93 Prunus persica

93.1 Données d’occurrences GBIF

Collecte des données du GBIF :

<<gbif download metadata>>
  Status: SUCCEEDED
  DOI: 10.15468/dl.ne4nwr
  Format: SIMPLE_CSV
  Download key: 0252265-230224095556074
  Created: 2023-05-20T13:10:52.147+00:00
  Modified: 2023-05-20T13:11:45.392+00:00
  Download link: https://api.gbif.org/v1/occurrence/download/request/0252265-230224095556074.zip
  Total records: 11322

Conversion en objets géographiques (format Simple feature de sf) et exploration rapide des données (classe du jeu de données et premières lignes du tableau) :

Simple feature collection with 11322 features and 50 fields
Attribute-geometry relationship: 50 constant, 0 aggregate, 0 identity
Geometry type: POINT
Dimension:     XY
Bounding box:  xmin: -159.673 ymin: -47.0605 xmax: 177.95 ymax: 64.628117
Geodetic CRS:  WGS 84
# A tibble: 11,322 × 51
     gbifID datasetKey occurrenceID kingdom phylum class order family genus species infraspecificEpithet
 *  <int64> <chr>      <chr>        <chr>   <chr>  <chr> <chr> <chr>  <chr> <chr>   <chr>               
 1     3.e9 5f06e39d-… USFS - New … Plantae Trach… Magn… Rosa… Rosac… Prun… Prunus… ""                  
 2     3.e9 c4e1739b-… BISON:New Y… Plantae Trach… Magn… Rosa… Rosac… Prun… Prunus… ""                  
 3     3.e9 5f06e39d-… USFS - New … Plantae Trach… Magn… Rosa… Rosac… Prun… Prunus… ""                  
 4     3.e9 5f06e39d-… USFS - New … Plantae Trach… Magn… Rosa… Rosac… Prun… Prunus… ""                  
 5     3.e9 5f06e39d-… USFS - New … Plantae Trach… Magn… Rosa… Rosac… Prun… Prunus… ""                  
 6     3.e9 5f06e39d-… USFS - New … Plantae Trach… Magn… Rosa… Rosac… Prun… Prunus… ""                  
 7     3.e9 5f06e39d-… USFS - New … Plantae Trach… Magn… Rosa… Rosac… Prun… Prunus… ""                  
 8     3.e9 5f06e39d-… USFS - New … Plantae Trach… Magn… Rosa… Rosac… Prun… Prunus… ""                  
 9     3.e9 c4e1739b-… BISON:New Y… Plantae Trach… Magn… Rosa… Rosac… Prun… Prunus… ""                  
10     3.e9 5f06e39d-… USFS - New … Plantae Trach… Magn… Rosa… Rosac… Prun… Prunus… ""                  
# ℹ 11,312 more rows
# ℹ 40 more variables: taxonRank <chr>, scientificName <chr>, verbatimScientificName <chr>,
#   verbatimScientificNameAuthorship <chr>, countryCode <chr>, locality <chr>, stateProvince <chr>,
#   occurrenceStatus <chr>, individualCount <int>, publishingOrgKey <chr>, decimalLatitude <dbl>,
#   decimalLongitude <dbl>, coordinateUncertaintyInMeters <dbl>, coordinatePrecision <dbl>,
#   elevation <dbl>, elevationAccuracy <dbl>, depth <dbl>, depthAccuracy <dbl>, eventDate <dttm>,
#   day <int>, month <int>, year <int>, taxonKey <int>, speciesKey <int>, basisOfRecord <chr>, …

Il y a 11 322 occurrences dans le jeu de données. On les affiche sur la carte du monde :

Occurrences de Prunus persica dans le monde.

Figure 93.1: Occurrences de Prunus persica dans le monde.

93.1.1 Données par région

On évalue la proportion d’occurrences dans chaque région, en utilisant les 3 masques créés précédemment. Si on a au moins 50 % des occurrences dans une région, on peut continuer en travaillant uniquement sur ces données. Sinon, on vérifie qu’au moins 67 % des données tombent dans l’ensemble des régions, et on prend la région la plus représentée. Au final, s’il s’agit d’une espèce endémique d’Europe, on n’a pas besoin de manipulation supplémentaire.

[1] 0.6115527292
[1] 0.2170994524
[1] 0.05281752341

Espèce endémique d’Europe

Occurrence de Prunus persica dans la région d'endémisme.

Figure 93.2: Occurrence de Prunus persica dans la région d’endémisme.

93.1.2 Licences

On s’intéresse ici au problème particulier des licences :


                                               CC_BY_4_0 
                                                    6201 
                                            CC_BY_NC_4_0 
                                                     324 
                                                 CC0_1_0 
                                                     382 
https://creativecommons.org/licenses/by-nc/4.0/legalcode 
                                                      17 
[1] 95.0751011
Occurrence de Prunus persica dans la région d'endémisme, selon la licence : CC BY-NC en bleu ; CC0 et CC BY en orange.

Figure 93.3: Occurrence de Prunus persica dans la région d’endémisme, selon la licence : CC BY-NC en bleu ; CC0 et CC BY en orange.

Idéalement, on aimerait avoir au moins 50 % de données vraiment libres d’utilisation (c’est-à-dire sans la clause -NC). On continue en supprimant les données en CC BY-NC.

[1] 6583

93.1.3 Sous-échantillonnage

Si le jeu de données contient 25 000 occurrences ou plus, on procède au sous-échantillonnage aléatoire pour en conserver un maximum de 25 000.

Moins de 25 000 occurrences : pas de sous-échantillonnage

Simple feature collection with 6583 features and 50 fields
Attribute-geometry relationship: 50 constant, 0 aggregate, 0 identity
Geometry type: POINT
Dimension:     XY
Bounding box:  xmin: -9.411555 ymin: 32.778478 xmax: 46.8406 ymax: 64.628117
Geodetic CRS:  WGS 84
# A tibble: 6,583 × 51
     gbifID datasetKey occurrenceID kingdom phylum class order family genus species infraspecificEpithet
    <int64> <chr>      <chr>        <chr>   <chr>  <chr> <chr> <chr>  <chr> <chr>   <chr>               
 1      9e8 38b4c89f-… urn:lsid:ar… Plantae Trach… Magn… Rosa… Rosac… Prun… Prunus… ""                  
 2      9e8 38b4c89f-… urn:lsid:ar… Plantae Trach… Magn… Rosa… Rosac… Prun… Prunus… ""                  
 3      9e8 30bc94f2-… urn:catalog… Plantae Trach… Magn… Rosa… Rosac… Prun… Prunus… ""                  
 4      8e8 38b4c89f-… urn:lsid:ar… Plantae Trach… Magn… Rosa… Rosac… Prun… Prunus… ""                  
 5      8e8 38b4c89f-… urn:lsid:ar… Plantae Trach… Magn… Rosa… Rosac… Prun… Prunus… ""                  
 6      8e8 38b4c89f-… urn:lsid:ar… Plantae Trach… Magn… Rosa… Rosac… Prun… Prunus… ""                  
 7      8e8 38b4c89f-… urn:lsid:ar… Plantae Trach… Magn… Rosa… Rosac… Prun… Prunus… ""                  
 8      8e8 38b4c89f-… urn:lsid:ar… Plantae Trach… Magn… Rosa… Rosac… Prun… Prunus… ""                  
 9      8e8 271c444f-… INBO:FLORA:… Plantae Trach… Magn… Rosa… Rosac… Prun… Prunus… ""                  
10      8e8 271c444f-… INBO:FLORA:… Plantae Trach… Magn… Rosa… Rosac… Prun… Prunus… ""                  
# ℹ 6,573 more rows
# ℹ 40 more variables: taxonRank <chr>, scientificName <chr>, verbatimScientificName <chr>,
#   verbatimScientificNameAuthorship <chr>, countryCode <chr>, locality <chr>, stateProvince <chr>,
#   occurrenceStatus <chr>, individualCount <int>, publishingOrgKey <chr>, decimalLatitude <dbl>,
#   decimalLongitude <dbl>, coordinateUncertaintyInMeters <dbl>, coordinatePrecision <dbl>,
#   elevation <dbl>, elevationAccuracy <dbl>, depth <dbl>, depthAccuracy <dbl>, eventDate <dttm>,
#   day <int>, month <int>, year <int>, taxonKey <int>, speciesKey <int>, basisOfRecord <chr>, …

93.1.4 Carte finale

On prépare la carte finale des occurrences :

Occurrence de Prunus persica dans la région d'endémisme après sous-échantillonnage éventuel.

Figure 93.4: Occurrence de Prunus persica dans la région d’endémisme après sous-échantillonnage éventuel.

93.2 Modélisation de la niche climatique

93.2.1 Préparer les données

Organisation des données d’entrées (occurrences et données environnementales) et des données produites de pseudo-absences :

 class       : SpatVector 
 geometry    : points 
 dimensions  : 6583, 0  (geometries, attributes)
 extent      : -9.411555, 46.8406, 32.77848, 64.62812  (xmin, xmax, ymin, ymax)
 coord. ref. : lon/lat WGS 84 (EPSG:4326) 

-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-= prpe Data Formating -=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=

      ! Response variable is considered as only presences... Is it really what you want?
      ! No data has been set aside for modeling evaluation
 !!! Some data are located in the same raster cell. 
          Please set `filter.raster = TRUE` if you want an automatic filtering.

Checking Pseudo-absence selection arguments...

   > random pseudo absences selection
   > Pseudo absences are selected in explanatory variables
 ! Some NAs have been automatically removed from your data
 !!! Some data are located in the same raster cell. 
          Please set `filter.raster = TRUE` if you want an automatic filtering.
-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-= Done -=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=

-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-= BIOMOD.formated.data -=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=

dir.name =  Output

sp.name =  prpe

     6579 presences,  0 true absences and  19602 undefined points in dataset


     6 explanatory variables

 temp_max_august     temp_min       temp_wet_quart    temp_season    
 Min.   : 2.564   Min.   :-21.900   Min.   :-9.371   Min.   : 198.9  
 1st Qu.:20.688   1st Qu.: -8.792   1st Qu.: 8.947   1st Qu.: 603.5  
 Median :24.536   Median : -2.336   Median :12.936   Median : 735.7  
 Mean   :25.312   Mean   : -3.755   Mean   :12.378   Mean   : 752.4  
 3rd Qu.:28.608   3rd Qu.:  1.732   3rd Qu.:16.164   3rd Qu.: 897.5  
 Max.   :45.576   Max.   : 11.284   Max.   :25.944   Max.   :1387.5  
 prec_wet_quart    prec_season     
 Min.   :   3.0   Min.   :  5.358  
 1st Qu.: 176.0   1st Qu.: 22.698  
 Median : 218.0   Median : 31.377  
 Mean   : 221.6   Mean   : 35.663  
 3rd Qu.: 258.0   3rd Qu.: 40.705  
 Max.   :1227.0   Max.   :122.887  

-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=

On visualise les pseudo-absences :

Les données d'occurrences (en haut à gauche) et les trois jeux de données aléatoires de pseudo-absences.

Figure 93.5: Les données d’occurrences (en haut à gauche) et les trois jeux de données aléatoires de pseudo-absences.

$data.vect
 class       : SpatVector 
 geometry    : points 
 dimensions  : 46065, 2  (geometries, attributes)
 extent      : -10.35417, 46.97917, 29.02083, 70.97917  (xmin, xmax, ymin, ymax)
 coord. ref. :  
 names       :  resp         dataset
 type        : <num>           <chr>
 values      :    10 Initial dataset
                  10 Initial dataset
                  10 Initial dataset

$data.label
                              9                              10 
                "**Presences**"       "Presences (calibration)" 
                             11                              12 
       "Presences (validation)"        "Presences (evaluation)" 
                             19                              20 
            "**True Absences**"   "True Absences (calibration)" 
                             21                              22 
   "True Absences (validation)"    "True Absences (evaluation)" 
                             29                              30 
          "**Pseudo-Absences**" "Pseudo-Absences (calibration)" 
                             31                               1 
 "Pseudo-Absences (validation)"                    "Background" 

$data.plot
Les données d'occurrences (en haut à gauche) et les trois jeux de données aléatoires de pseudo-absences.

Figure 93.6: Les données d’occurrences (en haut à gauche) et les trois jeux de données aléatoires de pseudo-absences.

93.2.2 Modèles individuels de niche


-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-= Build Single Models -=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=


Checking Models arguments...

Creating suitable Workdir...

            ! Weights where automatically defined for prpe_PA1 to rise a 0.5 prevalence !
            ! Weights where automatically defined for prpe_PA2 to rise a 0.5 prevalence !
            ! Weights where automatically defined for prpe_PA3 to rise a 0.5 prevalence !


-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-= prpe Modeling Summary -=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=

 6  environmental variables ( temp_max_august temp_min temp_wet_quart temp_season prec_wet_quart prec_season )
Number of evaluation repetitions : 1
Models selected : GAM MARS MAXNET GBM ANN RF 

Total number of model runs: 18 

-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=


-=-=-=- Run :  prpe_PA1 


-=-=-=--=-=-=- prpe_PA1_RUN1 


-=-=-=- Run :  prpe_PA2 


-=-=-=--=-=-=- prpe_PA2_RUN1 


-=-=-=- Run :  prpe_PA3 


-=-=-=--=-=-=- prpe_PA3_RUN1 

-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-= Done -=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=

93.2.2.1 Évaluation de la performance

             full.name  PA  run   algo metric.eval cutoff sensitivity
1    prpe_PA1_RUN1_GAM PA1 RUN1    GAM         TSS  636.0      91.260
2    prpe_PA1_RUN1_GAM PA1 RUN1    GAM         ROC  636.5      91.222
3   prpe_PA1_RUN1_MARS PA1 RUN1   MARS         TSS  585.0      87.650
4   prpe_PA1_RUN1_MARS PA1 RUN1   MARS         ROC  589.5      87.498
5 prpe_PA1_RUN1_MAXNET PA1 RUN1 MAXNET         TSS  418.0      89.265
6 prpe_PA1_RUN1_MAXNET PA1 RUN1 MAXNET         ROC  418.5      89.246
  specificity calibration validation evaluation
1      57.444       0.487      0.481         NA
2      57.520       0.685      0.677         NA
3      86.555       0.742      0.749         NA
4      86.726       0.931      0.938         NA
5      85.169       0.745      0.753         NA
6      85.264       0.932      0.939         NA
Évaluation de la performance des modèles individuels : True Skill Statistic & aire sous la courbe de ROC.

Figure 93.7: Évaluation de la performance des modèles individuels : True Skill Statistic & aire sous la courbe de ROC.

93.2.2.2 Importance des variables environnementales

          full.name  PA  run algo        expl.var rand  var.imp
1 prpe_PA1_RUN1_GAM PA1 RUN1  GAM temp_max_august    1 0.396213
2 prpe_PA1_RUN1_GAM PA1 RUN1  GAM        temp_min    1 0.177401
3 prpe_PA1_RUN1_GAM PA1 RUN1  GAM  temp_wet_quart    1 0.029071
4 prpe_PA1_RUN1_GAM PA1 RUN1  GAM     temp_season    1 0.244125
5 prpe_PA1_RUN1_GAM PA1 RUN1  GAM  prec_wet_quart    1 0.009670
6 prpe_PA1_RUN1_GAM PA1 RUN1  GAM     prec_season    1 0.006413
Pourcentage de variance expliquée pour chaque variable, décomposé par algorithme.

Figure 93.8: Pourcentage de variance expliquée pour chaque variable, décomposé par algorithme.

Pourcentage de variance expliquée pour chaque variable, décomposé par variable.

Figure 93.9: Pourcentage de variance expliquée pour chaque variable, décomposé par variable.

93.2.2.3 Courbes de réponses

Courbes de réponse de chaque variable climatique selon l'algorithme (en couleurs).

Figure 93.10: Courbes de réponse de chaque variable climatique selon l’algorithme (en couleurs).

93.2.3 Modèles d’ensemble de niche

Seulement modèles avec TSS > 0.8


-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-= BIOMOD.ensemble.models.out -=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=

sp.name : prpe

expl.var.names : temp_max_august temp_min temp_wet_quart temp_season 
prec_wet_quart prec_season


models computed: 
prpe_EMcvByTSS_mergedData_mergedRun_mergedAlgo, prpe_EMwmeanByTSS_mergedData_mergedRun_mergedAlgo

models failed: none

-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=

93.2.3.1 Évaluation de la qualité

                                          full.name merged.by.PA merged.by.run
1 prpe_EMwmeanByTSS_mergedData_mergedRun_mergedAlgo   mergedData     mergedRun
2 prpe_EMwmeanByTSS_mergedData_mergedRun_mergedAlgo   mergedData     mergedRun
  merged.by.algo filtered.by    algo metric.eval cutoff sensitivity specificity
1     mergedAlgo         TSS EMwmean         TSS  565.0      97.127      93.490
2     mergedAlgo         TSS EMwmean         ROC  567.5      97.082      93.552
  calibration validation evaluation
1       0.906         NA         NA
2       0.993         NA         NA
Évaluation de la qualité du modèle d'ensemble : Aire sous la courbe de ROC & True Skill Statistic.

Figure 93.11: Évaluation de la qualité du modèle d’ensemble : Aire sous la courbe de ROC & True Skill Statistic.

                                       full.name merged.by.PA merged.by.run
1 prpe_EMcvByTSS_mergedData_mergedRun_mergedAlgo   mergedData     mergedRun
2 prpe_EMcvByTSS_mergedData_mergedRun_mergedAlgo   mergedData     mergedRun
3 prpe_EMcvByTSS_mergedData_mergedRun_mergedAlgo   mergedData     mergedRun
4 prpe_EMcvByTSS_mergedData_mergedRun_mergedAlgo   mergedData     mergedRun
5 prpe_EMcvByTSS_mergedData_mergedRun_mergedAlgo   mergedData     mergedRun
6 prpe_EMcvByTSS_mergedData_mergedRun_mergedAlgo   mergedData     mergedRun
  merged.by.algo filtered.by algo        expl.var rand  var.imp
1     mergedAlgo         TSS EMcv temp_max_august    1 0.589966
2     mergedAlgo         TSS EMcv        temp_min    1 0.572783
3     mergedAlgo         TSS EMcv  temp_wet_quart    1 0.366615
4     mergedAlgo         TSS EMcv     temp_season    1 0.551167
5     mergedAlgo         TSS EMcv  prec_wet_quart    1 0.498370
6     mergedAlgo         TSS EMcv     prec_season    1 0.449989

Par variable :

Pourcentage de variance expliquée par variable dans le modèle d'ensemble.

Figure 93.12: Pourcentage de variance expliquée par variable dans le modèle d’ensemble.

Courbes de réponse de chaque variable climatique dans le modèle d'ensemble.

Figure 93.13: Courbes de réponse de chaque variable climatique dans le modèle d’ensemble.

93.3 Projections

93.3.1 Distribution potentielle contemporaine

Contemporaine : Cartographie des observations sur couches climatiques Extraction des conditions climatiques favorables


-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-= BIOMOD.projection.out -=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=

Projection directory : Output/prpe/current


sp.name : prpe

expl.var.names : temp_max_august temp_min temp_wet_quart temp_season 
prec_wet_quart prec_season


modeling.id : AllModels ( Output/prpe/prpe.AllModels.models.out )

models.projected : 
prpe_PA1_RUN1_GAM, prpe_PA1_RUN1_MARS, prpe_PA1_RUN1_MAXNET, prpe_PA1_RUN1_GBM, prpe_PA1_RUN1_ANN, prpe_PA1_RUN1_RF, prpe_PA2_RUN1_GAM, prpe_PA2_RUN1_MARS, prpe_PA2_RUN1_MAXNET, prpe_PA2_RUN1_GBM, prpe_PA2_RUN1_ANN, prpe_PA2_RUN1_RF, prpe_PA3_RUN1_GAM, prpe_PA3_RUN1_MARS, prpe_PA3_RUN1_MAXNET, prpe_PA3_RUN1_GBM, prpe_PA3_RUN1_ANN, prpe_PA3_RUN1_RF

available binary projection : TSS, ROC

available filtered projection : TSS, ROC

-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=
Projection de la distribution potentielle contemporaine sur l'Europe, selon les 6 algorithmes et les 3 runs.

Figure 93.14: Projection de la distribution potentielle contemporaine sur l’Europe, selon les 6 algorithmes et les 3 runs.

Projection de la distribution potentielle contemporaine sur l'Europe, selon les 6 algorithmes et les 3 runs.

Figure 93.15: Projection de la distribution potentielle contemporaine sur l’Europe, selon les 6 algorithmes et les 3 runs.


-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-= BIOMOD.projection.out -=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=

Projection directory : Output/prpe/current


sp.name : prpe

expl.var.names : temp_max_august temp_min temp_wet_quart temp_season 
prec_wet_quart prec_season


modeling.id : AllModels ( Output/prpe/prpe.AllModels.ensemble.models.out )

models.projected : 
prpe_EMcvByTSS_mergedData_mergedRun_mergedAlgo, prpe_EMwmeanByTSS_mergedData_mergedRun_mergedAlgo

-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=
A) Projection de la distribution potentielle contemporaine (modèle d'ensemble) ; B) Incertitude associée à la projection.

Figure 93.16: A) Projection de la distribution potentielle contemporaine (modèle d’ensemble) ; B) Incertitude associée à la projection.

93.3.2 Interpolation à l’échelle de la métropole

  • → conditions climatiques favorables à fine échelle

On projette la niche climatique sur ce raster à fine échelle.


-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-= BIOMOD.projection.out -=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=

Projection directory : Output/prpe/cont_gre


sp.name : prpe

expl.var.names : temp_max_august temp_min temp_wet_quart temp_season 
prec_wet_quart prec_season


modeling.id : AllModels ( Output/prpe/prpe.AllModels.models.out )

models.projected : 
prpe_PA1_RUN1_GAM, prpe_PA1_RUN1_MARS, prpe_PA1_RUN1_MAXNET, prpe_PA1_RUN1_GBM, prpe_PA1_RUN1_ANN, prpe_PA1_RUN1_RF, prpe_PA2_RUN1_GAM, prpe_PA2_RUN1_MARS, prpe_PA2_RUN1_MAXNET, prpe_PA2_RUN1_GBM, prpe_PA2_RUN1_ANN, prpe_PA2_RUN1_RF, prpe_PA3_RUN1_GAM, prpe_PA3_RUN1_MARS, prpe_PA3_RUN1_MAXNET, prpe_PA3_RUN1_GBM, prpe_PA3_RUN1_ANN, prpe_PA3_RUN1_RF

available binary projection : TSS, ROC

available filtered projection : TSS, ROC

-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=
Projection de la distribution potentielle contemporaine sur la métropole de Grenoble, selon les 6 algorithmes et les 3 runs.

Figure 93.17: Projection de la distribution potentielle contemporaine sur la métropole de Grenoble, selon les 6 algorithmes et les 3 runs.

Projection de la distribution potentielle contemporaine sur la métropole de Grenoble, selon les 6 algorithmes et les 3 runs.

Figure 93.18: Projection de la distribution potentielle contemporaine sur la métropole de Grenoble, selon les 6 algorithmes et les 3 runs.


-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-= BIOMOD.projection.out -=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=

Projection directory : Output/prpe/cont_gre


sp.name : prpe

expl.var.names : temp_max_august temp_min temp_wet_quart temp_season 
prec_wet_quart prec_season


modeling.id : AllModels ( Output/prpe/prpe.AllModels.ensemble.models.out )

models.projected : 
prpe_EMcvByTSS_mergedData_mergedRun_mergedAlgo, prpe_EMwmeanByTSS_mergedData_mergedRun_mergedAlgo

-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=
A) Projection de la distribution potentielle contemporaine (modèle d'ensemble) sur la métropole de Grenoble ; B) Incertitude associée à la projection.

Figure 93.19: A) Projection de la distribution potentielle contemporaine (modèle d’ensemble) sur la métropole de Grenoble ; B) Incertitude associée à la projection.

93.3.3 Distributions potentielles futures

Futur : Projection à l’échelle de l’Europe jusqu’à l’horizon 2100

Toutes les fenêtres temporelles × scénarios pour le GCM « IPSL-CM6A-LR »

  1. SSP1-2.6
Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP1-2.6 (modèle d'ensemble).Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP1-2.6 (modèle d'ensemble).Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP1-2.6 (modèle d'ensemble).Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP1-2.6 (modèle d'ensemble).Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP1-2.6 (modèle d'ensemble).

Figure 93.20: Projection des distributions potentielles futures jusqu’à l’horizon 2100 sous le scénario SSP1-2.6 (modèle d’ensemble).

On obtient pour la métrique TSS une carte unique de moyenne pondérée sur les algorithmes et sur les jeux de pseudo-absences.

  1. SSP2-4.5
Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP2-4.5 (modèle d'ensemble).Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP2-4.5 (modèle d'ensemble).Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP2-4.5 (modèle d'ensemble).Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP2-4.5 (modèle d'ensemble).Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP2-4.5 (modèle d'ensemble).

Figure 93.21: Projection des distributions potentielles futures jusqu’à l’horizon 2100 sous le scénario SSP2-4.5 (modèle d’ensemble).

  1. SSP3-7.0
Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP3-7.0 (modèle d'ensemble).Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP3-7.0 (modèle d'ensemble).Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP3-7.0 (modèle d'ensemble).Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP3-7.0 (modèle d'ensemble).Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP3-7.0 (modèle d'ensemble).

Figure 93.22: Projection des distributions potentielles futures jusqu’à l’horizon 2100 sous le scénario SSP3-7.0 (modèle d’ensemble).

  1. SSP5-8.5
Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble).Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble).Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble).Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble).Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble).

Figure 93.23: Projection des distributions potentielles futures jusqu’à l’horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d’ensemble).

93.4 Inférence à l’échelle de la métropole

  • Croisement avec températures de surface 2019 (fournie par la métropole)
  • → conditions climatiques favorables à fine échelle
  • à peu près 7 pixels × 9 (WorldClim)

93.4.1 Distributions potentielles futures

Même chose que précédemment mais sur les rasters de Grenoble

  1. SSP1-2.6
Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).

Figure 93.24: Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu’à l’horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d’ensemble, GCM IPSL).

  1. SSP2-4.5
Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).

Figure 93.25: Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu’à l’horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d’ensemble, GCM IPSL).

  1. SSP3-7.0
Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).

Figure 93.26: Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu’à l’horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d’ensemble, GCM IPSL).

  1. SSP5-8.5
Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).

Figure 93.27: Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu’à l’horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d’ensemble, GCM IPSL).

93.4.2 Évolution temporelle

# A tibble: 17 × 8
   min         q1          median      mean        q3          max   ssp    year
   <table[1d]> <table[1d]> <table[1d]> <table[1d]> <table[1d]> <tab> <fct> <dbl>
 1 197         652         720         731.5145    839         998   0      2000
 2 323         723         806         796.1313    874         986   126    2040
 3 404         686         770         758.6000    827         976   126    2060
 4 398         715         805         791.6010    867         975   126    2080
 5 396         684         757         748.1275    807         964   126    2100
 6 412         714         820         802.8000    880         980   245    2040
 7 352         690         778         765.6967    851         964   245    2060
 8 390         685         749         747.6812    808         955   245    2080
 9 355         621         682         671.2759    734         899   245    2100
10 369         711         793         785.6038    865         983   370    2040
11 361         679         744         738.6264    797         956   370    2060
12 346         597         669         656.9352    728         882   370    2080
13 310         582         602         585.3642    648         748   370    2100
14 404         722         803         793.5357    873         982   585    2040
15 373         675         725         726.5525    784         932   585    2060
16 289         601         639         627.6101    702         848   585    2080
17 330         532         601         563.9352    616         731   585    2100
Évolution de la favorabilité climatique au cours du XXIème siècle. Le point représente la médiane sur l'étendue de la métropole (i.e. tous les pixels de la carte) ; le trait gras représente 50 % des données intermédiaires (espace inter-quartile) ; le trait fin représente le reste des données du minimum au maximum.

Figure 93.28: Évolution de la favorabilité climatique au cours du XXIème siècle. Le point représente la médiane sur l’étendue de la métropole (i.e. tous les pixels de la carte) ; le trait gras représente 50 % des données intermédiaires (espace inter-quartile) ; le trait fin représente le reste des données du minimum au maximum.