132 Cupressus sempervirens

132.1 Données d’occurrences GBIF

Collecte des données du GBIF :

<<gbif download metadata>>
  Status: SUCCEEDED
  DOI: 10.15468/dl.vndync
  Format: SIMPLE_CSV
  Download key: 0252551-230224095556074
  Created: 2023-05-20T16:30:32.699+00:00
  Modified: 2023-05-20T16:31:22.606+00:00
  Download link: https://api.gbif.org/v1/occurrence/download/request/0252551-230224095556074.zip
  Total records: 4935

Conversion en objets géographiques (format Simple feature de sf) et exploration rapide des données (classe du jeu de données et premières lignes du tableau) :

Simple feature collection with 4935 features and 50 fields
Attribute-geometry relationship: 50 constant, 0 aggregate, 0 identity
Geometry type: POINT
Dimension:     XY
Bounding box:  xmin: -122.5177538 ymin: -41.254 xmax: 173.311 ymax: 59.46983
Geodetic CRS:  WGS 84
# A tibble: 4,935 × 51
     gbifID datasetKey occurrenceID kingdom phylum class order family genus species infraspecificEpithet
 *  <int64> <chr>      <chr>        <chr>   <chr>  <chr> <chr> <chr>  <chr> <chr>   <chr>               
 1      9e8 6ac3f774-… ""           Plantae Trach… Pino… Pina… Cupre… Cupr… Cupres… ""                  
 2      9e8 6ac3f774-… ""           Plantae Trach… Pino… Pina… Cupre… Cupr… Cupres… ""                  
 3      9e8 6ac3f774-… ""           Plantae Trach… Pino… Pina… Cupre… Cupr… Cupres… ""                  
 4      9e8 6ac3f774-… ""           Plantae Trach… Pino… Pina… Cupre… Cupr… Cupres… ""                  
 5      9e8 6ac3f774-… ""           Plantae Trach… Pino… Pina… Cupre… Cupr… Cupres… ""                  
 6      9e8 6ac3f774-… ""           Plantae Trach… Pino… Pina… Cupre… Cupr… Cupres… "horizontalis"      
 7      9e8 6ac3f774-… ""           Plantae Trach… Pino… Pina… Cupre… Cupr… Cupres… ""                  
 8      9e8 6ac3f774-… ""           Plantae Trach… Pino… Pina… Cupre… Cupr… Cupres… ""                  
 9      9e8 6ac3f774-… ""           Plantae Trach… Pino… Pina… Cupre… Cupr… Cupres… ""                  
10      9e8 6ac3f774-… ""           Plantae Trach… Pino… Pina… Cupre… Cupr… Cupres… ""                  
# ℹ 4,925 more rows
# ℹ 40 more variables: taxonRank <chr>, scientificName <chr>, verbatimScientificName <chr>,
#   verbatimScientificNameAuthorship <chr>, countryCode <chr>, locality <chr>, stateProvince <chr>,
#   occurrenceStatus <chr>, individualCount <int>, publishingOrgKey <chr>, decimalLatitude <dbl>,
#   decimalLongitude <dbl>, coordinateUncertaintyInMeters <dbl>, coordinatePrecision <dbl>,
#   elevation <dbl>, elevationAccuracy <dbl>, depth <dbl>, depthAccuracy <dbl>, eventDate <dttm>,
#   day <int>, month <int>, year <int>, taxonKey <int>, speciesKey <int>, basisOfRecord <chr>, …

Il y a 4 935 occurrences dans le jeu de données. On les affiche sur la carte du monde :

Occurrences de Cupressus sempervirens dans le monde.

Figure 132.1: Occurrences de Cupressus sempervirens dans le monde.

132.1.1 Données par région

On évalue la proportion d’occurrences dans chaque région, en utilisant les 3 masques créés précédemment. Si on a au moins 50 % des occurrences dans une région, on peut continuer en travaillant uniquement sur ces données. Sinon, on vérifie qu’au moins 67 % des données tombent dans l’ensemble des régions, et on prend la région la plus représentée. Au final, s’il s’agit d’une espèce endémique d’Europe, on n’a pas besoin de manipulation supplémentaire.

[1] 0.9529888551
[1] 0.009321175279
[1] 0.0004052684904

Espèce endémique d’Europe

Occurrence de Cupressus sempervirens dans la région d'endémisme.

Figure 132.2: Occurrence de Cupressus sempervirens dans la région d’endémisme.

132.1.2 Licences

On s’intéresse ici au problème particulier des licences :


                                                  CC_BY_4_0 
                                                       3796 
                                               CC_BY_NC_4_0 
                                                        828 
                                                    CC0_1_0 
                                                         36 
   https://creativecommons.org/licenses/by-nc/4.0/legalcode 
                                                         38 
      https://creativecommons.org/licenses/by/4.0/legalcode 
                                                          1 
https://creativecommons.org/publicdomain/zero/1.0/legalcode 
                                                          4 
[1] 81.58622156
Occurrence de Cupressus sempervirens dans la région d'endémisme, selon la licence : CC BY-NC en bleu ; CC0 et CC BY en orange.

Figure 132.3: Occurrence de Cupressus sempervirens dans la région d’endémisme, selon la licence : CC BY-NC en bleu ; CC0 et CC BY en orange.

Idéalement, on aimerait avoir au moins 50 % de données vraiment libres d’utilisation (c’est-à-dire sans la clause -NC). On continue en supprimant les données en CC BY-NC.

[1] 3837

132.1.3 Sous-échantillonnage

Si le jeu de données contient 25 000 occurrences ou plus, on procède au sous-échantillonnage aléatoire pour en conserver un maximum de 25 000.

Moins de 25 000 occurrences : pas de sous-échantillonnage

Simple feature collection with 3837 features and 50 fields
Attribute-geometry relationship: 50 constant, 0 aggregate, 0 identity
Geometry type: POINT
Dimension:     XY
Bounding box:  xmin: -9.429055 ymin: 31.200001 xmax: 40.329046 ymax: 54.247471
Geodetic CRS:  WGS 84
# A tibble: 3,837 × 51
     gbifID datasetKey occurrenceID kingdom phylum class order family genus species infraspecificEpithet
    <int64> <chr>      <chr>        <chr>   <chr>  <chr> <chr> <chr>  <chr> <chr>   <chr>               
 1      9e8 6ac3f774-… ""           Plantae Trach… Pino… Pina… Cupre… Cupr… Cupres… ""                  
 2      9e8 6ac3f774-… ""           Plantae Trach… Pino… Pina… Cupre… Cupr… Cupres… ""                  
 3      9e8 6ac3f774-… ""           Plantae Trach… Pino… Pina… Cupre… Cupr… Cupres… ""                  
 4      9e8 6ac3f774-… ""           Plantae Trach… Pino… Pina… Cupre… Cupr… Cupres… ""                  
 5      9e8 6ac3f774-… ""           Plantae Trach… Pino… Pina… Cupre… Cupr… Cupres… "horizontalis"      
 6      9e8 6ac3f774-… ""           Plantae Trach… Pino… Pina… Cupre… Cupr… Cupres… ""                  
 7      9e8 6ac3f774-… ""           Plantae Trach… Pino… Pina… Cupre… Cupr… Cupres… ""                  
 8      9e8 6ac3f774-… ""           Plantae Trach… Pino… Pina… Cupre… Cupr… Cupres… ""                  
 9      9e8 6ac3f774-… ""           Plantae Trach… Pino… Pina… Cupre… Cupr… Cupres… ""                  
10      9e8 6ac3f774-… ""           Plantae Trach… Pino… Pina… Cupre… Cupr… Cupres… ""                  
# ℹ 3,827 more rows
# ℹ 40 more variables: taxonRank <chr>, scientificName <chr>, verbatimScientificName <chr>,
#   verbatimScientificNameAuthorship <chr>, countryCode <chr>, locality <chr>, stateProvince <chr>,
#   occurrenceStatus <chr>, individualCount <int>, publishingOrgKey <chr>, decimalLatitude <dbl>,
#   decimalLongitude <dbl>, coordinateUncertaintyInMeters <dbl>, coordinatePrecision <dbl>,
#   elevation <dbl>, elevationAccuracy <dbl>, depth <dbl>, depthAccuracy <dbl>, eventDate <dttm>,
#   day <int>, month <int>, year <int>, taxonKey <int>, speciesKey <int>, basisOfRecord <chr>, …

132.1.4 Carte finale

On prépare la carte finale des occurrences :

Occurrence de Cupressus sempervirens dans la région d'endémisme après sous-échantillonnage éventuel.

Figure 132.4: Occurrence de Cupressus sempervirens dans la région d’endémisme après sous-échantillonnage éventuel.

132.2 Modélisation de la niche climatique

132.2.1 Préparer les données

Organisation des données d’entrées (occurrences et données environnementales) et des données produites de pseudo-absences :

 class       : SpatVector 
 geometry    : points 
 dimensions  : 3837, 0  (geometries, attributes)
 extent      : -9.429055, 40.32905, 31.2, 54.24747  (xmin, xmax, ymin, ymax)
 coord. ref. : lon/lat WGS 84 (EPSG:4326) 

-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-= cuse Data Formating -=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=

      ! Response variable is considered as only presences... Is it really what you want?
      ! No data has been set aside for modeling evaluation
 !!! Some data are located in the same raster cell. 
          Please set `filter.raster = TRUE` if you want an automatic filtering.

Checking Pseudo-absence selection arguments...

   > random pseudo absences selection
   > Pseudo absences are selected in explanatory variables
 ! Some NAs have been automatically removed from your data
 !!! Some data are located in the same raster cell. 
          Please set `filter.raster = TRUE` if you want an automatic filtering.
-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-= Done -=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=

-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-= BIOMOD.formated.data -=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=

dir.name =  Output

sp.name =  cuse

     3807 presences,  0 true absences and  11460 undefined points in dataset


     6 explanatory variables

 temp_max_august     temp_min       temp_wet_quart    temp_season    
 Min.   : 5.012   Min.   :-21.960   Min.   :-9.423   Min.   : 276.7  
 1st Qu.:20.958   1st Qu.: -8.716   1st Qu.: 9.887   1st Qu.: 605.1  
 Median :26.288   Median : -1.200   Median :12.942   Median : 723.3  
 Mean   :26.069   Mean   : -3.151   Mean   :12.552   Mean   : 751.0  
 3rd Qu.:29.798   3rd Qu.:  2.777   3rd Qu.:15.958   3rd Qu.: 894.1  
 Max.   :44.944   Max.   : 11.550   Max.   :23.919   Max.   :1349.7  
 prec_wet_quart    prec_season     
 Min.   :   3.0   Min.   :  7.992  
 1st Qu.: 173.0   1st Qu.: 26.667  
 Median : 218.0   Median : 33.499  
 Mean   : 220.4   Mean   : 38.972  
 3rd Qu.: 263.0   3rd Qu.: 44.989  
 Max.   :1240.0   Max.   :122.117  

-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=

On visualise les pseudo-absences :

Les données d'occurrences (en haut à gauche) et les trois jeux de données aléatoires de pseudo-absences.

Figure 132.5: Les données d’occurrences (en haut à gauche) et les trois jeux de données aléatoires de pseudo-absences.

$data.vect
 class       : SpatVector 
 geometry    : points 
 dimensions  : 26739, 2  (geometries, attributes)
 extent      : -10.27083, 46.97917, 29.02083, 70.97917  (xmin, xmax, ymin, ymax)
 coord. ref. :  
 names       :  resp         dataset
 type        : <num>           <chr>
 values      :    10 Initial dataset
                  10 Initial dataset
                  10 Initial dataset

$data.label
                              9                              10 
                "**Presences**"       "Presences (calibration)" 
                             11                              12 
       "Presences (validation)"        "Presences (evaluation)" 
                             19                              20 
            "**True Absences**"   "True Absences (calibration)" 
                             21                              22 
   "True Absences (validation)"    "True Absences (evaluation)" 
                             29                              30 
          "**Pseudo-Absences**" "Pseudo-Absences (calibration)" 
                             31                               1 
 "Pseudo-Absences (validation)"                    "Background" 

$data.plot
Les données d'occurrences (en haut à gauche) et les trois jeux de données aléatoires de pseudo-absences.

Figure 132.6: Les données d’occurrences (en haut à gauche) et les trois jeux de données aléatoires de pseudo-absences.

132.2.2 Modèles individuels de niche


-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-= Build Single Models -=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=


Checking Models arguments...

Creating suitable Workdir...

            ! Weights where automatically defined for cuse_PA1 to rise a 0.5 prevalence !
            ! Weights where automatically defined for cuse_PA2 to rise a 0.5 prevalence !
            ! Weights where automatically defined for cuse_PA3 to rise a 0.5 prevalence !


-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-= cuse Modeling Summary -=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=

 6  environmental variables ( temp_max_august temp_min temp_wet_quart temp_season prec_wet_quart prec_season )
Number of evaluation repetitions : 1
Models selected : GAM MARS MAXNET GBM ANN RF 

Total number of model runs: 18 

-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=


-=-=-=- Run :  cuse_PA1 


-=-=-=--=-=-=- cuse_PA1_RUN1 


-=-=-=- Run :  cuse_PA2 


-=-=-=--=-=-=- cuse_PA2_RUN1 


-=-=-=- Run :  cuse_PA3 


-=-=-=--=-=-=- cuse_PA3_RUN1 

-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-= Done -=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=

132.2.2.1 Évaluation de la performance

             full.name  PA  run   algo metric.eval cutoff sensitivity
1    cuse_PA1_RUN1_GAM PA1 RUN1    GAM         TSS  515.0      97.997
2    cuse_PA1_RUN1_GAM PA1 RUN1    GAM         ROC  518.5      97.997
3   cuse_PA1_RUN1_MARS PA1 RUN1   MARS         TSS  472.0      94.386
4   cuse_PA1_RUN1_MARS PA1 RUN1   MARS         ROC  397.5      96.159
5 cuse_PA1_RUN1_MAXNET PA1 RUN1 MAXNET         TSS  364.0      94.386
6 cuse_PA1_RUN1_MAXNET PA1 RUN1 MAXNET         ROC  362.5      94.485
  specificity calibration validation evaluation
1      64.723       0.627      0.635         NA
2      64.756       0.797      0.808         NA
3      87.036       0.815      0.801         NA
4      85.375       0.961      0.957         NA
5      86.482       0.808      0.809         NA
6      86.482       0.959      0.955         NA
Évaluation de la performance des modèles individuels : True Skill Statistic & aire sous la courbe de ROC.

Figure 132.7: Évaluation de la performance des modèles individuels : True Skill Statistic & aire sous la courbe de ROC.

132.2.2.2 Importance des variables environnementales

          full.name  PA  run algo        expl.var rand  var.imp
1 cuse_PA1_RUN1_GAM PA1 RUN1  GAM temp_max_august    1 0.407397
2 cuse_PA1_RUN1_GAM PA1 RUN1  GAM        temp_min    1 0.117911
3 cuse_PA1_RUN1_GAM PA1 RUN1  GAM  temp_wet_quart    1 0.000654
4 cuse_PA1_RUN1_GAM PA1 RUN1  GAM     temp_season    1 0.295475
5 cuse_PA1_RUN1_GAM PA1 RUN1  GAM  prec_wet_quart    1 0.014963
6 cuse_PA1_RUN1_GAM PA1 RUN1  GAM     prec_season    1 0.025802
Pourcentage de variance expliquée pour chaque variable, décomposé par algorithme.

Figure 132.8: Pourcentage de variance expliquée pour chaque variable, décomposé par algorithme.

Pourcentage de variance expliquée pour chaque variable, décomposé par variable.

Figure 132.9: Pourcentage de variance expliquée pour chaque variable, décomposé par variable.

132.2.2.3 Courbes de réponses

Courbes de réponse de chaque variable climatique selon l'algorithme (en couleurs).

Figure 132.10: Courbes de réponse de chaque variable climatique selon l’algorithme (en couleurs).

132.2.3 Modèles d’ensemble de niche

Seulement modèles avec TSS > 0.8


-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-= BIOMOD.ensemble.models.out -=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=

sp.name : cuse

expl.var.names : temp_max_august temp_min temp_wet_quart temp_season 
prec_wet_quart prec_season


models computed: 
cuse_EMcvByTSS_mergedData_mergedRun_mergedAlgo, cuse_EMwmeanByTSS_mergedData_mergedRun_mergedAlgo

models failed: none

-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=

132.2.3.1 Évaluation de la qualité

                                          full.name merged.by.PA merged.by.run
1 cuse_EMwmeanByTSS_mergedData_mergedRun_mergedAlgo   mergedData     mergedRun
2 cuse_EMwmeanByTSS_mergedData_mergedRun_mergedAlgo   mergedData     mergedRun
  merged.by.algo filtered.by    algo metric.eval cutoff sensitivity specificity
1     mergedAlgo         TSS EMwmean         TSS  526.0      95.718      90.271
2     mergedAlgo         TSS EMwmean         ROC  522.5      95.850      90.183
  calibration validation evaluation
1       0.860         NA         NA
2       0.982         NA         NA
Évaluation de la qualité du modèle d'ensemble : Aire sous la courbe de ROC & True Skill Statistic.

Figure 132.11: Évaluation de la qualité du modèle d’ensemble : Aire sous la courbe de ROC & True Skill Statistic.

                                       full.name merged.by.PA merged.by.run
1 cuse_EMcvByTSS_mergedData_mergedRun_mergedAlgo   mergedData     mergedRun
2 cuse_EMcvByTSS_mergedData_mergedRun_mergedAlgo   mergedData     mergedRun
3 cuse_EMcvByTSS_mergedData_mergedRun_mergedAlgo   mergedData     mergedRun
4 cuse_EMcvByTSS_mergedData_mergedRun_mergedAlgo   mergedData     mergedRun
5 cuse_EMcvByTSS_mergedData_mergedRun_mergedAlgo   mergedData     mergedRun
6 cuse_EMcvByTSS_mergedData_mergedRun_mergedAlgo   mergedData     mergedRun
  merged.by.algo filtered.by algo        expl.var rand  var.imp
1     mergedAlgo         TSS EMcv temp_max_august    1 0.103954
2     mergedAlgo         TSS EMcv        temp_min    1 0.499924
3     mergedAlgo         TSS EMcv  temp_wet_quart    1 0.016703
4     mergedAlgo         TSS EMcv     temp_season    1 0.091102
5     mergedAlgo         TSS EMcv  prec_wet_quart    1 0.129780
6     mergedAlgo         TSS EMcv     prec_season    1 0.033661

Par variable :

Pourcentage de variance expliquée par variable dans le modèle d'ensemble.

Figure 132.12: Pourcentage de variance expliquée par variable dans le modèle d’ensemble.

Courbes de réponse de chaque variable climatique dans le modèle d'ensemble.

Figure 132.13: Courbes de réponse de chaque variable climatique dans le modèle d’ensemble.

132.3 Projections

132.3.1 Distribution potentielle contemporaine

Contemporaine : Cartographie des observations sur couches climatiques Extraction des conditions climatiques favorables


-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-= BIOMOD.projection.out -=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=

Projection directory : Output/cuse/current


sp.name : cuse

expl.var.names : temp_max_august temp_min temp_wet_quart temp_season 
prec_wet_quart prec_season


modeling.id : AllModels ( Output/cuse/cuse.AllModels.models.out )

models.projected : 
cuse_PA1_RUN1_GAM, cuse_PA1_RUN1_MARS, cuse_PA1_RUN1_MAXNET, cuse_PA1_RUN1_GBM, cuse_PA1_RUN1_ANN, cuse_PA1_RUN1_RF, cuse_PA2_RUN1_GAM, cuse_PA2_RUN1_MARS, cuse_PA2_RUN1_MAXNET, cuse_PA2_RUN1_GBM, cuse_PA2_RUN1_ANN, cuse_PA2_RUN1_RF, cuse_PA3_RUN1_GAM, cuse_PA3_RUN1_MARS, cuse_PA3_RUN1_MAXNET, cuse_PA3_RUN1_GBM, cuse_PA3_RUN1_ANN, cuse_PA3_RUN1_RF

available binary projection : TSS, ROC

available filtered projection : TSS, ROC

-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=
Projection de la distribution potentielle contemporaine sur l'Europe, selon les 6 algorithmes et les 3 runs.

Figure 132.14: Projection de la distribution potentielle contemporaine sur l’Europe, selon les 6 algorithmes et les 3 runs.

Projection de la distribution potentielle contemporaine sur l'Europe, selon les 6 algorithmes et les 3 runs.

Figure 132.15: Projection de la distribution potentielle contemporaine sur l’Europe, selon les 6 algorithmes et les 3 runs.


-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-= BIOMOD.projection.out -=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=

Projection directory : Output/cuse/current


sp.name : cuse

expl.var.names : temp_max_august temp_min temp_wet_quart temp_season 
prec_wet_quart prec_season


modeling.id : AllModels ( Output/cuse/cuse.AllModels.ensemble.models.out )

models.projected : 
cuse_EMcvByTSS_mergedData_mergedRun_mergedAlgo, cuse_EMwmeanByTSS_mergedData_mergedRun_mergedAlgo

-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=
A) Projection de la distribution potentielle contemporaine (modèle d'ensemble) ; B) Incertitude associée à la projection.

Figure 132.16: A) Projection de la distribution potentielle contemporaine (modèle d’ensemble) ; B) Incertitude associée à la projection.

132.3.2 Interpolation à l’échelle de la métropole

  • → conditions climatiques favorables à fine échelle

On projette la niche climatique sur ce raster à fine échelle.


-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-= BIOMOD.projection.out -=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=

Projection directory : Output/cuse/cont_gre


sp.name : cuse

expl.var.names : temp_max_august temp_min temp_wet_quart temp_season 
prec_wet_quart prec_season


modeling.id : AllModels ( Output/cuse/cuse.AllModels.models.out )

models.projected : 
cuse_PA1_RUN1_GAM, cuse_PA1_RUN1_MARS, cuse_PA1_RUN1_MAXNET, cuse_PA1_RUN1_GBM, cuse_PA1_RUN1_ANN, cuse_PA1_RUN1_RF, cuse_PA2_RUN1_GAM, cuse_PA2_RUN1_MARS, cuse_PA2_RUN1_MAXNET, cuse_PA2_RUN1_GBM, cuse_PA2_RUN1_ANN, cuse_PA2_RUN1_RF, cuse_PA3_RUN1_GAM, cuse_PA3_RUN1_MARS, cuse_PA3_RUN1_MAXNET, cuse_PA3_RUN1_GBM, cuse_PA3_RUN1_ANN, cuse_PA3_RUN1_RF

available binary projection : TSS, ROC

available filtered projection : TSS, ROC

-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=
Projection de la distribution potentielle contemporaine sur la métropole de Grenoble, selon les 6 algorithmes et les 3 runs.

Figure 132.17: Projection de la distribution potentielle contemporaine sur la métropole de Grenoble, selon les 6 algorithmes et les 3 runs.

Projection de la distribution potentielle contemporaine sur la métropole de Grenoble, selon les 6 algorithmes et les 3 runs.

Figure 132.18: Projection de la distribution potentielle contemporaine sur la métropole de Grenoble, selon les 6 algorithmes et les 3 runs.


-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-= BIOMOD.projection.out -=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=

Projection directory : Output/cuse/cont_gre


sp.name : cuse

expl.var.names : temp_max_august temp_min temp_wet_quart temp_season 
prec_wet_quart prec_season


modeling.id : AllModels ( Output/cuse/cuse.AllModels.ensemble.models.out )

models.projected : 
cuse_EMcvByTSS_mergedData_mergedRun_mergedAlgo, cuse_EMwmeanByTSS_mergedData_mergedRun_mergedAlgo

-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=
A) Projection de la distribution potentielle contemporaine (modèle d'ensemble) sur la métropole de Grenoble ; B) Incertitude associée à la projection.

Figure 132.19: A) Projection de la distribution potentielle contemporaine (modèle d’ensemble) sur la métropole de Grenoble ; B) Incertitude associée à la projection.

132.3.3 Distributions potentielles futures

Futur : Projection à l’échelle de l’Europe jusqu’à l’horizon 2100

Toutes les fenêtres temporelles × scénarios pour le GCM « IPSL-CM6A-LR »

  1. SSP1-2.6
Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP1-2.6 (modèle d'ensemble).Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP1-2.6 (modèle d'ensemble).Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP1-2.6 (modèle d'ensemble).Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP1-2.6 (modèle d'ensemble).Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP1-2.6 (modèle d'ensemble).

Figure 132.20: Projection des distributions potentielles futures jusqu’à l’horizon 2100 sous le scénario SSP1-2.6 (modèle d’ensemble).

On obtient pour la métrique TSS une carte unique de moyenne pondérée sur les algorithmes et sur les jeux de pseudo-absences.

  1. SSP2-4.5
Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP2-4.5 (modèle d'ensemble).Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP2-4.5 (modèle d'ensemble).Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP2-4.5 (modèle d'ensemble).Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP2-4.5 (modèle d'ensemble).Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP2-4.5 (modèle d'ensemble).

Figure 132.21: Projection des distributions potentielles futures jusqu’à l’horizon 2100 sous le scénario SSP2-4.5 (modèle d’ensemble).

  1. SSP3-7.0
Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP3-7.0 (modèle d'ensemble).Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP3-7.0 (modèle d'ensemble).Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP3-7.0 (modèle d'ensemble).Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP3-7.0 (modèle d'ensemble).Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP3-7.0 (modèle d'ensemble).

Figure 132.22: Projection des distributions potentielles futures jusqu’à l’horizon 2100 sous le scénario SSP3-7.0 (modèle d’ensemble).

  1. SSP5-8.5
Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble).Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble).Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble).Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble).Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble).

Figure 132.23: Projection des distributions potentielles futures jusqu’à l’horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d’ensemble).

132.4 Inférence à l’échelle de la métropole

  • Croisement avec températures de surface 2019 (fournie par la métropole)
  • → conditions climatiques favorables à fine échelle
  • à peu près 7 pixels × 9 (WorldClim)

132.4.1 Distributions potentielles futures

Même chose que précédemment mais sur les rasters de Grenoble

  1. SSP1-2.6
Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).

Figure 132.24: Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu’à l’horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d’ensemble, GCM IPSL).

  1. SSP2-4.5
Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).

Figure 132.25: Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu’à l’horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d’ensemble, GCM IPSL).

  1. SSP3-7.0
Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).

Figure 132.26: Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu’à l’horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d’ensemble, GCM IPSL).

  1. SSP5-8.5
Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).

Figure 132.27: Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu’à l’horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d’ensemble, GCM IPSL).

132.4.2 Évolution temporelle

# A tibble: 17 × 8
   min         q1          median      mean        q3          max   ssp    year
   <table[1d]> <table[1d]> <table[1d]> <table[1d]> <table[1d]> <tab> <fct> <dbl>
 1  36         178         396         424.0355    681         810   0      2000
 2  94         549         680         639.6700    760         818   126    2040
 3 141         595         703         670.2848    770         819   126    2060
 4 138         620         726         691.3762    783         830   126    2080
 5 157         614         716         685.2373    784         828   126    2100
 6 129         602         705         673.8650    768         820   245    2040
 7 207         602         717         681.1729    768         818   245    2060
 8 368         650         762         717.6584    794         830   245    2080
 9 366         616         751         702.0638    791         832   245    2100
10  84         536         665         627.7949    747         816   370    2040
11 230         622         729         694.2976    780         828   370    2060
12 360         603         751         699.2019    793         832   370    2080
13 336         532         658         630.0989    726         776   370    2100
14 107         569         692         656.2106    766         826   585    2040
15 300         640         747         706.9974    783         831   585    2060
16 346         541         691         650.0663    745         782   585    2080
17 241         453         539         530.7480    617         760   585    2100
Évolution de la favorabilité climatique au cours du XXIème siècle. Le point représente la médiane sur l'étendue de la métropole (i.e. tous les pixels de la carte) ; le trait gras représente 50 % des données intermédiaires (espace inter-quartile) ; le trait fin représente le reste des données du minimum au maximum.

Figure 132.28: Évolution de la favorabilité climatique au cours du XXIème siècle. Le point représente la médiane sur l’étendue de la métropole (i.e. tous les pixels de la carte) ; le trait gras représente 50 % des données intermédiaires (espace inter-quartile) ; le trait fin représente le reste des données du minimum au maximum.