303 Photinia serratifolia

303.1 Données d’occurrences GBIF

Collecte des données du GBIF :

<<gbif download metadata>>
  Status: SUCCEEDED
  DOI: 10.15468/dl.q7tyaf
  Format: SIMPLE_CSV
  Download key: 0018463-230828120925497
  Created: 2023-09-16T14:35:07.257+00:00
  Modified: 2023-09-16T14:35:49.034+00:00
  Download link: https://api.gbif.org/v1/occurrence/download/request/0018463-230828120925497.zip
  Total records: 945

Conversion en objets géographiques (format Simple feature de sf) et exploration rapide des données (classe du jeu de données et premières lignes du tableau) :

Simple feature collection with 945 features and 50 fields
Attribute-geometry relationships: constant (50)
Geometry type: POINT
Dimension:     XY
Bounding box:  xmin: -123.2298 ymin: -38.56219 xmax: 177.72 ymax: 45.60209
Geodetic CRS:  WGS 84
# A tibble: 945 × 51
       gbifID datasetKey    occurrenceID kingdom phylum class order family genus
 *    <int64> <chr>         <chr>        <chr>   <chr>  <chr> <chr> <chr>  <chr>
 1  919596816 1b412457-43c… 6724348      Plantae Trach… Magn… Rosa… Rosac… Phot…
 2  919596776 1b412457-43c… 6724353      Plantae Trach… Magn… Rosa… Rosac… Phot…
 3  919596751 1b412457-43c… 6724341      Plantae Trach… Magn… Rosa… Rosac… Phot…
 4  919596744 1b412457-43c… 6724339      Plantae Trach… Magn… Rosa… Rosac… Phot…
 5  891595770 29d56be4-2b7… TAI228149    Plantae Trach… Magn… Rosa… Rosac… Phot…
 6  891595764 29d56be4-2b7… TAI228150    Plantae Trach… Magn… Rosa… Rosac… Phot…
 7 4407277380 50c9509d-22c… https://www… Plantae Trach… Magn… Rosa… Rosac… Phot…
 8 4407251373 50c9509d-22c… https://www… Plantae Trach… Magn… Rosa… Rosac… Phot…
 9 4400092596 50c9509d-22c… https://www… Plantae Trach… Magn… Rosa… Rosac… Phot…
10 4131574378 defb9a47-c1a… 8a95f1eb-32… Plantae Trach… Magn… Rosa… Rosac… Phot…
# ℹ 935 more rows
# ℹ 42 more variables: species <chr>, infraspecificEpithet <chr>,
#   taxonRank <chr>, scientificName <chr>, verbatimScientificName <chr>,
#   verbatimScientificNameAuthorship <chr>, countryCode <chr>, locality <chr>,
#   stateProvince <chr>, occurrenceStatus <chr>, individualCount <int>,
#   publishingOrgKey <chr>, decimalLatitude <dbl>, decimalLongitude <dbl>,
#   coordinateUncertaintyInMeters <dbl>, coordinatePrecision <dbl>, …

Il y a 945 occurrences dans le jeu de données. On les affiche sur la carte du monde :

Figure 303.1: Occurrences de Photinia serratifolia dans le monde.

303.1.1 Données par région

On évalue la proportion d’occurrences dans chaque région, en utilisant les 3 masques créés précédemment. Si on a au moins 50 % des occurrences dans une région, on peut continuer en travaillant uniquement sur ces données. Sinon, on vérifie qu’au moins 67 % des données tombent dans l’ensemble des régions, et on prend la région la plus représentée. Au final, s’il s’agit d’une espèce endémique d’Europe, on n’a pas besoin de manipulation supplémentaire.

[1] 0.004232804

[1] 0.7428571

[1] 0.1417989

Espèce endémique d’Amérique du Nord

Figure 303.2: Occurrence de Photinia serratifolia dans la région d’endémisme.

303.1.2 Licences

On s’intéresse ici au problème particulier des licences :

   CC_BY_4_0 CC_BY_NC_4_0      CC0_1_0 
          99          566           37 

[1] 19.37322

Figure 303.3: Occurrence de Photinia serratifolia dans la région d’endémisme, selon la licence : CC BY-NC en bleu ; CC0 et CC BY en orange.

Idéalement, on aimerait avoir au moins 50 % de données vraiment libres d’utilisation (c’est-à-dire sans la clause -NC). On continue en supprimant les données en CC BY-NC.

Moins de 50 % de données librement utilisables

[1] 136

Moins de 500 occurrences utilisables