301 Citrus trifoliata

301.1 Données d’occurrences GBIF

Collecte des données du GBIF :

<<gbif download metadata>>
  Status: SUCCEEDED
  DOI: 10.15468/dl.sua3fm
  Format: SIMPLE_CSV
  Download key: 0018460-230828120925497
  Created: 2023-09-16T14:32:06.131+00:00
  Modified: 2023-09-16T14:32:45.503+00:00
  Download link: https://api.gbif.org/v1/occurrence/download/request/0018460-230828120925497.zip
  Total records: 1384

Conversion en objets géographiques (format Simple feature de sf) et exploration rapide des données (classe du jeu de données et premières lignes du tableau) :

Simple feature collection with 1384 features and 50 fields
Attribute-geometry relationships: constant (50)
Geometry type: POINT
Dimension:     XY
Bounding box:  xmin: -122.2717 ymin: -37.82956 xmax: 174.7168 ymax: 63.434
Geodetic CRS:  WGS 84
# A tibble: 1,384 × 51
      gbifID datasetKey     occurrenceID kingdom phylum class order family genus
 *   <int64> <chr>          <chr>        <chr>   <chr>  <chr> <chr> <chr>  <chr>
 1 923119464 6ac3f774-d9fb… ""           Plantae Trach… Magn… Sapi… Rutac… Citr…
 2 923117334 6ac3f774-d9fb… ""           Plantae Trach… Magn… Sapi… Rutac… Citr…
 3 923098119 6ac3f774-d9fb… ""           Plantae Trach… Magn… Sapi… Rutac… Citr…
 4 923089920 6ac3f774-d9fb… ""           Plantae Trach… Magn… Sapi… Rutac… Citr…
 5 923081783 6ac3f774-d9fb… ""           Plantae Trach… Magn… Sapi… Rutac… Citr…
 6 923081133 6ac3f774-d9fb… ""           Plantae Trach… Magn… Sapi… Rutac… Citr…
 7 923075992 6ac3f774-d9fb… ""           Plantae Trach… Magn… Sapi… Rutac… Citr…
 8 895296839 834a4794-f762… "E6CF8FB3-9… Plantae Trach… Magn… Sapi… Rutac… Citr…
 9 891082585 50c9509d-22c7… "http://www… Plantae Trach… Magn… Sapi… Rutac… Citr…
10 788616483 aab0cf80-0c64… "LD:General… Plantae Trach… Magn… Sapi… Rutac… Citr…
# ℹ 1,374 more rows
# ℹ 42 more variables: species <chr>, infraspecificEpithet <chr>,
#   taxonRank <chr>, scientificName <chr>, verbatimScientificName <chr>,
#   verbatimScientificNameAuthorship <chr>, countryCode <chr>, locality <chr>,
#   stateProvince <chr>, occurrenceStatus <chr>, individualCount <int>,
#   publishingOrgKey <chr>, decimalLatitude <dbl>, decimalLongitude <dbl>,
#   coordinateUncertaintyInMeters <dbl>, coordinatePrecision <dbl>, …

Il y a 1 384 occurrences dans le jeu de données. On les affiche sur la carte du monde :

Figure 301.1: Occurrences de Citrus trifoliata dans le monde.

301.1.1 Données par région

On évalue la proportion d’occurrences dans chaque région, en utilisant les 3 masques créés précédemment. Si on a au moins 50 % des occurrences dans une région, on peut continuer en travaillant uniquement sur ces données. Sinon, on vérifie qu’au moins 67 % des données tombent dans l’ensemble des régions, et on prend la région la plus représentée. Au final, s’il s’agit d’une espèce endémique d’Europe, on n’a pas besoin de manipulation supplémentaire.

[1] 0.05780347

[1] 0.7695087

[1] 0.1437861

Espèce endémique d’Amérique du Nord

Figure 301.2: Occurrence de Citrus trifoliata dans la région d’endémisme.

301.1.2 Licences

On s’intéresse ici au problème particulier des licences :

   CC_BY_4_0 CC_BY_NC_4_0      CC0_1_0 
         116          879           70 

[1] 17.46479

Figure 301.3: Occurrence de Citrus trifoliata dans la région d’endémisme, selon la licence : CC BY-NC en bleu ; CC0 et CC BY en orange.

Idéalement, on aimerait avoir au moins 50 % de données vraiment libres d’utilisation (c’est-à-dire sans la clause -NC). On continue en supprimant les données en CC BY-NC.

Moins de 50 % de données librement utilisables

[1] 186

Moins de 500 occurrences utilisables