158 Populus tremula

158.1 Données d’occurrences GBIF

Collecte des données du GBIF :

<<gbif download metadata>>
  Status: SUCCEEDED
  DOI: 10.15468/dl.gdny7p
  Format: SIMPLE_CSV
  Download key: 0252670-230224095556074
  Created: 2023-05-20T17:57:01.706+00:00
  Modified: 2023-05-20T18:02:52.177+00:00
  Download link: https://api.gbif.org/v1/occurrence/download/request/0252670-230224095556074.zip
  Total records: 342621

Conversion en objets géographiques (format Simple feature de sf) et exploration rapide des données (classe du jeu de données et premières lignes du tableau) :

Simple feature collection with 342621 features and 50 fields
Attribute-geometry relationship: 50 constant, 0 aggregate, 0 identity
Geometry type: POINT
Dimension:     XY
Bounding box:  xmin: -122.5796 ymin: -43.584 xmax: 177.553 ymax: 70.9908
Geodetic CRS:  WGS 84
# A tibble: 342,621 × 51
     gbifID datasetKey occurrenceID kingdom phylum class order family genus species infraspecificEpithet
 *  <int64> <chr>      <chr>        <chr>   <chr>  <chr> <chr> <chr>  <chr> <chr>   <chr>               
 1     2 e9 835613da-… CDA6970D-82… Plantae Trach… Magn… Malp… Salic… Popu… Populu… ""                  
 2     2 e9 835613da-… 56F24680-CB… Plantae Trach… Magn… Malp… Salic… Popu… Populu… ""                  
 3     2 e9 835613da-… 567285A0-4C… Plantae Trach… Magn… Malp… Salic… Popu… Populu… ""                  
 4     2 e9 835613da-… DCB61F2A-2B… Plantae Trach… Magn… Malp… Salic… Popu… Populu… ""                  
 5     2 e9 83fdfd3d-… INFOFLORA-T… Plantae Trach… Magn… Malp… Salic… Popu… Populu… ""                  
 6     3.e9 83fdfd3d-… INFOFLORA-T… Plantae Trach… Magn… Malp… Salic… Popu… Populu… ""                  
 7     3.e9 83fdfd3d-… INFOFLORA-T… Plantae Trach… Magn… Malp… Salic… Popu… Populu… ""                  
 8     2 e9 83fdfd3d-… INFOFLORA-T… Plantae Trach… Magn… Malp… Salic… Popu… Populu… ""                  
 9     2 e9 83fdfd3d-… INFOFLORA-T… Plantae Trach… Magn… Malp… Salic… Popu… Populu… ""                  
10     2 e9 83fdfd3d-… INFOFLORA-T… Plantae Trach… Magn… Malp… Salic… Popu… Populu… ""                  
# ℹ 342,611 more rows
# ℹ 40 more variables: taxonRank <chr>, scientificName <chr>, verbatimScientificName <chr>,
#   verbatimScientificNameAuthorship <chr>, countryCode <chr>, locality <chr>, stateProvince <chr>,
#   occurrenceStatus <chr>, individualCount <int>, publishingOrgKey <chr>, decimalLatitude <dbl>,
#   decimalLongitude <dbl>, coordinateUncertaintyInMeters <dbl>, coordinatePrecision <dbl>,
#   elevation <dbl>, elevationAccuracy <dbl>, depth <dbl>, depthAccuracy <dbl>, eventDate <dttm>,
#   day <int>, month <int>, year <int>, taxonKey <int>, speciesKey <int>, basisOfRecord <chr>, …

Il y a 342 621 occurrences dans le jeu de données. On les affiche sur la carte du monde :

Occurrences de Populus tremula dans le monde.

Figure 158.1: Occurrences de Populus tremula dans le monde.

158.1.1 Données par région

On évalue la proportion d’occurrences dans chaque région, en utilisant les 3 masques créés précédemment. Si on a au moins 50 % des occurrences dans une région, on peut continuer en travaillant uniquement sur ces données. Sinon, on vérifie qu’au moins 67 % des données tombent dans l’ensemble des régions, et on prend la région la plus représentée. Au final, s’il s’agit d’une espèce endémique d’Europe, on n’a pas besoin de manipulation supplémentaire.

[1] 0.989440227
[1] 4.669883049e-05
[1] 0.004375096681

Espèce endémique d’Europe

Occurrence de Populus tremula dans la région d'endémisme.

Figure 158.2: Occurrence de Populus tremula dans la région d’endémisme.

158.1.2 Licences

On s’intéresse ici au problème particulier des licences :


   CC_BY_4_0 CC_BY_NC_4_0      CC0_1_0 
      223953        22756        92294 
[1] 93.28737504
Occurrence de Populus tremula dans la région d'endémisme, selon la licence : CC BY-NC en bleu ; CC0 et CC BY en orange.

Figure 158.3: Occurrence de Populus tremula dans la région d’endémisme, selon la licence : CC BY-NC en bleu ; CC0 et CC BY en orange.

Idéalement, on aimerait avoir au moins 50 % de données vraiment libres d’utilisation (c’est-à-dire sans la clause -NC). On continue en supprimant les données en CC BY-NC.

[1] 316247

158.1.3 Sous-échantillonnage

Si le jeu de données contient 25 000 occurrences ou plus, on procède au sous-échantillonnage aléatoire pour en conserver un maximum de 25 000.

Simple feature collection with 25000 features and 50 fields
Attribute-geometry relationship: 50 constant, 0 aggregate, 0 identity
Geometry type: POINT
Dimension:     XY
Bounding box:  xmin: -9.571845 ymin: 36.505413 xmax: 46.94 ymax: 70.6018
Geodetic CRS:  WGS 84
# A tibble: 25,000 × 51
     gbifID datasetKey occurrenceID kingdom phylum class order family genus species infraspecificEpithet
    <int64> <chr>      <chr>        <chr>   <chr>  <chr> <chr> <chr>  <chr> <chr>   <chr>               
 1     1 e9 75956ee6-… "http://cbn… Plantae Trach… Magn… Malp… Salic… Popu… Populu… ""                  
 2     2 e9 83fdfd3d-… "INFOFLORA-… Plantae Trach… Magn… Malp… Salic… Popu… Populu… ""                  
 3     2 e9 38b4c89f-… "urn:lsid:a… Plantae Trach… Magn… Malp… Salic… Popu… Populu… ""                  
 4     1 e9 75956ee6-… "http://cbn… Plantae Trach… Magn… Malp… Salic… Popu… Populu… ""                  
 5     1 e9 75956ee6-… "http://cbn… Plantae Trach… Magn… Malp… Salic… Popu… Populu… ""                  
 6     4 e8 857aa892-… ""           Plantae Trach… Magn… Malp… Salic… Popu… Populu… ""                  
 7     2 e9 86306e4b-… "2fe7d194-8… Plantae Trach… Magn… Malp… Salic… Popu… Populu… ""                  
 8     3.e9 38b4c89f-… "urn:lsid:a… Plantae Trach… Magn… Malp… Salic… Popu… Populu… ""                  
 9     2 e9 83fdfd3d-… "INFOFLORA-… Plantae Trach… Magn… Malp… Salic… Popu… Populu… ""                  
10     3.e9 38b4c89f-… "urn:lsid:a… Plantae Trach… Magn… Malp… Salic… Popu… Populu… ""                  
# ℹ 24,990 more rows
# ℹ 40 more variables: taxonRank <chr>, scientificName <chr>, verbatimScientificName <chr>,
#   verbatimScientificNameAuthorship <chr>, countryCode <chr>, locality <chr>, stateProvince <chr>,
#   occurrenceStatus <chr>, individualCount <int>, publishingOrgKey <chr>, decimalLatitude <dbl>,
#   decimalLongitude <dbl>, coordinateUncertaintyInMeters <dbl>, coordinatePrecision <dbl>,
#   elevation <dbl>, elevationAccuracy <dbl>, depth <dbl>, depthAccuracy <dbl>, eventDate <dttm>,
#   day <int>, month <int>, year <int>, taxonKey <int>, speciesKey <int>, basisOfRecord <chr>, …

158.1.4 Carte finale

On prépare la carte finale des occurrences :

Occurrence de Populus tremula dans la région d'endémisme après sous-échantillonnage éventuel.

Figure 158.4: Occurrence de Populus tremula dans la région d’endémisme après sous-échantillonnage éventuel.

158.2 Modélisation de la niche climatique

158.2.1 Préparer les données

Organisation des données d’entrées (occurrences et données environnementales) et des données produites de pseudo-absences :

 class       : SpatVector 
 geometry    : points 
 dimensions  : 25000, 0  (geometries, attributes)
 extent      : -9.571845, 46.94, 36.50541, 70.6018  (xmin, xmax, ymin, ymax)
 coord. ref. : lon/lat WGS 84 (EPSG:4326) 

-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-= potr Data Formating -=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=

      ! Response variable is considered as only presences... Is it really what you want?
      ! No data has been set aside for modeling evaluation
 !!! Some data are located in the same raster cell. 
          Please set `filter.raster = TRUE` if you want an automatic filtering.

Checking Pseudo-absence selection arguments...

   > random pseudo absences selection
   > Pseudo absences are selected in explanatory variables
 ! Some NAs have been automatically removed from your data
 !!! Some data are located in the same raster cell. 
          Please set `filter.raster = TRUE` if you want an automatic filtering.
-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-= Done -=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=

-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-= BIOMOD.formated.data -=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=

dir.name =  Output

sp.name =  potr

     24965 presences,  0 true absences and  72925 undefined points in dataset


     6 explanatory variables

 temp_max_august     temp_min       temp_wet_quart     temp_season    
 Min.   : 2.656   Min.   :-22.076   Min.   :-12.267   Min.   : 197.0  
 1st Qu.:19.791   1st Qu.: -9.796   1st Qu.:  8.793   1st Qu.: 633.4  
 Median :22.900   Median : -4.520   Median : 13.137   Median : 747.1  
 Mean   :24.413   Mean   : -4.849   Mean   : 12.221   Mean   : 768.6  
 3rd Qu.:27.876   3rd Qu.:  0.540   3rd Qu.: 15.993   3rd Qu.: 907.4  
 Max.   :46.048   Max.   : 11.550   Max.   : 26.407   Max.   :1385.6  
 prec_wet_quart    prec_season     
 Min.   :   3.0   Min.   :  4.688  
 1st Qu.: 177.0   1st Qu.: 22.881  
 Median : 214.0   Median : 30.915  
 Mean   : 217.7   Mean   : 35.305  
 3rd Qu.: 248.0   3rd Qu.: 39.200  
 Max.   :1228.0   Max.   :122.948  

-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=

On visualise les pseudo-absences :

Les données d'occurrences (en haut à gauche) et les trois jeux de données aléatoires de pseudo-absences.

Figure 158.5: Les données d’occurrences (en haut à gauche) et les trois jeux de données aléatoires de pseudo-absences.

$data.vect
 class       : SpatVector 
 geometry    : points 
 dimensions  : 174860, 2  (geometries, attributes)
 extent      : -10.39583, 46.97917, 29.02083, 70.97917  (xmin, xmax, ymin, ymax)
 coord. ref. :  
 names       :  resp         dataset
 type        : <num>           <chr>
 values      :    10 Initial dataset
                  10 Initial dataset
                  10 Initial dataset

$data.label
                              9                              10 
                "**Presences**"       "Presences (calibration)" 
                             11                              12 
       "Presences (validation)"        "Presences (evaluation)" 
                             19                              20 
            "**True Absences**"   "True Absences (calibration)" 
                             21                              22 
   "True Absences (validation)"    "True Absences (evaluation)" 
                             29                              30 
          "**Pseudo-Absences**" "Pseudo-Absences (calibration)" 
                             31                               1 
 "Pseudo-Absences (validation)"                    "Background" 

$data.plot
Les données d'occurrences (en haut à gauche) et les trois jeux de données aléatoires de pseudo-absences.

Figure 158.6: Les données d’occurrences (en haut à gauche) et les trois jeux de données aléatoires de pseudo-absences.

158.2.2 Modèles individuels de niche


-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-= Build Single Models -=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=


Checking Models arguments...

Creating suitable Workdir...

            ! Weights where automatically defined for potr_PA1 to rise a 0.5 prevalence !
            ! Weights where automatically defined for potr_PA2 to rise a 0.5 prevalence !
            ! Weights where automatically defined for potr_PA3 to rise a 0.5 prevalence !


-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-= potr Modeling Summary -=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=

 6  environmental variables ( temp_max_august temp_min temp_wet_quart temp_season prec_wet_quart prec_season )
Number of evaluation repetitions : 1
Models selected : GAM MARS MAXNET GBM ANN RF 

Total number of model runs: 18 

-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=


-=-=-=- Run :  potr_PA1 


-=-=-=--=-=-=- potr_PA1_RUN1 


-=-=-=- Run :  potr_PA2 


-=-=-=--=-=-=- potr_PA2_RUN1 


-=-=-=- Run :  potr_PA3 


-=-=-=--=-=-=- potr_PA3_RUN1 

-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-= Done -=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=

158.2.2.1 Évaluation de la performance

             full.name  PA  run   algo metric.eval cutoff sensitivity
1    potr_PA1_RUN1_GAM PA1 RUN1    GAM         TSS  485.0      92.745
2    potr_PA1_RUN1_GAM PA1 RUN1    GAM         ROC  484.5      92.745
3   potr_PA1_RUN1_MARS PA1 RUN1   MARS         TSS  431.0      93.025
4   potr_PA1_RUN1_MARS PA1 RUN1   MARS         ROC  431.5      92.985
5 potr_PA1_RUN1_MAXNET PA1 RUN1 MAXNET         TSS  373.0      90.892
6 potr_PA1_RUN1_MAXNET PA1 RUN1 MAXNET         ROC  371.5      91.037
  specificity calibration validation evaluation
1      54.000       0.467      0.463         NA
2      54.000       0.704      0.698         NA
3      79.255       0.723      0.718         NA
4      79.320       0.918      0.916         NA
5      79.995       0.709      0.702         NA
6      79.870       0.919      0.916         NA
Évaluation de la performance des modèles individuels : True Skill Statistic & aire sous la courbe de ROC.

Figure 158.7: Évaluation de la performance des modèles individuels : True Skill Statistic & aire sous la courbe de ROC.

158.2.2.2 Importance des variables environnementales

          full.name  PA  run algo        expl.var rand  var.imp
1 potr_PA1_RUN1_GAM PA1 RUN1  GAM temp_max_august    1 0.470386
2 potr_PA1_RUN1_GAM PA1 RUN1  GAM        temp_min    1 0.051440
3 potr_PA1_RUN1_GAM PA1 RUN1  GAM  temp_wet_quart    1 0.127058
4 potr_PA1_RUN1_GAM PA1 RUN1  GAM     temp_season    1 0.459929
5 potr_PA1_RUN1_GAM PA1 RUN1  GAM  prec_wet_quart    1 0.086798
6 potr_PA1_RUN1_GAM PA1 RUN1  GAM     prec_season    1 0.127361
Pourcentage de variance expliquée pour chaque variable, décomposé par algorithme.

Figure 158.8: Pourcentage de variance expliquée pour chaque variable, décomposé par algorithme.

Pourcentage de variance expliquée pour chaque variable, décomposé par variable.

Figure 158.9: Pourcentage de variance expliquée pour chaque variable, décomposé par variable.

158.2.2.3 Courbes de réponses

Courbes de réponse de chaque variable climatique selon l'algorithme (en couleurs).

Figure 158.10: Courbes de réponse de chaque variable climatique selon l’algorithme (en couleurs).

158.2.3 Modèles d’ensemble de niche

Seulement modèles avec TSS > 0.8


-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-= BIOMOD.ensemble.models.out -=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=

sp.name : potr

expl.var.names : temp_max_august temp_min temp_wet_quart temp_season 
prec_wet_quart prec_season


models computed: 
potr_EMcvByTSS_mergedData_mergedRun_mergedAlgo, potr_EMwmeanByTSS_mergedData_mergedRun_mergedAlgo

models failed: none

-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=

158.2.3.1 Évaluation de la qualité

                                          full.name merged.by.PA merged.by.run
1 potr_EMwmeanByTSS_mergedData_mergedRun_mergedAlgo   mergedData     mergedRun
2 potr_EMwmeanByTSS_mergedData_mergedRun_mergedAlgo   mergedData     mergedRun
  merged.by.algo filtered.by    algo metric.eval cutoff sensitivity specificity
1     mergedAlgo         TSS EMwmean         TSS  636.0      95.582      94.710
2     mergedAlgo         TSS EMwmean         ROC  636.5      95.562      94.743
  calibration validation evaluation
1       0.903         NA         NA
2       0.992         NA         NA
Évaluation de la qualité du modèle d'ensemble : Aire sous la courbe de ROC & True Skill Statistic.

Figure 158.11: Évaluation de la qualité du modèle d’ensemble : Aire sous la courbe de ROC & True Skill Statistic.

                                       full.name merged.by.PA merged.by.run
1 potr_EMcvByTSS_mergedData_mergedRun_mergedAlgo   mergedData     mergedRun
2 potr_EMcvByTSS_mergedData_mergedRun_mergedAlgo   mergedData     mergedRun
3 potr_EMcvByTSS_mergedData_mergedRun_mergedAlgo   mergedData     mergedRun
4 potr_EMcvByTSS_mergedData_mergedRun_mergedAlgo   mergedData     mergedRun
5 potr_EMcvByTSS_mergedData_mergedRun_mergedAlgo   mergedData     mergedRun
6 potr_EMcvByTSS_mergedData_mergedRun_mergedAlgo   mergedData     mergedRun
  merged.by.algo filtered.by algo        expl.var rand  var.imp
1     mergedAlgo         TSS EMcv temp_max_august    1 0.602341
2     mergedAlgo         TSS EMcv        temp_min    1 0.502012
3     mergedAlgo         TSS EMcv  temp_wet_quart    1 0.427232
4     mergedAlgo         TSS EMcv     temp_season    1 0.498719
5     mergedAlgo         TSS EMcv  prec_wet_quart    1 0.397083
6     mergedAlgo         TSS EMcv     prec_season    1 0.498422

Par variable :

Pourcentage de variance expliquée par variable dans le modèle d'ensemble.

Figure 158.12: Pourcentage de variance expliquée par variable dans le modèle d’ensemble.

Courbes de réponse de chaque variable climatique dans le modèle d'ensemble.

Figure 158.13: Courbes de réponse de chaque variable climatique dans le modèle d’ensemble.

158.3 Projections

158.3.1 Distribution potentielle contemporaine

Contemporaine : Cartographie des observations sur couches climatiques Extraction des conditions climatiques favorables


-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-= BIOMOD.projection.out -=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=

Projection directory : Output/potr/current


sp.name : potr

expl.var.names : temp_max_august temp_min temp_wet_quart temp_season 
prec_wet_quart prec_season


modeling.id : AllModels ( Output/potr/potr.AllModels.models.out )

models.projected : 
potr_PA1_RUN1_GAM, potr_PA1_RUN1_MARS, potr_PA1_RUN1_MAXNET, potr_PA1_RUN1_GBM, potr_PA1_RUN1_RF, potr_PA2_RUN1_GAM, potr_PA2_RUN1_MARS, potr_PA2_RUN1_MAXNET, potr_PA2_RUN1_GBM, potr_PA2_RUN1_RF, potr_PA3_RUN1_GAM, potr_PA3_RUN1_MARS, potr_PA3_RUN1_MAXNET, potr_PA3_RUN1_GBM, potr_PA3_RUN1_RF

available binary projection : TSS, ROC

available filtered projection : TSS, ROC

-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=
Projection de la distribution potentielle contemporaine sur l'Europe, selon les 6 algorithmes et les 3 runs.

Figure 158.14: Projection de la distribution potentielle contemporaine sur l’Europe, selon les 6 algorithmes et les 3 runs.

Projection de la distribution potentielle contemporaine sur l'Europe, selon les 6 algorithmes et les 3 runs.

Figure 158.15: Projection de la distribution potentielle contemporaine sur l’Europe, selon les 6 algorithmes et les 3 runs.


-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-= BIOMOD.projection.out -=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=

Projection directory : Output/potr/current


sp.name : potr

expl.var.names : temp_max_august temp_min temp_wet_quart temp_season 
prec_wet_quart prec_season


modeling.id : AllModels ( Output/potr/potr.AllModels.ensemble.models.out )

models.projected : 
potr_EMcvByTSS_mergedData_mergedRun_mergedAlgo, potr_EMwmeanByTSS_mergedData_mergedRun_mergedAlgo

-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=
A) Projection de la distribution potentielle contemporaine (modèle d'ensemble) ; B) Incertitude associée à la projection.

Figure 158.16: A) Projection de la distribution potentielle contemporaine (modèle d’ensemble) ; B) Incertitude associée à la projection.

158.3.2 Interpolation à l’échelle de la métropole

  • → conditions climatiques favorables à fine échelle

On projette la niche climatique sur ce raster à fine échelle.


-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-= BIOMOD.projection.out -=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=

Projection directory : Output/potr/cont_gre


sp.name : potr

expl.var.names : temp_max_august temp_min temp_wet_quart temp_season 
prec_wet_quart prec_season


modeling.id : AllModels ( Output/potr/potr.AllModels.models.out )

models.projected : 
potr_PA1_RUN1_GAM, potr_PA1_RUN1_MARS, potr_PA1_RUN1_MAXNET, potr_PA1_RUN1_GBM, potr_PA1_RUN1_RF, potr_PA2_RUN1_GAM, potr_PA2_RUN1_MARS, potr_PA2_RUN1_MAXNET, potr_PA2_RUN1_GBM, potr_PA2_RUN1_RF, potr_PA3_RUN1_GAM, potr_PA3_RUN1_MARS, potr_PA3_RUN1_MAXNET, potr_PA3_RUN1_GBM, potr_PA3_RUN1_RF

available binary projection : TSS, ROC

available filtered projection : TSS, ROC

-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=
Projection de la distribution potentielle contemporaine sur la métropole de Grenoble, selon les 6 algorithmes et les 3 runs.

Figure 158.17: Projection de la distribution potentielle contemporaine sur la métropole de Grenoble, selon les 6 algorithmes et les 3 runs.

Projection de la distribution potentielle contemporaine sur la métropole de Grenoble, selon les 6 algorithmes et les 3 runs.

Figure 158.18: Projection de la distribution potentielle contemporaine sur la métropole de Grenoble, selon les 6 algorithmes et les 3 runs.


-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-= BIOMOD.projection.out -=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=

Projection directory : Output/potr/cont_gre


sp.name : potr

expl.var.names : temp_max_august temp_min temp_wet_quart temp_season 
prec_wet_quart prec_season


modeling.id : AllModels ( Output/potr/potr.AllModels.ensemble.models.out )

models.projected : 
potr_EMcvByTSS_mergedData_mergedRun_mergedAlgo, potr_EMwmeanByTSS_mergedData_mergedRun_mergedAlgo

-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=
A) Projection de la distribution potentielle contemporaine (modèle d'ensemble) sur la métropole de Grenoble ; B) Incertitude associée à la projection.

Figure 158.19: A) Projection de la distribution potentielle contemporaine (modèle d’ensemble) sur la métropole de Grenoble ; B) Incertitude associée à la projection.

158.3.3 Distributions potentielles futures

Futur : Projection à l’échelle de l’Europe jusqu’à l’horizon 2100

Toutes les fenêtres temporelles × scénarios pour le GCM « IPSL-CM6A-LR »

  1. SSP1-2.6
Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP1-2.6 (modèle d'ensemble).Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP1-2.6 (modèle d'ensemble).Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP1-2.6 (modèle d'ensemble).Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP1-2.6 (modèle d'ensemble).Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP1-2.6 (modèle d'ensemble).

Figure 158.20: Projection des distributions potentielles futures jusqu’à l’horizon 2100 sous le scénario SSP1-2.6 (modèle d’ensemble).

On obtient pour la métrique TSS une carte unique de moyenne pondérée sur les algorithmes et sur les jeux de pseudo-absences.

  1. SSP2-4.5
Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP2-4.5 (modèle d'ensemble).Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP2-4.5 (modèle d'ensemble).Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP2-4.5 (modèle d'ensemble).Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP2-4.5 (modèle d'ensemble).Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP2-4.5 (modèle d'ensemble).

Figure 158.21: Projection des distributions potentielles futures jusqu’à l’horizon 2100 sous le scénario SSP2-4.5 (modèle d’ensemble).

  1. SSP3-7.0
Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP3-7.0 (modèle d'ensemble).Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP3-7.0 (modèle d'ensemble).Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP3-7.0 (modèle d'ensemble).Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP3-7.0 (modèle d'ensemble).Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP3-7.0 (modèle d'ensemble).

Figure 158.22: Projection des distributions potentielles futures jusqu’à l’horizon 2100 sous le scénario SSP3-7.0 (modèle d’ensemble).

  1. SSP5-8.5
Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble).Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble).Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble).Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble).Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble).

Figure 158.23: Projection des distributions potentielles futures jusqu’à l’horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d’ensemble).

158.4 Inférence à l’échelle de la métropole

  • Croisement avec températures de surface 2019 (fournie par la métropole)
  • → conditions climatiques favorables à fine échelle
  • à peu près 7 pixels × 9 (WorldClim)

158.4.1 Distributions potentielles futures

Même chose que précédemment mais sur les rasters de Grenoble

  1. SSP1-2.6
Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).

Figure 158.24: Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu’à l’horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d’ensemble, GCM IPSL).

  1. SSP2-4.5
Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).

Figure 158.25: Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu’à l’horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d’ensemble, GCM IPSL).

  1. SSP3-7.0
Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).

Figure 158.26: Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu’à l’horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d’ensemble, GCM IPSL).

  1. SSP5-8.5
Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).

Figure 158.27: Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu’à l’horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d’ensemble, GCM IPSL).

158.4.2 Évolution temporelle

# A tibble: 17 × 8
   min         q1          median      mean        q3          max   ssp    year
   <table[1d]> <table[1d]> <table[1d]> <table[1d]> <table[1d]> <tab> <fct> <dbl>
 1 220         493         723         678.49998   849         997   0      2000
 2  48         193         397         422.67011   657         933   126    2040
 3  31          91         273         323.20772   547         837   126    2060
 4  33          99         263         314.49611   511         825   126    2080
 5  35          91         266         313.46156   524         780   126    2100
 6  40         180         369         409.56040   652         902   245    2040
 7  40          87         211         253.16495   415         776   245    2060
 8  36          77         101         192.75604   257         703   245    2080
 9  37          81          99         138.36970   164         553   245    2100
10  41         229         354         409.67446   634         929   370    2040
11  36          79         196         252.75086   427         760   370    2060
12  45          83          95         124.40541   143         564   370    2080
13  18          47          63          64.98924    78         217   370    2100
14  42         173         340         371.51866   574         862   585    2040
15  41          80         135         194.28763   280         623   585    2060
16  19          55          64          66.74263    77         241   585    2080
17  21          37          47          53.26572    68         160   585    2100
Évolution de la favorabilité climatique au cours du XXIème siècle. Le point représente la médiane sur l'étendue de la métropole (i.e. tous les pixels de la carte) ; le trait gras représente 50 % des données intermédiaires (espace inter-quartile) ; le trait fin représente le reste des données du minimum au maximum.

Figure 158.28: Évolution de la favorabilité climatique au cours du XXIème siècle. Le point représente la médiane sur l’étendue de la métropole (i.e. tous les pixels de la carte) ; le trait gras représente 50 % des données intermédiaires (espace inter-quartile) ; le trait fin représente le reste des données du minimum au maximum.