277 Taxodium distichum

277.1 Données d’occurrences GBIF

Collecte des données du GBIF :

<<gbif download metadata>>
  Status: SUCCEEDED
  DOI: 10.15468/dl.akwzxk
  Format: SIMPLE_CSV
  Download key: 0018232-230828120925497
  Created: 2023-09-16T04:05:00.979+00:00
  Modified: 2023-09-16T04:05:55.120+00:00
  Download link: https://api.gbif.org/v1/occurrence/download/request/0018232-230828120925497.zip
  Total records: 15190

Conversion en objets géographiques (format Simple feature de sf) et exploration rapide des données (classe du jeu de données et premières lignes du tableau) :

Simple feature collection with 12326 features and 50 fields
Attribute-geometry relationships: constant (50)
Geometry type: POINT
Dimension:     XY
Bounding box:  xmin: -123.248 ymin: -43.52128 xmax: 177.72 ymax: 63.434
Geodetic CRS:  WGS 84
# A tibble: 12,326 × 51
       gbifID datasetKey    occurrenceID kingdom phylum class order family genus
 *    <int64> <chr>         <chr>        <chr>   <chr>  <chr> <chr> <chr>  <chr>
 1 3393551237 d1e9202b-730… NYCstreetTr… Plantae Trach… Pino… Pina… Cupre… Taxo…
 2 3051239023 c4e1739b-e22… BISON:New Y… Plantae Trach… Pino… Pina… Cupre… Taxo…
 3 3393919358 d1e9202b-730… NYCstreetTr… Plantae Trach… Pino… Pina… Cupre… Taxo…
 4 3393561573 d1e9202b-730… NYCstreetTr… Plantae Trach… Pino… Pina… Cupre… Taxo…
 5 3393550412 d1e9202b-730… NYCstreetTr… Plantae Trach… Pino… Pina… Cupre… Taxo…
 6 3393688920 d1e9202b-730… NYCstreetTr… Plantae Trach… Pino… Pina… Cupre… Taxo…
 7 3393442843 d1e9202b-730… NYCstreetTr… Plantae Trach… Pino… Pina… Cupre… Taxo…
 8 3050923558 c4e1739b-e22… BISON:New Y… Plantae Trach… Pino… Pina… Cupre… Taxo…
 9 3051084733 c4e1739b-e22… BISON:New Y… Plantae Trach… Pino… Pina… Cupre… Taxo…
10 3393364284 d1e9202b-730… NYCstreetTr… Plantae Trach… Pino… Pina… Cupre… Taxo…
# ℹ 12,316 more rows
# ℹ 42 more variables: species <chr>, infraspecificEpithet <chr>,
#   taxonRank <chr>, scientificName <chr>, verbatimScientificName <chr>,
#   verbatimScientificNameAuthorship <chr>, countryCode <chr>, locality <chr>,
#   stateProvince <chr>, occurrenceStatus <chr>, individualCount <int>,
#   publishingOrgKey <chr>, decimalLatitude <dbl>, decimalLongitude <dbl>,
#   coordinateUncertaintyInMeters <dbl>, coordinatePrecision <dbl>, …

Il y a 12 326 occurrences dans le jeu de données. On les affiche sur la carte du monde :

Occurrences de Taxodium distichum dans le monde.

Figure 277.1: Occurrences de Taxodium distichum dans le monde.

277.1.1 Données par région

On évalue la proportion d’occurrences dans chaque région, en utilisant les 3 masques créés précédemment. Si on a au moins 50 % des occurrences dans une région, on peut continuer en travaillant uniquement sur ces données. Sinon, on vérifie qu’au moins 67 % des données tombent dans l’ensemble des régions, et on prend la région la plus représentée. Au final, s’il s’agit d’une espèce endémique d’Europe, on n’a pas besoin de manipulation supplémentaire.

[1] 0.4333117
[1] 0.5438098
[1] 0.006409216

Espèce endémique d’Amérique du Nord

Occurrence de Taxodium distichum dans la région d'endémisme.

Figure 277.2: Occurrence de Taxodium distichum dans la région d’endémisme.

277.1.2 Licences

On s’intéresse ici au problème particulier des licences :


   CC_BY_4_0 CC_BY_NC_4_0      CC0_1_0 
        1224         5032          447 
[1] 24.92914
Occurrence de Taxodium distichum dans la région d'endémisme, selon la licence : CC BY-NC en bleu ; CC0 et CC BY en orange.

Figure 277.3: Occurrence de Taxodium distichum dans la région d’endémisme, selon la licence : CC BY-NC en bleu ; CC0 et CC BY en orange.

Idéalement, on aimerait avoir au moins 50 % de données vraiment libres d’utilisation (c’est-à-dire sans la clause -NC). On continue en supprimant les données en CC BY-NC.

Moins de 50 % de données librement utilisables

[1] 1671

277.1.3 Sous-échantillonnage

Si le jeu de données contient 25 000 occurrences ou plus, on procède au sous-échantillonnage aléatoire pour en conserver un maximum de 25 000.

Moins de 25 000 occurrences : pas de sous-échantillonnage

Simple feature collection with 1671 features and 50 fields
Attribute-geometry relationships: constant (50)
Geometry type: POINT
Dimension:     XY
Bounding box:  xmin: -123.248 ymin: 14.66996 xmax: -73.15246 ymax: 49.254
Geodetic CRS:  WGS 84
# A tibble: 1,671 × 51
       gbifID datasetKey    occurrenceID kingdom phylum class order family genus
      <int64> <chr>         <chr>        <chr>   <chr>  <chr> <chr> <chr>  <chr>
 1 3393551237 d1e9202b-730… NYCstreetTr… Plantae Trach… Pino… Pina… Cupre… Taxo…
 2 3051239023 c4e1739b-e22… BISON:New Y… Plantae Trach… Pino… Pina… Cupre… Taxo…
 3 3393919358 d1e9202b-730… NYCstreetTr… Plantae Trach… Pino… Pina… Cupre… Taxo…
 4 3393561573 d1e9202b-730… NYCstreetTr… Plantae Trach… Pino… Pina… Cupre… Taxo…
 5 3393550412 d1e9202b-730… NYCstreetTr… Plantae Trach… Pino… Pina… Cupre… Taxo…
 6 3393688920 d1e9202b-730… NYCstreetTr… Plantae Trach… Pino… Pina… Cupre… Taxo…
 7 3393442843 d1e9202b-730… NYCstreetTr… Plantae Trach… Pino… Pina… Cupre… Taxo…
 8 3050923558 c4e1739b-e22… BISON:New Y… Plantae Trach… Pino… Pina… Cupre… Taxo…
 9 3051084733 c4e1739b-e22… BISON:New Y… Plantae Trach… Pino… Pina… Cupre… Taxo…
10 3393364284 d1e9202b-730… NYCstreetTr… Plantae Trach… Pino… Pina… Cupre… Taxo…
# ℹ 1,661 more rows
# ℹ 42 more variables: species <chr>, infraspecificEpithet <chr>,
#   taxonRank <chr>, scientificName <chr>, verbatimScientificName <chr>,
#   verbatimScientificNameAuthorship <chr>, countryCode <chr>, locality <chr>,
#   stateProvince <chr>, occurrenceStatus <chr>, individualCount <int>,
#   publishingOrgKey <chr>, decimalLatitude <dbl>, decimalLongitude <dbl>,
#   coordinateUncertaintyInMeters <dbl>, coordinatePrecision <dbl>, …

277.1.4 Carte finale

On prépare la carte finale des occurrences :

Occurrence de Taxodium distichum dans la région d'endémisme après sous-échantillonnage éventuel.

Figure 277.4: Occurrence de Taxodium distichum dans la région d’endémisme après sous-échantillonnage éventuel.

277.2 Modélisation de la niche climatique

277.2.1 Préparer les données

Organisation des données d’entrées (occurrences et données environnementales) et des données produites de pseudo-absences :

 class       : SpatVector 
 geometry    : points 
 dimensions  : 1671, 0  (geometries, attributes)
 extent      : -123.248, -73.15246, 14.66996, 49.254  (xmin, xmax, ymin, ymax)
 coord. ref. : lon/lat WGS 84 (EPSG:4326) 

-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-= tadi Data Formating -=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=

      ! Response variable is considered as only presences... Is it really what you want?
      ! No data has been set aside for modeling evaluation
 !!! Some data are located in the same raster cell. 
          Please set `filter.raster = TRUE` if you want an automatic filtering.

Checking Pseudo-absence selection arguments...

   > random pseudo absences selection
   > Pseudo absences are selected in explanatory variables
 ! Some NAs have been automatically removed from your data
 !!! Some data are located in the same raster cell. 
          Please set `filter.raster = TRUE` if you want an automatic filtering.
-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-= Done -=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=

-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-= BIOMOD.formated.data -=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=

dir.name =  Output

sp.name =  tadi

     1669 presences,  0 true absences and  5007 undefined points in dataset


     6 explanatory variables

 temp_max_august    temp_min       temp_wet_quart    temp_season     
 Min.   :10.52   Min.   :-30.752   Min.   :-11.37   Min.   :  63.04  
 1st Qu.:24.21   1st Qu.:-14.166   1st Qu.: 12.57   1st Qu.: 681.27  
 Median :29.53   Median : -6.000   Median : 17.83   Median : 843.75  
 Mean   :28.23   Mean   : -6.524   Mean   : 17.06   Mean   : 843.46  
 3rd Qu.:32.42   3rd Qu.:  1.877   3rd Qu.: 23.20   3rd Qu.:1030.57  
 Max.   :42.42   Max.   : 21.750   Max.   : 33.59   Max.   :1456.98  
 prec_wet_quart    prec_season     
 Min.   :  24.0   Min.   :  5.886  
 1st Qu.: 227.0   1st Qu.: 20.250  
 Median : 308.0   Median : 34.217  
 Mean   : 332.6   Mean   : 40.506  
 3rd Qu.: 387.0   3rd Qu.: 56.320  
 Max.   :1844.0   Max.   :136.349  

-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=

On visualise les pseudo-absences :

Les données d'occurrences (en haut à gauche) et les trois jeux de données aléatoires de pseudo-absences.

Figure 277.5: Les données d’occurrences (en haut à gauche) et les trois jeux de données aléatoires de pseudo-absences.

$data.vect
 class       : SpatVector 
 geometry    : points 
 dimensions  : 11689, 2  (geometries, attributes)
 extent      : -129.9375, -52.6875, 13.0625, 54.97917  (xmin, xmax, ymin, ymax)
 coord. ref. :  
 names       :  resp         dataset
 type        : <num>           <chr>
 values      :    10 Initial dataset
                  10 Initial dataset
                  10 Initial dataset

$data.label
                              9                              10 
                "**Presences**"       "Presences (calibration)" 
                             11                              12 
       "Presences (validation)"        "Presences (evaluation)" 
                             19                              20 
            "**True Absences**"   "True Absences (calibration)" 
                             21                              22 
   "True Absences (validation)"    "True Absences (evaluation)" 
                             29                              30 
          "**Pseudo-Absences**" "Pseudo-Absences (calibration)" 
                             31                               1 
 "Pseudo-Absences (validation)"                    "Background" 

$data.plot
Les données d'occurrences (en haut à gauche) et les trois jeux de données aléatoires de pseudo-absences.

Figure 277.6: Les données d’occurrences (en haut à gauche) et les trois jeux de données aléatoires de pseudo-absences.

277.2.2 Modèles individuels de niche


-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-= Build Single Models -=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=


Checking Models arguments...

Creating suitable Workdir...

            ! Weights where automatically defined for tadi_PA1 to rise a 0.5 prevalence !
            ! Weights where automatically defined for tadi_PA2 to rise a 0.5 prevalence !
            ! Weights where automatically defined for tadi_PA3 to rise a 0.5 prevalence !


-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-= tadi Modeling Summary -=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=

 6  environmental variables ( temp_max_august temp_min temp_wet_quart temp_season prec_wet_quart prec_season )
Number of evaluation repetitions : 1
Models selected : GAM MARS MAXNET GBM ANN RF 

Total number of model runs: 18 

-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=


-=-=-=- Run :  tadi_PA1 


-=-=-=--=-=-=- tadi_PA1_RUN1 


-=-=-=- Run :  tadi_PA2 


-=-=-=--=-=-=- tadi_PA2_RUN1 


-=-=-=- Run :  tadi_PA3 


-=-=-=--=-=-=- tadi_PA3_RUN1 

-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-= Done -=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=

277.2.2.1 Évaluation de la performance

             full.name  PA  run   algo metric.eval cutoff sensitivity
1    tadi_PA1_RUN1_GAM PA1 RUN1    GAM         TSS  586.0      98.727
2    tadi_PA1_RUN1_GAM PA1 RUN1    GAM         ROC  587.5      98.727
3   tadi_PA1_RUN1_MARS PA1 RUN1   MARS         TSS  535.0      96.404
4   tadi_PA1_RUN1_MARS PA1 RUN1   MARS         ROC  539.5      96.330
5 tadi_PA1_RUN1_MAXNET PA1 RUN1 MAXNET         TSS  378.0      96.105
6 tadi_PA1_RUN1_MAXNET PA1 RUN1 MAXNET         ROC  378.0      96.105
  specificity calibration validation evaluation
1      73.897       0.726      0.719         NA
2      73.897       0.875      0.850         NA
3      85.714       0.820      0.796         NA
4      86.013       0.954      0.948         NA
5      83.919       0.800      0.793         NA
6      83.919       0.947      0.945         NA
Évaluation de la performance des modèles individuels : True Skill Statistic & aire sous la courbe de ROC.

Figure 277.7: Évaluation de la performance des modèles individuels : True Skill Statistic & aire sous la courbe de ROC.

277.2.2.2 Importance des variables environnementales

          full.name  PA  run algo        expl.var rand  var.imp
1 tadi_PA1_RUN1_GAM PA1 RUN1  GAM temp_max_august    1 0.242481
2 tadi_PA1_RUN1_GAM PA1 RUN1  GAM        temp_min    1 0.364347
3 tadi_PA1_RUN1_GAM PA1 RUN1  GAM  temp_wet_quart    1 0.026654
4 tadi_PA1_RUN1_GAM PA1 RUN1  GAM     temp_season    1 0.097925
5 tadi_PA1_RUN1_GAM PA1 RUN1  GAM  prec_wet_quart    1 0.236210
6 tadi_PA1_RUN1_GAM PA1 RUN1  GAM     prec_season    1 0.223041
Pourcentage de variance expliquée pour chaque variable, décomposé par algorithme.

Figure 277.8: Pourcentage de variance expliquée pour chaque variable, décomposé par algorithme.

Pourcentage de variance expliquée pour chaque variable, décomposé par variable.

Figure 277.9: Pourcentage de variance expliquée pour chaque variable, décomposé par variable.

277.2.2.3 Courbes de réponses

Courbes de réponse de chaque variable climatique selon l'algorithme (en couleurs).

Figure 277.10: Courbes de réponse de chaque variable climatique selon l’algorithme (en couleurs).

277.2.3 Modèles d’ensemble de niche

Seulement modèles avec TSS > 0.8


-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-= BIOMOD.ensemble.models.out -=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=

sp.name : tadi

expl.var.names : temp_max_august temp_min temp_wet_quart temp_season 
prec_wet_quart prec_season


models computed: 
tadi_EMcvByTSS_mergedData_mergedRun_mergedAlgo, tadi_EMwmeanByTSS_mergedData_mergedRun_mergedAlgo

models failed: none

-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=

277.2.3.1 Évaluation de la qualité

                                          full.name merged.by.PA merged.by.run
1 tadi_EMwmeanByTSS_mergedData_mergedRun_mergedAlgo   mergedData     mergedRun
2 tadi_EMwmeanByTSS_mergedData_mergedRun_mergedAlgo   mergedData     mergedRun
  merged.by.algo filtered.by    algo metric.eval cutoff sensitivity specificity
1     mergedAlgo         TSS EMwmean         TSS  671.0      94.308      91.752
2     mergedAlgo         TSS EMwmean         ROC  667.5      94.548      91.612
  calibration validation evaluation
1       0.861         NA         NA
2       0.984         NA         NA
Évaluation de la qualité du modèle d'ensemble : Aire sous la courbe de ROC & True Skill Statistic.

Figure 277.11: Évaluation de la qualité du modèle d’ensemble : Aire sous la courbe de ROC & True Skill Statistic.

                                       full.name merged.by.PA merged.by.run
1 tadi_EMcvByTSS_mergedData_mergedRun_mergedAlgo   mergedData     mergedRun
2 tadi_EMcvByTSS_mergedData_mergedRun_mergedAlgo   mergedData     mergedRun
3 tadi_EMcvByTSS_mergedData_mergedRun_mergedAlgo   mergedData     mergedRun
4 tadi_EMcvByTSS_mergedData_mergedRun_mergedAlgo   mergedData     mergedRun
5 tadi_EMcvByTSS_mergedData_mergedRun_mergedAlgo   mergedData     mergedRun
6 tadi_EMcvByTSS_mergedData_mergedRun_mergedAlgo   mergedData     mergedRun
  merged.by.algo filtered.by algo        expl.var rand  var.imp
1     mergedAlgo         TSS EMcv temp_max_august    1 0.173517
2     mergedAlgo         TSS EMcv        temp_min    1 0.341587
3     mergedAlgo         TSS EMcv  temp_wet_quart    1 0.161259
4     mergedAlgo         TSS EMcv     temp_season    1 0.188302
5     mergedAlgo         TSS EMcv  prec_wet_quart    1 0.185444
6     mergedAlgo         TSS EMcv     prec_season    1 0.153795

Par variable :

Pourcentage de variance expliquée par variable dans le modèle d'ensemble.

Figure 277.12: Pourcentage de variance expliquée par variable dans le modèle d’ensemble.

Courbes de réponse de chaque variable climatique dans le modèle d'ensemble.

Figure 277.13: Courbes de réponse de chaque variable climatique dans le modèle d’ensemble.

277.3 Projections

277.3.1 Distribution potentielle contemporaine

Contemporaine : Cartographie des observations sur couches climatiques Extraction des conditions climatiques favorables


-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-= BIOMOD.projection.out -=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=

Projection directory : Output/tadi/current


sp.name : tadi

expl.var.names : temp_max_august temp_min temp_wet_quart temp_season 
prec_wet_quart prec_season


modeling.id : AllModels ( Output/tadi/tadi.AllModels.models.out )

models.projected : 
tadi_PA1_RUN1_GAM, tadi_PA1_RUN1_MARS, tadi_PA1_RUN1_MAXNET, tadi_PA1_RUN1_GBM, tadi_PA1_RUN1_ANN, tadi_PA1_RUN1_RF, tadi_PA2_RUN1_GAM, tadi_PA2_RUN1_MARS, tadi_PA2_RUN1_MAXNET, tadi_PA2_RUN1_GBM, tadi_PA2_RUN1_ANN, tadi_PA2_RUN1_RF, tadi_PA3_RUN1_GAM, tadi_PA3_RUN1_MARS, tadi_PA3_RUN1_MAXNET, tadi_PA3_RUN1_GBM, tadi_PA3_RUN1_ANN, tadi_PA3_RUN1_RF

available binary projection : TSS, ROC

available filtered projection : TSS, ROC

-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=
Projection de la distribution potentielle contemporaine sur l'Europe, selon les 6 algorithmes et les 3 runs.

Figure 277.14: Projection de la distribution potentielle contemporaine sur l’Europe, selon les 6 algorithmes et les 3 runs.

Projection de la distribution potentielle contemporaine sur l'Europe, selon les 6 algorithmes et les 3 runs.

Figure 277.15: Projection de la distribution potentielle contemporaine sur l’Europe, selon les 6 algorithmes et les 3 runs.


-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-= BIOMOD.projection.out -=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=

Projection directory : Output/tadi/current


sp.name : tadi

expl.var.names : temp_max_august temp_min temp_wet_quart temp_season 
prec_wet_quart prec_season


modeling.id : AllModels ( Output/tadi/tadi.AllModels.ensemble.models.out )

models.projected : 
tadi_EMcvByTSS_mergedData_mergedRun_mergedAlgo, tadi_EMwmeanByTSS_mergedData_mergedRun_mergedAlgo

-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=
A) Projection de la distribution potentielle contemporaine (modèle d'ensemble) ; B) Incertitude associée à la projection.

Figure 277.16: A) Projection de la distribution potentielle contemporaine (modèle d’ensemble) ; B) Incertitude associée à la projection.

277.3.2 Interpolation à l’échelle de la métropole

  • → conditions climatiques favorables à fine échelle

On projette la niche climatique sur ce raster à fine échelle.


-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-= BIOMOD.projection.out -=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=

Projection directory : Output/tadi/cont_gre


sp.name : tadi

expl.var.names : temp_max_august temp_min temp_wet_quart temp_season 
prec_wet_quart prec_season


modeling.id : AllModels ( Output/tadi/tadi.AllModels.models.out )

models.projected : 
tadi_PA1_RUN1_GAM, tadi_PA1_RUN1_MARS, tadi_PA1_RUN1_MAXNET, tadi_PA1_RUN1_GBM, tadi_PA1_RUN1_ANN, tadi_PA1_RUN1_RF, tadi_PA2_RUN1_GAM, tadi_PA2_RUN1_MARS, tadi_PA2_RUN1_MAXNET, tadi_PA2_RUN1_GBM, tadi_PA2_RUN1_ANN, tadi_PA2_RUN1_RF, tadi_PA3_RUN1_GAM, tadi_PA3_RUN1_MARS, tadi_PA3_RUN1_MAXNET, tadi_PA3_RUN1_GBM, tadi_PA3_RUN1_ANN, tadi_PA3_RUN1_RF

available binary projection : TSS, ROC

available filtered projection : TSS, ROC

-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=
Projection de la distribution potentielle contemporaine sur la métropole de Grenoble, selon les 6 algorithmes et les 3 runs.

Figure 277.17: Projection de la distribution potentielle contemporaine sur la métropole de Grenoble, selon les 6 algorithmes et les 3 runs.

Projection de la distribution potentielle contemporaine sur la métropole de Grenoble, selon les 6 algorithmes et les 3 runs.

Figure 277.18: Projection de la distribution potentielle contemporaine sur la métropole de Grenoble, selon les 6 algorithmes et les 3 runs.


-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-= BIOMOD.projection.out -=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=

Projection directory : Output/tadi/cont_gre


sp.name : tadi

expl.var.names : temp_max_august temp_min temp_wet_quart temp_season 
prec_wet_quart prec_season


modeling.id : AllModels ( Output/tadi/tadi.AllModels.ensemble.models.out )

models.projected : 
tadi_EMcvByTSS_mergedData_mergedRun_mergedAlgo, tadi_EMwmeanByTSS_mergedData_mergedRun_mergedAlgo

-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=
A) Projection de la distribution potentielle contemporaine (modèle d'ensemble) sur la métropole de Grenoble ; B) Incertitude associée à la projection.

Figure 277.19: A) Projection de la distribution potentielle contemporaine (modèle d’ensemble) sur la métropole de Grenoble ; B) Incertitude associée à la projection.

277.3.3 Distributions potentielles futures

Futur : Projection à l’échelle de l’Europe jusqu’à l’horizon 2100

Toutes les fenêtres temporelles × scénarios pour le GCM « IPSL-CM6A-LR »

  1. SSP1-2.6
Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP1-2.6 (modèle d'ensemble).Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP1-2.6 (modèle d'ensemble).Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP1-2.6 (modèle d'ensemble).Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP1-2.6 (modèle d'ensemble).Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP1-2.6 (modèle d'ensemble).

Figure 277.20: Projection des distributions potentielles futures jusqu’à l’horizon 2100 sous le scénario SSP1-2.6 (modèle d’ensemble).

On obtient pour la métrique TSS une carte unique de moyenne pondérée sur les algorithmes et sur les jeux de pseudo-absences.

  1. SSP2-4.5
Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP2-4.5 (modèle d'ensemble).Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP2-4.5 (modèle d'ensemble).Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP2-4.5 (modèle d'ensemble).Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP2-4.5 (modèle d'ensemble).Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP2-4.5 (modèle d'ensemble).

Figure 277.21: Projection des distributions potentielles futures jusqu’à l’horizon 2100 sous le scénario SSP2-4.5 (modèle d’ensemble).

  1. SSP3-7.0
Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP3-7.0 (modèle d'ensemble).Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP3-7.0 (modèle d'ensemble).Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP3-7.0 (modèle d'ensemble).Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP3-7.0 (modèle d'ensemble).Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP3-7.0 (modèle d'ensemble).

Figure 277.22: Projection des distributions potentielles futures jusqu’à l’horizon 2100 sous le scénario SSP3-7.0 (modèle d’ensemble).

  1. SSP5-8.5
Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble).Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble).Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble).Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble).Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble).

Figure 277.23: Projection des distributions potentielles futures jusqu’à l’horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d’ensemble).

277.4 Inférence à l’échelle de la métropole

  • Croisement avec températures de surface 2019 (fournie par la métropole)
  • → conditions climatiques favorables à fine échelle
  • à peu près 7 pixels × 9 (WorldClim)

277.4.1 Distributions potentielles futures

Même chose que précédemment mais sur les rasters de Grenoble

  1. SSP1-2.6
Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).

Figure 277.24: Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu’à l’horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d’ensemble, GCM IPSL).

  1. SSP2-4.5
Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).

Figure 277.25: Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu’à l’horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d’ensemble, GCM IPSL).

  1. SSP3-7.0
Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).

Figure 277.26: Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu’à l’horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d’ensemble, GCM IPSL).

  1. SSP5-8.5
Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).

Figure 277.27: Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu’à l’horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d’ensemble, GCM IPSL).

277.4.2 Évolution temporelle

# A tibble: 17 × 8
   min         q1          median      mean        q3          max   ssp    year
   <table[1d]> <table[1d]> <table[1d]> <table[1d]> <table[1d]> <tab> <fct> <dbl>
 1 156         318         354         384.7953    472         636   0      2000
 2 188         369         421         468.7583    591         764   126    2040
 3 215         392         477         501.0032    639         786   126    2060
 4 215         379         475         500.6074    639         801   126    2080
 5 231         395         502         514.0256    658         799   126    2100
 6 228         376         437         489.5365    615         774   245    2040
 7 230         404         521         526.9917    674         804   245    2060
 8 285         495         582         586.5664    710         814   245    2080
 9 272         526         623         614.0163    721         818   245    2100
10 184         368         421         469.1894    589         782   370    2040
11 245         426         537         542.2988    686         810   370    2060
12 291         533         615         610.2111    710         821   370    2080
13 338         595         687         663.3844    761         854   370    2100
14 200         362         426         472.0089    598         785   585    2040
15 275         494         586         589.1030    723         818   585    2060
16 351         605         718         679.6079    762         850   585    2080
17 303         501         604         607.4083    727         835   585    2100
Évolution de la favorabilité climatique au cours du XXIème siècle. Le point représente la médiane sur l'étendue de la métropole (i.e. tous les pixels de la carte) ; le trait gras représente 50 % des données intermédiaires (espace inter-quartile) ; le trait fin représente le reste des données du minimum au maximum.

Figure 277.28: Évolution de la favorabilité climatique au cours du XXIème siècle. Le point représente la médiane sur l’étendue de la métropole (i.e. tous les pixels de la carte) ; le trait gras représente 50 % des données intermédiaires (espace inter-quartile) ; le trait fin représente le reste des données du minimum au maximum.