températures de surface 2019 (fournie par la métropole)
  • → conditions climatiques favorables à fine échelle
  • à peu près 7 pixels × 9 (WorldClim)

40.4.1 Distributions potentielles futures

Même chose que précédemment mais sur les rasters de Grenoble

  1. SSP1-2.6
Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).

Figure 40.24: Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu’à l’horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d’ensemble, GCM IPSL).

  1. SSP2-4.5
Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).

Figure 40.25: Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu’à l’horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d’ensemble, GCM IPSL).

  1. SSP3-7.0
Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).

Figure 40.26: Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu’à l’horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d’ensemble, GCM IPSL).

  1. SSP5-8.5
Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).

Figure 40.27: Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu’à l’horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d’ensemble, GCM IPSL).

40.4.2 Évolution temporelle

# A tibble: 17 × 8
   min         q1          median      mean        q3          max   ssp    year
   <table[1d]> <table[1d]> <table[1d]> <table[1d]> <table[1d]> <tab> <fct> <dbl>
 1  93         167         238         262.8719    355         690   0      2000
 2 117         216         272         281.7637    330         712   126    2040
 3 102         225         280         278.3669    323         579   126    2060
 4 109         236         293         273.9376    321         502   126    2080
 5 105         229         290         277.8765    324         541   126    2100
 6 117         218         278         289.9327    342         704   245    2040
 7 106         227         286         268.2476    316         515   245    2060
 8 100         205         288         263.5965    317         542   245    2080
 9 100         168         281         264.2461    322         485   245    2100
10  98         216         275         283.5842    335         708   370    2040
11  97         230         291         277.0068    327         541   370    2060
12 104         189         281         281.4713    341         522   370    2080
13 146         196         304         280.9054    345         501   370    2100
14 103         213         281         265.6152    314         500   585    2040
15  97         216         285         260.2487    314         494   585    2060
16 113         189         300         275.8653    334         565   585    2080
17 159         208         246         268.8428    329         503   585    2100
Évolution de la favorabilité climatique au cours du XXIème siècle. Le point représente la médiane sur l'étendue de la métropole (i.e. tous les pixels de la carte) ; le trait gras représente 50 % des données intermédiaires (espace inter-quartile) ; le trait fin représente le reste des données du minimum au maximum.

Figure 40.28: Évolution de la favorabilité climatique au cours du XXIème siècle. Le point représente la médiane sur l’étendue de la métropole (i.e. tous les pixels de la carte) ; le trait gras représente 50 % des données intermédiaires (espace inter-quartile) ; le trait fin représente le reste des données du minimum au maximum.