126 Chionanthus virginicus

126.1 Données d’occurrences GBIF

Collecte des données du GBIF :

<<gbif download metadata>>
  Status: SUCCEEDED
  DOI: 10.15468/dl.fmxz2z
  Format: SIMPLE_CSV
  Download key: 0252512-230224095556074
  Created: 2023-05-20T16:06:23.422+00:00
  Modified: 2023-05-20T16:07:14.658+00:00
  Download link: https://api.gbif.org/v1/occurrence/download/request/0252512-230224095556074.zip
  Total records: 1861

Conversion en objets géographiques (format Simple feature de sf) et exploration rapide des données (classe du jeu de données et premières lignes du tableau) :

Simple feature collection with 1861 features and 50 fields
Attribute-geometry relationship: 50 constant, 0 aggregate, 0 identity
Geometry type: POINT
Dimension:     XY
Bounding box:  xmin: -123.233333 ymin: -22.863721 xmax: 25.948293 ymax: 56.683774
Geodetic CRS:  WGS 84
# A tibble: 1,861 × 51
     gbifID datasetKey occurrenceID kingdom phylum class order family genus species infraspecificEpithet
 *  <int64> <chr>      <chr>        <chr>   <chr>  <chr> <chr> <chr>  <chr> <chr>   <chr>               
 1      9e8 0096dfc0-… http://bioi… Plantae Trach… Magn… Lami… Oleac… Chio… Chiona… ""                  
 2      9e8 0096dfc0-… http://bioi… Plantae Trach… Magn… Lami… Oleac… Chio… Chiona… ""                  
 3      9e8 0096dfc0-… http://bioi… Plantae Trach… Magn… Lami… Oleac… Chio… Chiona… ""                  
 4      9e8 0096dfc0-… http://bioi… Plantae Trach… Magn… Lami… Oleac… Chio… Chiona… ""                  
 5      9e8 0096dfc0-… http://bioi… Plantae Trach… Magn… Lami… Oleac… Chio… Chiona… ""                  
 6      9e8 50c9509d-… http://www.… Plantae Trach… Magn… Lami… Oleac… Chio… Chiona… ""                  
 7      9e8 50c9509d-… http://www.… Plantae Trach… Magn… Lami… Oleac… Chio… Chiona… ""                  
 8      9e8 50c9509d-… http://www.… Plantae Trach… Magn… Lami… Oleac… Chio… Chiona… ""                  
 9      8e8 50c9509d-… http://www.… Plantae Trach… Magn… Lami… Oleac… Chio… Chiona… ""                  
10      8e8 50c9509d-… http://www.… Plantae Trach… Magn… Lami… Oleac… Chio… Chiona… ""                  
# ℹ 1,851 more rows
# ℹ 40 more variables: taxonRank <chr>, scientificName <chr>, verbatimScientificName <chr>,
#   verbatimScientificNameAuthorship <chr>, countryCode <chr>, locality <chr>, stateProvince <chr>,
#   occurrenceStatus <chr>, individualCount <int>, publishingOrgKey <chr>, decimalLatitude <dbl>,
#   decimalLongitude <dbl>, coordinateUncertaintyInMeters <dbl>, coordinatePrecision <lgl>,
#   elevation <dbl>, elevationAccuracy <dbl>, depth <lgl>, depthAccuracy <lgl>, eventDate <dttm>,
#   day <int>, month <int>, year <int>, taxonKey <int>, speciesKey <int>, basisOfRecord <chr>, …

Il y a 1 861 occurrences dans le jeu de données. On les affiche sur la carte du monde :

Occurrences de Chionanthus virginicus dans le monde.

Figure 126.1: Occurrences de Chionanthus virginicus dans le monde.

126.1.1 Données par région

On évalue la proportion d’occurrences dans chaque région, en utilisant les 3 masques créés précédemment. Si on a au moins 50 % des occurrences dans une région, on peut continuer en travaillant uniquement sur ces données. Sinon, on vérifie qu’au moins 67 % des données tombent dans l’ensemble des régions, et on prend la région la plus représentée. Au final, s’il s’agit d’une espèce endémique d’Europe, on n’a pas besoin de manipulation supplémentaire.

[1] 0.005910800645
[1] 0.9935518538
[1] 0

Espèce endémique d’Amérique du Nord

Occurrence de Chionanthus virginicus dans la région d'endémisme.

Figure 126.2: Occurrence de Chionanthus virginicus dans la région d’endémisme.

126.1.2 Licences

On s’intéresse ici au problème particulier des licences :


   CC_BY_4_0 CC_BY_NC_4_0      CC0_1_0 
         579         1131          139 
[1] 38.83180097
Occurrence de Chionanthus virginicus dans la région d'endémisme, selon la licence : CC BY-NC en bleu ; CC0 et CC BY en orange.

Figure 126.3: Occurrence de Chionanthus virginicus dans la région d’endémisme, selon la licence : CC BY-NC en bleu ; CC0 et CC BY en orange.

Idéalement, on aimerait avoir au moins 50 % de données vraiment libres d’utilisation (c’est-à-dire sans la clause -NC). On continue en supprimant les données en CC BY-NC.

Moins de 50 % de données librement utilisables

[1] 718

126.1.3 Sous-échantillonnage

Si le jeu de données contient 25 000 occurrences ou plus, on procède au sous-échantillonnage aléatoire pour en conserver un maximum de 25 000.

Moins de 25 000 occurrences : pas de sous-échantillonnage

Simple feature collection with 718 features and 50 fields
Attribute-geometry relationship: 50 constant, 0 aggregate, 0 identity
Geometry type: POINT
Dimension:     XY
Bounding box:  xmin: -123.233333 ymin: 25.678165 xmax: -70.506416 ymax: 49.25
Geodetic CRS:  WGS 84
# A tibble: 718 × 51
     gbifID datasetKey occurrenceID kingdom phylum class order family genus species infraspecificEpithet
    <int64> <chr>      <chr>        <chr>   <chr>  <chr> <chr> <chr>  <chr> <chr>   <chr>               
 1      9e8 0096dfc0-… "http://bio… Plantae Trach… Magn… Lami… Oleac… Chio… Chiona… ""                  
 2      9e8 0096dfc0-… "http://bio… Plantae Trach… Magn… Lami… Oleac… Chio… Chiona… ""                  
 3      9e8 0096dfc0-… "http://bio… Plantae Trach… Magn… Lami… Oleac… Chio… Chiona… ""                  
 4      9e8 0096dfc0-… "http://bio… Plantae Trach… Magn… Lami… Oleac… Chio… Chiona… ""                  
 5      9e8 0096dfc0-… "http://bio… Plantae Trach… Magn… Lami… Oleac… Chio… Chiona… ""                  
 6      9e8 50c9509d-… "http://www… Plantae Trach… Magn… Lami… Oleac… Chio… Chiona… ""                  
 7      8e8 50c9509d-… "http://www… Plantae Trach… Magn… Lami… Oleac… Chio… Chiona… ""                  
 8      8e8 50c9509d-… "http://www… Plantae Trach… Magn… Lami… Oleac… Chio… Chiona… ""                  
 9      8e8 50c9509d-… "http://www… Plantae Trach… Magn… Lami… Oleac… Chio… Chiona… ""                  
10      6e8 5288946d-… ""           Plantae Trach… Magn… Lami… Oleac… Chio… Chiona… ""                  
# ℹ 708 more rows
# ℹ 40 more variables: taxonRank <chr>, scientificName <chr>, verbatimScientificName <chr>,
#   verbatimScientificNameAuthorship <chr>, countryCode <chr>, locality <chr>, stateProvince <chr>,
#   occurrenceStatus <chr>, individualCount <int>, publishingOrgKey <chr>, decimalLatitude <dbl>,
#   decimalLongitude <dbl>, coordinateUncertaintyInMeters <dbl>, coordinatePrecision <lgl>,
#   elevation <dbl>, elevationAccuracy <dbl>, depth <lgl>, depthAccuracy <lgl>, eventDate <dttm>,
#   day <int>, month <int>, year <int>, taxonKey <int>, speciesKey <int>, basisOfRecord <chr>, …

126.1.4 Carte finale

On prépare la carte finale des occurrences :

Occurrence de Chionanthus virginicus dans la région d'endémisme après sous-échantillonnage éventuel.

Figure 126.4: Occurrence de Chionanthus virginicus dans la région d’endémisme après sous-échantillonnage éventuel.

126.2 Modélisation de la niche climatique

126.2.1 Préparer les données

Organisation des données d’entrées (occurrences et données environnementales) et des données produites de pseudo-absences :

 class       : SpatVector 
 geometry    : points 
 dimensions  : 718, 0  (geometries, attributes)
 extent      : -123.2333, -70.50642, 25.67816, 49.25  (xmin, xmax, ymin, ymax)
 coord. ref. : lon/lat WGS 84 (EPSG:4326) 

-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-= chvi Data Formating -=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=

      ! Response variable is considered as only presences... Is it really what you want?
      ! No data has been set aside for modeling evaluation
 !!! Some data are located in the same raster cell. 
          Please set `filter.raster = TRUE` if you want an automatic filtering.

Checking Pseudo-absence selection arguments...

   > random pseudo absences selection
   > Pseudo absences are selected in explanatory variables
 !!! Some data are located in the same raster cell. 
          Please set `filter.raster = TRUE` if you want an automatic filtering.
-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-= Done -=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=

-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-= BIOMOD.formated.data -=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=

dir.name =  Output

sp.name =  chvi

     718 presences,  0 true absences and  2154 undefined points in dataset


     6 explanatory variables

 temp_max_august    temp_min         temp_wet_quart    temp_season    
 Min.   :11.52   Min.   :-30.64800   Min.   :-9.865   Min.   :  59.5  
 1st Qu.:24.38   1st Qu.:-14.12900   1st Qu.:11.375   1st Qu.: 717.6  
 Median :29.25   Median : -6.25600   Median :17.037   Median : 852.4  
 Mean   :28.03   Mean   : -7.04516   Mean   :16.277   Mean   : 855.6  
 3rd Qu.:31.90   3rd Qu.: -0.03627   3rd Qu.:22.291   3rd Qu.:1021.1  
 Max.   :43.72   Max.   : 21.46667   Max.   :32.501   Max.   :1458.4  
 prec_wet_quart    prec_season    
 Min.   :  31.0   Min.   :  5.84  
 1st Qu.: 233.8   1st Qu.: 17.44  
 Median : 312.5   Median : 31.72  
 Mean   : 330.8   Mean   : 38.68  
 3rd Qu.: 374.0   3rd Qu.: 56.18  
 Max.   :1730.0   Max.   :137.47  

-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=

On visualise les pseudo-absences :

Les données d'occurrences (en haut à gauche) et les trois jeux de données aléatoires de pseudo-absences.

Figure 126.5: Les données d’occurrences (en haut à gauche) et les trois jeux de données aléatoires de pseudo-absences.

$data.vect
 class       : SpatVector 
 geometry    : points 
 dimensions  : 5026, 2  (geometries, attributes)
 extent      : -129.6458, -53.02083, 13.0625, 54.97917  (xmin, xmax, ymin, ymax)
 coord. ref. :  
 names       :  resp         dataset
 type        : <num>           <chr>
 values      :    10 Initial dataset
                  10 Initial dataset
                  10 Initial dataset

$data.label
                              9                              10 
                "**Presences**"       "Presences (calibration)" 
                             11                              12 
       "Presences (validation)"        "Presences (evaluation)" 
                             19                              20 
            "**True Absences**"   "True Absences (calibration)" 
                             21                              22 
   "True Absences (validation)"    "True Absences (evaluation)" 
                             29                              30 
          "**Pseudo-Absences**" "Pseudo-Absences (calibration)" 
                             31                               1 
 "Pseudo-Absences (validation)"                    "Background" 

$data.plot
Les données d'occurrences (en haut à gauche) et les trois jeux de données aléatoires de pseudo-absences.

Figure 126.6: Les données d’occurrences (en haut à gauche) et les trois jeux de données aléatoires de pseudo-absences.

126.2.2 Modèles individuels de niche


-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-= Build Single Models -=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=


Checking Models arguments...

Creating suitable Workdir...

            ! Weights where automatically defined for chvi_PA1 to rise a 0.5 prevalence !
            ! Weights where automatically defined for chvi_PA2 to rise a 0.5 prevalence !
            ! Weights where automatically defined for chvi_PA3 to rise a 0.5 prevalence !


-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-= chvi Modeling Summary -=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=

 6  environmental variables ( temp_max_august temp_min temp_wet_quart temp_season prec_wet_quart prec_season )
Number of evaluation repetitions : 1
Models selected : GAM MARS MAXNET GBM ANN RF 

Total number of model runs: 18 

-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=


-=-=-=- Run :  chvi_PA1 


-=-=-=--=-=-=- chvi_PA1_RUN1 


-=-=-=- Run :  chvi_PA2 


-=-=-=--=-=-=- chvi_PA2_RUN1 


-=-=-=- Run :  chvi_PA3 


-=-=-=--=-=-=- chvi_PA3_RUN1 

-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-= Done -=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=

126.2.2.1 Évaluation de la performance

             full.name  PA  run   algo metric.eval cutoff sensitivity
1    chvi_PA1_RUN1_GAM PA1 RUN1    GAM         TSS  520.0     100.000
2    chvi_PA1_RUN1_GAM PA1 RUN1    GAM         ROC  520.0     100.000
3   chvi_PA1_RUN1_MARS PA1 RUN1   MARS         TSS  400.0      97.387
4   chvi_PA1_RUN1_MARS PA1 RUN1   MARS         ROC  399.0      97.387
5 chvi_PA1_RUN1_MAXNET PA1 RUN1 MAXNET         TSS  342.0      96.167
6 chvi_PA1_RUN1_MAXNET PA1 RUN1 MAXNET         ROC  343.5      96.167
  specificity calibration validation evaluation
1      79.791       0.798      0.757         NA
2      79.791       0.895      0.874         NA
3      84.843       0.822      0.826         NA
4      84.843       0.944      0.960         NA
5      84.669       0.810      0.819         NA
6      84.843       0.947      0.959         NA
Évaluation de la performance des modèles individuels : True Skill Statistic & aire sous la courbe de ROC.

Figure 126.7: Évaluation de la performance des modèles individuels : True Skill Statistic & aire sous la courbe de ROC.

126.2.2.2 Importance des variables environnementales

          full.name  PA  run algo        expl.var rand  var.imp
1 chvi_PA1_RUN1_GAM PA1 RUN1  GAM temp_max_august    1 0.185790
2 chvi_PA1_RUN1_GAM PA1 RUN1  GAM        temp_min    1 0.422030
3 chvi_PA1_RUN1_GAM PA1 RUN1  GAM  temp_wet_quart    1 0.124370
4 chvi_PA1_RUN1_GAM PA1 RUN1  GAM     temp_season    1 0.435656
5 chvi_PA1_RUN1_GAM PA1 RUN1  GAM  prec_wet_quart    1 0.270598
6 chvi_PA1_RUN1_GAM PA1 RUN1  GAM     prec_season    1 0.205490
Pourcentage de variance expliquée pour chaque variable, décomposé par algorithme.

Figure 126.8: Pourcentage de variance expliquée pour chaque variable, décomposé par algorithme.

Pourcentage de variance expliquée pour chaque variable, décomposé par variable.

Figure 126.9: Pourcentage de variance expliquée pour chaque variable, décomposé par variable.

126.2.2.3 Courbes de réponses

Courbes de réponse de chaque variable climatique selon l'algorithme (en couleurs).

Figure 126.10: Courbes de réponse de chaque variable climatique selon l’algorithme (en couleurs).

126.2.3 Modèles d’ensemble de niche

Seulement modèles avec TSS > 0.8


-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-= BIOMOD.ensemble.models.out -=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=

sp.name : chvi

expl.var.names : temp_max_august temp_min temp_wet_quart temp_season 
prec_wet_quart prec_season


models computed: 
chvi_EMcvByTSS_mergedData_mergedRun_mergedAlgo, chvi_EMwmeanByTSS_mergedData_mergedRun_mergedAlgo

models failed: none

-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=

126.2.3.1 Évaluation de la qualité

                                          full.name merged.by.PA merged.by.run
1 chvi_EMwmeanByTSS_mergedData_mergedRun_mergedAlgo   mergedData     mergedRun
2 chvi_EMwmeanByTSS_mergedData_mergedRun_mergedAlgo   mergedData     mergedRun
  merged.by.algo filtered.by    algo metric.eval cutoff sensitivity specificity
1     mergedAlgo         TSS EMwmean         TSS  479.0      97.911       86.63
2     mergedAlgo         TSS EMwmean         ROC  469.5      98.329       86.49
  calibration validation evaluation
1       0.845         NA         NA
2       0.978         NA         NA
Évaluation de la qualité du modèle d'ensemble : Aire sous la courbe de ROC & True Skill Statistic.

Figure 126.11: Évaluation de la qualité du modèle d’ensemble : Aire sous la courbe de ROC & True Skill Statistic.

                                       full.name merged.by.PA merged.by.run
1 chvi_EMcvByTSS_mergedData_mergedRun_mergedAlgo   mergedData     mergedRun
2 chvi_EMcvByTSS_mergedData_mergedRun_mergedAlgo   mergedData     mergedRun
3 chvi_EMcvByTSS_mergedData_mergedRun_mergedAlgo   mergedData     mergedRun
4 chvi_EMcvByTSS_mergedData_mergedRun_mergedAlgo   mergedData     mergedRun
5 chvi_EMcvByTSS_mergedData_mergedRun_mergedAlgo   mergedData     mergedRun
6 chvi_EMcvByTSS_mergedData_mergedRun_mergedAlgo   mergedData     mergedRun
  merged.by.algo filtered.by algo        expl.var rand  var.imp
1     mergedAlgo         TSS EMcv temp_max_august    1 0.112682
2     mergedAlgo         TSS EMcv        temp_min    1 0.331385
3     mergedAlgo         TSS EMcv  temp_wet_quart    1 0.071729
4     mergedAlgo         TSS EMcv     temp_season    1 0.217835
5     mergedAlgo         TSS EMcv  prec_wet_quart    1 0.165974
6     mergedAlgo         TSS EMcv     prec_season    1 0.184133

Par variable :

Pourcentage de variance expliquée par variable dans le modèle d'ensemble.

Figure 126.12: Pourcentage de variance expliquée par variable dans le modèle d’ensemble.

Courbes de réponse de chaque variable climatique dans le modèle d'ensemble.

Figure 126.13: Courbes de réponse de chaque variable climatique dans le modèle d’ensemble.

126.3 Projections

126.3.1 Distribution potentielle contemporaine

Contemporaine : Cartographie des observations sur couches climatiques Extraction des conditions climatiques favorables


-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-= BIOMOD.projection.out -=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=

Projection directory : Output/chvi/current


sp.name : chvi

expl.var.names : temp_max_august temp_min temp_wet_quart temp_season 
prec_wet_quart prec_season


modeling.id : AllModels ( Output/chvi/chvi.AllModels.models.out )

models.projected : 
chvi_PA1_RUN1_GAM, chvi_PA1_RUN1_MARS, chvi_PA1_RUN1_MAXNET, chvi_PA1_RUN1_GBM, chvi_PA1_RUN1_ANN, chvi_PA1_RUN1_RF, chvi_PA2_RUN1_GAM, chvi_PA2_RUN1_MARS, chvi_PA2_RUN1_MAXNET, chvi_PA2_RUN1_GBM, chvi_PA2_RUN1_ANN, chvi_PA2_RUN1_RF, chvi_PA3_RUN1_GAM, chvi_PA3_RUN1_MARS, chvi_PA3_RUN1_MAXNET, chvi_PA3_RUN1_GBM, chvi_PA3_RUN1_ANN, chvi_PA3_RUN1_RF

available binary projection : TSS, ROC

available filtered projection : TSS, ROC

-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=
Projection de la distribution potentielle contemporaine sur l'Europe, selon les 6 algorithmes et les 3 runs.

Figure 126.14: Projection de la distribution potentielle contemporaine sur l’Europe, selon les 6 algorithmes et les 3 runs.

Projection de la distribution potentielle contemporaine sur l'Europe, selon les 6 algorithmes et les 3 runs.

Figure 126.15: Projection de la distribution potentielle contemporaine sur l’Europe, selon les 6 algorithmes et les 3 runs.


-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-= BIOMOD.projection.out -=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=

Projection directory : Output/chvi/current


sp.name : chvi

expl.var.names : temp_max_august temp_min temp_wet_quart temp_season 
prec_wet_quart prec_season


modeling.id : AllModels ( Output/chvi/chvi.AllModels.ensemble.models.out )

models.projected : 
chvi_EMcvByTSS_mergedData_mergedRun_mergedAlgo, chvi_EMwmeanByTSS_mergedData_mergedRun_mergedAlgo

-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=
A) Projection de la distribution potentielle contemporaine (modèle d'ensemble) ; B) Incertitude associée à la projection.

Figure 126.16: A) Projection de la distribution potentielle contemporaine (modèle d’ensemble) ; B) Incertitude associée à la projection.

126.3.2 Interpolation à l’échelle de la métropole

  • → conditions climatiques favorables à fine échelle

On projette la niche climatique sur ce raster à fine échelle.


-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-= BIOMOD.projection.out -=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=

Projection directory : Output/chvi/cont_gre


sp.name : chvi

expl.var.names : temp_max_august temp_min temp_wet_quart temp_season 
prec_wet_quart prec_season


modeling.id : AllModels ( Output/chvi/chvi.AllModels.models.out )

models.projected : 
chvi_PA1_RUN1_GAM, chvi_PA1_RUN1_MARS, chvi_PA1_RUN1_MAXNET, chvi_PA1_RUN1_GBM, chvi_PA1_RUN1_ANN, chvi_PA1_RUN1_RF, chvi_PA2_RUN1_GAM, chvi_PA2_RUN1_MARS, chvi_PA2_RUN1_MAXNET, chvi_PA2_RUN1_GBM, chvi_PA2_RUN1_ANN, chvi_PA2_RUN1_RF, chvi_PA3_RUN1_GAM, chvi_PA3_RUN1_MARS, chvi_PA3_RUN1_MAXNET, chvi_PA3_RUN1_GBM, chvi_PA3_RUN1_ANN, chvi_PA3_RUN1_RF

available binary projection : TSS, ROC

available filtered projection : TSS, ROC

-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=
Projection de la distribution potentielle contemporaine sur la métropole de Grenoble, selon les 6 algorithmes et les 3 runs.

Figure 126.17: Projection de la distribution potentielle contemporaine sur la métropole de Grenoble, selon les 6 algorithmes et les 3 runs.

Projection de la distribution potentielle contemporaine sur la métropole de Grenoble, selon les 6 algorithmes et les 3 runs.

Figure 126.18: Projection de la distribution potentielle contemporaine sur la métropole de Grenoble, selon les 6 algorithmes et les 3 runs.


-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-= BIOMOD.projection.out -=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=

Projection directory : Output/chvi/cont_gre


sp.name : chvi

expl.var.names : temp_max_august temp_min temp_wet_quart temp_season 
prec_wet_quart prec_season


modeling.id : AllModels ( Output/chvi/chvi.AllModels.ensemble.models.out )

models.projected : 
chvi_EMcvByTSS_mergedData_mergedRun_mergedAlgo, chvi_EMwmeanByTSS_mergedData_mergedRun_mergedAlgo

-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=
A) Projection de la distribution potentielle contemporaine (modèle d'ensemble) sur la métropole de Grenoble ; B) Incertitude associée à la projection.

Figure 126.19: A) Projection de la distribution potentielle contemporaine (modèle d’ensemble) sur la métropole de Grenoble ; B) Incertitude associée à la projection.

126.3.3 Distributions potentielles futures

Futur : Projection à l’échelle de l’Europe jusqu’à l’horizon 2100

Toutes les fenêtres temporelles × scénarios pour le GCM « IPSL-CM6A-LR »

  1. SSP1-2.6
Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP1-2.6 (modèle d'ensemble).Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP1-2.6 (modèle d'ensemble).Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP1-2.6 (modèle d'ensemble).Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP1-2.6 (modèle d'ensemble).Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP1-2.6 (modèle d'ensemble).

Figure 126.20: Projection des distributions potentielles futures jusqu’à l’horizon 2100 sous le scénario SSP1-2.6 (modèle d’ensemble).

On obtient pour la métrique TSS une carte unique de moyenne pondérée sur les algorithmes et sur les jeux de pseudo-absences.

  1. SSP2-4.5
Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP2-4.5 (modèle d'ensemble).Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP2-4.5 (modèle d'ensemble).Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP2-4.5 (modèle d'ensemble).Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP2-4.5 (modèle d'ensemble).Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP2-4.5 (modèle d'ensemble).

Figure 126.21: Projection des distributions potentielles futures jusqu’à l’horizon 2100 sous le scénario SSP2-4.5 (modèle d’ensemble).

  1. SSP3-7.0
Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP3-7.0 (modèle d'ensemble).Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP3-7.0 (modèle d'ensemble).Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP3-7.0 (modèle d'ensemble).Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP3-7.0 (modèle d'ensemble).Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP3-7.0 (modèle d'ensemble).

Figure 126.22: Projection des distributions potentielles futures jusqu’à l’horizon 2100 sous le scénario SSP3-7.0 (modèle d’ensemble).

  1. SSP5-8.5
Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble).Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble).Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble).Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble).Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble).

Figure 126.23: Projection des distributions potentielles futures jusqu’à l’horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d’ensemble).

126.4 Inférence à l’échelle de la métropole

  • Croisement avec températures de surface 2019 (fournie par la métropole)
  • → conditions climatiques favorables à fine échelle
  • à peu près 7 pixels × 9 (WorldClim)

126.4.1 Distributions potentielles futures

Même chose que précédemment mais sur les rasters de Grenoble

  1. SSP1-2.6
Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).

Figure 126.24: Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu’à l’horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d’ensemble, GCM IPSL).

  1. SSP2-4.5
Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).

Figure 126.25: Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu’à l’horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d’ensemble, GCM IPSL).

  1. SSP3-7.0
Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).

Figure 126.26: Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu’à l’horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d’ensemble, GCM IPSL).

  1. SSP5-8.5
Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).

Figure 126.27: Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu’à l’horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d’ensemble, GCM IPSL).

126.4.2 Évolution temporelle

# A tibble: 17 × 8
   min         q1          median      mean        q3          max   ssp    year
   <table[1d]> <table[1d]> <table[1d]> <table[1d]> <table[1d]> <tab> <fct> <dbl>
 1 159         313         357         431.5136    570         763   0      2000
 2 274         424         508         538.4077    656         797   126    2040
 3 300         452         582         571.1201    674         807   126    2060
 4 285         471         588         575.1642    680         788   126    2080
 5 298         480         611         597.8637    714         810   126    2100
 6 321         448         561         566.7797    687         801   245    2040
 7 314         496         626         604.4526    707         804   245    2060
 8 347         579         677         649.9360    738         816   245    2080
 9 369         597         684         657.2980    746         814   245    2100
10 269         425         517         541.7283    660         799   370    2040
11 327         506         641         618.4424    719         814   370    2060
12 365         582         686         654.0578    765         826   370    2080
13 303         476         630         594.8445    714         813   370    2100
14 254         417         533         537.1677    653         772   585    2040
15 372         569         678         650.0800    738         820   585    2060
16 333         517         680         621.8004    714         812   585    2080
17 259         360         512         489.7965    601         719   585    2100
Évolution de la favorabilité climatique au cours du XXIème siècle. Le point représente la médiane sur l'étendue de la métropole (i.e. tous les pixels de la carte) ; le trait gras représente 50 % des données intermédiaires (espace inter-quartile) ; le trait fin représente le reste des données du minimum au maximum.

Figure 126.28: Évolution de la favorabilité climatique au cours du XXIème siècle. Le point représente la médiane sur l’étendue de la métropole (i.e. tous les pixels de la carte) ; le trait gras représente 50 % des données intermédiaires (espace inter-quartile) ; le trait fin représente le reste des données du minimum au maximum.