184 Styrax japonicus

184.1 Données d’occurrences GBIF

Collecte des données du GBIF :

<<gbif download metadata>>
  Status: SUCCEEDED
  DOI: 10.15468/dl.pz5e5w
  Format: SIMPLE_CSV
  Download key: 0260125-230224095556074
  Created: 2023-05-24T20:04:08.770+00:00
  Modified: 2023-05-24T20:04:59.389+00:00
  Download link: https://api.gbif.org/v1/occurrence/download/request/0260125-230224095556074.zip
  Total records: 3143

Conversion en objets géographiques (format Simple feature de sf) et exploration rapide des données (classe du jeu de données et premières lignes du tableau) :

Simple feature collection with 2720 features and 50 fields
Attribute-geometry relationship: 50 constant, 0 aggregate, 0 identity
Geometry type: POINT
Dimension:     XY
Bounding box:  xmin: -123.233333 ymin: 22.05 xmax: 141.54353 ymax: 52.538074
Geodetic CRS:  WGS 84
# A tibble: 2,720 × 51
     gbifID datasetKey occurrenceID kingdom phylum class order family genus species infraspecificEpithet
 *  <int64> <chr>      <chr>        <chr>   <chr>  <chr> <chr> <chr>  <chr> <chr>   <chr>               
 1     3.e9 d1e9202b-… NYCstreetTr… Plantae Trach… Magn… Eric… Styra… Styr… Styrax… ""                  
 2     3.e9 c4e1739b-… BISON:New Y… Plantae Trach… Magn… Eric… Styra… Styr… Styrax… ""                  
 3     3.e9 d1e9202b-… NYCstreetTr… Plantae Trach… Magn… Eric… Styra… Styr… Styrax… ""                  
 4     3.e9 d1e9202b-… NYCstreetTr… Plantae Trach… Magn… Eric… Styra… Styr… Styrax… ""                  
 5     3.e9 d1e9202b-… NYCstreetTr… Plantae Trach… Magn… Eric… Styra… Styr… Styrax… ""                  
 6     3.e9 d1e9202b-… NYCstreetTr… Plantae Trach… Magn… Eric… Styra… Styr… Styrax… ""                  
 7     3.e9 d1e9202b-… NYCstreetTr… Plantae Trach… Magn… Eric… Styra… Styr… Styrax… ""                  
 8     3.e9 d1e9202b-… NYCstreetTr… Plantae Trach… Magn… Eric… Styra… Styr… Styrax… ""                  
 9     3.e9 d1e9202b-… NYCstreetTr… Plantae Trach… Magn… Eric… Styra… Styr… Styrax… ""                  
10     3.e9 d1e9202b-… NYCstreetTr… Plantae Trach… Magn… Eric… Styra… Styr… Styrax… ""                  
# ℹ 2,710 more rows
# ℹ 40 more variables: taxonRank <chr>, scientificName <chr>, verbatimScientificName <chr>,
#   verbatimScientificNameAuthorship <chr>, countryCode <chr>, locality <chr>, stateProvince <chr>,
#   occurrenceStatus <chr>, individualCount <int>, publishingOrgKey <chr>, decimalLatitude <dbl>,
#   decimalLongitude <dbl>, coordinateUncertaintyInMeters <dbl>, coordinatePrecision <lgl>,
#   elevation <dbl>, elevationAccuracy <dbl>, depth <lgl>, depthAccuracy <lgl>, eventDate <dttm>,
#   day <int>, month <int>, year <int>, taxonKey <int>, speciesKey <int>, basisOfRecord <chr>, …

Il y a 2 720 occurrences dans le jeu de données. On les affiche sur la carte du monde :

Occurrences de Styrax japonicus dans le monde.

Figure 184.1: Occurrences de Styrax japonicus dans le monde.

184.1.1 Données par région

On évalue la proportion d’occurrences dans chaque région, en utilisant les 3 masques créés précédemment. Si on a au moins 50 % des occurrences dans une région, on peut continuer en travaillant uniquement sur ces données. Sinon, on vérifie qu’au moins 67 % des données tombent dans l’ensemble des régions, et on prend la région la plus représentée. Au final, s’il s’agit d’une espèce endémique d’Europe, on n’a pas besoin de manipulation supplémentaire.

[1] 0.0007352941176
[1] 0.06764705882
[1] 0.9316176471

Espèce endémique d’Asie

Occurrence de Styrax japonicus dans la région d'endémisme.

Figure 184.2: Occurrence de Styrax japonicus dans la région d’endémisme.

184.1.2 Licences

On s’intéresse ici au problème particulier des licences :


   CC_BY_4_0 CC_BY_NC_4_0      CC0_1_0 
        1233         1270           31 
[1] 49.8816101
Occurrence de Styrax japonicus dans la région d'endémisme, selon la licence : CC BY-NC en bleu ; CC0 et CC BY en orange.

Figure 184.3: Occurrence de Styrax japonicus dans la région d’endémisme, selon la licence : CC BY-NC en bleu ; CC0 et CC BY en orange.

Idéalement, on aimerait avoir au moins 50 % de données vraiment libres d’utilisation (c’est-à-dire sans la clause -NC). On continue en supprimant les données en CC BY-NC.

Moins de 50 % de données librement utilisables

[1] 1264

184.1.3 Sous-échantillonnage

Si le jeu de données contient 25 000 occurrences ou plus, on procède au sous-échantillonnage aléatoire pour en conserver un maximum de 25 000.

Moins de 25 000 occurrences : pas de sous-échantillonnage

Simple feature collection with 1264 features and 50 fields
Attribute-geometry relationship: 50 constant, 0 aggregate, 0 identity
Geometry type: POINT
Dimension:     XY
Bounding box:  xmin: 97.7471 ymin: 22.05 xmax: 141.54353 ymax: 41.7325
Geodetic CRS:  WGS 84
# A tibble: 1,264 × 51
     gbifID datasetKey occurrenceID kingdom phylum class order family genus species infraspecificEpithet
    <int64> <chr>      <chr>        <chr>   <chr>  <chr> <chr> <chr>  <chr> <chr>   <chr>               
 1      7e8 86185376-… 7b5b488a-f8… Plantae Trach… Magn… Eric… Styra… Styr… Styrax… ""                  
 2      7e8 86185376-… 7b502dec-f8… Plantae Trach… Magn… Eric… Styra… Styr… Styrax… ""                  
 3      7e8 86185376-… 7b4b9110-f8… Plantae Trach… Magn… Eric… Styra… Styr… Styrax… ""                  
 4      7e8 86185376-… 7aac50e6-f8… Plantae Trach… Magn… Eric… Styra… Styr… Styrax… ""                  
 5      7e8 86185376-… 7746343a-f8… Plantae Trach… Magn… Eric… Styra… Styr… Styrax… ""                  
 6      7e8 86185376-… 771da880-f8… Plantae Trach… Magn… Eric… Styra… Styr… Styrax… ""                  
 7      7e8 86185376-… 75e26064-f8… Plantae Trach… Magn… Eric… Styra… Styr… Styrax… ""                  
 8      6e8 80fc4302-… eaa3ab06-f1… Plantae Trach… Magn… Eric… Styra… Styr… Styrax… ""                  
 9      6e8 80fc4302-… eaa38040-f1… Plantae Trach… Magn… Eric… Styra… Styr… Styrax… ""                  
10      6e8 80fc4302-… eaa35c1e-f1… Plantae Trach… Magn… Eric… Styra… Styr… Styrax… ""                  
# ℹ 1,254 more rows
# ℹ 40 more variables: taxonRank <chr>, scientificName <chr>, verbatimScientificName <chr>,
#   verbatimScientificNameAuthorship <chr>, countryCode <chr>, locality <chr>, stateProvince <chr>,
#   occurrenceStatus <chr>, individualCount <int>, publishingOrgKey <chr>, decimalLatitude <dbl>,
#   decimalLongitude <dbl>, coordinateUncertaintyInMeters <dbl>, coordinatePrecision <lgl>,
#   elevation <dbl>, elevationAccuracy <dbl>, depth <lgl>, depthAccuracy <lgl>, eventDate <dttm>,
#   day <int>, month <int>, year <int>, taxonKey <int>, speciesKey <int>, basisOfRecord <chr>, …

184.1.4 Carte finale

On prépare la carte finale des occurrences :

Occurrence de Styrax japonicus dans la région d'endémisme après sous-échantillonnage éventuel.

Figure 184.4: Occurrence de Styrax japonicus dans la région d’endémisme après sous-échantillonnage éventuel.

184.2 Modélisation de la niche climatique

184.2.1 Préparer les données

Organisation des données d’entrées (occurrences et données environnementales) et des données produites de pseudo-absences :

 class       : SpatVector 
 geometry    : points 
 dimensions  : 1264, 0  (geometries, attributes)
 extent      : 97.7471, 141.5435, 22.05, 41.7325  (xmin, xmax, ymin, ymax)
 coord. ref. : lon/lat WGS 84 (EPSG:4326) 

-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-= stjp Data Formating -=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=

      ! Response variable is considered as only presences... Is it really what you want?
      ! No data has been set aside for modeling evaluation
 !!! Some data are located in the same raster cell. 
          Please set `filter.raster = TRUE` if you want an automatic filtering.

Checking Pseudo-absence selection arguments...

   > random pseudo absences selection
   > Pseudo absences are selected in explanatory variables
 ! Some NAs have been automatically removed from your data
 !!! Some data are located in the same raster cell. 
          Please set `filter.raster = TRUE` if you want an automatic filtering.
-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-= Done -=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=

-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-= BIOMOD.formated.data -=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=

dir.name =  Output

sp.name =  stjp

     1257 presences,  0 true absences and  3788 undefined points in dataset


     6 explanatory variables

 temp_max_august     temp_min       temp_wet_quart    temp_season     
 Min.   : 0.532   Min.   :-42.012   Min.   :-18.16   Min.   :  28.25  
 1st Qu.:22.560   1st Qu.:-21.700   1st Qu.: 15.79   1st Qu.: 729.31  
 Median :27.564   Median : -5.816   Median : 20.88   Median : 858.42  
 Mean   :25.865   Mean   : -8.901   Mean   : 19.29   Mean   : 935.47  
 3rd Qu.:29.996   3rd Qu.:  1.068   3rd Qu.: 23.65   3rd Qu.:1283.08  
 Max.   :39.880   Max.   : 23.610   Max.   : 34.78   Max.   :1892.96  
 prec_wet_quart    prec_season     
 Min.   :  10.0   Min.   :  8.436  
 1st Qu.: 203.0   1st Qu.: 47.992  
 Median : 417.0   Median : 77.063  
 Mean   : 474.2   Mean   : 76.059  
 3rd Qu.: 658.0   3rd Qu.:101.349  
 Max.   :4532.0   Max.   :167.042  

-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=

On visualise les pseudo-absences :

Les données d'occurrences (en haut à gauche) et les trois jeux de données aléatoires de pseudo-absences.

Figure 184.5: Les données d’occurrences (en haut à gauche) et les trois jeux de données aléatoires de pseudo-absences.

$data.vect
 class       : SpatVector 
 geometry    : points 
 dimensions  : 8820, 2  (geometries, attributes)
 extent      : 68.02083, 147.9792, 3.020833, 56.97917  (xmin, xmax, ymin, ymax)
 coord. ref. :  
 names       :  resp         dataset
 type        : <num>           <chr>
 values      :    10 Initial dataset
                  10 Initial dataset
                  10 Initial dataset

$data.label
                              9                              10 
                "**Presences**"       "Presences (calibration)" 
                             11                              12 
       "Presences (validation)"        "Presences (evaluation)" 
                             19                              20 
            "**True Absences**"   "True Absences (calibration)" 
                             21                              22 
   "True Absences (validation)"    "True Absences (evaluation)" 
                             29                              30 
          "**Pseudo-Absences**" "Pseudo-Absences (calibration)" 
                             31                               1 
 "Pseudo-Absences (validation)"                    "Background" 

$data.plot
Les données d'occurrences (en haut à gauche) et les trois jeux de données aléatoires de pseudo-absences.

Figure 184.6: Les données d’occurrences (en haut à gauche) et les trois jeux de données aléatoires de pseudo-absences.

184.2.2 Modèles individuels de niche


-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-= Build Single Models -=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=


Checking Models arguments...

Creating suitable Workdir...

            ! Weights where automatically defined for stjp_PA1 to rise a 0.5 prevalence !
            ! Weights where automatically defined for stjp_PA2 to rise a 0.5 prevalence !
            ! Weights where automatically defined for stjp_PA3 to rise a 0.5 prevalence !


-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-= stjp Modeling Summary -=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=

 6  environmental variables ( temp_max_august temp_min temp_wet_quart temp_season prec_wet_quart prec_season )
Number of evaluation repetitions : 1
Models selected : GAM MARS MAXNET GBM ANN RF 

Total number of model runs: 18 

-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=


-=-=-=- Run :  stjp_PA1 


-=-=-=--=-=-=- stjp_PA1_RUN1 


-=-=-=- Run :  stjp_PA2 


-=-=-=--=-=-=- stjp_PA2_RUN1 


-=-=-=- Run :  stjp_PA3 


-=-=-=--=-=-=- stjp_PA3_RUN1 

-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-= Done -=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=

184.2.2.1 Évaluation de la performance

             full.name  PA  run   algo metric.eval cutoff sensitivity
1    stjp_PA1_RUN1_GAM PA1 RUN1    GAM         TSS  662.0      99.602
2    stjp_PA1_RUN1_GAM PA1 RUN1    GAM         ROC  599.0      99.801
3   stjp_PA1_RUN1_MARS PA1 RUN1   MARS         TSS  419.0      98.310
4   stjp_PA1_RUN1_MARS PA1 RUN1   MARS         ROC  421.5      98.310
5 stjp_PA1_RUN1_MAXNET PA1 RUN1 MAXNET         TSS  279.0      98.608
6 stjp_PA1_RUN1_MAXNET PA1 RUN1 MAXNET         ROC  279.0      98.608
  specificity calibration validation evaluation
1      68.546       0.681      0.644         NA
2      68.348       0.770      0.745         NA
3      95.351       0.937      0.968         NA
4      95.351       0.993      0.997         NA
5      93.769       0.924      0.937         NA
6      93.769       0.989      0.993         NA
Évaluation de la performance des modèles individuels : True Skill Statistic & aire sous la courbe de ROC.

Figure 184.7: Évaluation de la performance des modèles individuels : True Skill Statistic & aire sous la courbe de ROC.

184.2.2.2 Importance des variables environnementales

          full.name  PA  run algo        expl.var rand  var.imp
1 stjp_PA1_RUN1_GAM PA1 RUN1  GAM temp_max_august    1 0.202544
2 stjp_PA1_RUN1_GAM PA1 RUN1  GAM        temp_min    1 0.127576
3 stjp_PA1_RUN1_GAM PA1 RUN1  GAM  temp_wet_quart    1 0.066886
4 stjp_PA1_RUN1_GAM PA1 RUN1  GAM     temp_season    1 0.688983
5 stjp_PA1_RUN1_GAM PA1 RUN1  GAM  prec_wet_quart    1 0.186126
6 stjp_PA1_RUN1_GAM PA1 RUN1  GAM     prec_season    1 0.257777
Pourcentage de variance expliquée pour chaque variable, décomposé par algorithme.

Figure 184.8: Pourcentage de variance expliquée pour chaque variable, décomposé par algorithme.

Pourcentage de variance expliquée pour chaque variable, décomposé par variable.

Figure 184.9: Pourcentage de variance expliquée pour chaque variable, décomposé par variable.

184.2.2.3 Courbes de réponses

Courbes de réponse de chaque variable climatique selon l'algorithme (en couleurs).

Figure 184.10: Courbes de réponse de chaque variable climatique selon l’algorithme (en couleurs).

184.2.3 Modèles d’ensemble de niche

Seulement modèles avec TSS > 0.8


-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-= BIOMOD.ensemble.models.out -=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=

sp.name : stjp

expl.var.names : temp_max_august temp_min temp_wet_quart temp_season 
prec_wet_quart prec_season


models computed: 
stjp_EMcvByTSS_mergedData_mergedRun_mergedAlgo, stjp_EMwmeanByTSS_mergedData_mergedRun_mergedAlgo

models failed: none

-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=

184.2.3.1 Évaluation de la qualité

                                          full.name merged.by.PA merged.by.run
1 stjp_EMwmeanByTSS_mergedData_mergedRun_mergedAlgo   mergedData     mergedRun
2 stjp_EMwmeanByTSS_mergedData_mergedRun_mergedAlgo   mergedData     mergedRun
  merged.by.algo filtered.by    algo metric.eval cutoff sensitivity specificity
1     mergedAlgo         TSS EMwmean         TSS    589      98.568      97.175
2     mergedAlgo         TSS EMwmean         ROC    594      98.568      97.281
  calibration validation evaluation
1       0.958         NA         NA
2       0.997         NA         NA
Évaluation de la qualité du modèle d'ensemble : Aire sous la courbe de ROC & True Skill Statistic.

Figure 184.11: Évaluation de la qualité du modèle d’ensemble : Aire sous la courbe de ROC & True Skill Statistic.

                                       full.name merged.by.PA merged.by.run
1 stjp_EMcvByTSS_mergedData_mergedRun_mergedAlgo   mergedData     mergedRun
2 stjp_EMcvByTSS_mergedData_mergedRun_mergedAlgo   mergedData     mergedRun
3 stjp_EMcvByTSS_mergedData_mergedRun_mergedAlgo   mergedData     mergedRun
4 stjp_EMcvByTSS_mergedData_mergedRun_mergedAlgo   mergedData     mergedRun
5 stjp_EMcvByTSS_mergedData_mergedRun_mergedAlgo   mergedData     mergedRun
6 stjp_EMcvByTSS_mergedData_mergedRun_mergedAlgo   mergedData     mergedRun
  merged.by.algo filtered.by algo        expl.var rand  var.imp
1     mergedAlgo         TSS EMcv temp_max_august    1 0.164079
2     mergedAlgo         TSS EMcv        temp_min    1 0.414619
3     mergedAlgo         TSS EMcv  temp_wet_quart    1 0.114753
4     mergedAlgo         TSS EMcv     temp_season    1 0.318952
5     mergedAlgo         TSS EMcv  prec_wet_quart    1 0.355141
6     mergedAlgo         TSS EMcv     prec_season    1 0.232029

Par variable :

Pourcentage de variance expliquée par variable dans le modèle d'ensemble.

Figure 184.12: Pourcentage de variance expliquée par variable dans le modèle d’ensemble.

Courbes de réponse de chaque variable climatique dans le modèle d'ensemble.

Figure 184.13: Courbes de réponse de chaque variable climatique dans le modèle d’ensemble.

184.3 Projections

184.3.1 Distribution potentielle contemporaine

Contemporaine : Cartographie des observations sur couches climatiques Extraction des conditions climatiques favorables


-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-= BIOMOD.projection.out -=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=

Projection directory : Output/stjp/current


sp.name : stjp

expl.var.names : temp_max_august temp_min temp_wet_quart temp_season 
prec_wet_quart prec_season


modeling.id : AllModels ( Output/stjp/stjp.AllModels.models.out )

models.projected : 
stjp_PA1_RUN1_GAM, stjp_PA1_RUN1_MARS, stjp_PA1_RUN1_MAXNET, stjp_PA1_RUN1_GBM, stjp_PA1_RUN1_ANN, stjp_PA1_RUN1_RF, stjp_PA2_RUN1_GAM, stjp_PA2_RUN1_MARS, stjp_PA2_RUN1_MAXNET, stjp_PA2_RUN1_GBM, stjp_PA2_RUN1_ANN, stjp_PA2_RUN1_RF, stjp_PA3_RUN1_GAM, stjp_PA3_RUN1_MARS, stjp_PA3_RUN1_MAXNET, stjp_PA3_RUN1_GBM, stjp_PA3_RUN1_ANN, stjp_PA3_RUN1_RF

available binary projection : TSS, ROC

available filtered projection : TSS, ROC

-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=
Projection de la distribution potentielle contemporaine sur l'Europe, selon les 6 algorithmes et les 3 runs.

Figure 184.14: Projection de la distribution potentielle contemporaine sur l’Europe, selon les 6 algorithmes et les 3 runs.

Projection de la distribution potentielle contemporaine sur l'Europe, selon les 6 algorithmes et les 3 runs.

Figure 184.15: Projection de la distribution potentielle contemporaine sur l’Europe, selon les 6 algorithmes et les 3 runs.


-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-= BIOMOD.projection.out -=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=

Projection directory : Output/stjp/current


sp.name : stjp

expl.var.names : temp_max_august temp_min temp_wet_quart temp_season 
prec_wet_quart prec_season


modeling.id : AllModels ( Output/stjp/stjp.AllModels.ensemble.models.out )

models.projected : 
stjp_EMcvByTSS_mergedData_mergedRun_mergedAlgo, stjp_EMwmeanByTSS_mergedData_mergedRun_mergedAlgo

-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=
A) Projection de la distribution potentielle contemporaine (modèle d'ensemble) ; B) Incertitude associée à la projection.

Figure 184.16: A) Projection de la distribution potentielle contemporaine (modèle d’ensemble) ; B) Incertitude associée à la projection.

184.3.2 Interpolation à l’échelle de la métropole

  • → conditions climatiques favorables à fine échelle

On projette la niche climatique sur ce raster à fine échelle.


-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-= BIOMOD.projection.out -=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=

Projection directory : Output/stjp/cont_gre


sp.name : stjp

expl.var.names : temp_max_august temp_min temp_wet_quart temp_season 
prec_wet_quart prec_season


modeling.id : AllModels ( Output/stjp/stjp.AllModels.models.out )

models.projected : 
stjp_PA1_RUN1_GAM, stjp_PA1_RUN1_MARS, stjp_PA1_RUN1_MAXNET, stjp_PA1_RUN1_GBM, stjp_PA1_RUN1_ANN, stjp_PA1_RUN1_RF, stjp_PA2_RUN1_GAM, stjp_PA2_RUN1_MARS, stjp_PA2_RUN1_MAXNET, stjp_PA2_RUN1_GBM, stjp_PA2_RUN1_ANN, stjp_PA2_RUN1_RF, stjp_PA3_RUN1_GAM, stjp_PA3_RUN1_MARS, stjp_PA3_RUN1_MAXNET, stjp_PA3_RUN1_GBM, stjp_PA3_RUN1_ANN, stjp_PA3_RUN1_RF

available binary projection : TSS, ROC

available filtered projection : TSS, ROC

-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=
Projection de la distribution potentielle contemporaine sur la métropole de Grenoble, selon les 6 algorithmes et les 3 runs.

Figure 184.17: Projection de la distribution potentielle contemporaine sur la métropole de Grenoble, selon les 6 algorithmes et les 3 runs.

Projection de la distribution potentielle contemporaine sur la métropole de Grenoble, selon les 6 algorithmes et les 3 runs.

Figure 184.18: Projection de la distribution potentielle contemporaine sur la métropole de Grenoble, selon les 6 algorithmes et les 3 runs.


-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-= BIOMOD.projection.out -=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=

Projection directory : Output/stjp/cont_gre


sp.name : stjp

expl.var.names : temp_max_august temp_min temp_wet_quart temp_season 
prec_wet_quart prec_season


modeling.id : AllModels ( Output/stjp/stjp.AllModels.ensemble.models.out )

models.projected : 
stjp_EMcvByTSS_mergedData_mergedRun_mergedAlgo, stjp_EMwmeanByTSS_mergedData_mergedRun_mergedAlgo

-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=
A) Projection de la distribution potentielle contemporaine (modèle d'ensemble) sur la métropole de Grenoble ; B) Incertitude associée à la projection.

Figure 184.19: A) Projection de la distribution potentielle contemporaine (modèle d’ensemble) sur la métropole de Grenoble ; B) Incertitude associée à la projection.

184.3.3 Distributions potentielles futures

Futur : Projection à l’échelle de l’Europe jusqu’à l’horizon 2100

Toutes les fenêtres temporelles × scénarios pour le GCM « IPSL-CM6A-LR »

  1. SSP1-2.6
Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP1-2.6 (modèle d'ensemble).Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP1-2.6 (modèle d'ensemble).Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP1-2.6 (modèle d'ensemble).Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP1-2.6 (modèle d'ensemble).Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP1-2.6 (modèle d'ensemble).

Figure 184.20: Projection des distributions potentielles futures jusqu’à l’horizon 2100 sous le scénario SSP1-2.6 (modèle d’ensemble).

On obtient pour la métrique TSS une carte unique de moyenne pondérée sur les algorithmes et sur les jeux de pseudo-absences.

  1. SSP2-4.5
Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP2-4.5 (modèle d'ensemble).Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP2-4.5 (modèle d'ensemble).Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP2-4.5 (modèle d'ensemble).Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP2-4.5 (modèle d'ensemble).Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP2-4.5 (modèle d'ensemble).

Figure 184.21: Projection des distributions potentielles futures jusqu’à l’horizon 2100 sous le scénario SSP2-4.5 (modèle d’ensemble).

  1. SSP3-7.0
Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP3-7.0 (modèle d'ensemble).Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP3-7.0 (modèle d'ensemble).Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP3-7.0 (modèle d'ensemble).Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP3-7.0 (modèle d'ensemble).Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP3-7.0 (modèle d'ensemble).

Figure 184.22: Projection des distributions potentielles futures jusqu’à l’horizon 2100 sous le scénario SSP3-7.0 (modèle d’ensemble).

  1. SSP5-8.5
Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble).Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble).Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble).Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble).Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble).

Figure 184.23: Projection des distributions potentielles futures jusqu’à l’horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d’ensemble).

184.4 Inférence à l’échelle de la métropole

  • Croisement avec températures de surface 2019 (fournie par la métropole)
  • → conditions climatiques favorables à fine échelle
  • à peu près 7 pixels × 9 (WorldClim)

184.4.1 Distributions potentielles futures

Même chose que précédemment mais sur les rasters de Grenoble

  1. SSP1-2.6
Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).

Figure 184.24: Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu’à l’horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d’ensemble, GCM IPSL).

  1. SSP2-4.5
Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).

Figure 184.25: Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu’à l’horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d’ensemble, GCM IPSL).

  1. SSP3-7.0
Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).

Figure 184.26: Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu’à l’horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d’ensemble, GCM IPSL).

  1. SSP5-8.5
Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).

Figure 184.27: Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu’à l’horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d’ensemble, GCM IPSL).

184.4.2 Évolution temporelle

# A tibble: 17 × 8
   min         q1          median      mean        q3          max   ssp    year
   <table[1d]> <table[1d]> <table[1d]> <table[1d]> <table[1d]> <tab> <fct> <dbl>
 1 205         294         336         350.4602    399         645   0      2000
 2 142         287         313         334.4153    379         612   126    2040
 3 135         259         298         305.6320    345         601   126    2060
 4 140         282         308         334.3536    374         641   126    2080
 5 137         260         300         315.3845    353         634   126    2100
 6 139         286         314         337.0208    380         612   245    2040
 7 141         282         304         327.5698    364         619   245    2060
 8 142         270         299         311.0407    343         600   245    2080
 9 141         244         292         282.7763    302         585   245    2100
10 144         292         316         337.8924    381         613   370    2040
11 136         257         298         303.9581    337         606   370    2060
12 140         235         279         266.0486    298         513   370    2080
13  80         157         188         210.4572    260         462   370    2100
14 139         283         311         336.2352    380         637   585    2040
15 140         252         297         299.4358    326         606   585    2060
16  92         177         259         249.7675    299         482   585    2080
17  64         117         147         155.3671    184         327   585    2100
Évolution de la favorabilité climatique au cours du XXIème siècle. Le point représente la médiane sur l'étendue de la métropole (i.e. tous les pixels de la carte) ; le trait gras représente 50 % des données intermédiaires (espace inter-quartile) ; le trait fin représente le reste des données du minimum au maximum.

Figure 184.28: Évolution de la favorabilité climatique au cours du XXIème siècle. Le point représente la médiane sur l’étendue de la métropole (i.e. tous les pixels de la carte) ; le trait gras représente 50 % des données intermédiaires (espace inter-quartile) ; le trait fin représente le reste des données du minimum au maximum.